Bioproduction

niveau: 1ere année

Chapitre 1: Procédés des fermentations industrielles

1-Les fermenteurs
1.1-Fermenteur à agitation mécanique
1.2-Les fermenteurs à agitation d’air
1.3-Les fermenteurs à boucles
2-Les critères de choix d’un procédé d fermentation
3-Systèmes de fermentation
3.1-Systèmes en phase liquide
4-Mesure et contrôle des paramètres de culture
4.1-Les paramètres physico-chimiques
4.2-Les paramètres microbiologiques
4.2.1-Population cellulaire
4.2.2-Les paramètres de cultures à contrôler
5-Paramètres utilisés lors de la production
5.1-Paramètres de croissance

Chapitre 2. Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations

1.2- La production des antibiotiques par les actinomycètes
2-Les enzymes
2.1-Les amylases
2.2-Les glucoamylases
2.3-Les protéases
2.4-L'asparaginase
2.5-Les pénicillines acylases
2.6-La Taq polymérase
2.7-Autres enzymes
3-Les acides organiques
3.1-L’acide lactique
3.2-L’acide glutamique
3.3-L'acide citrique
3.4-L'acide itaconique
3.5-L’acide succinique
3.6-Autres acides organiques
4-Les acides aminés
5-Les vitamines
5.2-La riboflavine
5.3-La vitamine C
Chapitre 1: Procédés des fermentations industrielles

Le terme fermentation se réfère à la production à grande échelle de molécules biologiques

dans des fermenteurs. Les fermentations se différencient en fermentation continue et
discontinu. Dans la fermentation discontinue, les microorganismes sont cultivés dans une
cuve (ou fermenteur) souvent de grand volume, pour récolter ou extraire les produits formés
après une période de temps déterminé. Ces fermenteurs appartiennent au groupe des
bioréacteurs : enceinte permettent la culture de tous type de cellules (animales, végétales,
microorganismes), avec des paramètres physico-chimiques de cultures contrôlés et pilotés
(pH, température, agitation, substrats, produits, etc.).

1-Les fermenteurs
Enceintes hermétiquement close, les fermenteurs doivent permettent une stérilisation facile et
le maintien de l’asepsie pendant toute la durée de la culture. Ils doivent résister aux vibrations
(lors de l’agitation), aux surpressions et à la corrosion. En généra,l le volume total ne
représente que 4/5 du volume total de la cuve. Pour les petits volumes inférieurs à 10 litres la
cuve est en général fabriquée en verre. Pour les volumes supérieurs, ce sont des enceintes en
métal inoxydable avec des hublots permettent un contrôle visuel de la culture. Selon le mode
d’agitation Il existe deux types de fermenteurs.

1.1-Fermenteur à agitation mécanique : c’est le modèle le plus employé, parce que c’est le
plus simple. Le fermenteur à agitation mécanique existe en volumes allant d’un litre à
500.000 litres, sa conception tient compte de toutes les tâches qui doivent être réalisée.
-Le conteneur : il doit pouvoir contenir le volume désiré, résister aux vibrations résultant de
l’agitation, et résister aux surpressions de gaz lors de la stérilisation
-Le stérilisateur : avant l’ensemencement de la souche productrice le milieu doit être
stérilisé. Pour les petits bioréacteurs, la stérilisation de l’ensemble (cuve/ milieu) peut être
assurée par autoclavage sous pression 120-125° C. Les fermenteurs plus importants pourront
être constitués d’une double enveloppe permettant une circulation de vapeur autour du corps
ou être pourvus d’une simple résistance métallique plongeant dans le milieu (une
tyndallisation est réalisée pour éviter la détérioration du milieu). Le milieu peut être aussi
stérilisé par injection directe de vapeur sous forme de pression par le système d’aération.
Toutes les sorties de prélèvement et les entrées (substrats, antimousse, inoculum, aération,
bases ou acides, etc.) doivent être stérilisables et ne pas comporter d’espaces morts.
-L’aérateur : le fermenteur doit posséder un système d’aération qui injecte de l’air dans le
milieu en formant des bulles qui montent à la surface. La dissolution de l’oxygène est aidée
par le système d’agitation de la cuve.
-Homogénéisateur : le système d’agitation doit assurer le brassage du liquide en favorisant la
dissolution de l’oxygène de l’air et les échanges de températures, il existe nombreux types
d’agitation :
-Agitateur de type radial : turbine à pales droites, turbines à pales incurvées.
-Agitateur de type axial : hélice type marine, hélice à grande pale mince.

1.2-Les fermenteurs à agitation d’air : l’injection d’air peut servir à agiter le milieu soit par
effet siphon, soit par la force d’injection, sans autre dispositif mécanique.
-Les fermenteurs à jet d’air : utilisant des pompes centrifuges spéciales qui propulsent un
mélange air-milieu à haute vitesse dans le réservoir principal, ce qui assure agitation et
aération. Des essais pilotes avec des moisissures et des actinomycètes ont montré une capacité
d’oxygénation de 150 mMoles d’O2 par litre et par heure, contre 30 à 50 pour les fermenteurs
à agitation mécanique.
-Les fermenteurs à effet siphon : l’effet siphon est obtenu par la diminution de densité
provoquée par la présence de bulles d’air. Dans le fermenteur on provoque un effet de
cheminé qui favorise la dispersion des bulles à l’aide de chicane.

1.3-Les fermenteurs à boucles : le principe est de faire circuler le milieu dans un circuit
fermé soit par adjonction d’un tube latéral (pompage par le bas et réinjection par le haut), soit
par une réalisation entièrement tubulaire.

2-Les critères de choix d’un procédé de fermentation

Il existe non seulement différents types de fermenteurs mais aussi différents procédés de
fermentation selon que l’on travaille en milieu solide, en milieu liquide ou avec les systèmes
immobilisés. Les caractéristiques de la souche productrice, le milieu utilisé et certaines
considérations économiques déterminent le type de fermenteur idéal pour une production
optimal. Les critères de choix sont :
-La demande en oxygène du microorganisme: le système doit être capable de satisfaire la
consommation de la biomasse, certains microorganismes sont exigeants (Bacillus);
-La fragilité du microorganisme : beaucoup de fermenteurs sont équipés d’une agitation
mécanique pour la mise en solution de l’oxygène et l’homogénéisation, si l’agitation est trop
importante elle peut désintégrer les cellules. Le choix de l’agitation doit tenir compte du type
de biomasse recherchée : cellules séparées ou agglomérées en flock ou pellets;
-Les propriétés hydrauliques du milieu : une mousse plus importante lors de l’injection
d’air provoque des problèmes, la mousse peut colmater les filtres de sortie de gaz. Aussi, la
viscosité du milieu conditionne également le type d’agitation et de bioréacteur : une viscosité
excessive interdit les procédés basés sur l’immobilisation des enzymes;
-Les propriétés du produit vis-à-vis de la cellule : si le produit inhibe le microorganisme, il
est préférable de choisir un réacteur qui permet d’éliminer l’antibiotique en même temps qu’il
est produit (exp. utiliser un procédé continu).

3-Systèmes de fermentation
3.1-Systèmes en phase liquide : trois procédés peuvent être utilisés :
3.1.1-Culture en discontinu (batch en anglais) : le volume est constant sans renouvellement
de milieu. Un même volume de milieu sert à réaliser les phases de croissance, de production
et d’accumulation du produit. Tout le bouillon obtenu est ensuite retiré du fermenteur. En fin
de culture tout est traité et le bioréacteur doit être nettoyé pour une prochaine culture. Elle est
pratiquement la seule technique utilisée en production d’antibiotique. Ce système doit assurer
un brassage continu du milieu pour l’homogénéité de la culture et la dissolution de l’oxygène
injecté sous forme d’air comprimé.

3.1.2-Culture discontinue alimentée (Fed-batch en anglais) : avec addition contrôlé de

certains composants en cours de fermentation. Par exemple, lors de la production de la
pénicilline, la concentration en glucose est maintenue à des valeurs précises au cours du
temps.

3.1.3-Culture continue : dans ce système continu, la culture microbienne reste sous un

volume constant, tout en recevant un débit de milieu neuf. La concentration cellulaire varie en
fonction de la vitesse spécifique de croissance en phase exponentielle (μx expo, taux de
croissance) de l’espèce : dX/dt = (μx expo-D) . X , où X = biomasse initiale; D = vitesse
spécifique de dilution (rapport du débit d’entrée sur le volume du milieu h-1); t = temps.
Ce système consiste à maintenir le fermenteur et son contenu dans un même état le plus long
possible, par prélèvement du milieu fermenté et apport de milieu frais en continu. Deux
techniques sont possibles :

3.1.3.1-La technique du turbidostat : ce dispositif assure une culture continue ou la vitesse

spécifique de croissance est maximale (μx expo max) et une biomasse constante X, qui sera
choisie en phase exponentielle et restera constante grâce à une régulation de D c-à-d : μX
expo = D. L’appareillage est très simple, comprend une cellule photoélectrique réglée, sur une
valeur de X choisie, et reliée à la vanne d’entrée du milieu neuf. Il s’agit d’une autorégulation
de D en fonction de la biomasse mesurée à la sortie

3.1.3.2-La technique du chémostat ou bactogène : dans ces dispositifs μX expo > D : l’effet
de dilution est moins important que celui de la croissance. La vitesse spécifique de croissance
n’atteint jamais μX expo max, sa valeur est liée à la concentration d’un facteur limitant dans
la chambre de croissance, tous les autres aliments étant en excès. Quand D augmente, la
concentration en facteur limitant s’accroit et la biomasse, elle, diminue (on dilue le milieu) et
donc μx expo augmente (loi de Monod).

Dans ces trois systèmes, l’agitation est un facteur important de la réussite de la culture. Le
choix de la vitesse et le type des pales est important. Pour les microorganismes dont les
cellules sont relativement résistantes, on utilise des agitateurs de type radial et une vitesse
importante.
Dans certains cas l’agitation peut présenter un gros inconvénient créant des forces de
cisaillements trop importants. Les systèmes mécaniques peuvent être remplacés par l’agitation
par air: système d’injection d’air par le bas utilisé par exemple dans la production d’acide
citrique par A. niger.

3.2-Systèmes en phase solide

Dans ces systèmes, les substrats sont simplement humidifiés et non solubilisés ou en
suspension. Les substrats les plus utilisés sont les grains céréales, les copeaux de bois, la
paille, etc. Les microorganismes doivent avoir la particularité de présenter une tolérance à un
AW faible : c’est le cas des levures et des champignons filamenteux. Plusieurs types de
systèmes sont utilisés : colonnes à lits fixe, plateaux, fermenteur rotatif. Leurs principaux
avantages résident dans leur simplicité, la forte productivité obtenue et le peu d’énergie
exigée.

-Les avantages de la fermentation solide

Parmi les avantages des fermentations solides :
-C’est une technique simple à réaliser et ne nécessitant pas d’équipement sophistiqué;
-L’absence d’eau libre permet de réduire considérablement le volume des installations de
fermentation et les contaminations bactériennes;
-Elle assure une forte productivité en métabolites;
-Il n’y a pas de production de mousses lors des fermentations solides, contrairement aux
fermentations liquides;

-Inconvénients des fermentations solides

-Les microorganismes utilisés sont limités, seuls les microorganismes se développant en
faible Aw peuvent être utilisés;
-Les problèmes de transfert d’oxygène et de chaleur rendent difficile l’augmentation d’échelle
des procédés;
-La nature solide et hétérogène des substrats utilisés complique le suivi direct des paramètres
de fermentation;
-Le contrôle on line des paramètres de culture tels que le pH, l’humidité et la concentration
des nutriments, est assez aléatoire;
-Les microorganismes étant inséparables du substrat, l’estimation de la biomasse est délicate.

3.3-Systèmes immobilisés
Dans ce type de procédé, les microorganismes producteurs n’évoluent pas librement dans le
milieu, mais sont immobilisés sur un support ou une matrice. À l’entrée il y a introduction du
milieu frais qui alimente la biomasse et à la sortie un milieu fermenté qui contient le produit
désiré. La chlorotétracycline, la céphalosporine et la bacitracine ont été produites grâce aux
cellules immobilisées. La mise au point de ces systèmes présente, au niveau théorique
plusieurs avantages :
-Conservation du matériel biologique en fin de culture qui est réutilisable pour d’autres
cycles;
-Opération de récupération des produits facilités, la souche n’étant pas dispersées dans le
milieu réactionnel;
-Accroissement de la densité cellulaire et des vitesses de réaction.
En principe tous les types de cellules peuvent être immobilisés par des processus divers,
dérivées des techniques utilisées pour l’immobilisation des enzymes. Quatre types
d’immobilisation peuvent être utilisés.
-L’adsorption, qui est un processus ancien utilisé lors de la fabrication du vinaigre, dans
lequel les Acetobacter sont adsorbés sur des copeaux d’hêtre. Maintenant, on utilise des billes
de PVC, de DEAE cellulose (exp : Nocardia erythropolis : conversion des stéroïdes).
-L’inclusion, avec incorporation des microorganismes dans une matrice d’un polymère rigide
tel que l’alginate de sodium (Sc. cerevisiae : production d’alcool, Methanosarcina barkeri :
production de méthane, polyacrylamide (Arthrobacter simplex : production d’hydrocortisone,
B. subtilis : production d’alpha- amylase, Aspergillus niger : production d’acide citrique).
Plusieurs réalisations sont possibles : le gel peut être mis dans une colonne, dans laquelle
circule le milieu frais qui en ressort avec les produits de biosynthèse. Les gels peuvent être
utilisés en batch ou culture continue dans des bioréacteurs classiques.
-La liaison covalente, qui est moins utilisée pour les microorganismes. Il s’agit d’une liaison
covalente chimique irréversible qui met en jeu les groupements des chaines latérales des
acides aminés et un ligand fixé sur le support. Outre l’irréversibilité, ce système présente
l’inconvénient d’utiliser comme ligand des réactifs souvent toxiques pour les
microorganismes;
-La floculation, système par lequel on provoque l’agrégation des cellules, par exemple par
l’addition de polyélectrolytes (chitosane). Elle met en jeu des liaisons hydrogènes et de Wan
der Waals. Elle est notamment utilisée dans le traitement des eaux résiduaires en boues
activées. Divers processus sont utilisés dans les systèmes immobolisés :
*Réacteurs à lit fixe : entassement des billes dans une colonne, l’aération et les divers
contrôles étant effectués par un système externe.
*Réacteurs à lit fluidisé : où l’on évite un colmatage des billes en ajustant leur densité et la
vitesse d’écoulement, ceci permettant de meilleurs transferts de matière.
*Réacteurs à fibres creuses : on fait circuler le milieu de culture au travers de fibres creuses
où les cellules se développent.
*Réacteurs à plaques semi perméables : voisin du précédent, les fibres étant remplacées par
des membranes semi-perméables.
4-Mesure et contrôle des paramètres de culture
4.1-Les paramètres physico-chimiques
C’est un aspect fondamental des fermentations industrielles permettant d’arriver à une
optimisation maximale des cultures. Tous les paramètres doivent être contrôlés, c’est-à-dire
mesurés avec précision. Leur mesure fait appel soit à des capteurs spécifiques ou sondes
sensibles, soit à une technique externe après prélèvement d’un aliquote de culture. Les sondes
doivent être précisément calibrées, fiables et donner des renseignements exactes. Elles sont,
en général, connectées au système de pilotage et de régulation de culture. L’utilisation in situ
de ces sondes reste cependant très délicate : installation couteuse et complexe (électrolytes,
membrane à changer, etc.), maintien de la stérilité. Bien souvent, on aura à s’orienter vers des
systèmes de mesures après prélèvement et, ainsi, l’usage d’échantillonneurs automatiques
pouvant effectuer plusieurs dosages à partir d’un prélèvement se répand de plus en plus.
La régulation est assurée par les divers systèmes imposant les paramètres choisis à la culture
(chauffage-refroidissement, aération, agitation, adjonction d’acide et de base, antimousse,
etc.).

4.2-Les paramètres microbiologiques

Cet examen obligatoirement discontinu, permet de se rendre compte de l’état de croissance de
la souche, de la morphologie et de déceler la présence d’un contaminant.
4.2.1-Population cellulaire : la mesure de la biomasse dans le milieu de culture est le
meilleur moyen pour vérifier le développement de la culture. Une mesure exacte est difficile
car le milieu contient beaucoup d’insolubles. Il existe plusieurs techniques et sont toutes
sujettes à des critiques :

Mesures indirectes:
La plus simple est le volume de décantation. La prise d’un volume déterminé du bouillon de
culture est centrifugée dans des conditions précises d’accélération de géométrie de récipient et
de temps. Le volume du culot est mesuré, celui-ci comprend les insolubles et le mycélium. La
valeur obtenue ne donne ni un nombre de cellules, ni un volume de biomasse, mais
l’expérience permet d’en déduire le stade de la fermentation. Au début le culot est constitué
des insolubles. Progressivement, le mycélium se développe et s’ajoute au culot, mais modifie
en même temps le milieu en hydrolysant les farines et d’autres polymères. Le résultat global
est une évolution du volume de culot qui traduit plus ou moins fidèlement une évolution de la
fermentation.
-La mesure de la viscosité du milieu fournit une information globale d’état d’avancement de
la culture.
-La méthode de turbidité est peu utilisable dans le cas des fermentations industrielles à cause
des matières insolubles.
-Dénombrement des microorganismes
Le dénombrement est possible sur des volumes microscopiques connus grâce à des
hémacytomètres mais la méthode est impossible avec des microorganismes filamenteux.
-Estimation de la biomasse
La biomasse peut être estimée par le dosage d’un constituant cellulaire (azote, ADN) ou par la
consommation d’un métabolite (ATP) ou la production d’une molécule donnée.
-Cultures d’échantillons
La mise en culture d’échantillon (1 ou 2 par jour) dans des milieux favorables aux éventuels
contaminants permet le développement rapide de ceux-ci et leur détection rapide.
4.2.2-Les paramètres de cultures à contrôler
L’aération, l’agitation, les transferts de chaleur et le contrôle de la formation des mousses
représentent des éléments importants de la réussite d’une culture en bioréacteur; il est donc
primordial de savoir les maitriser correctement.

L’aération : le transfert correct de l’oxygène vers les cellules est un élément essentiel pour
une fermentation industrielle. L’oxygène se dissout mal dans l’eau (maximum 10 mg/L). Il
faut donc en fournir en permanence en maitrisant bien la façon dont il va être transférer aux
cellules. Ce transfert gaz-liquide va être évalué par la mesure d’un paramètre, KLa :
coefficient de transfert de masse volumétrique (exprimé en h-1). Il varie en fonction du débit
de l’aération, de la vitesse d’agitation, de la température et de la technique du bioréacteur.

L’agitation : Pour assurer une bonne optimisation de la culture, le facteur homogénéisation

est essentiel. Il faut en effet assurer un accès optimal des cellules aux substrats et à l’oxygène,
et éviter les mauvaises répartitions des cellulaires. Il faudra donc prendre en considération le
type d’agitation choisi en fonction des cellules, son intensité et la composition physique du
milieu (viscosité) qui pourra être amené à se modifié (excrétion des polymères,
développement de mycélium, etc.). Ce facteur important peut être quantifié par un paramètre,
le nombre de Reynold, qui varie en fonction de la vitesse d’agitation, du diamètre du système
d’agitation (pales), de la densité cellulaire du milieu et de la viscosité.

Le transfert de chaleur : pour assurer en permanence aux cellules une température optimale,
il est nécessaire non seulement de posséder un système de chauffage efficace mais aussi de
permettre une élimination de chaleur dégagée par les microorganismes en mettant en place un
système de refroidissement. Le système d’agitation dépendra donc de la qualité de ces
systèmes ainsi que la géométrie de la cuve, des caractéristiques du milieu, de l’agitation et de
l’aération. Ainsi, en présence de cellules fragiles pour lesquelles on sera obligé de diminuer la
vitesse d’agitation, on sera amené à augmenter la hauteur de la cuve par rapport à son
diamètre afi n d’accroitre la surface de contact entre le système de refroidissement et le
milieu.

Les mousses : leur apparition dépend essentiellement de deux facteurs. La composition du

milieu (protéine) et l’intensité d’aération. Les mousses empêchent l’élimination du Co2
produit et risquent d’occasionner des débordements, il faut absolument les éliminer. On utilise
pour cela des silicones ou des huiles, en s’étant assuré préalablement que ces produits n’ont
pas d’influence sur les cellules. Les quantités à rajouter peuvent être contrôlées par
l’intermédiaire d’une sonde détectrice couplée à un système de contrôle et un système
d’injection automatique.

5-Paramètres utilisés lors de la production

5.1-Paramètres de croissance
-Vitesse spécifique de croissance μx ou Qx : exprimée en h-1, est égale à la vitesse de
croissance en biomasse rapportée à l’unité de biomasse (X = biomasse en g. L-1 ; t = temps en
h). Pendant la phase exponentielle, μx est constant et maximal. Il est alors appelé μx expo.
-Vitesse volumique de croissance, est le rapport dX / dt, elle représente l’augmentation de la
biomasse par unité de volume et par unité de temps (par exemple en g. L-1. h-1).
-Temps de génération (G) est le temps de doublement de la biomasse X pendant la phase
exponentielle (ou le temps de doublement de l’absorbance pour un suivi
spectrophotométrique) :
-La vitesse volumique de consommation d’un substrat est le rapport dS /dt.
-La vitesse spécifique de consommation d’un substrat (QS),.

5.2-Cinétique d’apparition des produits, quantification : l’apparition des produits de

fermentation peut être quantifiée de la même manière que l’évolution de la biomasse, on
exprime :
-La vitesse volumique de production : notée rp d’expression dP/dt et exprimé en g. L-1. h-1
-La vitesse spécifique de production notée Qp, d’expression dP/dt . 1/X, c’est à dire vitesse de
production rapportée à la biomasse. Cette cinétique va dépendre de produits formés. On
distingue généralement trois cas :
*Les produits dits associés (sous-entendu associés à la croissance), c’est-à-dire dont
l’apparition dans le milieu est concomitante à l’évolution de la biomasse. C’est le cas de la
production d’éthanol lors de la fermentation alcoolique. Dès sa formation, celui-ci est exocyté
dans le milieu;
*Les produits dits non associés, appelés aussi métabolites secondaires, c’est-à-dire dont
l’apparition se manifeste en phase stationnaire. Ils ne sont libérés dans le milieu que lors de la
lyse cellulaire.
*Les produits mixtes ou intermédiaires, apparaissant dans le milieu au cours de la phase
exponentielle.

5.3- bilan l’apparition des produits de fermentation : peut être exprimée de quarte
manières.
-La productivité volumique horaire : c’est la masse de produit apparu par unité de volume de
milieu et par unité de temps (g. L-1. h-1).
-La productivité horaire globale : c’est l’évaluation de la productivité au volume total du
milieu (g. L-1. h-1).
-Le rendement total , par rapport au substrat principal, noté R p/S : rapport de la masse de
produit formé sur la masse de substrat utilisé à la fin du processus. On le désigne aussi sous le
nom de rendement de conversion.
-Le rendement de croissance R X/S est le rapport de la biomasse formée sur la masse de
substrat consommé.
Chapitre 4: Produits des fermentations industrielles et leurs utilisations

Certains métabolites sont synthétisés et apparaissent dans le milieu de culture au cours de la

phase de croissance, et d'autre apparaissent lorsque le microorganisme entre dans la phase
stationnaire. Les métabolites primaires sont ceux produits durant la phase de croissance et les
métabolites secondaires sont ceux produits lorsque la phase stationnaire est atteinte.
Un métabolite primaire est généralement issu du métabolisme énergétique et il est nécessaire
pour une croissance continue du microorganisme.

La production de métabolites secondaires est le résultat de réactions complexes qui ont lieu
dans les phases tardives de la croissance. Les métabolites secondaires présentent la
caractéristique majeure de n’être produits que par une seule ou par peu d’espèces. Chez les
microorganismes produisant des métabolites secondaires, la phase de croissance est appelée
trophophase. La phase impliquée dans la production de métabolismes secondaires est appelée
l’idiophase. Dans certains cas, des enzymes impliquées dans la trophophase sont également
impliquées dans la production de métabolites au cours de l’idiophase.

La fermentation citrique par Aspergillus niger est un exemple de produit résultant d’un
changement de métabolisme. Au cours de la trophophase, un substrat tel que le glucose est
principalement utilisé comme source d’énergie et aussi pour les synthèses. En générant de
l’énergie, la majorité du glucose est oxydée en CO2. Au cours de l’idiophase, le glucose est
majoritairement converti en métabolite secondaire, l’acide citrique.

Dans la production des antibiotiques, qui sont également des métabolites secondaires, un
scénario différent est impliqué. Un actinomycète qui produit un antibiotique synthétise une
batterie d’enzymes nouvelles à la fin de la phase exponentielle de croissance et au début de la
phase stationnaire. Ces enzymes sont responsables de la synthèse de l’antibiotique. Plus de
300 gènes sont, par exemple, impliqués dans la synthèse des enzymes responsables de la
production de la chlorotétracycline par Streptomyces aureofaciens. Au moins 72
intermédiaires de réaction sont formés et seulement 27 ont été isolés et identifiés. Cependant,
seules quelques enzymes impliquées dans la synthèse de la chlorotétracycline sont nécessaires
pour la croissance cellulaire.

1- Antibiotiques
Environ 10000 antibiotiques différents ont été caractérisés, et environ 160 sont
préparés industriellement et commercialisés. Les antibiotiques sont des substances organiques
secrétées comme des métabolites secondaires par certains microorganismes ou produits par
synthèse chimique. Les microorganismes producteurs d’antibiotiques sont en nombre très
restreint. Les principaux groupes utilisés dans la production industrielle d’antibiotiques sont
des bactéries filamenteuses du genre Streptomyces et des moisissures des genres Penicillium
et Cephalosporum. L’expérience montre cependant que les bactéries présentant un cycle de
vie incluant la formation de spores (des endospores ou d’autres types de spores) sont les plus
efficaces pour la production d’antibiotiques utiles.
De nombreux antibiotiques sont actuellement disponibles pour la profession médicale,
mais la recherche de nouveaux antibiotiques continue, notamment contre les bactéries, les
champignons, les virus et les tumeurs. Un des problèmes majeurs dans l’utilisation des
antibiotiques et des thérapeutiques chimiques est le développement de résistances chez les
agents pathogènes. Des résistances aux antibiotiques apparaissent également par des
processus de mutation et de sélection. Ainsi, la recherche d’antibiotiques se poursuit pour
combattre les résistances qui se développent vis-à-vis de ceux actuellement utilisés Il est clair
que de nouveaux agents efficaces contre les bactéries, les champignons, les virus ou les
tumeurs sont actuellement nécessaires.

1.1-Exemples de quelques antibiotiques produits par voie microbienne

1.1.1-Pénicilline : est produite par Penicillium chrysogenum et contient un cycle β-lactame

inhabituel dans les systèmes biologiques. Cet antibiotique est utilisé depuis plus de 50 ans, et
le développement de microorganismes résistants devient un réel problème. Des pénicillines
semi-synthétiques sont plus efficaces contre les microorganismes résistants au produit naturel,
et sont des antibiotiques de choix pour les applications cliniques.

1.1.2-Céphalosporines : cet antibiotique, également de la famille des β-lactames, est produit

par le champignon Cephalosporium acremonium. Les céphalosporines sont moins toxiques
que la pénicilline et leur spectre d’action antimicrobien est plus large. Elles sont aussi
résistantes aux pénicillinases produites par les microorganismes résistants à la pénicilline. Les
céphalosporines sont produites par fermentation, et certains dérivés semi-synthétiques sont
générés par modification chimique.

1.1.3-Streptomycine : de nombreux antibiotiques sont des dérivés de sucres, et la

streptomycine est un antibiotique de ce groupe produit par Streptomyces griseus. Le milieu de
fermentation employé contenant du soja avec du glucose comme source de carbone. La
streptomycine est composée de sucres aminés liés à d’autres sucres par une liaison
glycosidique. Sa découverte eut une grande importance médicale car ce fut le premier
médicament efficace contre le fléau de la tuberculose. La résistance à la streptomycine a posé
de sérieux problèmes dans les thérapies contre la tuberculose, et des combinaisons de
médicaments sont maintenant administrées pendant un temps donné.

1.1.4-Érythormycine: c’est antibiotiques appartenant à la famille des macrolides, il possède

de grands cycles lactone liée à des sucres. Il est produit par Streptomyces erythreus.

1.1.5-Rifamycine est un antibiotique de type lactone macrocyclique produit par Nocardia

mediterranei.

1.1.6-Rifampicine : est un inhibiteur spécifique de l’ARN polymérase bactérienne, ADN

dépendante ; elle est utilisée dans le traitement de la tuberculose associé à l’isoniazide et la
pyrazinamide.

1.1.7-Tétracyclines : les tétracyclines constituent un groupe d’antibiotiques majeurs efficaces

à la fois contre des bactéries Gram-positives et Gram-négatives. Elles sont également
efficaces contre Rickettsia, Mycoplasma, Leptospira, Spirochetes et Chlamydia. Certains
dérivés semi-synthétiques ont aussi été développés pour contrecarrer les problèmes
d’émergence de résistances bactériennes.

1.1.8-Spiramycine : c’est un antibiotique de la famille des macrolides. Ces derniers sont des
molécules lipophiles basiques composés d’un macrocycle lactonique ou aglycone. Le
microorganisme producteur Streptomyces ambofaciens.
1.2- La production des antibiotiques par les actinomycètes
Les actinomycètes tiennent une très grande importance dans le domaine de la biotechnologie
des antibiotiques, malgré les progrès de synthèses chimiques. En effet, 45% des antibiotiques
connus, sont naturellement issus des actinomycètes et plus particulièrement du genre
Streptomyces qui sont à l'origine de 75% des antibiotiques produits.

2-Les enzymes
Dans la nature, les microorganismes utilisent les enzymes pour dissocier les protéines,
l'amidon, la pectine, les lipides et d'autres grandes molécules insolubles. Ces dernières sont
réduisent en monomères, servant de sources de carbone et d'énergie pour eux-mêmes ou pour
d'autres organismes présents dans l'environnement. Ces enzymes hydrolytiques sont
généralement extracellulaires ou localisées sur la surface de bactéries ou de champignons. En
tant qu'enzymes extracellulaires, elles peuvent être récupérées très aisément du milieu de
culture. Les enzymes sont utilisées dans toutes les industries de la fermentation, que ce soit
pour les produits agroalimentaires, dans l’industrie pharmaceutique (antibiotiques, acides
divers, vitamines), l’industrie biomédicale (protéines recombinantes, réactifs), les industries
du nettoyage et de la décontamination (détergents, traitement de l’eau et des surfaces).

La production de protéases bactériennes est un processus industriel important en volume et en

valeur. Plus de 500 tonnes de ces enzymes sont produites chaque année. Elles sont
majoritairement utilisées dans la fabrication de détergents et de fromages. Les enzymes
utilisées dans les détergents sont des protéases de souches sélectionnées de Bacillus
amyloliquefaciens. Elles sont ajoutées aux détergents pour augmenter la solubilisation des
taches présentes sur le matériel à laver. Un des problèmes majeurs soulevés par l’utilisation de
protéases dans les détergents est la réponse allergique aux protéines bactériennes.
La production industrielle des enzymes est obtenue à partir des cultures industrielles des
bactéries et des champignons par fermentation, une fois la fermentation est achevée, les
enzymes sont purifiées, et elles sont alors commercialisées sous des formes variées : liquide,
concentrée,
poudre. Les enzymes les plus répandues, parmi celles qui sont produites à l’échelle
industrielle sont les protéases et les amylases.
Dans l’utilisation industrielle des enzymes, qui sont de nature soluble, il est souvent bénéfique
de les immobilisées sur un support insoluble. Les enzymes sont immobilisées de 3 manières
principales :

Fixation : l’enzyme est fixée sur un support insoluble (charbon actif, cellulose modifié, verre
poreux, etc.) par divers types de liaisons.

Inclusion : c’est l’incorporation physique des enzymes dans des structures semi-perméables :
microcapsule, gels, dans ce type d’immobilisation, l’enzyme garde sa forme soluble initiale
qui est bien sur la plus avantageuse.
Polymérisation : les molécules enzymatiques sont liées les uns aux autres en réseau, grâce à
des agents de liaisons bifontionnels tel que le glutaraldehyde, les liaisons entre enzymes sont
covalentes et donnent des structures insolubles et à haut poids moléculaire.
2.1-Les amylases : sont des enzymes qui hydrolysent l’amidon. Plusieurs amylases
microbiennes hydrolysent l’amidon par différentes voies pour générer des polymères de
courte chaîne (dextrine) et du maltose. D’autres enzymes hydrolysent les dextrines et le
maltose en glucose. Les α-amylases clivent les liaisons internes α-1,4 glycosidiques et sont
produites par des bactéries thermophiles du genre Bacillus, formant des endospores. Des
champignons tels que des espèces d'Aspergillus produisent également ces enzymes.
2.2-Les glucoamylases clivent le glucose de l'extrémité non réductrice de l'amidon. Ces
enzymes sont commercialisées pour la fabrication des sirops de fructose. Le fructose est plus
doux que le glucose et est le sucre préférentiel des sirops et des boissons sucrées. Aspergillus
niger est un producteur de glucoamylase. La conversion du glucose en fructose peut être
accomplie par une glucose isomérase bactérienne dont les producteurs principaux sont des
espèces de Streptomyces et Bacillus coagulans.

2.3-Les protéases
Les protéases hydrolysent les protéines et les peptides, en leurs unités constitutives : les acides
aminés. Les protéases alcalines sont utilisées dans l’industrie des lessives, industrie de la
viande, industrie fromagère. Les microorganismes utilisés dans la fabrication industrielle
d’enzymes protéolytiques sont des bactéries appartenant aux genres Bacillus, Pseudomonas,
Streptomyces, Streptococcus et des champignons des genres Penicillium et Aspergillus.

2.4-L'asparaginase est utilisée dans le milieu médical pour traiter certaines leucémies et
lymphomes. Le métabolisme de ces cellules tumorales nécessite l'acide aminé L asparagine.
L'asparaginase clive l'asparagine en acide aspartique et ammoniac, empêchant ainsi la cellule
tumorale d'utiliser son substrat. La production commerciale de cette enzyme s'effectue par des
mutants sélectionnés d’Escherichia coli, d’Erwinia carotovora et d'autres espèces.

2.5-les pénicillines acylases, sont produites par différentes bactéries et champignons, mais la
production industrielle s'effectue par des mutants sélectionnés d’E. coli. Ces enzymes clivent
la pénicilline en acide 6-amino pénicillanique et acide phénylacétique. Ainsi, l'amine libre de
l'acide 6-amino pénicillanique peut être chimiquement modifiée pour produire des pénicillines
semi-synthétiques variées.

2.6-La Taq polymérase

La Taq polymérase est employé pour les réactions de polymérisation en chaine cette enzyme
est produite par Thermus aquaticus, une bactérie thermophile dont la température optimale de
croissance est de 70° C, est de ce fait cette enzyme est stable à la chaleur. Elle est largement
employée en recherche pour réaliser la PCR, diagnostic et en médecine légale.

3-Les acides organiques : Les principaux acides organiques issus de l’industrie microbienne
sont : l’acide acétique, l’acide glutamique, l’acide lactique, et surtout l’acide citrique. Ils
totalisent une production annuelle supérieure au million de tonnes.

3.1-L’acide lactique : sa production à l’échelle industrielle est réalisée avec des cultures
fermentaires d’Aspergillus niger, qui peuvent atteindre des rendements de 125 g/l du milieu.

3.2-L’acide glutamique : est industriellement fabriqué à partir de la fermentation des

mélasses par Clostridium glutamicum.
3.3-L'acide citrique : c’est un acide organique important synthétisé par une fermentation
microbienne. Plus de 130 000 tonnes sont produites par an dans le monde. L'acide citrique
était extrait à l'origine à partir de citron (un citron contient 7 % à 9 % d'acide citrique). En
1923, une fermentation microbienne produisant des taux élevé d'acide citrique a été
développée, et le prix a diminué avec l'augmentation de la production. Environ les deux tiers
de l’acide citrique produit et commercialisé sont destinés aux aliments et aux boissons, tels
que les boissons sucrées, les desserts, les confiseries, les fruits glacés, les compotes, les gelées
et les crèmes glacées.

Dans l'industrie pharmaceutique, le citrate de fer constitue une source alimentaire de fer.
L’acide citrique est également utilisé comme conservateur du sang stocké, de médicaments et
de pommades. Le citrate a également remplacé les polyphosphates dans les détergents, en
raison de l'élimination des phosphates qui constituent des polluants environnementaux.
La majorité de l’acide citrique provient de fermentations dans des grands fermenteurs en acier
inoxydable, en utilisant des souches du champignon Aspergillus niger. Le saccharose est
également le substrat pour la production de l'acide citrique en tant que métabolite secondaire
au cours de l'idiophase. Durant la trophophase, le mycélium est produit et du CO 2 est libéré.
Au cours de l'idiophase, le glucose et le fructose sont métabolisés directement en acide
citrique. Peu de CO2 est produit. Dans les conditions optimales, environ 70 % du sucre est
converti en acide citrique. Les taux de fer et d'autres minéraux inhibiteurs constituent des
facteurs critiques au cours de la fermentation. Le fermenteur doit ainsi être en inox ou
recouvert de verre, et l'utilisation du cuivre est prohibée.

3.4-L'acide itaconique : utilisé dans les résines à méthacrylate en tant que copolymère.
L'ajout de ce produit à raison de 5 % à de l'encre d'impression augmente la capacité de celle-ci
à se fixer sur le papier. C'est également un détergent potentiel. L'organisme impliqué dans la
production de l'acide itaconique est une souche d'Aspergillus terreus. En fermentation
submergée, le taux de production à partir de mélasses de betterave est de 85 % du taux
théorique.

3.5-L’acide succinique est un intermédiaire du cycle de l’acide tricarboxylique et un des

produits résultant du métabolisme anaérobie. Il est synthétisé par la majorité des cellules
microbiennes, végétales et animales. De nombreuses recherches ont été menées pour
développer des procédés de production biologiques d’acide succinique en utilisant des
souches telles que Aspergillus niger ou Saccharomyces cerevisiae et des souches
recombinantes d’Escherichia coli et en travaillant sur leur métabolisme pour améliorer les
rendements de production.
Actuellement, parmi les bactéries, Actinobacillus succinogenes et Mannheimia
succiniciproducens semblent être les meilleures souches productrices d’acide succinique.
Cette production pourrait s’élever à plus de 66 g/l en 84 heures (pour une consommation de
98 g/l de glucose).

4-Les acides aminés : sont des produits industriels majeurs avec une production mondiale
annuelle excédant les 400 000 tonnes. Les acides aminés sont utilisés pour améliorer la qualité
des aliments, en médecine ou comme éléments de base pour la synthèse chimique. L’acide
aminé produit en plus grande quantité est l'acide glutamique (80% de la production totale),
suivi de la lysine (10%). La forme biologiquement active des acides animés est la forme L,
isomère produit par fermentation. La synthèse chimique conduit à un mélange des isomères D
et L.

Les acides animés sont synthétisés par des microorganismes qui se distinguent en fonction du
métabolite précurseur utilisé comme élément de base pour la synthèse. Par mutation et
sélection, des microorganismes ont été développés pour produire des quantités importantes de
la plupart des acides animés courant. La majorité des processus de fabrication des acides
animés ont été initiés au japon et certaines souches utilisées industriellement. Les principaux
microorganismes produisant l'acide glutamique nécessite un apport en biotine.
-L-lysine, peut être produit en grande quantité par fermentation directe en utilisant un mutant
de Brevibacterium flavum qui nécessite un apport en homosérine et en leucine.

5- Les vitamines
Les processus de mutation et de sélection pouvant conduire au développement de souches
microbiennes prototrophes capables de produire en grande quantité quasiment toutes les
vitamines B. Cependant, seules deux vitamines B, la riboflavine (vitamine B2) et la
cyanocobalamine (vitamine B12), sont produites par fermentation, car la synthèse chimique
des autres est moins coûteuse. La vitamine B12 est une molécule complexe qui n'est
synthétisée que par des microorganismes procaryotes. Nécessaire aux humains, elle est
apportée par l'alimentation ou produite par la flore microbienne intestinale normale. Des
anémies peuvent apparaître chez des humains présentant des taux insuffisants en vitamine
B12.

5.1-La vitamine B12 : la production annuelle de vitamine B12 est d'environ 10 000 kg. La
vitamine B12 non purifiée est ajoutée à l'alimentation des volailles à raison d'environ 12 mg
par tonne, ceci montre son efficacité à des concentrations excessivement faibles. La vitamine
B12 est synthétisée par des bactéries à partir d'intermédiaire commun à la synthèse des hèmes.
Les micro-organismes impliqués dans la fabrication de la vitamine B12 sont
Propionibacterium shermanii et Pseudomonas denitrificans. Ce dernier produit environ 60
mg par litre dans des conditions de culture appropriées.

5.2-La riboflavine (vitamine B2), est présente naturellement dans les oeufs, le lait, la viande
et d'autres aliments. Elle est ajoutée comme complément alimentaire dans le pain, le lait et
d'autres aliments pour augmenter la valeur nutritionnelle. Des levures telles que Ashbya
gossypii sont utilisés pour la fabrication industrielle de la riboflavine.

5.3-La vitamine C (acide ascorbique) : est produite par une combinaison de synthèse
chimique et microbiologique. Elle est également utilisée comme antioxydant. La production
mondiale dépasse les 35 000 tonnes par an. Le substrat de départ, le D-glucose, est réduit
chimiquement en D-sorbitol, et une oxydation microbienne conduit à la transformation du D-
sorbitol obtenu en L-sorbose, lequel est chimiquement converti en acide ascorbique.
Acetobacter suboxydans est le microorganisme impliqué dans la déshydrogénation du D-
sorboiol en L-sorbose.

6-Biocides
Le produit commercial le plus connu est celui généré par un microorganisme pour le contrôle
des populations d’insectes, est une protéine synthétisée par Bacillus thuringiensis. Cette
protéine apparait comme un cristal parasporal au cours de la sporulation. Elle est libérée avec
la spore lors de la désintégration de la bactérie sporulante. La cellule végétative de Bacillus
thuringiensis n’est pas toxique, mais le cristal de protéine est efficace en tuant les
lépidoptères. Cette molécule est très efficace contre les insectes ayant un pH intestinal alcalin,
car la protéine toxique est solubilisée à des pH élevé. Les protéines des spores ingérées sont
clivées par des protéases intestinales et les toxines détruisent les cellules épithéliales de
l’intestin. Les contenus de l’intestin passent dans le sang, entrainant une paralysie et la mort
de l’insecte. La toxine est inefficace contre les animaux en raison de leur pH intestinal neutre
ou acide.

Bacillus thuringiensis se multiplient aisément en fermenteur submergé, et produit dans les

conditions appropriées des spores et des corps parasporaux en trente heures. Après
l’inoculation du milieu de culture dans le fermenteur, les spores et les cristaux sont récupérés
et incorporés dans un adjuvant inerte avant d’être vendus comme insecticide a pulvérisé sur
les plantes. Le produit actif est naturel, et est dégradé par les microorganismes du sol.

7-Les protéines d’organismes unicellulaires (POU)

La recherche de nouvelles ressources alimentaires est l’une des préoccupations de ce siècle et
de nombreux pays doivent faire face. A l’heure actuelle, le régime alimentaire de beaucoup de
pays accuse un grave déficit en protéines animales et particulièrement en viandes rouges. Ses
besoins protéiques sont essentiellement couverts par les protéines végétales (céréales,
légumineuses). Cependant, les protéines d’origines animales sont de qualité supérieure aux
protéines végétales, car mieux équilibrées en acides aminés indispensables.