TogoTV[B!]人気記事・評価 - はてなブックマーク

『TogoTV』

統合TV(^^v
51 users
togotv.dbcls.jp

生命科学分野における有用な情報を紹介するウェブサイトです。だれでも自由に閲覧し再利用することができます。・データベースやツールの動画マニュアル・講演や講習会動画、資料・イラスト
- テクノロジー
- 2007/07/20 17:06

【NGS速習コース】1. コンピュータリテラシーとサーバー設計〜1-3. UNIX I(続)〜UNIXの基礎の理解、Linux導入
29 users
togotv.dbcls.jp

【NGS速習コース】1. コンピュータリテラシーとサーバー設計〜1-3. UNIX I(続)〜UNIXの基礎の理解、Linux導入本日の統合TVは、2014年9月1-12日に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム（次世代シークエンサ）速習コースから、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) 仲里猛留による「1. コンピュータリテラシーとサーバー設計 1-3. UNIX I(続) 〜UNIXの基礎の理解、Linux導入」をお送りします。約5時間13分です。
- テクノロジー
- 2014/12/06 23:54
Open Refine（旧Google Refine）の使い方〜導入・基本編〜
20 users
togotv.dbcls.jp

Open Refineは、さまざまなデータをきれいに整形したり、欲しい形のものに変換したり、簡単な解析を行ったりすることができるソフトで、表計算ソフトExcelにはないさまざまな機能を持っています。元はGoogleのコンテンツで、Google Refineという名前で知られていましたが、2012年10月にオープンソース化され、Open Refineに改称されました。2012年2月現在、Google RefineからOpen Refineへの過渡期にあり、多くの情報はまだGoogle Refineのままとなっています。　この動画では、Open Refineの導入方法を説明した後、BioMartから取得したCSV形式のヒトの遺伝子の一覧のデータ（一部改変）を用いて、文字データの表記ゆれの統一や、数値データの大小の並び替え、指定した範囲に含まれるデータの抽出、列同士の演算の方法を紹介します。見
- テクノロジー
- 2013/02/12 20:26
- tutorial
- misc
- database
- data
統合TV | 生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
17 users
togotv.dbcls.jp

全番組のリストから、調べたいDBやウェブツールに関するキーワードで検索！（全件）番組のタイトルや画像をクリックすると番組の再生ページへ移動します。番組リクエストやお問い合わせはこちらからどうぞ!
- 学び
- 2013/04/20 11:12
- 図書館
- 研究
- search
- 生物
- video
- TV
TogoTV
10 users
togotv.dbcls.jp

生命科学分野における有用な情報を紹介するウェブサイトです。だれでも自由に閲覧し再利用することができます。・データベースやツールの動画マニュアル・講演や講習会動画、資料・イラスト
- 暮らし
- 2018/11/12 23:36
- 映像
分子生物学会フォーラム〜賢く著作物を共有する方法(クリエイティブコモンズの使い方)〜
9 users
togotv.dbcls.jp

本日の統合TVは第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたフォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」から、NPO法人クリエイティブ・コモンズ・ジャパン／国立情報学研究所野口祐子弁護士による「賢く著作物を共有する方法（クリエイティブコモンズの使い方）」をお送りします。
- テクノロジー
- 2010/02/10 17:15
- creativecommons
統合TV (togotv)
9 users
togotv.dbcls.jp

統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。くわしくははじめての方へをご覧ください。ご質問、ご要望は、お問い合わせもしくはライフサイエンスQA からお願いします。TogoTV beta ('togo' means 'integration' in Japanese) is an archive of tutorial videos expounding how to use biological databases and tools. Although most of contents are currently depicted in Japanese, you can find English contents in TogoTV internati
- 学び
- 2013/06/20 18:58
- データベース
- 動画
統計解析ソフト「R」での立廻り
8 users
togotv.dbcls.jp

Rはフリーでオープンソースの統計解析環境です。Rを使うとデータの操作や計算、可視化を統合して行うことができます。豊富に用意されたサンプルデータや、対話的な解析、網羅的なパッケージアーカイブCRANが特徴です。Windows, MacOSX, Linux とマルチプラットホームで利用可能です。生命科学分野のためのRパッケージプロジェクトである『BioConductor』では、500以上のパッケージが配布されており、マイクロアレイデータなどの遺伝子発現プロファイルや質量分析データ、タンパク質相互作用データなどを解析するうえで、欠かせないものとなりつつあります。今回はRを使う上で基本的な知識や、便利なウェブサイトを紹介します。また、実際にHuman Induced Pluripotent Stem Cell Epigenomesのデータを階層的クラスタリングを用いて解析します。この解析はHots
- テクノロジー
- 2011/11/07 18:46
- R
- 統計
- science
- programming
- あとで読む
国立国会図書館サーチの使い方
7 users
togotv.dbcls.jp

国立国会図書館サーチ (NDL Search)は、国立国会図書館が提供する総合検索サービスで、国立国会図書館をはじめ、全国の公共図書館、公文書館、美術館や学術研究機関等が持つ様々な形態の情報を検索することができます。今回は、キーワード検索を中心に、検索結果の絞り込みや並び替え、資料の閲覧方法、博士論文の検索・閲覧の仕方など基本的な使い方について説明します。
- 学び
- 2013/11/21 19:42
Cytoscape を使い倒す!〜基本操作編〜
6 users
togotv.dbcls.jp

Cytoscapeとは、生物学上のパスウェイや分子間相互作用ネットワークを可視化＆解析できるフリーソフトです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。外部のデータベースから情報を取得したり、ネットワークに関する情報を統合することもできます。今回は、その導入方法と基本的な使い方について説明します。
- 暮らし
- 2011/06/03 19:23
生存戦略、しましょうか〜或いは、最もスマートな研究職の探し方〜
6 users
togotv.dbcls.jp

本日の統合TVは、2011年12月13〜16日にパシフィコ横浜にて開催された、第34回日本分子生物学会年会のフォーラム『もし分子生物学者がGoogle+の招待を受けたら』から、大田達郎さん（@iNut）（ライフサイエンス統合データベースセンター）による「生存戦略、しましょうか〜或いは、最もスマートな研究職の探し方〜」をお送りします。
- 世の中
- 2011/12/21 14:03
文献管理システム TogoDocの使い方
6 users
togotv.dbcls.jp

TogoDocはDBCLSが開発・提供している文献管理システムです。 PubMed IDのリストを本システムに登録することで、興味を持ちそうな関連文献を取得したり、各書誌情報に任意のタグを付けて整理することができます。またPubMed検索結果から適宜書誌情報を登録や、あるいはRIS形式のファイルをアップロードすることでも可能です。さらに、普段お使いのPC (Win/Mac) にオンラインジャーナルからダウンロードした論文のPDFファイルを効率よく整理できるフリーの文献管理ソフト TogoDoc Client と連携して文献情報を管理することも可能です。今回の番組では登録、検索、タグ管理、文献の推薦といったサービスの基本的な操作についてソフトウエア、ウェブの両方について動画で解説を交えて紹介しております。
- テクノロジー
- 2011/03/25 00:27
MEGAを使って配列アラインメントおよび系統解析をする
6 users
togotv.dbcls.jp

MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)は、DNA、タンパク質配列データの分子進化・系統学的解析を行うためのフリーのソフトウェアで、Tamura K らによって作成されています。MEGAの特徴は、シークエンサーのファイル（ab1, abi, scfなど）を直接読み込めるため、波形データと配列データを一緒に解析できることです。また、Windows、Mac OS、Linuxとマルチプラットフォームで動作します。今回は、いくつかの遺伝子（PPARやTP53など）を例として、多重アラインメントの実行と系統樹を作成する方法を説明します。
- 学び
- 2011/10/20 15:43
RStudioでRを直感的に使おう
6 users
togotv.dbcls.jp

Rはフリーでオープンソースの統計解析環境です。Rを使うとデータの操作や計算、可視化を統合して行うことができます。豊富に用意されたサンプルデータや、対話的な解析、網羅的なパッケージアーカイブCRANが特徴です。Windows, MacOSX, Linux とマルチプラットホームで利用可能です。今回はRの統合開発環境であるRStudioを紹介します。見どころダイジェスト 1. RStudioのインストール(26秒) 01:52 2. プロジェクトの作成 03:11 3. RStudioの基本的な使い方 07:27 4. パッケージのロード・インストール 09:27 5. コードの作成・実行・保存
- 学び
- 2014/02/27 21:45
- あとで読む
Paperpileを使って文献情報の管理や引用文献リストを作成する
5 users
togotv.dbcls.jp

Paperpileは、Google DocsやGoogle Scholarとの連携に重点を置いたWebベースの商用文献管理ソフトウェアです。(30日間無料で試用でき、その後は月額2.99ドルと気軽に利用できます。) 米国Paperpile LLC社が2012年からサービスしています。Paperpileの一部はGoogle Chromeの拡張機能として実装されています。 Paperpileは、学術出版社のウェブサイトやPubMed、Google Scholar、arXivなどのデータベースやプレプリントサーバからデータをワンタッチでインポートすることができます。Paperpileを通じて、論文PDFファイルを取得し、ユーザ自身のGoogle Driveアカウントに保存することができます。また、Google Docsとの連携機能を利用して、収集した論文の書誌情報をもとに引用リストを様々なフォー
- 学び
- 2021/05/08 13:52
ImageJを利用して画像を処理・解析する
5 users
togotv.dbcls.jp

ImageJは、NIH(National Institutes of Health)が開発した画像解析フリーウェアです。本ツールを利用して、TIFF・JPEGなど多くの形で保存された画像の編集・解析を行うことができます。今回は、ImageJのダウンロード、およびImageJを利用したゲル写真の半定量を行う方法を説明しています。
- 世の中
- 2012/11/19 10:20
Picture Gallery｜統合TV(togotv)|生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
5 users
togotv.dbcls.jp

生命科学分野のイラストをだれでも自由に閲覧・利用できるように無料で公開しています。研究発表のスライド作成や資料作成等にお使いください。リクエストはこちら。下のタグをクリックするとサムネイルをソートします。全作品のリストはこちら。モデル生物細胞臓器実験装置次世代シーケンサー顕微鏡実験器具模式図活用事例未分類生物アイコン海綿動物門平板動物門刺胞動物門有櫛動物門扁形動物門環形動物門軟体動物門線形動物門緩歩動物門節足動物門珍渦虫動物門棘皮動物門半索動物門脊索動物門藍色細菌門緑藻植物門被子植物門プロテオバクテリア門子嚢菌門繊毛虫門フィルミクテス門襟鞭毛虫門脊椎動物亜門尾索動物亜門・頭索動物亜門哺乳綱鳥綱両生綱爬虫綱昆虫綱緑藻綱頭足綱貧膜口綱襟鞭毛虫綱バシラス綱 γプロテオバクテリア綱獣亜綱原獣亜綱無顎
- 学び
- 2016/12/31 23:06
- picture
ショウジョウバエ脳の神経画像データベースFlybrain: 15年の蓄積と将来への課題
4 users
togotv.dbcls.jp

本日の統合TVは、2010年10月5日の統合(105)の日に東京大学武田ホールにて開催された4省庁（文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省）合同シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える」から、東京大学分子細胞生物学研究所伊藤啓先生による「ショウジョウバエ脳の神経画像データベースFlybrain: 15年の蓄積と将来への課題」をお送りします。
- 学び
- 2010/12/11 10:53
- 研究
文献管理ソフトMendeleyを使って論文を読む・前編
4 users
togotv.dbcls.jp

Mendeleyは無料で使える文献管理ツール/SNSです。ファイルのドラッグ&ドロップでタイトル・著者・雑誌名等の情報を抽出してくれる複数のコンピュータやモバイル端末間で同期できる・ユーザー同士の公開/非公開グループで情報の共有ができるオフィスソフトでの引用や参考文献リストが作成できるなど様々な特長があります。この動画と文献管理ソフトMendeleyを使って論文を読む・後編では、今まで読んできた/新しく読む論文のPDFデータをMendeleyで管理する方法や、Mendeleyの使い方のコツを紹介しています。見どころダイジェスト 00:29 1. Mendeleyアカウントの作成とDesktopアプリのインストール 02:10 2. フォルダ監視を使ったライブラリへの文献追加 04:28 3. PDFファイルのリネームとサブフォルダへの階層分け
- 学び
- 2013/07/18 20:00
- 研究
生命科学系データベースアーカイブの使い方 2017
4 users
togotv.dbcls.jp

生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管し、データ説明（メタデータ）を統一して検索を容易にすると共に、利用許諾条件などの明示を行うことで、多くの人が容易にデータへアクセスしダウンロードを行えるようにするバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) のサービスの一つです。データベースそのものを丸ごとダウンロードすることができるほか、データベースにそれぞれDOIが付与されており、そのデータベースを引用する際に使用することができます。またこのアーカイブは、Scientific Data誌の推奨レポジトリにもなっています(Scientific Data's recommended repositories)。
- テクノロジー
- 2017/10/11 17:33
クリエイティブ・コモンズ・ライセンスの付け方
4 users
togotv.dbcls.jp

Creative Commons (CC)は、創造的な作品に柔軟な著作権を定義するライセンスシステムを提供するNPO法人です。クリエイティブ・コモンズ・ライセンスは、文書、動画、音楽、写真など多様な「作品」を対象としています。なぜそのようなライセンスが必要なのかというと、情報を共有しようとするとき、知的所有権法や著作権法が障害になる場合があります。CCはこれらの法的問題を解決し、広く情報を利用できるように設けられたライセンスです。CCを使って「作品」を公開することは、著作権者側にも利用者側にもメリットがあります。さあ、あなたもクリエイティブ・コモンズ・ライセンスを使いこなして、研究活動の成果を再利用しやすくしてみませんか！
- 学び
- 2010/02/18 20:02
生命科学分野のデータベースを統合する仕事:落ちこぼれ大学生が.DB(Doctor of the database)にいたるまで
4 users
togotv.dbcls.jp

生命科学分野のデータベースを統合する仕事:落ちこぼれ大学生が.DB(Doctor of the database)にいたるまで本日の統合TVは、2010年1月8日に行われた、東北大学グローバルCOE　脳神経科学を社会へ還流する教育研究拠点　第10回脳科学GCOEキャリアパスセミナーから、ライフサイエンス統合データベースセンター特任准教授坊農秀雅による「生命科学分野のデータベースを統合する仕事：落ちこぼれ大学生が.DB（Doctor of the database）にいたるまで」をお送りします。
- 学び
- 2010/01/27 15:55
- Research
- history
生命科学のための情報統合とテキストマイニング
4 users
togotv.dbcls.jp

本日の統合TVは、2010年10月5日の統合(105)の日に東京大学武田ホールにて開催された4省庁（文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省）合同シンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」から、東京大学大学院情報学環、マンチェスター大学計算機科辻井潤一先生による「生命科学のための情報統合とテキストマイニング」をお送りします。
- 学び
- 2010/11/25 17:11
- 研究
番組ランキング
3 users
togotv.dbcls.jp

番組ランキング今よく見られている注目の番組や、これまで人気の番組を探したい！昨日の再生数ランキング順位変動番組名再生数累計再生数
- 暮らし
- 2013/03/27 08:47
- ranking
Togo picture gallery
3 users
togotv.dbcls.jp

テキスト検索絞り込み検索フィルターをクリアタグ生物分類作者形式 Togo picture gallery 選択該当なし
- 学び
- 2017/08/10 13:15
- 素材
GSEA softwareの使い方基本編
3 users
togotv.dbcls.jp

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) は、予め用意した遺伝子セットが異なる条件下でどう振舞うかを調べる手法です。これを利用し発現プロファイルを解釈することができます。詳しいアルゴリズムは、Gene Set Enrichment Analysis PNAS paper (pdf)を参照してください。GSEA softwareはBroad Instituteによって実装されたGSEAを行うソフトウェアです。今回は、GSEA softwareのGUI版の導入と簡単な解析を行い、GSEA softwareで何ができるかを示します。
- 暮らし
- 2010/07/26 17:07
RCSB PDBを使って立体構造の特集記事を読む
3 users
togotv.dbcls.jp

タンパク質の立体構造データベースであるRCSB PDB (Protein Data Bank)では、毎月一個の分子を取り上げた、 "Molecule of the Month" という特集記事がアップされています。今回は、"Molecule of the Month"の読み方や、過去記事の閲覧方法を解説します。また、PSI (Protein Structure Initiative) やその他の特集記事も紹介します。
- 世の中
- 2009/04/29 01:03
Cytoscapeを使いこなす～インストール・基本操作編～
3 users
togotv.dbcls.jp

Cytoscapeとは、生物学上のパスウェイや分子間相互作用ネットワークを可視化＆解析できるフリーソフトです。もともとは生物学的ネットワークのためにオブジェクト指向型言語Javaで書かれたソフトですが、もちろん生物以外を対象にすることもできます。手軽な操作でネットワークの画像を出力することができ、また解析をすることもできます。外部のデータベースから情報を取得したり、ネットワークに関する情報を統合することもできます。今回は、その導入方法と基本的な使い方について説明します。Cytoscapeの使い方の資料としてこちらの講習会で使われたPDFもあります。見どころダイジェスト 00:00 1. Cytoscape のダウンロードとインストール 01:20 2. ノードとエッジの追加・名前変更 03:35 3. ノードとエッジの設定変更 05:55 4. ネットワークのスタイル変更
- テクノロジー
- 2013/10/17 15:52
- tutorial
- data
- network
inMeXesを使い倒す統合TV(togotv)｜生命科学系DB・ツール使い倒し系チャンネル
3 users
togotv.dbcls.jp

YouTube版を視聴できない方はオリジナル版ファイル(mov形式)をダウンロードして、ご覧ください。今回の統合TVでは、DBCLSが提供する、文献中の英語表現を軽快に検索するサービスinMeXesを紹介します。 PubMed/MEDLINEに含まれる書誌情報のタイトルやアブストラクトに10回以上出現する2語以上から成る英語表現を入力のたびごとに即座に候補を検索します。結果はPubMed/MEDLINE中での出現頻度と共に表示され、ある動詞の後に続く適切な前置詞を検索したり、ある単語の前後にどういう語がくることが多いかなどを検索することができます。
- 暮らし
- 2015/12/21 22:05

次のページ

キーボードショートカット一覧

j次のブックマーク

k前のブックマーク

lあとで読む

eコメント一覧を開く

oページを開く

設定を変更しましたx