Ekspresi gen

2. Translasi

Isna Jati Asiyah

Kode Genetik
The Genetic Code uses three bases to specify
each amino acid
 Perangkat yg diperlukan dalam
translasi
 mRNA
 tRNA
 Ribosome
 enzymes
 mRNA: sebagai pola cetakan untuk
rangkaian asam amino, pola ini dlm bentuk
rangkaian kodon.
 Kodon: rangkaian tiga basa berdampingan
yang berdasarkan kode genetik mampu
mengendalikan satu asam amino
 Ikatan asam amino dengan tRNA pada
ujung 3’ dpt tjd krn kerja Ligase-aminoasil-
tRNA.
 Antikodon tRNA mrpk pasangan antiparalel
kodon mRNA.
 Ribosom

 Perangkaian AA berlangsung pd permukaan ribosom

 Ribosom bergerak sepanjang mRNA membaca
kodon-serta mencocokkan antikodon pd t-RNA.
 Pemasangan kodon dgn antikodon adalah
merupakan penterjemahan kodon mRNA menjadi
rangkaian asam amino rantai polipeptida. Struktur
ribosom menyediakan tempat utk proses
penterjemahan.
 Terdiri dua sub unit:
– kecil (1/3 masa ribosom), dan
– besar
 rRNA memungkinkan ribosom untuk dapat mengenali
tRNA dan mRNA
 Komponen penyusun ribosom

Komponen E. Coli Tikus

Ribosom total 70S 80S
2520000 dalton 4420000 dalton

Ribosom kecil 30S 40S

930000 dalton 1400000 dalton
 rRNA 16S=1541 basa 18S=1900 basa
 Protein 40% 50%

Ribosom besar 50S 60S

1590000 dalton 2820000 dalton
rRNA Utama 23S=2904 basa 28S=4700 basa
rRNA kecil 5S=120 basa 5.8S=160 basa
5S=120 basa
rRNA 70% 65%
Protein 30% 35%
 Situs di dlm ribosom

 Satu situs untuk mRNA (pada sub unit kecil)

 dua situs untuk tRNA (situs A dan P, sebagian
besar pada sub unit besar)
 Satu situs untuk enzim peptidil transferase
(pada sub-unit besar).
 Ukuran ribososom cukup besar untuk dapat
mengikat dua molekul tRNA dan sekitar 40basa
mRNA.
 Tahapan sintesis polipeptida

 Translasi: proses penterjemahan rangkaian kodon

mRNA menjadi rangkaian asam amino polipeptida.
 Pembacaan kodon oleh ribosom dimulai dari kodon
awal/ start codon (AUG pertama dr ujung 5”)
sampai salah satu kodon akhir (UAA, UAG atau
UGA).
 Tahapan:
– Inisiasi/ initiation (pengenalan situs awal
– Perpanjangan (elongation), dan
– penutupan sintesis polipeptida
 Inisiasi

 Penempelan sub-unit kecil ribosom pada mRNA terjadi pada ruas

“Shine-Dalgaro”, suatu rangkaian nukleotida yg tdpt di sebelah
hulu ruas penyandi dan basa-basanya dapat berpasangan
dengan rangkaian basa ujung 3’rRNA 16S. Kecocokan
perpasangan basa antara kedua ruas menentukan keberhasilan
isisiasi translasi
 Pada E.coli, inisiasi dibantu 3 protein (Initiation factor): IF1, IF2,
dan IF3.
 IF3 bertugas memisahkan sub-unit kecil ribosom dr sub-unit
besar setelah selesai translasi sebelumnya.
 IF1 dan IF2: mendorong penempelan aminoasil-tRNA inisiator
dan mRNA kepada sub-unit 30S  aminoasil-tRNA inisiasi dan
kodon awal mRNA tepat berada pd situs P sub-unit ribosom kecil,
kodon dan antikodonnya berpasangan.
 Hasil inisiasi: satu ribosom sempurna yg berasosiasi dengan
aminoasil-tRNA inisiator dan mRNA.
 Untuk proses ini diperlukan energi yg diperoleh dg menghidrolisis
GTP menjadi GDP dan P.
 Initiation
 first step: the small 30S subunit of the
ribosome binds to the mRNA molecule:
this contains triplet codon (AUG, or GUG)
at which protein synthesis starts.
 In bacteria, the first AA-tRNA to initiate
translation is always a formyl derivative of
methionine called FMet-tRNA.
 The ribosome is able to discriminate
between an AUG within an RNA
sequence and at the beginning of mRNA.
When this codon appears in the middle of
messenger RNA, a normal methionine is
incorporated.
 In eukaryotes, synthesis is started by a
special initiation Met-tRNA, but the
methionine is not formylated. However,
the initial methionine is usually split off
from the finished polypeptide.
 The start of translation requires three
protein factors, and the binding of an
initiator Fmet-tRNA (or Met) to the first
AUG codon found on mRNA.
 Asam amino

 Asama amino: molekul

organik yg mengandung R
gugus amin (-NH2) dan !
karboksil (-COOH). H2N-C-COOH
!
 Mrpk molekul dasar dari H
protein, yg dirangkai mjd
rangkaian asam
aminomatau rantai R1 R2 R3
polipeptida H2NCHCO-HNCHCO-HNCO
 Perpanjangan (elongation),

 Diperlukan: EF (elongation factor), enzim peptidil

transferase, GTP.
 Pd ribosom sempurna, tersedia dua situs aminoasil-tRNA
(situs P dan A), dengan situs P ditempati aminoasil-tRNA
inisiator.
 Perpanjangan polipeptida dimulai dengan masuknya
aminoasil-tRNA yg kedua menempati situs A.
 Apabila antikodon pd aminoasil-tRNA cocok dg kodon pd
situs A maka peptidil transferase akan menggabungkan dua
asam amino yg dibawa oleh kedua aminoasil-tRNA yg
berdampingan pada ribosom tsb.
 Peptidil transferase akan melepaskan asam amino dr tRNA
yg menempati situs P, dan menggabungkannya pada AA yg
ada pd situs A menghasilkan peptidil-tRNA pd situs A
 tRNA yg tlh terdeasilasi dikeluarkan dr situs P, dan
peptidil-tRNA yg tdpt pd situs A akan pindah ke
situs P, yg terjadi bersamaan dengan pergerakan
ribosom kearah ujung 3’, membaca kodon
berikutnya.
 Siklus akan berulang, aminoasil-tRNA baru akan
masuk situs A, diikuti transferase peptidil,
melakukan reaksi AA membentuk peptidil baru,
translokasi peptidil-tRNA dari situs A ke P,
berulang terus sampai ditemukan kodon akhir
(UAA, UAG atau UGA).
 Step 1 of Elongation

 Binding of the bigger subunit of the ribosome to the small one, to form
the complete 70S ribosome (Diagram 2).
 Then the second AA-tRNA arrives in the Aminoacyl site
(acceptor site), and binds to the complex (Diagram 3).
 The reaction between the first amino acid and the second one leads
to the formation of a peptide bond. A molecule of water is released
( it is a condensation reaction) (Diagram 3b). This only happens after
hydrolysis of a GTP into GDP which allows the elongation factor to
leave. This delay allows for proof reading as a wrong tRNA would
leave before the reaction takes place.
 Step 2 of Elongation

 The second tRNA has now moved into place and the now free
tRNA has been released. Translocation can take place: it is the
transfer of the newly formed dipeptide into the peptidyl site (the
first one, also called donor site) (Diagram 4) when the ribosome
shifts 3 nucleotides.
 The third AA (R)-tRNA can then bind to the mRNA / ribosome
complex, and a new peptide bond is formed (Diagram 5).
 This step is a repeat
of step two, to show
that once the
process starts, it is
fast, and repetitive.
Diagram 6 a and b
 Termination

Terminasi terjadi ketika ribosom bertemu salah satu kodon

stop /"Stop" Codon (UAA, UAG, atau UGA),
 Chain termination leads to the release of a polypeptide,
and tRNA, and the dissociation of the ribosome into 30S
and 50S subunits. Stop codons are triplets which are not
recognized by any tRNA (UAA, UAG, UGA), but by two
proteins: the releasing factors (R), (R1 recognizes UAG
and UAA, R2 recognizes UAA and UGA).
 Begitu ketemu stop kodon, tidak ada aminoasil-tRNA yg
dpt menempel pd situs A, krn tdk ada antikodon yg
cocok  proses perpanjangan berakhir.
 The polypeptide released will be processed in different
parts of the cell, depending on its role, and destination.
All the processing involved depends on the polypeptide
sequence, therefore on the mRNA sequence (and
therefore on the original DNA base sequence).
 Transformasi

 Pengambilan DNA secara langsung oleh sel 

perpindahan sifat genetik.
 Perpindahan dapat terjadi jika sel penerima
adalah kompeten (sel yg mampu menyerap
molekul DNA)
 Menjadikan kompeten:
– Kejutan panas
– Pendinginan dlm larutan CaCl2
– Freeze-thaw
 Transduksi

 Transduksi: Transfer bahan genetik melalui

infeksi virus
 Transfeksi: pemasukan DNA pada sel mamalia
 Konjugasi: suatu proses biologis dimana DNA
dipindahkan dari satu sel ke sel lain melalui
kontak antar sel.