Einar Sissener drev apotek i Kristiania i nesten 40 år, men huskes i dag først og fremst som en av grunnleggerne av legemiddelfirmaet Apothekernes Laboratorium (nå Alpharma), som også la grunnlaget for en betydelig familieformue.
Sissener vokste opp på Romerike. Etter en tids praksis på Kongsvinger apotek tok han farmasøytisk medhjelperprøve og 1872 apotekereksamen. Deretter arbeidet han i to år som provisor og i 1 1/2 år som bestyrer av Haugesund apotek. 1875 begynte han som assistent ved Kristiania tekniske skole, men etter et års studier i teknisk kjemi i Stockholm 1876–77 ble han ansatt som amanuensis ved Universitetets kjemiske laboratorium i Kristiania, en stilling han innehadde til 1892. Samtidig var han også lærer i kjemi og varekunnskap ved Kristiania handelsgymnasium. Han hadde flere studieopphold i Tyskland og Østerrike og tok 1885 den filosofiske doktorgrad ved universitetet i Freiburg im Breisgau på avhandlingen Über Para-Xylyl-Phenyl-Keton und seine Überführung in b-Methyl-Anthracen. Etter doktorgraden fortsatte han sine vitenskapelige studier og syntetiserte en rekke nye substanser med metylantracen og forskjellige ketoner som utgangsstoffer. Sissener publiserte sine vitenskapelige funn i artikler i fagtidsskrifter. Han var også medforfatter av Almindelig Varekundskab og Kommentar til den norske farmakopø.
1892 fikk Sissener bevilling til å opprette og drive apotek i Kristiania. Han kjøpte inventar og varebeholdning fra hoffapoteker Hans von Dittens dødsbo og åpnet 1893 apoteket Kronen i von Dittens tidligere forretningsgård i Akersgaten 55. 1899 kjøpte han eiendommen Grensen 15 og flyttet apoteket dit, hvor det fortsatt ligger (nåværende gård er fra 1937). Han eide og drev apoteket frem til sin død 1931.
Sissener hadde mange offentlige og private tillitsverv. Fra 1898 var han medlem av den permanente Farmakopøkommisjon, og 1911–19 var han eksaminator ved apotekereksamen. 1912 ble han medlem av en komité som skulle utarbeide forslag til ny studieordning i farmasi og fra 1915 medlem av komiteen for opprettelse av et farmasøytisk institutt. Han var også i flere år styremedlem i A/S Vinmonopolet, Den norske Eterfabrikk og forsikringsselskapet Gjensidige.
Einar Sissener var blant initiativtakerne til legemiddelfirmaet A/S Apothekernes Laboratorium for specialpræparater, som ble opprettet 1903 ved sammenslåing av Svaneapotekets laboratorium og firmaet Kobro & Boyesen. Som mangeårig formann i bedriftens direksjon spilte han en sentral rolle i oppbyggingen av selskapet, fra en sped begynnelse i leide lokaler i Nedre Slottsgate i Kristiania via anskaffelsen av landets første tablettmaskin frem til bedriften i 1920-årene flyttet inn i nybygde produksjonslokaler på Skøyen, der den fortsatt holder til. Etter Sisseners død overtok sønnen Wilhelm Sissener (1901–77) og, i begynnelsen av 1970-årene, sønnesønnen Einar Wilhelm Sissener (1929–) ledelsen av selskapet. Virksomheten ble etter hvert utvidet til flere land, og 1994 ble selskapets norske og amerikanske virksomheter slått sammen under navnet Alpharma Inc.; i 2002 hadde konsernet en omsetning på 1,24 milliarder dollar og 4800 ansatte.