フォトスキャナーでネガがネガのままスキャンされます

BenQのフォトスキャナーを使ってネガをスキャンしているのですけど、ネガがネガのままスキャンされてしまうものが結構あります。 ネガは保存状態も良く同じフィルムのネガでもちゃんとネガポジ反転してスキャンされるものとされないものがあります（例えばフィルム一本で４本ネガがあるとしたら１本だけネガのままとか）。ネガを見る限りではちゃんとポジ反転して取り込まれるものとネガのままスキャンされてしまうものの違いは特にありません。 説明書のトラブルシュートには特にそういった記載はなく、ネット検索してみましたけどこれといって有益な情報が見つかりません。 何かお知恵拝借できませんでしょうか。