Windows2000とWindows98のデュアルブートについて

Windows2000 ProがCドライブにプリインストールされている NEC製のVersaProのDドライブにWindows98をインストールしてデュアルブートさせようと思い、Win98のセットアップを行いました。 その後、NTLDR によるブートメニューが表示されなくなり、あるサイトに書いてあった以下の方法を取り、ブートメニューが表示されるようになりました。 1.Win98を起動し、Win2000 CD-ROMをセット。 2.オートランしてくる画面で、[Windows2000のインストール]をクリック。 3.「Windows2000を新規インストールする」を選択し、「次へ」をクリック。 4.ライセンス契約に同意し、「次へ」をクリック。 5.特殊なオプションは何もせずに「次へ」をクリック。 6.インストールファイルのコピーが終わると再起動するので、Microsoft Windowsを選択し、Win98を起動。 7.[スタート]－[ファイル名を指定して実行]からC:\BOOT.INIを起動し、以下の編集を行なう。 ・Windows2000セットアップの行を削除。 ・Default=の右辺を、[Operating Systems]セクションのいずれかの行の左辺にする。 例) Default=C:\ 8.変更を保存。 確かにこれでデュアルブートできるようになったのですが、DドライブからWin98を起動させた場合に、DドライブのAutoexec.batが実行されず、CドライブのAutoexec.batが実行されてしまいます。（このCドライブのAutoexec.batもなぜかDドライブのWin98側でインストールしたアプリケーションが作成したものなのですが）同様にConfig.sysもCドライブにあるものを参照しているようです。Win98側からみると大きな問題はないのですが、CドライブからWin2000が起動されるときもこれらのファイルを使用し、関係のないWin98側のPATH等の環境変数やシステムファイルを組み込んでしまいます。 どうすれば、Dドライブから起動したときにはDドライブのAutoexec.bat等を実行するようにできるのでしょうか？