Recibido: 09.09.2019 I Aceptado: 18.11.

2019

Palabras clave: Biología, epigenética, etileno,

plantas, RNA.

Los RNA largos

no-codificantes
y sus funciones en seres vivos
JESÚS NIETO HERNÁNDEZ
nieto.sandia@gmail.com
ESTUDIANTE DE LA MAESTRÍA EN CIENCIAS EN BIOPROCESOS, FACULTAD DE CIENCIAS
QUÍMICAS, UASLP
CATALINA ARENAS HUERTERO
FACULTAD DE CIENCIAS, UASLP

El descubrimiento de la doble hélice del ácido desoxirribonucleico

(DNA) —molécula que preserva la herencia— en 1953 por James
Watson, Francis Crick y Rosalind Franklin marcó la pauta para que en
las últimas décadas la molécula del ácido ribonucleico (RNA) causara
una revolución científica.

Esta revolución comenzó con los descubrimientos de los RNA de

mantenimiento como los ribosomales (rRNA) y los de transferencia
(tRNA), con funciones importantes en la traducción y la síntesis de
proteínas, respectivamente; así como los RNA mensajeros o codifi-
cantes (mRNA), que son moléculas que contienen la información para
la síntesis de proteínas, convirtiéndose estos últimos en los actores
principales para el flujo de la información genética, conocido como el
dogma central de la biología molecular (Rao, 2017) (figura 1).

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 El ímpetu científico continuó con el
descubrimiento de los RNA catalíti-
cos, evento que motivó la generación
de los postulados del origen del RNA:
“The Origins of the RNA Word” (figura
Replicación DNA Transcripción RNAm Traducción Proteína
1), así como sus respectivas críticas en
la hipótesis del mundo del RNA “RNA
World Hypothesis” (Rao, 2017). Esta
revolución tomó más fuerza en la era
de los análisis de secuenciación ma-
siva, en la década 2000, primero al Figura 1.
descubrirse que una ínfima porción Dogma Central de la
del genoma de los mamíferos codifica
Biología Molecular.
Fue establecido en
a genes —alrededor de 1.2 por ciento 1958; los recientes
codificaba mRNA— y segundo al evi- descubrimientos han RNA
denciar la capacidad de transcripción generado diferentes flujos, no-codificante
Dogma Central de la Biología Molecular (1958)
del genoma en más de 90 por ciento. tanto de información
Flujo de información (2019)
como de regulación.
Figura modificada de Rao (2017). Flujo de regulación hasta el 2019
Dado que existe esta evidencia en
donde, la mayor proporción de los
transcritos no codifica a proteínas, se
dio lugar a la discusión entre la comu- la expresión a nivel transcripcional (en cientemente sensibles para ser identifi-
nidad científica sobre la existencia del inglés, Transcriptional Gene Silencing, cadas. Recientemente, el desarrollo de
“lado oscuro del genoma” o la presen- TGS) —Proceso de síntesis de mRNA metodologías de secuenciación masiva
cia de “RNA basura” (Wilson, 2013). a partir de DNA— o postranscripcional de DNA y de DNA complementario (en
Con estos hallazgos logró determinar- (Postranscriptional Gene Silencing, inglés, complementary DNA, cDNA) han
se que el “exceso de las regiones que PTGS) —Proceso de regulación sufrido evidenciado la existencia de los lncRNA
se transcriben y que no codifican a después de la maduración del mRNA— (Rao, 2017).
las proteínas —excluyendo a los rRNA a los mRNA, dichos mecanismos se
y tRNA— corresponden a RNA no-co- mantienen a lo largo de la gran mayoría Los lncRNA , de manera controversial,
dificantes (ncRNA), es decir, el patrón de organismos eucariontes —son aque- pueden estar sujetos a la misma serie
y la cantidad de material génetico que llos que tienen su material hereditario de eventos de maduración que sólo
se expresa es gradualmente mayor a fundamental, DNA, encerrado dentro en habrían sido descritos para los mRNA ,
medida que aumenta la complejidad el interior de un compartimento de una como: 1) La adición de un nucleóti-
del organismo (Rao, 2017). doble membrana— (Jia et al., 2010). do invertido de guanosina metilada,
conocida como CAP; 2) Regiones ge-
A su vez, el grupo de moléculas RNA Por su parte, los IncRNA comprenden un nómicas que no codifican a genes,
se divide en: a) no-codificantes pe- grupo que históricamente no había sido conocidas como intrones que deben
queños y b) largos (Long Non-Coding descrito, debido a que una gran canti- ser removidas para madurar a mRNA s
RNA, lncRNA); los primeros —conocidos dad de ellos se expresan únicamente conocidas como splicing; 3) La adi-
como micro-RNA (en inglés, small inter- en ciertos momentos del desarrollo o ción de nucleótidos adenosinas en la
fering RNA, siRNA) y Piwi-interacting RNA en condiciones determinadas, mientras región final de los mRNA s conocido
(piRNA)— han sido estudiados amplia- que otros se encuentran en concentra- como poliadenilación, síntesis de CAP,
mente por su participación en la regu- ciones limitadas, lo que impidió que las splicing y poliadenilación), debido a
lación de la expresión de los genes, los estrategias anteriores de clonación y se- que la transcripción de la mayoría de-
cuales tienen la capacidad de regular cuenciación de genes no fueran lo sufi- pende de RNA polimerasa II —enzima

RNA LARGOS NO-CODIFICANTES ENERO 2020 243 UNIVERSITARIOS POTOSINOS 21

 IncRNA
intrónicos

Figura 2.
Localización de RNA
largos no-codificantes Hélice
en el genoma. Una de DNA
forma para clasificarlos
es mediante su
posición en el genoma,
encontrándose como IncRNA IncRNA
antisentido antisentido
intergénicos, intrónicos natural natural
y antisentido natural, Gen de IncRNA (inicio-inicio) (final-final)
respecto a un gen que IncRNA
codifique proteínas. Gen codificante intergénericos

eucariota que cataliza la transcripción el sexo, conocido como compensación

del DNA a precursores de RNA mensa- de la dosis génica, impronta génica o
jero y microRNA—. Pueden clasificarse splicing alternativo, el cual consiste en
de acuerdo con la posición que ocu- el proceso de diferentes formas de
pan en el genoma o por la función maduración de un mRNA para producir
que desempeñan en la célula, en caso diferentes proteínas, organización del
de que hayan sido caracterizados —es material genético dentro del núcleo
decir, que sus propiedades fueron me- y silenciamiento de genes, que or-
didas y probadas—, de manera que questan el reclutamiento de regiones
puedan originarse en cualquier lugar del cromosoma para la transcripción
del genoma, como transcritos en re- y regulación de genes determinados,
giones intronicas y de regiones entre conocido como chromosome looping
genes (en inglés, Long Intergenic RNA , (Wang y Chekanova, 2017) (figura 3).
IncRNA). También pueden estar asocia-
dos a regiones promotoras de genes Además, los lncRNA (participan en la
que codifican a proteínas, así como vía de silenciamiento por metilación
pueden encontrarse sobrelapados o del DNA mediada por RNA (RdDM), la
complementarios a las regiones de un cual consiste en la disminución de la
gen que codifica a una proteína a re- expresión de regiones de DNA , me-
giones de genes que codifican proteí- diante la adición de grupos metilo,
nas (Wang y Chekanova, 2017) (figura asistida por cadenas de RNA , en plan-
2). tas, entre otras funciones. Uno de los
lncRNA más estudiados en mamíferos
Por su parte, los lncRNA pueden cla- es Xist, el cual controla la inactivación
sificarse de acuerdo con su función, de uno de los cromosomas X (Xi); en
aunque cabe resaltar que aún no se las hembras, Xist estimula —a través
han descrito en su totalidad, así que del Xi— una serie de eventos de mo-
pueden funcionar como reguladores dificación de la cromatina —forma en
de la expresión de los genes; sin em- la que se presenta el DNA en el núcleo
bargo, algunos lncRNA caracterizados celular—, generando el silenciamiento
son moduladores principales en la ex- de la mayor parte del cromosoma. Los
presión de los genes de acuerdo con estudios que se han realizado hasta

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 Figura 3.
Función de RNA largos no-codificantes.
y Chekanova, 2017). HOTAIR está codi-
Remodelador de cromatina
ficado en la región intergénica de un
clúster —grupo— de genes HoxC, cuya
función es reclutar uno de los comple-
jos de proteínas altamente conservado,
conocido como Polycomb 2, que parti-
cipa en el silenciamiento de la cromati-
na mediada principalmente por la adi-
a) Como reclutador de
complejos remodeladores HOTAIR ción de tres grupos metilo trimetilación
de cromatina, en en la histona H3 en la posición de la
específico HOTAIR. Efecto en Trans Complejo PRC2 lisina 27, provocando el silenciamiento
Figura modificada de Wilson y Doudna (2013) .
Complejo LSD1 diferencial de los genes — proceso que
reduce los niveles de transcripción del
que se encuentran presentes en esa
región (Wang y Chekanova, 2017).

La correcta regulación de los lncRNA es

H3K4 H3K27 H3K27
esencial para un desarrollo adecuado
Desmet me3 me3
en los organismos; su desregulación
está relacionada con la aparición de
distintos tipos de cáncer, como los
UCA1 y MALAT1, asociados al cáncer
gástrico; AFAP1-ASI y ATB al de colon;
y los CAR10 y H19 al pulmonar, por dar

Silenciamiento
algunos ejemplos (Bhan, Soleimani y
b) Como organizador nuclear.
Mandal, 2017). Debido a estos repor-
El lncRNA interactúa con la
proteína reclutadora 1 (puede tes, numerosos lncRNA tienen grandes
ser CTCF) o su interacción con potenciales para servir como biomar-
la proteína reclutadora 2, lo que cadores de diagnóstico y pronóstico de
propicia un acercamiento entre una gran variedad de tipos de cáncer.
las proteínas reclutadoras 1 y 2.
Figura modificada de de Rao (2017) .
Asimismo, diversos grupos de inves-
RNA largo no-codificante tigación alrededor del mundo se han
Proteína reclutadora 1 dedicado al estudio del lncRNA Xist,
Proteína reclutadora 2 como una posible herramienta para el
tratamiento del síndrome de Down, ya
DNA
que se ha demostrado que la inserción
de Xist en células madre pluripotentes
inducidas —con capacidad de formar
el momento no han permitido cono- cual regula la expresión de genes HoxD todas las células del cuerpo— de los
cer el mecanismo exacto, debido a la —esta palabra es una contracción del pacientes, funcionan como un poten-
complejidad del proceso de regulación inglés homeobox—; de manera gene- cial silenciador del cromosoma 21 ex-
(Wang y Chekanova, 2017). ral, los genes homeóticos son los res- tra, lo que abre la puerta al desarrollo
ponsables de regular el desarrollo de de la terapia cromosómica —la inser-
Otro ejemplo es el lncRNA HOX Trans- estructuras anatómicas en un gran nú- ción de elementos funcionales ausen-
cript Antisense Intergenic (HOTAIR), el mero de organismos regulación (Wang tes en el genoma de un individuo—,

RNA LARGOS NO-CODIFICANTES ENERO 2020 243 UNIVERSITARIOS POTOSINOS 23

 como lo mencionan dichos estudios. asure 1 (HID1) y ELF18-Induced Long
Debido a estos antecedentes, la carac- Non-Coding RNA 1 (ELENA1), que tie-
terización y estudio de los lncRNA s tie- nen un papel importante en la regu-
nen gran potencial para el desarrollo de lación de la fotomorfogénesis —pro-
nuevas tecnologías para el diagnóstico ceso en el que el crecimiento de las
y tratamiento de diversas enfermeda- plantas responde a la luz— y respuesta
des; se estima que existen de 20 000 inmune, respectivamente. HID1 regu-
a 100 000 IncRNA en los mamíferos la de manera negativa a Phytochro-
(Wang y Chekanova, 2017). En plantas me-Interacting Factor 3 (PIF3) (Wang y
modelo como Arabidopsis thaliana (A. Chekanova, 2017), el cual es un factor
thaliana), se conoce el contenido de de transcripción represor de la foto-
su genoma, por lo que se han realiza- morfogénesis. Por su parte, ELENA1 es
do varios análisis de su contenido en un regulador positivo de la respuesta
genes y de regiones que se transcri- inmune de plantas, ya que promueve
ben, que han sugerido la existencia de la expresión del gen Pathogenesis-Re-
varias centenas de IncRNA (Rao, 2017). lated Gene 1 (PR1) (Wang y Cheka-
Sin embargo, varios grupos alrededor nova, 2017), cuya expresión se indu-
del mundo, entre los cuales se encon- ce en respuesta a una gran variedad
traba el grupo liderado por Nam Hai de patógenos.
Chua (de la Universidad de Rockefeller,
EUA) realizaron grandes esfuerzos para A pesar de que algunos lncRNA en
tratar de identificar todos los lncRNA plantas se han descrito como regula-
a lo largo del genoma de A. thaliana, dores del desarrollo y de la respues-
dando como resultado que este nú- ta al estrés biótico y abiótico, es de
mero de lncRNA haya ascendido a va- suma importancia profundizar en su
rios miles (Rao, 2017). caracterización, particularmente de los
que participan en los mecanismos que
Algunos lncRNA con funciones carac- las plantas desarrollan para contener
terizadas en plantas son Hidden Tre- el estrés por déficit hídrico —falta de

Figura 4.
Descripción del loci en
donde se encuentra el
lncRNA en estudio y su
contexto de expresión en
una condición de sequía.
Fuente: base de datos del National Center
for Biotechnology Information (NCBI, http://
chualab.rockefeller.edu/gbrowse2/homepage.
html, actualmente fuera de servicio).

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 agua—, dado que esta circunstancia mediante la relocalización de esta pro-
medioambiental es un estrés de gran teína entre los espacios celulares del
importancia que puede generar pérdi- citoplasma y el núcleo. Además, el
das importantes en plantas de interés equipo de investigadores mencionado JESÚS NIETO
agroeconómico para los humanos. analiza la participación de otro lncRNA HERNÁNDEZ
que interviene de manera positiva en Es licenciado en Biología por la
Uno de los objetivos de la investiga- la tolerancia al estrés por déficit hídri- Facultad de Ciencias de la UASLP.
ción sobre moléculas largas de ácido co, en procesos importantes como Actualmente cursa la Maestría
en Ciencias en Bioprocesos en la
ribonucleico que se realiza en el Labo- la germinación. Facultad de Ciencias Químicas de
ratorio de Metabolismo del RNA en la la UASLP y trabaja en el proyecto
Facultad de Ciencias de la Universidad La caracterización de la función de los “Caracterización de la función del
RNA intermedio no-codificante
Autónoma de San Luis Potosí, es escla- lncRNA puede contribuir al esclareci-
ImncEIN2 en la vía de percepción
recer su función reguladora respecto a miento de los diversos mecanismos del etileno”.
los genes que los rodean, en la posi- que desarrollan los organismos para
ción y orden que ocupa en su genoma controlar la expresión de genes y pre-
(sobre su loci), durante circunstancias servar las estrategias de sobrevivencia
de estrés por déficit hídrico, principal- en el ambiente. De manera general,
mente (figura 4). el campo de estudio de las molécu-
las largas de ácido ribonucleico abre
Hasta el momento, se ha observado una brecha al entendimiento de los
que el análisis en la planta modelo diversos mecanismos de la regulación
A. thaliana, perteneciente a la familia génica en los organismos. Este conoci-
Brassicaceae, es muy interesante para miento generado puede ser usado de
explorar y evaluar cambios fenotípi- manera biotecnológica, para favorecer
cos en la ausencia de la expresión de diferentes rutas de expresión génica y
lncRNA en estudio, dado que es una de conocimiento básico e invita a for-
planta genéticamente manipulable, mular nuevas preguntas sobre el uni-
de un ciclo de vida corto y de fácil verso de posibilidades de la regulación
mantenimiento. génica mediada por RNA .

Por lo anterior, la investigación que rea-

lizamos en el laboratorio del metabo-
lismo del RNA , liderado por la doctora
Catalina Arenas Huertero, nos ha lle- Referencias bibliográficas:
vado a determinar que varios lncRNA Bhan, A., Soleimani, M. y Mandal, S. S. (2017). Long Noncoding
RNA and Cancer: A New Paradigm. Cancer Research, 77, pp.
están implicados en diversos meca- 3965-3981. Recuperado de: https://cancerres.aacrjournals.
nismos que controlan el crecimiento y org/content/77/15/3965.full-text.pdf
Jia, H., Osak, M., Bogu, G. K., Stanton, L. W., Johnson, R. y Lipo-
diferenciación de la planta. vich, L. (2010). Genome-wide computational identification
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La hipótesis y los hallazgos molecula-
Rao, M. (ed) (2017). Long -Coding RNA Biology. Advances in
res revelan que los lncRNA podrían fun- Experimental Medicine and Biology, 1008, Singapore,S-
cionar como molécula de unión a una pringer.
Wang, H. V. y Chekanova, J. A. (2017). Long Noncoding RNAs in
proteína maestra que controla la vía de Plants. Advances in Experimental Medicine and Biology, 1008,
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—responsable del estrés en las plan- Wilson, R. C. y Doudna, J. A. (2013). Molecular mechanisms of RNA
tas y de la maduración de los frutos—, interference. Annual Review of Biophysics, 42, pp. 217-239.

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