Enzimas
Enzimas
Enzimas
La quimotripsina (proteasa) rompe el enlace amido Zona media de pH: El sitio activo tiene residuos de
(peptídico) en el lado carboxilato, el sitio activo debe aminoácidos que son ácidos y bases débiles, si se
acomodar un grupo carboxilato y un grupo amido que necesita que un carboxilato este o no protonado va a
en presencia de agua produce hidrolisis y, debe depender del pH; por lo tanto, si se altera el pH esos
acomodar como producto un carboxilato y una amina grupos cambian su protonación y van a perder o
con carga en el cual el N presenta electrones aumentar su eficiencia por lo que hay una zona de pH
desapareados. donde tiene la protonación adecuada para la catálisis.
(b) Una varasa con una bolsa forrada con imanes complementaria en su estructura a la vara (sustrato), la estabiliza.
El doblamiento estará impedido por la atracción magnética entre la vara y la varasa. Para que se dé la reacción
(rotura), la vara debe alcanzar el estado de transición de la reacción, pero la vara se fija de manera tan fuerte al sitio
activo que no puede doblarse, ya que la curvatura de la vara eliminaría algunas de las interacciones magnéticas entre
la vara y el enzima. Un enzima así impide la reacción ya que lo que hace es estabilizar el sustrato.
(c) Una enzima con una bolsa complementaria al estado de transición de la reacción ayudara a desestabilizar la vara
dando lugar a la catálisis de la reacción. Las interacciones magnéticas proporcionan energía que compensa el
incremento de energía libre requerido para doblar la vara. Los diagramas de la coordenada de reacción (derecha)
muestran las consecuencias energéticas de la complementariedad con el sustrato frente a la complementariedad con
el estado de transición. El termino ΔGM diferencia entre las energías del estado de transición de las reacciones no
catalizada y catalizada, procede de las interacciones magnéticas entre la vara y la varasa. Cuando la enzima es
complementaria al sustrato (b), el complejo ES es más estable y tiene menos energía libre en el estado basal que el
sustrato solo. El resultado es un incremento de la energía de activación.
Muchas de estas interacciones se dan en partes de la vara distantes del punto de rotura; así, las interacciones entre
el enzima y partes no reactivas del sustrato proporcionan una cierta cantidad de la energía necesaria para catalizar su
rotura. Esta “factura energética” se traduce en una energía de activación neta inferior y una mayor velocidad de
reacción.
Sitio activo: ↓ complementariedad sustrato, ↑ complementariedad estado de transición, ↓ complementariedad producto
Para que una enzima catalice una reacción ha de ser
complementario al estado de transición de la
reacción. Ello significa que las interacciones optimas
entre sustrato y enzima solo pueden tener lugar en el La misma energía de fijación que aporta energía para
estado de transición. la catálisis también hace que el enzima sea especifico.
La especificidad se refiere a la capacidad de un
El principio importante subyacente es que las enzima de discriminar entre un sustrato y una
interacciones de fijación débiles entre la enzima y el molécula competitiva.
sustrato proporcionan una fuerza motriz sustancial
para la catálisis enzimática. Los grupos del sustrato En general, la especificidad proviene de la formación
que intervienen en estas interacciones débiles pueden de múltiples interacciones débiles entre el enzima y su
estar situados a cierta distancia de los enlaces que se molécula de sustrato especifica.
rompen o modifican. Las interacciones débiles
formadas únicamente en el estado de transición son Entre los factores físicos y termodinámicos principales
las que contribuyen al valor de ΔG‡, la barrera para una
que contribuyen de modo principal a la catálisis. reacción pueda ocurrir incluye:
La necesidad de múltiples interacciones débiles para (1) La entropía (libertad de movimiento) de las
impulsar la catálisis es una de las razones de que las moléculas en disolución, que reduce la
enzimas (y algunas coenzimas) sean tan grandes. Una posibilidad de que reaccionen entre ellas
enzima ha de aportar grupos funcionales para (2) La capa de solvatación del agua unida por
interacciones iónicas, enlaces de hidrogeno y otras puentes de hidrogeno que rodea y ayuda a
interacciones y ha de posicionar estos grupos de estabilizar muchas biomoléculas en disolución
forma precisa para que la energía de fijación en el acuosa
estado de transición sea optima. Se obtendrá una (3) La distorsión de los sustratos que ha de tener
correcta fijación si el sustrato se ubica en una cavidad lugar en muchas reacciones
(el sitio activo) donde se encuentre alejado del agua (4) La necesidad de conseguir un alineamiento
de forma efectiva. El tamaño de las proteínas refleja la adecuado de los grupos funcionales
necesidad catalíticos en el enzima.
de la existencia de superestructuras que permitan Se puede utilizar la energía de fijación para superar
mantener la interacción de grupos correctamente todas estas barreras.
posicionados y que mantengan al mismo tiempo
inalterable la cavidad del sitio activo. Temperatura: la temperatura hace que las moléculas
con energía cinética tengan una mayor energía
La energía de fijación contribuye a la cinética y una mayor vibración, lo que provoca que se
especificidad de reacción y a la catalisis muevan más y puedan colisionar más. Al tener más
¿Pueden explicarse cuantitativamente las enormes colisiones, es más probables que éstas ocurran en la
aceleraciones de velocidad conseguidas por los forma adecuada para que haya más reacción. Además,
enzimas en base a la energía? SI, como referencia se las colisiones tienen que ser en el ángulo y proximidad
usa la siguiente ecuación: adecuadas, o sea, deben ser colisiones efectivas o
productivas para que se genere la reacción.
Catálisis covalente:
La catálisis covalente implica la formación de un
RESUMEN Funcionamiento de los enzimas
enlace covalente transitorio entre el enzima y el
Las enzimas son catalizadores muy eficientes,
sustrato.
capaces de aumentar las velocidades de reacción
Consideremos la hidrolisis de un enlace entre los
en un factor de entre 105 y 107.
grupos A y B:
Las reacciones catalizadas por enzimas se
caracterizan por la formación de un complejo
entre el sustrato y la enzima (complejo ES). La
fijación del sustrato se produce en una bolsa de la
En presencia de un catalizador covalente (una enzima enzima llamada sitio activo.
con un grupo nucleofílico X:) la reacción se transforma La función de las enzimas y de otros catalizadores
en: consiste en hacer disminuir la energía de
activación, ΔG‡ de una reacción para incrementar
su velocidad de reacción. El equilibrio de una
reacción no se ve afectado por la enzima.
Esto altera la ruta de la reacción y solo produce Una parte significativa de la energía utilizada para
catálisis si la nueva ruta tiene una energía de el incremento de la velocidad de las reacciones
activación inferior que la ruta no catalizada. enzimáticas proviene de las interacciones débiles
(enlaces de hidrogeno, interacciones hidrofóbicas concentración de ese reactante. Situación que se da
e interacciones iónicas) entre enzima y sustrato. por ejemplo en aquellas reacciones en que un
El sitio activo de la enzima tiene una estructura reactante está en un gran exceso (H 2O en las hidrólisis,
tal que hace que algunas de estas interacciones etc)
débiles tengan lugar de modo preferente en el
estado de transición de la reacción, con lo que lo
En una reacción de primer orden la velocidad de la
estabilizan.
reacción es directamente proporcional a la
Una de las razones del tamaño de las enzimas es
concentración de un sustrato: v = k [A]. Así, en la
la necesidad de que existan múltiples
reacción:
interacciones. La energía de fijación, ΔGB, puede
utilizarse para disminuir la entropía del sustrato o
para producir un cambio de conformación en la La velocidad de hidrólisis de la sacarosa es, en todo
enzima (encaje inducido). La energía de fijación momento, proporcional a la concentración de
es también la responsable de la exquisita sacarosa. Dicho matemáticamente, donde [A] es la
especificidad de las enzimas por sus sustratos. concentración de sacarosa a cada tiempo (t) y k es la
Entre los mecanismos catalíticos adicionales constante de proporcionalidad o de velocidad.
empleados por las enzimas se cuentan la catálisis Ésta es una reacción de primer orden para A.
acido-base general, la catálisis covalente y la Por su parte, es de orden cero para el H 2O.
catálisis por iones metálicos. La catálisis suele
implicar la existencia de interacciones covalentes
transitorias entre el sustrato y la enzima, o Una reacción de segundo orden es aquella en que la
transferencias de grupos desde o a la enzima, con velocidad de reacción depende de la concentración de
el fin de adoptar un camino de reacción nuevo y dos sustratos (como en una reacción de
de menor energía. condensación):
U ó UI = μmol/ min
Segundo supuesto:
Reacción inversa: Cuando se mide la velocidad de
reacción en V0 no es necesario considerar la reacción
inversa desde ES → E + P, ya que la formación de
producto es muy pequeña.
Efecto de [S] y [E] Se puede distinguir entre enzima libre (E) y enzima
unido al sustrato (ES), de forma que la concentración
total de enzima, [Et], (que es constante a lo largo de la
reacción) es:
Para cualquier reacción enzimática, [Et], k3 y Km son Sí tenemos en cuenta que Km se define como
constantes. Vamos a considerar dos casos extremos: (k2+k3)/k1
Los valores de Km de muchas enzimas son próximos a Determinación experimental de los valores de Km y
los de la concentración fisiológica de sus sustratos, de Vmax:
forma que pequeñas variaciones en la [S] pueden
Gráfica de dobles recíprocos (o de Lineweaver-Burk) Tipos de ensayos enzimáticos
Método del punto final:
Se ponen en contacto los reactivos (que aportan el
sustrato, tampones, cofactores, sales etc), se pre-
incuban a la temperatura de reacción. Se inicia la
reacción agregando la muestra biológica (que aporta
la enzima) y se cronometra el tiempo de reacción. Al
cabo del tiempo determinado (tiempo fijo), se detiene
la reacción y se mide la cantidad de sustrato
desaparecido o la cantidad de producto formado.
Actualmente, ya no es frecuente este tipo de técnica
por varios inconvenientes:
Se grafica 1/V0 en el eje Y y 1/[S] en el eje X. - Suposición de reacción lineal en el intervalo de
tiempo medido.
La V0 se mide a tiempo muy pequeño para asegurar
- Suposición de cinética de orden cero.
que solo se ha consumido menos del 5% de la [S].
Se obtiene el valor de ΔA/min dividiendo el valor de
El corte en el eje Y corresponde a 1/Vmax. Con este
absorbancia medido por el tiempo de reacción
valor y la ecuación se puede obtener Km desde
(tiempo igual para todos los tubos).
Km/(Vmax*[S]).
No se tiene una visualización del desarrollo de la
Km también se puede obtener desde el intercepto con reacción.
el eje X donde se tiene – 1/Km.