SH2 domen
| |||||||||
| Kristalografska struktura SH2 domena. Struktura se od velike beta ravni (zeleno) oivičene sa dva alfa-heliksa (narandžasto i plavo).[1] | |||||||||
| Identifikatori | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Simbol | SH2 | ||||||||
| Pfam | PF00017 | ||||||||
| InterPro | IPR000980 | ||||||||
| SMART | SH2 | ||||||||
| PROSITE | PDOC50001 | ||||||||
| SCOP | 1sha | ||||||||
| Superfamilija | 1sha | ||||||||
| OPM protein | 1xa6 | ||||||||
| CDD | cd00173 | ||||||||
| |||||||||
SH2 domen (Src Homolog 2) je strukturno konzervirani proteinski domen sadržan unutar Src onkoproteina[2] i mnogih drugih intracelularnih proteina za prenos signala.[3] Njegovo prisustvo u proteinu mu pomaže da pronađe druge proteine putem prepoznavanja fosforilisanog tirozina na drugom proteinu.
Protein-protein interakcije imaju važnu ulogu u ćelijskom rastu i razvoju. Modularni domeni, koji su podjedinice proteina, posreduju proteinske interakcije putem identifikacije kratkih peptidnih sekvenci.[4] Te peptidne sekvence određuju partnere za vezivanje svakog proteina. Jedan od prominentnijih domena je SH2 domen.
SH2 domeni imaju vitalnu ulogu u ćelijskoj komunikaciji. Njegova dužina je aproksimativno 100 aminokiselina, i on je nađen unutar 115 humanih proteina. Njegova struktura se sastoji od dva alfa heliksa i jedne beta ravni. Istraživanja su pokazala da on ima visok afinitet za ostatke fosforilisanog tirozina, i poznato je da prepoznaje sekvencu sa 3-6 aminokiselina unutar peptidnog motiva.
SH2 domeni tipično vezuju fosfrilisani ostatak tirozina u kontekstu dužeg peptidnog motiva unutar ciljnog proteina. SH2 domeni predstavljaju najveću klasu poznatih domena za pTyr prepoznavanje.[5][6]
Do fosforilacije ostataka tirozina u proteinu dolazi tokom prenosa signala i izvršavaju je tirozinske kinaze. Fosforilacija supstrata tirozinskim kinazama deluje kao prekidač koji inicira vezivanje za protein koji sadrži SH2 domen. Intimnost odnos između tirozinskih kinaza i SH2 domena takođe podržava njihova koordinirana pojava u toku evolucije eukariota.
SH2 domeni nisu prisutni kod kvasaca i izgleda da je granica između protozoa i životinja u organizmima poput amebe Dictyostelium discoideum.[7]
Detaljna bioinformatička analiza SH2 domena kod čoveka i miševa je pokazala da postoji 120 SH2 domena unutar 115 proteina kodiranih ljudskim genomom,[8] što odslikava brzu evolucionu ekspanziju SH2 domena.
Veliki broj struktura SH2 domena je bio rešen, i nokaut miševi mnogih SH2 proteina su bili napravljeni.[9]
Humani proteini koji sadrže ovaj domen su:
- ABL1; ABL2
- BCAR3; BLK; BLNK; BMX; BTK
- CHN2; CISH; CRK; CRKL; CSK
- DAPP1
- FER; FES; FGR; FRK; FYN
- GRAP; GRAP2; GRB10; GRB14; GRB2; GRB7
- HCK; HSH2D
- INPP5D; INPPL1; ITK; JAK2; LCK; LCP2; LYN
- MATK; NCK1; NCK2
- PIK3R1; PIK3R2; PIK3R3; PLCG1; PLCG2; PTK6; PTPN11; PTPN6; RASA1
- SH2B1; SH2B2; SH2B3; SH2D1A; SH2D1B; SH2D2A; SH2D3A; SH2D3C; SH2D4A; SH2D4B; SH2D5; SH2D6; SH3BP2; SHB; SHC1; SHC3; SHC4; SHD; SHE
- SLA; SLA2
- SOCS1; SOCS2; SOCS3; SOCS4; SOCS5; SOCS6; SOCS7
- SRC; SRMS
- STAT1; STAT2; STAT3; STAT4; STAT5A; STAT5B; STAT6
- SUPT6H; SYK
- TEC; TENC1; TNS; TNS1; TNS3; TNS4; TXK
- VAV1; VAV2; VAV3
- YES1; ZAP70
- ↑ PDB 1lkk; Tong L, Warren TC, King J, Betageri R, Rose J, Jakes S (March 1996). „Crystal structures of the human p56lck SH2 domain in complex with two short phosphotyrosyl peptides at 1.0 A and 1.8 A resolution”. J. Mol. Biol. 256 (3): 601–10. DOI:10.1006/jmbi.1996.0112. PMID 8604142.
- ↑ Sadowski I, Stone JC, Pawson T (December 1986). „A noncatalytic domain conserved among cytoplasmic protein-tyrosine kinases modifies the kinase function and transforming activity of Fujinami sarcoma virus P130gag-fps”. Mol. Cell. Biol. 6 (12): 4396–408. PMC 367222. PMID 3025655.
- ↑ Russell RB, Breed J, Barton GJ (June 1992). „Conservation analysis and structure prediction of the SH2 family of phosphotyrosine binding domains”. FEBS Lett. 304 (1): 15–20. DOI:10.1016/0014-5793(92)80579-6. PMID 1377638.
- ↑ Donald Voet, Judith G. Voet (2005). Biochemistry (3 izd.). Wiley. ISBN 978-0-471-19350-0.
- ↑ Pawson T, Gish GD, Nash P (December 2001). „SH2 domains, interaction modules and cellular wiring”. Trends in Cell Biology 11 (12): 504–11. DOI:10.1016/S0962-8924(01)02154-7. PMID 11719057.
- ↑ Huang H, Li L, Wu C, Schibli D, Colwill K, Ma S, Li C, Roy P, Ho K, Songyang Z, Pawson T, Gao Y, Li SS (April 2008). „Defining the specificity space of the human SRC homology 2 domain”. Molecular & Cellular Proteomics : MCP 7 (4): 768–84. DOI:10.1074/mcp.M700312-MCP200. PMID 17956856.
- ↑ Eichinger L, Pachebat JA, Glöckner G, et al. (May 2005). „The genome of the social amoeba Dictyostelium discoideum”. Nature 435 (7038): 43–57. DOI:10.1038/nature03481. PMC 1352341. PMID 15875012.
- ↑ Liu BA, Jablonowski K, Raina M, Arcé M, Pawson T, Nash PD (June 2006). „The human and mouse complement of SH2 domain proteins-establishing the boundaries of phosphotyrosine signaling”. Molecular Cell 22 (6): 851–68. DOI:10.1016/j.molcel.2006.06.001. PMID 16793553.
- ↑ Nash P, Pawson T, Jablonowski K. „the SH2 domain”. The University of Chicago. Arhivirano iz originala na datum 2006-09-10. Pristupljeno 8. 11. 2008.
- Li S (2007). „SMALI site”. University of Western Ontario. Arhivirano iz originala na datum 2009-03-10. Pristupljeno 8. 1. 2009.
- Huang H, Jiao Y, Xu R, Gao Y (May 2004). „Construction of a non-redundant human SH2 domain database”. Genomics, Proteomics & Bioinformatics / Beijing Genomics Institute 2 (2): 119–22. PMID 15629051.
- The Nash Lab (2005). „the SH2 domain”. The University of Chicago. Arhivirano iz originala na datum 2006-09-10. Pristupljeno 8. 1. 2009.
- The Pawson Lab. „SH2 Domain”. Mount Sinai Hospital, Ontario, Canada. Arhivirano iz originala na datum 2014-10-16. Pristupljeno 8. 1. 2009.
- Rose T, Waksman G (29. 2. 2000.). „SH2 domains: Introduction and Overview”. Washington University School of Medicine. Arhivirano iz originala na datum 2008-08-21. Pristupljeno 8. 1. 2009.