Ejercicio Genbank

Principios de Sistemática PUCE, 2022
INTRODUCCIÓN A GENBANK
PAUP--ocupa el criterio de parsimonia, comandos con ; gap=-; Matrix
Genbank es una base de datos de secuencias genéticas que está a cargo del Instituto de
Salud Nacional de los Estados Unidos (NIH por sus siglas en inglés). Esta base de datos
está activa desde el año 1982, y en la actualidad cuenta con casi 240 millones de
secuencias obtenidas por "métodos tradicionales", y más de 2.000 millones de
secuencias obtenidas a partir de secuenciamiento de genomas.
El objetivo de este trabajo es familiarizarse con el uso de GenBank, para lo cual

usaremos la base de datos de nucleótidos.
1) Abre la página de la base de datos de nucleótidos de GenBank:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/
y en el buscador se ocupa NUCLEOTIDE , tiene un número vaucher y el nombre de

gen, partial cds (abreviación de codones) mitocondrial
2) Familiarízate con el uso de esta base de datos a través del enlace "Quick Start Guide".
3) Completa la siguiente tabla con información obtenida de GenBank.
#Acceso Género y Voucher Nombre del Número de

Genbank especie gen nucleótidos
JQ821805 Phyllodactylus QCAZ: 10381 Braind-derived 617
kofordi neurotropic
factor
DQ158391 Rhinella cf. QCAZ: 11597 Recombination 790
margaritifera activating
protein 1
(RAG-1)
HQ731486 Akodon mollis QCAZ: 11271 Cytocromo b 801
JF786602 Stygnomma MCZ 28S ribosomal 2004

teapense DNA104849 RNA
AY300153 Hynobius Herp 231117 Citrocromo b 752
yiwuensis
4) Baja las 5 secuencias de la tabla a tu computador en formato FASTA. Ábrelas en un

programa de texto como TextEdit, cópialas y pégalas a continuación.
Phyllodactylus kofordi
>JQ821805.1 Phyllodactylus kofordi voucher QCAZ:10381 brain-derived
neurotrophic factor (BDNF) gene, partial cds
CTGCCCCAATGAAAGAAGTGAGTATCAGAGGACAAGGCAGCTTGGCTTATCCTGGTCTTCGGACACAGGG
AACCCTGGAGAACCTCGGTGGGCCCAATGATGCCTCAAGAGGATTGACGTCTTTGGCAGACACTTTTGAA
CATGTCATAGAGGAGCTCTTGGACGAGCAGCAGGACATCCAGCCCAACAAGGAGAATAAAGATGCAGACT
TGTACTCATCTCGGGTTATGCTTAGCAGTCAAGTGCCTTTGGAGCCTCCACTGCTCTTTCTGCTTGAGGA
GTATAAAAACTACTTGGATGCTGCAAACATGTCCATGAGGGTTCGGCGTCACTCTGATCCTGCTCGCCGT
GGGGAGCTGAGTGTGTGTGACAGTACTAGTGAGTGGGTAACGGCGGCTGAAAAAAAGACTGCCGTGGACA
TGTCGGGGGCAACAGTTACAGTTCTGGAAAAAGTCCCAGTACCCAAAGGCCAACTGAAGCAATATTTTTA
TGAGACCAAATGCAACTCCAAGGGTTACACAAAAGAAGGCTGCAGGGGCATAGACAAGAGGTACTGGAAT
TCCCAGTGCCGAACTACCCAGTCTTACGTGCGAGCTCTCACTATGGATAACAAAAAG
Rhinella cf. margaritifera
>DQ158391.1 Rhinella cf. margaritifera QCAZ 11597 recombination activating
protein 1 (RAG-1) gene, partial cds
TTACCATCCATTCGAATGGAAGCCACCATTGAAGAATGTGTCCACCAGTACAGATGTTGGCATCATTGAT
GGCCTATCAGGGCTAAATCGATCCATTGATGAATATCCTGTTGACACGATCTCCAGAAGGTTTAGATATG
ATGCTGCTCTGGTTTCAGCTTTGAAAGATTTGGAAGAAAATATCCTCGAAGGTTTGAAATCCAAAGACCT
AGAGGAATACCTTTCTGGTCCATTTACTGTTGTGATTAAAGAATCATGTGATGGTATGGGAGATGTAAGT
GAGAAGCATGGCTGTGGACCTGCAGTACCAGAGAAGGCTGTCCGCTTCTCCTTCACCATCATGAACATAA
GTGTTACCAACAGCAAAAATGGATCTGTTAGAATTTTTGAGGAGGCTAAACCCAATTCTGAACTTTGTTG
CAAACCGGTGTGCTTAATGCTTGCTGATGAATCAGATCACGAAACTCTGACTGCCATCCTGGGTCCTCTG
ATAGCCGAAAGAGAATCCATGAAATGCAGTGATCTCCTCTTGGAAATTGGAGGGATACGTAGAAGCTTTA
AGTTTATCTTCCGGGGTACAGGTTACGATGAGAAGTTGGTGCGTGAAGTTGAAGGACTTGAAGCCTCAGG
TTCTGTCTATATTTGTACTCTTTGTGATGCCACCCGTCTAGAAGCTTCTCAGAACTTGGTTTTCCATTCC
ATTACCAGAAGCCACAGTGAGAACTTGCAACGCTATGAAACATGGAGAGCTAATCCCTACCATGAATCTG
TTGACGACCTTCGTGACAGA
Akodon mollis
>HQ731486.1 Akodon mollis voucher QCAZ 11271 cytochrome b gene, partial cds;
mitochondrial
ATGAAAATTTTACGGAAAAATCACCCACTACTTAAAATTGTTAATCACTCATTTATTGACCTACCAACTC
CATCCAACATCTCATCTTGATGGAACTTTGGGTCACTGCTTGGTCTATGCCTAATAATCCAAATTCTGAC
CGGCCTGTTCCTAGCTATACACTACACATCAGACACAACCACAGCATTCTCTTCAGTAGCCCACATTTGC
CGAGATGTAAACTACGGATGATTAATCCGCTATCTACACGCTAACGGAGCTTCCATATTCTTTATCTGCC
TTTTCATCCACGTAGGCCGAGGAATCTACTACGGCTCCTACGTCCTCTCAGAAACCTGAAACATCGGTAT
CATCCTATTCCTTACAACTATAGCAACGGCATTCGTAGGATATGTGCTACCATGAGGACAAATATCTTTC
TGAGGGGCTACTGTAATCACAAATCTCCTTTCAGCAATTCCCTACATCGGAAACACCCTTGTGGAATGAA
TTTGAGGAGGCTTCTCAGTTGATAAAGCCACCCTAACCCGCTTTTTCGCCTTCCATTTTATCCTACCCTT
TATCATCACAGCCCTCGCCTTAGTCCACCTATTATTCCTCCACGAGACAGGATCCAATAACCCATCAGGC
TTAAACTCAGACTCCGACAAAATCCCATTCCACCCCTACTACACAATCAAAGACCTCCTGGGCATCTTTC
TCCTATTATTAGCTCTCATAATTTTAGCCTTATTTTTCCCAGATGTCCTCGGAGACCCAGACAATTTTAC
CCCAGCAAACCCTCTCAACACCCCAGCACAC
Stygnomma teapense
>JF786602.1 Stygnomma teapense voucher MCZ DNA104849 28S ribosomal RNA gene,
partial sequence
CCGGTTTGCTCGATTGAAGCCTGGACGTTCTCGGATGCGAGTGCCCAGTGGGCCACTTTTGGTAAGCAGA
ACTGGCGCTGTGGGATGAACCAAACGACGGGTTAAGGGGCCCGATGCAGGACGCTCATGAGAACCCATGA
AAGGTGTTGGTTGCTATAGACAGCAGGACGGTGGCCATGGAAGTCGGAATCCGCTAAGGAGTGTGTAACA
ACTCACCTGCCGAAGCAACTAGCCCTGAAAATGGATGGCGCTTCAGCGTCGACCCCATACCCGTCCGCCT
CGGCGGAGATGCGATCGCATTATGCCGAGGTGAGTAGGAGGGCGCGGGGGCGCGCGTGGAAGGTGCCGGG
CGTAAGCCCGCCTGGAGCCGCCCCCGGTGCAGATCTTGGTGGTAGTAGCAAATACTCAAGTGAGAACCTT
GAGGACTGAGGTGGAGAAGGGTTCCATGTGAACAGCAGTTGAACATGGGTCAGTCGGTCCTAAGGAATGT
CCGAAAGGATTTCCGAAGGGGAGACCTTATCTCACTGGTCTCCCCCATGACCGAAAGGGAATCGGGTTAA
TATTCCCGAACCCGCACACGGAGATCGGTCCCCTCGGGGACACGTGCGGTAACGCAAACGACCTCGGAGA
CGTCGTCGGGGGTCCCGGGAAGAGTTGTCTTTTCTTTGTAAGGGTTCGGCTCCCTGGAATCGGCTCGCCC
GGAGATAGGGATGCTGAACCCGTAAAGCACCGCGCCTCTTGTGGTGTCCGGAGCGCTCCCGACGGCCCTT
GAAAATCCGAGCGAGAGTTGGTGATTTTCGTGGCGGCCCGTACCCATATCCGCAGCAGGTCGAAGGCAGG
GTGCTCCGGGCTGTTTTCGGAAGCGGGTCCGTTGCTGATTTCGGACTGGGCGAAGCCGCTCTGCGGGTGA
GCCCGGACCGGCGTCGGTGACTTCCCGTGGAAGGCTACAGCTGCGCGGCGCGCCGGGTTCCGCTCGGCGC
GACCGTTTCGGGGCACAGTTAACTGCCGATTCAGAACTGGCACGGACCAAGGGAATCCGACTGTCTAATT
AAAACAAAGCATTGCGATGGCCGTTGATCGGTGATGACGCAATGTGATTTCTGCCCAGTGCTCTGAATGT
CAAAGTGAAGAAATTCAATCAAGCGCGGGTAAACGGCGGGAGTAACTATGACTCTCTTAAGGTAGCCAAA
TGCCTCGTCATCTAATTAGTGACGCGCATGAATGGATTAACGAGATTCCCACTGTCCCTATCTACTATCT
AGCGAAACCACAGCCAAGGGAACGGGCTTGGCAAAATCAGCGGGGAAAGAAGACCCTGTTGAGCTTGACT
CTAGTCTGACTCTGTGAAGAGACATGAGAGGTGTAGCATAAGTGGGAGGTCGCTTGCGGCCGCCGGTGAA
ATACCACTACTTTCATCGTTTCTTTACTGACTCGGTGAAGCGGAGAGCGATCCCTAGGGATCATTGTTCT
AGCCCTAAGCGCGTTCCCTAGTCGGAACGCGCGATCCGCTCCGAGGACAGATCTGTCAAAAGGTAACGCA
GGTGTCCTAAGGCGAGCTCAGCGAGGACAGAAACCTCGCGTAGAGTAAAAGGGCAAAAGCTGGCTTGATC
TTGGTTTTCAGTACGAACACGGACCGCGAAAGCGGGGCCTATCGATCCTTTTGACTTTAAGAGTTTTAAG
CAAGAGGTGTCAGAAAAGTTACCACAGGGATAACTGGCTTGTGGCGGCCAAGCGTTCATAGCGACGTCGC
TTTTTGATCCTTCGATGTCGGCTCTTCCTATCATTGCGAAGCAGAATTCGCCAAGCGTTGGATTGTTCAC
CCACTAATAGGGAACGTGAGCTGGGTTTAGACCGTCGTGAGACAGGTTAGTTTTACCCTACTGATGACCG
AGTCGTTGCGACAGTAATCCTGCTCAGTACGAGAGGAACCGCAGGTTCGGACATTTGGTACATGTGCTTG
GCCGAGCGGCCAGTGGTGCGAAGCTACCATCCGCGGGATTATGA
Hyonobius yiwuensis
>AY300153.1 Hynobius yiwuensis MVZ Herp 231117 cytochrome b gene, partial cds;
mitochondrial gene for mitochondrial product
TCATTTGTAGACCTCCCAACCCCCTCCAACCTCTCATCGTTATGAAACTTTGGCTCTCTCTTAGGAATTT
GCCTAATTGCACAAATTATTACAGGATTATTTTTAGCTATACATTATACAGCCGACACATCGTCAGCTTT
CTCCTCCGTAGCACATATCTGCCGAGATGTAAATTACGGCTGACTAATACGTAATATTCACGCCAATGGG
GCATCATTCTTTTTTATTTGTATTTATATACACATCGGACGAGGACTCTACTACGGCTCATATATATATA
AAGAGACTTGAAATATTGGCGTAATCCTCCTATTCCTAGTAATAGCAACTGCCTTTGTTGGGTATGTCCT
CCCATGGGGACAAATATCCTTCTGAGGAGCCACTGTCATCACTAATTTACTTTCAGCAGTTCCATATATG
GGAGACTCACTTGTTCAATGAATTTGAGGCGGATTCTCTGTAGATAAAGCCACACTCACTCGATTTTTTG
CATTCCACTTCTTATTTCCATTTCTAATTGCAGGAGCAAGCATCATTCACCTTCTGTTTCTTCATGAGAC
AGGCTCAAACAATCCAACAGGAATTTTATCTAACATAGATAAAGTCCCATTTCACCCCTATTTTTCTTAT
AAAGATGCCTTAGGATTTTTAATTATATTAACTATACTCTTCACTCTATCACTACTTTCCCCTAATCTAC
TAGGTGATCCGGATAACTTCACCCCAGCCAACCCACTAGTTACACCCCCTCA

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y en el buscador se ocupa NUCLEOTIDE , tiene un número vaucher y el nombre de

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#Acceso Género y Voucher Nombre del Número de

JF786602 Stygnomma MCZ 28S ribosomal 2004

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