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(V1.07) RP9804X RP10182Z (V1.0) CFX96 Manual (CE0086-CP) ES

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Solo para uso profesional

Allplex™

Respiratory Panel 4
(Bacterias respiratorias)
(Nú m. Cat. RP9803X, RP10182Z)

Sistema de PCR en tiempo real multiplex para la detección de Chlamydophila


pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae, Legionella pneumophila, Bordetella pertussis,
Bordetella parapertussis, Streptococcus pneumoniae y Haemophilus influenzae a partir
de aspirado nasofaríngeo, hisopo nasofaríngeo, lavado broncoalveolar y esputo.

Para usar solo con Microlab NIMBUS IVD y Microlab STARlet IVD

Para usar con el CFX96™ Real-time PCR System (Bio-Rad)

Solo para diagnó stico in vitro

RP9803X RP10182Z

Seegene Inc.,

Taewon Bldg., 91 Ogeum-ro, Songpa-gu, Seul, Repú blica de Corea 05548

Medical Technology Promedt Consulting GmbH

Altenhofstrasse 80, D-66386 St.Ingbert, Alemania

No está disponible en Estados Unidos


Allplex™ Respiratory Panel 4

ÍNDICE

AVISOS -------------------------------------------------------------------------------------------- 3

USO PREVISTO ----------------------------------------------------------------------------------- 4

PRINCIPIOS E INFORMACIÓ N SOBRE EL PROCEDIMIENTO ----------------------- 5

INFORMACIÓ N GENERAL ------------------------------------------------------------- 6

REACTIVOS ---------------------------------------------------------------------------------------- 8

ALMACENAMIENTO Y MANIPULACIÓ N -------------------------------------------------- 10

MATERIALES NECESARIOS PERO NO INCLUÍDOS ------------------------------------ 10

PROTOCOLO -------------------------------------------------------------------------------------- 11

CONFIGURACIÓ N DE INSTRUMENTOS DE PCR EN TIEMPO REAL Y


ANÁ LISIS DE LOS RESULTADOS ------------------------------------------------------------ 16

RESULTADOS -------------------------------------------------------------------------------- 25

SOLUCIÓ N DE PROBLEMAS ----------------------------------------------------------------- 28

RENDIMIENTO ------------------------------------------------------------------------------------- 30

REFERENCIAS ------------------------------------------------------------------------------------ 35

SÍMBOLOS ------------------------------------------------------------------------------- 37

INFORMACIÓ N DE PEDIDO -------------------------------------------------------------- 38

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Allplex™ Respiratory Panel 4

AVISOS

 Solo para diagnóstico in vitro


 La fiabilidad de los resultados depende de que las muestras sean adecuadamente
recogidas, almacenadas, transportadas y procesadas.
 Este producto está pensado solo para usarse con Microlab NIMBUS IVD y Microlab
STARlet IVD, máximo 5 pruebas separadas.
 Si se analiza la misma muestra con el Allplex™ Respiratory Panel 1, 2, 3, añada tanto
RP-V IC como RP-B IC a la extracción de ácido nucleico (véase página 13).
 Este test ha sido aprobado para los siguientes tipos de muestras: aspirados
nasofaríngeos, hisopos nasofaríngeos, lavado broncoalveolar y esputo. Este test no
ha sido aprobado para ningún otro tipo de muestras.
 Almacene las muestras ADN a ≤ -20°C hasta que se vayan a usar y consérvelas en
bañ o de hielo durante su uso.
 La sensibilidad del ensayo puede disminuir si las muestras se congelan y descongelan
repetidamente, o si se almacenan durante un largo periodo de tiempo.
 El flujo de trabajo en el laboratorio debería desarrollarse de manera unidireccional.
 Deben llevarse siempre guantes desechables en cada zona y cambiarlos antes de entrar
en las diferentes zonas. En caso de que se contaminen, se deben cambiar inmediatamente
o tratar con un reactivo descontaminante de ADN.
 Destine materiales y equipamiento a estaciones de trabajo separadas y no los mueva de
una zona a otra.
 No se debe pipetear con la boca.
 No se debe comer, beber ni fumar en las zonas de trabajo del laboratorio. Al manipular las
muestras y reactivos, han de llevarse guantes sin talco desechables, bata de laboratorio y
protección en los ojos. Deben lavarse bien las manos después de manipular las muestras y
los reactivos del test.
 Evite contaminar los reactivos al quitar las partes alícuotas de los tubos de reactivos. Se
recomienda usar puntas de pipeta desechables estériles, resistentes a los aerosoles.
 No mezcle reactivos de diferentes lotes o de diferentes tubos del mismo lote.
 No use el producto después de su fecha de caducidad.
 Todos los elementos desechables son para usar una sola vez. No los reutilice.
 Use tubos con tapa de rosca y evite cualquier posible salpicadura o contaminación cruzada
de las muestras durante la preparación.
 Por favor, tenga cuidado de no contaminar los reactivos con ácidos nucleicos extraídos,

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Allplex™ Respiratory Panel 4

productos PCR y control positivo. Para evitar la contaminación de los reactivos, se


recomienda utilizar puntas con filtro.
 Use zonas de trabajo separadas para cada experimento.
 Abra tiras o tubos de reacción de PCR después de la amplificación solo en las zonas
destinadas para ello, de modo que se evite la contaminación de la zona con amplicones.
 Los materiales positivos se han de almacenar separados de los reactivos del kit.
 Deben adoptarse los procedimientos de seguridad de laboratorio (consulte los documentos
de Bioseguridad en los laboratorios microbiológicos y biomédicos y CLSI) al manipular las
muestras. Limpie y desinfecte exhaustivamente todas las superficies de trabajo con
hipoclorito de sodio al 0,5 % (agua desionizada o destilada). Los componentes del producto
(residuos del producto, embalaje) se pueden considerar como residuos de laboratorio.
Deseche los reactivos sin utilizar y los residuos conforme a las normativas nacionales,
regionales y locales de aplicación.
 La fecha de caducidad es de 12 meses desde la fecha de fabricación, a ≤ -20°C. P
or favor, consulte la etiqueta para comprobar la fecha de caducidad.

USO PREVISTO

Allplex™ Respiratory Panel 4 es un test in vitro cualitativo para la detección simple o múltiple
deChlamydophila pneumoniae (CP), Mycoplasma pneumoniae (MP), Legionella pneumophila
(LP), Bordetella pertussis (BP), Bordetella parapertussis (BPP), Streptococcus pneumoniae
(SP) y Haemophilus influenzae (HI) a partir de muestras de aspirados nasofaríngeos, hisopos
nasofaríngeos, lavado broncoalveolar y espitos.

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Allplex™ Respiratory Panel 4

PRINCIPIOS E INFORMACIÓ N SOBRE EL PROCEDIMIENTO

1. Principios

El Allplex™ Respiratory Panel 4 dispone de una tecnología MuDT™ propiedad de Seegene,


que proporciona valores multi-Ct (valores umbral) en un único canal de fluorescencia sin
análisis de curvas de melting en instrumentos de PCR en tiempo real.
Allplex™ Respiratory Panel 4 es un ensayo de PCR multiplex en tiempo real que permite la
amplificación simultánea y la detección de ácidos nucleicos de destino de CP, MP, LP, BP,
BPP, SP, HI y Control Interno (IC).
En PCR, la eficiencia de la amplificación se ve reducida con frecuencia reducida por inhidores
presentes en muestras clínicas. Por lo tanto, el IC se incorpora en el producto como un control
exógeno del conjunto del proceso para controlar la extracción del ácido nucleico y comprobar
una posible inhibición de PCR. El IC es coamplificado con ácidos nucleicos objetivo dentro de
la muestra clínica.
Para evitar que el producto de amplificación actúe como potencial contaminante, el sistema
(UDG)-dUTP de Uracil-DNA glicosilasa se utiliza en Allplex™ Respiratory Panel 4. El sistema
UDG-dUTP se usa comúnmente al llevar a cabo PCR para eliminar amplicon sobrante usando
escisiones por UDG de residuos de uracilo desde ADN clivando el enlace N-glicosílicos.

2. Informació n sobre el procedimiento

Muestras
(Aspirados nasofaríngeos, hisopos nasofaríngeos,
lavado broncoalveolar y esputo)

Extracció n de ácido nucleico

ADN bacteriano

PCR en tiempo real usando


el sistema Allplex™

Análisis de los resultados

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Allplex™ Respiratory Panel 4

INFORMACIÓ N GENERAL

Las infecciones del tracto respiratorio, principalmente en la forma de neumonía, es una causa
importante de morbilidad y mortalidad, especialmente en niños y mayores. Las neumonías
agudas caracterizadas por una aparición repentina se clasifican en dos grupos: neumonía
adquirida en la comunidad (NAC) y neumonía nosocomial. El diagnóstico microbiológico se
considera esencial para proporcionar un tratamiento adecuado a los pacientes; sin embargo, en
la mayoría de los estudios se informó acerca de las dificultades del diagnóstico etiológico en el
50 % de los casos de NAC.
Un enfoque tradicional divide los pacientes con neumonía en los que presentan
manifestaciones típicas y atípicas, lo que da lugar a la prescripción de diferentes antibióticos
para cada una de estas condiciones. La neumonía típica se caracteriza por inicio repentino,
fiebre alta, escalofríos, tos productiva, dolor torácico, síntomas clínicos localizados, resultados
radiográficos sectoriados o lobares, leucocitosis y tinción de Gram del esputo, que es positivo
para la bacteria, normalmente de tipo predominantemente simple. Normalmente se pensaba
que las neumonías típicas se debían a bacterias extracelulares como Streptococcus
pneumoniae (SP) yHaemophilus influenzae (HI). SP es el principal agente causante y
responsable de dos tercios de todas las neumonías bacterianas que se han diagnosticado. HI
coloniza en la nasofaringe humana y provoca una variedad de enfermedades infecciosas como
otitis media aguda, sinusitis, neumonías, sepsis y meningitis.
La neumonía atípica se caracteriza por una aparición progresiva, fiebre sin escalofríos, tos

seca, dolor de cabeza, mialgia, crepitaciones difusa, leucocitosis modesta, infiltrados

intersticiales en radiografías torácicas, tinción de Gram del esputo (y posiblemente cultivo), que

es negativo para bacterias, y posiblemente infección de las vías respiratorias altas. Las

neumonías atípicas provocadas por Chlamydophila pneumoniae (CP), Mycoplasma

pneumoniae (MP) y Legionella pneumophila (LP), representan entre el 15 y 50 % de todos los

casos de NAC. CP y MP fueron los organismos causantes de un tercio de los casos de NAC

entre los niños, muchos de estos pacientes con infecciones duales. LP es la especie patógena

más común de las 42 especies de Legionella reconocidas. Es posible que se produzcan altas

tasas de mortalidad entre los mayores y los pacientes con enfermedades subyacentes graves

como consecuencia de la infección de este patógeno. El retraso en el diagnóstico también

puede dar como resultado una mayor mortalidad. Bordetella pertussis (BP) es el agente

causante de tosferina (pertussis), neumonía y bronquitis en humanos. La pertussis es una

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Allplex™ Respiratory Panel 4

enfermedad infecciosa que tiene lugar por todo el mundo con una alta incidencia entre los

bebés no vacunados, además, hace poco ha resurgido entre las poblaciones altamente

vacunadas. Los síntomas parecidos a los de la pertussis también son consecuencia de

especies relacionadas de bacterias, entre las que se incluyen Bordetella parapertussis (BPP) y

Bordetella holmesii, aunque normalmente las infecciones de BPP son menos graves.

Por lo tanto, es muy importante obtener un diagnóstico temprano fiable de la pertussis para

poder iniciar de inmediato el tratamiento con antibióticos, ya que para ello se requiere distinguir

entre BPP y BP.

La identificación rápida y precisa de estos agentes causantes son un componente fundamental

para establecer un pronóstico adecuado, facilitar el tratamiento temprano y, quizás, reducir las

preocupaciones relacionadas con la salud pública. Sin embargo, las técnicas clásicas de

identificación microbiológica no pueden facilitar un medio eficaz de diagnóstico, ya que la

mayoría de estos organismos crecen lentamente o nada en los cultivos, lo que lleva a retrasos

en la detección y el diagnóstico.

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Allplex™ Respiratory Panel 4

REACTIVOS

Los reactivos contenidos en un kit son suficientes para 100 reacciones.


Información de pedido ( RP9803X)

Allplex™ Respiratory Panel 4

Símbolo Contenido Volumen Descripció n

Mezcla de oligos de MuDT (MOM):


5X RP4 MOM 500 μL - Reactivos de amplificación y
detección
- Polimerasa de ADN
EM2 500 μL - Uracil-DNA glicosilasa (UDG)
- Tampón que contiene dNTPs

Control Positivo (PC):


RP4 PC 80 μL
- Mezcla de patógenos y clones IC

Control interno exógeno (IC) para


RP-B IC 1.000 μL
Allplex Respiratory Panel 4

RNase-free Water 1.000 μL Calidad ultrapura, grado PCR

Manual de usuario

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Allplex™ Respiratory Panel 4

Los reactivos contenidos en un kit son suficientes para 25 reacciones.


Información de pedido ( RP10182Z)

Allplex™ Respiratory Panel 4

Símbolo Contenido Volumen Descripció n

Mezcla de oligos de MuDT (MOM):


5X RP4 MOM 125 μL - Reactivos de amplificación y
detección
- Polimerasa de ADN
EM2 125 μL - Uracil-DNA glicosilasa (UDG)
- Tampón que contiene dNTPs

Control Positivo (PC):


RP4 PC 80 μL
- Mezcla de patógenos y clones IC

Control interno exógeno (IC) para


RP-B IC 250 μL
Allplex Respiratory Panel 4

RNase-free Water 1.000 μL Calidad ultrapura, grado PCR

Manual de usuario

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Allplex™ Respiratory Panel 4

ALMACENAMIENTO Y MANIPULACIÓ N

Todos los componentes del Allplex™ Respiratory Panel 4 se deben almacenar a ≤ -20°C.
Todos los componentes son estables en las condiciones de almacenamiento recomendadas
hasta la fecha de caducidad indicada en la etiqueta. El rendimiento de los componentes del kit
no se ve afectado hasta 5 congelaciones y descongelaciones Si se van a utilizar los reactivos
solo de forma intermitente, deben almacenarse en partes alícuotas.

MATERIALES NECESARIOS PERO NO INCLUIDOS

 Guantes desechables sin talco (látex o nitrilo)


 Pipetas (ajustables) y puntas de pipeta estériles
 Tubo de microcentrifugación de 1,5 mL
 Kit de extracción de ácido nucleico
 Productor de hielo
 Centrifugadora de sobremesa
 Mezclador vórtex
 CFX96™ Real-time PCR System (Bio-Rad)
 Tiras de 8 tubos de perfil bajo de 0,2 mL sin tapas (color blanco, Núm. Cat. TLS0851, Bio-
Rad)
 Tiras de 8 tapas planas ópticas (Núm. Cat. TCS0803, Bio-Rad)
 Placa de PCR de 96 pocillos con borde lateral, pocillo blanco (Núm. Cat. HSP-9655,
Bio-Rad)
 1X solución PBS o solución salina
 Sello de calor permanente y transparente (Núm. Cat.1814035, Bio-Rad)
 PX1 PCR Sellador de placas (sellador automático, Núm. Cat.181-4000, Bio-Rad)

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Allplex™ Respiratory Panel 4

PROTOCOLO

1. Recogida de muestras, almacenamiento y transporte

Nota: Todas las muestras se deben tratar como material potencialmente infeccioso. Solo se
permiten los materiales de las muestras que se recojan, almacenen y transporten de acuerdo
con las siguientes normas e instrucciones.
Nota: Para garantizar la alta calidad de las muestras, estas se han de transportar lo más rápido
posible, y según las condiciones de temperatura indicadas.

A. Recogida de muestras

Esputo
 Dar instrucciones claras a los pacientes cuando recojan las muestras de esputo. Deben
hacerlo fuera, al aire libre, o lejos de otras personas. No deben recoger las muestras en
espacios cerrados, como aseos.
 Deben enjuagarse la boca con agua, pero no deben cepillar los dientes antes de la
recogida del esputo. Se ha de toser profundamente y expectorar el esputo directamente en
el recipiente.
 La muestra debe tener un volumen de 3-5 mL.

Aspirado nasofaríngeo, hisopo nasofaríngeo y lavado broncoalveolar


 Las muestras de aspirados nasofaríngeos, hisopos nasofaríngeos y lavado broncoalveolar
se examinan regularmente para los patógenos respiratorios comunes.
 Obtener muestras respiratorias en algunos pacientes puede ser difícil. En dichos casos, se
pueden recoger hisopos nasofaríngeos de manera sencilla y eficiente usando hisopos
flocados de nylon (COPAN, Italia) y en el medio universal de transporte (UTM).

Fabricante Dispositivos de recogida de muestras Nú m. Cat.

COPAN ESwab 482CE


ENAT PM 2ML PERNASAL APPLICATOR
COPAN 606CS01P
(APLICADOR PARA VÍA NASAL ENAT PM 2ML)
UTM with Flocked Swabs
COPAN 360C / 305C
(UTM con hisopos flocados)
DIAGNOSTIC UTM with Flexible Minitip Flocked Swab
403C / 406C
HYBRIDS (UTM con hisopos flocados de punta pequeña flexible)

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Allplex™ Respiratory Panel 4

Nota: Recomendaciones del kit de ácido nucleico para Microlab NIMBUS IVD o Microlab
STARlet IVD
SE RECOMIENDA ENCARECIDAMENTE SEGUIR LAS INSTRUCCIONES DEL
FABRICANTE A CONTINUACIÓ N.
 Use STARMag 48 X 8 Tissue Cartridge kit o STARMag 96 X 4 Universal Cartridge kit para
las muestras clínicas recogidas con hisopos Eswab.

B. Almacenamiento y transporte de muestras

Almacenamiento y
Muestras transporte Nota
Temp. Duració n*

Aspirado nasofaríngeo - El rendimiento puede verse afectado


por el almacenamiento prolongado de
Hisopos nasofaríngeos
las muestras.
2-8°C 3 días
- Las muestras también deben cumplir las
Lavado broncoalbeolar
instrucciones locales y nacionales para
Esputo el transporte de material patógeno.
* Duración: Tiempo desde la recogida de muestras hasta la realización del test, incluyendo el
almacenamiento y el transporte de las muestras antes de la realización del test.

2. Extracció n de ácido nucleico

Varios fabricantes ofrecen kits de extracción de ácido nucleico. Use el protocolo adecuado
según el protocolo del fabricante. Se han validado los siguientes kits de extracción para usar
con este kit.

A. Tratamiento previo de las muestras

Esputo
 Añada 2 volúmenes de 1X PBS o solución salina a la muestra de 1 volumen en el tubo
cónico de 15 mL y agítelo bien para distribuir la muestra.
 Transfiera el volumen recomendado (véase volumen recomendado de 2-C) de muestra a
un tubo nuevo.
 Siga el protocolo del kit de extracción.

Nota: En caso de que las muestras no tengan viscosidad, el paso del tratamiento salino NO es
necesario.

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Allplex™ Respiratory Panel 4

B. Control Interno

Nota: El IC se incluye en el kit para permitir a los usuarios confirmar no solo el procedimiento
de extracción de ácido nucleico, sino también para identificar cualquier inhibición de PCR.

 Se debe cargar el tubo de RP-B IC en el Microlab NIMBUS IVD o Microlab STARlet IVD
antes de la extracción de ácido nucleico.
 Al usar este producto con el Allplex™ Respiratory Panel 1, 2, 3, tanto el tubo RP-V IC como
el RP-B IC deben cargarse en el Microlab NIMBUS IVD o Microlab STARlet IVD antes de la
extracción de ácido nucleico.
 El IC puede añadirse directamente al tampón de lisis o a la mezcla de muestras y al

tampón de lisis.

Nota: En caso de añadirse directamente al tampón de lisis, tenga cuidado de no introducir


burbujas de aire.

C. Sistema de extracció n de ácido nucleico automatizado

C-1. Microlab NIMBUS IVD

Nota: Use la muestra recomendada y los volúmenes de la elución tal y como se indica a
continuación. Para el resto, consulte el protocolo del fabricante.
Sistemas de extracció n Volumen
Fabricante Nú m. Cat.
automatizados recomendado

Microlab NIMBUS IVD Hamilton 65415-02* -

Muestra: 600 µL
STARMag 48 X 8 Virus Cartridge kit Seegene 744800.4.VC384
Elución: 100 µL

Muestra: 450 µL
STARMag 48 X 8 Tissue Cartridge kit Seegene 744300.4.TC384
Elución: 100 µL

STARMag 96 X 4 Universal Cartridge Muestra: 300 µL


Seegene 744300.4.UC384
kit Elución: 100 µL

* Si quiere comprar este producto de Seegene Inc., use este número de catálogo.

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Allplex™ Respiratory Panel 4

C-2. Microlab STARlet IVD

Nota: Use la muestra recomendada y los volúmenes de la elución tal y como se indica a
continuación. Para el resto, consulte el protocolo del fabricante.
Sistema de extracció n Volumen
Fabricante Nú m. Cat.
automatizado recomendado

Microlab STARlet IVD Hamilton 173000-075* -

STARMag 96 X 4 Universal Cartridge Muestra: 300 L


Seegene 744300.4.UC384
kit Elución: 100 L

* Si quiere comprar este producto de Seegene Inc., use este número de catálogo.

3. Preparació n de PCR en tiempo real

Nota: Deben usarse los tubos y tapas adecuadas (véase MATERIALES NECESARIOS

PERO NO INCLUIDOS).

Nota: Deben usarse filtros resistentes a los aerosoles y guantes ajustados al preparar las

reacciones de PCR de un solo paso. Tenga especial cuidado para evitar la contaminación

cruzada.

Nota: Descongele totalmente todos los reactivos en baño de hielo.

Nota: Centrifugue brevemente los tubos de reactivos para eliminar las gotitas de dentro de la

tapa.
Nota: Los pasos A a D se procesan automáticamente en Microlab NIMBUS IVD y
Microlab STARlet IVD. Consulte cada manual de uso.

A. Prepare la Mastermix de PCR.

5 L 5X RP4 MOM
5 L EM2
7 L RNase-free Water
17 L Volumen total de Mastermix de PCR

Nota: Calcule la cantidad que se necesita de cada reactivo necesario en función del número de
reactivos (muestras + controles).

B. Mezcle invirtiendo unas 5 veces o agítelo rápido en un mezclador de vórtice, y centrifugue


brevemente.

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Allplex™ Respiratory Panel 4

C. Alicuote 17 μL de Mastermix de PCR en los tubos de PCR.

D. Añada 8 μL de ácido nucleico de cada muestra en el tubo que contiene el Mastermix de


PCR.

17 L Mastermix de PCR
8 μL Á cido nucleico de la muestra
25 L Volumen total de la reacción

E. Cierre la tapa y centrifuge brevemente los tubos de PCR.

F. Verifique que el líquido que contienen todos los componentes de PCR se encuentre en el
fondo de cada tubo de PCR. Si no es así, centrifugue de nuevo a un rpm más alto durante más
tiempo.

Nota: Los tubos de PCR deben centrifugarse antes de iniciar la reacció n de PCR. Es
necesario hacer que el líquido vaya al fondo y así elimine las burbujas de aire.

Correcto Incorrecto

Nota: Con cada muestra, use una nueva punta de pipeta estéril.
Nota: Para el Control Negativo (NC), use 8 L de RNase-free Water en lugar del ácido
nucleico de la muestra.
Nota: Para el Control Positivo (PC), use 8 L de RP4 PC.
Nota: Tenga cuidado de que no se produzca una contaminación cruzada del Mastermix de
PCR y de las muestras con el Control Positivo.
Nota: No marque la tapa de los tubos de reacción ya que la fluorescencia se detecta desde la
parte superior de la tapa.

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Allplex™ Respiratory Panel 4

CONFIGURACIÓ N DE INSTRUMENTOS DE PCR EN TIEMPO REAL Y ANÁ LISIS


DE LOS RESULTADOS

1. CFX96™ Real-time PCR System (Bio-Rad)

1.1. Configuració n de los instrumentos de PCR en tiempo real

Nota: La configuración del experimento en el CFX96™ Real-time PCR System (Bio-Rad) puede
dividirse en tres pasos: configuración del protocolo, configuración de la placa e inicio del ciclo.

A. Protocol Setup (Configuració n del protocolo)

1) En el menú principal, seleccione File (Archivo)  New (Nuevo)  Protocol (Protocolo)


para abrir el Protocol Editor (Editor de protocolo).

Fig. 1. Protocol Setup (Configuració n del protocolo). Cree un nuevo protocolo o cargue un
protocolo existente para iniciar el ciclo
2) En Protocol Editor (Editor de protocolo), defina el perfil térmico como sigue:

Paso Núm. de ciclos Temperatura Duración


1 50°C 20 min
1
2 95°C 15 min
3 95°C 10 seg
4* 45 60°C 1 min
5* 72°C 10 seg
6 IR al paso 3, 44 elementos más
Nota: * Lectura de placa en el paso 4 y 5. La fluorescencia se detecta a 60°C y 72°C.

16 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

Fig. 2. Protocol Editor (Editor de protocolo)

3) Haga clic en el cuadro al lado de Sample Volume (Volumen de la muestra) para añadir
directamente 25 μL.
4) Haga clic en OK (Aceptar) y guarde el protocolo para abrir la ventana Experiment Setup
(Configuració n del experimento).

Fig. 3. Experiment Setup (Configuració n del experimento): Protocolo

17 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

B. Plate Setup (Configuració n de la placa)

1) En la pestaña Plate (Placa) en Experiment Setup (Configuració n del experimento), haga


clic en Create New (Crear nuevo) para abrir la ventana Plate Editor (Editor de placa).

Fig. 4. Editor de la placa (Editor de placa). Crear una nueva placa

2) Haga clic en Select Fluorophores (Seleccionar fluoró foros) para indicar los fluoróforos
(FAM, HEX, Cal Red 610 y Quasar 670) que se van a usar y haga clic en OK (Aceptar).

Fig. 5. Select Fluorophores (Seleccionar fluoró foros) (FAM, HEX, Cal Red 610 y Quasar 670)

3) Seleccione los pocillos deseados y luego el tipo de muestra en el menú desplegable Sample
Type (Tipo de muestra).
- Desconocidos: muestras clínicas
- Control Negativo
- Control Positivo

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Allplex™ Respiratory Panel 4

4) Haga clic en las casillas de verificación adecuadas (FAM, HEX, Cal Red 610 y Quasar 670)
para especificar los fluoróforos que se van a detectar en los pocillos seleccionados.
5) Escriba el Sample Name (nombre de la muestra) y presione la tecla intro.
6) En Settings (Configuració n) del menú principal de Plate Editor (Editor de placa), escoja
Plate Size (Tamañ o de la placa) (96 wells) y Plate Type (Tipo de placa) (BR White).

Fig. 6. Plate Setup (Configuració n de la placa)

7) Haga clic en OK (Aceptar) para guardar la nueva placa.


8) Volverá a la ventana Experiment Setup (Configuració n del experimento).

Fig. 7. Experiment Setup (Configuració n del experimento): Placa

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Allplex™ Respiratory Panel 4

C. Start Run (Inicio del ciclo)

1) En la pestaña Start Run (Inicio de ejecució n) en Experiment Setup (Configuració n del


experimento), haga clic en Close Lid (Cerrar tapa) para cerrar la tapa del instrumento..

Fig. 8. Close Lid (Cerrar tapa)

2) Haga clic en Start Run (Inicio de ejecució n).


3) Almacene el archivo del ensayo en Mis documentos o en una carpeta que especifique.
Introduzca el nombre del archivo, haga clic en SAVE (GUARDAR), y se iniciará el ciclo.

1.2. Data Analysis (Análisis de datos)

A. Crear carpetas para exportar datos

1) Cree una nueva carpeta para guardar los resultados de detección de la curva de
amplificación.
2) El nombre de la carpeta puede ser la que desee el usuario (para la función "Seegene Export
(Exportar Seegene)", se crearán automáticamente las carpetas “QuantStep4” y
“QuantStep5” para guardar los datos de cada curva de amplificación dentro de la carpeta que
creó el usuario).

20 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

B. Configuración previa para el análisis de datos en CFX96™

1) Después del test, haga clic en la pestaña Quantitation (Cuantificació n) para confirmar los
resultados de la curva de amplificación.

Fig. 9. Resultados de la curva de amplificació n

2) Seleccione No Baseline Subtraction (No sustraer línea base) en el modo Analysis


(Análisis) del menú Settings (Configuració n).

Fig. 10. No Baseline Subtraction (No sustraer línea base)

21 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

3) Seleccione Seegene Export (Exportar Seegene) en el menú Tools..

Fig. 11. Seegene Export (Exportar Seegene)

4) Escoja una localización para guardar los datos y haga clic en OK (Aceptar).

Fig. 12. Seegene Export (Exportació n de Seegene) a la carpeta indicada

22 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

C. Configure el análisis de datos en Seegene Viewer

1) Abra el programa Seegene Viewer y haga clic en Open (Abrir) para encontrar el archivo
guardado en la carpeta “QuantStep4”

Fig. 13. Seegene Viewer

2) Después de abrir el archivo de resultados, seleccione el kit del test en el menú PRODUCT
(PRODUCTO).

Fig. 14. Configuració n del análisis de datos en Seegene Viewer

Nota: Verifique el tipo de tubo al seleccionar el kit del test (tiras/96 tapas/96 películas).

23 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

3) Compruebe el resultado de cada pocillo.

Fig. 15. Resultado del test CFX96™ en Seegene Viewer

Fig. 15. Resultado del test CFX96™ en Seegene Viewer

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Allplex™ Respiratory Panel 4

RESULTADOS

1. Interpretació n de los resultados

Analito Valor Ct Resultado


Fluoró foro
Gráfico 1 Gráfico 2 ≤ 42 Detectado (+)

FAM SP LP > 42 o N/A No detectado (-)


HEX HI BPP
Cal Red 610 MP BP
Quasar 670 IC CP

Resultado
Objetivo Resultado
Interpretación
Gráfico Gráfico IC
1 2
+ - Á cido nucleico objetivo, Detectado
- + +
+ +
+ - Á cido nucleico objetivo, Detectado*
- + - - Pueden estar presentes bacterias respiratorias
+ + adicionales que no se detectaron.
- - + Á cido nucleico objetivo, no detectado
No válido***
- El hecho de que la señal de IC sea débil o negativa
indica que la recogida de muestras o el proceso se
realizaron de manera inadecuada, o hay presencia de
inhibidores.
- - - - Repita el test desde la extracción de ácido nucleico
usando otra parte alícuota de la muestra original.
- Si se repite el mismo resultado al volver a extraer el
ácido nucleico, diluya la muestra (1/3-1/10) en una
solución salina y repita la extracción (después de añadir
RP-B IC) y PCR.

25 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

* Para un resultado positivo de los patógenos objetivo, no se requiere la detección del Control
Interno en el canal Quasar 670. Una carga elevada de otro analito puede conducir a una señal
de Control Interno reducida o a su ausencia.
** Si no se observa ninguna de las señales que incluyan el Control Interno, véase SOLUCIÓ N
DE PROBLEMAS.

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Allplex™ Respiratory Panel 4

2. Aplicació n a muestras clínicas

Muestra 1

Muestra 2

Muestra 3

FAM (Ct) HEX (Ct) Cal Red 610 (Ct) Quasar 670 (Ct)
Muestra Interpretació n automática
SP LP HI BPP MP BP CP IC

1 N/A N/A 21,16 N/A N/A 22,20 N/A 32,23 HI, BP

2 22,26 N/A 22,03 N/A N/A N/A N/A 30,62 SP, HI

3 32,68 N/A N/A N/A 30,97 N/A 37,37 29,97 SP, MP, CP

27 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

SOLUCIÓ N DE PROBLEMAS

Allplex™ Respiratory Panel 4

OBSERVACIONES POSIBLES CAUSAS SOLUCIÓ N

Los fluoróforos para el Seleccione los fluoróforos correctos para el


análisis de datos no análisis de datos y exporte los datos de nuevo. En
cumplen con el protocolo. este caso no es necesario repetir el test de nuevo.

Configuración incorrecta del Compruebe las condiciones del ciclo térmico y


termociclador en tiempo real repita el test con la configuración adecuada.

Compruebe las condiciones de almacenamiento


Almacenamiento incorrecto
(véase página 9) y la fecha de caducidad
o posterior a la fecha de
(consulte la etiqueta) del kit del test y use un
caducidad del kit del test.
No se observa señ al nuevo kit si fuese necesario.

El hecho de que no haya ninguna señal, ni tan

siquiera en el IC, puede indicar la pérdida de

ácido nucleico durante la extracción. Asegúrese

Fallo en la extracción de de utilizar el método de extracción recomendado.

ácido nucleico Si es debido a los inhibidores, vuelva a extraer la

muestra original o diluya la muestra en una

solución salina (1/3-1/10) y repita el test desde el

paso de extracción.

Si se observa la señal del patógeno objetivo, pero

no la del IC, entonces la amplificación del IC pudo

Alta carga de ácido nucleico haberse inhibido por una alta carga del patógeno

del patógeno objetivo. Para confirmar la señal del IC, diluya la


No se observa señ al muestra (1/3-1/10) en una solución salina y repita
de Control Interno
el test desde el paso de extracción.

Diluya la muestra (1/3-1/10) en una solución

Presencia de inhibidor PCR salina y repita el test desde el paso de la

extracción.

28 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

Allplex™ Respiratory Panel 4

OBSERVACIONES POSIBLES CAUSAS SOLUCIÓ N

Descontamine todas las superficies e instrumentos


Se observan
con hipoclorito de sodio y etanol. Use solo puntas
supuestos falsos
de filtro durante el procedimiento y cambie las
positivos o señ ales Contaminación
puntas entre cada tubo. Repita el procedimiento
objetivo en el
entero desde la extracción de ácido nucleico con
Control Negativo
el nuevo conjunto de reactivos.

Error en la recogida de Compruebe el método de recogida de la muestra y

muestras vuelva a recogerla.

Vuelva a recoger la muestra y repita el


Almacenamiento
procedimiento entero. Asegúrese de que la
incorrecto de la muestra
muestra se almacena de la manera recomendada.

Compruebe el procedimiento de extracción del


Error en la extracción de
ácido nucleico así como la concentración de ácido
ácido nucleico
nucleico, y vuelva a extraerlo.
No se observan
Compruebe los números de muestra de los tubos
señ ales o
Error al añadir ácido que contienen el ácido nucleico y asegúrese de
supuestos falsos
nucleico a los tubos de añadir ácido nucleico a los tubos de PCR
negativos en el
PCR correspondientes adecuados. Repita cuidadosamente la prueba si
Control Positivo
fuese necesario.

Diluya la muestra (1/3-1/10) en una solución salina


Presencia de inhibidor
y repita el test desde el paso de la extracción.

Confirme que todos los componentes se añadan a

la mezcla de PCR (la sensibilidad puede verse


Mezcla de PCR
afectada por las premezclas anteriormente
incorrecta
realizadas). Deben homogeneizarse todos los

reactivos y centrifugarse antes de usar.

Picos en los ciclos Centrifugue el tubo de PCR antes del inicio.


Burbujas en el tubo de
de la curva de
PCR
amplificació n

29 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

RENDIMIENTO

1. Especificidad

La alta especificidad del Allplex™ Respiratory Panel 4 viene garantizada por los oligos
diseñados específicamente para los objetivos de interés según las condiciones de reacción
definidas. El Allplex™ Respiratory Panel 4 se probó para la reactividad cruzada de 99
patógenos diferentes, y la detección y amplificación de PCR solo se identificaron en los
objetivos especificados.


Nú m. Organismo Nú mero de cepa Resultado
1 Streptococcus pneumoniae KCTC 5412 SP Detectado

2 Legionella pneumophila Serotipo1 ATCC 33152 LP Detectado

3 Legionella pneumophila Serotipo2 KCCM 41778 LP Detectado

4 Legionella pneumophila Serotipo3 ATCC 33155 LP Detectado

5 Legionella pneumophila Serotipo4 ATCC 33156 LP Detectado

6 Legionella pneumophila Serotipo5 KCCM 41782 LP Detectado

7 Legionella pneumophila Serotipo6 KCCM 41781 LP Detectado

8 Legionella pneumophila Serotipo7 KCCM 41783 LP Detectado

9 Legionella pneumophila Serotipo8 KCCM 41784 LP Detectado

10 Legionella pneumophila Serotipo9 ATCC 35289 LP Detectado

11 Legionella pneumophila Serotipo10 ATCC 43283 LP Detectado

12 Legionella pneumophila Serotipo11 ATCC 43130 LP Detectado

13 Legionella pneumophila Serotipo12 ATCC 43290 LP Detectado

14 Legionella pneumophila Serotipo13 ATCC 43736 LP Detectado

15 Legionella pneumophila Serotipo14 ATCC 43703 LP Detectado

16 Legionella pneumophila Serotipo15 ATCC 35251 LP Detectado

17 Haemophilus influenzae ATCC 51907D HI Detectado

18 Bordetella parapertussis ATCC 15311 BPP Detectado

19 Mycoplasma pneumoniae M129-B7 ATCC 29342 MP Detectado

20 Mycoplasma pneumoniae Cepa FH ATCC 15531 MP Detectado

21 Bordetella pertussis ATCC BAA-589 BP Detectado

22 Chlamydophila pneumoniae AR-39 ATCC 53592 CP Detectado

23 Haemophilus aegyptius* ATCC 11116 HI Detectado

24 Acinetobacter baumannii ATCC 15308 No detectado

30 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4


Nú m. Organismo Nú mero de cepa Resultado
25 Acinetobacter schindleri KCTC 12409 No detectado

26 Aeromonas hydrophila KCTC 2358 No detectado

27 Bacteroides fragilis ATCC 25285 No detectado

28 Bordetella avium ATCC 35086 No detectado

29 Bordetella hinzii ATCC 51783 No detectado

30 Bordetella holmesii ATCC 51541 No detectado

31 Candida glabrata ATCC 2001 No detectado

32 Candida tropicalis ATCC 750 No detectado

33 Clostridium perfringens ATCC 13124 No detectado

34 Corynebacterium diphtheriae ATCC 11913 No detectado

35 Enterobacter aerogenes ATCC 13048 No detectado

36 Enterobacter cloacae ATCC 13047 No detectado

37 Enterococcus faecalis ATCC 29212 No detectado

38 Escherichia coli ATCC 15489 No detectado

39 Gardnerella vaginalis ATCC 14019 No detectado

40 Haemophilus ducreyi KCTC 2745 No detectado

41 Haemophilus haemolyticus ATCC 33390 No detectado

42 Haemophilus parahaemolyticus ATCC 10014 No detectado

43 Haemophilus parainfluenzae KCTC 5485 No detectado

44 Klebsiella pneumoniae Subsp. pneumoniae ATCC 13883 No detectado

45 Legionella anisa ATCC 35292 No detectado

46 Legionella bozemanii ATCC 33217 No detectado

47 Legionella cincinnatiensis ATCC 43753 No detectado

48 Legionella fairfieldensis ATCC 49588 No detectado

49 Legionella gormanii ATCC 33297 No detectado

50 Legionella jordanis ATCC 33623 No detectado

51 Legionella longbeachae ATCC 33462 No detectado

52 Legionella oakridgensis ATCC 33761 No detectado

53 Legionella worsleiensis ATCC 49508 No detectado

54 Listeria monocytogenes ATCC 19111 No detectado

55 Mycobacterium smegmatis ATCC 19420 No detectado

56 Mycobacterium tuberculosis Korean isolate No detectado

57 Mycoplasma buccale ATCC 23636 No detectado

31 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4


Nú m. Organismo Nú mero de cepa Resultado
58 Mycoplasma fermentans ATCC 19989 No detectado

59 Mycoplasma genitalium ATCC 49895 No detectado

60 Mycoplasma hominis ATCC 23114 No detectado

61 Mycoplasma salivarium ATCC 23064 No detectado

62 Neisseria meningitidis ATCC 700532D No detectado

63 Neisseria mucosa ATCC 19696 No detectado

64 Neisseria perflava ATCC 14799D-5 No detectado

65 Neisseria sicca KCTC 5415 No detectado

66 Proteus mirabilis ATCC 12453 No detectado

67 Pseudomonas aeruginosa ATCC 15522 No detectado

68 Staphylococcus epidermidis ATCC 35984D No detectado

69 Stenotrophomonas maltophilia ATCC 13637 No detectado

70 Streptococcus gordonii KCTC 3286 No detectado

71 Streptococcus infantis ATCC 700779 No detectado

72 Streptococcus mitis ATCC 49456 No detectado

73 Streptococcus mutans ATCC 25175 No detectado

74 Streptococcus oralis ATCC 9811 No detectado

75 Streptococcus pseudopneumoniae KCTC 5765 No detectado

76 Streptococcus sanguinis ATCC 10556D-5 No detectado

77 Trichomonas vaginalis ATCC 30001 No detectado

78 Ureaplasma urealyticum ATCC 27618 No detectado

79 Yersinia enterocolitica ATCC 23715 No detectado

80 Chlamydia trachomatis ATCC VR1500 No detectado

81 Herpes Simplex Virus, tipo I ATCC VR-260 No detectado

82 Herpes Simplex Virus, tipo II ATCC VR-734 No detectado

83 Adenovirus humano tipo 1 ATCC VR-1 No detectado

84 Coronavirus humano 229E ATCC VR-740 No detectado

85 Coronavirus humano OC43 ATCC VR-1558 No detectado

86 Enterovirus humano 71 (A) ATCC VR-784 No detectado

87 Echovirus humano 6 KBPV VR-19 No detectado

88 Metapneumovirus humano Korean isolate No detectado

89 Virus parainfluenza humana 1 ATCC VR-1380 No detectado

90 Virus parainfluenza humana 2 ATCC VR-92 No detectado

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Allplex™ Respiratory Panel 4


Nú m. Organismo Nú mero de cepa Resultado
91 Virus parainfluenza humana 3 ATCC VR-93 No detectado

92 Virus parainfluenza humana 4a ATCC VR-1378 No detectado

93 Virus parainfluenza humana 4b ATCC VR-1377 No detectado

94 Virus sincitial respiratorio humano A ATCC VR-26 No detectado

95 Virus sincitial respiratorio humano B ATCC VR-955 No detectado

96 Rinovirus humano 14 ATCC VR-284 No detectado

97 Virus de la influenza humana A (H1N1) ATCC VR-546 No detectado

98 Virus de la influenza humana A (H3N2) ATCC VR-544 No detectado

99 Virus de la influenza humana B ATCC VR-101 No detectado

※ ATCC: American Type Culture Collection


KCTC: Korean Collection for Type Culture
KCCM: Korean Culture Center of Microorganisms
KBPV: Korea Bank for Pathogenic Viruses


Para demostrar la reproducibilidad de los resultados, el experimento se repitió tres veces.
*Allplex™ Respiratory Panel 4 contiene pruebas de reacción cruzada que genera híbridos
con Haemophilus influenzae (HI) y Haemophilus aegyptius porque H. aegyptius se ha
clasificado como un biogrupo de HI.

2. Sensibilidad

Para determinar la sensibilidad del Allplex™ Respiratory Panel 4, se configuró una dilución en
5 0
serie estándar de ADN clonado objetivo desde 10 a 10 copias/reacción y se analizó con el
Allplex™ Respiratory Panel 4. El límite de detección para el Allplex™ Respiratory Panel 4 fue
100 copias/reacción.

3. Reproducibilidad

Los test de reproducibilidad se llevaron a cabo en 5 momentos distintos a lo largo de 5 días,


con 3 investigadores diferentes y 3 lotes de productos diferentes. Se obtuvieron los mismo
resultados en cada test, lo que confirma la reproducibilidad del Allplex™ Respiratory Panel 4.

33 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

4. Sustancias interferentes

Al llevar a cabo los test de interferencia usando el ADN genómico humano y el ADN
staphylococcus aureus como material de interferencia, Allplex™ Respiratory Panel 4 mostró
unos resultados claros de que no hay ninguna influencia en los resultados.

34 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

REFERENCIAS

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parapertussis, and Bordetella holmesii for clinical diagnosis.] J Clin Microbiol. (2003) 41(9): 4121-4126

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analysis in real-time PCR.] Scientific Reports. (2014) 4: 1-6

36 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

SÍMBOLOS

Clave sobre los símbolos que se han usado en el manual y las etiquetas

Símbolo Explicació n

Dispositivo médico de diagnóstico in vitro

Código de lote

Número de catálogo

Utilizar por fecha

Límite superior de temperatura

Mezcla de oligonucleotidos para amplificación y detección

PCR Master Mix or Detection Mix

Agua exenta de RNasa

Control Positivo (PC)

Control Interno (IC)

Consulte las instrucciones de uso

Fabricante

Fecha de fabricación

Representante autorizado en la Comunidad Europea

Precaución

Contiene suficiente para <n> test

37 06/2018 V1.07_(ES)
Allplex™ Respiratory Panel 4

INFORMACIÓ N DE PEDIDO

Nú m. Cat. Producto Tamañ o

Allplex™ series
RP9801Y Allplex™ Respiratory Panel 1 50 rxns
RP9801X Allplex™ Respiratory Panel 1 100 rxns*
RP10179Z Allplex™ Respiratory Panel 1 25 rxns*
RP9802Y Allplex™ Respiratory Panel 2 50 rxns
RP9802X Allplex™ Respiratory Panel 2 100 rxns*
RP10180Z Allplex™ Respiratory Panel 2 25 rxns*
RP9601Y Allplex™ Respiratory Panel 3 50 rxns
RP9601X Allplex™ Respiratory Panel 3 100 rxns*
RP10181Z Allplex™ Respiratory Panel 3 25 rxns*
RP9803Y Allplex™ Respiratory Panel 4 50 rxns
RP9803X Allplex™ Respiratory Panel 4 100 rxns*
RP10182Z Allplex™ Respiratory Panel 4 25 rxns*
* Para su uso exclusivo con Microlab NIMBUS IVD y Microlab STARlet IVD

Anyplex™ series
RV7G01Y Anyplex™ II RV16 Detection (V1.1) 50 rxns
RV7G01X Anyplex™ II RV16 Detection (V1.1) 100 rxns*
RB7500Y Anyplex™ II RB5 Detection 50 rxns
RB7500X Anyplex™ II RB5 Detection 100 rxns*
RV7310X Anyplex™ FluA/B Typing Real-time Detection (V1.1) 100 rxns
* Para su uso exclusivo con Microlab NIMBUS IVD y Microlab STARlet IVD

®
Seeplex series
®
RV3210 Seeplex RV7 Detección 50 rxns
®
RV6F00Y Seeplex RV15 ACE Detección 50 rxns
®
RV6F01Y Seeplex RV15 OneStep ACE Detection (V1.1) 50 rxns
®
PB1610Y Seeplex PneumoBacter ACE Detection (V3.0) 50 rxns

38 06/2018 V1.07_(ES)
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Productos accesorios
SG1701 Ribo_spin vRD (Viral RNA/DNA Extraction Kit) 50 preps

Sistemas de extracció n automatizados


65415-02 Microlab NIMBUS IVD EA
173000-075 Microlab STARlet IVD EA
744800.4.VC384 STARMag 48 X 8 Virus Cartridge kit 384T / 1caja
744300.4.TC384 STARMag 48 X 8 Tissue Cartridge kit 384T / 1caja
744300.4.UC384 STARMag 96 X 4 Universal Cartridge kit 384T / 1caja

39 06/2018 V1.07_(ES)

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