Anue és un topònim fosc del que ningú sap l'origen. Julio Caro Baroja deia que aquest topònim havia d'estar relacionat amb altres topònims bascos com Anoeta. Quan la Vall d'Anue es va convertir en municipi amb la reforma administrativa de 1842; el municipi va prendre originalment el nom d'Arizu, que era el del poble de la vall que exercia per aquell temps com capital. No obstant això en tots els censos posteriors el municipi figura sota el nom d'Anue.
