Vázquez Alejandra P9

PRÁCTICA 9: BASES DE DATOS Y BLAST.
Alejandra Vázquez Ortiz.

1ºLAB CB.
06/03/2024.
1
Práctica de Bases de datos y BLAST
Actividad 1. Conceptos previos
Comienza leyendo el apartado 9.7.1 Bases de datos de secuencias del libro de Biología
Molecular y Citogenética, a continuación contesta a las siguientes preguntas:
a) ¿Qué es la GenBank?
Es una base de datos de secuencias nucleotídicas de los Institutos Nacionales de Salud de

Estados Unidos (NHI, NATIONAL INSTITUTES OF HEALTH).
b) ¿Cuál es la base de datos EMBL?
Es una base de datos de secuencias nucleotídicas del Laboratorio Europeo de Biología

Molecular (EMBL, European Molecular Biology Laboratory).
c) ¿Cuál de las dos es más utilizada? ¿Posee algún coste?
Es más utilizada GenBank y no supone ningún coste, su acceso es gratuito.
Actividad 2. Bases de Datos GenBank
Entra en el siguiente enlace y visualiza el siguiente vídeo donde aprenderás a manejar

la base de datos Gene Bank:
https://mediateca.educa.madrid.org/video/9j116dq9qxa9o9jl
Responde a las siguientes preguntas:
2
a) ¿En qué consiste el formato FASTA?
Es un formato de base de datos mucho más sencillo que GenBank. Se centra casi
exclusivamente en la secuencia nucleotídica, no en nada relacionado con el registro como
definiciones o referencias.
b) ¿En qué tres apartados se divide el formato GenBank?
En la primer sección aparecen comentarios generales sobre el registro, es decir, comentarios,

referencias a publicaciones, definiciones, números de acceso, etc.
La segunda sección esta formada por la parte central donde están las características
principales de la secuencia a estudiar.
En la parte final, se encuentra la secuencia propiamente dicha en este caso de nucleótidos.
Una vez hayas visto el vídeo, busca información sobre los siguientes genes, en la base
de datos “Nucleotide” escribiendo las siglas del gen en el campo “Title” y Homo sapiens
en el campo “Organism”, como has visto en el vídeo.
Tamaño N.º de Secuencias

Gen Nombre del gen Tipo de gen
(pb) exones reguladoras
CASP9 Caspase 9 ARN no 2668 9 No.

codificante
TP53 TP53TG3E ARNm linear 1469 2 No.

TP53 target 3 family
member E
(supresor de tumores)
TNFA Tumor necrosis factor Región pomotora 1398 0 1
gene y secuencia CDS
parcial
3
IGF1 insulin like growth ARNm linear 1097 4 1
factor 1
Actividad 3. BLAST
Lee el apartado del libro 9.7.2 Análisis de secuencias: aplicación BLAST.
a) ¿Para qué se utiliza la aplicación BLAST?
Se utiliza para comparar la secuencia estudiada con todas las secuencias guardadas en la
base de datos mostrando en pantalla las coincidencias encontradas entre la secuencia
analizada y las secuencias acumuladas en la base de datos. Además, muestra los enlaces a
las secuencias de referencia.
También existen otras herramientas de la aplicación, que alinean todas las secuencias para
detectar mutaciones.
b) Imagina que a tu laboratorio han llegado unas semillas de una planta que desconoces.
Has realizado una extracción de ADN a partir de ellas, y consigues secuenciar el
fragmento de ADN que aparece abajo. Ahora vas a realizar un BLAST para identificar la
secuencia, para ello entra en el siguiente enlace:
https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
Haz clic en Nucleotide blast y en “Enter Query Sequence” introduce la siguiente

secuencia de ADN:
CCAAAAAAATAAAAAAAGACCGTCGTACAGTGAATTAGTAATCTAAAACTTTATAAAAAT
CGGTCGTAAAAATTGAAGGACTTACACATCCTCCGGTGACGAATTTGAGGAGGAAGCAAG
CTACAGCGGCGCCGGTAAGTTGAGCAAGCATGTAGAAGGAGCCAGTGATAAAGGTAATAT
GTCCGCCGAAGGTTAATCCACAGGTGACCGCAGGGTTAACATGACCACCGGAGATGTTAG
4
CGGAAATCGAAACGGCTACGAATAGAGCAAATCCATGGCAAACTGCAATAGCTACAAGCC
CAGCCGGATCAAGTGCAGCATTTGTTGTCAACTTGCCTGTATCCAAACAATACCAAATTT
AAAATCTCTCATACATCGATCAATAGTAAAAATACACAAAAATAGAATATATATTACTTG
ATCAGAAGCGGATCTAGTAAAAGGATATGATTTTGGTATAACTTATAAACCTGAATCAAT
CTATTTGATATGAATTCAAAATAAGCATTAACCATATTATGCGGGGCATAATTCCGAGTC
AGAAGCAATAAATCAAACTTGGAACCGCAGAATTCGTTAACAATTAAAATGAAAAGAGGG
ATCGGATCGGAGTTATTAACCGTAAGCAATGGCGGACCAACTCCGGCGAAGACAAAGATG
AGTGTGGAGATGAATTCGGCAAGATAGGACTTAAGAGAGACAACGCTGAATGAATCACTA
ACTC
Pulsa abajo en BLAST y espera 5 segundos
b.1. ¿A qué especie corresponde el fragmento de ADN? Busca su nombre común.
Solanum lycopersicum cultivar I-3 chromosome 3. Es una especie de tomate.
b.2. ¿En qué cromosoma se encuentra?
En el cromosoma 3.
b.3. Compara la secuencia en la pestaña “Alignments”, siendo Query la secuencia

problema y Sbjct la secuencia de referencia de la base de datos con la que se compara
¿Qué porcentaje de identidad hay entre secuencias?
Hay un 99% de similitudes ya que de 710 secuencias de referencia con las que se compara
nuestra secuencia introducida, 700 son coincidentes.
c) Imagina que se ha realizado un estudio para detectar mutaciones en el exón 9 del gen
de la calreticulina mediante PCR y secuenciación del producto amplificado. La
secuencia obtenida ha sido la siguiente:
AAGCAAGGGCTATCGGGTATCACCTCTGACCATCCTTCCCATTCATCCTCCAGGTCAAGTCT
GGCACCATCTTTGACAACTTCCTCATCACCAACGATGAGGCATACGCTGAGGAGTTTGGCA
ACGAGACGTGGGGCGTAACAAAGGTGAGGCCTGGTCCTGGTCCTGATGTCGGGGGCGGGC
AGGGCTGGCAGGGGGCAAGGCCCTGAGGTGTGTGCTCTGCCTGCAGGCAGCAGAGAAAC
5
AAATGAAGGACAAACAGGACGAGGAGCAGAGGCTTAAGGAGGAGGAAGAAGACAGGAG
GCAGAGGACAAGGAGGATGATGAGGACAAAGATGAGGATGAGGAGGATGAGGAGGACAA
GGAGGAAGATGAGGAGGAAGATGTCCCCGGCCAGGCCAAGGACGAGCTGTAGAGAGGCC
TGCCTCCAGGGCTGGACTGAGGCCTGAGCGCTCCTGCCGCAGAGCTTGCCGCGCCAAATA
ATGTCTCTGTGAGACTCGAGAAC
Utilizando BLAST, compara esta secuencia (Query) con la secuencia de referencia (Sbjct)
del gen humano de la calreticulina.
c.1. ¿En qué cromosoma se encuentra?
En el cromosoma 19.
c.2. ¿Qué porcentaje de identidad hay entre secuencias?
Un 96% ya que de 520 secuencias almacenadas del Homo sapiens con el que se compara
nuestra secuencia, en este caso coinciden 501 de la base de datos.
c.3. En la pestaña “Alignments” ¿Detectas algún tipo de mutación? ¿Cuál?
Si, se trata de inserciones a lo largo de la secuencia como la que se ve en la imagen.

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Actividad 1. Conceptos previos

Es una base de datos de secuencias nucleotídicas de los Institutos Nacionales de Salud de

b) ¿Cuál es la base de datos EMBL?

Es una base de datos de secuencias nucleotídicas del Laboratorio Europeo de Biología

c) ¿Cuál de las dos es más utilizada? ¿Posee algún coste?

Es más utilizada GenBank y no supone ningún coste, su acceso es gratuito.

Actividad 2. Bases de Datos GenBank

Entra en el siguiente enlace y visualiza el siguiente vídeo donde aprenderás a manejar

Responde a las siguientes preguntas:

b) ¿En qué tres apartados se divide el formato GenBank?

En la primer sección aparecen comentarios generales sobre el registro, es decir, comentarios,

En la parte final, se encuentra la secuencia propiamente dicha en este caso de nucleótidos.

Tamaño N.º de Secuencias

CASP9 Caspase 9 ARN no 2668 9 No.

TP53 TP53TG3E ARNm linear 1469 2 No.

Lee el apartado del libro 9.7.2 Análisis de secuencias: aplicación BLAST.

a) ¿Para qué se utiliza la aplicación BLAST?

Haz clic en Nucleotide blast y en “Enter Query Sequence” introduce la siguiente

Pulsa abajo en BLAST y espera 5 segundos

b.1. ¿A qué especie corresponde el fragmento de ADN? Busca su nombre común.

Solanum lycopersicum cultivar I-3 chromosome 3. Es una especie de tomate.

b.2. ¿En qué cromosoma se encuentra?

b.3. Compara la secuencia en la pestaña “Alignments”, siendo Query la secuencia

c.1. ¿En qué cromosoma se encuentra?

c.2. ¿Qué porcentaje de identidad hay entre secuencias?

c.3. En la pestaña “Alignments” ¿Detectas algún tipo de mutación? ¿Cuál?

Si, se trata de inserciones a lo largo de la secuencia como la que se ve en la imagen.

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