Diversidad genética

Este capítulo presenta la mayor parte de los resultados que se han publicado acerca de la cantidad y la distribución de la variación genética en especies mexicanas usando marcadores moleculares (desde aloenzimas hasta secuencias de adn).
La motivación para llevar a cabo estos estudios incluye especies de importancia agronómica, ecológica, médica, etnobiológica, pesquera, ornamental o evolutiva. En cada caso se consignan los parámetros de variación genética, de estructura genética y de estructura filogeográfica o de inferencias coalescentes.
Muchas de las especies estudiadas tienen una alta variación genética, como es el caso de las del género Rhizobium, Escherichia coli, varias de coníferas, de encinos, de epífitas, de plantas de zonas áridas, de cícadas, de maíz, de calabacitas, de parasitoides, de áfidos, del lobo marino y de algunas especies de aves como el atlepes de gorra castaña. En algunos casos, como el de la ballena jorobada, se ha encontrado que la variación genética varía estacionalmente.
Asimismo existen algunas especies con una variación genética pequeña o marginal. Tal es el caso de la bacteria Gluconacetobacter diazotrophicus, Trypanosoma cruzi, el lobo fino de Guadalupe y, como situación extrema, el de la vaquita marina (Phocoena sinus). La cantidad de variación genética tiene consecuencias médicas, como en Histoplasma, Trypanosoma, Taenia o E. coli; en los procesos de domesticación como en el maíz, los frijoles (en los que se ha encontrado migración de silvestres a cultivados en P. vulgaris, pero en sentido inverso en
P. lunatus), el jocote, el algodón y el cactus Stenocereus stellatus. En este último se encontró que el manejo incrementa la cantidad de variación, al contrario de lo esperado.
Respecto a la estructura genética se encontraron algunas especies con poca estructuración como Rhizobium phaseoli, algunas epífitas, algunas especies de zonas áridas, de cícadas, maíz, calabacitas, algunas especies de Drosophila, termitas y murciélagos. Por otro lado, hay especies con una estructuración genética moderada o alta en el ámbito nacional como Lophodermium nitens, especies de Picea, Abies, Pinus, encinos, algunas especies de epífitas, plantas de zonas áridas y de cícadas. También muestran alta diferenciación la chía y los frijoles que son autógamos, Taenia, especies de mariposas y de áfidos. Mención especial merece la diferenciación encontrada en especies de vertebrados, muchas de las cuales muestran estructura a nivel global, como varias especies de tortugas, especies de importancia comercial, el manatí, dos especies de ballenas y un delfín. Gran parte de esta estructura tiene consecuencias filogeográficas y evolutivas como en los delfines costeros y pelágicos, la ballena gris, la filopatría mostrada por las especies de tortugas y algunas especies de coníferas; pero también hay consecuencias para el uso de estos recursos como en el loro amarillo, especies de importancia pesquera (en las que se han podido definir unidades de pesca), el quetzal, el algodón, las orquídeas. También la estructuración profunda en algunos casos sugiere la existencia o no de especies crípticas como Histoplasma capsulatum, Chelonia mydas y C. agassizii y especies de los géneros Rhizobium y Triatoma.
En algunos casos, como el del maíz o la vaquita marina, se han explorado marcadores moleculares asociados a la domesticación y a la probabilidad de extinción, respectivamente. El impacto de los cambios climáticos en la estructura filogeográfica ha sido demostrado en coleópteros, pinos, abetos, encinos y ballenas.