El seu nom oficial és Estella ("estel") en castellà i Lizarra ("terra de freixes") en èuscar. Antigament el poblat rebia el nom de Lizarra, fins a la creació de la ciutat en 1076. Sovint a la col·lecció diplomàtica del Monestir d'Iratxe apareixen referències a aquest poblat anomenat, segons els casos, Leizarrara, Lizarrara, Liçarrara, Lizarara, Liçarra i Lizarra. El topònim, inequívocament en llengua basca, en algunes ocasions s'ha interpretat com a ilizar, que vol dir "ciutat antiga" i, també, com a elizar, que vol dir "església antiga". No obstant això, sembla més probable l'etimologia lizar, que vol dir "freixe" en èuscar, per l'abundància d'aquest tipus d'arbre a les vores del riu Ega.
El nom d'Estella procedeix de stella (estel), i s'estableix en el moment de la fundació de la ciutat pel Rei de Navarra Sanxo Ramírez, com a punt d'atenció per al peregrí al seu pas pel tram navarrès del Camí de Sant Jaume (Campus Stellae). Hi ha diverses referències a la denominació de l'izarra, portada per habitants d'origen franc, i que pot també donar origen a aquest nom. Aquest terme "izar" o "izarra" en èuscar també es tradueix en català com a "estel". De fet, la presència d'un estel de vuit puntes en els monuments de la ciutat es remunta al seu estadi fundacional, punt que sembla fer testimoni d'aquesta etimologia. L'estel ha romàs fins a l'actualitat com a senyal distintiu de la ciutat.
Rocamador, San Pedro, San Miguel, San Juán, Remontival, Plaza de Toros y Yerri, Zaldu, El Puy, El Volante, Zalatambor, Lizarra, Navarrería, Calle Mayor, Valdelobos, Pza. Santiago, San Benito, Sector-B, Merkatondoa, San Cristóbal i Fuente de la Salud.
