その3連休は、相当混むでしょうね。 その時期の週末に路線バスに乗って、大変な思いをした事があります。 歩いたほうが断然早いが、次の停留所までは降ろしてもらえません。 歩いて5分位の次の停留所まで30分近く掛かったかなぁ。 目的地は、日吉大社・延暦寺・三千院を含んで居ればよいのでしょうか。 そうだとすれば、京都市街地には近づかない事が得策ではないでしょうか。 レンタカーの受け渡し地や返却地も京都駅にこだわらず、大津や米原など他地区を考えても良いかもしれませんよ。 近江八幡駅なども狙い目かもしれません。 http://goo.gl/maps/F0vEY ↑一泊でも充分行けますが、二泊すればゆっくりと過ごす事ができそうです。

京都在住者です。 １について 時間帯にも寄りますが、１時間30分みておけば大丈夫と思います。 余裕を見るのであれば２時間ぐらい。 大原から市内に入る花園橋付近、市内の四条通付近、京都駅に近づく辺りの ３カ所で混雑が予想されます。 京都駅に18時に到着…とあだと、２時間はかかるかと思います。 市内はどの通り（南北）を通っても、四条通～五条通間は混雑します。 抜け道はほとんど有りませんので、余裕をもって出発されて、 広い通りをのんびり進むのが安全です。 ２について おっしゃっている細い道を通ったことはありませんが、 その少し南に同じように東西に通じている「山中越え」と 書かれた道路でさえ、対向車線はあるものの狭い道路です。 それを思うと、ご相談の道路はかなり細く、また地元民（あるいは寺院関係者）の 生活道路だと想像できます。そこをワゴンで行くのは迷惑かつ危険だと思います。 迂回ルートはそれほど遠く有りませんし、ドライブウェイは紅葉の時期であれば とても景色の良いルートですので、素直にそちらを通られることをお勧めします。 いずれも駐車場はありますが、連休の時期は観光バスもかなりの数が 訪れますので、到着時間によっては相当な駐車場待ちがあると 覚悟をしておく必要があると思います。 ご参考まで。