「高額なEM菌飲料に対する批判的な意見」を掲載したメディアをEM関連企業が名誉毀損で提訴したが、裁判所が「効果の裏付けとなる科学的な根拠はない」としてEM関連企業側の訴えが棄却される。 （2021.4.22追記 福岡高等裁判所那覇支部で控訴審の判決が出され、EM関連企業が敗訴）
EM菌は、元々農業用の微生物資材として堆肥作りを目的として開発されましたが、「農業、環境、健康、食品加工、化学合成、工業、エネルギー、土木建築など広範囲で応用可能であり、従来の微生物関連資材の常識をはるかに超えたものである」としてあたかも万能であるかの様に宣伝されるようになりました。しかし、そのほとんどは科学的根拠に乏しく「ニセ科学」だと批判されています。 参考：疑似科学とされるものの科学性評定サイト（明治大学科学コミュニケーション研究所） http://www.sciencecomlabo.jp/health_goods/effective_microorganisms.html これまではEM菌を構成する微生物が大まかにしか明かされておらず、「特殊な善玉菌の集合体」という幻想が守られてきました。そこで、最新技術である「メタゲノム解析」（メタ16S解析とメタITS解析）により、網羅的に構
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