MICROBIOLOGIE MEDICALE VIROLOGIE ET BIOLOGIE MOLECULAIRE

CHAPITRE XIII : LES BACTERIES DES INFECTIONS RESPIRATOIRES

COMMUNAUTAIRES

GENERALITES
Les infections respiratoires ORL et pulmonaires sont responsables d'un quart des
consultations de médecine et de un tiers des journées de travail perdues. Les virus sont les
agents étiologiques les plus fréquents, mais la distinction entre infection bactérienne et virale
est difficile (infection virale compliquée de surinfection bactérienne). La majorité des
infections respiratoires aiguës sont communautaires.
Les infections respiratoires communautaires seront envisagées, à l’exclusion de la tuberculose
ni des infections respiratoires opportunistes ou nosocomiales. En pratique clinique, il est
possible de distinguer schématiquement :
 les pneumopathies dites à « foyer systématisé » (opacité parenchymateuse limitée par
une scissure) pour lesquelles les principales étiologies bactériennes sont Streptococcus
pneumoniae, Legionella pneumophila et rarement Haemophilus influenzae ;
 les pneumopathies dites « atypiques » où l'opacité radiologique ne correspond pas à un
foyer systématisé mais à des opacités diffuses associés habituellement à un syndrome
interstitiel. Dans ce cas, les principales étiologies bactériennes sont Mycoplasma
pneumoniae, Chlamydiae pneumoniae et L. pneumophila.

I. Streptococcus pneumoniae
S. pneumoniae (pneumocoque) est un pathogène majeur pour l'homme, responsable de
nombreuses infections graves. Il est responsable d’environ 50 % des pneumopathies, 20 %
des méningites bactériennes, et 30-40 % des otites moyennes aiguës. Il pose un problème de
santé publique majeur du fait de l'apparition de souches résistantes à la pénicilline G. Les
patients à risque peuvent bénéficier d’une vaccination. S. pneumoniae est un diplocoque à
Gram positif, à multiplication extracellulaire. Il donne en 24h sur milieu enrichi (sang) des
colonies de 1-2 mm, α-hémolytiques (halo verdâtre autour de la colonie) sans catalase.
S. pneumoniae est un hôte normal habituellement retrouvé dans le nasopharynx chez
de nombreux porteurs sains, à raison de 30-50% d’enfants et de 5-10% d’adultes.
L'importance de la colonisation est soumise à des variations saisonnières avec des pics en

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période hivernale qui est la période de forte incidence des infections pulmonaires. La
transmission de S. pneumoniae est interhumaine.
1. Pneumopathies à pneumocoques
S pneumoniae est responsable d’infections respiratoires ORL et pulmonaires. Ce
germe est impliqué dans 50-90% des cas de pneumonie aiguë ou ‘’pneumonie franche lobaire
aiguë’’. Dans sa forme typique, son début est soudain, avec frissons, fièvre à 39-40 °C, toux,
expectoration purulente, douleurs thoraciques unilatérales. La radiographie révèle presque
toujours l'atteinte d'un seul lobe. Chez l'adulte jeune, l'évolution est habituellement favorable
en 8 à 10 jours avec chute brutale de la fièvre et amélioration rapide de l'état général. Le
pronostic est excellent grâce aux antibiotiques. Chez les sujets dont le système immunitaire
répond normalement, il est rare que les lésions évoluent vers la destruction du tissu
pulmonaire. Le pronostic est beaucoup plus réservé chez le vieillard et l'immunodéprimé.
2. Physiopathologie des infections à S. pneumoniae
2.1. Colonisation de la muqueuse respiratoire
L'étape initiale du processus infectieux est la colonisation de l’oropharynx. Les
bactéries adhérent à l'épithélium par des adhésines reconnaissant des récepteurs spécifiques
sur les cellules épithéliales. Cette colonisation peut progresser de proche en proche vers les
bronches, mais aussi vers l'oreille moyenne. Lorsque la propagation de la colonisation est
contrôlée localement par l'immunité innée, la colonisation reste asymptomatique. L'absence
ou l'insuffisance des mécanismes locaux de défense favorisent la division bactérienne et sa
dissémination vers les voies respiratoires basses où elle peut déclencher une infection connue
sous le nom de pneumopathie franche lobaire aiguë (PFLA). Plusieurs facteurs favorisent la
diffusion de l'infection :
 l’allergie qui provoque un œdème des muqueuses et perturbe le drainage des trompes
d'Eustache et des sinus
 une infection intercurrente virale ou à Haemophilus influenzae, qui provoque des
lésions de l’épithélium et favorise l'adhésion et l'invasion bactérienne
 le tabagisme chronique qui provoque une dysfonction ciliaire et perturbe le drainage
de l'épithélium bronchique
2.2. Echappement à la phagocytose
En l'absence d'anticorps anticapsulaires spécifiques ou de certains facteurs du
complément, S. pneumoniae n'est que faiblement phagocyté in vivo. La capsule joue un rôle
déterminant lors de l'échappement à la phagocytose et constitue ainsi un facteur majeur de la
virulence bactérienne au cours du processus infectieux. Les anticorps spécifiquement dirigés

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contre la capsule opsonisent la bactérie et favorise sa phagocytose. Ils constituent ainsi

l'élément principal de la défense anti- pneumococcique. Cependant leur taux n'est détectable
que 5 à 8 jours après le début de l'infection et la prévalence de ces anticorps est faible au sein
de la population.
L'importance du rôle joué par la production d'anticorps anti-capsulaires permet de comprendre
que tout déficit de l'immunité humorale puisse favoriser une infection sévère à S.
pneumoniae. D'autres facteurs bactériens peuvent également contribuer à la physiopathologie
du processus infectieux, notamment la pneumolysine (α-hémolysine) et l'autolysine. Ces
toxines jouent cependant un rôle secondaire par rapport à celui de la capsule.
2.3. Réaction inflammatoire intense
L’infection par S pneumoniae est caractérisée par une réaction inflammatoire intense
avec une prépondérance de polynucléaires neutrophiles (PNN). L'attraction des PNN est due
au C5a produit massivement par les constituants de la paroi (peptigoglycane, acide
lipoteichoïque) et par les polysaccharides capsulaires de S. pneumoniae. La rate joue un rôle
important au cours de la défense anti-pneumococcique. Le tissu splénique participe à la
clairance des bactéries non-opsonisées en raison de la faiblesse du débit sanguin et du contact
prolongé avec le système réticulo-endothélial. Tout asplénisme, qu'il soit fonctionnel ou
anatomique, constitue un facteur de risque majeur pour les infections à S. pneumoniae avec le
plus souvent des tableaux cliniques extrêmement sévères et d'installation subaiguë.
2.4. Terrains favorisant les infections à pneumocoque
Certaines pathologies sont à prendre en compte par la sévérité et la fréquence
anormalement élevée des infections à S. pneumoniae.
 les déficits de la production d'anticorps : primaires (agammaglobulinémie, déficit dans
certaine sous classe d'IgG…), ou secondaires (SIDA, myélome, syndrome
néphrotique…)
 les déficits en complément (Cl, C2, C3, C4)
 les neutropénies (défaut de la clairance des pneumocoques circulants)
 les asplénies primaires (asplénie congénitale, hyposplénie..) ou secondaires
(splénectomie, drépanocytose…).
D’autres circonstances favorisantes sont multifactorielles : âges extrêmes, cirrhose,
diabète, asthme, tabagisme chronique, broncho-pneumopathie chronique obstructives
(BPCO), insuffisants cardiaques, corticothérapie.

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3. DIAGNOSTIC D’UNE INFECTION A PNEUMOCOQUE

Le diagnostic bactériologique d’une infection pulmonaire à pneumocoque repose sur
l'identification de la bactérie dans divers prélèvements :
 les hémocultures qui ne sont positives que dans 25 à 30 % des cas de pneumopathies
 les expectorations ou prélèvements par aspiration nasotrachéale, d’interprétation
délicate en raison de la fréquence du portage asymptomatique de S. pneumoniae
 les prélèvements pulmonaires protégés sont des prélèvements invasifs le plus souvent
réalisés sous fibroscopie par des équipes spécialisées. Ils permettent de prélever les
sécrétions bronchiques dans les voies aériennes basses sans que celles-ci ne soient
contaminées par les sécrétions des voies aériennes supérieures. L'isolement d'une
souche de S. pneumoniae à un titre > 103 CFU/ml permet le plus souvent de faire le
diagnostic étiologique. Cependant il est rarement nécessaire de recourir à ces
techniques pour faire le diagnostic d'une infection pulmonaire communautaire
 le prélèvement d'un épanchement pleural se fait par ponction. En cas d ‘épanchement,
S. pneumoniae est souvent retrouvé
4. Traitement des infections à S pneumonia
Lorsque S. pneumoniae est sensible à la pénicilline, les pénicillines A (ampicilline et
amoxicilline) reste le traitement de référence. Cependant, l'augmentation de la résistance aux
β-lactamines de S. pneumoniae constitue actuellement un réel problème de santé publique, car
il remet en cause l’attitude thérapeutique devant ces infections très fréquentes. La pénicilline
G a été en effet utilisée pendant 50 ans avant que n'apparaisse une diminution de la sensibilité
de S. pneumoniae. L'augmentation croissante des pneumocoques de sensibilité diminuée à la
pénicilline (PSDP) depuis une dizaine d'année reflète la sélection de souches ayant subi des
mutations spontanées et des transformations sur leurs gènes codant pour les PBPs,
(Penicilline-Binding-Protein), enzymes qui synthétisent le peptidoglycane. Ces altérations des
PBPs obligent à utiliser des concentrations plus importantes de pénicilline devenues
nécessaires pour saturer ces enzymes.
Les CMI (concentration minimales inhibitrices) des souches sensibles de S.
pneumoniae pour la pénicilline G sont inférieures à 0,1 mg/ L. Les souches intermédiaires ont
des CMI entre 0,1 et 1 mg/ L. Les souches résistantes ont des CMI égales (et rarement
supérieures) à 2 mg/ L. En pratique en dépit de la progression de cette résistance, beaucoup de
souches restent sensibles ou intermédiaires (CMI<1mg/), et l'augmentation des doses de β-
lactamines est le plus souvent suffisante pour traiter ces infections, à l'exception des
méningites. Les souches ayant un haut niveau de résistance à la pénicilline avec des CMI à 2
mg/L sont de traitement beaucoup plus difficile car cette résistance est souvent associée à une

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résistance pour des antibiotiques d'une autre famille (érythromycine, chloramphénicol,

clindamycine, trimetoprime-sulfamethoxazole. La vancomycine, la pristinamycine, la
rifampicine et certaines nouvelles quinolones (chez l’adulte) restent actives.

II. Haemophilus influenzae

Haemophilus influenzae est un petit bacille à Gram négatif (1-2 x 0.3 μm), exigeant
pour croître des facteurs contenus dans le ang ( le NAD [ facteur V ] et l’hémine [facteur X ]
), pathogène à multiplication extracellulaire, résistant à la phagocytose. H. influenzae est une
bactérie aéro-anaérobie, immobile et parfois capsulé. La capsule est un facteur majeur de
virulence. Il existe 6 antigènes capsulaires (sérotypes a, b, c, d, e, f). La nécessité en facteurs
V et X permet de distinguer H. influenzae de H. parainfluenzae qui ne requiert que le facteur
V.
1. Infections à H. influenzae
H influenzae est une cause majeure d’infections ORL (otites, sinusites…), et est
rarement impliqué dans les pneumonies aiguës (2-18% des cas). En revanche, il est souvent
en cause dans les surinfections bronchiques, notamment lorsqu'il existe une broncho-
pneumopathie chronique (BPCO, mucoviscidose). L'incidence des infections pulmonaires à
H. influenzae chez l'enfant est probablement inférieure 2 %. Chez l'adulte, l'incidence est
difficile à déterminer dans la mesure où l'infection respiratoire à H. influenzae est
fréquemment associée à S. pneumoniae
2. Physiopathologie des infections à H influenzae et immunité
Haemophilus influenzae est une bactérie pathogène à multiplication extracellulaire,
résistant à la phagocytose. La 1ère étape est la colonisation du tractus respiratoire. Les
bactéries adhèrent aux cellules épithéliales et au mucus et stimulent la production de mucus,
d’histamine, et de médiateurs pro-inflammatoires (Il-8, Il-6, TNF-α). Puis, les bactéries
envahissent l’épithélium respiratoire et peuvent disséminer donnant des septicémies avec
métastases. Parmi les nombreux facteurs de virulence, il faut citer un lipooligosaccharide
cytotoxique et ciliotoxique, stimulant la réponse inflammatoire, des adhésines. Une capsule
polysaccharide anti-phagocytaire. L’immunité anti-H. influenzae est humorale, avec
production d’anticorps anti-capsulaires et anti-adhésines et anti-oligosaccharides. Ces
anticorps sont protecteurs. Après colonisation du naso-pharynx, les souches capsulées sont
rapidement éradiquées et remplacées par des souches persistantes sans capsule.
3. Epidémiologie des infections à H. influenzae
H. influenzae est une bactérie de la flore commensale du pharynx strictement inféodée
à l'homme qui est le seul réservoir connu. L'exposition à H. influenzae commence dès la
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naissance et la colonisation est généralement importante tôt au cours de l'enfance et persiste

malgré la prise d'antibiotiques. A l'âge adulte, environ 80 % des sujets sont porteurs sains de
souches non-capsulées de H. influenzae. Cette notion est essentielle car il est normal de
l'isoler à partir d'un prélèvement des voies respiratoires supérieures. Cependant seulement 3 -
5 % des personnes sont colonisés avec des souches capsulées donc virulentes, dont 2-4% à H.
influenzae b et 1-2% H influenzae b (a, c-f). La transmission interhumaine se fait l'inhalation
de gouttelettes de salive ou par le contact direct avec des sécrétions contaminées. Parmi les 6
sérotypes capsulaires, le sérotype b est le plus fréquent et le plus pathogène. Les souches non-
capsulées sont rencontrées dans les surinfections bronchiques, les otites et les sinusites. Les
souches capsulées b sont responsables de méningites, épiglottites, arthrites septiques et
pneumopathies. Les souches de sérotypes a, c-f sont rarement pathogènes.
4. Diagnostic des infections à H. influenzae
Le diagnostic bactériologique d'infection respiratoire à H. influenzae repose sur
l’isolement et l'identification de la bactérie à partir d'un prélèvement pulmonaire protégé afin
d'éviter toute contamination par la flore commensale du pharynx. Devant une pneumopathie,
l'isolement de H. influenzae dans le sang par hémoculture (rarement par ponction pleurale en
cas d’épanchement pleural) permet d'impliquer la bactérie comme agent étiologique de
l'atteinte du parenchyme pulmonaire.
L’étude de la sensibilité aux antibiotiques permet d’observer qu’environ 30-40% des
souches de H. influenzae produisent une β-lactamases. Il existe des souches résistantes à
l’amoxicilline-acide clavulanique sans production de β-lactamases, par altération des PBPs.
Les autres antibiotiques habituellement actifs sont les céphalosporines de 2ème génération
(céfixime, cefpodoxime, céfuroxime) et de 3ème génération (céfotaxime, ceftriaxone) qui
résistent aux β- lactamases, les macrolides (azitromycine, clarythromycine), une quinolone
(chez l’adulte) ou le trimetoprime-sulfametoxazole (Bactrim®).
III. Mycoplasma pneumoniae
Les mycoplasmes sont des bactéries sans paroi, responsables de pneumopathies
atypiques à agglutinines froides et d’infections sexuellement transmissibles. La pneumopathie
atypique est due à Mycoplasma pneumoniae.
1. Les mycoplasmes
Les bactéries du genre Mycoplasma sont les plus petites bactéries connues. Leur taille
varie entre 100 et 250 nm. Ils se caractérisent par l'absence de paroi rigide (pas de
peptidoglycane), ce qui explique leur morphologie variable et leur capacité à passer à travers
les filtres. Il s'agit de bactéries intracellulaires facultatives, capables de croître en milieux
acellulaires. Le genre Mycoplasma se différentie des autres genres bactériens par la richesse
de la membrane en stérols, l’absence d’homologie du DNA avec d’autres bactéries connues,
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un génome de très petite taille (600 Mb). Ces colonies ont un centre plus dense que la
périphérie donnant un aspect en « œuf frit ». En revanche, l'aspect des colonies de M.
pneumoniae est celui d'une mûre. Ces bactéries sont ubiquistes et colonisent de nombreuses
espèces animales et végétales. Parmi les espèces du genre Mycoplasma, seules une dizaine ont
été décrites chez l'homme et M. pneumoniae est la plus importante des espèces pathogènes. Le
tableau clinique associe fièvre à 38- 39° C, malaise, toux sèche, incessante, invalidante.
2. Epidémiologie des infections à mycoplasmes
La plupart des infections à M. pneumoniae surviennent sporadiquement ou au sein
d'une même famille. La transmission est exclusivement interhumaine à la suite de contacts
étroits ou par l'inhalation de gouttelettes projetées par la toux. Le mode d'expression de la
maladie peut ainsi se faire sous la forme de mini-épidémie, notamment dans les écoles et les
casernes militaires. Les études sérologiques réalisées sur la population ont démontré qu'il
existait une incidence importante (estimée à 1 %o habitant) des infections à M. pneumoniae.
La plupart de ces infections sont asymptomatiques ou provoquent une infection respiratoire
sans atteinte du parenchyme pulmonaire. Les infections à M. pneumonie surviennent à tout
âge, avec une incidence plus forte chez les enfants et l’adulte jeune entre 5-25 ans. Rare chez
le nouveau- né, l'infection respiratoire est souvent grave. Il existe une faible augmentation de
l'incidence des infections pulmonaires à la fin de l'été et en automne, correspondant
probablement à la rentrée scolaire.
3. Physiopathologie des infections à M. pneumoniae
Les souches virulentes de M. pneumoniae ont une affinité très importante pour
l'épithélium respiratoire (trachée, bronches et tissus péribronchiques), auquel elles adhèrent,
induisant une infection respiratoire des voies aériennes basses sans atteint du parenchyme
pulmonaire. Cette affinité dépend de la protéine P1 (168 kDa) de M. pneumoniae qui interagit
avec les résidus d'acide neuraminique des cellules épithéliales. L'adhérence ne conduit pas à
l'internalisation des bactéries qui restent extracellulaire. En revanche la production de
radicaux libres de l'oxygène par M. pneumoniae provoque une dysfonction des cellules ciliées
et une desquamation massive de la surface épithéliale suivie d'une inflammation péri-
bronchiolaire à prédominance de polynucléaires neutrophiles, expliquant l'intensité de la toux
caractéristique du tableau clinique.
4. Diagnostic de M. pneumoniae
La culture possible des mycoplasmes est possible sur milieux acellulaires (gélose-
bouillons) à partir de prélèvement de gorge ou prélèvement bronchique protégé sous
fibroscopie. Cependant du fait de la difficulté d’isoler M. pneumoniae dans les prélèvements
respiratoires, la détection de M pneumoniae par PCR dans les prélèvements pulmonaires peut
être une aide précieuse au diagnostic : c’est une méthode simple, rapide et très sensible. En

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fait, le diagnostic est en pratique bien souvent basé sur les tests immunologiques
(sérodiagnostic et agglutinines froides). Le sérodiagnostic de M. pneumoniae permet de
mettre en évidence l’apparition d’anticorps spécifiques une ascension des anticorps anti-M.
pneumoniae (ELISA) entre 2 sérums prélevés à 15 jours d’intervalle (séroconversion) ou une
ascension du titre de ces anticorps. La détection des anticorps de type IgM et IgG permet de
distinguer une primo- infection d’une réinfection. La recherche d'agglutinines froides
détectant un titre égal ou supérieur à 1 / 32 est très en faveur d'une infection à M. pneumoniae.
Cependant, la présence d'agglutinines froides peut également être retrouvée dans d'autres
pneumo-pathies atypiques, notamment virales (EBV, CMV...).
5. Traitement des infections à M. pneumoniae
Du fait de l'absence de paroi, les β-lactamines sont inefficaces. Les antibiotiques de
référence sont les tétracyclines (doxycycline) et les macrolides (érythromycine). Les
fluoroquinolones (ofloxacine et ciprofloxacine) sont également efficaces.

IV. LES CHLAMYDIAE

Les bactéries de genre Chlamydia sont bactéries à Gram négatif en raison de la
structure de la membrane externe (OM) avec du lipopolysaccharide (LPS), à croissance
intracellulaires stricte. Le genre comprend 3 espèces Chlamydia trachomatis, Chlamydia
psittaci et Chlamydia pneumoniae.
1. Chlamydioses
C. psittaci, C. trachomatis et C. pneumoniae sont responsables d'infections
pulmonaires. Certaines souches de C. trachomatis sont responsables du trachome ou
d’infections sexuellement transmissibles. On distingue 15 sérotypes de C trachomatis avec
différentes expressions cliniques.
2. Physiopathologie des chlamydioses
Les Chlamydia sont des bactéries à croissance intracellulaires strict caractérisés par un
cycle intracellulaire biphasique. Dans le milieu extracellulaire, les bactéries sont incapables de
se diviser et adopte une forme dense appelée corps élémentaires (de 0.3 μm de diamètre). Les
corps élémentaires interagissent spécifiquement et sont phagocytés par les cellules épithéliales
de l'hôte. Dans le phagosome, la bactérie se réorganise en une forme plus grande (1 μm) et
moins dense appelée corps réticulés qui se divisent dans la cellule en formant des inclusions
cytoplasmiques caractéristiques et visible au microscope optique. Cette croissance est
associée à une inhibition de la fusion phagolysosomale.

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Les corps réticulés osmotiquement très instables ne peuvent eux-mêmes infecter une
cellule adjacente mais les vacuoles les contenants peuvent se répartir entre les cellules qui
continuent de se diviser. Malgré cette relative bonne tolérance des cellules à l’infection, la
lyse cellulaire survient avec libération de corps élémentaires qui contribuent à la diffusion à
l’épithélium et à la pérennisation de l’infection. Les infections à Chlamydia souvent bien
tolérées évoluent sur un mode aiguë (pneumopathies, urétrites..) ou chronique (salpingites,
infections asymptomatiques). La présence de Chlamydia intracellulaires suscite une réaction
inflammatoire dans l’épithélium qui contribue aux lésions épithéliales, avec afflux de
macrophages et de lymphocytes T cytotoxiques qui détruisent les cellules infectées exprimant
les antigènes de Chlamydiae.
3. Epidémiologie des chlamydioses pulmonaires
Contrairement à C. psittaci, le réservoir de C. pneumoniae est exclusivement humain.
La transmission interhumaine se fait par voie aérienne. Les infections à C. pneumoniae
existent sous forme endémique avec des pics périodiques d’incidence correspondant à des
périodes épidémiques pouvant durer de 4 mois à 2-3 ans. La séroprévalence des anticorps
anti-C. pneumoniae dans une population adulte (>20 ans) est de 40 à 60%, témoignant d'une
exposition fréquente et continue à C. pneumoniae. L'incidence des infections aiguës
diagnostiquées par une séroconversion est variable en fonction de l'âge et du sexe. L'infection
est rare chez l'enfant avant 5 ans. La période d'incubation est très variable, de quelques jours à
plusieurs mois. La plupart des infections restent asymptomatiques et l'incidence exacte des
infections respiratoires à C. pneumoniae est difficile à établir. Néanmoins, elle est estimée à
1%o habitants/an et représente la 4ème cause d'infection communautaire des voies respiratoires
basses.
4. Diagnostic des chlamydioses
La recherche de C. pneumoniae est faite dans les sécrétions rhino-pharyngées, dans les
produits de grattage de la muqueuse nasopharyngées ou encore à partir des sécrétions
obtenues par prélèvement bronchique protégé sous fibroscopie. L'isolement de la bactérie est
difficile requérant des cultures cellulaires (lignées HeLa, McCoy, Hep-2), rarement possibles
en routine. La mise en évidence directe de C. pneumoniae par immunofluorescence directe
dans les cellules épithéliales recueillies par grattage est peu sensible et la recherche
d'antigènes solubles est peu spécifique. L’amplification par PCR de séquences de C
trachomatis ou C. pneumoniae dans les sécrétions nasopharyngées est un appoint important
au diagnostic de ces bactéries à croissance difficile.
En pratique, le diagnostic reste surtout basé sur la mise en évidence d’anticorps anti-
Chlamydiae. Un diagnostic de certitude peut venir de la mise en évidence d’une
séroconversion à partir de 2 sérums (précoce et tardif) prélevés à 15 jours d’intervalle. La

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détection des anticorps IgM et IgG anti-C. pneumoniae (ELISA) permet de confirmer le
diagnostic de primo-infection ou de réinfection.
Le diagnostic d'infection pulmonaire à C. psittaci est difficile dans la mesure où le seul
examen biologique disponible en pratique est la recherche d'anticorps circulants par la
réaction de fixation du complément. Malheureusement, il existe de nombreux faux positifs et
faux négatifs, et cette réaction ne permet qu'un diagnostic du genre Chlamydia et non celui de
l'espèce C. psittaci.
5. Traitement des chlamydioses
Les Chlamydia sont résistantes naturellement aux β–lactamines et aux sulfamides pour
C. pneumoniae. Les deux familles d'antibiotiques les plus efficaces sont celles des
tétracyclines (tétracycline, doxycycline) et des macrolides (érythromycine, azithromycine).
Les infections à Chlamydiae sont traitées efficacement par tétracyclines ou macrolides.

V. Legionella pneumophila
En 1976, au cours du 58èmeCongrès de l’American Légion à Philadelphie, 221
participants logés dans le même hôtel étaient atteints d'une pneumopathie grave. Cette
pneumopathie est connue sous le nom de ‘’maladie des légionnaires’’ ou ‘’légionellose’’. La
bactérie responsable a été isolée en 1977 des tissus pulmonaires des 21 patients décédés au
cours de l'épidémie. Il s’agit d’un genre et d’une espèce bactérienne inconnue, Legionella
pneumophila. Depuis, 30 espèces de Legionella ont été identifiées dans l’environnement.
Les Legionella sont des bacilles à Gram négatif à croissance intracellulaire facultative
et largement répandus dans l’environnement. Parmi les 30 espèces connus, L. pneumophilia
(sérogroupe 1) est de loin la plus fréquemment rencontrée en pathologie, responsables des
légionelloses, infections pulmonaires graves. Les bactéries du genre Legionella sont des petits
bacilles de 0,3-0,9 μ / 2-20 μ, non capsulées, aérobies strictes. Leur croissance est difficile et
requiert des milieux (BCYE) à base de charbon (C) enrichis en L-cystéine et extraits de levure
(yeast extract YE) assurant un apport en purine, guanine et pyrimidine.
Les bactéries sécrètent de nombreuses enzymes (hémolysines, protéase, phosphatases
endonucléases) qui ne semblent pas être directement toxiques pour le tissu pulmonaire. Les
autres espèces pouvant être potentiellement pathogène pour l'homme sont L. micdaei, L.
bozemanii, et L. dumoffii
1. Légionelloses
Il existe 2 formes cliniques d’infection à Legionella pneumophila : la maladie des
légionnaires et la fièvre de Pontiac.

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La maladie des légionnaires survient sur des patients fragilisés : souvent âgés >à 50
ans avec affection sous-jacente (tabac, alcool, immunodépression, corticothérapie). Après une
incubation de 2-10 jours, la maladie débute par une fièvre 40°C, myalgies, céphalées, toux
sèche parfois hémoptoïque. Certains signes extra-pulmonaires (digestifs, hépatiques,
neurologiques) sont évocateurs de légionellose, notamment une confusion, des hallucinations,
des douleurs abdominales, des vomissements, une diarrhée.
La fièvre de Pontiac est une infection pseudo-grippale à début brutal, sans pneumonie,
d’évolution bénigne. La guérison spontanée survient en 2-5 jours. Cette infection est souvent
de découverte fortuite par étude sérologique rétrospective et constitue la forme a minima de
l’infection à Legionella du sujet immunocompétent.
2. Epidémiologie de la légionellose
Il s'agit de bactéries saprophytes de l’environnement, ubiquiste, ayant une prédilection
pour les milieux aquatiques (rivières, lacs, eaux thermales, eaux polluées...) qui constituent
son réservoir naturel. Elle peut survivre à des conditions très variables de température (0-
63°C) et de pH (5.5 - 8.5). Elle peut aussi parasiter les amibes de l’environnement dans
lesquelles les bactéries survivent et se multiplient. Ces amibes qui peuvent s’enkyster sont une
niche écologique pouvant protéger les bactéries des environnements hostiles.
La transmission à l'homme se fait par l'inhalation d’aérosols contaminées et mis en
suspension dans l'environnement. Il n'existe pas de transmission inter- humaine et le portage
sain est exceptionnel. La maladie évolue le plus souvent sous forme épidémique (à l’hôpital),
mais on rencontre de plus en plus souvent de cas sporadiques notamment chez les patients
immunodéprimés.
3. Physiopathologie de la légionellose
La légionellose survient volontiers chez les patients ayant un déficit de l'immunité
cellulaire : greffés, patients atteints de SIDA, patients ayant une leucémie à tricholeucocytes,
immunodéprimés pour chimiothérapie... La contamination se fait par l'inhalation d’aérosols.
La bactérie adhère à la surface de l'épithélium bronchique et sont éliminées par la clairance
mucociliaire de l’épithélium respiratoire. Si ce mécanisme de défense est altéré (tabagisme et
alcoolisme chronique, déficit congénital de la mobilité ciliaire), les bactéries atteignent
l'espace alvéolaire et sont phagocytées par les macrophages alvéolaires. Les Legionella
échappent à l'activité microbicide en inhibant la fusion phagolysosomale et se multiplient au
sein des phagosomes jusqu'à la lyse cellulaire. Le cycle recommence par l'infection de
nouveaux macrophages. Les polynucléaires neutrophiles (PNN) détruisent rapidement les
bactéries mais leur rôle est probablement peu important, car les neutropénies ne constituent
pas un facteur de risque de légionellose.

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4. Diagnostic de la légionellose
4.1. Examen microscopique direct
Les bactéries peuvent être visualisées à partir des sécrétions respiratoires
(expectorations, aspirations bronchiques par fibroscopie…) et éventuellement des liquides
d'épanchements pleuraux par un examen microscopique direct en immunofluorescence : les
bactéries (L pneumophila) sont révélées sur les frottis sur lame par des anticorps anti-
Legionnella marqués à la fluorescéine. Le nombre de faux-positif est faible, mais ce test est
peu sensible et n'est positive qu’en cas d’atteinte pulmonaire diffus.
4.2. Isolement et identification en culture
Le diagnostic est confirmé par l’isolement et d’identification des bactéries mises en
culture sur milieux spéciaux (BCYE) (additionnés de charbon, de cystéine, d’extraits de
levure). Les colonies de ces bactéries à croissance lente apparaissent en 3-7 jours. La culture
permet de reconnaître avec certitude l’espèce en cause.
4.3. Sérodiagnostic de la légionellose
Le diagnostic est souvent confirmé par la mise en évidence d’une séroconversion
(augmentation des titres de 4 fois) entre deux sérums prélevés entre 4 et 10 semaines
d'intervalle. La séroprévalence des anticorps anti-Legionella est faible au sein de la
population. Il est admis qu'un seul titre élevé (≥1 /128) obtenu par la technique
d'immunofluorescence indirecte [IFA]) est très en faveur d'un épisode infectieux aigu.
4.4. La détection des antigènes urinaires
La détection des antigènes urinaires est une méthode non invasive de diagnostic
rapide. Son avantage est que le test reste positif plusieurs mois après l'épisode initial de
pneumopathie et permet un diagnostic rétrospectif. Son principal inconvénient est sa
spécificité pour le sérogroupe 1 de L. pneumophila. Les autres espèces et sérogroupes ne sont
pas détectés, mais représentent moins que 20 % des infections.
5. Traitement de la légionellose
Le traitement de la légionellose est basé avant tout sur l’antibiothérapie. Les familles
d'antibiotiques les plus efficaces sont les macrolides (érythromycine, clarythromycine) et les
fluoroquinolones (pefloxacine, ciprofloxacine). L’antibiotique de choix est l’érythromycine.
En cas de pneumopathie grave, il est souvent conseillé d'associer la rifampicine.

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VI. Bordetella pertussis

Bordetella pertussis est un bacille à gram négatif très fragile, strictement humaine, agent de la
coqueluche, une infection bronchique avec toux. B. pertussis est un bacille à gram négatif à
multiplication extracellulaire producteur d’exotoxines. Cette bactérie exigeante est cultivable
sur un milieu de Bordet-Gengou (au sang frais). La culture difficile donne des colonies en
gouttes de mercure en 3-5 jours.
1. Coqueluche
Dans sa forme typique de l’enfant non vacciné, la coqueluche débute par une phase
«catarrhale » de 10-15 jours, avec rhinorrhée, fièvre à 38°C, toux discrète mais tenace et
nocturne. A cette période, les sujets sont très contagieux. Suit une phase des quintes de deux à
trois semaines avec secousses répétées de toux sans reprise inspiratoire entre les secousses
déclenchant des vomissements, une apnée et un accès de cyanose. La reprise inspiratoire
difficile ou bruyante (‘’chant du coq’’). La maladie s’accompagne d’une lymphocytose > 10
000/mm3 parfois 20 ou 30 000 /mm3. On peut aussi voir des formes atypiques de coqueluche
chez des adultes jeunes vaccinés et des nourrissons de < 3 mois, donnant des tableaux bâtards,
souvent limités à des secousses de toux tenaces pendant plusieurs semaines. Dans tous les cas,
la notion de contage est essentielle.
2. Physiopathologie de la coqueluche
Après contage à partir d’un patient, B. pertussis colonise l’épithélium cilié de l’arbre
respiratoire, le nasopharynx, la trachée, les grosses bronches grâce à une adhésine,
l’hémagglutinine filamenteuse (FHA) A la période des quintes, le nombre de bactéries est très
faible et la symptomatologie est liée aux lésions de l’épithélium causées par les toxines,
incluant la toxine coquelucheuse (une ADP-ribosylase) et une adénylcyclase.
3. Epidémiologie de Bordetella pertussis
B. pertussis est un bacille à gram négatif strictement humain. D’après l’OMS, on dénombre
près de 60 millions de cas de coqueluche par an dans le monde et 600 000 enfants meurent de
cette infection. Dans les pays où la vaccination est largement réalisée (France, Etats-Unis), on
assiste à une modification de l’épidémiologie de la coqueluche avec 2 pics de fréquence,
avant 6 mois et âge adulte, alors qu’avant la vaccination, ou dans les pays où la vaccination
n’est pas pratiquée, on observe un pic unique à 4-5 ans. Les adultes ne sont plus protégés et
peuvent faire une coqueluche et devenir contagieux pour les nourrissons avant vaccination.
4. Diagnostic de B. pertussis
Le diagnostic bactériologique de B. pertussis est délicat car c’est une bactérie fragile et
exigeante, souvent en faible quantité et présente pendant seulement quelques jours. Le
diagnostic repose sur l’isolement et l’identification du germe en culture à partir des sécrétions
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naso-pharyngées, recueillies par une sonde souple, et acheminement immédiat au laboratoire.

On ensemence un milieu de Bordet-Gengou (au sang frais). La culture difficile donne des
colonies en gouttes de mercure en 3-5 jours.
La PCR spécifique de B. pertussis pratiqué sur les sécrétions est un test très utile en
pratique, fidèle et sensible. Le diagnostic peut être complétée par la détection d’une réponse
anti- hémagglutinine filamenteuse et /ou la toxine coquelucheuse et /ou l’adénylcyclase.
5. Traitement de la coqueluche
Le traitement de la coqueluche est surtout symptomatique. L’antibiothérapie est trop
tardive à la période des quintes, surtout utilisée pour éviter les surinfections. Le traitement
préventif est la vaccination. Le vaccin actuel constitué de bactéries tuées donne des effets
secondaires (liés à la présence du LPS) doit être amélioré. De nouveaux vaccins sont en cours
d’étude : un vaccin dit acellulaire à partir de la toxine coquelucheuse détoxifiée additionnés
d’autres protéines (FHA) (essais en cours en Europe, États-Unis, Afrique). La réponse
immune est bonne dès le 2e mois de vie. Il faudrait modifier la stratégie vaccinale.

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