VI.

Piruvato deshidrogenasa

En los organismos aeróbicos el producto final de la glucólisis, el piruvato, es

finalmente degradado hasta CO2 y H2O. En las bacterias y las arkeas esto ocurre en el
mismo compartimento celular, mientras que en los eucariotes, el piruvato debe entrar en
la mitocondria para terminar de ser procesado.
La primer etapa en la degradación del piruvato implica su descarboxilación
oxidativa para rendir acetil-CoA, CO2 y un par de electrones transportados como
NADH. Esta reacción se lleva a cabo dentro del complejo multienzimático de la
Piruvato deshidrogenasa. Esta multi-enzima, cuyo mecanismo de reacción se muestra
más abajo, está formada por tres tipos diferentes de enzimas. La primera (E1) es la
piruvato descarboxilasa, que contiene al pirofosfato de tiamina (TPP) como cofactor.
CH3
C O
CH3
HS CoA S
CoA-SH C
HS O
NAD+ HS S
NADH

O
E3-FAD
C O C O
+ O
E1-B : C
E1-B : OH O E -FADH O NH C
E1-B-H 3 2
H
C CH3 CH3 C C NH
C H+
N R1
+
S + C O
S N R1
N R1
+
S
R2 CH E2 E2
3 R2 CH3 R2 E2
CH3 E2

NH
C NH
CO2 O C
O
S S

OH OH H O

CH 3 C CH3 C- + CH3 C S SH
C H
C
.. R1 + R1 S C N+ R1

S N S N

R2 CH3 R2 R2 CH3
CH3

Al comienzo de este proceso el piruvato reacciona con el TPP generando el

derivado hidroxietil-TPP que se encuentra estabilizado por resonancia. La segunda
enzima (E2), la dihidrolipoil-transacetilasa, contiene una molécula de ácido lipoico
unida por un enlace amida a un resto lisina de la enzima. Esto genera un gran brazo
movil que puede interactuar con los tres sitios activos alternativamente. Primero el ácido
lipoico que contiene un enlace disulfuro se reduce a ditiol, produciendo la oxidación del
derivado hidroxietil-TPP a acetil- TPP. Después, el ácido dihidrolipoico captura el grupo
acetilo, liberando al TPP unido a E1 que puede iniciar otro ciclo catalítico. E2, es capáz
de transferir el grupo acetilo desde el dihidrolipoico hasta la Coenzima A, liberando
acetil-CoA y el cofactor reducido. La oxidación del cofactor dihidrolipoico con la
 recuperación del enlace disulfuro, requiere la intervención de la tercer enzima (E3) que
contiene una molécula de FAD íntimamente unida. Esta enzima, la dihidrolipoil-
deshidrogenasa, captura los electrones y protones del cofactor dihidrolipoico y los
transfiere finalmente a una molécula de NAD+ para generar NADH y el cofactor de E2
en estado oxidado.

VII. Ciclo de Krebs

Las cuatro primeras reacciones del ciclo involucran un intermediario fuertemente

unido a la correspondiente enzima. Los tres primeros intermediarios están señalados en
la figura entre corchetes.
El ciclo de Krebs comienza con la reacción de condensación aldólica entre el
oxalacetato y el acetil-CoA.
En esta reacción el carbono metílico del acetil-CoA produce un ataque nucleofílico
sobre el átomo de carbono carbonílico (C2) del oxalacetato, produciendo que uno de los
enlaces de este carbono con oxígeno se desplace, generando un oxhidrilo. Este tipo de
reacciones de condensación son difíciles de realizar y normalmente van acopladas a
un proceso que libere energía. En

O O C O
O S O C O C O
O H 2O HO
Acetil-CoA C S CoA C CoA SH

CH2 O CoA 2
CH2 O
CH3 CH2 O CH2 O
HO C C HO C C C C HC C
O O
C CH2 O CH O O
H2O CH2 O HO CH
CO C C C NAD+
C
O O O O O O
CH2 O O
C NADH
O + H+
O Citril-CoA Citrato Cis-Aconitato Isocitrato
Oxalacetato
NADH
Citrato-Sintasa Aconitasa
O O
+ H+ NAD+ C
Malato- CH2 O
deshidrogenasa Isocitrato- HC C
deshidrogenasa O C O
O O
C
C
HC OH O O

CH2
Succinato- Oxalosuccinato
C
O
deshidrogenasa Succinil-CoA -Cetoglutarato-
O
Malato tiokinasa deshidrogenasa O O
Fumarasa O C
O O
O C O C C O CH2
CH2 CH CO
2
CH CH 2
HO CH2 CH2 O C 2
2 CH C C CoA SH
E-FAD SH NAD CoA C
C O O ATP ADP CoA O S NAD O O
E-FADH2 O + Pi
+
CO
H
+ H+
O 2
Succinato Succinil-CoA
Fumarato -Cetoglutarato
Q QH2

este caso el proceso es la hidrólisis del enlace C-S de un tioéster en el intermediario

citril-CoA. El producto de esta reacción, el citrato, es un ácido tricarboxílico ramificado
y simétrico con respecto a dos de los sustituyentes del
C3. Uno de esos dos sustituyentes contiene el grupo carboximetilo proveniente del
acetilo del acetil-CoA. En la etapa siguiente se produce una isomerización para convertir
al citrato en isocitrato. A primera vista parecería que los dos átomos de C hacia donde
puede migrar el oxidrilo (el C2 o el C4) son equivalentes. Sin embargo, la enzima que
cataliza la reacción de isomerización (aconitasa) es capaz de reconocer los dos grupos
diferentes. Para que esto suceda es necesario que el sitio activo de la enzima posea la
asimetría que el sustrato no posee. El mecanismo de esta reacción es simplemente una
deshidratación seguida de un hidratación. Los átomos que se pierden en la
deshidratación del citrato son el oxidrilo unido al C3 y un proton del metileno del
carbono que está en posición C4 en el dibujo. Este carbono correspondía al C metilénico
(C3) de la molécula del oxalacetato. La rehidratación puede suceder en la misma
posición mencionada, regenerando el citrato, o a la inversa (el proton sobre el C3 y el
oxidrilo sobre el C4), produciendo el isocitrato. El producto de esta reacción es un ácido
orgánico que tiene un oxidrilo unido a un carbono  con respecto a un grupo carboxilo.
Esta estrategia de generar un - hidroxiácido es muy común en el metabolismo debido a
que estos pueden ser oxidados muy fácilmente a -cetoácidos y estos transaminados a
- aminoácidos. El cis-aconitato, intermediario de esta reacción, muy rara vez abandona
el sitio activo de la enzima.
La siguiente reacción, catalizada por la isocitrato deshidrogenasa, involucra dos
etapas, la primera de oxidación y la segunda de descarboxilación de la molécula de
isocitrato. El producto de la primer etapa es un ácido tricarboxílico muy inestable, el
oxalosuccinato, que se descarboxila rápidamente para producir un ácido dicarboxílico
de 5 C, el -cetoglutarato y CO2. La descarboxilación se produce sobre el átomo de C
carboxílico unido al carbono ternario (C3) del isocitrato.
La siguiente reacción involucra la descarboxilación y la oxidación de un -
cetoácido, el -cetoglutarato. Esta reacción es totalmente análoga a la reacción de la
piruvato deshidrogenasa, y la enzima -cetoglutarato deshidrogenasa posee el mismo
tipo de actividades enzimáticas y cofactores que ella.
Por lo mismo, los sustratos de esta reacción son el -cetoácido, el NAD+ y la
coenzima A, mientras que los productos serán NADH, CO 2 y el succinil-CoA. Este
último es el acil derivado de la CoA con el resto de los carbonos del - cetoácido
utilizado como sustrato. Análogamente al caso anterior, el átomo de C que lleva el
grupo ceto del -cetoácido es oxidado y termina involucrado en un enlace tioéster con la
CoA.
Al finalizar esta reacción ya se han eliminado dos moléculas de CO 2 por cada
acetil-CoA procesado. Sin embargo, los carbonos que se eliminan como CO2 no son los
mismos que se incorporaron al ciclo como acetil-CoA (ver en la figura las conversiones
que sufren los C de color, verde por carboxilato y morado por metilo, del acetil-CoA).
Además, sólo aproximadamente la mitad de la energía que se incorporó en la molécula
de acetil-CoA se ha logrado extraer hasta el momento. Las siguientes etapas, involucran
la conversión del succinil- CoA en oxalacetato, para regenerar el primer compuesto del
ciclo, y la recuperación del resto de la energía aportada por el acetil-CoA.
 El enlaces tioéster del Succinil-CoA, como todos los tioesteres de ácidos
orgánicos, es un enlace de alta energía. Esta energía es utilizada, en la célula para
acoplar la reacción de eliminación del tioéster con la síntesis de ATP (o GTP en
mamíferos). La reacción involucra el intercambio de la Coenzima A por fosfato
inorgánico en el carboxilo del ácido, produciendo un acil-fosfato en el sitio activo de la
enzima succinil-CoA-tiokinasa. Este fosfato es generalmente transferido a un
aminoácido del sitio activo de la enzima y luego al ADP para sintetizar ATP. Este
proceso de síntesis de ATP es de fosforilación a nivel de sustrato para diferenciarlo de la
fosforilación oxidativa que se produce en la membrana de la mitocondria o de la bacteria
acoplada a la transferencia de electrones al O2 (u otro aceptor final) en la cadena de
transporte. De esta manera la reacción de hidrólisis del succinil-CoA se encuentra
acoplada a la síntesis de ATP.
El producto de la reacción anterior, el succinato, es un ácido dicarboxílico de
cuatro carbonos con el resto de sus carbonos en el mayor estado posible de
hidrogenación (o de reducción). En las reacciones siguientes se debe convertir uno de
los metilenos del succinato en un carbonilo del oxalacetato. Este tipo de reacciones de
oxidación ocurren en otras rutas metabólicas y todas ellas se realizan en varias etapas
que siguen un patrón común de diseño metabólico. El grupo que termina oxidándose a
carbonilo es, en general, un oxidrilo. La molécula que aporta el átomo de oxígeno
necesario para estas oxidaciones, no es el oxígeno molecular sino más bien, es la
molécula de H2O. Además, es relativamente sencillo incorporar una molécula de H2O a
una molécula orgánica por hidratación de un doble enlace como ya hemos visto que
ocurre en el caso de la aconitasa, o en el mecanismo de acción de la mayoría de las
isomerasas.
Por todo ello, la primer etapa consiste en la generación de un doble enlace entre
los dos metilenos del succinato, mediante una reacción de deshidrogenación. Este tipo
de reacciones requieren de un oxidante fuerte para su realización, por lo que en esta
etapa no se utiliza el NAD + 1como coenzima. De hecho, la enzima que cataliza esta
reacción, la succinato deshidrogenasa, está firmemente unida al grupo prostético
FADH2, que finalmente transfiere los electrones a la coenzima Q para rendir QH 2 2. Esta
enzima es un componente integral de la membrana (de la mitocondria en los eucariotes o
de la plasmática en otros microorganismos) que se encuentra intimamente asociada con
otros componentes de la cadena de transporte como veremos en el próximo teórico.
El fumarato, producto deshidrogenado de la succinato deshidrogenasa, es
hidratado por acción de la enzima fumarasa para rendir L-malato, el cual a su vez es
oxidado por la malato deshidrogenasa para obtener el oxalacetato. En

1
Tener en cuenta que si el NADH es un reductor más poderoso que el FADH2, el NAD+ deberá ser un
oxidante más debil que el FAD.
2
En muchos libros de texto se encontrarán con que el producto final de la succinato deshidrogenasa es el
FADH2, sin embargo, esta coenzima jamás se libera del sitio activo de la enzima y, para que la enzima
vuelva a su estado original y que pueda actuar en otra reacción de deshidrogenación, el FADH2 debe ser
reoxidado a FAD por la coenzima Q. Esta se convierte en QH2 que si se libera de la enzima. Tanto Q
como QH2 son formas de la coenzima Q solubles en la membrana donde está insertada la succinato
deshidrogenasa y pueden transferir su poder reductor a otros aceptores, no nesesariamente relacionados.
De esta manera, en la membrana plasmática, la coenzima Q cumple funciones análogas a las del NADH
en solución. Nosotros consideraremos a la coenzima Q como uno de los productos finales de esta
reacción, lo que para los cálculos estequiométricos es totalmente equivalente a la consideración del FAD
antes mencionada.
esta última reacción la coenzima interviniente es el NAD+, por lo que se obtiene otro
NADH.
Los intermediarios del ciclo de Krebs pueden ser utilizados como precursores de
otras sustancias. Por ejemplo, el oxalacetato es el precursor de la síntesis de glúcidos y
de los aminoácidos de la familia del aspartato, el - cetoglutarato lo es de los
aminoácidos de la familia del glutamato y el succinil- CoA es el precursor del hemo y
sus derivados.
En resumen, por cada vuelta del ciclo se han utilizado un acetilo del acetil- CoA, y
se han liberado 2 CO2, 3 NADH, 1 QH2 y se ha sintetizado una molécula de ATP (o
GTP) por fosforilación a nivel de sustrato. Las coenzimas reducidas serán canalizadas
más adelante por la cadena de transporte de electrones hasta un aceptor final. En los
organismos aeróbicos reducirán el O2 a H2O.

VIII. Ciclo del glioxilato

A pesar de que a partir del oxalacetato se puede obtener glucosa, y que mediante el
funcionamiento del ciclo los carbonos del acetil-CoA quedan incorporados en la
molécula de oxalacetato, no es posible realizar la síntesis neta de esta molécula a partir
de acetil-CoA. Esto se debe a que cada dos carbonos que se incorporan en el ciclo como
acetil-CoA, otros dos se pierden en forma de CO2 antes de su conversión en oxalacetato.
Por lo mismo, si quitamos una molécula de oxalacetato para canalizarla hacia la síntesis
de glúcidos, estaremos eliminando moléculas capaces de realizar el ciclo de Krebs, o
visto de una forma más intuitiva, disminuiremos el número total de ciclos que están en
funcionamiento en un momento dado en la célula. En cambio, si es posible realizar la
síntesis neta de oxalacetato (y por consiguiente de glucosa) si agregamos alguno de los
intermediarios del ciclo, como sucede con las reacciones de recomposición del ciclo a
partir de aminoácidos.
Los ácidos grasos forman la reserva energética más abundante para muchos
organismos y, en su degradación, rinden prácticamente en forma cuantitativa acetil-
CoA. Por lo mismo, aunque puede extraerse mucha energía de ellos mediante la
descarboxilación del acetil-CoA, es imposible para la mayoría de los organismos utilizar
los ácidos grasos para obtener azúcares.
Sin embargo, las plantas y algunos microorganismos si tienen esa capacidad. Para
ello, utilizan una serie de reacciones muy similar a las del ciclo de Krebs en las que se
rodean las reacciones de descarboxilación y por medio de las cuales se produce la
síntesis neta de un intermediario de ese ciclo. Estas reacciones tienen un único
intermediario diferente al ciclo de Krebs, el compuesto de dos carbonos denominado
ácido glioxílico, que es el que le da el nombre al ciclo que se muestra en la figura.
En esta ruta el isocitrato es procesado por una enzima que cataliza su escición en
una molécula de cuatro C (el succinato) y en otra de dos C (el glioxilato). Esta escición
es una reacción de condensación/ruptura aldólica del mismo tipo de la de la citrato
sintasa y en ambas intervienen (o se producen) una molécula de cuatro y otra de dos
carbonos. Sin embargo, el enlace que se rompe en esta reacción es diferente al que
se había formado por la citrato
 sintasa. Estos dos enlaces (el formado por la citrato sintasa y el desarmado en la
isocitrato liasa) son los únicos que pueden utilizarse en este tipo de ácidos
tricarboxílicos ramificados en el C3, para generar un compuesto C4 más uno C2.

El glioxilato se condensa con el acetil CoA, para dar malato. La reacción,

O S O C O O C O
O O C O
Acetil-CoA C S CoA C CoA SH H2O HO

CH2 CoA 2
CH3 O CH2 O CH2 O CH2 O
HO C C HO C C C C O
O O
C CH2 O H2O C CH O H
HC C O
CH
C O C O O
CH C
CH2 O C
O O O O
O
C Citril-CoA Citrato Cis-Aconitato Isocitrato
O O
Aconitasa
Oxalacetato Citrato-Sintasa
O O
NADH C
Glioxilato
+ H+ NAD+
Malato- C Isocitrato
deshidrogenasa O O H O
Liasa
C H
O HC OH CH2
H2O
O CoA SH
C
CoA
CH2
C
Malato Sintasa CoA
S
C
HC OH O
O O
CH2 Malato Sintasa S O Acetil-CoA C
CH
C
Malil-CoA Succinato-
2

O O O CH2
O C deshidrogenasa C
Malato
CH O
Fumarasa CH O
E-FAD
C E-FADH2 Succinato
O O
HO
2 Fumarato
Q QH2

catalizada por la malato sintasa, tiene el mismo mecanismo de reacción que la de la

citrato sintasa produciendo un intermediario de acil-CoA unido a la enzima. La
reacción neta puede ser calculada considerando las siguientes hemi-rreacciones:

1. oxalacetato + Acetil-CoA + H2O  isocitrato + CoA-SH

2. isocitrato  glioxilato + succinato
3. succinato + Q + H2O  malato + QH2
4. glioxilato + Acetil-CoA + H2O  malato + CoA-SH
5. malato + NAD+  oxalacetato + NADH + H+

Como se producen dos moléculas de malato (reacciones 3 y 4) la reacción 5 debe

ser multiplicada por dos. Por ello, sin considerar las coenzimas, si partimos de una
molécula de oxalacetato al finalizar una vuelta al
 ciclo, haremos reaccionar dos moléculas de acetil-CoA y obtendremos dos moléculas de
oxalacetato como productos finales. Simplificando, a partir de dos acetil-CoA se
obtendrá 1 molécula de oxalacetato en lugar de 4 CO2 que es el producto del ciclo de
Krebs.

La reacción global en cada caso y puestas en igualdad de condiciones,

será:

Krebs
2 acetil-CoA + 6NAD+ + 2Q + 2ADP + 2Pi + 4H2O  4CO2 + 6NADH + 6H+ + 2QH2 + 2ATP + 2CoA-SH

Glioxilato
2 acetil-CoA + 2 NAD+ + Q + 3 H2O  oxalacetato + 2 NADH + 2 H+ + QH2 + CoA-SH

El oxalacetato generado por el ciclo del glioxilato en forma neta, puede ser
utilizado como precursor de glúcidos. Las semillas de las plantas, ricas en reservas de
ácidos grasos, tienen la capacidad, durante la germinación, de realizar esta conversión,
para lo que poseen las enzimas necesarias en una organela especial, el glioxisoma. Este
mecanismo no existe en la planta adulta.