質問をお見受けする限りでは、
latex -> dvipdf -> 何らかのビューア
という流れのようですね.
このような細かい問題はたくさん出てくると思うので、
一々原因をつきとめてつぶしていると切りがありません.
私の経験からいうと,この流れ以外の代替案を色々
試してみて,うまくいく方法をみつけてそちらに
乗換える方が正解だと思います。(原因がわからないと
どうしても気持ち悪いというならその知的好奇心を
止めるつもりはありませんが…)
PDFをつくる方法としては,
latex -> dvips (dvi2ps, dvipsk, ...) -> ps2pdf (gs)
という方法を私はとっています.これで大概うまく行っていますが,
試されましたか?
私はRH6.2ベースのLASER5 Linuxを使ってるんですが、dvipdfという
ツールは見当たりません。もしかすると,出来てすぐのツールで
安定していないのか,或いはLASER5が見捨てたツールなのかも知れません.
もしかしたらdvipdfもdvipsとps2pdfをシェルスクリプトにまとめた物なのかも
知れません。もしそうなら私の方法も大差ない,と思われるかも知れませんが、
とにかく試してみることです.
あと,dvipdfm(http://gaspra.kettering.edu/dvipdfm/)という
ツールもあるようです.
順序が前後しましたが,ビューアを変えて見るということはしてみましたか?
ご質問の内容だけでは、PDFをつくる段階でおかしいのか,ビューアが
おかしいのか分かりません。私の知ってる範囲ではビューアは
gv, ghostview, acroread (Linux版Acrobat Reader), xpdf
があります.また,Linux上では所々表示がおかしくてもWindowsに持っていって
Acrobat Readerで見たらちゃんと見えたということもありました.
今,ふと思いついたんですが、dvipdfの使い方はあってますか?
出力ファイルを引数で与えるべきところを標準出力をリダイレクト
した空ファイルを見ているなんてことはないでしょうか?
日本語版Linuxディストリビューションを使ってる限り,あまり考えにくいこと
なんですが,どうしても駄目なら,PDFをあきらめてPSにするとか,
日本語対応について定評のあるディストリビューション(詳しくないんですが、
確かVineとかLASER5とか….確認してください)に乗換えるとかしてみては
いかがでしょうか。
補足
GhostscriptからPDFファイルへ変換といえば RedHatLinux7Xに入っているGhostscriptをパッケージインストールすれば dvipdfという変換命令があり、PDF変換が出来ます。 実際にはGhostscriptが内部的にdvi->ps->pdfの変換をしていると思いますが.