Biotechnologie M1BC

I. Biotechnologie microbienne

I.1. Introduction
Les microbes (les bactéries, les champignons, les protozoaires, les microalgues et les virus) vivent
dans des milieux familiers tels que le sol, l'eau, les aliments et les intestins d'animaux, ainsi que
dans des milieux plus extrêmes tels que les rochers, les glaciers, les sources chaudes et les
cheminées sous-marines. Donc, ce sont des organismes ubiquitaires qui représentent la biomasse la
plus importante de la Terre. La grande variété d'habitats microbiens reflète une énorme diversité de
caractéristiques biochimiques et métaboliques qui sont apparues par variation génétique et sélection
naturelle dans les populations microbiennes.

La biotechnologie microbienne, rendue possible par l'étude du génome, conduira à des percées
telles que l'amélioration des vaccins et des outils de diagnostic des maladies, l'amélioration des
agents microbiens pour la lutte biologique contre les parasites des plantes et des animaux, la
modification des agents pathogènes des plantes et des animaux pour en réduire la virulence, le
développement de nouveaux catalyseurs industriels et d'organismes de fermentation, et le
développement de nouveaux agents microbiens pour la biorestauration des sols et des eaux
contaminés par les eaux de ruissellement agricoles.

Les micro-organismes sont souvent utilisés en biotechnologie. Leur coût plus faible, la facilité à les
produire en grande quantité, leur rapidité de croissance, leur sécurité accrue ainsi que la facilité à les
manipuler génétiquement pour qu'ils produisent les molécules désirées en sont les principales
raisons.

Les utilisations des micro-organismes pour une production de biens grâce à des procédés de
biotechnologie sont nombreuses : production de biomasse, production de substances natives ou
recombinées (métabolites primaires ou secondaires, produits pharmacologiquement actifs, vaccins,
molécules régulatrices et autres), etc.

I.2. Le métabolisme bactérien

Pour assurer sa croissance, sa survie ou son fonctionnement, une bactérie doit trouver dans son
environnement de quoi satisfaire ses besoins nutritifs : sources d'énergie, de carbone, d'azote, des
ions minéraux etc... Ces éléments doivent être apportés dans un milieu avec des conditions
physicochimiques favorables (température, pH, pression osmotique, besoin en oxygène etc..).

Le métabolisme est l'ensemble des réactions biochimiques mises en jeu par un organisme pour
permettre sa croissance (figure). Il comprend d’une part, des réactions de dégradation de substrats
(catabolisme) et d’autre part, des réactions de biosynthèse de substrats (anabolisme). Ces deux types
de réactions nécessitent toujours l’intervention de catalyseurs qui sont des enzymes.

Le métabolisme microbien se caractérise par certaines particularités :

• Tous les processus métaboliques se déroulent dans un organisme unicellulaire
• Il est non compartimenté
• Le métabolisme microbien est flexible (les bactéries s’adaptent rapidement aux
conditions du milieu)
• Il se caractérise par l’intensité des processus métaboliques

1
Biotechnologie M1BC

Les produits libérés par le métabolisme au cours d’une phase de croissance (trophophase) sont
appelés « métabolites primaires » quelle que soit leur origine, catabolisme ou anabolisme : il
s’agit des produits non spécifiques et essentiels pour les fonctions métaboliques primaires ou pour
la physiologie (acides aminés, nucléotides, vitamines, acides organiques, éthanol). « Les
métabolites secondaires » sont des molécules généralement produites par des organismes après la
phase active de croissance, lors de la phase appelée idiophase. Ils ne sont pas directement impliqués
dans le développement ou la reproduction cellulaire (antibiotiques, polysaccharides, toxines, ect.).
Leur absence n'entraîne pas une mort immédiate mais peut limiter la survie.

La connaissance du métabolisme a un double intérêt, industriel et taxonomique. L’intérêt industriel

se résume en :
- la connaissance des molécules produites par le microorganisme et utiles à l’homme (antibiotiques,
acides, éthanol …).
- la fabrication d’aliments (fromages, vin, bière, pain…) et la conservation de certaines denrées
alimentaires.
D’autre part l’intérêt taxonomique se résume en :
- la connaissance de la capacité à réaliser certaines réactions biochimiques précises qui sont des
critères essentiels dans l'identification et la classification (ou Taxonomie) bactérienne.

Figure : schéma simplifié montrant la relation entre l’anabolisme et le catabolisme.

La bactérie produit de l’énergie au cours du catabolisme par le biais de réactions exergoniques. Pour
éviter toute perte sous forme de chaleur, ces réactions exergoniques (productrices d’énergie) sont
couplées à des réactions dites endergoniques (absorbent l’énergie). L’énergie est ainsi emmagasinée
dans des molécules d’ATP ou immédiatement consommée dans une réaction qui nécessite de
l’ATP.

L’énergie constitue la plaque tournante du métabolisme cellulaire. Le monde microbien présente

une grande diversité dans les sources d’énergies utilisables. Certains micro-organismes aérobies
ressemblent aux cellules animales et synthétisent leur ATP à partir de sucres dégradés via la

2
Biotechnologie M1BC

glycolyse et le cycle de Krebs par une chaine respiratoire membranaire très semblable à celle des
mitochondries. D’autres, anaérobies, tirent leur énergie de la fermentation des sucres ou d’une
chaine de transport d’électrons qui utilise un composé autre que l’O 2 comme accepteur final
d’électrons.

I.2.1. Le métabolisme énergétique

Pour pouvoir transformer des aliments et fabriquer leur matière vivante, les microorganismes
doivent se procurer de l’énergie. Il s’agit bien entendu d’une énergie chimique qui est stockée dans
les cellules essentiellement sous forme d’ATP. L’énergie peut provenir de deux modes de
transformation : On définit alors deux types trophiques :
Transformation de l’énergie lumineuse en énergie chimique (phototrophes ou photosynthétique).
Ou d’énergie chimique (chimiotrophes) soit par : respiration ou fermentation.

I.2.1.1. Les types trophiques

Sur la base de la source d’énergie, on distingue les bactéries chimiotrophes et les bactéries
phototrophes. Les bactéries chimiotrophes puisent leurs énergies des réactions chimiques
d’oxydoréduction. Si les composés (donneurs d’électrons) sont inorganiques comme H 2S, H2, Fe2+
ou NH3 ..., les bactéries sont dites chimiolithotrophes. Si le donneur d’électron est organique, elles
sont dites chimioorganotrophes. La réaction type peut se résumer comme suit :

D = donneur électrons ; A= accepteur d’électron

DH2 + A D + AH2 + énergie

Les bactéries phototrophes puisent leur énergie de la lumière. Si la source d'électrons est minérale,
les bactéries sont dites photolithotrophes, si la source d'électrons est organique, les bactéries sont
dites photoorganotrophes.
Sur la base de la source de carbone, Si la source est le dioxyde de carbone (CO2) les bactéries sont
dites autotrophes, c’est le cas des bactéries phototrophes et la plupart des bactéries
chimiolithotrophes. Si la source de carbone assimilable est un substrat organique, ces bactéries sont
qualifiées d’hétérotrophes. Les bactéries hétérotrophes peuvent dégrader de nombreuses substances
hydrocarbonées : alcools, acides organiques, sucres ou polyholosides. La liste des substrats
carbonés utilisables par une souche bactérienne comme unique source de carbone et d'énergie
constitue l'auxanogramme de la souche. Les photoautotrophes sont photosynthétiques. On peut citer
les cyanobactéries, les bactéries vertes, les bactéries pourpres non sulfureuses.

La photosynthèse bactérienne est différente de celle des végétaux supérieurs. Les pigments et les
donneurs d'électrons sont également différents (hydrogène, soufre, jamais l'eau comme chez les
plantes). Les photohétérotrophes sont photosynthétiques et puisent le carbone de composés
organiques. Les chimioautotrophes, n’ont besoin ni de matière organique, ni de lumière du soleil. Ils
puisent leur énergie de substance inorganique et transforme le CO 2 en matière organique. On peut
citer les bactéries méthanogènes (Archeae) qui synthétisent le méthane (CH4) à partir de CO2. Les
chimiohétérotrophes puisent leur énergie et leur carbone des substances organiques. C’est le cas de
la plupart des bactéries d’intérêt médical (pathogènes).

3
Biotechnologie M1BC

Tableau : Les différents types trophiques.

I.2.1.2. La Respiration
La respiration est l’ensemble des voies métaboliques au cours desquelles l’oxygène moléculaire ou
des composés oxygénés inorganiques ou ioniques jouent le rôle d’accepteur d’électrons et d’H2
dans les réactions redox. Ces voies sont liées à la membrane cytoplasmique de la bactérie. L’énergie
est produite par phosphorylation dite oxydative et libérée par paliers via une chaîne de transfert
d’électrons ; Le bilan énergétique est élevé.
 La respiration se fait en 2 étapes :

1) Le cycle tricarboxylique de Krebs, avec libération de CO2 par oxydation couplée à la

réduction de 3 NAD+ et de 1 FAD+ par tour de cycle.
2) La chaîne respiratoire avec coenzymes de déshydrogénases, Quinones et Cytochromes.
Selon l’accepteur final d’électrons et d’H2, on peut distinguer :
1) Dans la respiration aérobie, l’accepteur final est l’O2.
2) Dans la respiration anaérobie, l’accepteur final est un composé inorganique ou
ionique (NO3-, fumarate).

I.2.1.3. La fermentation
La fermentation est une oxydation biologique au cours de laquelle l’accepteur final d’H2 et d’é est un
composé organique. Les voies fermentaires se déroulent au sein du cytoplasme bactérien. L’énergie
est produite par phosphorylation au niveau du substrat. Le bilan énergétique est réduit.

- La première étape comporte les différentes voies du métabolisme intermédiaire qui

aboutissent au pyruvate.

4
Biotechnologie M1BC

- Puis viennent les réactions de réduction du pyruvate qui différentient les bactéries
fermentaires car elles conduisent à des produits finals divers, soit uniques, soit plus souvent
mélangées.

a) Fermentation lactique (ou « homolactique »)

C’est le cas le plus simple : le pyruvate sert d’accepteur d’électrons et d’hydrogène pour la
réoxydation du NADH :
Pyruvate + NADH + H+ Lactate + NAD+
Il s’agit de la principale fermentation permettant la transformation du lait en yaourt ou en fromage
frais. Elle est présente chez de nombreuses espèces de bactéries lactiques tels que les streptocoques
et les Lactobacillus.

b) Fermentation éthanolique (ou « alcoolique »)

Le pyruvate est décarboxylé en éthanal (1), qui est ensuite réduit en éthanol (2) :
Pyruvate Ethanal + CO2 (1)
+
Ethanal + NADH + H Ethanol + NAD+ (2)
Cette fermentation, pratiquée par de nombreuses levures (dont Saccharomyces cerevisiae), permet
la fabrication du pain et de boissons alcoolisées telles que le vin ou la bière.

c) Fermentation acétique
Il se forme de l'acide acétique (acide éthanoïque) à partir de l'éthanol en présence
d'oxygène.
Ethanol + O2 acide acétique + H2O + Energie

La bactérie responsable de l'acétification est du genre Acetobacter. Les bactéries acétiques forment
une couche à la surface appelée la mère du vinaigre (biofilm composé d'amas cellulaire).

5
Biotechnologie M1BC

d) Fermentation propionique
De l'acide propionique (acide propanoïque), de l'acide éthanoïque ainsi que du CO2 et du
dihydrogène se forment. Les substrats peuvent être : des sucres, du glycérol, de l’acide lactique, de
l’acide malique.

Glucose acide propionique + acide acétique + CO2 + H2 + Energie

L'acide propionique et l'acide éthanoïque sont responsables de la flaveur des fromages à pâte cuite
et le gaz carbonique responsable de l'ouverture de ces fromages (Comté, Gruyère et Emmental).
Les bactéries responsables ce type de fermentation sont les bactéries propioniques (genre
Propionibacterium).

e) Fermentation butyrique
Il se forme de l'acide butanoïque (butyrique), du CO2 et du dihydrogène à partir de l'acide lactique
déjà formé par fermentation lactique :

Acide lactique acide butyrique + 2CO2 + 2H2 + Energie

L'acide butyrique est responsable de l'odeur putride et du goût piquant de certains fromages à pâte
cuite. Cette fermentation a lieu sous l'effet des bactéries Clostridium butyricum.

I.2.2. Métabolisme glucidique

2.1. Catabolisme des glucides
Le glucose est le point de départ des principales voies du catabolisme cellulaire. Bien que tous les
glucides soient susceptibles d’être catabolisés, la première étape consiste à déterminer la voie
d’utilisation du glucose : voie oxydative chez les aérobies strictes, voie fermentative chez les
aéroanaérobies facultatives et les anaérobies stricts, car les autres sucres seront utilisés selon la
même voie.

On distingue 3 principales voies enzymatiques, à localisation cytoplasmique, qui oxydent le glucose

en acide pyruvique, véritable plaque tournante du métabolisme et situé au carrefour du métabolisme
intermédiaire :

6
Biotechnologie M1BC

Le pyruvate est le point d’aboutissement obligé de toutes les voies de dégradation du glucose et des
voies d’oxydation de nombreux acides aminés. Il est transformé en Acetyl-CoA par décarboxylation
oxydative.

2.2. Anabolisme des glucides

Les micro-organismes synthétisent plusieurs types de polysaccharides d’importance industrielle,
certains se trouvent dans le cytoplasme, généralement utilisés comme source d’énergie. D’autres
polysaccharides entrent dans la composition cellulaire tels que les peptidoglycanes de la paroi.
Aussi les micro-organismes ont la capacité d’excréter des polysaccharides à l’extérieur de la cellule
(ex : dextranes, levanes, xanthanes, …etc.).

 Synthèse du glycogène
Les bactéries peuvent accumuler le glycogène à condition de posséder le système enzymatique qui
permet la polymérisation du glucose en glycogène. Ce dernier s’accumule sous forme de
granulations intracytoplasmiques.

 Synthèse des lévanes et de dextranes

Les lévanes (poly-β (2-6) fructose) et dextranes (poly-α (1-6) glucose avec ramification α (1-3) ou α
(1-4)) sont synthétisés à partir du saccharose. Ces composés sont responsables de l’aspect
mucilagineux des cultures sur milieu saccharosé. Certaines capsules sont de nature polyosidique.
L’utilité biologique de ces composés est considérable.

7
Biotechnologie M1BC

I.2.3. Métabolisme protéique

3.1. Catabolisme des protéines

La croissance des micro-organismes repose sur leur système protéolytique. Ces systèmes
comportent des protéases extra et intracellulaires, des systèmes de transport spécifiques pour les
peptides et une multitude de peptidases intracellulaires.
Les protéines, avant d’être assimilées, sont dégradées en polypeptides qui sont également dégradés
en acides aminés. La dégradation des protéines par des enzymes qui sont les protéinases et les
peptidases précède leur assimilation.

Le catabolisme des acides aminés est une voie majeure de formation de molécules aromatiques
(alcool, aldéhydes, acides organiques, …), comme il peut être une source d’énergie pour certaines
bactéries en cas de limitation en nutriments.

3.2. Anabolisme ou synthèse des protéines

La biosynthèse des protéines est l'ensemble des processus biochimiques permettant aux cellules de
produire leurs protéines à partir de leurs gènes afin de compenser les pertes en protéines par
sécrétion ou par dégradation. Elle recouvre les étapes de transcription de l'ADN en ARN messager,
d'aminoacylation des ARN de transfert, de traduction de l'ARN messager en chaînes
polypeptidiques, de modifications post-traductionnelles de ces dernières, et enfin de repliement des
protéines ainsi produites. Elle est étroitement régulée à de multiples niveaux, principalement lors de
la transcription et lors de la traduction.

I.2.4. Métabolisme des lipides

Les lipides sont d’importants constituants de la membrane cytoplasmique et de la paroi.
Ils servent aussi comme réserves énergétiques. Les lipides ne sont assimilables qu’après clivage et
leur hydrolyse est assurée par des enzymes qu’on désigne improprement sous le nom de lipase.
Trois groupes d’enzymes sont concernés : les estérases qui hydrolysent de façon préférentielle les
esters formés avec les acides gras à chaîne courte (C2-C8) et les lipases qui sont actives sur des
substrats émulsifiés contenant des acides gras à chaîne longue (>C8), ces enzymes sont impliquées
dans l'hydrolyse de mono, di, et triglycérides. La lécithinase hydrolyse la lécithine en libérant le
diglycéride et le phosphatidyl-choline. D’autre part, les lipides sont synthétisés à partir de glycérol
et d’acides gras (les AG sont synthétisés à partir d’acétyl-CoA).

8
Biotechnologie M1BC

II. Application du métabolisme et métabolites

II.1. Principales applications industrielles des fermentations

Bien avant que Pasteur ait démontré que la fermentation était provoquée par des cellules
vivantes, les micro-organismes étaient déjà exploités par l’homme. Ainsi 4000 ans avant
Jésus-Christ, les Sumériens utilisaient-ils la plus ancienne fermentation connue, la
conversion du sucre en alcool, pour fabriquer de la bière. 4 000 ans avant Jésus-Christ, les
Égyptiens employaient la levure pour faire lever la pâte à pain.
Les premières applications industrielles ont été naturellement extrapolées de ces procédés et se
sont généralisées au secteur de l’alimentation : pain et produits assimilés, production d’alcool
(bière, vin, cidre), production de vinaigre, industrie laitière et fromagère. Progressivement les
procédés de fermentation se sont étendus à d’autres secteurs économiques : chimie, pharmacie,
agriculture et environnement.
Dans les domaines de la chimie et de la pharmacie, les procédés de fermentation sont en
concurrence avec les synthèses chimiques ; ils constituent cependant la technologie de choix
pour les molécules organiques complexes ou chirales (antibiotiques, vitamines, acides
organiques et aminés, polysaccharides, protéines à usage thérapeutique entre autres).

9
Biotechnologie M1BC

II.1.1. Présentation générale

Les domaines d’application des fermentations dans l’industrie sont nombreux et variés.
Outre le secteur de l’alimentation, la chimie, la pharmacie, l’agriculture et l’environnement
font appel à de tels procédés.
Les principaux produits industriels obtenus par fermentation et leurs domaines
d’application sont représentés sous forme de tableaux.
Leur regroupement par types est un peu arbitraire car très difficile, de nombreuses familles
de composés chimiques étant utilisées dans plusieurs secteurs industriels.
NB : La codification employée dans les divers tableaux concernant les principales voies
d’accès pour l’obtention de ces composés est rappelée en encadré.
F Fermentation
C Synthèse chimique
Ex Extraction à partir de tissus animaux ou végétaux
En Procédé enzymatique

II.1.2. Industries alimentaire et diverses

II.1.2.1. Acides organiques (tableau 1)
Les acides organiques sont principalement utilisés dans l’industrie alimentaire comme
additif alimentaire et dans l’industrie chimique (détergents, traitement des tissus, fabrication de
plastique et des cosmétiques). Les plus courants sont les acides carboxyliques : acide citrique, acide
acétique, acide lactique, etc...
Tableau 1 – Principaux acides organiques produits par fermentation

Produit Voies d’accès Micro-organismes utilisés

Acide acétique F ou C Acetobacter sp.

Acide citrique F Aspergillus niger
Acide gluconique F Aspergillus niger, Gluconobacter
suboxydans
Acide itaconique F Aspergillus terreus
Acide lactique F ou C Les bactéries lactiques : Lactococcus lactis,
Lactobacillus delbrueckii,..
Rhizopus orysae
II.1.2.2. Acides aminés (tableau 2)
Les procédés de fermentation produisent les acides aminés naturels de la série L alors que
les procédés chimiques produisent un mélange racémique. Les acides aminés sont utilisés
dans l’industrie alimentaire, mais ils servent également de matière première pour
l’industrie chimique.

10
Biotechnologie M1BC

L’acide aminé le plus produit est la lysine qui est utilisée comme complément dans
l’alimentation animale. L’acide glutamique est connu sous forme de glutamate de sodium
(GMS : glutamate monosodique) ; il est très utilisé dans l’industrie alimentaire asiatique et
aussi dans les industries pharmaceutiques et cosmétiques. La glycine et l'alanine sont ajoutés à
certains produits alimentaires pour améliorer leur saveur. L'aspartam (aspartate + phénylalanine)
est utilisé comme agents édulcorant (pouvoir "de goût sucré") en nutrition humaine.

Tableau 2 – Principaux acides aminés produits par fermentation

Produit Voies Micro-organismes utilisés

d’accès
L-Arginine F Les souches productrices utilisées
L-Citruline F appartiennent en général aux genres
Acide L-glutamique F Corynebacterium, Brevibacterium et
L-Histidine F Arthrobacter
L-Glutamine F
L-Isoleucine F ou Ex Les espèces Corynebacterium
L-Leucine F ou Ex glutamicum et Brevibacterium flavum
sont le plus fréquemment utilisées
L-Lysine F
L-Ornithine F
L-Phénylalanine F ou C
L-Proline F
L-Sérine F ou C
Certaines productions (thréonine) se font
L-Thréonine F à partir d’organismes génétiquement
L-Tryptophane F ou C modifiés (OGM) : Escherichia coli
L-Valine F

II.1.2.3. Biopolymères (tableau 3)

Les biopolymères sont utilisés dans l’industrie alimentaire (xanthane, alginates) dans
l’industrie des cosmétiques et la pharmacie (acide hyaluronique) ou dans la fabrication
des plastiques (polyhydroxybutyrate).

Tableau 3 – Principaux biopolymères produits par fermentation

Produit Voies Micro-organismes utilisés

d’accès
Alginate F Azotobacter vinelandii
Levane F Zymomonas mobilis
Phosphomannane F Hansenula holstii
Polyhydroxybutyrate F Alcaligenes eutrophus
Pullulane F Aurebasidium pullulans
Scléroglucane F Sclerotium rolfsii
Xanthane F Xantomonas campestris
Acide hyaluronique F Streptococcus zooepidemicus

11
Biotechnologie M1BC

II.1.2.4. Vitamines (tableau 4)

Les vitamines sont des substances organiques actives, vitales, indispensables en faible quantité au
métabolisme d’un organisme vivant, qui ne peut être synthétisé en quantité suffisante par cet
organisme. Les vitamines sont utilisées dans l’industrie alimentaire et dans l’industrie
pharmaceutique. La vitamine la plus connue est la vitamine C, elle est souvent utilisée dans
les formulations d’aspirine effervescente et dans des produits cuisinés. La vitamine B12 est
une molécule complexe qui n’est synthétisée que par des microorganismes procaryotes. Nécessaire
à l’être humain, elle est apportée par l’alimentation ou produite par la flore intestinale.

Tableau 4 – Principales vitamines produites par fermentation

Voies
Produit Micro-organismes utilisés
d’accès
Vitamine B2 (riboflavine) F Ashbya gossypii, Candida famata,
Pichia miso
Vitamine B12 (cyanocobalamine) F Bacillus megaterium,
Propionibacterium shermanii
Pseudomonas denitrificans
Vitamine C (acide ascorbique) F+C Acetobacter suboxydans

Vitamine D (calciférol) F+C Saccharomyces sp., Aspergillus niger

II.1.2.5. Ferments pour l’industrie laitière et fromagère (tableau 5)

La fermentation du lait par des bactéries lactiques provoque son acidification et sa gélification et
conduit à l’obtention de yaourts et de laits fermentés. La fabrication du fromage nécessite une
phase de caillage du lait suivie des nombreuses phases d’affinages. Historiquement, ces
étapes étaient réalisées par des micro-organismes (ferments) présents dans
l’environnement immédiat de la zone de production (ensemencement naturel).
Progressivement ces micro-organismes ont été isolés et produits par des sociétés
spécialisées permettant de fiabiliser la production des diverses variétés de produits laitiers
fermentés par un ensemencement contrôlé.

12
Biotechnologie M1BC

Tableau 5 – Principaux ferments pour l’industrie laitière et fromagère

Ferments Applications
Lactobacillus bulgaricus, Streptococcus Yaourts
thermophilus, Bifidobacterium sp.
Lactobacillus acidophilus Laits fermentés
Kéfir (boisson fermentée d’origine
Lactobacillus caucasius caucasienne obtenue à partir de lait de
vache ou de chèvre)
Lactococcus cremoris, Lactococcus lactis Premières étapes (caillage) de la
Lactococcus diacetylactis, Leuconostoc plupart des fromages
cremoris, Lactobacillus lactis Fromages non affinés à pâte fraîche
Beurre
Streptococcus thermophilus, Lactobacillus Gruyère (les deux souches du genre
helveticus, Propionibacterium shermanii Propionibacterium sont responsables
Propionibacterium freudenreichii de la formation des trous lors du
procédé d’affinage)
Lactococcus cremoris, Lactobacillus Bleu, roquefort (P. roqueforti est
lactis, Penicillium roqueforti responsable de la couleur bleue)
Lactococcus cremoris, Lactobacillus Camembert
lactis, Penicillium camemberti

13
Biotechnologie M1BC

II.1.2.6. Levures (tableau 6)

La levure la plus ancienne et la plus utilisée est le genre Saccharomyces cerevisiae. Il s’agit
de la levure de boulangerie utilisée pour lever la pâte à pain mais aussi de la levure qui est
utilisée pour la fermentation alcoolique, pour la production de bière ou de vin. Les sociétés
spécialisées dans la production des levures et ferments alimentaires produisent des souches
spécifiques pour chacune des applications : boulangerie, bière, différents types de vins.

Tableau 6 – Principales levures et leurs applications dans le secteur de l’alimentation

Espèces de levures Produits obtenus et applications

Pain (la levure de boulangerie joue un
rôle clé dans l’hydrolyse des
Saccharomyces cerevisiae polysaccharides et des protéines
contenus dans la farine ; la production de
CO2 permet de faire « lever » la pâte à
pain)
Saccharomyces cerevisiae Bière
Saccharomyces curls berngensis
Saccharomyces cerevisiae Vin (les premières étapes du processus de
Saccharomyces ellipsoideus vinification : production d’alcool à partir
Genres :Kloeckera, Hansenula, du moût de raisin, sont principalement
Hanseniospora réalisées par S. cerevisiae)
Saccharomyces sake Saké
Saccharomyces rouxii Miso (aliment fermenté à base de soja)
Kluyveromyces fragilis Fromages
Kluyveromyces lactis
Candida utilis Levure alimentaire

II.1.3. Industries chimique et pharmaceutique

II.1.3.1. Exemple de produits chimiques de base issus de fermentation

La production, déjà ancienne, d’éthanol à partir de biomasse (plantes sucrières, céréales,
etc.). L’acétone, le butanol, le 2,3-butanediol ont été produits par fermentation par le
passé, et des recherches sont toujours en cours dans cette voie. L’exploitation industrielle
des procédés les plus performants dépend essentiellement de l’évolution du prix des
matières fossiles.
On peut ajouter, à ces produits, les acides aminés répertoriés au tableau 2 et les acides
organiques du tableau 1.
II.1.3.2. Antibiotiques (tableau 7)
La majorité des antibiotiques sont produits par fermentation. Les souches productrices
sont des champignons (Penicillium, Cephalosporium) ou des bactéries filamenteuses

14
Biotechnologie M1BC

(genre Streptomyces principalement). La culture est très généralement aérobie et l'antibiotique,

métabolite secondaire d'utilité peu évidente pour le microorganisme, produit en fin de croissance.
Le fait majeur des années 1980 à 2000 réside dans le développement de β-lactamines et de
macrolides obtenus par hémisynthèse.

Tableau 7 – Principaux antibiotiques produits par fermentation

Produit Voies Micro-organismes utilisés

d’accès
Macrolides
Érythromycine F Streptomyces erythreus
Josamycine F Streptomyces sarbonensis
Spiramycine F
Clarithromycine F+C Streptomyces ambofaciens
Azithromycine F+C
β-Lactamines
Pénicilline G F
Penicillium chrysogenum
Amoxicilline F + En + C
Céphalosporine C F Cephalosporium acremonium
Céphalexine F + En + C
Thiénamycine F Streptomyces cattleya
Aminoglycosides
Streptomycine F Streptomyces griseus
Néomycine F Streptomyces fradiae
Autres antibiotiques
Tétracyclines F Streptomyces aureofaciens

Rifamycines F, F + C Nocardia meditarranei

Glycopeptides F Streptomyces orientalis
Streptogramines F, F + C Streptomyces pristinaespiralis

II.1.3.3. Protéines d’intérêt pharmaceutique (tableau 8)

La fermentation de micro-organismes recombinants s’est en premier lieu substituée à
l’extraction à partir de tissus humains ou animaux pour la production des protéines
thérapeutiques telles que l’insuline, l’hormone de croissance ou les facteurs de
coagulation. Dans ces exemples, la production par fermentation s’est imposée car elle a
permis de fiabiliser la production et de s’affranchir des problèmes de contamination virale.

Dans un 2e temps, les techniques de l’ADN recombinant ont permis l’accès à de nouvelles
protéines thérapeutiques telles que l’érythropoïétine ou le GCSF, qui ont également permis
de modifier les propriétés pharmacocinétiques de certaines protéines existantes telles que les
insulines.

15
Biotechnologie M1BC

Tableau 8 – Principales protéines d’intérêt pharmaceutique produites par des micro-organismes à ADN
recombiné

Produit Voies Micro-organismes utilisés

d’accès
Insuline (diabète) F + En Saccharomyces cerevisiae, E. coli
Hormone de croissance humaine F Escherichia coli
(nanisme)
G-CSF (traitement des neutropénies) F Escherichia coli
Érythropoïétine (traitement des F (1) CHO (cellules animales)
anémies)
TPA (traitement des thromboses) F (1) CHO (cellules animales)
Facteur VIII (hémophilie) F (1) CHO (cellules animales)
Interféron (hépatite C) F Escherichia coli
Anticorps monoclonaux (cancer) F (1) Hybridomes (cellules animales)
(1) La culture de cellules animales est ici assimilée aux procédés de fermentation.

II.1.3.4. Autres produits pharmaceutiques (tableau 9)

Ce tableau présente la diversité des applications thérapeutiques où l’on peut trouver des
produits issus de fermentation. Ces produits ont une masse molaire souvent supérieure à
500 g/mol et possèdent plus de 5 carbones asymétriques, ce qui impose l’utilisation de
procédés de fermentation. À ces produits, on peut ajouter les biopolymères du tableau 3 et
les vitamines du tableau 4.

Tableau 9 – Quelques produits pharmaceutiques nécessitant une étape de fermentation

Voies Micro-organismes utilisés
Produit d’accès
Alcaloïdes (antidouleurs...) Ex + F + C Claviceps paspali, Claviceps
purpurea
Stéroïdes (anti- inflammatoires, Ex + F + C Mycobacterium
hormones)
Cyclosporine (immunosuppresseur) F Tolypocladium inflatum
Avermectine (antiparasitaire) F Streptomyces avermitilis
Daunorubicine (anticancéreux) Streptomyces coeruleorubidus
F
Lovastatine (cardiovasculaire) F Aspergillus terreus

II.1.4. Autres industries

II.1.4.1. Industrie des pesticides (tableau 10)
Les principaux biopesticides produits par fermentation sont présentés dans le tableau 10.
Parmi ceux-ci, il faut remarquer que Bacillus thuringensis représente environ 75 % des
ventes de biopesticides.

16
Biotechnologie M1BC

Tableau 10 – Principaux biopesticides produits par fermentation

Préparation microbienne Cibles
Endothia parasitica Chancre du châtaignier
Arthrobotrys irregularis Nématodes (méloidogyne) attaquant les cultures
maraîchères et florales
Alternaria cassiae Adventice (Cassia obtusifolia) du soja, de
l’arachide et du coton
Bacillus sphaericus Moustiques
Bacillus thuringiensis Larves de lépidoptères, teigne des ruches, larves de
diptères, larves de coléoptères...
Baculovirus Insectes

II.1.4.2. Enzymes (tableau 11)

Les enzymes sont privilégiées en industrie car elles permettent de contourner les inconvénients
des produits chimiques et améliorent les relations coûts-efficacité des procédés. Parmi les enzymes
industrielles, les protéases occupent la part majeure des ventes des enzymes, soit environ 60%. La
biologie moléculaire a permis le clonage et l’expression des gènes codant pour la plupart
des enzymes dans un nombre réduit de micro-organismes. Ainsi, les souches genre
Bacillus et Aspergillus sont utilisées majoritairement pour la production d’enzymes, les
genres Streptomyces et Kluyveromyces sont également utilisés. Le tableau 11 en donne
quelques applications.

Tableau 11 – Quelques applications des enzymes produites par fermentation

Secteur Enzymes Applications
Détergents Protéases, amylases, lipases, Amélioration des performances,
cellulases diminution de la température et du
temps de lavage

α-Amylases, Liquéfaction de l’amidon, production

amyloglucosidases, glucose de sirops de glucose, hydrolyse des
Amidonneries
isomérases, xylanases, xylanes et inulines, production de
cyclomaltodextrine, cyclodextrines...
glucanotransférase,
inulinases
Amylases, glucose oxydases, Dégradation des amidons et du gluten
Industrie lipases, protéases, cellulases en boulangerie
alimentaire α-Acétolactate décarboxylase, Préparation des matières premières
β-glucanases pour la brasserie
α-Acétolactate décarboxylase, β- Préparation des jus de fruits
galacosidase, pectinases... (pectinases)...
Synthèse de Pénicilline acylase, Production d’antibiotiques
médicaments glutarylacylase, lipases, (pénicillines, céphalosporines),
protéases, oxydoréductases, dédoublement d’isomères optiques,
hydantoïnases, aminoacylases... chimie chirale

17