Rapport annuel d’activité 2017

Centre national de
référence Mycoses Invasives
et Antifongiques

Responsables Année
Pr. Françoise Dromer
Pr. Stéphane Bretagne, adjoint d’exercice
Pr. Olivier Lortholary, adjoint

Collaborateurs
M. Alexandre Alanio, médecin mycologue
2016
Mme Anne Boullié, technicienne
Mme Reine Bouyssié, assistante
Mme Marie Desnos-Ollivier, ingénieur
Mme Dea Garcia-Hermoso, ingénieur
Mme Cécile Gautier, technicienne
Mme Fanny Lanternier, médecin clinicien
Mme Karine Sitbon, médecin d'études cliniques
 Table des matières
RESUME ANALYTIQUE ..................................................................................................................... 1
1 MISSIONS ET ORGANISATION DU CNR ..................................................................................... 2
2 ACTIVITES D’EXPERTISE ........................................................................................................... 2
ÉVOLUTIONS DES TECHNIQUES AU COURS DE L’ANNEE 2014 .............................................................. 2
ACTIVITES D’EXPERTISE DE L’ANNEE 2016 ....................................................................................... 2
Expertise 2016 sur les levures ............................................................................................ 3
Expertise 2016 sur les champignons filamenteux .............................................................. 6
Expertise 2016 sur la sensibilité aux antifongiques ........................................................... 8
Expertise 2016 sur les mycoses endémiques...................................................................... 9
Expertise 2016 en anatomopathologie ............................................................................ 10
Expertise 2016 pour les diagnostics moléculaires ............................................................ 10
Diagnostic sur tissu fixé ............................................................................................................................................. 11
Diagnostic sur prélèvements sanguins, urinaires ou respiratoires ............................................................................ 11

3 ACTIVITES DE SURVEILLANCE ................................................................................................. 11

SURVEILLANCE DE L’EVOLUTION ET DES CARACTERISTIQUES DES INFECTIONS........................................ 11
Surveillance de la cryptococcose :.................................................................................... 13
Observatoire des Levures ................................................................................................. 15
RESeau de Surveillance des Infections Fongiques invasives en France (ReSSIF) .............. 16
Les aspergilloses invasives ......................................................................................................................................... 19
Les pneumocystoses .................................................................................................................................................. 20
Les mucormycoses .................................................................................................................................................... 21
Les fusarioses ............................................................................................................................................................ 21
SURVEILLANCE DE LA RESISTANCE DES AGENTS PATHOGENES AUX ANTI-INFECTIEUX .............................. 21
Définition de l’échantillon de souches testées ................................................................. 21
Définitions utilisées pour exprimer la résistance ............................................................. 22
Résultats de la surveillance des résistances aux antifongiques pour les levures ............. 23
Résultats de la surveillance des résistances aux antifongiques pour les filamenteux ..... 25
Analyse des tendances ..................................................................................................... 28
PARTICIPATION AUX RESEAUX DE SURVEILLANCE INTERNATIONAUX, EN PARTICULIER EUROPEENS ............ 29
4 ALERTE .................................................................................................................................. 29
ALERTE CONCERNANT CANDIDA AURIS ......................................................................................... 29
INFECTIONS A SAPROCHAETE CLAVATA ......................................................................................... 30
COLONISATION OU INFECTION A MUCOR INDICUS .......................................................................... 30
Contexte .................................................................................................................................................................... 30
Investigation épidemiologique .................................................................................................................................. 31
Investigations mycologiques ..................................................................................................................................... 31

5 ACTIVITES D’INFORMATION, DE FORMATION ET DE CONSEIL ................................................ 32

ENSEIGNEMENTS ET FORMATION ................................................................................................. 32
MODALITES DE DIFFUSION DES DONNEES DE SURVEILLANCE ET PRODUCTION DU CNRMA ..................... 33
ACTIVITE DE CONSEIL AUX PROFESSIONNELS .................................................................................. 33
ACTIVITE D'EXPERTISE ................................................................................................................ 33
6 TRAVAUX DE RECHERCHE ET PUBLICATIONS EN LIEN DIRECT AVEC L’ACTIVITE DU CNR ......... 35
Description de nouvelles espèces ............................................................................................................................. 35
Développement de méthodes de typage .................................................................................................................. 35
Typage de C. parapsilosis ..................................................................................................................................... 35
Détection du clone épidémique de Saprochaete clavata .................................................................................... 36
Typage de Pneumocystis jirovecii ........................................................................................................................ 36
Cryptococcose ........................................................................................................................................................... 36
Evaluation d’un test rapide de diagnostic de la cryptococcose ........................................................................... 36
Cryptococcose et Cryptococcus spp. en Europe .................................................................................................. 36
 Essai thérapeutique randomisé en Afrique .......................................................................................................... 37
Optimisation diagnostique des infections fongiques ................................................................................................ 37
Pneumocystoses .................................................................................................................................................. 37
Variation du nombre de copies de l’ARN 18S d’Aspergillus fumigatus analysé par droplet PCR ......................... 38
Etudes concernant les fongémies à levures .............................................................................................................. 38
Fongémies en onco-hématologie ......................................................................................................................... 38
Fongémies dues aux levures rares ....................................................................................................................... 38
Infections à coelomycètes .................................................................................................................................... 39
LES PUBLICATIONS ET COMMUNICATIONS EN LIEN AVEC LES ACTIVITES DU CNR ................................... 40
Invitations dans des congrès internationaux............................................................................................................. 40
Congrès nationaux ..................................................................................................................................................... 40
Publications nationales ............................................................................................................................................. 41
Publications internationales ...................................................................................................................................... 41
Chapitre de livre – publications didactiques ............................................................................................................. 45

7 COOPERATION AVEC LES LABORATOIRES DE SANTE ANIMALE, D’HYGIENE ALIMENTAIRE,

ENVIRONNEMENTAUX .................................................................................................................. 45
8 PROGRAMME D’ACTIVITE POUR LES ANNEES SUIVANTES...................................................... 45
9 ANNEXE 1 : MISSIONS & ORGANISATION DU CNR ................................................................. 46
RAPPEL DES MISSIONS ET OBJECTIFS MAJEURS DU CNR ET DES LABORATOIRES ASSOCIES ....................... 46
DESCRIPTION DETAILLEE DE L’EQUIPE : ......................................................................................... 46
DESCRIPTION DETAILLEE DES LOCAUX ET DE L’EQUIPEMENT .............................................................. 48
DESCRIPTION DE LA DEMARCHE QUALITE DU LABORATOIRE : ............................................................ 49
Historique de la démarche qualité à l’Institut Pasteur .............................................................................................. 49
Projet ISO 15189 du Laboratoire de Référence et d’Expertise Multisite (LREMS) de l’Institut Pasteur .................... 49
Actions d’importance 2016 conduites auprès des CNR de l’Institut Pasteur à Paris et Lyon .................................... 49
Perspectives 2017...................................................................................................................................................... 50

10 ANNEXE 2 : CAPACITES TECHNIQUES DU CNR ........................................................................ 50

LISTE DES TECHNIQUES DE REFERENCE: DIAGNOSTIC/IDENTIFICATION, TYPAGE, EVALUATION DE LA
SENSIBILITE AUX ANTI-INFECTIEUX : ........................................................................................................... 50
Techniques pour le diagnostic, l’identification et l’évaluation de la sensibilité aux antifongiques .......................... 50
Techniques mises en place en 2016 .......................................................................................................................... 51
LISTE DES MARQUEURS EPIDEMIOLOGIQUES DISPONIBLES ................................................................ 51
COLLECTIONS DE SOUCHES, ANTIGENES OU IMMUN-SERUMS DE REFERENCE :...................................... 52
Collections de levures................................................................................................................................................ 52
Collection de champignons filamenteux ................................................................................................................... 53
Collection d'images numériques ............................................................................................................................... 54
Collection d'ADN génomique .................................................................................................................................... 54
Base de données de séquences : Institut Pasteur FungiBank ................................................................................... 54
Collection de sérums ................................................................................................................................................. 55
LISTE DES TECHNIQUES (DIAGNOSTIC/IDENTIFICATION, TYPAGE, SENSIBILITE AUX ANTI-INFECTIEUX...)
RECOMMANDEES PAR LE CNR.................................................................................................................. 55
Identification des champignons ................................................................................................................................ 55
Diagnostic des mycoses endémiques ........................................................................................................................ 56
Détermination de la sensibilité aux antifongiques des isolats de champignons pathogènes ................................... 56
Désinfection des surfaces .......................................................................................................................................... 57
TECHNIQUES TRANSFEREES PAR LE CNRMA .................................................................................. 57
11 ANNEXE 3 : LISTE DES COLLABORATEURS DU CNRMA ............................................................ 58
LISTE DES CC-CNRMA FORMANT RESSIF ................................................................................................. 58
MEMBRES DU RESEAU METROPOLITAIN ..................................................................................................... 58
MEMBRES DU RESEAU DANS LES DOM-TOM ............................................................................................ 61
 Liste des Figures et des Tableaux

Figure 1 : Evolution du volume d'activité d'expertise du CNRMA ............................................3

Figure 2 : Levures d'espèces rares (microscopie) .......................................................................6
Figure 3 : Aspects morphologiques de quelques champignons (1) ............................................7
Figure 4 : Aspects morphologiques de quelques champignons (2) ............................................8
Figure 5 : Schéma du gène Cyp51A d’A. fumigatus et principales mutations ...........................9
Figure 6 : Sélection de quelques diagnostics anatomopathologiques faits en 2016 .................10
Figure 7 : Répartition géographique des 26 CC-CNRMA composant RESSIF en 2016 .........12
Figure 8: Evolution des caractéristiques des patients atteints de cryptococcose ......................13
Figure 9 : Evolution du nombre de cas de cryptococcose et des moyens de diagnostic...........14
Figure 10 : Evolution des tests de diagnostic de la cryptococcose ...........................................14
Figure 11 : Devenir à 3 mois des patients atteints de cryptococcose (2008-2016)...................15
Figure 12 : Distribution des espèces responsables de fongémies, ODL 2002-2016 .................16
Figure 13 : Evolution des techniques d'identification des champignons depuis 2012..............17
Figure 14 : Evolution des enregistrements sur RESSIF............................................................18
Figure 15 : Répartition des principales infections fongiques invasives (RESSIF, 2012-2016)18
Figure 16 : Principaux outils utilisés dans le diagnostic de l'aspergillose invasive ..................19
Figure 17 : Devenir à 8 jours et à 3 mois après le diagnostic d'aspergillose invasive ..............19
Figure 18 : Classification des PCP répertoriées En fonction de la pathologie sous-jacente.....20
Figure 19 : Courbes de survie après diagnostic de PCP ..........................................................20
Figure 20 : Répartition des espèces de Mucorales ....................................................................21
Figure 21 : Evolution de la résistance aux antifongiques pour les levures communes.............29
Figure 22 : Détection de Saprochaete clavata et du clone épidémique depuis 2012 ..............30
Figure 23 : Distribution des isolements de Mucor indicus en France.......................................31
Figure 24 : Analyse phylogénétique des isolats Mucor indicus ...............................................32
Figure 25 : Arbre décrivant la population des isolats de C. parapsilosis étudiés .....................35
Figure 26 : Organigramme fonctionnel du CNRMA en 2016 ..................................................47
Figure 27 : Locaux du CNRMA ...............................................................................................48
Figure 28 : Portail de la base de données de séquences Institut Pasteur FungiBank ................54
Figure 29 : Protocole d'amplification des régions ITS utilisé au CNRMA ..............................57

Tableau 1: Tableau des dénominations taxonomiques pour les levures .....................................5

Tableau 2 : Tableau des dénominations taxonomiques pour les champignons filamenteux ......6
Tableau 3 : Bases de données du CNRMA (bilan au 24/03/2017) ...........................................13
Tableau 4 : Candida sp. EUCAST Antifungal Clinical Breakpoint fungi ................................22
Tableau 5 : Aspergillus sp. EUCAST Antifungal Clinical Breakpoints –Fungi ......................23
Tableau 6 : Profil de sensibilité des levures aux antifongiques ................................................24
Tableau 7 : Profil de sensibilité des champignons filamenteux aux antifongiques ..................26
Tableau 8: Profil de sensibilité des levures à 4 azolés, dont l’isavuconazole...........................27
Tableau 9 : Profil de sensibilité des filamenteux à 4 azolés, dont l’isavuconazole .................28
Tableau 10 : Composition de l'équipe du CNRMA en 2016 ....................................................47
Tableau 11 : Liste des couples d’amorces utilisés en fonction des genres étudiés ...................55
Résumé analytique

Les missions du CNRMA sont l'expertise et la surveillance épidémiologique et microbiologique des

mycoses invasives incluant les pneumocystoses.
Le CNRMA a poursuivi les missions d'expertise et de surveillance qui lui étaient assignées
auparavant, avec une augmentation sensible de son activité, et développé de nouveaux outils
techniques et de surveillance. La surveillance des profils de sensibilité aux antifongiques n'a mis en
évidence aucune anomalie en 2016, à l'exception de quelques isolats ayant une résistance acquise, non
groupés.
Le CNRMA a mis en place le réseau de centres collaborateurs du CNRMA (les CC-CNRMA) au
nombre de 26 en 2016, qui forment le RESeau de Surveillance des Infections Fongiques invasives
(RESSIF). RESSIF collecte, de façon active et pérenne, toutes les informations sur les infections
fongiques invasives probables ou prouvées et les isolats correspondants. L'objectif est de pouvoir
analyser les tendances en termes d'espèces impliquées, d'émergence de résistance à un ou plusieurs
antifongiques, ou de nouvelles populations à risque, et aussi de calculer les incidences et de suivre les
modifications au cours du temps. RESSIF a déjà permis de collecter les informations sur 7115 cas
d'infections fongiques invasives, et représente une base unique au plan international.
Le CNRMA a mis en place depuis 2013, une collaboration avec l’unité d’histopathologie humaine et
modèles animaux (Pr. Fabrice Chrétien, Dr. Gregory Jouvion) de l’Institut Pasteur pour développer
une expertise spécifique anatomopathologique, et a développé au cours de ces dernières années,
particulièrement en 2016 des outils de diagnostic moléculaire des infections fongiques invasives. Il a
aussi contribué à l’investigation de cas inhabituels de colonisation ou infection invasive par un
champignon rare, Mucor indicus, en s’appuyant sur des données de séquençage du génome entier. Le
CNRMA continue à alimenter et à mettre à jour la base de séquences Institut Pasteur FungiBank.

1
1 Missions et organisation du CNR

Les missions et l'organisation du CNRMA sont détaillées en annexe. Les réseaux de surveillance
mis en place comprennent l’Observatoire des Levures en région parisienne (ODL), et le RESeau de
Surveillance des Infections Fongiques invasives (RESSIF) couvrant le territoire national. RESSIF
comprend 26 laboratoires (CC-CNRMA) qui ont souhaité participer de façon active et pérenne à cette
surveillance. Les isolats des espèces les plus communes (Candida albicans, C. glabrata, C. tropicalis,
C. parapsilosis, et Aspergillus fumigatus) ne nous sont pas adressés sauf en cas de profil anormal de
sensibilité aux antifongiques.
L'activité de conseil concerne la prise en charge diagnostique et/ou thérapeutique de patients suspects
ou atteints de mycoses invasives. Tout clinicien ou microbiologiste/mycologue peut solliciter
l’expertise du CNRMA.

2 Activités d’expertise
Évolutions des techniques au cours de l’année 2014
Le CNRMA continue à développer les outils d'identifications des champignons d'espèces rares pour
lesquelles les caractéristiques morphologiques sont insuffisamment discriminantes et les séquences
disponibles dans les bases de données inexistantes ou non fiables.
Le CNRMA utilise désormais le MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionisation-time of
flight) avec le Microflex de Bruker pour l'identification des levures. Les identifications d'espèces
sont systématiquement contrôlées par séquençage nucléotidiques d'une ou plusieurs régions, dès lors
qu'il s'agit d'une espèce rare ou d'identification difficile ou incertaine.
Le CNRMA a transféré vers les CC-CNRMA les paramètres d'amplification et les amorces utilisées
pour l'identification moléculaire des champignons filamenteux et des levures, pour homogénéiser et
permettre le transfert des chromatogrammes d'un centre vers le CNRMA. La base de données de
séquences du CNRMA intitulée Institut Pasteur FungiBank a été lancée en octobre 2014 et est
accessible à tous depuis la fin 2015.

Activités d’expertise de l’année 2016

Le CNRMA a reçu, en 2016, 871 échantillons dont 5% étaient non conformes car ne correspondant
pas aux missions du CNR (mycoses superficielles, expertise relevant d’un LABM). Les demandes non
conformes entraînent l'envoi d'un courrier au laboratoire expéditeur et sont classées au bout d'un mois
en l'absence de réponse.
Aux expertises réalisées au CNRMA se sont ajoutées celles réalisées dans l’unité d’histopathologie et
modèles animaux dirigée par le Pr. F. Chrétien sur les prélèvements anatomopathologiques et celles
réalisées sur le site de Saint-Louis dans le laboratoire de Parasitologie-Mycologie dirigé par le Pr. S.
Bretagne pour le diagnostic moléculaire sur échantillon biologique.
La quasi-totalité des échantillons était en provenance de France Métropolitaine (92%) ou des DOM-
TOM (7%). Une seule demande nous est parvenue de l'étranger cette année (Belgique) dans le cadre
de l’alerte concernant Mucor indicus (et l’expertise a permis d’éliminer ce diagnostic). Toute demande
d'expertise est systématiquement accompagnée d'une fiche de renseignements. En l’absence
d’information sur une souche provenant d’un prélèvement profond, le correspondant est
systématiquement contacté par téléphone pour obtenir les informations manquantes.

2
Les souches proviennent majoritairement des laboratoires hospitaliers, en raison même des missions
du CNRMA qui couvrent uniquement les mycoses invasives. Les isolats reçus avaient été en majorité
cultivés à partir du sang (47%), d’échantillons pulmonaires (16%), cutanés (8.5%), liquides céphalo-
rachidiens (6%), échantillons oculaires (7%), ORL (3%), osseux (3%) ou digestifs (3%). Des
précisions sont données plus loin en fonction de l’expertise microbiologique requise.
En volume, l'activité de laboratoire du CNRMA est stable sur les levures mais augmentée sur les
champignons filamenteux et les séquences (Figure 1). Le pôle d’identification des pathogènes au sein
de la CIBU (cellule d’intervention biologique d’urgence) nous fournit dans la demi-journée les
chromatogrammes pour les urgences définies au CNRMA, ce qui nous permet de donner une réponse
au correspondant moins de 36h après réception de l’isolat. Plus de 90% des isolats identifiés sont
testés pour leur sensibilité aux antifongiques dans le cadre de nos missions. L’absence de
détermination des CMI est uniquement liée à des problèmes techniques (absence de fructification,
classe 3).

900

800 767 752

745
723
697
Nombre de souches analysées / Séquencées

700

592 600
600 563
523
489
500

447
430
400
386
272
257

300
220

204
191

200

100

6 10 8 11 10
0
2012 2013 2014 2015 2016
Levures Filamenteux Dimorphiques CMI séquences

Figure 1 : Evolution du volume d'activité d'expertise du CNRMA

Expertise 2016 sur les levures

Les levures provenaient essentiellement d'hémocultures (76%), mais aussi du système nerveux central
(7%), des poumons (6%), de l'appareil digestif (2%), de la peau (2,5%), des urines (2%), de lésions
ostéo-articulaires (1,5%).
Le niveau de caractérisation pour les 523 levures identifiées (correspondant à 41 genres et espèces
différents) est celui décrit précédemment. Nous avons donc réalisé :
ü Une analyse phénotypique : pureté sur milieu chromogène, profil protéique par MALDI-
TOF, et en fonction du genre ou espèce suspectés, activité uréase, température de
croissance, profil d'assimilation des sucres (galeries ID32C ou CH50), fermentation de
certains sucres, croissance en milieux hyperosmolaires, croissance sur milieu CGB, cultures
sur lame pour l'observation de structures particulières (Figure 2).

3
 ü Une identification moléculaire pour tous les isolats d'espèces communes ayant un profil
d'assimilation des sucres ou un profil protéique inhabituel, et pour toutes les espèces de
levures moins fréquentes voire rares, soit 177 isolats avec amplification d'un ou plusieurs
loci :
o Régions ITS1-5.8S-ITS2 (132 isolats)
o Région D1D2 de la sous-unité 26S (64 isolats)
o Amplification de la région IGS1 (11 isolats de Trichosporon spp.)
o Amplification du gène codant l'actine (21 isolats de Clavispora lusitaniae)
ü Un profil de sensibilité des souches aux 8 antifongiques pour 518 isolats (certaines souches
ne se développant pas dans les milieux tests, les CMI ne peuvent être analysées, et par
ailleurs, hors contexte particulier, les CMI ne sont déterminées que pour l'un des isolats en
cas de cryptococcose disséminée)
ü Un typage MLST pour rechercher le clone 5FC-R pour 10 isolats de C. tropicalis résistants
à la 5FC (8 patients, 10 souches différentes du clone R-5FC)
ü Le séquençage des gènes Fks pour 6 isolats, résistants aux échinocandines ou liés
épidémiologiquement à des isolats résistants.
ü L’identification en urgence d’isolats de Geotrichum spp. et/ou du clone épidémique de 2012
pour ceux adressés comme Saprochaete clavata a été réalisé sur 44 isolats et a abouti à
l’identification finale de Saprochaete clavata (n=24), Magnusiomyces capitatus (n=12) ou
Galactomyces candidus (n=7). La PCR quantitative mise au point au CNRMA a permis de
donner un résultat dans la journée suivant la réception de la souche pour les isolats suspects
avec donc identification de 24 isolats de S. clavata, correspondant au clone épidémique de
2012 (clone A, 11 souches), au clone B (5 souches) ou « ni A-ni B » (8 souches).
ü La détermination de la ploïdie et le sérotypage de 71 souches de Cryptococcus sp.
aboutissant à la caractérisation de 66 souches de Cr. neoformans (57 sérotype A, 12
sérotype D, 10 AD) et 2 souche de Cr. gattii (2 serotype B).
La détermination de certains caractères phénotypiques peut paraître obsolète alors que les techniques
moléculaires et le MALDI-TOF sont accessibles à tous. Elle est fondamentale pour constituer une base
de données fiable et une collection de souches bien caractérisées. Rappelons que l’identification des
espèces au sein des complexes d’espèces n’a pas nécessairement d’intérêt pour la prise en charge des
patients. En revanche, c’est tout l’intérêt du CNR dont l’expertise permet de caractériser ces espèces
rares et de colliger les données cliniques correspondantes, pour, à termes, déterminer si ces espèces
sont associées à des pathologies de présentations ou de pronostics différents justifiant leur
identification en routine.

Nous avons poursuivi la constitution d’une base de données complète (caractères phénotypiques CMI
et séquences) dans BioloMICS, et alimenté la nouvelle base de données Institut Pasteur FungiBank. Il
faut noter que de constantes révisions taxonomiques entrainent des changements de noms, y compris
pour des espèces courantes (Tableau 1). En tant que Centre de Référence, le CNRMA se doit de donner
les noms taxonomiques en cours mais maintient dans le compte-rendu le nom d'usage de façon à ne
pas perturber l'interprétation des résultats par les cliniciens ou mycologues/microbiologistes non
experts de ce domaine très spécialisé.

4
Tableau 1: Tableau des dénominations taxonomiques pour les levures
Espèce actuelle Synonyme usité en clinique Autre synonyme
Candida albicans Candida africana Candida albicans
Candida duobushaemulonii Candida haemulonii* Candida haemulonii type II
Clavispora lusitaniae Candida lusitaniae
Cyberlindnera fabianii Candida fabianii
Cyberlindnera jadinii Candida utilis Pichia jadinii
Cryptococcus neoformans
Cryptococcus neoformans
var. neoformans
Cryptococcus neoformans
Cryptococcus neoformans
Cryptococcus gattii
var. gattii
Debaryomyces hansenii Candida famata
Galactomyces candidus Geotrichum candidum
Kazachstania pintolopesii Candida pintolopesii
Kluyveromyces marxianus Candida kefyr
Kodamaea ohmeri Candida ohmeri Pichia ohmeri
Kuyveromyces lactis Candida sphaerica
Magnusiomyces capitatus Geotrichum capitatum
Meyerozyma caribbica Candida fermentati
Meyerozyma guilliermondii Candida guilliermondii Pichia guilliermondii
Pichia kudriavzevii Candida krusei Issatchenkia orientalis
Saprochaete clavata Geotrichum clavatum
Torulaspora delbrueckii Candida colliculosa
Wickerhamomyces anomalus Candida pelliculosa Pichia anomala
Yarrowia lipolytica Candida lipolytica

* C. haemulonii et C. duobushaemulonii sont deux espèces distinctes

Outre les espèces fréquentes (Candida albicans, Candida glabrata, Candida parapsilosis, Candida
tropicalis, Pichia kudriavzevii, Kluyveromyces marxianus var marxianus, nous avons identifié ou
confirmé l'identification de Candida dubliniensis, Candida haemulonii, Candida inconspicua,
Candida orthopsilosis, Candida metapsilosis, Candida palmioleophila, Candida theae, Clavispora
lusitaniae, Cyberlindnera fabianii, Cyberlindnera rhodanensis, Debaryomyces fabryi, Galactomyces
candidum, Hanseniaspora uvarum, Kazachstania bovina, Kodamaea ohmeri, Magnusiomyces
capitatus, Meyerozyma guilliermondii, Pichia kluyveri, Saccharomyces cerevisiae, Saccharomyces
fibuligera, Saprochaete clavata, Wickerhamomyces anomalus (Figure 2)

Et parmi les levures basidiomycètes, outre Cryptococcus neoformans var. neoformans et var. grubii,
Cryptococcus gattii, Rhodotorula mucilaginosa, Trichosporon asahii. Trichosporon
debeurmannianum, Trichosporon japonicum.

Toutes ces espèces sont, rappelons-le, responsables d’infections sévères et il ne s’agit donc pas ici
d’une liste purement “botanique”. Ainsi l’identification de Cyberlindnera rhodanensis contaminant de
la feuille de thé et responsable d’une arthrite chez une patiente chinoise a permis de documenter le
recours à la médecine naturelle à base de thé à l’origine de l’infection.

5
 A B

C D
Figure 2 : Levures d'espèces rares (microscopie)
A - Cryptococcus gattii (encre de Chine) ; B - Malassezia furfur ; C - Saccharomycopsis
fibuligera (ascospores) ; D - Hanseniaspora uvarum (ascospores)

Expertise 2016 sur les champignons filamenteux

Les champignons filamenteux étaient isolés essentiellement des poumons (32,7%), de la peau (18,2%),
de l’œil (18,2%) de la sphère ORL (7,1%), du sang (3,9%), mais aussi des os (4,5%), du tube digestif
(6,4%) ou du cerveau (2,9%).
Le niveau de caractérisation pour les 281 champignons filamenteux identifiés cette année (87 genres et
espèces différents incluant quelques souches de champignons dimorphiques classe 3) est celui décrit
plus haut. Le tableau suivant décrit les changements récents (Tableau 2). De plus, chaque année, en
raison de changements taxonomiques ou d’études en cours, des souches sont ressorties de la collection
pour complément d’identification.

Tableau 2 : Tableau des dénominations taxonomiques pour les champignons filamenteux

Dénomination précédente Espèce actuelle
Emericella nidulans Aspergillus nidulans
Emericella quadrilineata Aspergillus quadrilineatus
Neosartorya hiratsukae Aspergillus hiratsukae
Penicillium marneffei Talaromyces marneffei
Penicillium purpureogenum Talaromyces purpureogenus
Paecilomyces lilacinus Purpureocillium lilacinum
Geosmithia argillacea Rasamsonia argillacea
Bipolaris spicifera Curvularia spicifera
Acremonium kiliense Sarocladium kiliense
Acremonium strictum Sarocladium strictum
Fusarium dimerum species group Bisifusarium dimerum
Fusarium delphinoides Bisifusarium delphinoides
Myceliophthora thermophila Thermothelomyces thermophila
Scedosporium prolificans Lomentospora prolificans
Pseudallescheria minutispora Scedosporium minutisporum
Pyrenochaeta romeroi Medicopsis romeroi
Pleurophoma cava Pyrenochaeta cava
Ochroconis gallopava Verruconis gallopava

6
Nous avons ainsi réalisé :
ü une identification phénotypique complète et la constitution d'un fichier numérique complet
(macroscopie et microscopie) pour toutes les souches étudiées (Figure 3, Figure 4)
ü une caractérisation moléculaire avec séquençage des régions ITS1-5.8S-ITS2 et de la
région 28S pour tous les isolats, et de certains gènes (EF1alpha, RPB2, calmoduline, beta-
tubuline, actine pour des filamenteux tels que les Mucorales, Aspergillus section Fumigati,
Fusarium spp., Phaeoacremonium spp., le complexe Pseudallescheria/Scedosporium, les
coelomycètes …), ce qui a abouti cette année à l'amplification de EF1alpha (93 isolats)
RPB2 (71 isolats) betatubuline 117 isolats), calmoduline (43 isolats), actine (3 isolats) et
RPB1 (43 isolats)
ü La recherche des mutations CYP51A pour 8 isolats d’A. fumigatus dont l’un avait la
mutation TR34/L98H.
ü la détermination du profil de sensibilité à 8 antifongiques pour 281 isolats (sachant que les
conditions de réalisation des CMI ne permettent pas une croissance adéquate de certaines
espèces et/ou isolats).

Rappelons que l’identification des espèces au sein des complexes d’espèces n’a pas nécessairement
d’intérêt pour la prise en charge des patients. En revanche, c’est tout l’intérêt du CNR dont l’expertise
permet de caractériser ces espèces rares et de colliger les données cliniques correspondantes, pour, à
termes, déterminer si ces espèces sont associées à des pathologies de présentations ou de pronostics
différents justifiant leur identification en routine.
Nous avons ainsi identifié ou confirmé l'identification :
ü de plusieurs espèces d'Aspergillus : A. fumigatus, A. terreus, A flavus, A. calidoustus, A.
niger, A. tubingensis, A. welwitschiae, A. nidulans, A. sublatus, A. quadrilineatus, A.
unguis
ü de plusieurs espèces de Fusarium appartenant aux complexes solani, oxysporum, fujikuroi,
falciforme, sporotrichoides, ainsi que Bifusarium dimerum et delphinoides
ü d'autres hyphomycètes : Beauveria bassiana, Botrytis cinera, Cylindrocarpon lichenicola
Scedosporium boydii, Lomentospora prolificans, Scedosporium dehoogii,
Pseudallescheria ellipsoidea, Microascus cirrosus, Thermothelomyces thermophila,
Purpureocillium lilacinum, Paecilomyces variotii, Penicillium brevicompactum,
Penicillium solitum, Penicillium freii, Penicillium lanosocoeruleum, Sarocladium
strictum, Scopulariopsis brevicaulis, Trichoderma longibrachiatum, Rasamsonia piperina

A B C

Figure 3 : Aspects morphologiques de quelques champignons(1)

Pseudallescheria ellipsoidea : jeune cleistothèce (A); Scopulariopsis brevicaulis : conidiophore et conidies
rugueuses (B); Aspergillus fumigatus : vésicule et chaines des conidies (C)

7
 ü de dématiés : Alternaria alternata, Alternaria infectoria, Alternaria abundans, Curvularia
spicifera, Chaetomium globosum, Cladophialophora bantiana (classe 3),
Cladophialophora carrionii, Cladosporium tenuissimum, Cladosporium halotolerans,
Curvularia hawaiiensis, Exophiala bergeri, Exophiala dermatitidis, Exophiala
oligosperma, Exophiala spinifera, Exophiala nubica, Fonsecaea nubica, Humicola
phialophoroides, Phialophora americana, Sporothrix globosa
ü d’agents de mycoses endémiques : Histoplasma capsulatum var. capsulatum et var.
duboisii (histoplasmose), Coccidioides (coccidioidomycose), Paracoccidiodes

Figure 4 : Aspects morphologiques de quelques champignons(2)

Purpureocillium lilacinum phialides et conidies (A) ; Mucor indicus sporangiophore, columelle et
collerette (B) ; Fusarium fujikuroi conidiophore et conidies

(paracoccidioidomycose),
ü De Mucorales : Actinomucor elegans, Cunninghamella sp, Cunninghamella bertholletiae,
Lichtheimia corymbifera, Lichtheimia ramosa, Mucor circinelloides, Mucor indicus,
Rhizomucor pusillus, Rhizomucor miehei, Rhizomucor pusillus, Rhizopus arrhizus,
Rhizopus microsporus, Rhizopus stolonifer var. stolonifer, Saksenaea erythrospora
ü de coelomycètes : Colletotrichum gigasporum, Phoma saxea, Pyrenochaeta unguis-
hominis, Roussoella percutanea, Subramaniula asteroides
ü Quelques isolats de champignons filamenteux ascomycètes et basidiomycètes d'espèces
non identifiables sur la morphologie et pour lesquels les séquences disponibles ne
permettent pas encore d’identification.
ü et un dermatophyte responsable d’une infection invasive : Trichophyton rubrum

Ces espèces sont, rappelons-le, responsables d’infections sévères et il ne s’agit donc pas ici d’une liste
purement “botanique”.

Expertise 2016 sur la sensibilité aux antifongiques

La détermination de la sensibilité aux antifongiques se fait par la technique mise au point par
l'EUCAST (The European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing). La technique est
adaptée pour les antifongiques et les espèces non étudiés dans les documents EUCAST. En l'absence
de valeur critique (breakpoint) définie pour toutes les espèces et tous les antifongiques et étant donnée
l'absence de corrélation in vivo/in vitro dans de nombreuses situations cliniques, les résultats de CMI
(concentrations minimales inhibitrices) ne sont jamais interprétés en termes de sensibilité et de
résistance pour un isolat donné. En revanche, les profils de sensibilité nous servent :
ü à surveiller l'apparition d'isolats ou d'espèces de moindre sensibilité à un ou plusieurs
antifongiques dans un centre ou dans plusieurs centres, ce qui déclenche éventuellement
une enquête ou justifie une attention particulière

8
 ü à déterminer les profils de sensibilité des souches "sauvages" aux nouveaux antifongiques
en cours de commercialisation
ü à déterminer, dans des cas particuliers, si un échec thérapeutique est lié à l'émergence d'un
isolat de moindre sensibilité à l'antifongique prescrit.
Au total, 752 isolats ont été testés en 2016 pour leur sensibilité aux antifongiques. Le nombre très
important d'antifongiques testés, de genres et d’espèces différents rend impossible un compte rendu
détaillé, certaines espèces n'étant représentées que par un très petit nombre d'isolats. Nous présentons
donc les données de CMI depuis 2003, et en nous limitant : 1) aux espèces pour lesquelles au moins 5
isolats ont été testés et 2) aux antifongiques pertinents pour les espèces concernées. Une analyse des
tendances sera faite plus loin sur un nombre limité d'espèces de levures analysées dans le cadre de
l’Observatoire des Levures (ODL), pour éviter le biais lié à l’envoi de souches isolées dans un
contexte connu d’échec thérapeutique.
En effet, nous recevons des isolats pour confirmation d'une moindre sensibilité à un antifongique
décelée en routine, et pour recherche d’une éventuelle mutation dans les gènes cibles. Ainsi, nous
avons fait le séquençage des gènes Fks pour 6 isolats de levures résistants aux échinocandines :
o 1 Candida albicans avec CMI haute et présence de mutation en région HS1 : S645P
o 1 Candida glabrata avec CMI haute et mutation inconnue en région HS2 du gène
FKS3 : N1301Y
o 4 souches de Candida tropicalis : 2 souches avec CMI hautes (une souche avec
mutation connue en HS1 S645P, pour l'autre souche 3 mutations hétérozygotes dont 2
inconnues (S645P+V1342I+V1396I). Pour les 2 autres souches testées en raison
d’une pousse paradoxale aux fortes concentrations (eagle effect), pas de mutation
détectée dans les régions cibles.
Nous avons également recherché une mutation dans le gène Cyp51A (Figure 5) pour 8 isolats d'A.
fumigatus résistants aux antifongiques azolés dont l’un avait la mutation TR34/L98H.

Figure 5 : Schéma du gène Cyp51A d’A. fumigatus et principales mutations

Ce schéma reprend les substitutions, responsables d'un phénotype de résistance aux
antifongiques azolés, les plus fréquemment rencontrées chez les isolats cliniques (modifié de
Alanio A. et al.1) Itra: itraconazole ; Vori : voriconazole ; Posa : posaconazole, R : résistant

Expertise 2016 sur les mycoses endémiques

L'expertise concernant les mycoses endémiques relève davantage des conseils sur la démarche
diagnostique ou/et thérapeutique. Le CNRMA n’a pas été sollicité cette année pour explorer des
expositions accidentelles groupées à des champignons dimorphiques (classe 3). En revanche, il a été
sollicité pour la confirmation ou l’identification d’isolats (cf. plus haut) et des diagnostics moléculaires
(cf. §2.2.6).

9
 Expertise 2016 en anatomopathologie
Les demandes d'expertise mycologique en histopathologie arrivent maintenant directement dans l'unité
d'histopathologie humaine et modèles animaux (HHMA) de l'Institut Pasteur dirigée par Fabrice
Chrétien (PU-PH, Hôpital Sainte Anne, Paris). Les demandes concernent des patients pour lesquels le
diagnostic de mycose a été évoqué ou posé (culture positive ou non). Les colorations utiles (HES,
PAS, Gomori-Grocott, bleu alcian) ainsi que d’éventuelles techniques d’immunohistochimie avec des
anticorps spécifiques (commercialisés ou préparés au CNRMA) sont réalisées sous la responsabilité de
Gregory Jouvion (HHMA). Une réunion hebdomadaire est ensuite organisée pour une confrontation
des expertises anatomopathologiques, cliniques et mycologiques (HHMA-CNRMA) sur ces dossiers,
découlant parfois sur la mise en route d’un diagnostic moléculaire après extraction d’ADN.
Cette organisation a été mise en place progressivement en 2012 et est active depuis début 2013. Le
nombre d’expertise augmente régulièrement chaque année
En 2016, les demandes provenaient à part à peu près égale d'hôpitaux de l'AP-HP ou de centres
hospitaliers en province. Au total 54 échantillons ont été analysés et discutés, aboutissant à un
diagnostic de certitude (34 dossiers, 63%) ou de présomption (12 dossiers, 22%) (Figure 6). Dans 8
cas, le diagnostic n'a pas pu être établi en l'absence d'éléments fongiques visibles. Les données
histopathologiques ont été confrontées aux données éventuellement disponibles au CNRMA et aux
diagnostics moléculaires.

Coccidioidomycose Histoplasma capsulatum var. capsulatum

Paracoccidioidomycose Mycétome

Figure 6 : Sélection de quelques diagnostics anatomopathologiques faits en 2016

Expertise 2016 pour les diagnostics moléculaires

La détection d’acides nucléiques à visée diagnostique pose des problèmes différents selon que l’on
s’intéresse à des biopsies ou à d’autres prélèvements (sanguins, urinaires, ou respiratoires). Dans le
premier cas, la question est l’identification d’un élément fongique vu en microscopie. Dans le
deuxième cas, il s’agit de détecter un champignon auquel on peut attribuer une pathologie.

10
Diagnostic sur tissu fixé
Les expertises anatomopathologiques pour lesquelles aucune souche fongique n’a été isolée sont
ensuite prises en charge dans le cadre du CNRMA mais dans le laboratoire de Parasitologie-
Mycologie de l’hôpital Saint-Louis (A. Alanio, S. Bretagne) en attendant la mise en place d’une
logistique satisfaisante dans les locaux à l’Institut Pasteur.
Les identifications moléculaires y sont réalisées après extraction d’ADN à partir de tissu paraffiné (10
coupes faites à partir d’un bloc fourni par les correspondants) par une méthode basée sur purification
d’ADN sur colonne. Les régions ITS sont ensuite amplifiées puis séquencées. Les régions ITS1 et
ITS2 sont analysées à partir des amorces ITS1-ITS2/ITS5, ITS3-ITS4 et ITS7f-ITS4. Les séquences
obtenues sont ensuite analysées dans les bases de données MycoBank (CBS) et Institut Pasteur
FungiBank.
Cinq échantillons ont ainsi été analysés en 2016 permettant une identification dans 2 des cas, dont
celui d’une paracoccidioidomycose pour laquelle la relecture des lames anatomopathologiques a
rétrospectivement permis de voir les éléments fongiques typiques (Figure 6).
Diagnostic sur prélèvements sanguins, urinaires ou respiratoires
La généralisation de la PCR quantitative (qPCR) avec les optimisations et les contrôles adéquats
permet de multiplier les tests diagnostiques, de remplacer certaines méthodes, comme la microscopie,
et d’en compléter d’autres, comme les recherches d’antigènes. Ces tests qPCR ont été optimisés dans
le laboratoire de Mycologie-Parasitologie de l’hôpital Saint-Louis en insistant sur les étapes
pré-analytiques. Ces tests pratiqués en routine concernent l’aspergillose invasive, la
pneumocystose, les mucormycoses, et l’histoplasmose. Pour l’aspergillose invasive et la
pneumocystose, l’immense majorité des laboratoires hospitaliers réalisent ces examens. La question
est donc l’harmonisation des pratiques.
Ainsi, le diagnostic d’histoplasmose a été fait à partir de prélèvement invasifs (tissu pathologiques),
superficiel (écouvillon cutané/buccal) et à partir de sang prélevé sur anticoagulant : 25 prélèvements
de 10 patients ont été détectés positifs sur 222 tests réalisés chez 122 patients.

3 Activités de surveillance
Surveillance de l’évolution et des caractéristiques des infections
Les missions de surveillance du CNRMA couvrent le vaste champ des mycoses invasives, auquel s'est
ajoutée, dans le nouveau mandat, la surveillance des pneumocystoses.

Le réseau des partenaires est constitué de trois façons :

- L'un ancien, RESOMYC (surveillance semi-passive) comprend des microbiologistes / mycologues
et cliniciens qui, soit connaissent les missions du CNRMA et souhaitent y contribuer, soit sont
sollicités pour déclarer l'infection invasive pour laquelle ils ont cherché l'expertise mycologique ou
clinique présente au CNRMA. La surveillance de la cryptococcose (depuis 1985), et celle des
mycoses exotiques ou rares (depuis 2002) sont effectuées ainsi. Le CNRMA n'a aucun moyen de
connaître l'exhaustivité des données à moins d'utiliser d'autres sources de données. Deux études
des performances de notre système de surveillance, l'une en 1996 sur les cryptococcoses1, l'autre
plus récemment en 2010 sur les mucormycoses2, les deux en collaboration avec l'InVS, ont établi à
50% environ l'exhaustivité de cette surveillance semi-passive. RESOMYC comprend plus de 200
centres qui ont déclaré au moins un épisode de mycose invasive au CNRMA, et ce sur tout le
territoire métropolitain et les DOM-TOM (Antilles, Guyane, La Réunion, Nouvelle Calédonie,
Mayotte, Tahiti) depuis 10 ans.

1
Dromer F, et al. Epidemiology of cryptococcosis in France: a 9-year survey (1985-1993). Clin. Infect. Dis. 1996; 23:82–90.
2
Bitar D, et al. Estimating the burden of mucormycosis infections in France (2005-2007) through a capture-recapture method
on laboratory and administrative data. Rev Epidemiol Santé Publique. 2012; 60:383-7.

11
- Le deuxième réseau, mis en place en 2002, est l'Observatoire des Levures (ODL) qui fait appel à
un réseau de mycologues/microbiologistes de tous les hôpitaux de court séjour de l'AP-HP et
quelques hôpitaux de la périphérie en Ile-de-France. Pendant 8 ans, le réseau a fonctionné avec 27
centres participants. Les restructurations et quelques défections récentes font que l'ODL
fonctionne actuellement (année 15) avec 16 centres actifs3.

- Le troisième réseau est récent. Il a été mis en place en 2012 à l'occasion du renouvellement du
mandat du CNRMA et de l'extension de ses missions. C'est le RESeau de Surveillance des
Infections Fongiques invasives (RESSIF). Il comprenait, en 2012, 13 centres collaborateurs du
CNRMA (CC-CNRMA). Depuis le 1er janvier 2013, après un appel à volontaires parmi tous les
correspondants hospitaliers du CNRMA pour le renforcer et améliorer la couverture nationale,
RESSIF compte actuellement 26 CC-CCNRMA4 (Figure 7). La particularité de RESSIF est de
s'appuyer sur une charte de fonctionnement, signée par tous les partenaires et définissant le rôle de
chacun et ses engagements. RESSIF permettra de déterminer avec plus de précision l'incidence de
certaines mycoses invasives et d'obtenir des données sur la pneumocystose qu'il serait difficile de
chiffrer par le biais d'une surveillance passive.
Ces trois réseaux s'appuient en première ligne sur les mycologues/microbiologistes avec des
correspondants cliniciens dans chaque service concerné. Les questionnaires standardisés ont été édités
grâce au logiciel Voozanoo et sont accessibles au travers d'un site sécurisé hébergé par l'Institut
Pasteur (https://epidemio.pasteur.fr/ressif). Les correspondants ont un code d'accès personnel qui leur
permet de voir, éditer, analyser et récupérer leurs données. Le site de déclaration en ligne a obtenu
l'autorisation de la Commission Nationale de l'Informatique et des Libertés (CNIL).
Aucune des infections fongiques invasives n'est surveillée par l'InVS/SpFrance. Les surveillances
faites au CNRMA ne font donc pas l'objet d'une confrontation de données en cours d'année, sauf en
cas de phénomènes anormaux.

Figure 7 : Répartition géographique des

26 CC-CNRMA composant RESSIF en
2016

3
Liste des Centres participants à l’ODL par ordre alphabétique des villes, les référents mycologues étant indiqués entre
parenthèses : Bobigny - hôpital Avicenne (Sophie Brun), Bondy – hôpital Jean Verdier (Isabelle Poilane), Boulogne –
hôpital Ambroise Paré (Anne-Laure Roux), Clichy – hôpital Beaujon (E. Forget), Créteil - Hôpital Henri Mondor
(Françoise Botterel), Garches – hôpital Raymond Poincaré (Anne-Laure Roux), Kremlin-Bicêtre – hôpital du Kremlin
Bicêtre (Adela Angouvant), Paris – hôpital Cochin (André Paugam), hôpital Necker Enfants Malades (Marie-Elisabeth
Bougnoux), hôpital Bichat (Sandrine Houzé), hôpital Saint-Louis (Stéphane Bretagne), hôpital Robert Debré (Patricia
Marianni), hôpital Trousseau (Didier Moissenet), hôpital Lariboisière (Stéphane Bretagne), Versailles- CH de Versailles
(Odile Eloy), Villejuif - Hôpital Paul Brousse (Adela Angoulvant) et Institut Gustave Roussy (Elisabeth Chachaty).
4
Liste des 26 CC-CNRMA par ordre alphabétique des villes, les référents mycologues étant indiqués entre parenthèses :
Amiens (Taieb Chouaki), Angers (Jean-Philippe Bouchara), Besançon (Laurence Millon), Caen (Julie Bonhomme),
Cayenne (Christine Aznar -> Magalie Demar), Clermont-Ferrand (Philippe Poirier), Fort-de-France (Nicole Desbois),
Gustave Roussy (Elisabeth Chachaty), Limoges (Bernard Bouteille), Nantes (Florent Morio), Nice (Martine Gari-
Toussaint), Orléans (Didier Poisson), Paris – Hôpital Cochin (André Paugam), Paris – Hôpital Saint-Louis (Stéphane
Bretagne), Paris – Hôpital des Quinze-Vingt (Christine Chaumeil->Lilia Merabet), Paris – Hôpital Necker Enfants
Malades (Marie-Elisabeth Bougnoux), Poitiers (Catherine Kauffmann-Lacroix), Pointe-à-Pitre (Muriel Nicolas), Reims
(Dominique Toubas), Rennes (Jean-Pierre Gangneux), Rouen (Loïc Favennec), Saint-Etienne (Hélène Raberin),
Strasbourg (Valérie Bru), Toulouse (Sophie Cassaing), Tours (Jacques Chandenier), Versailles (Odile Eloy)

12
Le CNRMA comprend donc des bases de données de surveillance épidémiologique, diverses en
termes de nombre de cas enregistrés, ancienneté de la surveillance et couverture géographique
(Tableau 3).

Tableau 3 : Bases de données du CNRMA (bilan au 24/03/2017)

Ancienneté de la
Surveillance Nationale/régionale Nombre de cas
Questionnaires surveillance
centres enregistrés*
(serveur)
1985
Cryptococcose 196 centres 3312
(RESOMYC)
2005
Mycoses endémiques 118 centres 364
(RESOMYC)
2005
Mycoses rares 87 centres 1318
(RESOMYC)
Observatoire des Levures en IdF 2002
Fongémies à levures 4850
27 -> 15 centres (RESOMYC)
Toutes les IFI + 2012
14 -> 26 centres 7736
pneumocystoses (RESSIF)
*y compris les quelques enregistrements d’infections fongiques « possibles » éliminés ensuite des analyses

Le rapport des 5 ans d’activités ayant été fait très récemment, nous ferons ici un bilan plus succinct.

Surveillance de la cryptococcose :
La surveillance de la cryptococcose a débuté en 1985. A ce jour (24/03/2017), 3351 cas de
cryptococcoses ont été enregistrés dans la base RESOMYC. Le réseau des correspondants comprend
196 centres qui ont déclaré entre 1 et 215 cas depuis 1985. Le nombre de cas diagnostiqués et notifiés
au CNRMA est stable depuis plusieurs années, aux alentours de 70/an avec davantage de patients
séronégatifs que de patients séropositifs (Figure 8). En 2016, 71 cas de cryptococcose ont été notifiés
au CNRMA à ce jour dont 38 chez des patients séronégatifs pour le VIH (18.4% de femmes) et 33
chez des patients séropositifs (27.3% de femmes).

VIH négatif
VIH positif
250 Patients atteints de cryptococcose en France
Total 100
Nombre de cas notifiés

200 80
Proportion (%)

60
150
40

100 20

0
50
Infection par le VIH Femmes Originaires d'Afrique
sub-saharienne

0 1985-1996 1997-2007 2008-2016

Année de diagnostic

Figure 8: Evolution des caractéristiques des patients atteints de cryptococcose

(Bilan au 24/03/2017)

Si l’on s’intéresse à l’ensemble des patients diagnostiqués en France depuis 1985, on peut faire les
observations suivantes :
Le nombre de cryptococcoses diagnostiquées chez les sujets séronégatifs pour le VIH a tendance à
augmenter depuis 2005 sans qu'on n'ait encore trouvé une explication, avec une augmentation
concomitante de la proportion de femmes (Figure 8, p<0,001).

13
Chez les patients séronégatifs, on identifiait des transplantés d'organes [n=154 (17,7%)], des patients
atteints de pathologies malignes [n=310 (35,7%)], des pathologies diverses autres [n=233 (26,8%)],
et, enfin, des patients sans facteur de risque [n=172, soit 19,8%]. De petites variations annuelles
sont visibles sans tendance évidente (Figure 9). Dans le petit nombre de cas sans facteur de risque
identifié, une étude de la susceptibilité génétique à la cryptococcose est menée par Anne Puel
(INSERM U1163, Institut Imagine, Paris, projet ANR-14-CE15-0006) en collaboration avec le
CNRMA, le Service des Maladies Infectieuses et Tropicales de l’hôpital Necker Enfants malades et
les mycologues et cliniciens français prenant en charge ces patients.

PATHOLOGIE MALIGNE AUTRES FACTEURS DE RISQUE

20 20

Nombre de cas notifiés au CNRMA

Nombre de cas notifiés au CNRMA

18 18
16 16
14 14
12 12
10 10
8 8
6 6
4 4
2 2
0 0

1985
1986
1987
1988
1989
1990
1991
1992
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
2015
2016
1985
1986
1987
1988
1989
1990
1991
1992
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
2015
Isolement Direct seul agseul Isolement Direct seul agseul

TRANSPLANTATION D'ORGANE PAS DE FACTEUR DE RISQUE CONNU

20 20

Nombre de cas notifiés au CNRMA

Nombre de cas notifiés au CNRMA

18 18
16 16
14 14
12 12
10 10
8 8
6 6
4 4
2 2
0 0
1985
1986
1987
1988
1989
1990
1991
1992
1993
1994
1995
1996
1997
1998
1999
2000
2001
2002
2003
2004
2005
2006
2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
2015
2016
1985
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2007
2008
2009
2010
2011
2012
2013
2014
2015
2016

Isolement Direct seul agseul Isolement Direct seul agseul

Figure 9 : Evolution du nombre de cas de cryptococcose et des moyens de diagnostic

Analyse selon le facteur de risque chez les patients séronégatifs pour le VIH (données mises à jour le
23/03/2017)

Il faut ici noter que les moyens de diagnostic de cryptococcose ont changé, avec en particulier
l’augmentation de l’utilisation du test de diagnostic par bandelettes commercialisé par IMMY
(Figure 10), mais, dans la quasi-totalité des cas, le diagnostic de cryptococcose repose sur
l’isolement d’une souche.
10
Nomnre de centres utilisant la trousse

6
Figure 10 : Evolution des tests de diagnostic de la
cryptococcose
4
(enquête RESSIF, 2012-2016)

0
Fumouze CALAS PREMIER Pastorex LFA_IMMY

2012 2013 2014 2015 2016

Sur le plan clinique, une méningo-encéphalite était plus fréquente chez les sujets séropositifs que chez
les sujets séronégatifs (87,6% vs. 73,0%, p < 0.001). Des recommandations internationales ont été
publiées en 2010, auxquelles nous avons participé grâce aux données cliniques du Groupe d’Etude de
la Cryptococcose en France et aux données expérimentales générées dans l’unité de Mycologie
Moléculaire. Malgré ces recommandations sur la prise en charge des cryptococcoses, les principes du
bilan d’extension systématique pour évaluer la sévérité de l’infection ne sont pas suffisamment

14
respectés. Il est préoccupant de noter, par exemple, que les PL ne sont pas faites (alors que l’atteinte
méningée est un élément pronostique capital pour la prise en charge thérapeutique) chez 14.5% des
patients séropositifs pour le VIH et chez lesquels on a découvert une fongémie, et 41% des patients
séronégatifs. A noter que sur les 203 patients sans facteur de risque retrouvé et pour lesquels une PL
avait été réalisée, près de 80% avaient une méningo-encéphalite. L'on peut cependant noter que la
prescription de l’association amphotéricine B + 5-fluorocytosine (selon les recommandations) est
devenue le traitement de première intention (84% des cas) en cas de méningo-encéphalite chez tous les
patients (séronégatifs et séropositifs), alors qu’on atteignait que 52% des cas dans la période
précédente (p<0,001).

Globalement, la cryptococcose reste une infection sévère, y compris, et même, surtout chez les
patients séronégatifs. D’après les données enregistrées sur RESOMYC, dans la période 2008-2015, la
mortalité globale (information disponible pour 82% des patients, sans différence selon le statut VIH)
était de 28.8% chez les patients séronégatifs pour le VIH et de 15.4% chez les patients infectés par le
VIH (p=0,001), alors qu’elle était de 25.8% sans différence selon le statut VIH dans la période
précédente (p >0.05). Chez les patients séronégatifs pour le VIH, il existait des différences
significatives de pronostic global en fonction du terrain (p=0.013). Même si les différences ne sont pas
significatives, on peut noter qu’en cas de méningo-encéphalite, la mortalité dépassait 30% chez les
transplantés d’organe (32%) et les patients sans facteur de risque connu (37,5%) et que l’absence de
prescription de l’association amphotéricine B+flucytosine aggravait le pronostic vital chez tous les
patients mais de façon impressionnante chez ceux atteints de pathologie maligne ou sans facteur de
risque connu (même si le nombre de patients concernés est faible) (Figure 11).

Mortalité globale à 3 mois

70%
Figure 11 : Devenir à 3 mois des
60%
patients atteints de cryptococcose
(2008-2016)
50%
Le taux de mortalité est calculé pour les
40%
patients pour lesquels l’information est
30% disponible, selon le terrain, l'existence d'une
20%
28 3 34 6 23 16 6 28
méningo-encéphalite et l’administration initiale
10%
33 5 7
de l’association amphotéricine B (AmB)+5-
3 152 36
0%
15 fluorocytosine (5FC). Les chiffres sur les
Transplantation Pathologie Autres Aucun facteur Infection VIH histogrammes représentent le nombre total de
d'organe maligne pathologie de risque connu
patients concernés
LCR+ LCR+ non traité par AMB+5FC LCR-

Observatoire des Levures

L’observatoire des levures (ODL) est un système de surveillance exhaustif et
pérenne, basé sur un réseau de mycologues hospitaliers volontaires en Ile-de-
France. Les objectifs de l'ODL sont de suivre l’épidémiologie des fongémies à
levures (incidence, caractéristiques des infections, espèces impliquées et
résistance éventuelle aux antifongiques) et de constituer une collection de
souches.
L’ODL a été mis en place en 2002. La surveillance concerne tous les patients avec fongémie à levure
(définie par au moins une hémoculture positive), sans sélection liée à l'âge, la pathologie sous-jacente,
le type de service de prise en charge ou la levure impliquée. Les informations cliniques et
épidémiologiques sur les cas sont recueillies sur un questionnaire standardisé papier ou sur un site
internet sécurisé (http://resomyc.pasteur.fr) géré par le CNRMA, en conformité avec la
réglementation. Le CNRMA assure également la confirmation de l'espèce (analyse des profils
d’assimilation des sucres, spectre protéique par MALDI-TOF, séquençage des régions ITS de l’ADN
ribosomique), la détermination des CMI, le typage de certaines espèces et la mise en collection de tous
les isolats. Les centres concernés étaient initialement au nombre de 27, regroupant tous les hôpitaux de

15
court séjour de l'AP-HP et quelques hôpitaux de la périphérie en Ile-de-France, ce nombre est
actuellement de 15 du fait des restructurations et des abandons.

Au 31/12/2016, la collection de l’ODL comportait 4959 isolats de levures (dont 250 reçus au cours de
l’année 2014) provenant de 4064 patients ayant présenté 4261 épisodes de fongémie à levure, dont 197
épisodes récurrents (isolement de la même espèce à plus de 10 jours d’intervalle ou d’une autre espèce
quel que soit le délai).
Cl. Au total, 95% des isolats étaient des levures du genre
lusitaniae Autres
1.7%
Cr.
6.1% Candida, mais on dénombrait aussi d’autres genres,
neoformans
3.2% dont Cryptococcus (C. neoformans représentant 64%
C. kefyr
1.8% des espèces non Candida et 3,3% de l’ensemble),
C. krusei
mais aussi Trichosporon spp. (asahii, inkin,
2.8% mucoides, loubieri, coremiiforme, dermatis,
mondevidense), Rhodotorula mucilaginosa,
C. tropicalis
8.5% Geotrichum spp. (Magnusiomyces capitatum et
C. albicans
C.
47.5% Saprochaete clavata), Malassezia furfur et M.
parapsilosis
complex
pachydermatis et Saccharomyces cerevisiae. Enfin,
11.4% 3% des infections étaient mixtes (dues à 2 ou 3
C. glabrata espèces différentes). Les 7 espèces les plus fréquentes
16.9%
représentaient 4511 isolats et leur répartition est
indiquée dans la figure suivante (Figure 12).

Figure 12 : Distribution des principales espèces

responsables de fongémies, ODL 2002-2016

Nous venons de publier les particularités des fongémies à levures, et en particulier l'augmentation de
l'incidence des candidémies et de la mortalité globale des candidémies en USI entre 2002 et 2010 5
ainsi que les particularités des fongémies liées aux espèces rares6 et celles liées aux espèces communes
selon le terrain sur lequel elles surviennent (cancer solide, hémopathie maligne ou absence de
pathologie maligne)7.
RESeau de Surveillance des Infections Fongiques invasives en France (ReSSIF)
RESSIF s'appuie sur un réseau de laboratoires, au nombre de 26 en 20168, les
CC-CNRMA qui ont souhaité participer de façon active et pérenne à la
surveillance des infections fongiques invasives en France. Nous considérons
que RESSIF permettra de déterminer l'incidence des mycoses invasives en
France et, pour la première fois, d'obtenir des données prospectives sur la
pneumocystose (VIH+ et VIH-) qu'il serait difficile de chiffrer par le biais
d'une surveillance passive.

5
Lortholary O, et al. Worrisome trends in incidence and mortality of candidemia in intensive care units (Paris area, 2002-
2010). Intensive Care Med. 2014; 40:1303–1312.
6
Bretagne S, Renaudat C, Desnos-Ollivier M, Sitbon K, Lortholary O, Dromer F. 2017. Predisposing factors and outcome of
uncommon yeast species-related fungaemia based on an exhaustive surveillance programme (2002–14). J Antimicrob
Chemother 1–10.
7
Lortholary O, Renaudat C, Sitbon K, Desnos-Ollivier M, Bretagne S, Dromer F. The risk and clinical outcome of
candidemia depending on underlying malignancy. Intensive Care Med 2017 ; 1–11.
8
Liste des CC-CNRMA de 2012 par ordre alphabétique des villes, les référents mycologues étant indiqués entre parenthèses:
Amiens (Taieb Chouaki), Angers (Jean-Philippe Bouchara), Besançon (Laurence Millon), Caen (Julie Bonhomme),
Cayenne (Christine Aznar), Clermont-Ferrand (Philippe Poirier), Fort-de-France (Nicole Desbois), Gustave Roussy
(Elisabeth Chachaty), Limoges (Bernard Bouteille), Nantes (Florent Morio), Nice (Martine Gari-Toussaint), Orléans
(Didier Poisson), Paris – Hôpital Cochin (André Paugam), Paris – Hôpital Saint Louis (Stéphane Bretagne), Paris –
Hôpital des Quinze-Vingt (Christine Chaumeil), Poitiers (Catherine Kauffmann-Lacroix), Pointe-à-Pitre (Muriel
Nicolas), Reims (Dominique Toubas), Rennes (Jean-Pierre Gangneux), Rouen (Loïc Favennec), Saint Etienne (Hélène
Raberin), Strasbourg (Valérie Bru), Toulouse (Sophie Cassaing), Tours (Jacques Chandenier), Versailles (Odile Eloy).

16
Les CC-CNRMA se sont engagés à déclarer de façon exhaustive tous les cas de mycoses invasives
prouvées et probables diagnostiqués dans leurs centres grâce au serveur sécurisé dédié
(https://epidemio.pasteur.fr/ressif) et d'adresser au CNRMA tous les isolats correspondants (à
l'exception de ceux des espèces les plus fréquentes C. albicans, C. glabrata, C. tropicalis, C.
parapsilosis et A. fumigatus, à moins que l'isolat n'ait un profil anormal de sensibilité aux
antifongiques). La contribution des collaborateurs dans les CC-CNRMA est majeure car sans eux cette
surveillance des mycoses invasives en France n'aurait aucune valeur. Nous leur en sommes
extrêmement reconnaissants.
Le questionnaire en ligne a été construit avec le logiciel ©voozanoo /epiconcept. Il comprend 4 pages
et plus de 300 variables, dont certaines, optionnelles, n'apparaissent que si l'information est pertinente
dans le contexte. Nous sommes conscients du travail que représente l'enregistrement des données dans
les CC-CNRMA. Cependant, le serveur permet aussi d'enregistrer les cas qui ne rentrent pas dans le
périmètre de RESSIF (infections "possibles", infections urinaires, péritonéales) pour un usage
personnel au niveau de chaque centre. Le médecin d'études cliniques du CNRMA assure le monitorage
de la base en continu et réclame les données manquantes ou l'envoi des souches.
La mise en place de RESSIF a permis également de confirmer l’évolution des techniques utilisées en
mycologie médicale, puisque les CC-CNRMA complètent chaque année un questionnaire succinct sur
ce thème. La tendance la plus impressionnante concerne les moyens d’identification des champignons.
En effet, peu de centres utilisaient le MALDI-TOF pour l’identification des levures en 2012, tous
l’utilisent maintenant (Figure 13). Cette tendance est décalée dans le temps pour les champignons
filamenteux (15% d’utilisation en 2012 et 65% en 2016), ce qui s’explique parfaitement par le fait que
les bases de données sont beaucoup moins riches pour les champignons filamenteux.
Il faut ici rappeler qu’une identification fiable repose sur la combinaison de plusieurs critères
(MALDI-TOF et/ou séquences nucléotidiques à associer aux critères phénotypiques).

LEVURES FILAMENTEUX
100% 100%

80% 80%

60% 60%

40% 40%

20% 20%

0% 0%
MALDI-ToF Id. moléculaire MALDI-ToF Id. moléculaire

2012 2013 2014 2015 2016 2012 2013 2014 2015 2016

Figure 13 : Evolution des techniques d'identification des champignons depuis 2012

(enquête RESSIF)

Au terme de ces cinq années de fonctionnement, et en sachant que le bilan n'est pas définitif en raison
des retards de déclaration, et d'un recul insuffisant pour les évolutions cliniques, il existe 7865 dossiers
enregistrés dans RESSIF (bilan au 23/3/2017, Figure 14), ce qui correspond, pour la période 2012-
2016 après nettoyage de la base de données, à 7115 épisodes d’IFI et 6653 patients puisque certains
patients font plusieurs infections simultanées ou consécutives.

17
 Evolution RESSIF 2012-2016
1800

1600

1400
Nombre de cas

1200

1000 Figure 14 : Evolution des

800 enregistrements sur RESSIF
600
L’augmentation entre 2012 et 2013
correspondant au doublement des CC-
400
CNRMA impliqués, et l’apparente
200
diminution en 2016 au retard des
0 déclarations.
2012 2013 2014 2015 2016

Episodes "bruts" Episodes "nettoyés" Patients

Le nombre de déclarations est très variable évidemment, en fonction de la taille du centre hospitalier
et des services de prise en charge (hématologie, cancérologie, unité de soins intensifs, transplantation,
maladies infectieuses, …). La diversité des infections fongiques est impressionnante (Figure 15) avec
3 mycoses (fongémies à levures, pneumocystoses (PCP) et aspergilloses invasives (AI)) constituant
85% du total, cette hiérarchie correspondant à celle qui avait été trouvée lors de l'analyse des données
du PMSI (i.e. données hospitalières nationales) réalisée en 2014 et portant sur une dizaine d’années9.

On note 5,3% d’infections mixtes (dues à deux espèces différentes) ou de co-infections (deux types
d’IFI par exemple aspergillose et fongémie simultanée), 2% de récidive et près de 3% des patients
ayant plus de 2 IFI successives. Rappelons ici les difficultés diagnostiques de pneumocystose, car la
PCR est maintenant très utilisée sur les échantillons respiratoires, sans que les critères de validation et
d’interprétation n’aient été clairement définis. RESSIF devrait fournir une base de données utile pour
répondre à cette question.

Rares
Les patients étaient majoritairement
Cryptococcose
2% Fusariose
pathogènes
1%
(62,5%) des hommes âgés de 57 ±19 ans,
2% Phaeohyphomycose
mais avec des différences significatives en
1%
Mucormycose
3% fonction des mycoses (cf. plus loin). Le
Scedosporiose
1% principal facteur de risque correspondait
Rares aux pathologies malignes (tumeurs solides,
localisations
5% hémopathies malignes, 43,6%), suivi par la
chirurgie récente (18,0%), les
transplantations d'organe solide (7,7%). Il
AI faut noter que près de 32% des patients
16% Fongémies
étaient pris en charge en unité de soins
49%
intensifs. La mortalité globale était de
PCP 39,7% avec de grandes variations en
20% fonction du type de mycose évidemment, le
pronostic le plus sévère étant associé aux
mucormycoses.
Figure 15 : Répartition des principales infections
fongiques invasives (RESSIF, 2012-2016)

Une analyse préliminaire portant sur quelques mycoses démontre l’importance de cette collaboration
entre les CC-CNRMA et le CNRMA. L’analyse précise de la base de données RESSIF se fera
prochainement, nous ne ferons ici qu’un bref descriptif.

9
Bitar D, et al. Population-Based Analysis of Invasive Fungal Infections, France, 2001–2010. Emerging Infect Dis.2014;
20:1163–1169.

18
Les aspergilloses invasives
En 5 ans, 1155 cas d'AI ont été répertoriés dans RESSIF, dont 84% d'infections probables et 16%
d'infections prouvées. L'âge moyen des 1138 patients était de 55±17 ans avec 2,5% d'enfant et une
majorité d'hommes (64%). Nous avons analysé les facteurs de risque en utilisant les catégories que
nous avions utilisées pour l'analyse de SAIF10 : lymphomes (25,3%), allogreffes quel qu'en soit le
motif (18,4%), leucémies aiguës ± autogreffe (11,9%), autres hémopathies et déficits immunitaires
congénitaux (11,7%), transplantations d'organes (10,9%), cancers (6,4%), pathologies respiratoires
chroniques (2,2%), maladies de système (3,0%) et diverses pathologies autres (10,3%). Il faut
cependant garder en mémoire que les critères de diagnostic de l'AI imposent des critères d'hôte que ne
remplissent pas nécessairement les patients ayant des pathologies respiratoires chroniques par
exemple. Les modalités du diagnostic variaient considérablement selon le terrain sous-jacent (Figure
16).

Moyens diagnostiques de l'aspergillose invasive

100%

80%

60%

40%

20%

0%
Lymphome Allogreffe Leucémie aigue Autre Transplantation Tumeur solide Autre pathologie Maladie de Affection
(+/- autogreffe) hémopathie/CGD système respiratoire

Isolement Histologie Galactomannane

Figure 16 : Principaux outils utilisés dans le diagnostic de l'aspergillose invasive

Analyse selon le terrain

La mortalité globale était de 17% à 8 jours et de 42% à 3 mois sans différence selon que l’infection
était probable ou prouvée, mais avec de grandes différences selon le terrain sous-jacent, le pronostic le
moins bon étant constaté chez les patients ayant une pathologie respiratoire chronique (Figure 17).

Devenir en fonction du terrain

80%

60%

40%

20%

0%
Lymphome Allogreffe Leucémie aigue Autre Transplantation Tumeur solide Autre pathologie Maladie de Affection
(+/- autogreffe) hémopathie/CGD système respiratoire

Décès < J8 Décès < M3

Figure 17 : Devenir à 8 jours et à 3 mois après le diagnostic d'aspergillose invasive

10
Lortholary O, et al. Epidemiological trends in invasive aspergillosis in France: the SAIF network (2005-2007). Clin
Microbiol Infect. 2011; 17:1882–1889.

19
Les pneumocystoses
En 5 ans, 1385 cas de pneumocystose ont été répertoriés dans RESSIF. Il s'agissait majoritairement
d'hommes adultes (58±16 ans) avec seulement 2,2% d'enfants. Les patients étaient infectés par le VIH
dans 20% des cas seulement. Les conditions prédisposantes pour les patients séronégatifs se
répartissaient entre pathologies malignes (47%), transplantation d'organe (14,5%) et autres pathologies
(17,5%). L’examen direct était positif dans 54% et la PCR dans 81 % des cas en moyenne avec des
variations significatives selon le terrain (p<0,0001). Le diagnostic était établi par la seule PCR dans
52% des cas (examen direct négatif) et par le seul examen direct dans 19% des cas.
Le diagnostic des pneumocystoses continue à poser des problèmes en l'absence de consensus sur les
critères. Un travail d’harmonisation des résultats des PCR diagnostiques au niveau des laboratoires
européens a été initié19. Il s’agit d’une première étape sur les outils diagnostiques, sachant que cela ne
résoudra pas les questions d’interprétation qui ne pourront être abordées qu’en collaboration avec les
cliniciens. Dans le cadre de RESSIF, un certain nombre de centres ne prennent en compte que les
résultats de la PCR quantitative, seuls 34% les interpréteraient en fonction des résultats de
l'immunofluorescence. Les épisodes de PCP étaient classés en infections prouvées (microscopie
positive), infections probables (microscopie négative et PCR positive avec un Cq ≤30) et infections
possibles pour les autres cas (Figure 18), avec des différences significatives selon le terrain
(p<0,0001).
Le pronostic des pneumocystoses était meilleur chez les patients séropositifs pour le VIH comparé aux
autres, et en particulier aux patients atteints d'hémopathie maligne (p < 0,001, logrank test) (Figure
19).

350
Prouvée
300
Probable
Nombre de cas

250 Possible
1.00

200

150
0.75
Pourcentage de survie

100

50
0.50

0
Infection VIH Pathologie Transplantation Autres
Maligne
0.25

Figure 18 : Classification des PCP

0.00

répertoriées En fonction de la pathologie sous- 0 20 40 60

Jours après le diagnostic
80 100

jacente Transplantation Pathologie maligne

Autres pathologies Infection VIH

Figure 19 : Courbes de survie après diagnostic de PCP

Analyse selon la pathologie sous-jacente (RESSIF, 2012-2016)

20
Les mucormycoses
Pour les 199 cas de mucormycose rapportés dans RESSIF (65% d'hommes, âge moyen de 53±18 ans),
les principaux facteurs de risque se répartissaient en pathologie maligne (61%), diabète (9%),
transplantation (9%), et traumatisme/brûlures étendues (13%). L'infection invasive était prouvée dans
Cunningamella sp
Syncephalastrum Actinomucor elegans
64% des cas. Le diagnostic avait été fait par
1% 1%
racemosum
Lichteimia ornata
1%
Saksenaea 1% Mucor hiemalis culture (86,4%), histologie/examen direct
vasiformis 1%
Saksena erythrospora
Cunninghamella
1%
1% (75%) et/ou PCR (37%). L'identification
bertholletiae
1%
polyphasique systématique des isolats
Rhizomucor miehei
3% permet de mettre en évidence une diversité
Mucor indicus
4%
Rhizopus arrhizus
18% impressionnante en termes de genre et
espèce (Figure 20) avec 6 espèces
Mucor
circinelloides représentant 85% du total. On constate des
11%
Rhizomucor
pusillus
différences de répartition des espèces selon
Rhizopus
15%
le terrain sous-jacent, rendant importante
microsporus
12%
l'identification précise des espèces en cause,
Lichtheimia
Lichtheimia ramosa
15%
et ceci d'autant plus que la mortalité
corymbifera
14% associée semble différer selon les espèces,
potentiellement en rapport avec la
pathologie en cause et la localisation de
Figure 20 : Répartition des espèces de Mucorales
l'infection.
136 isolats analysés au CNRMA (RESSIF, 2012-2016)

Les fusarioses
Nous avons actuellement répertorié 150 cas d'infection à Fusarium spp. Dans le cadre de RESSIF,
51% sont des infections prouvées, et 68% sont des infections oculaires. Cette dernière localisation est
associée à des traumatismes par corps étrangers et en particulier des lentilles de contact, ce qui
explique la prédominance féminine (seulement 41% d'hommes) et l'âge moyen plus jeune (40 ±15
ans). Les autres localisations étaient des infections disséminées avec fongémie (10%), des localisations
pulmonaires (7%), cutanées ou articulaires (15%) et autres (4%), avec pour ces localisations non
oculaires un terrain favorisant le plus souvent (58%) lié à une hémopathie maligne. On pouvait
constater, sans avoir pour l'instant d'explication à ces résultats, que les espèces identifiées variaient en
fonction de la localisation. La mortalité globale à 3 mois était de 28% dans les localisations non
oculaires.
Cette analyse succincte de la base RESSIF fournit des résultats concordants avec les données obtenues
par l'analyse sur 10 ans du PMSI2. Elle montre que la base de données RESSIF est, d’ores et déjà, une
source pertinente d'information, à la fois sur les pathologies rencontrées en France et leur évolution,
sur les espèces impliquées et leurs caractéristiques (génotypes, sensibilité aux antifongiques), mais
aussi sur les pratiques diagnostiques et thérapeutiques. Cette base de données doit servir à des analyses
approfondies des différentes tendances évolutives de ces infections.

Surveillance de la résistance des agents pathogènes aux anti-infectieux

Définition de l’échantillon de souches testées
Dans la mesure où les seuils de résistance n'ont été définis pour cette technique que pour quelques
antifongiques et sur les espèces communes, nous présenterons les résultats en termes de CMI50 et de
CMI90, c'est-à-dire, les concentrations correspondant aux concentrations minimales de l'antifongique
inhibant respectivement 50% et 90% des isolats de l'espèce concernée. Soulignons cependant que

21
depuis notre étude publiée en 200811, nous recherchons systématiquement une mutation dans le gène
Fks lorsque la CMI de la caspofungine est ≥0,5 µg/ml en AM3 (sauf pour les isolats de C.
parapsilosis). En pratique, nous interprétons donc les résultats des CMI en fonction du profil de
sensibilité obtenu pour les isolats de la même espèce testés dans les mêmes conditions au CNRMA, en
sachant que cette interprétation est d'autant plus fiable que le nombre d'isolats déjà testés est grand.
Pour améliorer la lisibilité de ce rapport, nous avons choisi de présenter les données cumulées des
profils de CMI obtenus depuis 2003 pour les levures et les champignons filamenteux séparément.

Définitions utilisées pour exprimer la résistance

Nous retranscrivons ici les seuils établis par le comité EUCAST pour Candida sp. (Tableau 4) et
Aspergillus spp. (Tableau 5), sachant que, pour la caspofungine et la micafungine, nous avons modifié
la technique en utilisant le milieu AM3 au lieu du milieu RPMI, et établi qu’une CMI de la
caspofungine au-dessus de 0,5mg/L pour une espèce de Candida autre que celles du complexe C.
parapsilosis/ orthopsilosis/metapsilosis, était habituellement associée à une mutation dans le hot spot
d’un ou plusieurs gènes Fks.

Tableau 4 : Candida sp. EUCAST Antifungal Clinical Breakpoint fungi

(Table v.8.1 valid from March 2017)
Candida spp. EUCAST Antifungal Clinical Breakpoint Table v. 8.1 valid from 2017-03-01

MIC method (EUCAST standardised broth microdilution method)

Medium: RPMI1640-2% glucose, MOPS buffer
Inoculum: Final 0.5x105 – 2.5x105 cfu/mL
Incubation: 18-24h
Reading: Spectrophotometric, complete (>90%) inhibition for amphotericin B but 50% growth
inhibition for other compounds
Quality control: C. parapsilosis ATCC 22019 or C. krusei ATCC 6258

MIC breakpoint (mg/L)

Non-species
Antifungal agent C. albicans C. glabrata C. krusei C. parapsilosis C. tropicalis C. guilliermondii related Notes
breakpoints1
S≤ R> S≤ R> S≤ R> S≤ R> S≤ R> S≤ R> S≤ R>
1. Non-species related breakpoints have been determined mainly on the basis
Amphotericin B 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 IE IE IE IE of PK/PD data and are independent of MIC distributions of specific species.
They are for use only for organisms that do not have specific breakpoints.

2. The ECOFFs for these species are in general higher than for C. albicans .
Anidulafungin 0.032 0.032 0.064 0.064 0.064 0.064 0.002 4 0.064 0.064 IE2 IE2 IE IE
3. Isolates that are susceptible to anidulafungin as well as micafungin should
be considered susceptible to caspofungin, until caspofungin breakpoints have
Caspofungin Note3 Note3 Note3 Note3 Note3 Note3 Note3 Note3 Note3 Note3 IE2 IE2 IE IE been established. Similarly, C. parapsilosis isolates intermediate to
anidulafungin and micafungin can be regarded intermediate to caspofungin.
EUCAST breakpoints have not yet been established for caspofungin, due to
significant inter-laboratory variation in MIC ranges for caspofungin.
Fluconazole 2 4 0.002 32 - - 2 4 2 4 IE2 IE2 2 4
4. MICs for C. tropicalis are 1-2 two-fold dilution steps higher than for C.
albicans and C. glabrata . In the clinical study successful outcome was
Isavuconazole IE IE IE IE IE IE IE IE IE IE IE IE IE IE numerically slightly lower for C. tropicalis than for C. albicans at both dosages
(100 and 150 mg daily). However, the difference was not significant and
whether it translates into a relevant clinical difference is unknown. MICs for C.
krusei are approximately three two-fold dilution steps higher than those for C.
Itraconazole 0.064 0.064 IE2 IE2 IE2 IE2 0.125 0.125 0.125 0.125 IE2 IE2 IE IE
albicans and, similarly, those for C. guilliermondii are approximately eight two-
fold dilutions higher. In addition, only a small number of cases involved these
species in the clinical trials. This means there is insufficient evidence to
Micafungin 0.016 0.016 0.032 0.032 IE4 IE4 0.002 2 IE4 IE4 IE4 IE4 IE IE indicate whether the wild-type population of these pathogens can be
considered susceptible to micafungin.

5. Strains with MIC values above the S/I breakpoint are rare or not yet
Posaconazole 0.064 0.064 IE2 IE2 IE2 IE2 0.064 0.064 0.064 0.064 IE2 IE2 IE IE
reported. The identification and antifungal susceptibility tests on any such
isolate must be repeated and if the result is confirmed the isolate sent to a
reference laboratory. Until there is evidence regarding clinical response for
Voriconazole 0.1255 0.1255 IE IE IE IE 0.1255 0.1255 0.1255 0.1255 IE2 IE2 IE IE confirmed isolates with MIC above the current resistant breakpoint they
should be reported resistant.

11
Desnos-Ollivier M, et al. Mutations in the fks1 gene in Candida albicans, C. tropicalis, and C. krusei correlate with
elevated caspofungin MICs uncovered in AM3 medium using the method of the European Committee on Antibiotic
Susceptibility Testing. Antimicrob Agents Chemother. 2008; 52:3092-3098.

22
 Tableau 5 : Aspergillus sp. EUCAST Antifungal Clinical Breakpoints –Fungi
(Table v.8.1, March 2017)

Résultats de la surveillance des résistances aux antifongiques pour les levures

Les données du CNRMA concernent actuellement plus de 8000 isolats de levures dont la sensibilité a
été testée à 8 ou 9 antifongiques systémiques. Nous présentons ci-dessous les résultats concernant les
espèces pour lesquelles plus de 10 isolats ont été testés depuis 2003, et les antifongiques pertinents
correspondants (Tableau 6).
Il faut remarquer que les CMI50 et les CMI90 du voriconazole et du posaconazole sont nettement plus
hautes pour C. glabrata et C. krusei que pour C. albicans confirmant l'existence fréquente de
"résistances" croisées. A quelques exceptions près, les CMI hautes observées font partie du profil
naturel des espèces (comme C. krusei et le fluconazole, C. haemulonii et l'amphotéricine B et les
azolés, C. parapsilosis et les échinocandines). La distribution des valeurs de CMI de la micafungine
est comparable à celle de la caspofungine sur les espèces de levures « fréquentes ». Comme la
caspofungine, la micafungine n’a pas d’activité sur les levures des genres Cryptococcus, Geotrichum,
Rhodotorula et Trichosporon. Il n’y a donc pas d’argument microbiologique pour privilégier l’une ou
l’autre des échinocandines disponibles en France.
La détermination de l'espèce permettant le plus souvent de prédire la susceptibilité aux antifongiques,
la détermination systématique de la sensibilité aux antifongiques est donc pour l'instant secondaire
dans la prise en charge thérapeutique en dehors de circonstances particulières (échecs, prescriptions
antérieures d'antifongiques). Par contre, les données de CMI sont un élément très important de la
surveillance épidémiologique lorsque les données sont générées avec la même technique et
centralisées comme ici au CNRMA.

23
 Tableau 6 : Profil de sensibilité des levures aux antifongiques
(mise à jour 06/03/2017)
Espèces étudiées Valeurs des CMI50 / CMI90 mg/L pour les antifongiques*

Nom d’usage en clinique

Nom actuel AMB 5-FC Fluco Vori Posa Caspo** Mica**
(nbre d’isolats testés)

C. albicans (n=2854) 0.06/0.12 ≤0.12/0.5 0.25/0.5 ≤0.01/≤0.01 0.03/0.06 0.03/0.06 0.03/0.03

C. dubliniensis (n=103) 0.03/0.06 ≤0.12/≤0.12 ≤0.12/0.25 ≤0.01/≤0.01 0.03/0.06 0.03/0.03 0.03/0.03
C. glabrata (n=1103) 0.12/0.25 ≤0.12/≤0.12 16/64 0.25/1 0.5/2 0.06/0.12 0.03/0.03
C. parapsilosis (n=680) 0.06/0.12 ≤0.12/0.25 0.5/2 ≤0.01/0.06 0.06/0.12 0.25/1 0.25/0.5
C. orthopsilosis (n=35) 0.03/0.06 ≤0.12/≤0.12 0.5/16 0.03/1 0.12/0.12 0.12/0.25 0.12/0.25
C. metapsilosis (n=28) 0.06/0.12 ≤0.12/≤0.12 1/2 0.03/0.06 0.06/0.12 0.06/0.25 0.12/0.25
C. tropicalis (n=558) 0.06/0.12 ≤0.12/64 0.5/4 0.03/0.25 0.06/0.25 0.03/0.06 0.03/0.03
Pichia
C. krusei (n=290) kudriavzevii
0.12/0.25 2/4 32/64 0.25/0.5 0.25/0.25 0.12/0.25 0.06/0.12

C. inconspicua (n=31) 0.12/0.25 2/4 16/32 0.12/0.5 0.12/0.25 0.03/0.12 0.03/0.03

Kluyveromyces
C. kefyr (n=154) marxianus
0.06/0.25 0.5/8 0.25/1 ≤0.01/≤0.01 0.06/0.12 0.015/0.03 0.03/0.06

Meyerozyma
C. guilliermondii (n=93) guilliermondii
0.03/0.06 ≤0.12/≤0.12 8/32 0.06/0.5 0.25/0.5 0.06/0.25 0.25/0.25

Meyerozyma
C. fermentati (n=32) caribbica
0.12/0.25 ≤0.12/≤0.12 8/64 0.12/2 0.25/0.5 0.12/0.5 0.25/2

Clavispora
C. lusitaniae (n=160) lusitaniae
0.06/0.25 ≤0.12/1 0.25/0.5 ≤0.01/≤0.01 0.03/0.06 0.03/0.06 0.06/0.06

C. haemulonii (n=38) 0.5/4 ≤0.12/0.25 32/≥64 ≥8/≥8 2/≥8 0.03/0.06 0.06/0.12

C.haemulonii type II Candida
duobushaemulonii
2/8 ≤0.12/≥64 32/≥64 ≥8/≥8 8/≥8 0.03/0.03 0.03/-
(n=36)
C.palmioleophila (n=20) 0.12/0.5 ≤0.12/0.5 8/64 0.12/0.25 0.12/0.25 0.06/0.25 0.03/0.25
Cyberlindnera
Pichia jadinii (n=20) jadinii
0.06/0.12 ≤0.12/1 1/4 0.06/0.12 0.12/0.25 0.015/1 0.015/2

Wickerhamomyces
C. pelliculosa (n=30) anomalus
0.06/0.12 ≤0.12/16 2/4 0.12/0.25 0.25/0.5 0.06/0.06 0.03/0.03

Pichia ohmeri (n=27) Kodamaea ohmeri 0.03/0.06 ≤0.12/2 4/16 0.03/0.12 0.06/0.12 0.06/8 0.06/ 0.25
Pichia norvegensis
0.06/0.12 4/8 32/64 0.25/0.5 0.12/0.25 0.06/0.06 0.03/0.06
(n=15)
S. cerevisiae (n=47) 0.06/0.12 ≤0.12/≤0.12 8/16 0.12/0.25 0.5/1 0.12/0.25 0.12/0.25
Yarrowia
C. lipolytica (n=23) lipolytica
0.5/2 16/≥64 4/8 0.06/0.12 0.25/1 0.12/0.5 0.25/0.25

Geotrichum candidum Galactomyces

candidus
0.25/0.5 0.25/1 16/64 0.25/1 0.25/1 1/≥8 0.5/≥8
(n=33)
Magnusiomyces
G. capitatum (n=51) capitatus
0.25/0.5 ≤0.12/0.25 8/16 0.12/0.5 0.25/1 ≥8/≥8 ≥8/≥8

Saprochaete
G. clavatum (n=136) clavata
0.25/0.5 0.25/1 32/64 0.5/2 0.5/1 ≥8/≥8 ≥8/≥8

Cr. neoformans var.

0.25/0.5 4/16 4/8 0.06/0.12 0.12/0.25 ≥8/ ≥8 4/≥8
grubii (n=860)
Cr. neoformans var.
0.12/0.25 4/16 1/4 ≤0.015/0.06 0.03/0.25 ≥8/ ≥8 1/4
neoformans (n=197)
Cr. neoformans hybrides
0.12/0.25 4/8 2/8 0.03/0.12 0.03/0.12 ≥8/ ≥8 4/≥8
AD (n=72)
Cr. gattii (n = 27) 0.12/0.25 2/8 8/16 0.12/0.5 0.25/0.5 ≥8/ ≥8 ≥8/≥8
Rhodotorula
0.25/0.5 0.25/0.5 ≥64/≥64 2/8 1/2 ≥8/ ≥8 ≥8/≥8
mucilaginosa (n=36)
Trichosporon asahii
2/≥8 32/≥64 4/16 0.12/0.25 0.25/0.5 ≥8/≥8 4/≥8
(n=45)
* AMB (amphotéricine B), 5-FC (5-fluorocytosine), Fluco (fluconazole), Vori (voriconazole), Posa (posaconazole), Caspo (caspofungine),
Mica (micafungine). ** En raison d’un changement du milieu test (RPMI remplacé par AM3), les résultats ne concernent que les souches
testées depuis début 2005 pour la caspofungine ou début 2008 pour la micafungine.

24
 Résultats de la surveillance des résistances aux antifongiques pour les filamenteux
Depuis 2003, le CNRMA a déterminé la sensibilité à 8 ou 9 antifongiques systémiques de près de
2300 isolats de champignons filamenteux (Tableau 7). Dans la mesure où l’isavuconazole n’a été testé
qu’à partir de 2015, les données sont présentées plus loin dans un tableau séparé car le nombre de
souches est plus limité.
Ces isolats nous sont envoyés pour de multiples raisons : difficulté d’identification requérant notre
expertise, difficulté de prise en charge thérapeutique en raison de la rareté de l’espèce, de la
localisation, de l’immunodéficience de l’hôte ou de l’absence d’efficacité sous traitement. Elles ne
proviennent donc pas d’un programme de surveillance systématique (sauf celles qui sont analysées
dans le cadre de RESSIF). Cependant, à quelques exceptions près (A. fumigatus en particulier),
les "résistances" observées font partie du profil naturel des espèces et ne représentent pas des
résistances acquises sous traitement antifongique.
Les profils de sensibilité des espèces pour lesquelles plus de 5 isolats ont été testés sont présentés.
Pour les Mucorales, on retrouve une bonne activité in vitro de l’amphotéricine B et une activité du
posaconazole variable selon les espèces, et l’absence d’activité du voriconazole et des échinocandines.
Plusieurs isolats d’A. fumigatus ont des CMI élevées à l’itraconazole avec parfois une résistance
croisée pour le voriconazole et le posaconazole. Certaines espèces émergentes, comme les Aspergillus
de la section Usti, ont des profils de sensibilité particuliers avec des CMI élevées pour tous les azolés
et les échinocandines. Les Fusarium spp. et Lomentospora prolificans sont caractérisés par une
résistance à la plupart des antifongiques systémiques, y compris les nouveaux azolés et les
échinocandines. Les dématiés ont globalement une bonne sensibilité à l’amphotéricine B et aux azolés.
On peut remarquer que l’activité des différents azolés n’est pas superposable même pour une espèce
donnée. Certaines espèces ont des CMI basses pour l’itraconazole et le posaconazole et des CMI
hautes pour le voriconazole (Mucorales, Exophiala dermatitidis, ou la forme mycélienne de Sporothrix
schenckii). A l’inverse, des CMI basses pour le voriconazole et hautes pour l’itraconazole et le
posaconazole sont observées pour d’autres espèces (Trichoderma spp.).

L’ensemble des résultats souligne l’intérêt de l’identification des champignons filamenteux au niveau
de l’espèce et de la détermination centralisée des sensibilités in vitro aux antifongiques (même pour
plusieurs antifongiques d’une même famille pharmacologique).

25
Tableau 7 : Profil de sensibilité des champignons filamenteux aux antifongiques (MAJ 06/03/2017)
Valeurs des CMI50 / CMI90 (µg/ml) pour les antifongiques*
Espèce (nombre d’isolats testés) AMB Itra Vori Posa Caspo Mica Terbi
Mucorales
Lichtheimia corymbifera (n =57) 0.5/0.5 1/≥8 ≥8/≥8 0.5/1 ≥8/≥8 ≥8/≥8 0.5/1
Lichtheimia ramosa (n=61) 0.12/0.25 2/≥8 ≥8/≥8 0.5/1 ≥8/≥8 ≥8/≥8 1/2
Lichtheimia ornata (n=7) 0.25/- 0.5/- ≥8/- 0.5/- ≥8/- ≥8/- 0.5/-
Rhizopus arrhizus (n =75) 0.12/0.25 0.5/4 8/≥8 0.25/1 ≥8/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8
Rhizopus microsporus (n=47) 0.06/0.12 1/≥8 8/≥8 0.5/1 ≥8/≥8 ≥8/≥8 0.5/1
Rhizomucor pusillus (n=51) 0.06/0.12 0.5/1 ≥8/≥8 0.25/0.5 ≥8/≥8 ≥8/≥8 0.25/0.5
Rhizomucor miehei (n=8) 0.03/- 0.03/- 2/- 0.06/- ≥8/- 2/- 0.25/-
Mucor circinelloides (n=55) 0.03/0.12 ≥8/≥8 ≥8/≥8 1/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8
Mucor indicus (n=14) 0.06/0.12 ≥8/≥8 ≥8/≥8 1/2 ≥8/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8
Mucor spp. (n=8) 0.03/- ≥8/- ≥8/- 2/- ≥8/- ≥8/- ≥8/-
Cunninghamella bertholletiae (n=10) 0.25/1 1/≥8 ≥8/≥8 0. 5/1 ≥8/- ≥8/≥8 0.12/0.25
Saksenaea vasiformis complex (n=5) 8/- 0.25/- 8/- 0.12/- ≥8/- ≥8/- 0.25/-
Hyphomycètes
Sarocladium kiliense (n=9) 8/- ≥8/- 0.5/- 1/- 4/- 4/- 0.5/-
Acremonium sp. (n=9) 4/- ≥8/- 2/- ≥8/- ≥8/- ≥8/- 4/-
Aspergillus fumigatus (n=282) 0.25/0.5 0.25/≥8 0.25/4 0.12/0.5 0.5/0.5 0.01/0.03 2/4
Aspergillus flavus (n=116) 1/2 0.12/0.25 0.5/0.5 0.12/0.25 0.25/0.5 ≤0.01/0.06 0.03/0.06
Aspergillus fischeri (n=5) 1/- 0.5/- 0.5/- 0.25/- 0.5/- 0.03/- 0.12/-
Aspergillus nidulans (n=32) 2/4 0.12/0.5 0.12/0.25 0.12/0.5 0.5/4 ≤0.01/0.06 0.12/0.5
Aspergillus quadrilineatus (n=15) 0.5/1 0.12/0.5 0.12/0.25 0.12/0.25 2/2 ≤0.01/0.03 0.12/0.12
Aspergillus sublatus (n=5) 1/- 0.25/- 0.12/- 0.12/- 1/- ≤0.01/- 0.06/-
Aspergillus section Usti (n=37) 0.5/1 4/≥8 4/8 ≥8/≥8 2/≥8 0.25/1 0.25/0.5
Aspergillus section Nigri (n=26) 0.25/0.5 0.5/4 0.5/1 0.25/0.5 0.25/0.5 ≤0.01/0.5 0.12/0.5
Aspergillus tubingensis (n=11) 0.25/0.25 0.5/2 1/2 0.25/0.25 0.12/0.25 ≤0.01/≤0.01 0.12/0.25
Aspergillus terreus (n=37) 4/8 0.06/0.25 0.5/0.5 0.06/0.25 0.5/2 ≤0.01/0.03 0.06/0.12
Aspergillus versicolor (n=9) 1/- 0.25/- 0.25/- 0.12/- 0.5/- 0.03/- 0.25/-
Aspergillus sydowii (n=5) 2/- 0.5/- 0.5/- 0.25/- 0.12/- ≤0.01/- 0.06/-
Fusarium oxysporum complex (n=139) 2/4 ≥8/≥8 4/8 2/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8 2/8
Fusarium fujikuroi complex (n=122) 4/8 ≥8/≥8 4/8 4/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8 1/2
Fusarium solani complex (n=175) 2/8 ≥8/≥8 8/≥8 ≥8/≥8 8/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8
Fusarium dimerum complex (n=22) 0.5/0.5 ≥8/≥8 2/8 ≥8/≥8 8/≥8 ≥8/≥8 0.5/1
Scedosporium boydii (n=38) 8/≥8 0.5/≥8 0.25/0.5 0.5/1 1/2 0.25/1 ≥8/≥8
Scedosporium apiospermum (n=80) 8/≥8 1/≥8 0.5/1 1/2 1/2 0.25/0.5 ≥8/≥8
Scedosporium minutisporum (n=5) 8/- 0.5/- 0.25/- 0.5/- 2/- 0.25/- ≥8/-
Pseudallescheria ellipsoidea (n=7) ≥8/- 1/- 0.5/- 1/- 0.5/- 0.25/- ≥8/-
Lomentospora prolificans (n=29) 8/≥8 ≥8/≥8 8/≥8 ≥8/≥8 4/≥8 4/≥8 ≥8/≥8
Scedosporium dehoogii (n=8) ≥8/- 0.5/- 0.25/- 0.5/- 2/- 0.25/- ≥8/-
Scopulariopsis brevicaulis (n=17) 8/≥8 ≥8/≥8 8/≥8 ≥8/≥8 1/4 0.25/0.5 2/8
Purpureocillium lilacinum (n=35) 8/≥8 2/≥8 0.25/0.5 0.25/0.5 ≥8/≥8 2/≥8 0.25/0.5
Paecilomyces variotii (n=15) 0.06/0.5 0.12/0.5 8/≥8 0.12/0.5 2/4 0.03/0.25 1/8
Penicillium spp. (n=25) 0.5/2 1/≥8 8/≥8 1/≥8 2/≥8 0.12/2 0.25/1
Penicillium chrysogenum (n=7) 0.5/- 0.25/- 1/- 0.25/- 0.5/- 0.03/- 0.25/-
Trichoderma longibrachiatum (n=18) 1/2 ≥8/≥8 0.5/1 1/4 0.5/1 0.06/0.25 1/2
Trichoderma spp. (n=8) 1/- ≥8/- 1/- 8/- 0.5/- 0.06/- 2/-
Lecytophora hoffmannii (n=5) 0.25/- 0.25/- 1/- 0.25/- 2/- 2/- 0.5/-
Thermothelomyces thermophila (n=7) 1/- 0.12/- 0.12/- 0.12/- 4/- 1/- 2/-
Coelomycètes
Medicopsis romeroi (n=6) 0.5/- 4/- 0.5/- 1/- 4/- 2/- 0.12/-

26
(suite) AMB Itra Vori Posa Caspo Mica Terbi

Dématiés
Alternaria infectoria complex (n=26) 0.25/0.5 0.5/1 4/≥8 0.12/0.5 0.5/1 0.06/0.12 0.5/1
Alternaria alternata complex (n=28) 0.25/1 1/4 2/8 0.25/1 0.5/≥8 0.25/≥8 4/≥8
Exophiala dermatitidis (n=27) 0.12/0.25 0.5/1 0.06/0.25 0.12/0.5 4/≥8 1/≥8 0.06/0.12
Exophiala jeanselmei (n=8) 1/- 0.5/- 0.25/- 0.25/- 2/- 2/- 0.06/-
Exophiala spinifera (n=8) 0.12/- 0.25/- 0.12/- 0.25/- 2/- 0.25/- 0.12/-
i (n =7)
Curvularia spp. (n=18) 0.06/0.25 0.25/≥8 0.5/2 0.12/0.5 0.5/2 0.06/0.5 0.5/2
Chaetomium spp. (n=10) 1/4 0.25/0.5 0.25/1 0.25/0.5 1/2 0.25/1 1/16
Doratomyces spp. (n=5) 2/- ≥8/- 4/- 1/- 1/- 0.12/- 2/-
Fonsecaea pedrosoi (n=5) 0. 5/- 0.25/- 0.03/- 0.06/- 2/- 1/- 0.03/-
Fonsecaea nubica (n=9) 0.5/- 0.25/- 0.06/- 0.12/- 1/- 1/- 0.03/-
Phaeoacremonium parasiticum (n=10) 0.5/2 ≥8/≥8 0.25/0.25 0.25/0.5 ≥8/≥8 ≥8/≥8 0.12/0.5
Pleurostomophora richardsiae (n=5) 0.25/- 0.25/- 0.5/- 0.25/- 4/- 1/- 1/-
Neoscytalidium sp. (n=6) 0.12/- ≥8/- 0.12/- 0.5/- 0.5/- 0.06/- 0.5/-
Aureobasidium pullulans (n=6) 0.25/- 0.03/- 0.12/- 0.06/- 1/- 1/- 1/-
Dimorphiques
Sporothrix schenckii (n=19) 1/2 0.5/2 8/≥8 1/4 ≥8/≥8 ≥8/≥8 0.06/2
*AMB (amphotéricine B), Itra (itraconazole), Vori (voriconazole), Posa (posaconazole), Caspo (caspofungine), Terbi (terbinafine), Mica (micafungine) ;
- : non déterminable pour moins de 10 isolats testés - (filamenteux testés au CNRMA depuis 2003

Dans la mesure où l’isavuconazole n’a été testé que depuis janvier 2015, nous présentons ici la
comparaison des CMI sur des espèces pour lesquelles plus de 10 isolats ont été testés en parallèle avec
les différents azolés (Tableau 8, Tableau 9).
Sur les levures, les CMI de l’isavuconazole sont équivalentes à celles du voriconazole sauf sur S.
cerevisiae pour lequel elles sont un peu plus basses, C. neoformans pour lequel elles sont un peu
plus élevées, mais surtout M. capitatus et S. clavata pour lesquels elles sont très nettement plus
élevées.

Tableau 8: Profil de sensibilité des levures à 4 azolés, dont l’isavuconazole

pour les espèces pour lesquelles au moins 10 isolats ont été testés depuis janvier 2015 (technique EUCAST, mise
à jour 06/03/2017)
CMI50/CMI90 pour les azolés
Espèce (nbre isolats testés) Fluconazole Posaconazole Voriconazole Isavuconazole
Candida albicans (n=309) 0.124/0.25 ≤0.015/0.03 ≤0.015/≤0.015 ≤0.007/≤0.007
Candida dubliniensis (n=27) 0.25/0.25 0.03/0.06 ≤0.015/≤0.015 ≤0.007/≤0.007
Candida glabrata (n=148) 8/16 0.5/1 0.125/0.5 0.25/0.5
Candida parapsilosis (n=102) 0.5/2 0.06/0.125 ≤0.015/0.06 0.015/0.015
Candida tropicalis (n=73) 0.5/1 0.03/0.06 0.03/0.06 ≤0.007/0.03
Pichia kudriavzevii (n=63) 32/64 0.125/0.25 0.25/0.5 0.125/0.25
Kluyveromyces marxianus (n=37) 0.25/0.5 0.06/0.125 ≤0.015/≤0.015 ≤0.007/≤0.007
Clavispora lusitaniae (n=44) 0.25/0.5 0.03/0.06 ≤0.015/≤0.015 ≤0.007/0.015
Meyerozyma guilliermondii (n=16) 4/16 0.25/0.5 0.125/0.5 0.25/2
Saccharomyces cerevisiae (n=12) 4/16 0.5/1 0.25/0.5 0.03/0.5
Kodamaea ohmeri (n=10) 4/4 0.03/0.06 ≤0.015/0.03 0.015/0.03
Magnusiomyces capitatus (n=22) 4/16 0.12/0.5 0.03/0.125 4/≥4
Saprochaete clavata (n=55) 16/32 0.25/1 0.25/0.5 2/≥4
C. neoformans var. grubii (n=123) 2/8 0.03/0.125 ≤0.015/0.03 0.06/0.25
C. neoformans var. neoformans (n=18) 1/2 ≤0.015/0.06 ≤0.015/0.03 0.03/0.06
C. neoformans AD hybrid (n=25) 2/8 0.03/0.125 ≤0.015/0.06 0.03/0.125

27
Pour les champignons filamenteux, les CMI de l’isavuconazole sont très élevées et comparables à
celles du voriconazole et de l’itraconazole sur les Mucorales, et sur les Fusarium spp. Pour les autres
espèces testées, les CMI de l’isavuconazole sont la plupart du temps plus hautes que pour tout ou
partie des autres azolés, ce qui, rappelons-le, ne préjuge pas de l’activité in vivo de cet antifongique
étant données les différences de pharmacocinétique.

Tableau 9 : Profil de sensibilité des filamenteux à 4 azolés, dont l’isavuconazole

pour les espèces pour lesquelles au moins 5 isolats ont été testés depuis janvier 2015 (technique EUCAST, mise
à jour 06/03/2017)
CMI50/CMI90 pour les azolés
Espèce (nbre d’isolats) Posaconazole Itraconazole Voriconazole Isavuconazole
Lichtheimia corymbifera (n=13) 0.5/0.5 1/≥8 ≥8/≥8 4/≥8
Lichtheimia ramosa (n=11) 0.5/0.5 2/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8
Mucor circinelloides (n=22) 1/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8
Mucor indicus (n=11) 1/2 ≥8/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8
Rhizopus arrhizus (n=16) 0.25/1 2/≥8 ≥8/≥8 2/≥8
Rhizopus microsporus (n=12) 0.5/1 2/≥8 ≥8/≥8 2/4
Rhizomucor pusillus (n=7) 0.25/- 0.5/- ≥8/- 4/-
Aspergillus flavus (n=39) 0.125/0.125 0.125/0.25 0.5/0.5 0.5/1
Aspergillus fumigatus (n=51) 0.06/1 0.25/≥8 0.25/4 0.5/≥8
Aspergillus nidulans (n=7) 0.06/- 0.125/- 0.125/- 0.125/-
Aspergillus quadrilineatus (n=5) 0.06/- 0.06/- 0.06/- 0.125/-
Aspergillus section Usti (n=5) ≥8/- 4/- 4/- 4/-
Aspergillus section Nigri (n=5) 0.125/- 0.5/- 0.5/- 1/-
Aspergillus terreus (n=6) 0.06/- 0.125/- 0.5/- 0.5/-
Fusarium oxysporum complex (n=31) 2/≥8 ≥8/≥8 2/4 ≥8/≥8
Fusarium fujikuroi complex (n=19) 4/≥8 ≥8/≥8 4/4 ≥8/≥8
Fusarium solani complex (n=32) ≥8/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8 ≥8/≥8
Fusarium dimerum complex (n=6) ≥8/- ≥8/- 2/- ≥8/-
Scedosporium boydii (n=6) 0.25/- 1/- 0.25/- 1/-
Scedosporium apiospermum (n=18) 0.5/1 0.51/≥8 0.5/0.5 2/≥8
Lomentospora prolificans (n=5) ≥8/- ≥8/- ≥8/- ≥8/-
Scopulariopsis brevicaulis (n=5) 2/- ≥8/- ≥8/- 4/-
Purpureocillium lilacinum (n=8) 0.25/- ≥8/- 0.5/- 1/-

Analyse des tendances

En prenant des seuils définis partiellement par l’EUCAST, l’on peut étudier les tendances sur les
levures collectées dans le cadre de l’observatoire qu’est l’ODL (Figure 21). La surveillance de
l’évolution sur 11 ans de la sensibilité in vitro des principales levures responsables de fongémie
permet de constater la persistance de la très bonne activité du fluconazole et du voriconazole sur les
isolats de C. albicans (≤ 1% d’isolats avec une sensibilité diminuée). On peut remarquer l'apparition
certaines années d’isolats de C. parapsilosis ou de C. tropicalis ayant des CMI élevées au fluconazole
sans que l’on puisse parler de cas groupés authentifiés. Par ailleurs, on note une stabilité de la
sensibilité des isolats de Cr. neoformans au fluconazole et l’absence d’isolat « résistant » au
voriconazole. En laissant de côté C. parapsilosis, on peut également noter que très peu d’isolats ont
des CMI de la caspofungine anormalement élevées.

28
 Candida albicans Candida glabrata
100% 100%

pourcentage d'isolats avec

pourcentage d'isolats avec

90% 90%

CMI > seuil défini

CMI > seuil défini

80% 80%
70% 70%
60% 60%
50% 50%
40% 40%
30% 30%
20% 20%
10% 10%
0% 2005 0%

2006

2007

2008

2009

2010

2011

2012

2013

2014

2015

2016

2005

2006

2007

2008

2009

2010

2011

2012

2013

2014

2015

2016
(184) (188) (191) (225) (231) (199) (150) (128) (135) (109) (128) (95) (60) (77) (70) (86) (85) (68) (57) (38) (39) (39) (58) (45)

fluco>4 mg/L vori>0,125 mg/L caspo>0,25 mg/L fluco>4 mg/L vori>0,125 mg/L caspo>0,25 mg/L

Candida tropicalis Candida parapsilosis

100% 100%
pourcentage d'isolats avec

pourcentage d'isolats avec

90% 90%
CMI > seuil défini

CMI > seuil défini

80% 80%
70% 70%
60% 60%
50% 50%
40% 40%
30% 30%
20% 20%
10% 10%
0% 0%
2005

2006

2007

2008

2009

2010

2011

2012

2013

2014

2015

2016

2005

2006

2007

2008

2009

2010

2011

2012

2013

2014

2015

2016
(32) (35) (38) (32) (37) (34) (18) (18) (24) (29) (20) (23) (36) (53) (44) (37) (42) (37) (32) (27) (32) (24) (31) (32)

fluco>4 mg/L vori>0,125 mg/L caspo>0,25 mg/L fluco>4 mg/L vori>0,125 mg/L caspo>0,25 mg/L

Figure 21 : Evolution de la résistance aux antifongiques pour les levures communes

Isolats ayant une CMI supérieur au seuil indiqué (ODL, 2005-2016)

Participation aux réseaux de surveillance internationaux, en particulier européens

Il n’existe pas de réseaux internationaux de surveillance, mais les responsables du CNRMA sont en
contact avec les microbiologistes et les infectiologues européens et internationaux lors des congrès en
particulier ou de colloques ou dans des groupes de travail, tel que l’EUCAST qui indirectement
surveille la sensibilité aux anti-infectieux en collectant les données permettant de définir les
"epidemiological cutoff" (ECOFFs ou ECVs).

4 Alerte
Les relations avec l'InVS/SpFrance se font très simplement par mail ou par appel téléphonique à l'unité
des infections associées aux soins et Résistance aux antibiotiques, Département des maladies
infectieuses (Dr. V. Ponties). Les signalements se font dans les deux sens. Les échanges de 2016 ont
concerné des cas d'infections à Geotrichum sp. et à Mucor indicus, ainsi que l’alerte internationale sur
Candida auris.
Alerte concernant Candida auris
Candida auris est une espèce décrite depuis 2009 et souvent confondue avec les autres espèces du
complexe Candida haemulonii qui inclut Candida haemulonii, C. haemulonii var. vulnera, Candida
duobushaemulonii, Candida pseudohaemulonii et Candida auris12. Ces espèces se caractérisent par
une sensibilité in vitro très diminuée à l'amphotéricine B et aux azolés. Elles font certainement partie
des espèces émergentes à surveiller en particulier en région tropicale. Plusieurs épidémies ont été
rapportées en Inde, aux USA et en Europe. Nous avons relayé les alertes du CDC et de l’eCDC, auprès
des mycologues français par le biais de la Société Française de Mycologie Médicale en leur
demandant de nous envoyer d’éventuels isolats identifiés comme C. auris ou suspects.

12
Kathuria S et al. Multidrug-Resistant Candida auris misidentified as Candida haemulonii: Characterization by Matrix-
Assisted Laser Desorption Ionization-Time of Flight Mass Spectrometry and DNA Sequencing and Its Antifungal
Susceptibility Profile Variability by Vitek 2, CLSI Broth Microdilution, and Etest Method. J Clin Microbiol. 2015;53:1823-
30

29
Aucun isolement récent ne nous a été signalé par les collègues. Nous avons, en collection, deux isolats
(reçus en 2007 et 2014) pour lesquels les CMI de la flucytosine et du fluconazole étaient hautes, mais
les CMI des autres azolés et de l'amphotéricine B n'étaient que modérément élevées.

Infections à Saprochaete clavata

Depuis 2012, le clone épidémique (clone A) a été identifié plusieurs fois, par petits cas groupés sur un
ou deux centres ou de façon sporadique, justifiant des alertes auprès des mycologues français à la
recherche de cas non encore déclarés au CNRMA. A ce jour, l’origine de l’épidémie n’est toujours pas
élucidée, et des cas liés au clone épidémique (clone A) surviennent régulièrement (Figure 22).
Une PCR en temps réel a été développée, ce qui nous permet d’identifier le clone épidémique en
moins de 4 heures dans les meilleurs cas, et toujours en moins de 24 heures.
Les mycologues français sont très attentifs et réactifs quelle que soit leur participation effective aux
réseaux de surveillance. Qu’ils en soient ici chaleureusement remerciés.

14
Détection de Saprochaete clavata en France
(infections et colonisations, données du CNRMA, mars 2017)
12
Nombre de cas

10

0
J F MA M J J A S ON D J F MA M J J A S ON D J F MA M J J A S ON D J F MA M J J A S ON D J F MA M J J A S ON D
2012 2013 2014 2015 2016

Clone A (épidémie de 2012) Clone B Autres

Figure 22 : Détection de Saprochaete clavata et du clone épidémique depuis 2012 en France

Colonisation ou infection à Mucor indicus

Contexte
En mars 2016, le CNRMA a été contacté par l’un des mycologues partenaire de RESSIF en raison de
l’isolement d'une moisissure inhabituelle, Mucor indicus, chez deux enfants immunodéprimés dans
son centre (dans un contexte d’infection prouvée pour l’un des enfants), coïncidant avec l’isolement de
ce même champignon dans deux autres centres RESSIF de la même région. Ce contexte et la
coïncidence temporelle et géographique nous a fait craindre une épidémie avec une source commune
potentiellement d’origine alimentaire, et nous a fait contacter nos correspondants de l’InVS/SpFrance.
Mucor indicus est une Mucorale présente dans l’environnement, considérée comme non pathogène, et
utilisée dans l’industrie agroalimentaire13. Cette espèce est rarement incriminée en clinique (2 souches
dans la collection du CNRMA depuis 2002, dont une datant de 2007 (P0), et l’autre de 2014 (P1)
correspondant à une mucormycose digestive chez un adolescent atteint de leucémie aiguë).
En avril 2016, le CNRMA (prévenu par l’une des mycologues de RESSIF) et l'ARS ont informé
SpFrance qu'un complément alimentaire (dextrine maltose) utilisé pour des préparations diététiques
était contaminé à Mucor sp. Ce complément alimentaire est utilisé pour l'enrichissement de nutritions
infantiles chez des enfants ayant des apports caloriques spontanés insuffisants (tels que les patients
immunodéprimés). Aucun cas d'infection ou colonisation n'avait été recensé chez les patients. Le
fabriquant a conduit des analyses montrant que les taux de moisissures étaient conformes à la

13
Karimi K. Zamani A. Mucor indicus: biology and industrial application perspectives: a review. Biotechnol Adv, 2013.
31(4): 466-81

30
législation, mais suggérant que la source de contamination était la matière première (maïs). Un
signalement a été fait à l'Anses (en charge de la nutrivigilance) et la DGCCRF (en charge des défauts
qualité de ces produits en l'absence d'effets indésirables chez l'homme).
Investigation épidemiologique
Un questionnaire d’investigation, rédigé par SpFrance et le réseau CClin – Arlin, a été envoyé à
chaque ES ayant identifié un cas. Un cas était défini comme tout patient, adulte ou enfant, hospitalisé
en France et ayant eu un prélèvement positif à M. indicus en 2016. Le questionnaire permettait aux
équipes opérationnelles d’hygiène (EOH) de renseigner des informations sur les expositions
alimentaires des cas au produit dextrine maltose (DM) et/ou d’autres compléments alimentaires, et sur
l’utilisation ou non de ce produit dans les services concernés par un cas. Si un établissement de santé
déclarait utiliser habituellement de la dextrine maltose, il était alors demandé d’en conserver une boite
non entamée à des fins d’analyses ultérieures.
La recherche active de cas faite par le CNRMA auprès des mycologues français a abouti à
l’identification de deux cas supplémentaires, l’un correspondant à une mucormycose digestive
d’évolution défavorable chez une enfant, et l’autre, antérieure, liée à une simple colonisation digestive.

Au total, 6 enfants (âge médian 4 ans, 2-8 ans) et 3 adolescents (âge médian 15 ans, 13-18 ans) étaient
concernés dans 6 établissements de santé en France. Les patients étaient atteints d’hémopathie maligne
(LA) ou de tumeur cérébrale (1 cas). Il s’agissait de colonisation digestive (patients asymptomatiques)
dans 5 cas et d’infection invasive prouvée dans 4 cas, associée au décès du patient dans 2 des 4 cas.
Un 10ème cas (P10) nous a ensuite été signalé par un 7ème établissement de santé, Figure 23). Il
s’agissait d’un adulte bronchopathe chronique, non neutropénique, décédé en quelques jours d’une
mucormycose disséminée. Les investigations sur les expositions alimentaires ont permis d’écarter
l’ingestion de DM pure au cours de l’hospitalisation pour les 9 patients.

P5 P7

P1* P2 P3 P4* P6 P8* P9* P10*

1 2 3 4 5 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 1 2 3 4 5 6 7
2014 2015 2015

Figure 23 : Distribution des isolements de Mucor indicus en France

Les cas provenant d’un même centre sont représentés par des pavés de même
couleur, tous les cas d’une même région sont en dégradés de bleu. Les cas invasifs
sont notés avec un astérisque, et ceux des enfants sont encadrés en jaune

Investigations mycologiques
Les souches retrouvées dans la DM ont été analysées au CNRMA. Il s’agissait de souches de Mucor
circinelloides (donc une espèce autre qu’indicus), et les lots de DM conservés par les ES concernés
par au moins un cas, contenaient des moisissures qui se sont révélées être Aspergillus et Mucor (non
indicus).
Un séquençage génome entier des souches cliniques a été réalisé à la demande du CNRMA par la
plateforme P2M de l’Institut Pasteur. Au total, 22 souches récemment isolées au CNRMA (souches
isolées chez les enfants/adolescents + 13 souches provenant de prélèvements séquentiels dans
différents sites anatomiques du patient adulte) ont été séquencées. Afin d’apprécier la diversité des
souches, un panel de souches épidémiologiquement non liées venant soit de la collection du CNRMA
soit de la collection internationale d’Utrecht (CBS, essentiellement de sources environnementales en
Asie) a été ajouté à l’analyse.
L'analyse a été réalisée avec les bioinformaticiens de la plateforme P2M et a permis de conclure que
les souches des enfants/adolescents immunodéprimés (P1 à P9) étaient plus proches les unes des autres

31
(Groupe 1) que des souches du patient adulte (P10) ou de la souche ancienne de 2007 (P0) (Groupe 2)
(Figure 24). Les souches de la CBS se retrouvaient dans les deux groupes mais distinctes des souches
des cas patients. De petites différences entre les souches du patient adulte ont été observées et
pourraient être liées soit à des micro-évolutions au cours de l’infection, soit à des artéfacts techniques.

Figure 24 : Analyse phylogénétique des isolats Mucor indicus

Arbres construits avec les séquences génome entier pour les souches cliniques des 10 patients
et des souches de collection
Ces premières analyses suggèrent donc une clonalité entre les souches des 8 enfants identifiées en
2015/2016 et celle isolée en 2014. La souche du patient adulte s’est quant à elle révélée différente des
autres. La clonalité des souches suggère habituellement une source commune, mais ceci reste à
confirmer car les connaissances sur la diversité des souches de Mucor indicus sont encore limitées.
L’hypothèse initiale de la contamination du produit DM n’a pas pu être confirmée, et aucune source
commune n’a pu être identifiée.
Aucun nouvel isolement de M. indicus n’a, à ce jour, été signalé au CNRMA.

5 Activités d’information, de formation et de conseil

Enseignements et formation
Les responsables et collaborateurs du CNRMA sont impliqués dans de nombreuses formations.
Le cours de Mycologie Médicale de l'Institut Pasteur est sous la responsabilité, depuis 2005, de
F. Dromer et O. Lortholary (co-directeurs) et de D. Garcia-Hermoso (chef de travaux). L'ensemble
des collaborateurs (scientifiques, techniciens et secrétaire) participe à cet enseignement, ainsi que
des collègues français et européens. Les étudiants français suivant ce cours sont pour la plupart
des médecins ou pharmaciens, se préparant aux concours hospitalo-universitaires en parasitologie-
mycologie, le cours de l'Institut Pasteur étant un prérequis à cette carrière. Ce public nous permet
donc de sensibiliser chaque année de nouveaux collègues à l'importance de la mycologie médicale
et aux missions du CNRMA. Le cours est, depuis 2012, dispensé en anglais
(https://www.pasteur.fr/en/education/medical-mycology).
Nous participons aux séminaires de formation du groupe EFISG de l’ESCMID depuis 2006.

32
Responsables et collaborateurs du CNRMA donnent régulièrement des séminaires dans des
centres hospitalo-universitaires ou non en région parisienne et en Province à la demande de
collègues. C'est aussi l'occasion de faire connaître le CNRMA et ses missions.
Responsables et collaborateurs du CNRMA co-coordonnent et/ou interviennent aussi dans des DU
ou DIU Mycologie Médicale de Paris V, Infection et Transplantation de Paris V, VII, Lyon,
Toulouse, DIU de rhinologie (PV-PXII), DIU GISCOH (Gestion des infections et soins courants
en hématologie, PXII-PXI), DU ou DIU de thérapeutique anti-infectieux Paris V, VI, VII,
Toulouse, Grenoble, Lille, Angers, , DURPI (Réanimation en pathologie infectieuse), DU
RéaMID (Réanimation des malades immunodéprimés), DU infection et foie, DU dermatologie
tropicale, DU médecine des voyages et migrants, DESC de maladies infectieuses, réanimation
médicale, et Masters 2 Paris VI et Paris VII.
DPC dans le cadre du congrès de la Société Française de Mycologie Médicale, Toulouse, mars
2017 : "Taxonomie et Sensibilité antifongique des complexes d’espèces : Que faut-il retenir ?"
Dea Garcia-Hermoso – Marie Desnos-Ollivier

Modalités de diffusion des données de surveillance et production du CNRMA

Les centres collaborateurs à l'ODL et à RESSIF sont réunis une fois par an pour une discussion
autour des données de surveillance spécifiques (fongémies à levures pour les premiers, mycoses
invasives sans restriction pour les seconds).
Les serveurs RESOMYC et RESSIF sont par ailleurs le véhicule des informations concernant les
données de surveillance. En effet, chaque utilisateur peut récupérer en temps réel les données
concernant l'ensemble de la surveillance en utilisant les outils d'analyse disponibles sur le site.
Enfin, les études liées à l'activité du CNRMA sont publiées dans des journaux d'accès facile (soit
libre d'emblée, soit très rapidement après 6 mois). Le CNRMA ne distribue pas de réactifs.
Par ailleurs, le CNRMA met en ligne son rapport d'activité chaque année sur le site dédié de
l'Institut Pasteur. Le dernier rapport en ligne est accessible à l’adresse suivante :
http://www.pasteur.fr/cnr/mycologie

Activité de conseil aux professionnels

Les responsables et collaborateurs du CNRMA sont sollicités quotidiennement pour des avis ou
des conseils concernant les techniques, l'interprétation de résultats, la démarche diagnostique et la
prise en charge des patients atteints de mycoses invasives. Les correspondants sont des cliniciens
et des microbiologistes/mycologues. Des sollicitations peuvent aussi venir de l'étranger.
Cette activité n'est pas chiffrable mais elle représente une composante importante de l'activité des
responsables du CNRMA, en particulier pour les conseils thérapeutiques. Les correspondants
peuvent nous joindre grâce à l'alias cnrma@pasteur.fr qui aboutit sur les adresses mail des trois
responsables (F. Dromer, S. Bretagne et O. Lortholary) et des collaborateurs (A. Alanio, M.
Desnos-Ollivier, D. Garcia-Hermoso, F. Lanternier, K. Sitbon).

Activité d'expertise
- ISHAM :
o Dea Garcia-Hermoso représente le CNRMA dans le groupe de travail sur les infections à
Pseudallescheria boydii au sein de la Confédération Européenne de Mycologie Médicale
(ECMM) et de l’International Society for Human and Animal Mycology (ISHAM) et dans
le groupe de travail sur « Barcoding and identification of fungi ».

33
 o Françoise Dromer et Marie Desnos-Ollivier sont membres du groupe de travail sur le
génotypage des souches cliniques et environnementales de C. neoformans et C. gattii de
l’ISHAM.
o La non-incorporation de la PCR dans les critères diagnostiques de l’aspergillose invasive
a motivé la création en 2006 d'un groupe de travail (EAPCRI pour European Aspergillus
PCR Initiative sous l'égide de l'ISHAM ; http://www.eapcri.eu/) constitué de paires
clinicien-microbiologiste. Stéphane Bretagne a été un membre fondateur de ce groupe.
Les nouvelles recommandations internationales devraient inclure la PCR Aspergillus dans
les critères diagnostiques. En 2016, il a été décidé d'élargir le champ du groupe à d'autres
espèces fongiques, Pneumocystis et Mucorales, le groupe devenant FPCRI pour Fungal
PCR Initiative. Alexandre Alanio a pris la direction du groupe Pneumocystis avec comme
objectif premier l’harmonisation des procédures entre les différents centres européens à
l’aide de contrôles de qualité.

- EUCAST : Nous participons activement en tant que représentants pour la France à l’AFST
(AntiFungal Susceptibility Testing) subcommittee de l’EUCAST (European Committee for
Antibiotic Susceptibility Testing). Ce comité regroupe 1 à 2 membres par pays (environ 15
pays sont représentés et Olivier Lortholary est notre représentant).
- ECIL : Olivier Lortholary est membre du groupe de travail sur les recommandations pour les
mucormycoses (2010-2012) et Stéphane Bretagne de celui concernant le diagnostic de
l’aspergillose (ECIL3). Stéphane Bretagne a participé avec Alexandre Alanio (AHU, Hôpital
Saint Louis) à la 5éme European Conference on Infections in Leukaemia (ECIL5, 19-20
septembre 2013) sur Pneumocystis jirovecii [Pneumocystis jirovecii infections in (non HIV-
infected) hematology patients : biological aspects].
- EORTC : le CNRMA est actif au sein du groupe d’étude des antifongiques de l’Organisation
Européenne de Recherche et de Lutte contre le Cancer (EORTC) à Bruxelles. Olivier
Lortholary a notamment participé à l’actualisation du consensus des définitions des infections
fongiques invasives (2008, 2013).
- EFISG : au sein de la Société Européenne de Microbiologie (ECSMID), s’est créé un groupe
d’étude des infections fongiques (EFISG) dont le secrétariat a été assuré par O. Lortholary
jusqu’en 2007. L’objectif de ce groupe est de pouvoir mener en Europe des études
épidémiologiques, physiopathologiques et cliniques dans le domaine des infections fongiques
systémiques en dehors du domaine de l’hématologie couvert dans l’EORTC. Ce groupe
rassemble cliniciens et mycologues de nombreux pays européens concernés par ces
thématiques.
- Les industriels : de nombreux contacts se développent avec les industriels développant des
antifongiques systémiques en raison des vastes missions d'expertise et de surveillance du
CNRMA. Ce dernier aspect nous permet d'apprécier l'évolution de la résistance aux
antifongiques et de tester un grand nombre de souches sauvages vis-à-vis des nouveaux
antifongiques. Les données générées représentent une des meilleures sources d'informations
au niveau européen avec la technique EUCAST. Nous avons participé aux différentes étapes
d’évaluation de prototypes pour le développement d’un test de diagnostic de la cryptococcose.
Le test BioSynex®CryptoPS permet de détecter l’antigène capsulaire dans les liquides
biologiques et de déterminer en une seule analyse si le titre antigénique est très élevé faisant
suspecter une infection sévère (méningo-encéphalite, infection disséminée ...). Ce test
contribue désormais au diagnostic des cryptococcoses latentes dans les pays où l’incidence de
la co-infection VIH/cryptococcose est très élevée, ceci afin d’instituer un traitement préemptif
le plus rapidement possible.

34
6 Travaux de recherche et publications en lien direct avec l’activité du
CNR
Description de nouvelles espèces
Les mycétomes sont des infections chroniques sous-cutanées débilitantes causées notamment par de
nombreuses espèces de champignons telluriques dans les régions tropicales. Cette infection
caractérisée par la production de grains, est reconnue, depuis mai 2016, par l’OMS comme une
maladie tropicale négligée. De nombreuses souches responsables de mycétomes à grains noirs non
sporulantes étaient regroupées sous le nom d’espèce Madurella grisea mais les études moléculaires
récentes permettent la description et/ou la reclassification des espèces. En collaboration avec le centre
de référence de Bristol (UK), nous avons notamment décrit un nouveau genre, Emarellia, comportant
deux espèces Emarellia grisea regroupant des souches provenant exclusivement d’Inde et Emarellia
paragrisea. La description de ces nouvelles espèces est basée sur une identification polygénique.
L’identification correcte des espèces est importante pour la prise en charge des patients et l’étude
épidémiologique de ces maladies tropicales14.
Développement de méthodes de typage
Typage de C. parapsilosis
En collaboration avec Andres Puime (Uruguay), et Philippe Poirier (Clermont-Ferrand), nous avons
analysé en utilisant 3 des 4 microsatellites décrits15, la structure des populations de souches de C.
parapsilosis sélectionnées sur la base d’une dispersion géographique (43 hôpitaux français et 10
hôpitaux uruguayens) et temporelle (2004-2013). Le panel comportait 161 souches (128 patients
différents) isolées au cours d’infections superficielles ou invasives, certains isolats étant résistants aux
azolés. L’étude a permis de déterminer : 1) la diversité génétique des souches ; 2) l’absence de
spécificité géographique ; 3) l’existence d’infection mixte par deux isolats génétiquement éloignés
(incluant un cas avec un isolat sensible et l’autre résistant au posaconazole ; 4) l’existence de
microévolutions au cours de l’infection avec perte
d’hétérozygotie d’un des marqueurs ; 5) la clonalité
des isolats lors de cas groupés dans un même centre
(Figure 25).

Figure 25 : Arbre décrivant la population

des isolats de C. parapsilosis étudiés
Des isolats de France (n=116, vert) et d’Uruguay (n=44,
rouge) et la souche type ATCC22019 (bleu) ont été analysés.
La taille des cercles est déterminée par le nombre d’isolats
partageant le même génotype (ST). Les cercles entourés de
pointillés correspondent à des infections mixtes (pointillés
bleu et noir) et/ou à des cas groupés (pointillé rouge)
(Bionumerics v.6.6)

14
Borman AM et al. Novel taxa associated with human fungal black-grain mycetomas -Emarellia grisea gen nov. et sp. nov.
and Emarellia paragrisea sp. nov. J Clin Microbiol. 2016; 54(7):1738-45

15
Sabino R. et al. New polymorphic microsatellite markers able to distinguish among Candida parapsilosis sensu stricto
isolates. J Clin Microbiol. 2010;48:1677-82

35
 Détection du clone épidémique de Saprochaete clavata
Lors de l’épidémie de 2012 par l’espèce Saprochaete clavata, en collaboration avec la Plateforme de
séquençage de l’Institut Pasteur et l’InVS/SpFrance, nous avions mis en évidence, grâce au
séquençage génome entier de souches cliniques reçues au CNRMA entre 2005 et 2012 et la souche
type, le caractère clonal des souches responsables de l’épidémie nationale. Afin d’identifier rapidement
les éventuels nouveaux cas d’infection dus au clone épidémique, nous avons mis au point une PCR
quantitative (qPCR) en temps réel de type ASO (Allele specific oligo), permettant de calculer, à partir
d’ADN concentré à 1 ng/µL, la différence de valeur de Cq (Quantitative Cycle) obtenue pour la PCR
comportant l’amorce spécifique du clone et la qPCR comportant l’amorce de séquence « sauvage ».
Cette qPCR nous permet, à partir d’un isolat pur, de déterminer en quelques heures l’appartenance
éventuelle de l’isolat au clone épidémique.
Typage de Pneumocystis jirovecii
Pour aller plus loin dans les limites de détection des mélanges de P. jirovecii dans les prélèvements
humains, en plus de la méthode de typage par microsatellites, nous avons utilisé une méthode de
pyroséquençage à partir d’amplicon généré sur 3 gènes cibles (1 gène mitochondrial et 2 gènes
nucléaires) sur 33 prélèvements humains. Cette méthode a révélé que 92% des prélèvements
contenaient des mélanges, ce qui renforce l’idée que les humains sont constamment exposés à P.
jirovecii tout au long de leur vie. Elle a également révélé que la diversité génétique était plus
importante dans le gène mitochondrial que dans les gènes nucléaires. Nous avons également montré en
parallèle la possibilité d’hétéroplasmie mitochondriale à partir de quelques prélèvements. Cette étude
nous amène à proposer de ne pas utiliser le séquençage de cibles mitochondriales pour le typage P.
jirovecii, ceci risquant de d’augmenter artificiellement la diversité observée liée à des phénomènes
génétiques propres à l’ADN mitochondrial de P. jirovecii16.
Cryptococcose
Evaluation d’un test rapide de diagnostic de la cryptococcose
Notre expertise sur la cryptococcose a été sollicitée par la société BioSynex qui a développé un test de
détection semi-quantitatif rapide (type bandelettes). Le test BioSynex®CryptoPS permet de détecter
l’antigène capsulaire dans les liquides biologiques et de déterminer en une seule analyse si le titre
antigénique est très élevé faisant suspecter une infection sévère (méningo-encéphalite, infection
disséminée ...). Ce test contribue désormais au diagnostic des cryptococcoses latentes dans les pays où
l’incidence de la co-infection VIH/cryptococcose est très élevée, ceci afin d’instituer un traitement
préemptif le plus rapidement possible. Ainsi l’étude PreCasa promue par l’ANRS (coordinateurs O
Lortholary, E Temfack) démontre une très bonne concordance entre les tests IMMY et BioSynex sur
sérum et plasma (manuscrit en préparation).
Cryptococcose et Cryptococcus spp. en Europe
Cryptococcus neoformans serotype D représente environ 30% des isolats cliniques isolés en Europe et
est souvent responsable d’infections cutanées primaires et de lésions de la peau dans les cas de
cryptococcoses disséminées. Il existe peu de données concernant la diversité génétique de ce sérotype.
Dans le cadre d’une collaboration internationale mise en place par Massimo Cogliati (Université de
Milan, Italie), nous avons participé à l’étude moléculaire par MLST de 83 isolats de sérotype D
responsables d’infections cutanées primaires, d’infections disséminées ou provenant de
l’environnement ou d’infections vétérinaires. Cette étude suggère l’existence d’évènements de

16
Alanio A et al. Diversity of Pneumocystis jirovecii during Infection Revealed by Ultra-Deep Pyrosequencing.,” Front
Microbiol, 2016 ; 7 : 733.

36
recombinaison dans la population de sérotype D, mais aucune corrélation entre l’origine géographique
et le génotype17, résultats obtenus également dans l’analyse des souches de l’étude CryptoA/D.
Dans la cadre d’une collaboration internationale européenne, nous avons participé à l’étude
moléculaire de souches environnementales de C. neoformans et C. gattii. Cette étude a permis le
recueil de plus de 6000 échantillons provenant de plus 3000 arbres dont 5% étaient colonisés par des
levures cryptococciques. Ce travail a permis de montrer que certaines espèces d’arbres étaient plus
fréquemment colonisées par C. neoformans ou par C. gattii, avec des variations selon la période de
l’année, et plus particulièrement dans les régions méditérannées. La majorité des isolats de C. gattii
appartenait au groupe moléculaire VGI. Les isolats de C. neoformans étaient principalement du groupe
VNI, mais les groupes VNII, VNIV et VNIII étaient aussi retrouvés. Ces résultats confirment donc la
présence des deux espèces neoformans et gattii dans l’environnement au sein du bassin méditerranéen
et montrent que les oliviers et les caroubiers sont des réservoirs importants pour ces espèces18.
Essai thérapeutique randomisé en Afrique
En collaboration avec le St Georges Hospital, University of London (primary investigator Pr Tom
Harrison), le "medical research council" et l'Agence Nationale de Recherches sur le SIDA (ANRS)
financent un essai thérapeutique dans trois pays (Malawi, Zambie, Cameroun) "ACTA". ACTA est une
étude de phase III randomisée sur le traitement de la méningo-encéphalite cryptococcique dans le
contexte de l'infection VIH. ACTA a inclus 680 patients en décembre 2016 et ambitionne de valider
un traitement oral de l’infection reposant sur l’association de fluconazole à posologie élevée et de la
flucytosine et d’un traitement raccourci à une semaine par amphotéricine B et fluconazole ou
flucytosine en comparaison au traitement de référence par amphotéricine B et flucytosine pendant 14
jours. Les résultats de cet essai permettront l’actualisation des recommandations internationales sur la
prise en charge de la méningite à Cr. neoformans. Des études ancillaires seront également réalisées au
Royaume Uni et en France (pharmacocinétiques/dynamiques, coût efficacité, génotypage des isolats,
analyses protéomiques et immunologiques et études sur la susceptibilité de l’hôte). Olivier Lortholary
est l’investigateur principal (nord) pour la partie financée par l’ANRS.

Optimisation diagnostique des infections fongiques

Pneumocystoses
Le cahier des charges du CNRMA inclut la surveillance de la pneumocystose qui se confirme comme
la deuxième infection fongique après les candidémies. Elle pose de nombreux problèmes
diagnostiques, car comme toute infection opportuniste, la simple détection du champignon ne signe
pas une pathologie. Stéphane Bretagne et Alexandre Alanio ont participé, dans le cadre du 5th
European Conference on Infections in Leukemia (ECIL5) comprenant un groupe d’experts émanant de
l’EBMT, EORTC, ICHS, et ELN, à des recommandations sur l’interprétation des résultats dans les
maladies hématologiques. Nous avions plus particulièrement en charge l’analyse des moyens
diagnostiques, tout en étant associés à la réflexion sur la prise en charge thérapeutique.
Les recommandations sont maintenant publiées dans 4 manuscrits dans Journal of Antimicrobial
Chemotherapy en 201619,20,21,22.

17
Cogliati M. et al. Multilocus sequence typing analysis reveals that Cryptococcus neoformans var. neoformans is a
recombinant population. Fungal Genet Biol. 2016;87:22-9
18
Cogliati et al. Environmental distribution of Cryptococcus neoformans and C. gattii around the Mediterranean basin.
FEMS Yeast Res. 20162016 Nov;16(7). pii: fow086.
19
Alanio A et al. ECIL guidelines for the diagnosis of Pneumocystis jirovecii pneumonia in patients with haematological
malignancies and stem cell transplant recipients. J Antimicrob Chemother 2016;71(9):2386-96
20
Maertens J et al. ECIL guidelines for preventing Pneumocystis jirovecii pneumonia in patients with haematological
malignancies and stem cell transplant recipients. J Antimicrob Chemother 2016; 71(9):2397-404
21
Cordonnier C et al. Pneumocystis jirovecii pneumonia: still a concern in patients with haematological malignancies and
stem cell transplant recipients. J Antimicrob Chemother 2016;71(9):2379-85
22
Maschmeyer G et al. ECIL guidelines for treatment of Pneumocystis jirovecii pneumonia in non-HIV-infected
haematology patients. J Antimicrob Chemother 2016; 71:2405-13

37
 Variation du nombre de copies de l’ARN 18S d’Aspergillus fumigatus analysé par
droplet PCR
Dans le but d’optimiser la recherche d’ADN circulant d’Aspergillus fumigatus lors d’aspergillose
invasive, nous avons évalué l’intérêt de la droplet PCR, méthode qui consiste à fragmenter
l’échantillon à tester en gouttelettes, chacune étant testée par PCR pour la présence de l’ADN
recherché. Le but était de voir si la digestion de l’ADN dans l’échantillon clinique pouvait générer
davantage de copies, améliorant ainsi la sensibilité de la PCR diagnostique. Cet espoir a été déçu.
L’explication est donc que l’ADN présent dans le sérum est déjà fragmenté. Ceci apporte cependant
des arguments physiopathologiques sur l’infection aspergillaire. Par ailleurs, nous avons confirmé que
chaque isolat possède un nombre variable de copie d’ARN ribosomal, ce qui peut expliquer certaines
discordances entre laboratoire si la souche utilisée pour les contrôles n’est pas identique23.
Etudes concernant les fongémies à levures
Fongémies en onco-hématologie
Nous avons analysé les facteurs de risque et le pronostic des fongémies dues aux six espèces les plus
fréquentes de Candida chez des adultes atteints d’une pathologie onco-hématologique inclus dans
l'ODL entre 2002 et 2014. Parmi les 3417 patients (3666 isolats), 1164 (34.1%) avaient une tumeur
solide (45.7% digestive) et 586 (17.1%) une hémopathie maligne (41.8% lymphomes, 33.5%
leucémies aiguës). Les patients ayant une hémopathie étaient plus jeunes, plus pré-exposés aux
antifongiques, infectés par C. tropicalis, C. krusei ou C. kefyr, traités en première ligne par une
échinocandine. Comparés aux patients hospitalisés dans d'autres services, les patients hospitalisés en
réanimation étaient moins fréquemment infectés par C. parapsilosis (p<0.02), avaient bénéficié d’une
chirurgie récente (p<0.03) et décédaient plus fréquemment à J30 et à J8 (p<0.0001). L’augmentation
de la mortalité globale en réanimation était observée chez les patients atteints de cancer (p< 0.04).
Pour tous les patients, l’absence de prescription antifongique malgré la positivité connue de
l’hémoculture augmentait le risque de décès. Le risque d’être infecté par une espèce donnée de
Candida en comparaison à C. albicans était influencé par l’âge, le sexe, le type de tumeur maligne,
l’hospitalisation en réanimation, la présence d’un cathéter veineux central, le statut VIH, une
toxicomanie intra-veineuse et la pré-exposition aux antifongiques. En comparaison à C. albicans, C.
glabrata (OR= 0.69 [0.54-0.89]) et C. parapsilosis (OR= 0.49 [0.35-0.67]) étaient associés à un risque
diminué de décès à J8 et à J30.
Notre conclusion était que le type de tumeur maligne et l’hospitalisation en réanimation influençaient
les caractéristiques des candidémies et donc méritaient d’être prises en compte dans la stratégie
thérapeutique initiale. L’article vient d’être publié dans Intensive Care Medicine24.
Fongémies dues aux levures rares
Les levures rares (UYS pour « uncommon yeast species » arbitrairement définies comme <2% des
candidémies) sont souvent décrites en marge d'étude sur des espèces fréquentes ou sous forme de cas
cliniques plus ou moins regroupés. Pour limiter les biais de publications et faire ressortir des facteurs
de risques propres à ces UYS, nous avons utilisé l’ODL qui nous a permis de recueillir de façon
exhaustive les cas liés à des espèces rares et fréquentes, survenant dans plusieurs centres, sans
restriction à une population donnée, sans équivoque diagnostique puisqu’il s’agit de fongémie. L’atout
supplémentaire de l’ODL est sa pérennité sur plusieurs années qui nous a permis de rassembler des

23
Alanio A et al. Variation in copy number of the 28S rDNA of Aspergillus fumigatus measured by droplet digital PCR and
analog quantitative real-time PCR. J. Microbiol. Methods 2016; 127 :160-163
24
Lortholary O, Renaudat C, Sitbon K, Desnos-Ollivier M, Bretagne S, Dromer F, French Mycoses Study Group. The risk
and clinical outcome of candidemia depending on underlying malignancy. Intensive Care Med. 2017 Mar 20. doi:
10.1007/s00134-017-4743-y. [Epub ahead of print]

38
données sur un nombre de cas liés à des espèces rares dépassant souvent les plus grandes séries
publiées.
Nous avons analysé 338 épisodes de fongémies à UYS que nous avons comparé à 1998 épisodes de
candidémies dues à C. albicans survenues pendant la même période (01/10/2002-31/12/2014). La
première observation est la grande variété des espèces (35 UYS différentes comprenant 27
ascomycètes et 8 basidiomycètes). Onze de ces 35 espèces étaient définies comme résistantes à la
caspofungine (MIC50 >0.25 mg/L, CAS-R) et 15 comme résistantes au fluconazole (MIC50>4 mg/L,
FCZ-R). L’incidence des fongémies à UYS était stable au cours du temps autour de 10% pour
l'ensemble des espèces. L’analyse multivariée retrouvait que les hémopathies malignes et (OR=2.39
[1.79-3.18]) et la pré-exposition aux antifongiques (OR=1.87 [1.30-2.69]) étaient des facteurs
indépendants de prédisposition aux fongémies UYS comparées aux candidémies à C. albicans.
Cependant, si l’on considérait l’espèce au sein de ces levures rares, seule les fongémies due à C. kefyr
(OR=4.01 [2.42-6.64]) et à Trichosporon spp. (OR=5.38 [1.72-16.81]) restaient associées aux
hémopathies malignes, et celles dues à Trichosporon spp. (OR=15.67 [3.62-67.80]) ou Geotrichum
spp. (OR=13.17 [3.33-52.03]) à une pré-exposition aux antifongiques. La mortalité globale à J30 était
de 35%, non différente globalement pour les espèces FCZ-R ou CAS-R, mais très différente pour
certaines espèces rares avec par exemple une mortalité significativement plus élevée en cas de
fongémies dues à Geotrichum spp. ou à C. dubliniensis, ou plus basse en cas de fongémies due à C.
lusitaniae. Ainsi, les conclusions souvent avancées sur le risque d'émergence d'espèces rares sous
pression antifongiques et en hématologie doivent-elles être nuancées car les facteurs de risque de
survenue des UYS sont très variables suivant l'espèce considérée, soulignant l'impératif d'une
identification au niveau de l'espèce de tout isolat provenant d'une candidémie. Ces conclusions n'ont
été possibles que parce que le nombre d'isolats analysés à travers ODL a été conséquent.
Cette analyse souligne encore une fois l’intérêt des programmes de surveillance mis en place au
CNRMA avec la collaboration des mycologues et cliniciens français. On peut aussi rappeler le rôle du
CNRMA dans l’identification ou la confirmation des identifications d’espèces rares, mais aussi pour
les conseils de prise en charge des patients concernés. L’article vient d’être publié dans J. Antimicrob.
Chemother.25
Infections à coelomycètes
Les coelomycètes sont de plus en plus souvent rapportés comme responsables d’infections avec
atteinte cutanée ou sous-cutanée chez des patients immunodéprimés ou non. Ils constituent un groupe
hétérogène de champignons filamenteux avec des caractéristiques particulières en culture. Nous avons
rapporté récemment 18 cas d’infections prouvées cutanées et ou sous-cutanées dus à des coelomycètes
identifiés au CNRMA entre 2005 et 2014. L’âge médian était de 60 ans et tous les patients étaient
originaires de zone tropicale ou sub-tropicale. Une immunodépression était retrouvée dans 89% des
cas. Les lésions étaient des nodules, abcès ou plaques infiltrées de localisation distale. Différents
genres ont été identifiés : Medicopsis (6), Paraconiothyrium (3), Gloniopsis (3), Diaporthe (3),
Peyronellaea (2), Lasiodiplodia (1). Le traitement a consisté en une chirurgie d’excision complète
(10) ou partielle (2) et/ou l’utilisation du voriconazole (5) et du posaconazole (4). L’analyse de la
littérature retrouvait 48 autres cas.
Nos conclusions étaient que la suspicion d’infections à coelomycètes devait être évoquée devant des
lésions cutanées ou sous-cutanées chez des immunodéprimés originaires de zone tropicale : l’approche
diagnostique par séquençage jointe à l’approche phénotypique classique était cruciale pour
l’identification des coelomycètes ; le traitement chirurgical doit être proposé pour des lésions uniques

25
Bretagne S, Renaudat C, Desnos-Ollivier M, Sitbon K, Lortholary O, Dromer F; French Mycosis Study Group.
Predisposing factors and outcome of uncommon yeast species-related fungaemia based on an exhaustive surveillance
programme (2002-14). J Antimicrob Chemother. 2017 Mar 5. doi: 10.1093/jac/dkx045. [Epub ahead of print]

39
et les nouveaux triazolés doivent être proposés en cas de lésions extensives en particulier chez des
immunodéprimés26.

Les publications et communications en lien avec les activités du CNR

Invitations dans des congrès internationaux
• 7th Advances Against Aspergillosis (AAA-7), 3-5 March 2016, Manchester, UK: “Performance
evaluation of multiplex PCR including Aspergillus – not so simple!” (S. Bretagne)
• 25th ECCMID, April 2016, Copenhagen, Danmark:
- “Analysis of 306 episodes of yeast fungemia due to uncommon species uncovered important
variations between species, predisposing factors, and outcome” (S. Bretagne)
- “Fungal infections: diagnosis and management”; “Identification of Mucorales in human
tissues: major contribution of PCR electrospray ionization mass spectrometry” (A. Alanio)
- “Underlying solid tumor or hematological malignancy impacts characteristics of candidemia:
a prospective study involving 3417 patients over 12 years” (O. Lortholary)
• 26th ECCMID, April 2016, Amsterdam, Pays-Bas: “Clinical Mycology Master Class” (A. Alanio)
• 3rd Asian Continuing antifungal research & education meeting, Singapore, 7-8 May 2016
(Organisateur : O. Lortholary)
• 3rd Asian Continuing antifungal research & education » meeting, Singapore, 7-8 May 2016:
“Treatment of IFD in hematology patients; Breakthrough IFD in hematology : what should I do?”
(O. Lortholary)
• “IFD in solid organ transplant recipients”, Kaohsiung, Tainan and Taipei, Taiwan May 2016 (O.
Lortholary)
• ASM Microbe Congress, Boston MA, USA, 16-20 June 2016:
- “Emerging infections in HSCT: molds other than Aspergillus and Mucorales” (O. Lortholary)
- Non aspergillus non mucorales mold infections in all HSCT” (A. Alanio)
- “Who Paves the Way for Fungi: Genes or Doctors?” (F. Lanternier)
• I-Nine, Paris 2016: “Invasive fungal infections, antifungal agents and mortality in patients with
hematological malignancies” (F. Lanternier)
• CARE, Munich 2016: “Aspergillosis” (F. Lanternier), Diagnosis of Pneumocystis jireovecii
infections (A. Alanio)
• 9th European Continuing antifungal research & education meeting, Munich, November 2016. «
IFD: working together to meet today’s challenges » (Organisateur : O. Lortholary)
• Transplant Infectious Diseases Society, Brnö, Czech Republic, November 2016: “IFD in solid
organ transplant recipients” (O. Lortholary)
• 27th ECCMID (Avril 2017, Vienna). Mitochondrial Pneumocystis jirovecii gene expression: a
promising tool for diagnosis (A. Alanio)
• 43th EBMT (26-29 Mars 2017, Marseille). Molecular demonstration of a pneumocystis outbreak in
the stem cell transplant patients: Evidence for transmission in the daycare center. (A. Alanio)
• 2nd Duden Conference - 1st ISHAM/ECMM Meeting (Janvier 2017, Nijmegen, The Netherlands):
How to do surveillance and measure prevalence of resistance in Aspergillus fumigatus (A. Alanio)

Congrès nationaux
• Les infections fongiques pour les internistes, Hôpital Georges Pompidou, Février 2016 (O.
Lortholary)
• Striking differences in predisposing factors and outcome of uncommon yeast species-related
fungaemia based on a cohort study (2002-2014). Congrès SFP/SFMM, Grenoble, France, 23-25
March 2016 (S. Bretagne)
• Soirée des internes d’hématologie, 2016 « Mucormycoses » (F. Lanternier)
26
Guegan S, Lanternier F, Rouzaud C, Dupin N, Lortholary O. Fungal skin and soft tissue infections. Curr Opin Infect Dis.
2016; 29:124-30.

40
• Candidose chronique disséminée : internes d’hématologie français, Paris, Avril 2016 (O.
Lortholary)
• Groupe Français des Myélodysplasies, Grenoble Mai 2016: « Prévention des infections chez les
patients avec myélodysplasie » (O. Lortholary)
• Atelier FLI/IDMIT "Imagerie de l'infection et de l'inflammation", Institut Pasteur, Paris 2016 :
« PET scanner et infections fongiques » (F. Lanternier)
• FungiLead (13 octobre 2016, Paris). Épidémies d’IFI : les nouvelles générations de séquenc age à la
rescousse (A. Alanio)
• Quart d’heure Pasteur. Institut Pasteur, Paris 2016 : « Infections fongiques » (F. Lanternier)
• Journées Nationales d’Infectiologie, Lille, 7 juin 2016 : « Nouveaux apports thérapeutiques
antifongiques » (O. Lortholary)
• Congrès de la Société Française de Mycologie Médicale (Grenoble, 2016)
o Utilisation de la digital PCR pour quantifier le nombre de copies d’ADN ribosomal 28S
d’Aspergillus fumigatus : impact pour le diagnostic clinique (A. Alanio)
o European study on Pneumocystis jirovecii short tandem repeats genotyping reveals wide
population diversity with geographic specificities (A. Alanio)
• Congrès de la Société Française de Microbiologie (Paris, 2016)
o Epidémie de mucormycose dans un centre de traitement des brulés : des biomarkers
diagnostics au séquençage complet des souches (A. Alanio)
o Utilisation de la PCR digitale pour quantifier le nombre de copies d’ADN ribosomale 28S
d’Aspergillus fumigatus : Impact pour le diagnostic (A. Alanio)
• Infections fongiques émergentes Séminaire plein air en Vienne, Poitiers 2016 (F. Lanternier)
• Principaux pathogènes fongiques, antifongiques et résistance, Groupe de Pathologie Infectieuse
Pédiatrique, 10 juin 2016, Paris (O. Lortholary)
• Table ronde sur les mucormycoses Fungilead. Paris, Octobre 2016 (F. Lanternier)
• Société de Réanimation de Langue Française SRLF, Paris 2016 « Infections fongiques
émergentes » (F. Lanternier)
• RICAI, Paris 12-13 décembre 2016 :
o « Infections fongiques cutanées chez le transplanté » (F. Lanternier)
o « Dosage des antifongiques: pour qui, pourquoi? » (O. Lortholary)
• Société Française de Mycologie Médicale (mars 2017, Toulouse) : "Taxonomie et Sensibilité
antifongique des complexes d’espèces : Que faut-il retenir ?" conférence invitée Dea Garcia-
Hermoso – Marie Desnos-Ollivier
• Les Infections fongiques en pédiatrie (24 février 2017, Paris). La PCR Mucorales. (A. Alanio)
• Quel azolé utiliser en 2017 dans l’aspergillose invasive . JNI 2017 (F. Lanternier)
• Où en est-on des bithérapies ? Journée du RésO-InfectiO-PACA-Est (F. Lanternier)
• Médicaments immunosuppresseurs et risque infectieux. SFAR 2017 (F. Lanternier)

Publications nationales
1. Aguilar C, Jullien V, Alanio A, Bretagne S, Frange P, lanternier F, et al. Antifongiques. EMC
(Elsevier Masson SAS, Paris). 2016.
2. Robin C, Padoin C, Alanio A, Cordonnier C. Les antifongiques azolés antifilamenteux :
indications et modalités de suivi thérapeutique. Hématologie. 2016 1;22(6):406–20.
Publications internationales
2016
1. Alanio A, Hauser PM, Lagrou K, Melchers W, Helweg-Larsen J, Matos O, Cesaro S,
Maschmeyer G, Einsele H, Donnelly JP, Cordonnier C, Maertens J, Bretagne S, on behalf of the
5th European Conference on Infections in Leukemia (ECIL-5), a joint venture of The European
Group for Blood and Marrow Transplantation (EBMT), The European Organization for Research

41
 and Treatment of Cancer (EORTC), the International Immunocompromised Host Society (ICHS)
and The European LeukemiaNet (ELN). ECIL guidelines for treatment of Pneumocystis jirovecii
pneumonia in patients with haematological malignancies and stem cell transplant recipients. J
Antimicrob Chemother. 2016 ; 71(9):2386-96.
2. Alanio A, Sturny-Leclère A, Benabou M, Guigue N, Bretagne S. Variation in copy number of the
28S rDNA of Aspergillus fumigatus measured by droplet digital PCR and analog quantitative
real-time PCR. J Microbiol Methods. 2016;127:160-163
3. Alanio A, Gits-Muselli M, Mercier-Delarue S, Dromer F, Bretagne S. Diversity of Pneumocystis
jirovecii during Infection Revealed by Ultra-Deep Pyrosequencing.Front Microbiol. 2016;7:733.
4. Alanio A, Denis B, Hamane S, Raffoux E, Peffault de Latour R, Menotti J, Amorim S, Touratier
S, Bergeron A, Bretagne S. Azole Resistance of Aspergillus fumigatus in Immunocompromised
Patients with Invasive Aspergillosis. Emerg Infect Dis. 2016;22(1):157-8
5. Alanio A, Denis B, Hamane S, Raffoux E, Peffault de la Tour R, Touratier S, Bergeron A,
Bretagne S. New therapeutic strategies for invasive aspergillosis in the era of azole resistance:
how should the prevalence of azole resistance be defined? J Antimicrob Chemother 2016;
71:2075–2078.
6. Alanio A, Sturny-Leclère A, Benabou M, Guigue N, Bretagne S. Variation in copy number of the
28S rDNA of Aspergillus fumigatus measured by droplet digital PCR and analog quantitative
real-time PCR. J Microbiol Methods 2016; 127:160–163.
7. Alanio A, Hauser PM, Lagrou K, Melchers WJG, Helweg-Larsen J, Matos O, Cesaro S,
Maschmeyer G, Einsele H, Donnelly JP, Cordonnier C, Maertens J, Bretagne S, 5th European
Conference on Infections in Leukemia (ECIL-5), a joint venture of The European Group for
Blood and Marrow Transplantation (EBMT), The European Organization for Research and
Treatment of Cancer (EORTC), the Immunocompromised Host Society (ICHS) and The
European LeukemiaNet (ELN). ECIL guidelines for the diagnosis of Pneumocystis jirovecii
pneumonia in patients with haematological malignancies and stem cell transplant recipients. J
Antimicrob Chemother 2016; 71:2386–2396.
8. Angebault C, Lanternier F, Dalle F, Schrimpf C, Roupie A-L, Dupuis A, Agathine A, Scemla A,
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L, Dipineto L, Rickerts V, McCormick-Smith I, Akcaglar S, Tore O, Mlinaric-Missoni E, Bertout
S, Mallié M, Martins Mda L, Vencà AC, Vieira ML, Sampaio AC, Pereira C, Griseo G, Romeo
O, Ranque S, Al-Yasiri MH, Kaya M, Cerikcioglu N, Marchese A, Vezzulli L, Ilkit M, Desnos-
Ollivier M, Pasquale V, Korem M, Polacheck I, Scopa A, Meyer W, Ferreira-Paim K, Hagen F,
Theelen B, Boekhout T, Lockhart SR, Tintelnot K, Tortorano AM, Dromer F, Varma A, Kwon-
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42
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2017
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3. Cordonnier C, Alanio A, Cesaro S, Maschmeyer G, Einsele H, Donnelly JP, Hauser PM, Lagrou
K, Melchers WJG, Helweg-Larsen J, Matos O, Bretagne S, Maertens J, a joint venture of The
European Group for Blood and Marrow Transplantation (EBMT), The European Organization for
Research and Treatment of Cancer (EORTC), the Immunocompromised Host Society (ICHS) and
The European LeukemiaNet (ELN), Fifth European Conference on Infections in Leukemia
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5. Kwon-Chung KJ, Bennett JE, Wickes BL, Meyer W, Cuomo CA, Wollenburg KR, Bicanic TA,
Castañeda E, Chang YC, Chen J, Cogliati M, Dromer F, Ellis D, Filler SG, Fisher MC, Harrison
TS, Holland SM, Kohno S, Kronstad JW, Lazera M, Levitz SM, Lionakis MS, May RC,
Ngamskulrongroj P, Pappas PG, Perfect JR, Rickerts V, Sorrell TC, Walsh TJ, Williamson PR,
Xu J, Zelazny AM, Casadevall A. The Case for Adopting the “Species Complex” Nomenclature
for the Etiologic Agents of Cryptococcosis. mSphere2017; 2:e00357–16–7
6. Lortholary O, Renaudat C, Desnos-Ollivier M, Sitbon K, Bretagne S, Dromer F, French Mycoses
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Intensive Care Med 2017 doi: 10.1007/s00134-017-4743-y. [Epub ahead of print]
7. Taj-Aldeen SJ, Gamaletsou MN, Rammaert B, Sipsas NV, Zeller V, Roilides E, Kontoyiannis DP,
Henry M, Petraitis V, Moriyama B, Denning DW, Lortholary O, Walsh TJ, International
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challenging osteoarticular mycosis of the twenty-first century. Med Mycol 2017 (in press)
8. Montravers P, Perrigault PF, Timsit JF, Mira J-P, Lortholary O, Leroy O, Gangneux JP, Guillemot
D, Bensoussan C, Bailly S, Azoulay E, Constantin JM, Dupont H, AmarCAND2 Study Group.
Antifungal therapy for patients with proven or suspected Candida peritonitis: Amarcand2, a
prospective cohort study in French intensive care units. Clin Microbiol Infect 2017; 23:117.e1–
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9. Toussaint B, Lanternier F, Woloch C, Fournier D, Launay M, Billaud E, Dannaoui E, Lortholary
O, Jullien V. An ultra performance liquid chromatography-tandem mass spectrometry method for
the therapeutic drug monitoring of isavuconazole and seven other antifungal compounds in plasma
samples. J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci. 2017 ;1046:26-33.
Chapitre de livre – publications didactiques
1. Alanio A, Bretagne S. Performance evaluation of multiplex PCR including Aspergillus-not so
simple! Med Mycol 2017;55:56–62.
2. Alanio A, Bretagne S. Challenges in microbiological diagnosis of invasive Aspergillus
infections. F1000Res. 2017 17;6:157–10.
3. Garcia-Hermoso D, Desnos-Ollivier M, Bretagne S. Typing Candida Species Using Microsatellite
Length Polymorphism and Multilocus Sequence Typing. In Candida Species: Methods and
Protocols, Methods in Molecular Biology, R. Calderone and R. Cihlar (eds.), vol. 1356, pp. 199-
214. DOI 10.1007/978-1-4939-3052-4_15, © Springer Science+Business Media New York 2016
4. Rouzaud C, Hay R, Chosidow O, Dupin N, Puel A, Lortholary O, Lanternier F. Severe
Dermatophytosis and Acquired or InnateImmunodeficiency: A Review. J. Fungi 2016, 2(1), 4;
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5. Rouzaud C, Lanternier F, Puel A. Primary immunodeficiencies and dermatophytosis.
Immunogenetics of Fungal Diseases. Pr Carvalho. In press. Ed Springer. In press

7 Coopération avec les laboratoires de santé animale, d’hygiène

alimentaire, environnementaux
RAS

8 Programme d’activité pour les années suivantes

Le programme d'activité du CNRMA est en continuité avec celui de l'année qui vient de s'écouler. Les
techniques d'identification et de typage seront développées en fonction des isolats envoyés et des
questions qui se poseront (épidémie, cas groupés, nouveau pathogène). Notre objectif est de
développer les techniques de typage à partir des données de NGS en commençant par les espèces à
l'origine de cas groupés ou apparemment groupés.

45
9 Annexe 1 : Missions & organisation du CNR
Rappel des missions et objectifs majeurs du CNR et des laboratoires associés
Le nouveau cahier des charges du CNR Mycoses invasives et Antifongiques (CNRMA) comprend
l'expertise mycologique sur les champignons responsables de mycoses invasives incluant les
pneumocystoses, la surveillance épidémiologique de toutes les mycoses invasives incluant les
pneumocystoses et la participation aux alertes et activité de conseils. Le champ des missions du
CNRMA ne couvre plus les mycoses animales, mais s'est donc étendu aux pneumocystoses.

L’activité d’expertise comprend l'identification phénotypique et génotypique des isolats de

champignons filamenteux et de levures, avec détermination de leur sensibilité à tous les antifongiques
systémiques utilisables, détection reproductible des isolats de moindre sensibilité ou résistants et
recherche de mutations dans les gènes avec mise en collection de tous les isolats. Le génotypage de
certaines levures fait appel à plusieurs méthodes suivant les espèces (MLST et marqueurs
microsatellites essentiellement) réalisé en fonction des questions posées (investigations
épidémiologiques, caractérisation d’isolats résistants).

L'activité de conseil pour la prise en charge diagnostique et/ou thérapeutique de patients suspects ou
atteints de mycoses invasives est importante et croit régulièrement avec des sollicitations quotidiennes.
Tout clinicien ou microbiologiste/mycologue peut solliciter l’expertise du CNRMA.

En ce qui concerne l’activité de surveillance, la diversité des genres et espèces fongiques en cause et
la complexité des pathologies engendrées et des populations à risque compliquent le recueil des
données. Nous continuons donc la surveillance passive de toutes les mycoses invasives, mais avons en
plus développé, dès le début du nouveau mandat, une surveillance active grâce à des centres
collaborateurs (CC-CNRMA) qui forment le RESeau de Surveillance des Infections Fongiques
invasives (RESSIF) dont l'objectif est l’exhaustivité de déclarations aussi bien des pathogènes
fongiques rares que fréquents. Cette surveillance active est microbiologique et épidémiologique.

Description détaillée de l’équipe :

Le CNRMA est situé au sein de l'unité de Mycologie Moléculaire de l'Institut Pasteur. Il n’a pas de
laboratoire associé. La diversité des missions du CNRMA et des genres/espèces pathogènes nous a
conduit à une organisation dans laquelle les “équipes” composées d’un ingénieur et d’un technicien
associés à au moins l’un des responsables ou collaborateurs du CNR se spécialisent dans certaines
thématiques (expertise sur les filamenteux, les levures, la détermination de la sensibilité aux
antifongiques, génotypage, mise au point de techniques d’identification ou de typage, surveillance,
…). La continuité de l’expertise globale est bien sûr assurée en cas d’absence de l'un des membres de
l'équipe. La composition de l’équipe et l’organisation fonctionnelle du CNRMA sont décrites ci-
dessous (Tableau 10). Il faut ici noter que certaines activités se font en dehors de l’unité de mycologie
moléculaire, soit sur le campus de l’Institut Pasteur (expertise anatomopathologique), soit dans les
services des collaborateurs et adjoints hospitalo-universitaires (Figure 26).

46
Tableau 10 : Composition de l'équipe du CNRMA en 2016
Nom Fonction ETP Qualification/statut Organisme payeur

Collaborateur Docteur en médecine, Thèse d'université, AP-HP / Université

Alexandre Alanio 10%
scientifique MCU-PH Hôpital Saint Louis Paris Diderot P7
Anne Boullié Technicienne 100% BTS / Technicien supérieur de laboratoire Institut Pasteur
Reine Bouyssié Assistante 40% Secrétaire de Direction Institut Pasteur
Docteur en Médecine, Thèse d'université / AP-HP / Paris Diderot
Stéphane Bretagne Directeur Adjoint 20%
PUPH Hôpital Saint Louis P7
Collaborateur
Marie Desnos-Ollivier 100% Thèse d'université / Ingénieur Institut Pasteur
technique/scientifique
Docteur en Médecine, Thèse d'université /
Françoise Dromer Directeur du CNRMA 40% Institut Pasteur
Professeur Institut Pasteur
Collaborateur
Dea Garcia-Hermoso 100% Thèse d'université / Ingénieur Institut Pasteur
technique/scientifique
Cécile Gautier Technicienne 100% BTS / Technicien supérieur de laboratoire Institut Pasteur
Docteur en médecine, Thèse d'université, AP-HP / Paris
Fanny Lanternier Collaborateur clinicien 20%
MCU-PH Hôpital Necker-Enfants Malades Descartes P5
Docteur en Médecine, Thèse d'université / AP-HP / Paris
Olivier Lortholary Directeur Adjoint 20%
PUPH Hôpital Necker-Enfants Malades Descartes P5
Médecin d'Etudes Docteur en Médecine / Cadre Administratif
Karine Sitbon 50% Institut Pasteur
Cliniques et Technique

Françoise Dromer
Responsable Reine Bouyssié Institut Pasteur Institut Pasteur
Assistante
Mycologie Moléculaire Histopathologie Humaine
Expertise mycologique et Modèles Animaux
Stéphane Bretagne Alexandre Alanio Conseil (F. Chrétien, G. Jouvion)
Olivier Lortholary Fanny Lanternier
Surveillance Expertise mycologique
Adjoints Collaborateurs Alerte (Anatomopathologique)

Karine Sitbon
Médecin d’études cliniques

Hôpital Saint-Louis Hôpital Necker-Enfants

Marie Desnos-Ollivier Service de Parasitologie- Malades
Dea Garcia-Hermoso
Mycologie Service de maladies
Ingénieurs (S. Bretagne, A. Alanio) Infectieuses et Tropicales
Expertise mycologique (O. Lortholary, F. Lanternier)
Anne Boullié
Cécile Gautier Conseil Conseil
Techniciens supérieurs

Figure 26 : Organigramme fonctionnel du CNRMA en 2016

47
 Description détaillée des locaux et de l’équipement
Des locaux, entièrement rénovés en 2014, ont été attribués à l’unité de mycologie moléculaire
(recherche) dans le bâtiment Duclaux (rez de chaussée haut, l’aile Fourneau) au 28 rue du Dr. Roux
(Figure 27). Ils comprennent :
2
- Des locaux dédiés au CNR : un grand laboratoire P2 et un laboratoire P2+ (total 65m ), 4
bureaux séparés pour les responsables et collaborateurs, 4 espaces bureaux partagés avec
d’autres membres de l’unité pour les autres membres du CNRMA et des placards fermés à
clés pour les dossiers du CNR, 1 bureau partagé pour le secrétariat avec le CNR Listeria et
l’unité de recherche correspondante.
- Des locaux partagés avec le CNR Listeria au même étage : pièce PCR, pièce d’incubateurs,
pièce de pesée, chambre froide, pièce de congélateurs à -80°C
- Des locaux partagés avec d’autres structures impliquées dans le diagnostic (CIBU, les CNRs
Bordetella et Corynébactéries) et respectant la « marche en avant », situés à l’étage inférieur
du même bâtiment.

Figure 27 : Locaux du CNRMA

Les équipements principaux propres comprennent :

- PSM2 et incubateurs à CO2, hottes chimiques
- Thermocycleurs (iCycler de Bio-Rad et LCR480 de Roche)
- MagNAlyser
- Extracteur semi-automatique KingFisher
- QUBit (fluoromètre pour quantification d’ADN, ARN et protéines)
- Caméras numériques, appareil photo Reflex
- Lecteur ELISA
- Microscopes : optiques, contraste interférentiel, inversé, à épifluorescence
- Loupe binoculaire
- Ordinateurs
- Container d'azote
- Congélateurs à -20°C, à -80°C et réfrigérateurs
- Etuves et incubateurs agités et non agités
- Enceinte illuminée Memmert
- Bioscreen
- Cytométrie en flux (appareil partagé)

Certains appareils sont mutualisés avec l’unité de Biologie des Infections / CNR Listeria :
- Multitron Pro - INFORS
- G:Box Syngène

48
Les logiciels suivants sont utilisés pour l’édition des séquences, la construction des arbres
(Sequencher, Geneious, Bionumerics, MEGA) et GeneMapper (logiciel partagé) pour l’analyse des
microsatellites. Les bases de données sont gérées par les logiciels Lagon et VOOZANOO
(EpiConcept).
Par ailleurs, le CNRMA utilise un laboratoire de type P3+ dès lors qu’un isolat est annoncé comme ou
suspect d’être un pathogène de classe 3. Le séquençage de routine est assuré par la plateforme
Eurofins. Le CNRMA bénéficie des "services" disponibles sur le campus de l'Institut Pasteur au sein
de la Coordination des Centres Nationaux de Référence (CCR), des animaleries A2 et A3, la
plateforme milieu de l’Institut Pasteur (préparation des tampons et milieux) et de la plateforme de
microbiologie mutualisée (P2M) pour le séquençage génome entier. Un biotyper Bruker MALDI-TOF
y est également disponible. En cas d’urgence, le séquençage est assuré par la CIBU (ABIPrism 3600).

Description de la démarche qualité du laboratoire :

Historique de la démarche qualité à l’Institut Pasteur
En 1996, les Centres Nationaux de Référence (CNR) de l’Institut Pasteur ont entrepris une démarche
qualité pour suivre le Guide de Bonne Exécution des Analyse en Biologie Médicale (GBEA) et, depuis
2008, dans le cadre des inspections de l’Agence nationale de sécurité du médicament et des produits
de santé (ANSM), les exigences des arrêtés du 30 juillet 2004 et du 16 juillet 2007 liés aux Micro-
Organismes et Toxines (MOT).
Projet ISO 15189 du Laboratoire de Référence et d’Expertise Multisite (LREMS) de l’Institut Pasteur
Ce projet s’inscrit dans l’objectif de répondre à l’ordonnance du 13 janvier 2010 et à la loi du 31 mai
2013 relative aux activités de biologie médicale. Les Centres Nationaux de Référence et d’Expertise
de l’Institut Pasteur et la Cellule d’Intervention Biologique d’Urgence (CIBU) sont organisés en
Multisite et constituent le LREMS.
Le projet accréditation ISO 15189 de l’Institut Pasteur est une démarche dynamique pilotée par :
• la Direction aux Ressources Techniques et à l’Environnement et son Service Qualité,
Environnement et Développement Durable (QEDD) qui apporte ses ressources et son
expertise dans l’accompagnement du projet d’accréditation ISO 15189 du LREMS ;
• la direction des Affaires médicales et de Santé Publique ;
• et la Coordination des Centres Nationaux de Référence de l’Institut Pasteur.
Les services supports de l’Institut Pasteur participent également à la démarche d’accréditation du
LREMS en apportant les ressources nécessaires au bon déroulement des activités.

Actions d’importance 2016 conduites auprès des CNR de l’Institut Pasteur à Paris et Lyon
• Janvier à Mars 2016 : réalisation des revues qualité des CNR.
• 1er Avril 2016 : demande d’extension d’accréditation pour les CNR des Papillomavirus, E.
Coli, Salmonelles, Shigelles et Vibrions Cholera (en attente de la notification de réception du
dossier).
• Mai 2016 : notification par le COFRAC du renouvellement de l’accréditation du LREMS
(Mycoses invasives et antifongiques ainsi que CIBU, Anaérobies, Coqueluche et autres
bordetelloses, Corynébactéries du complexe Diphtheriae, Hantavirus, Fièvres Hémorragiques
Virales Virus Influenzae, Leptospirose, Listeria, Méningocoques, Peste et autres yersinioses,
Rage). Attestation d’accréditation disponible sur https://www.cofrac.fr/annexes/sect8/8-2588.pdf
• 23 Mai 2016 : revue de direction du LREMS.
• Juin-Juillet 2016 et septembre-octobre 2016 : audits internes technique et qualité.
• 4ème trimestre 2016 : article dans la revue Compétences du COFRAC concernant
l’accréditation des CNR de l’Institut Pasteur avec un focus sur le CNR des Fièvres
Hémorragiques Virales.

49
 • Octobre 2016 : report de l’audit de surveillance COFRAC en Janvier 2017.
Perspectives 2017
• Janvier à Mars 2017 : réalisation des revues qualité des CNR.
• 16 au 20 janvier 2017 : audit de surveillance COFRAC ; les conclusions de l’audit de
surveillance de Janvier 2017 ont été positives, le rapport d’évaluation indique que les
évaluateurs accordent leur confiance au LREMS.
• Avant le 22 mai 2017 : revue de direction du LREMS.
• Juin-Juillet 2017 et septembre-octobre 2017 : audits internes technique et qualité.
• Septembre 2017 : organisation de groupes de travail technique pour les prochains projets de
validation de méthodes et finalisation des dossiers de validation de méthode pour une
demande d’extension prochaine.
• Courant 2017 : ajout de nouvelles méthodes dans le périmètre d’accréditation, pour les CNR
ayant déjà des techniques accréditées sous la même portée d’accréditation.
• Fin 2017-début 2018 : audit de surveillance et/ou d’extension du LREMS.

Le CNRMA a été accrédité selon la norme NF EN ISO 15189 en mars 2015. La portée d’accréditation
est visible sur le site du COFRAC (https://www.cofrac.fr/annexes/sect8/8-2588.pdf). Le CNR poursuit
l’extension du périmètre d’accréditation selon les conditions imposées par la Loi du 30 mai 2013
(2013-442).

10 Annexe 2 : Capacités techniques du CNR

Liste des techniques de référence: diagnostic/identification, typage, évaluation de la
sensibilité aux anti-infectieux :
Techniques pour le diagnostic, l’identification et l’évaluation de la sensibilité aux antifongiques
ü Identification phénotypique complète des levures et des champignons filamenteux avec
assimilation des sucres, profils protéiques par spectrométrie de masse, fermentation de
certains sucres, croissance sur milieux spéciaux, réalisation de cultures "3 points", de cultures
sur lames, détermination des vitesses et des températures maximales de croissance …
ü Détermination de la sensibilité aux antifongiques par une technique en milieu liquide
standardisée par le comité européen (EUCAST)27,28. Les antifongiques testés sont le
fluconazole (Triflucan®), l'itraconazole (Sporanox®), la 5-fluorocytosine (Ancotil®),
l'amphotéricine B (Fungizone®), le voriconazole (V-fend®), le posaconazole (Noxafil®),
l’isavuconazole (Cresemba®), la terbinafine (Lamisil®), la caspofungine (Cancidas®), la
micafungine (Mycamine®) et l’anidulafungine (non commercialisée en France).
ü Identification des isolats d’espèces communes de champignons par MALDI-TOF
ü Extraction d'ADN pour les levures et les champignons filamenteux selon des protocoles
optimisés.
ü Séquençage nucléotidique des régions ITS et de la région variable de la grande sous-unité 28S
de l’ADN ribosomique pour l’identification moléculaire de tous les champignons, et, pour
certaines espèces, séquençage d’autres loci (voir plus loin).

27
EUCAST Definitive Document EDef 7.1: method for the determination of broth dilution MICs of antifungal agents for
fermentative yeasts. Clin Microbiol Infect. 2008; 14:398-405.
28
EUCAST Technical Note on the method for the determination of broth dilution minimum inhibitory concentrations of
antifungal agents for conidia–forming moulds. Clin Microbiol Infect. 2008; 14:982

50
 ü Identification de Candida dubliniensis par PCR duplex en utilisant les amorces spécifiques
d'une partie du gène de l'actine 29 et les amorces universelles ITS1/ITS4 (technique accréditée
COFRAC selon la norme 15189).
ü Diagnostic anatomopathologique / immuno-histochimie
ü Diagnostic moléculaire sur tissus/échantillons frais, congelés ou fixés
ü Détection des mutations dans le gène Cyp51A pour les isolats d'Aspergillus fumigatus
résistants aux antifongiques azolés30
ü Détection des mutations dans les gènes Fks pour les isolats de Candida albicans, C. glabrata,
C. tropicalis, C. krusei, C. lusitaniae résistants aux échinocandines.
Techniques mises en place en 2016
- Ajout de nouvelles cibles pour l’identification de diverses espèces de levures et de champignons
filamenteux
- Mise au point d’une PCR quantitative permettant l’identification en urgence de Geotrichum spp.
(G. candidum, M. capitatum, S. clavata) et du clone épidémique de 2012

Liste des marqueurs épidémiologiques disponibles

• Pour C. albicans, 5 séquences microsatellites (CDC3, HIS3, EF3, STPK, CDR1) 31,32, et les 7 loci
MLST (AAT1a, ACC1, ADP1, MPIb, SYA1, VPS13, ZWF1)33
• Pour C. glabrata, 5 séquences microsatellites (RPM2, MTI, ERG, Cg4, Cg6)34

• Pour C. parapsilosis, 3 séquences microsatellites (CP1, CP4, CP6)35

• Pour Aspergillus fumigatus, 4 séquences microsatellites A, B, C et D36

• Pour C. tropicalis, 6 loci MLST (MDR1, XYR1, SAPT4, SAPT2, ZWF1a, ICL1)37, et 2 séquences
microsatellites (URA3 et CT14) 38
• Pour Cr. neoformans, sérotypage (cytométrie en flux à l’aide d’un anticorps monoclonal anti-
polyoside capsulaire39 et PCR spécifiques (Pak1 et Gpa1)), détermination de la ploïdie (cytométrie
en flux), et typage par la technique MLST (7 loci : CAP59, URA5, LAC1, IGS1, GPD1, PLB1 et
SOD140)
• Pour Candida krusei, 6 loci MLST (ADE2, LYS2, HIS3, LEU2, TRP1 et MPD1)41

29
Donnelly SM, et al. Phylogenetic analysis and rapid identification of Candida dubliniensis based on analysis of ACT1
intron and exon sequences. Microbiology. 1999; 45:1871-1882.
30
Mellado E, et al. Identification of two different 14-alpha sterol demethylase-related genes (cyp51A and cyp51B) in
Aspergillus fumigatus and other Aspergillus species. J Clin Microbiol. 2001; 39:2431 (erratum p4225).
31
Foulet F, et al. Microsatellite markers as a typing system for Candida glabrata. J Clin Microbiol. 2005; 43:4574-9.
32
Stephan F, et al. Molecular diversity and routes of colonization of Candida albicans in a surgical intensive care unit, as
studied using microsatellite markers. Clin Infect Dis. 2002; 35:1477-83.
33
Bougnoux ME, et al. Collaborative consensus for optimized multilocus sequence typing of Candida albicans. J Clin
Microbiol. 2003; 41:5265
34
Foulet F, et al. Microsatellite marker analysis as a typing system for Candida glabrata. J Clin Microbiol. 2005;43:4574
35
Irinyi L, et al. ISHAM-ITS reference DNA barcoding database - the quality controlled standard tool for routine
identification of human and animal pathogenic fungi. Med Mycol.
36
Bart-Delabesse E, et al. Microsatellite markers for typing Aspergillus fumigatus isolates. J Clin Microbiol 1998;36:2413
37
Tavanti A, et al. Multilocus sequence typing for differentiation of strains of Candida tropicalis. J Clin Microbiol. 2005; 43:
5593-600.
38
Desnos-Ollivier M, et al. Clonal population of flucytosine-resistant Candida tropicalis from blood cultures, Paris, France.
Emerg Infect Dis. 2008; 14:557
39
Dromer F, et al. Serotyping of Cryptococcus neoformans by using a monoclonal antibody specific for capsular
polysaccharide. J Clin Microbiol. 1993; 31:359.
40
Meyer W, et al. Consensus multi-locus sequence typing scheme for Cryptococcus neoformans and Cryptococcus gattii.
Med Mycol. 2009; 47:561
41
Jacobsen MD, et al. Strain Typing and Determination of Population Structure of Candida krusei by Multilocus Sequence
Typing. J Clin Microbiol. 2007; 45:317

51
• Pour Cryptococcus gattii, 7 loci MLST (IGS1, CAP59, URA5, PLB1, GPD1, SOD1, LAC1)42
• Comparaison de souches de champignons responsables d’épidémies/cas groupés par séquençage
génome entier et développement de techniques de typage / d’identification du clone épidémique
éventuel.

Collections de souches, antigènes ou immun-sérums de référence :

Collections de levures
Tous les isolats cliniques de levures adressés au CNRMA sont systématiquement conservés après :
ü vérification de la pureté de la souche (pour les levures sur milieu BBL™ CHROMagar™
Candida, BD ou milieu aux graines de Niger pour les souches des Cryptococcus sp.)
ü identification phénotypique par profil d'assimilation des composés carbonés (ID32C, ou
50CH, BioMérieux) avant 2014 et depuis parMALDI-TOF. Pour les levures rares,
détermination de la fermentation du glucose, de la croissance à différentes températures et
sur des milieux spéciaux (nitrate, NaCl 10% NaCl 15%, glucose 50%, acide acétique).
ü extraction de l’ADN
ü en cas d'identification de C. albicans, recherche systématique de l'espèce C. dubliniensis
par PCR duplex
ü en cas d’identification de C. parapsilosis, recherche systématique de C. orthopsilosis et C.
metapsilosis par séquençage des régions ITS43
ü en cas d’identification de Trichosporon sp., séquençage systématique de la région IGS1 de
l’ADN ribosomique44
ü en cas d’identification de Debaryomyces sp. ou de C. lusitaniae, séquençage systématique
d’une partie du gène codant l’actine45
ü en cas d’identification de M. guilliermondii, séquençage systématique d’une partie du
gène RPBI
ü en cas d’identification de C. neoformans détermination du sérotype par amplification de
régions des gènes Gpa1 et Pak1 avec des amorces spécifiques du sérotype A ou D et/ou
séquençage de la région IGS du gène codant l’ARNribosomique
ü détermination de la sensibilité à 8 antifongiques systémiques (amphotéricine B, 5-
fluorocytosine, fluconazole, voriconazole, posaconazole, isavuconazole, caspofungine,
micafungine)
ü en cas de moindre sensibilité à la caspofungine (CMI≥0,5 µg/L), séquençage systématique
partiel des gènes codant la 1,3 beta-glucane synthase pour les isolats de C. albicans,C.
glabrata, C. tropicalis, C. krusei et C. lusitaniae
ü en cas d'espèce non « fréquente » ou de profil MALDI-TOF non valide, séquençage
systématique des régions ITS1 – 5.8S – ITS2 par les couples d'amorces V9D/LS266 et
depuis 2006 de la région D1/D2 de la sous-unité 26S (couple d'amorces NL1/NL4) du
gène codant pour l’ARN ribosomique
ü recherche d'ascospores si c’est pertinent, culture sur lames pour les espèces de
Trichosporon
ü récupération de données cliniques et épidémiologiques.

42
Hagen F, et al. Autochthonous and dormant Cryptococcus gattii infections in Europe. Emerging Infect Dis. 2012; 10:1618
43
Tavanti A, et al. Candida orthopsilosis and Candida metapsilosis spp. nov. to replace Candida parapsilosis groups II and
III. J Clin Microbiol. 2005; 43:284
44
Sugita T, et al. Sequence Analysis of the Ribosomal DNA Intergenic Spacer 1 Regions of Trichosporon Species. J Clin
Microbiol. 2002, 40;1826
45
Martorell P, et al. Sequence-based identification of species belonging to the genus Debaryomyces FEMS Yeast research.
2005; 5:1157

52
 ü Stockage des données physiologiques, des profils de sensibilités aux antifongiques, des
résultats de typage et des séquences nucléotidiques dans la base de données « Institut
Pasteur FungiBank »
La collection du CNRMA comprend ainsi des souches bien caractérisées appartenant à 28 genres et
101 espèces différents (1 à 2878 isolats/espèce) et se répartissant en :

• près de 4750 souches de nombreuses espèces de levures isolées d'hémocultures en région

parisienne depuis octobre 2002 dans le cadre de l'Observatoire des Levures (cf. plus bas), stockées
congelées en glycérol 40% à -80°C, et depuis 2009 en glycérol 20% dans l’azote liquide.
• plus de 2400 souches de levures provenant d'autres sites profonds ou superficiels, stockées
congelées en glycérol 40% à -80°C, et depuis 2009 en glycérol 20% dans l’azote liquide.
• plus de 3000 souches de Cr. neoformans provenant de la surveillance de la cryptococcose en
France depuis 1991. Seules les souches reçues depuis 2001 ont été analysées comme décrit ci-
dessus et stockées congelées. Les souches antérieures étaient initialement stockées dans l'eau
distillée stérile à 4°C, mais ont été progressivement remises en culture et stockées à -80°C et dans
l’azote liquide.
• S'y ajoutent des souches de référence (contrôle de qualité, souches types) importantes pour les
activités d’expertise. Elles proviennent des collections internationales (ATCC, CBS) et sont
conservées à -80°C. Elles ne peuvent être distribuées.
Collection de champignons filamenteux
Tous les isolats cliniques adressés au CNRMA sont systématiquement conservés après :
ü vérification de la pureté de la souche
ü identification phénotypique après culture sur milieux spéciaux, cultures 3 points, cultures
sur lame, détermination de la vitesse de croissance, de la température de croissance
optimale …
ü détermination de la sensibilité à 8 antifongiques systémiques (amphotéricine B,
itraconazole, voriconazole, posaconazole, isavuconazole, caspofungine, micafungine,
terbinafine)
ü extraction de l’ADN
ü séquençage des régions ITS1-5.8S-ITS2 et de la région 28S pour tous les isolats, et de
certains gènes pour des genres spécifiques (cf. plus bas)
ü récupération de données cliniques et épidémiologiques
ü stockage des images numériques dans la base de données gérée par le logiciel ACDSee et
des séquences dans une base de données gérée par le logiciel BioloMics.

La collection comprend des souches appartenant à 92 genres et 335 espèces différents, (1 à 146
isolats/espèce) :
ü près de 2800 souches d'origine clinique, y compris des souches de champignons
dimorphiques stockées en laboratoire P3+ à -80°C
ü auxquelles s'ajoutent des souches de référence ou des souches type provenant de diverses
collections (CBS, ATCC, IP, NRRL) non distribuables.
Les isolats sont stockés à -80°C et dans l’azote liquide.

Les souches cliniques mises en collection au CNRMA sont à la disposition des correspondants qui les
ont envoyées s’ils souhaitent les récupérer ultérieurement. En revanche, l’avis du correspondant
concerné (si le nombre de souches à envoyer est ≤ 5 ou si l’espèce est rare) ou du groupe participant à
l’étude est nécessaire pour les demandes concernant un plus grand nombre de souches, en sachant que

53
dans tous les cas, il peut y avoir des restrictions liées à des problèmes techniques, financiers et/ou
réglementaires.
Collection d'images numériques
Elle comprend des milliers d'images de champignons, essentiellement filamenteux, après
photographies macroscopiques et microscopiques. Les cultures sur lames, l’utilisation de la loupe et
du microscope à contraste interférentiel ont permis d’améliorer considérablement la qualité de
l’iconographie. Les images numériques sont envoyées par courriel à la demande (publication,
enseignement). Toutes les images sont gérées avec le logiciel ACDSee.
Collection d'ADN génomique
L'ADN génomique de tous les isolats de levures et de champignons filamenteux adressés au CNRMA
est systématiquement extrait et conservé à -20°C depuis 2003. Cette collection est utilisée à des fins de
typage ou d'analyse phylogénique par le CNRMA et n’est pas ouverte à des utilisations extérieures.
Base de données de séquences : Institut Pasteur FungiBank
La base de données compilant les données d’identification polyphasique réalisée au CNRMA « Institut
Pasteur FungiBank » (http://fungibank.pasteur.fr/) a été créée en collaboration avec Vincent Robert
(société BioAware) avec le logiciel BioloMICS (Figure 28). Elle est constituée des séquences ADN de
pathogènes fongiques (levures et champignons filamenteux) associés aux données de CMI. Cette base
de données est publique, accessible sans mot de passe pour l’utilisateur. Les centres collaborateurs du
CNRMA peuvent obtenir des paramètres de connexion qui leur donnent accès à davantage
d’information et de séquences.

Figure 28 : Portail de la base de données de séquences Institut Pasteur FungiBank

La principale fonction de IP FungiBank est l’identification « moléculaire » en ligne par les biais de
recherche de similarité basée sur « pairwise alignments ». IP FungiBank a plusieurs atouts par rapport
à d’autres bases de séquences : contrôle de qualité des séquences, mise à jour régulière de la
nomenclature fongique, données associées disponibles telles que la sensibilité aux antifongiques, des
séquences nucléotidiques et protéiques des gènes FKS et CYP51A pour les souches résistantes et des
profils alléliques de certaines souches (C. albicans, C. parapsilosis, C. krusei, C. tropicalis et A.
fumigatus). Les régions séquencées sont choisies en fonction des différents groupes fongiques
rencontrés : le séquençage ITS et 26/28S pour la plupart d’espèces ; factor d’élongation-α ou RPB2
pour Fusarium spp., β-tubuline et/ou calmoduline pour Aspergillus spp. ou IGS pour Trichosporon
spp. et Cryptococcus spp, actine pour Clavispora lusitaniae et Debaryomyces spp.
Les informations disponibles pour chaque isolat comprennent le site et l’année de prélèvement, le nom
de la ville/hôpital, les valeurs de CMI (EUCAST), l’espèce identifiée au CNRMA, la(es) séquence(s)
utilisées pour l’identification, et éventuellement, les données de génotypage et/ou présence/absence de
mutations (résistance aux antifongiques). La base contient actuellement 1572 séquences (ITS, 26S,
IGS, actine, FKS) pour 1490 souches de levures et 1485 séquences (18S, 28S, ITS, calmoduline,

54
actine, β-tubuline, EF1-α, RPB1, RPB2, CYP51A) pour 771 souches de champignons filamenteux. La
base de données est implémentée régulièrement avec les nouvelles données disponibles.
Les curateurs de IP FungiBank sont Marie Desnos-Ollivier pour les levures et Dea Garcia-Hermoso
pour les champignons filamenteux.
Collection de sérums
Les sérums adressés au CNRMA pour la réalisation des sérologies de mycoses exotiques sont
conservés pendant au minimum 3 ans à -20°C. Ils ne sont pas mis à disposition. La collection
d’échantillons biologiques humains a été déclarée au ministère de la recherche (Collection n°12,
déclaration DC-2008-68 renouvelée en 2014).

Liste des techniques (diagnostic/identification, typage, sensibilité aux anti-infectieux...)

recommandées par le CNR
Le CNRMA n'est pas en mesure de tester les réactifs commercialisés dans le domaine de la mycologie
médicale. En revanche, nous pouvons insister sur la difficulté de réalisation et d'interprétation de deux
types de techniques :
Identification des champignons
Nous nous sommes attachés depuis plusieurs années à améliorer l’identification phénotypique des
champignons (ajout de nouveaux milieux, amélioration des images numériques, développement des
cultures sur lame). Cette étape phénotypique est primordiale pour éviter les erreurs d’attribution de
séquences déposées dans les banques publiques (on estime à au moins 20% les erreurs d’identification
dans GenBank, et probablement plus pour les germes rares comme les champignons filamenteux). De
plus, en raison des ambiguïtés non levées par les séquences ITS et 28S de l’ADNr généralement
utilisées en taxonomie, nous avons multiplié, selon les genres étudiés, les gènes cibles et les amorces
pour une identification moléculaire polygénique (Tableau 11).

Tableau 11 : Liste des couples d’amorces utilisés en fonction des genres étudiés
(en plus des régions ITS)
Espèce Gène Amorces
Complexe d’espèces A. fumigatus β-tubuline Btub1F/ Btub2R46
Factor d’élongation (TEF1-α) EF1 / EF247
Complexe d’espèces Fusarium spp
RNA polymerase II (RPB2) 5F2/ 7CR48
Complexe d’espèces
β-tubuline TUB-F/ TUB-R49
Pseudallescheria / Scedosporium
Phaeoacremonium spp β-tubuline T1 /Bt2b50
Coelomycètes Phoma-like β-tubuline TUB2-F / TUB4-R51
Trichosporon spp. IGS1 / ADNr 26SF/5SR44
Debaryomyces spp. actine CA21/CA15R45
Clavispora lusitaniae actine CA16mod/CA552

46
Balajee S, et al. Aspergillus lentulus sp. nov., a new sibling species of A. fumigatus. Eukaryot Cell. 2005; 4:625-32.
47
O'Donnell K. et al. Phylogenetic diversity and microsphere array-based genotyping of human pathogenic Fusaria,
including isolates from the multistate contact lens-associated U.S. keratitis outbreaks of 2005 and 2006. J Clin Microbiol.
2007; 45:2235-48.
48
O'Donnell K, Cigelnik E. Two divergent intragenomic rDNA ITS2 types within a monophyletic lineage of the fungus
Fusarium are nonorthologous. Mol Phylogenet Evol. 1997; 7:103-16.
49
Cruse M, et al. Cryptic species in Stachybotrys chartarum. Mycologia. 2002; 94:814-22.
50
Mostert L, et al. Species of Phaeoacremonium associated with infections in humans and environmental reservoirs in
infected woody plants. J Clin Microbiol. 2005; 43:1752-67.
51
Aveskamp MM, et al. DNA phylogeny reveals polyphyly of Phoma section Peyronellaea and multiple taxonomic
novelties. Mycologia. 2009; 101:363-82.
52
Guzman et al. Phylogenetic analysis of the angiosperm-floricolous insect–yeast ssociation: Have yeast and angiosperm
lineages co-diversified?Molecular Phylogenetics and Evolution 68 (2013) 161–175

55
Le tableau récapitule les principales cibles utilisées et les références correspondantes, sachant que
certains genres nécessitent une analyse multigénique. Il faut aussi savoir que les changements
taxonomiques rendent parfois difficiles les identifications. Il peut être utile pour suivre ces
changements de se référer par exemple au site Index Fungorum (http://www.indexfungorum.org). La
base de données est consultable gratuitement en ligne et fournit la liste des espèces dans chaque genre,
avec pour chacune d'elle le taxon correct, la citation d’auteur, la date et le support de publication, voire
une image de celui-ci, ainsi qu'un rappel de la position de l'espèce dans la classification traditionnelle.
Diagnostic des mycoses endémiques
La sérologie par électro-synérèse a définitivement été abandonnée par le CNRMA en raison de
ses mauvaises performances. Il s'agissait d'une technique "maison" utilisant des réactifs (antigènes et
sérums de référence) commercialisés qui sont de qualité inconstante, obligeant à des mises au point
répétées lors des changements de lot. Par ailleurs, la reproductibilité des résultats, indépendamment de
ces problèmes de réactifs, est très mauvaise. La contribution de la sérologie au diagnostic des mycoses
exotiques est très faible. Ainsi, sur les 3500 sérologies enregistrées dans la base de données du
CNRMA en 9 ans, moins de 8% étaient positives, mais avec de grandes différences en fonction du
contexte clinique (<4% de positivité de la sérologie histoplasmose chez les patients VIH positif vs.
14% chez les sujets séronégatifs pour le VIH par exemple). C'est donc beaucoup plus le contexte
épidémiologique et clinique ainsi que les examens mycologiques (examen direct, histologie, culture et
détection du galactomannane) qui ont permis dans le passé d'établir le diagnostic.
La PCR quantitative pour le diagnostic des mycoses endémique se fait sur échantillons frais ou
fixés en routine au CNRMA / site Saint-Louis. La technique permet la recherche sur le sang ou la
moelle (tube EDTA rempli au maximum). Des lésions cutanées ou des ulcérations buccales peuvent
être prélevées par écouvillonnage, les écouvillons secs ou dans un milieu de préservation peuvent être
alors envoyés. Tout échantillon doit être envoyé à 4°C accompagné d’un mail à cnrma@pasteur.fr ou
d’une fiche de demande d’expertise à :
Dr. A. Alanio/Pr. B. Bretagne.
Laboratoire de Parasitologie- Mycologie
Plot B, 1er étage
Hôpital Saint-Louis
1 avenue Claude Vellefaux
75475 Paris Cedex 10

Détermination de la sensibilité aux antifongiques des isolats de champignons pathogènes

La réalisation et l'interprétation des techniques disponibles ne sont pas évidentes. En effet, les
techniques standardisées en Europe (EUCAST) ou aux Etats-Unis (CLSI) ne sont pas commercialisées
et sont de réalisation difficile en routine. La majorité des techniques commercialisées n'a pas été
validée par rapport aux techniques de référence, et le CNRMA ne peut donc qu'encourager les centres
à utiliser des techniques standardisées et validées, telles les bandelettes E-test. Cependant, la
réalisation pratique demande une certaine habitude (en particulier dans la préparation de l'inoculum, et
pour les champignons filamenteux) et la lecture des résultats n'est pas toujours simple, rendant compte
des différences de résultats en fonction du lecteur, voire du technicien. De plus, l'interprétation des
résultats est difficile car les seuils de sensibilité et de résistance publiés ne s'appliquent qu'à certaines
espèces et certains antifongiques et ne sont valables que pour des isolats testés avec l'une ou l'autre des
techniques de référence (l'interprétation étant différente pour chacune de ces techniques). En pratique,
un laboratoire utilisant les bandelettes E-test ne devrait donc pas rendre un résultat S ou R, mais
seulement interpréter le résultat comme conforme ou aberrant (> 2 dilutions en log2) par rapport à la
base de données dont il dispose pour les isolats de la même espèce testées dans les mêmes conditions
localement.

56
La meilleure solution est toujours de bien identifier l'espèce, car les CMI des isolats sauvages d’une
espèce donnée ont une distribution particulière à l’espèce (Tableau 6, Tableau 7). Il faut donc
considérer qu'en l'absence de pression antifongique, les isolats d'une même espèce ont un profil
sauvage et qu'il est donc, par exemple, inutile de tester une souche de Candida albicans, même isolée
d'une hémoculture, s'il n'y pas eu de pré-exposition à un antifongique. L'alternative en cas d'espèce
rare ou de pression antifongique antérieure, est d'envoyer l'isolat responsable de mycose
invasive au CNRMA accompagné d’une justification de la demande (fiche de demande
d’expertise).
Désinfection des surfaces
La question de l'efficacité du nouvel ANIOS SURFA'SAFE Premium s'est posée pour les
champignons que nous recevons et nous avons donc testé les temps de contact efficaces sur quelques
espèces fréquemment manipulées au CNR. Les espèces choisies représentent un panel représentatif en
termes de classe de risque (1, 2 et 3) et de fréquence de manipulation au CNRMA :
• Pour les principales espèces de levures manipulées au CNRMA, on n'observe aucune
croissance résiduelle après un temps de contact inférieur ou égal à 5 minutes.
• Pour les principales espèces de filamenteux manipulées au CNRMA, on observe une
croissance résiduelle inférieure à 1% après un temps de contact inférieur ou égal à 15 minutes.
• Pour les champignons de classe 3, un temps de contact de 30 minutes, le produit pulvérisé
directement sur la culture de l’agent pathogène fongique de classe 3 (Histoplasma capsulatum,
Coccidioides immitis, Talaromyces marneffei) de façon à recouvrir entièrement la culture est
préconisé pour une décontamination totale. A noter pour l’espèce Cladophialophora bantiana
un temps de contact de 24h est préconisé pour une décontamination totale.
En conclusion, nous préconisons un temps de contact d'au moins 30 min, prolongé sur 24 h pour
Cladophialophora bantiana.

Techniques transférées par le CNRMA

Le CNRMA transfère vers les CC-CNRMA les techniques d'identification moléculaire et en
particulier la technique d’extraction de l’ADN, les amorces53 et paramètres d'amplification utilisées
pour le séquençage des régions ITS de l'ADN ribosomique des levures et champignons filamenteux
(Figure 29). Voici en résumé le protocole d’amplification utilisé pour amplifier ces régions avec les
couples d’amorces V9D/LS266 ou ITS5/LS266.

Amorce Séquence 5’-3’

V9D TTAAgTCCCTgCCCTTTgTA
ITS5 ggAAgTAAAAgTCgTAACAAgg
LS266 gCATTCCCAAACAACTCgACTC

Volume de réaction PCR (50µl ) Conditions PCR (iCycler thermocycler BioRad)

Concentration finale
! 1X tampon PCR (Roche) 95°C 10min
! 2.5mM MgCl2 (Roche) 94°C 30 sec
! 0.25mM dNTP
! 25 pmol de chaque primer 55°C (filamenteux) 30 sec
ou 30 cycles
! 1.25U AmpliTaq DNA polymerase (Roche) 58°C (levures) 30 sec
! 3µl ADN
72°C 30 secs

72°C 10 min

Figure 29 : Protocole d'amplification des régions ITS utilisé au CNRMA

(V9D et ITS5 = amorces sens ; LS266 = amorce antisens)

53
White TJ, et al. Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics. In: Innis MA,
Gelfland DH, Sninsky JJ, White TJ (eds), PCR Protocols. San Diego: Academic.1990; 315.

57
11 Annexe 3 : Liste des collaborateurs du CNRMA

Liste des CC-CNRMA formant RESSIF

CHU d'Amiens représenté par le Dr. Taieb Chouaki
CHU d’Angers représenté par le Dr. Jean-Philippe Bouchara
CHU de Besançon représenté par le Pr. Laurence Millon
CHU de Caen représenté par le Dr. Julie Bonhomme
CHU de Clermont-Ferrand représenté par le Dr. Philippe Poirier
CHU de Guadeloupe représenté par le Dr. Muriel Nicolas
CHU de Guyane représenté par le Pr. M. Demar
Institut Gustave Roussy représenté par le Dr. Elisabeth Chachaty
CHU de Limoges représenté par le Dr. Bernard Bouteille
CHU de Martinique représenté par le Dr. Nicole Desbois
CHU de Nantes représenté par le Dr. Florent Morio
CHU de Nice représenté par le Dr. Martine Gari-Toussaint
CH d’Orléans représenté par le Dr. Didier Poisson
CHU de Paris/Cochin représenté par le Dr. André Paugam
CHU de Paris/Saint Louis représenté par le Pr. Stéphane Bretagne
CHU de Paris/hôpital Necker-Enfants Malades représenté par le Dr. Marie-Elisabeth Bougnoux
CHU de Poitiers représenté par le Dr. Catherine Kauffmann-Lacroix
Hôpital des Quinze-Vingt représenté par le Dr. L. Merabet
CHU de Reims représenté par le Dr. Dominique Toubas
CHU de Rennes représenté par le Pr. Jean-Pierre Gangneux
CHU de Rouen représenté par le Pr. Loïc Favennec
CH de Saint Etienne représenté par le Dr. Hélène Raberin
CH de Strasbourg représenté par le Dr. Valérie Letscher-Bru
CHU de Toulouse représenté par le Dr. Sophie Cassaing
CHU de Tours représenté par le Pr. Jacques Chandenier
CH de Versailles représenté par le Dr. Odile Eloy

Membres du réseau métropolitain

Agen, Laboratoire de Biochimie, Centre Hospitalier
Aix-en-Provence, Laboratoire de Bactériologie-Virologie, Centre Hospitalier Général
Albi, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Alençon, Laboratoire de Microbiologie-Sérologie, Centre Hospitalier
Amiens, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHRU Hôpital Sud et Hôpital Sud
Angers, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier Universitaire
Angoulême, Laboratoire de Microbiologie, Centre Hospitalier
Annecy, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Annemasse, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier
Antibes, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Argenteuil, Laboratoire de Biologie Clinique, Centre Hospitalier Victor Dupouy
Arles, Laboratoire d’Hématologie-Microbiologie, Centre Hospitalier Général
Arpajon, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Arras, Laboratoire de Bactériologie-Immunologie, Centre Hospitalier
Aubervilliers, Laboratoire de Biologie Médicale, Polyclinique d’Aubervilliers
Aulnay, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général Robert Ballanger
Avignon, Laboratoire de Biologie A, Centre Hospitalier de la Durance
Bayonne, Laboratoire de Bactériologie-Sérologie, Centre Hospitalier de la Côte Basque
Besançon, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHRU Jean Minjoz
Blois, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Bobigny, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Hôpital Avicenne
Bondy, Laboratoire de Bactériologie, Hôpital Jean Verdier

58
Bordeaux, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHR Hôpital Saint-André
Boulogne Billancourt, Laboratoire de Microbiologie-Hygiène, Hôpital Ambroise Paré
Bourg en Bresse, Laboratoire de Bactériologie, Centre Hospitalier Général
Bourges, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Brest, Laboratoire de Microbiologie, Centre Hospitalier Régional
Brive la Gaillarde, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Bry sur Marne, Laboratoire de Microbiologie, Hôpital Sainte Camille
Caen, Laboratoire de Microbiologie, Centre Hospitalier Universitaire
Cahors, Hôpital de Gourdon, Centre Hospitalier
Chalon sur Saône, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier
Chambéry, Laboratoire de Microbiologie, Centre Hospitalier
Chartres, Laboratoire de Microbiologie, Centre Hospitalier
Cherbourg, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier des Armées René-le-Bas
Cholet, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier
Clamart, Laboratoire de Biologie Médicale, Hôpital des Armées Percy
Clamart, Service de Bactériologie-Virologie, Hôpital Antoine Béclère
Clermont-Ferrand, Laboratoire de Bactériologie-Virologie, Centre Hospitalier
Clichy, Laboratoire de Microbiologie, Hôpital Beaujon
Colmar, Laboratoire de Microbiologie, CHG Louis Pasteur
Colombes, Unité de Parasitologie-Mycologie, Hôpital Louis Mourier
Corbeil-Essonnes, Laboratoire de Microbiologie, Centre Hospitalier
Coulommiers, Laboratoire de Biologie, Centre Hospitalier René Arbeltier
Creil, Laboratoire d’Hématologie, Centre Hospitalier Général
Créteil, Laboratoire de Microbiologie, Centre Hospitalier Intercommunal
Créteil, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Hôpital Henri Mondor
Dax, Laboratoire, Centre Hospitalier Général
Dieppe, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Dreux, Laboratoire, Centre Hospitalier Général
Eaubonne, Laboratoire d’Immuno-Bactério-Hématologie, Centre Hospitalier Emile Roux
Elbeuf, Laboratoire de Microbiologie, Hôpital Feugrais
Evry, Laboratoire Central de Biologie, Centre Hospitalier Louise-Michel
Flers, Laboratoire de Chimie Biologique, CHG Jacques Monod
Fréjus, Laboratoire de Biologie Médicale, CHI de Fréjus-Saint-Raphaël
Fresnes, Laboratoire de Biologie Médicale, Hôpital Pénitentiaire
Gap, Laboratoire de Biologie Médicale, CHI des Alpes du Sud
Garches, Laboratoire de Microbiologie, Hôpital Raymond Poincaré
Gonesse, Laboratoire de Bactério-Virologie-Hygiène Hospitalière, Centre Hospitalier
Grenoble, Laboratoire de Parasitologie-Microbiologie, CHRU Albert Michallon
La Roche-sur-Yon, Laboratoire de Biologie Médicale, CHD Roche-sur-Yon Lucon Montaigu
Lagny sur Marne, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier
Laval, Laboratoire de Bactério-Parasito-Virologie, Centre Hospitalier
Le Chesnay, Laboratoire de Bactériologie, Centre Hospitalier Mignot
Le Havre, Laboratoire de Bactériologie-Virologie, Centre Hospitalier Général
Le Kremlin Bicêtre, Laboratoire de Parasitologie-Microbiologie, Hôpital Bicêtre
Le Mans, Service de Microbiologie Médicale et Hygiène Hospitalière, Centre Hospitalier
Libourne, Laboratoire de Microbiologie, CHG Hôpital Garderose
Limoges, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier Dupuytren
Longjumeau, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Lons le saunier, Laboratoire, Centre Hospitalier Général
Lyon 4, Laboratoire de Microbiologie, Hôpital de la Croix-Rousse
Mantes la Jolie, Laboratoire de Microbiologie, CH de Mantes-la-Jolie
Marseille 8, Laboratoire de Biologie Médicale, Hôpital Fondation Saint-Joseph
Marseille, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU – La Timone
Martigues, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Meaux, Laboratoire de Microbiologie, Centre Hospitalier
Montargis, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier
Montbéliard, Laboratoire Bactériologie-Immunologie, CHG André Boulloche
Montfermeil, Laboratoire de Biologie, Centre Hospitalier

59
Montpellier, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU – Institut Botanique
Montreuil, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Intercommunal
Mulhouse, Laboratoire de Biologie Médicale, Hôpital Emile Muller
Nancy, Laboratoire de Mycologie Médicale, CHR Hôpital Fournier
Nantes, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHRU Hôtel-Dieu
Neuilly, Laboratoire de Bactériologie, Hôpital Américain
Nevers, Laboratoire de Bactériologie-Immunologie, Centre Hospitalier
Nice, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Centre Hospitalier de l'Archet
Nîmes, Laboratoire de Bactério-Parasitologie, Centre Hospitalier Universitaire
Niort, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier
Orléans, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Régional
Paris 5, Laboratoire de Microbiologie, Institut Curie
Paris 10, Laboratoire de Bactériologie, Groupe Hospitalier Lariboisière – Fernand Widal
Paris 10, Laboratoire de Parasitologie-Microbiologie, Hôpital Saint-Louis
Paris 12, Laboratoire de Biologie Médicale, Hôpital des Quinze-Vingts
Paris 12, Laboratoire de Microbiologie, Hôpital Trousseau
Paris 14, Laboratoire de Biologie Médicale, Institut Mutualiste Montsouris
Paris 14, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Groupe Hospitalier Cochin Port-Royal
Paris 18, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU Bichat-Claude-Bernard
Paris 19, Service de Bactériologie, Hôpital Robert Debré
Pau, Laboratoire de Bactériologie, Centre Hospitalier Général
Perpignan, Laboratoire de Biologie Médicale, CHG Maréchal Joffre
Poissy, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Intercommunal
Poitiers, Laboratoire de Parasito-Mycologie et Sérologie, CHRU de la Milétrie
Pontoise, Laboratoire de Bactériologie, Centre Hospitalier René Dubos
Provins, Laboratoire de Biologie M. Maugerie, Centre Hospitalier Léon Binet
Reims, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHRU Hôpital Maison Blanche
Rennes, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU Hôpital de Pontchaillou
Roanne, Laboratoire de Séro-Hémato-Bactériologie, Centre Hospitalier Général
Rodez, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier
Rouen, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, Hôpital Charles-Nicolle
Saint-Cloud, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier
Saint-Denis, Laboratoire de Microbiologie-Sérologie-Parasitologie, Centre Hospitalier Général
Saint-Etienne, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU Hôpital Nord
Saint-Germain-en-Laye, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Saint-Julien-en-Genevois, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier
Saint-Mandé, Laboratoire de Biologie Médicale, HIA Begin
Saint-Maurice, Laboratoire de Biologie Médicale, Hôpital National
Saint-Nazaire, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Sens, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier
Strasbourg, Laboratoire de Biochimie, CHRU Hôpital de Hautepierre
Thonon les Bains, Service de Biologie, Centre Hospitalier
Toul, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHU de Nancy Hôpital Jeanne d’Arc
Toulon Armées, Laboratoire de Bactériologie, HIA Sainte-Anne
Toulouse, Laboratoire de Microbiologie, CHU Hôpital Purpan
Tourcoing, Laboratoire de Biologie Médicale, CH Gustave Dron
Tours, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHRU Hôpital Bretonneau
Troyes, Laboratoire de Bactériologie-Virologie, Centre Hospitalier
Tulle, Laboratoire d’Analyses, Centre Hospitalier
Valence, Laboratoire de Biologie, Centre Hospitalier
Valenciennes, Laboratoire de Biologie Clinique, Centre Hospitalier
Vannes, Service de Bactériologie, Centre Hospitalier Bretagne Atlantique
Vernon, Laboratoire, Centre Hospitalier Général Saint-Louis
Versailles, Département de Biologie, Hôpital Richaud
Villejuif, Laboratoire de Bactériologie, Hôpital Paul Brousse
Villejuif, Laboratoire de Biologie Clinique, Institut Gustave Roussy
Villeneuve Saint-Georges, Laboratoire de Bactériologie, Centre Hospitalier Intercommunal

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 Membres du réseau dans les DOM-TOM
Basse-Terre, Guadeloupe, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Cayenne, Guyane, Laboratoire, Centre Hospitalier
Cayenne, Guyane, Laboratoire, Institut Pasteur
Saint-Laurent du Maroni, Guyane, Laboratoire, CH Ouest Guyanais « Franck Joly »
Fort-de-France, Laboratoire de Microbiologie, CHRU Pierre Zobda Quitman
Kourou, Guyane, Laboratoire, Centre Hospitalier
Le Lamentin, Martinique, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Général
Mamoudzou, Mayotte, Laboratoire, Centre Hospitalier de Mayotte
Noumea, Laboratoire de Biologie Médicale, CHT G. Bouret
Noumea, Laboratoire de Biologie Médicale, Institut Pasteur
Papeete, Tahiti, Laboratoire de Biologie Médicale, Centre Hospitalier Territorial
Papeete, Tahiti, Laboratoire de Biologie Médicale, HIA J. Prince
Pointe-à-Pitre, Guadeloupe, Laboratoire de Parasitologie-Mycologie, CHR de Pointe-à-Pitre-Abymes
Saint-Denis, La Réunion, Laboratoire de Biologie, CHD Felix Guyon
Saint-Pierre, La Réunion, Laboratoire de Bactério-Parasito-Virologie et Hygiène, Groupe Hospitalier
Réunion Sud
Mayotte, Centre Hospitalier

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