1.tree Thinking

BI0507 - ZOOLOGÍA, SISTEMÁTICA ANIMAL Y LABORATORIO
doi: 10.1242/jeb.159533
“Nothing in biology makes sense execpt in

the light of evolution”(Dobzhansky 1973).
https://www.instagram.com/el_perro_faldero/
“Just as beginning students in

geography need to be taught how to
read maps, so beginning students in
biology should be taught how to read
trees and to understand what trees
communicate”(O’Hara 1997).
1. ¿Qué es una filogenia?
Representación gráfica de las relaciones

genealógicas (ancestro - descendientes)
entre taxa “entendidas por un investigador
en particular”
HIPÓTESIS de las relaciones

genealógicas entre taxa (diferentes
niveles).
1. ¿Qué es una filogenia?
A phylogeny is a model of
genealogical history in which
the lengths of the branches are
unknown parameters.
The phylogeny is generated by

two speciation events that
occurred at time points τ0 and τ1.
The branch lengths (b0, b1, b2 and
b3) are typically expressed in units
of expected number of
substitutions per site and measure
the amount of evolution along the
branches.
Yang & Rannala. 2012. Nature Reviews

Representación gráfica de las
¿Qué es una filogenia? relaciones genealógicas
(ancestro – descendientes)
Macho
Hembra
1ra generación
2da generación
3ra generación
Macho
Hembra
1ra generación
2da generación
A B C
3ra generación
Macho
Hembra
1ra generación
2da generación
A B C
3ra generación
Macho
Hembra
1ra generación
2da generación
A B C
3ra generación
¿Qué es una filogenia?

relaciones genealógicas
¿Qué es una
filogenia?
A B C D E F
A B C D E F
O’Hara. 1993. Syst. Biol.

¿Qué es una filogenia?
Puntas, terminales, taxa

Rama
Nodo
(ancestro hipotético)
Raíz
Rama interna,
internodo
Tree Thinking
Diagramas de Venn
Crocodylia Aves Lepidosauria
Lepidosauria
Crocodylia Aves
Diagramas de Venn -> Archivos NEWICK

Tree Thinking
Diagramas de Venn -> Archivos NEWICK
ü Cada grupo de parentesis

representa una bifurcación (nodo)
ü La coma separa los linajes derecho
e izquierdo.
(Tiburon,(Rana,(Ave,Mamífero)))
(((Ave,Mamífero),Rana),Tiburon)
2. Tipos de “agrupaciones”:
Grupo monofiletico: Grupo (“de organismos”) que contiene su ancestro

común y todos sus descendientes.
Grupo parafiletico: Grupo (“de organismos”) que contiene su ancestro

común pero NO todos sus descendientes.
Grupo polifiletico: Grupo (“de especies”) que no contiene el ancestro

común.
Grupo Monofilético,
Clado
Grupo natural
Grupo parafilético
Grupo artificial
Grupo polifilético
Grupo artificial
3. Tipos de caracteres
filogenéticos:
Carácter. Un elemento, atributo o parte observable de un organismo
Homologo. Dos caracteres en dos taxa son homólogos si: 1) son los
mismos que el carácter presente en el ancestro común de ambas taxa,
ó 2) si los caracteres son distintos pero tienen una relación ancestro-
descendiente.
Homoplasia. Son caracteres similares presentes es dos o mas taxa, pero que
no posee su origen en el ancestro común de las taxa.
Autopomorfía. Carácter derivado presente en un solo grupo
Simplesiomorfia. Carácter ancestral compartido por varios grupos
Sinapomorfia. Carácter derivado compartido por todos los miembros

de un grupo
Autopomorfia
Plumas
Simplesiomorfia
Mandíbulas
Sinapomorfia
Pelo
Huevo amniótico
4 extremidades
Homólogo
Pelo
Huevo amniótico
4 extremidades
Homoplasia
Homeotermia “Aletas”
4. Otras características de
árboles filogenéticos
Ramas cuadradas,
diagonales, o redondas no
tienen ningún significado
=
El árbol puede rotar y no tiene incidencia en el
significado
= =
Los nodos pueden rotar y esto no cambia las
relaciones
= =
La longitud horizontal de las ramas no tiene
significado
=
La longitud vertical de las ramas tiene varios
significados:
1. Ningún significado
significados:
2. Cambios evolutivos
# Cambios
significados:
La longitud vertical de las ramas tiene varios significados:
Millones de años
3. Tiempo desde el
290 ancestro común
420
500
3. Tiempo desde el
ancestro común
Meredith et al. 2011. Science

significados:
3. Tiempo desde el
ancestro común
4. Fósiles y extinción
5. Importancia de las filogenias:
a. Evolución de caracteres
b. Base de la clasificación
La evolución de caracteres puede “mapearse”
en la filogenia
Patas 1 1 1 1 1 0 0
Patas
en la filogenia
Pelo 1 1 0 0 0 0 0
Pelo
en la filogenia
Plumas 0 0 1 0 0 0 0
Plumas
Claramunt & Cracraft. 2015. Science Advances
Jerarquía Linneana
Reino Animalia
Phylum Chordata
Clase Chondrichthyes
Clase Osteichthyes
Clase Amphibia
Clase Reptilia
Clase Aves
Clase Mammalia
Base de la clasificación:
Clasificación Filogenética
Mammalia
Archosauria
Amnniota
Tetrapoda
Peces óseos
Vertebrados con mandíbula

Clasificación Filogenética Herpetos
(no es un clado)
Mammalia
Archosauria
Amnniota
Tetrapoda
Peces óseos

Clasificación Filogenética Peces
(no es un clado)
Mammalia
Archosauria
Amnniota
Tetrapoda
Peces óseos

6. Reconstrucción de filogenias:
Reconstrucción de filogenias
Especies
PRESENTE
vivientes
PASADO Ancestro
común
¿Cómo podemos inferir las relaciones evolutivas (ancestros comunes) si

solamente conocemos caracteres de las especies vivientes?
# taxa (n) # de topologías con raíz

3 3
4 15
5 105
6 954
7 10.395
8 135.135
9 2.027.025
10 34.459.425
Métodos probabilísticos más comunes…
Maximum Likelihood: Por medio de

funciones buscan hallar la topología
mas probable según los datos.
Bayesian Inference: Reconstruyen las
relaciones filogenéticas hallando la
probabilidad de los datos según la
topología
1. Realice el diagrama de Venn que represente las siguientes filogenias
A B
C
2. Realice la representación en formato newick de las siguientes filogenias
A B
C
3. Grafique tres filogenia diferentes que contengan a las taxa (A, B, C, D, E, F)
donde (A, B, C) sean monofileticos
4. Grafique dos filogenia diferentes que contengan a las taxa (A, B, C, D, E, F)

donde (A, B, C) sean parafileticos.

1.tree Thinking

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

1.tree Thinking

Cargado por

Información del documento

Título original

Derechos de autor

Formatos disponibles

Compartir este documento

Compartir o incrustar documentos

Opciones para compartir

¿Le pareció útil este documento?

¿Este contenido es inapropiado?

Copyright:

Formatos disponibles

1.tree Thinking

Cargado por

Copyright:

Formatos disponibles

BI0507 - ZOOLOGÍA, SISTEMÁTICA ANIMAL Y LABORATORIO

“Nothing in biology makes sense execpt in

“Just as beginning students in

Representación gráfica de las relaciones

HIPÓTESIS de las relaciones

The phylogeny is generated by

Yang & Rannala. 2012. Nature Reviews

Representación gráfica de las

O’Hara. 1993. Syst. Biol.

Puntas, terminales, taxa

Diagramas de Venn -> Archivos NEWICK

Diagramas de Venn -> Archivos NEWICK

ü Cada grupo de parentesis

Grupo monofiletico: Grupo (“de organismos”) que contiene su ancestro

Grupo parafiletico: Grupo (“de organismos”) que contiene su ancestro

Grupo polifiletico: Grupo (“de especies”) que no contiene el ancestro

Autopomorfía. Carácter derivado presente en un solo grupo

Simplesiomorfia. Carácter ancestral compartido por varios grupos

Sinapomorfia. Carácter derivado compartido por todos los miembros

Meredith et al. 2011. Science

Vertebrados con mandíbula

Vertebrados con mandíbula

Vertebrados con mandíbula

¿Cómo podemos inferir las relaciones evolutivas (ancestros comunes) si

# taxa (n) # de topologías con raíz

Métodos probabilísticos más comunes…

Maximum Likelihood: Por medio de

4. Grafique dos filogenia diferentes que contengan a las taxa (A, B, C, D, E, F)

También podría gustarte