En bactériologie et parasitologie, le but des analyses est souvent d'identifier l'agent responsable de

l'infection : bactérie, parasite, champignons microscopiques, etc. Elles consistent donc à prélever
un échantillon et à rechercher l'élément pathogène soit par observation directe, soit après mise en
culture. L'identification du germe pathogène aidera à définir le meilleur traitement et l'antibiotique
le plus efficace.

 Examen cytobactériologique des urines (ECBU)

 Examen bactériologique des selles (coproculture)
 Recherche de germes dans le sang (hémoculture)
 Examen parasitologique des selles
 Examen du liquide céphalo-rachidien
 Analyse bactériologique des sécrétions bronchopulmonaires
 Analyse bactériologique des sécrétions génitales
 Antibiogramme

Examen cytobactériologique des

urines (ECBU)
L'Examen Cytobactériologique des Urines (ECBU) est un prélèvement visant à faire le diagnostic
d'une infection urinaire.

Qu'est-ce que l'examen cytobactériologique des urines ?

L'ECBU permet de déterminer s'il y a infection urinaire, et si oui d'identifier la bactérie responsable
et d'évaluer l'importance de l'inflammation.

La technique de l'examen cytobactériologique des urines

Cette analyse comporte un examen direct de l'urine au

microscope et une mise en culture afin de rechercher et d'identifier la présence de germes.
L'ECBU permet de rechercher une infection urinaire (cystite, pyélonéphrite) et d'identifier le(s)
germe(s) en cause. Si un germe est trouvé, un antibiogramme antibiogramme peut alors être réalisé
pour guider le médecin dans sa prescription d'antibiotique.

Comment se déroule l'examen cytobactériologique des urines ?

Recueillir les urines de la première miction du matin en évitant la contamination de l'urine
par une bactérie de l'environnement et désinfection locale avec une solution antiseptique
 (type Dakin). Les premières gouttes d'urine seront éliminées et les 20 à 50 ml suivants seront
recueillis dans un pot stérile.

Chez la femme, le recueil se fait si possible en dehors des périodes menstruelles ou

d'infection vaginale.

Chez le nourrisson, après désinfection locale, le prélèvement se fait par la pose d'une poche
stérile adhésive maintenue en place pendant moins d'une heure.

Chez les sujets ayant une sonde urinaire, le prélèvement peut être fait directement par
ponction de la sonde qui sera au préalable désinfectée à l'alcool iodé.

Si possible, le prélèvement sera fait avant la mise en route d'un traitement antibiotique ;
dans le cas contraire signaler le traitement en cours.

Noter le nom et le prénom sur le flacon et le garder au frais avant de l'amener au laboratoire.

Valeurs normales de l'ECBU

Examen cytologique : < 10 éléments / mm3 
Examen bactériologique : culture stérile (ou < 10³ germes /ml)

Variations pathologiques de l'ECBU

Examen cytologique : Présence de leucocytes supérieurs à 10/mm³. L'étude déterminera s'ils sont
altérés ( pyurie).

Examen bactériologique : identification d'un ou plusieurs germes ; une quantité > 105/ml
détermine une infection des urines :

 Cystite ou infection urinaire basse à Escherichia coli, Proteus, Staphylococcus saprophyticus…

 Pyélonéphrite aiguë avec le même type de germe que dans la cystite
 Chez l'homme : Cystite souvent + prostatite aiguë /chronique ; épididymiteaiguë (Gonocoque, Chlamydia).
 Chez l'enfant jeune, si les infections urinaires sont récidivantes, rechercher une éventuelle malformation ou
un reflux urinaire.

ECBU comprend deux étapes :

 L’examen direct de l’échantillon au microscope qui permet de faire une cytologie (numération
des leucocytes/mm3 et hématies /mm3), de noter la présence éventuelle de cristaux et de
germes s’ils sont en quantité importante ; il permet dans le cadre de l’urgence de rendre des
premiers résultats pouvant orienter la conduite du prescripteur.
 La mise en culture de l’échantillon sur milieux spécifiques qui permet de réaliser la
quantification, l’identification et le profil de sensibilité aux antibiotiques (antibiogramme) du
germe éventuel. C’est cette seconde étape qui nécessite, selon les cas, 24h à 72 h avant de
pouvoir rendre des résultats complets
 Les modalités du recueil des urines en vue d’un ECBU :
  Après toilette intime soigneuse et désinfection des muqueuses avec un antiseptique, recueillir
les urines dans un flacon stérile contenant un conservateur (acide borique) que votre
laboratoire ou votre officine peut vous délivrer.
-Il est essentiel de ne recueillir que le second jet, les bactéries naturellement
présentes au niveau du méat urétral pouvant souiller le premier jet et fausser les
résultats de l’examen. -Idéalement, on prélèvera les urines du matin, de sorte
que s’il y a infection, les bactéries se soient « concentrées » durant la nuit dans la
vessie et soient en quantité suffisante pour pouvoir être détectées. -S’il n’est pas
réalisé au laboratoire, le prélèvement devra y être apporté dans les deux heures
qui suivent sa réalisation. 

L’interprétation des résultats : Les résultats comprennent :

-la numération des hématies (globules rouges) et des leucocytes (globules
blancs) par mm3

-la présence ou non de cristaux, de cellules épithéliales et des autres éléments

éventuellement présents

-la présence ou non d’un germe et éventuellement son identification, sa

quantification et son antibiogramme.

Un ECBU « normal » ne doit pas comporter plus de 10 hématies et 10 leucocytes

par mm3 et doit être stérile (absence de germes).

 S’il existe de nombreuses hématies, on parle d’hématurie.

 S’il existe de nombreux leucocytes, on parle de leucocyturie.

Généralement, la présence de germes (à l’examen direct et/ou en culture) sans

leucocyturie témoigne d’un prélèvement imparfait (contamination de l’urine lors
du recueil) et n’est donc pas pathologique.

En revanche, la présence de germes avec une leucocyturie signe, sauf exception,

une infection urinaire. Le micro-organisme en cause est alors identifié, quantifié
et un antibiogramme est réalisé.

S’il existe une leucocyturie sans germe retrouvé, il peut s’agir d’une infection
urinaire en cours de traitement antibiotique, d’une infection urinaire
« décapitée » par un traitement antibiotique récent et/ou inadapté ou d’un
germe de culture délicate. Dans ces cas précis, le délai de culture sera prolongé
de 24 heures avant de conclure à l’absence de germe.

Classiquement, les germes en cause dans les infections urinaires sont :

-les entérobactéries (germes du tractus digestif) qui colonisent la sphère

urinaire : Escherichia coli, klebsielles et entérocoques…
-les bactéries saprophytes de la peau : staphylocoques et streptocoques
-plus rarement des levures du genre Candida. 
Conclusion Il est essentiel de rappeler que, même si l’ECBU est de réalisation
technique assez simple, l’interprétation de ses résultats peut être rendue délicate
de par la qualité de l’échantillon (recueil des urines, type de flacon utilisé, délai
d’acheminement du prélèvement au laboratoire) et la qualité des informations
recueillies (contexte de la prescription, traitements antibiotiques récents ou en
cours…)

Coproculture : Examen bactériologique

des selles
La coproculture est l'examen bactériologique des selles. Des bactéries pathogènes responsables
de diarrhées infectieuses et d'infections digestives sont recherchées (salmonelles, Shigelles,
Campylobacter…). La coproculture est réalisée sur demande médicale chez un patient souffrant
de diarrhées dont l'état général s'est altéré, chez un voyageur revenant d'un pays tropical et
souffrant de diarrhée, quand la diarrhée est sanglante. A noter, la coproculture est obligatoire
2 fois par an pour le personnel de cuisine.

Qu'est-ce que la coproculture ?

La coproculture a pour but la recherche de bactéries

pathogènes dans les selles, normalement absentes mais aussi la mise en lumière d'une "rupture
d'équilibre".

L'enfant étant plus sujet à l'infection à Rotavirus, la coproculture la recherchera

systématiquement.

L'examen des selles est réalisé à l'état frais et après coloration au bleu de méthylène ou à la
coloration de Gram.

Technique de la coproculture
Des milieux sélectifs et des milieux d'enrichissements sont utilisés afin de retrouver dans les selles
des germes pathogènes. La coproculture permet d'isoler notamment : les salmonella, les Yersinia,
les Shigella, les Campylobacter, Pseudomonas aeruginosa.

Comment se déroule le prélèvement ?

Le prélèvement de selles est réalisé par le patient dans un récipient stérile ou dans un pot à
coprologie. Il doit être ensuite transporté rapidement au laboratoire (ou gardé au frais en
attendant). Il convient de signaler l'existence d'un traitement antibiotique éventuel.
Chez le nourrisson, le prélèvement se fera directement dans la couche. Un écouvillonnage rectal
peut également être pratiqué.

Enfin, on notera la présence éventuelle de sang, de glaire. La consistance des selles sera également
notée.

Résultat normal de la coproculture

Présence d'une flore saprophyte normale.

Résultats pathologiques de la coproculture

Infections digestives et diarrhées aiguës mettant en cause les germes cités précédemment ou des
virus (Rotavirus) ou encore des parasites (voir " Examen parasitologique des selles").

Dans le cas du syndrome cholériforme, des toxines bactériennes sont libérées dans l'intestin
entraînant une diarrhée liquide, non sanglante, sans glaire ni pus. Des vomissements peuvent être
associés.

Dans le cas du syndrome dysentériforme, la diarrhée est peu abondante, mais sanglante et
purulente. Elle est souvent accompagnée de fièvre. Ce syndrome est causé par une "invasion" de
bactéries dans la muqueuse entraînant une inflammation et une ulcération.

Ces bactéries peuvent provenir d'une infection alimentaire, d'un problème d'hygiène en particulier
après séjour en pays tropical, d'un contexte épidémique (famille, crèche, colonies de vacances…).

Hémoculture
L'hémoculture est un examen sanguin visant à identifier un ou plusieurs germes présents dans le
sang. L'hémoculture permet de diagnostiquer une septicémie, en cas de présence de bactéries
dans le sang.

Qu'est-ce que l'hémoculture ?

L'hémoculture est la mise en culture du sang d'un malade pour y rechercher la présence éventuelle
de micro-organismes (bactéries) responsables d'une infection et d'identifier ces bactéries.

La technique de l'hémoculture

L'hémoculture consiste à mettre en culture un prélèvement de

sang afin d'identifier un ou plusieurs germes.
La présence de germes dans une hémoculture (et donc dans le sang du patient) signifie qu'il existe
chez le patient une bactériémie. Lorsque celle-ci s'accompagne d'un syndrome infectieux, on parle
de septicémie dont la forme la plus grave est le choc septique. L'hémoculture permet donc de poser
un diagnostic de septicémie, d'identifier le(s) germe(s) responsable(s) et de réaliser
unantibiogramme pour orienter le médecin dans la prescription d'un traitement antibiotique
efficace.

Comment se déroule le prélèvement de l'hémoculture ?

Le prélèvement de sang pour mise en culture et recherche de germes se fait en plusieurs fois. Le
premier prélèvement est réalisé le plus tôt possible ; avant la mise en place d'un traitement
antibiotique ; en prenant la température régulièrement (toutes les 3 heures) pour tenir compte de
la courbe thermique. Les prélèvements suivants (2 à 5 hémocultures) sont espacés de 3 ou
4 heures, si possible au moment des pics de température ou au contraire d'hypothermie
(température anormalement basse).

Il s'agit d'un prélèvement de sang veineux réalisé en général au pli du coude. Le volume prélevé est
immédiatement injecté dans des flacons pour hémoculture.

Valeurs normales de l'hémoculture

Culture stérile. Toutefois, en cas de septicémie, des hémocultures négatives ne signifient pas que
la cause bactérienne soit inexistante.

VARIATIONS PATHOLOGIQUES DE L'HÉMOCULTURE

Isolement répété du même germe : septicémie dont le point de départ infectieux pourra être
précisé par le germe identifié, le contexte clinique : infection pulmonaire, endocardite,
pyélonéphrite, infection après intervention chirurgicale, morsures ou griffures animales, infection
nosocomiale acquise à l'hôpital.
Isolement de germes différents : successivement ou dans une même hémoculture peut être le
signe d'une septicémie ou d'une bactériémie chez les leucémiques et les cancéreux. Il faudra alors
évoquer un terrain particulier (cirrhose, problème immunitaire) ou un foyer infectieux
(digestif : sigmoïdite / cutané : escarre, plaies diverses).
Dr Marie-Françoise Odou

Examen parasitologique des selles

Conditions de prélèvement
La totalité des selles émise en une fois sera recueillie dans un pot stérile rapidement amené au
laboratoire (ou conservé au frais).

Dans certains cas, il pourra s'avérer nécessaire de renouveler le prélèvement.

Intérêt de l'analyse
L'examen parasitologique des selles permet de diagnostiquer des parasitoses intestinales. Celles-ci
sont responsables de diarrhées accompagnées d'autres symptômes qui varient selon les parasites
 en cause. L'examen consiste à rechercher directement le parasite par observation au microscope
(après des traitements particuliers effectués sur le prélèvement). De très nombreux agents
différents peuvent être en cause (agents transmis par l'alimentation et les mains souillées, suite à
un voyage en zone d'endémie ou non, émergence chez les sujets immunodéprimés de parasites
dits opportunistes car non pathogènes chez les sujets en bonne santé).

Résultats
 Recherche négative : il peut être opportun de répéter cette recherche si l'on suspecte vraiment une
parasitose car certains parasites ne sont émis dans les selles que par intermittence.
 Mise en évidence de kystes d'amibes : certains ne sont pas pathogènes (kystes d'Entamoeba coli ) ; leur
présence est simplement signalée.
 Kystes d'amibes pathogènes indiquant une amibiase colique ; des examens complémentaires pourront alors
être nécessaires.
 Oxyurose : parasitose fréquente surtout chez l'enfant. Le diagnostic peut être posé à partir d'un prélèvement
de selles mais également par un "scotch test" : un ruban de scotch doit être appliqué le matin avant la
toilette sur la marge anale puis collé sur une lame de verre adressée au laboratoire.
 Oeufs d'ascaris mis en évidence à l'examen des selles
 Oeufs de trichocéphale
 Oeufs d'Hymenolepis
 Oeufs d'ankylostomes (origine tropicale)
 Larves d'anguillule (nécessite alors un deuxième prélèvement pour coproculture) (origine tropicale)
 Anneaux de Taenia (agent du "ver solitaire"
 Kystes de Giardia
 Cryptosporidies
 Autres coccidioses
 Microsporidioses

Examen du liquide céphalo-rachidien

(LCR)
Conditions de prélèvement
Le prélèvement est réalisé le plus souvent en urgence (éventuellement après étude du fond d'oeil).
Le patient doit s'allonger sur un côté et courber le dos (en repliant les genoux vers la poitrine). Une
anesthésie locale peut être réalisée. Le LCR est prélevé par ponction au niveau des vertèbres
lombaires à l'aide d'une aiguille à ponction lombaire. Quelques millilitres de LCR sont prélevés et
rapidement amenés au laboratoire pour être analysés.

Il est souhaitable d'effectuer le prélèvement avant d'instaurer un traitement antibiotique.

Intérêt de l'examen
L'examen du LCR permet le diagnostic de méningite aiguë. Il est réalisé en urgence lorsqu'une
méningite est suspectée. Il peut être également nécessaire au diagnostic d'autres infections du
système nerveux central : méningo-encéphalites, abcès cérébraux, myélites.
 L'analyse du LCR comporte plusieurs aspects :

 Analyse cytologique :recherche de cellules, en particulier globules blancs ;

 Analyse chimique : dosage du glucose, des protéines, des ions chlorure ;
 Analyse bactériologique : mise en culture pour identifier un éventuel germe en cause et réaliser un
antibiogramme (voir ce terme) pour savoir quels antibiotiques seront efficaces sur ce germe.

Résultat normal
LCR d'aspect clair 
0 - 2 cellules / mm3 
Protéines : 0.20 - 0.40 g /l 
Glucose : 50 % de la glycémie (taux de glucose dans le sang) 
Examen direct bactériologique négatif et culture négative

Résultats pathologiques
Méningites :

Glucose LCR
Cellules Protéines
Aspect Glucose Culture bactérienne Interprétation
/mm3 (g/l)
sang

0  Méningite virale 
5 - 300 ou Listeria  Méningite à Listeria 
Clair lymphocytes <1 = 0.5 ou spirochète ou spirochète
0 ou  Méningite tuberculeuse
100 - 200 bacille tuberculeux  ou fongique
Clair lymphocytes >1 < 0.5 ou cryptocoque (champignon)
+ (méningocoque,
Trouble > 200 pneumocoque,
purulent neutrophiles >1 < 0.5 Haemophilus…) Méningite bactérienne
Jaune Hématies bacille
/rouge nombreuses < 0.5 tuberculeux Tuberculose

Autres cas de LCR pathologiques

Hémorragie méningée

Méningo-encéphalite :

 Virale : virus du groupe Herpès, entérovirus, virus de la rougeole, rubéole, oreillons, grippe, rage, fièvres
hémorragiques…
 Bactérienne : Listeria, bacille tuberculeux, leptospires, Chlamidia, Brucella…
 Fongique ou parasitaire : Plasmodium, cryptocoque, toxoplasme...
 Abcès cérébral.
Analyse bactériologique des sécrétions
de la sphère ORL et
bronchopulmonaires
Conditions de prélèvement
Le prélèvement sera effectué si possible avant la mise en route d'un traitement antibiotique. Dans
le cas contraire, signaler le traitement en cours.

Prélèvement au niveau du nez, des oreilles, de la gorge : le prélèvement est réalisé au laboratoire
par frottement d'un écouvillon stérile (sorte de long coton-tige) sur la zone concernée.

Pour les sécrétions broncho-pulmonaires, on recueillera dans un

pot stérile les expectorations (crachats). Pour cela il faut au préalable effectuer un lavage avec une
solution antiseptique puis un rinçage à l'eau de la cavité buccale ; les expectorations seront
recueillies après une toux provoquée (par exemple à l'issue d'une séance de kinésithérapie
respiratoire), en retenant préférentiellement les échantillons émis après plusieurs rejets.

Intérêt de ces examens

L'analyse bactériologique de prélèvements ORL ou broncho-pulmonaires permet de rechercher et
d'identifier d'éventuelles bactéries responsables d'infections localisées dans ces sites (une
recherche de virus peut également être réalisée mais pas de façon systématique). Une fois ces
germes identifiés, il est possible de réaliser un antibiogramme (voir ce terme) afin de guider le
médecin dans sa prescription antibiotique.

Résultats normaux
Pour les prélèvements ORL : il existe une flore diversifiée normalement présente.

Pour les prélèvements broncho-pulmonaires, un examen cytologique est réalisé afin de visualiser
la présence de cellules bronchiques (il ne doit pas y avoir trop de cellules provenant directement
de la bouche, car cela signifierait que le prélèvement n'a pas été réalisé de façon satisfaisante). La
culture doit montrer la présence de germes en faible quantité (< 10 6 /ml).

Résultats pathologiques
Mise en évidence de bactéries pathogènes prédominantes dans le prélèvement ORL par rapport à
la flore normale :
agents de la coqueluche, angine de Vincent, angine à Streptocoque, diphtérie dans prélèvements
de gorge

germes responsables d'otites, de sinusites et de bronchites : pneumocoque, Haemophilus,

Moraxella …

Pour l'examen cytobactériologique des crachats, l'interprétation ne sera possible que si le

prélèvement a été réalisé dans de bonnes conditions et qu'il met en évidence la présence d'un
germe à un taux > 10 7 /ml : pneumocoque, mycoplasme, légionnelle, ou mycobactérie dans le cas
d'une tuberculose.

Analyse bactériologique des sécrétions

génitales
Conditions de prélèvement
Le prélèvement sera effectué si possible avant la mise en route d'un traitement antibiotique. Dans
le cas contraire, signaler le traitement en cours.

Chez la femme : après pose d'un spéculum, prélèvements sur un ou plusieurs écouvillons au niveau
de l'endocol principalement, ainsi que des leucorrhées.

Chez l'homme : prélèvements urétraux réalisés sur écouvillon ou grattage avec une petite curette ;
un prélèvement de sperme et/ou un prélèvement sur écouvillon au niveau anal peuvent également
être éventuellement effectués.

Intérêt de l'examen
L'analyse bactériologique des sécrétions génitales permet la recherche et l'identification de
bactéries pouvant être responsables d'infections génitales et de maladies sexuellement
transmissibles (ne concerne pas les virus et en particulier le VIH). Un examen direct cytologique
est réalisé, ainsi qu'une mise en culture.

Résultat normal
Examen direct : les sécrétions génitales contiennent de façon normale des cellules épithéliales et
des bactéries appartenant à la flore normale.

Culture : mise en évidence des germes de la flore normale à un taux faible, surtout au niveau de
l'urètre (< 10 3 /ml) ; germes anaérobies et lactobacilles dans la flore vaginale.

Résultats pathologiques
Vaginose bactérienne avec déséquilibre de la flore normale induit par Gardnerella vaginalis.

Identification de germes pathogènes responsables de vulvo-vaginites, urétrites, cervicites:

principalement Chlamydiae, mycoplasmes, gonocoque, Trichomonas, Candida (levure).
Identification de germes responsables d'ulcérations génitales : principalement syphilis, Herpès
génital, chancre mou, lymphogranulomatose vénérienne.

Antibiogramme
Conditions de prélèvement
L'antibiogramme ne nécessite pas un prélèvement particulier puisqu'il est réalisé secondairement à
la culture d'un germe dans un prélèvement pour analyse bactériologique (hémoculture, ECBU,
coproculture, LCR… voir ces termes).

Intérêt de l'examen
Lorsqu'une bactérie pathogène est identifiée dans un prélèvement bactériologique, un
antibiogramme peut être réalisé. Celui-ci consiste à tester un panel d'antibiotiques vis à vis de la
bactérie isolée. Il permettra ainsi de définir, pour chaque antibiotique, si la bactérie y est sensible
(dans ce cas l'antibiotique est efficace sur le germe), intermédiaire (l'antibiotique n'est efficace que
dans certaines conditions, à fortes doses) ou résistante (l'antibiotique est inefficace).

L'antibiogramme apporte une aide très importante au médecin pour choisir l'antibiotique à
prescrire ; il peut ainsi être amené à changer de traitement au vu de ces résultats.

Résultats
Seuls certains antibiotiques "représentatifs" sont testés ; ils sont choisis en fonction du type de
prélèvement et du germe en cause. Ils sont rendus, vis à vis de la bactérie testée : sensible,
intermédiaire ou résistant.

A partir de ces résultats, le médecin peut extrapoler sensible, intermédiaire ou résistant sur
d'autres antibiotiques de la même famille.

Certains mécanismes particuliers de résistance aux antibiotiques avec la souche testée peuvent
parfois être mentionnés.