MARCADORES MOLECULARES Y SU UTILIDAD EN PLANTAS

Alirio Elías Castilla Vanega 1621022

Juan Camilo Montaguth peña 1621037.

Pedro Darío García Rojas 1620849.

Jairo Andrés Rincón Lizarazo 1621051. 

Uso de marcadores moleculares en plantas; aplicaciones en frutales del trópico

https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=43717210

La caracterización se ha llevado a cabo mediante caracteres morfológicos en las plantas. No

obstante, el uso de marcadores morfológicos tiene muchas limitaciones ya que la expresión puede
estar sujeta a factores ambientes o fenológicos, como ejemplo podemos mencionar a la presencia
o ausencia de espinas de los cítricos, por ende, estos marcadores se evalúan cuando la planta está
en estado adulto, esto significa una espera que no se desea para varios años.
Gracias a los avances de la biología molecular se desarrollaron métodos para la identificación
basados en los marcadores moleculares, ya que estos superan en un mayor porcentaje a los
métodos tradicionales.
Estos marcadores moleculares tienen características de provecho a diferencias de los
morfológicos, pues estos tienen mayor segregación o polimorfismos además pueden ser
evaluados desde los primeros estados de una plántula y son aplicables a cualquier tipo de material
vegetal, permiten una identificación correcta, también estos están libres de los efectos
espistáticos.
Los marcadores moleculares de ADN son los idóneos ya que en estos son válidos cualquier
fragmento que tenga una posición cerca del gen de interés y que lógicamente no afecte al carácter
en estudio, además Los marcadores de ADN se basan fundamentalmente en el análisis de las
deferencias de pequeña secuencia de ADN. Esta clase de marcadores tiene dos categorías; en la
numero 1 encontramos una técnica de laboratorio la cual es la reacción en cadena de la
polimerasa (PCR) y la categoría 2 consiste en técnicas que utilizan iniciadores arbitrarios o
semiarbitrarios y en la categoría numero 3: PCR con sitio “objetivo específico”. Las categorías 2
y 3 son marcadores basados en la PCR.
Por otro lado, tenemos los marcadores de proteínas (principalmente isoenzimas), pero estos
presentan una dificultad que limita ya que el número de colorantes enzimáticos disponibles es
escaso menciona Tanksley (1993), sin embargo, las enzimas han sido de gran valor para el
estudio del mejoramiento tanto en poblaciones naturales como plantaciones de arboles
manteniendo un valor de utilidad sobre todo con estudios a gran escala y en relaciones a la
resistencia de plagas enfermedades.
 Continuación se presentan algunos ejemplos de usos de los marcadores moleculares que han
usado investigadores para el estudio del desarrollo de frutales del trópico.
I- Polimorfismo de la longitud de los fragmentos de restricción (RFLP)
Esta técnica en biología molecular nos permite detectar moléculas de ADN de distintas o
diferentes longitudes, este análisis de (RFLP) es usada por programas de investigación desde el
1970. Al principio fue usada para al mapeo físico de los adenovirus y en la construcción del mapa
genético de ligamientos para humanos.
Valadez y Kahl (2000) definen los RFLPs como la variación en la longitud de los fragmentos
de ADN producida por una endonucleasa de restricción específica a partir de ADNs genómicos
de dos o más individuos de una especie.
Los pasos para la realización de esta técnica son:
1. Aislamiento del ADN.
2. El ADN se digiere con endonucleasas de restricción, que cortan el ADN en puntos que
poseen una secuencia particular de reconocimiento.
3. Los fragmentos son separados con base en su tamaño usando electroforesis en gel de
agarosa.
4. Luego se aplica la técnica denominada “Southern Transfer” (Transferencia de ADN), la
cual involucra la transferencia del patrón de fragmentos de electroforesis, a un soporte
sólido y manipulable, por ejemplo, a una membrana de “nylon”.
5. Luego de la transferencia, la membrana se expone a una sonda marcada, que posee una
secuencia homóloga a uno o más fragmentos o a parte de estos, de tal manera que se
produce la hibridación del ADN.
6. La técnica general para producir la sonda marcada se conoce como “Nick Traslation” y
se basa en la remoción en sonda, de pequeños grupos de nucleótidos (aproximadamente
10) con una exonucleasa, mediante la enzima ADN polimerasa. L a cadena se resintetiza
a través de la reincorporación de nucleótidos marcados radioactivamente o por medio de
otras técnicas.
7. La detección de las bandas de hibridación se realiza por luminiscencia.
II- Reacción en cadena de la polimerasa (PCR)
La técnica (PCR) se lleva a cabo en un procedimiento in vitro (fuera del organismo) para la
síntesis y duplicación de secuencias específicas de ADN, dicho de otro modo, para la
amplificación de secuencias de ADN método utilizado en secuencias cortas de ADN llamados
cebadores para seleccionar la parte del genoma a amplificar. Esta técnica emplea secuencias de
oligonucleótidos que inician la síntesis de fracciones de ADN de longitudes variables no
superiores a 6 kilobytes en promedio (Valadez y Kahl 2000).
El análisis (PCR) fue inventado en el 1985 por Saiki et al , pero esta técnica a sufrido cambios
o modificaciones y en algunos de estos casos han dado lugar a nuevas técnicas, es más Phillips et
al (1995) y Rallo et al (2002) mencionan que la gran mayoría de marcadores moleculares del
ADN de uso actual, son basados en la técnica del PCR.
III- Amplificación aleatoria del ADN polimórfico (RAPD)
 Es un tipo de marcador molecular basado en la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) por
ende Williams et al. (1990) y Welsh y McClelland (1990). Phillips et al. (1995) nombra que en
esencia es la misma mitología PCR.
Este análisis fue descrito por primera vez en 1990 por dos grupos de investigadores
independientes que fueron mencionados anteriormente. La modificación que les dio origen
consistió en suplantar a la biotecnología PCR, pues los polimorfismos producidos con la técnica
RAPD se denomina marcadores RAPD como ya se mencionado y pueden resultar de cualquier
cambio en la secuencia o sitio de unión del iniciador, lo cual impide que el iniciador se una a la
cadena, o también pueden ser el producto de cambios que alteren el tamaño o impidan la exitosa
amplificación del ADN molde. Como regla general, el tamaño de las variantes se detecta muy
escasamente y los productos de amplificación individuales representan un alelo por locus. En los
estudios de herencia, los productos de amplificación se comportan como marcadores dominantes.
El análisis RAPD requiere de cinco elementos básicos:
1). ADN molde: ADN proveniente de la muestra a analizar.
2). El iniciador: que es un oligonucleótido, con la propiedad de localizar y unirse a sitios
complementarios del ADN desnaturalizado. Debe tener un contenido de al menos un 50% de
guanina-citosina para funcionar correctamente.
3). Desoxirribonucleótidos: se requiere de concentraciones adecuadas de dATP, dGTP, dCTP y
de dTTP para la síntesis de la cadena.
4). Solución buffer.
5). Taq-polimerasa: es una enzima ADN polimerasa ADN dependiente termoestable. Tiene la
propiedad de restituir la doble cadena de ADN usando una cadena simple como molde a partir de
un punto determinado, fijado en este caso, por el iniciador.
IV- Polimorfismo en la longitud de los fragmentos amplificados (AFLP).
Estos son apreciados como marcadores de alta eficacia ya que permiten el análisis de un
elevado número de locus por experimento sin requerir información previa sobre su secuencia, la
gran mayoría de estos son dominantes y altamente reproducibles. Pero esta técnica es complicada
de ejecutarla incluso más que la de los RAPD, aparte de esto requieren más cantidad de ADN.
Estos se pueden emplear como ejemplo en la construcción del armazón de los mapas genéticos
en el que se localizan los marcadores codificantes, para diferenciar entre individuos cercanamente
relacionados y para localizar genes específicos en genomas complejos.
El análisis AFLP combina la digestión con enzimas de restricción con el PCR. El primer paso
involucra la digestión del ADN con dos enzimas específicas de restricción, una de las cuales
corta secuencias precisas y la otra corta más frecuentemente. Es necesario agregar adaptadores
para que éstos se peguen en los bordes de los fragmentos recién formados y de esta manera
proveer una secuencia conocida para poder amplificar mediante PCR. En este paso, también se
requiere el uso de ligasas para facilitar la unión entre los bordes de los fragmentos y las
secuencias cortas conocidas. El uso de adaptadores es necesario porque las secuencias que
quedan en los bordes de los fragmentos, luego de ser cortados, no son adecuadas para actuar
como iniciadores.
Si lo mencionado anteriormente se ejecutó correctamente los fragmentos de restricción se
amplificarían mediante PCR.
RFLPs se han utilizado y han sido muy útiles como marcadores de localización en el ADN
genómico, ya sea en humanos como en otros animales. ¿Qué quiere decir esto? Básicamente, si
usted sigue la secuencia de ADN, hay sitios particulares, de una serie de cuatro a ocho ácidos
nucleicos, que son un sitio donde una enzima de restricción de bacteria puede unirse y cortar el
ADN. ¿Por qué esto es tan útil? podemos utilizar esta característica de la secuencia del ADN
donde se une la enzima de restricción o no, para observar las diferencias entre las personas, es
decir, si tienen ese sitio o no. Las diferencias que produce el cambio de una sola base entre dos
personas, podría resultar en la presencia o ausencia de ese sitio de corte. Entonces, si se aísla ese
pedazo de ADN que rodea a ese sitio en dos personas y en una de ellas la enzima cortada y en la
otra no, eso refleja un polimorfismo, o diferencia entre esas dos personas. Podemos observar esto
aislando el ADN, cortándolo con la enzima de restricción bacteriana, y corriendo en un gel de
electroforesis. En una persona, que no tiene el sitio donde corta la enzima, se verá una banda, y
en la persona que, si tiene ese sitio para la unión con la enzima, se verán dos bandas,
representando los dos productos cortados. Estas diferencias en las secuencias de ácidos nucleicos
y los sitios donde se unen las enzimas de restricción, significa que hay una diferencia en la
secuencia entre esas dos personas. Esa diferencia en la secuencia no necesariamente significa que
hay una enfermedad asociada con ella. Se trata de un polimorfismo que podemos utilizar para
estudiar la herencia del ADN.
A continuación, daré a conocer las etapas básicas que se llevan en cualquier protocolo de AFLP.
Sin embargo, en algunos casos se pueden desarrollar pasos adicionales para verificar la calidad
del ADN o algunos pasos se combinan y desarrollan en una sola etapa.
 Extracción de ADN genómico o total
 Digestión del ADN con dos enzimas de restricción
 Unión de adaptadores a los fragmentos digeridos (obtención del ADN quimérico)
 Amplificación preselectiva
 Evaluación de la eficiencia de ligamiento por electroforesis agarosa
 Amplificación selective
 Electroforesis automática
 Análisis de los resultados

V- Microsatélites o secuencias simples repetidas (SSR; MP-PCR).

V- Microsatélites o secuencias simples repetidas (SSR; MP-PCR) Los microsatélites o
secuencias simples repetidas (SSR) son regiones de secuencias pequeñas (dos a 10 pares de
bases) repetidas, arregladas en serie, las cuales se asume que están distribuidas azarosamente por
todo el ADN.
Son secuencias de ADN altamente variables dispersas a través de los genomas de hongos,
plantas y animales, los cuales pueden o no estar asociadas con genes, son loci altamente mutables
que pueden estar presentes en muchos sitios del genoma. Dado que, la repetición por sí misma no
codifica para formar ninguna proteína, y debido a que las secuencias de ADN repetitivo pueden
recombinarse y expandirse más frecuentemente que otros tipos de secuencias, estas regiones son
a menudo altamente variables y consecuentemente útiles para medir el polimorfismo entre
especies o variedades muy relacionadas. Estas repeticiones están concentradas en secciones
grandes del ADN que no codifican para genes conocidos y que se han llamado macro satélites,
por lo que probablemente no son útiles como aquellos marcadores que están distribuidos al azar.
Por el contrario, Wu y Tanksley encontraron que las secuencias n y n y sus complementos n y n
se presentan con más frecuencia y están aleatoriamente espaciadas en el genoma de maíz.
También observaron que estos loci son altamente polimórficos entre variedades de arroz, por
lo que son útiles como herramientas de mapeo y para estudios de polimorfismos intraespecíficos.
El desarrollo de marcadores SSR es muy laborioso debido a que deben identificarse y
secuenciarse regiones genómicas concretas, aunque una vez conseguido presenta un sistema muy
informativo. Sin embargo, para su desarrollo se precisa conocer la secuencia y, por lo tanto, son
menos numerosos que otros marcadores dominantes. Estos marcadores son ideales para el estudio
de ligamiento genético en plantas y el mapeo físico, los estudios poblacionales y la identificación
de variedades (SIDTA 1999).
La tecnología para el análisis de microsatélites es similar a la utilizada para el análisis RAPD,
con la adición de una evaluación y secuenciación previa para determinar los iniciadores. La
detección del polimorfismo SSR se realiza mediante un PCR y la separación de los productos
mediante electroforesis en geles de agarosa, poliacrilamida o geles de secuenciación.
Una técnica derivada de la anterior se conoce como “PCR iniciada con microsatélites anclados
(AMPPCR)” la cual emplea iniciadores con “anclas” en sus extremos 3´ o 5´. Esta clase de
iniciadores consiste de una, dos o tres bases adicionales al microsatélite, por ejemplo; C(CT)8,
CA(CT)8, CAC(CT)8 o (CT)8C, (CT)8CA y (CT)8CAC, y sirven para seleccionar aquellas islas
de microsatélites en el genoma que están flanqueando con el complemento de bases específicas,
por ejemplo; T(TA)8, GT(GA)8, GTG(GA)8 o (GA)8G, (GA)8GT y (GA)8GTG, por lo que se
incrementa su especificidad (Valadez y Kahl 2000). Generalmente esta técnica es más eficiente
que las técnicas SSR o RAPDs, ya que ha demostrado detectar más variabilidad genética
(Salimath et al. 1996).
A continuación veamos usos de los marcadores moleculares:
Marcadores RAPD para la identificación del sexo en papaya (Carica papaya L.)
http://www.scielo.org.co/pdf/agc/v27n2/v27n2a02.pdf
La papaya es una planta dicotiledónea, polígama diploide (Parasnis et al., 1999; Ming et al.,
2001; Kim et al., 2002; Urasaki et al., 2002; Liu et al., 2004) que pertenece a la familia
Caricaceae, género Carica (Badillo, 2002). El germoplasma de papaya presenta una considerable
variación fenotípica para la mayoría de los rasgos hortícolas importantes, incluyendo tamaño,
forma, color, contenido de azúcar y sabor del fruto, entre otros (Kim et al., 2002; Oliveira et al.,
2007).
La aplicación de marcadores RAPD para la identificación del sexo de papaya en estado juvenil
puede facilitar enormemente el manejo del cultivo y el mejoramiento de la producción, mediante
la ganancia en tiempo, espacio y costos, que de otra manera se requieren en el crecimiento de
plantas de sexo indeseado.
Si el sexo de las plantas dioicas de papaya se identifica en estado de plántula, permitiendo
obtener antes del trasplante a campo la proporción adecuada de plantas con el sexo deseado, se
pueden ahorrar recursos como suelo, fertilizantes y agua, pudiendo ser dedicados al manejo del
cultivo de solo plantas hembra o solo plantas hermafroditas (Chaves-Bedoya y Núñez, 2007).
Una planta hembra de papaya produce alrededor de 100 frutos en su ciclo de vida y cerca de 250g
de papaína cruda por año. En plantaciones derivadas de semillas en donde aún existen machos, un
incremento en el número de árboles de papaya hembra y hermafroditas por hectárea de terreno
puede incrementar directamente la producción de frutos y papaína, haciendo este cultivo más
rentable.
Por lo anterior, el objetivo de este estudio fue identificar marcadores moleculares RAPD para
diferenciar el sexo en plantas de papaya como base para la aplicación práctica en plantaciones
comerciales. En este trabajo reportamos tres nuevos marcadores RAPD, capaces de discriminar
de manera reproducible el sexo en plantas colombianas de papaya.

Materiales y métodos
Amplificación PCR de los fragmentos sexuales específicos
La PCR para RAPDs (Williams et al., 1990) fue llevada a cabo para volúmenes de 25 μL que
contenían 1,2 ng de ADN, 1 μM del primer OP-A1 (5’ CAGGCCCTTC 3’), OP-L1 (5’
GGCATGACCT 3’) y OP-P11 (5‘GTAGACCCGT 3’), 1U taq polimerasa, 0,2 mM de dNTPs,
1X buffer de amplificación, 1,5 mM de MgCl2. Las amplificaciones se realizaron en un
termociclador MJ Resaearch PT200, con una temperatura inicial de desnaturalización de 94ºC
por 60 s y 44 ciclos con un perfil térmico para cada ciclo de 94ºC por 60 s, 36ºC por 60 s, 72ºC
por 60 s; luego de esto, un ciclo de extensión final a 72ºC por 120 s. Los productos de la PCR
fueron separados por electroforesis en gel de agarosa al 1,5% y visualizados en un documentador
de geles, Hitachi®, luego de la tinción con bromuro de etidio (0,1 μg mL-1). El tamaño de las
bandas se determinó utilizando como patrón el marcador de 250pb (DNA ladder, Promega).
Resultados y discusión
Mediante el uso de primers decámeros de la serie Operon technologies seleccionados al azar
se encontraron dos marcadores moleculares RAPDs que permiten discriminar plantas de papaya
machos y hermafroditas de las hembras. Con los oligos OP-A1 y OP-L1 se pudo amplificar, de
manera reproducible, una banda de 1050 y 850 pb, respectivamente, tanto en los materiales de
papaya macho como hermafrodita (Figs. 1A y 1B).
 Los tres marcadores moleculares RAPDs encontrados en este trabajo se pueden usar en la
identificación del sexo de las plantas de papaya en vivero. Además, a partir de estos marcadores
se pueden diseñar marcadores SCAR que permitan una identificación más confiable de los
materiales en estudio, como se ha realizado en trabajos previos (Deputy et al., 2002; Macedo et
al., 2002; Urasaki et al., 2002; ChavesBedoya y Núñez, 2007; Oliveira et al., 2007).

Conclusión
Aunque existen reportes en los que se ha encontrado determinación temprana del sexo en
papaya mediante técnicas moleculares (Parasnis et al., 1999; Deputy et al., 2002; Macedo Lemos
et al., 2002; Urasaki et al., 2002), en el presente estudio se observó que los marcadores
moleculares empleados para la diferenciación sexual en genotipos de papaya diferentes a los
colombianos no permiten la discriminación en estos últimos, es decir, que la precisión de los
marcadores es variable entre los genotipos. Con esto se infiere que los genotipos de papaya
varían de una región a otra, posiblemente como consecuencia de la acumulación de secuencias
repetitivas y duplicación de genes que resultan de la interacción del genoma con el ambiente.
Los nuevos marcadores RAPD OP-A1, OP-P11 y OP-L1 reportados en este trabajo mostraron
la capacidad de discriminar invariablemente el sexo de genotipos colombianos de papaya.

Los Marcadores Moleculares en el Mejoramiento Genético de la Resistencia a

Enfermedades del Frijol (Phaseolus vulgaris L.): Aplicaciones y Perspectivas.

https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=61226209

Se enfatiza la aplicación de estrategias de selección asistida por marcadores moleculares

(SAMM) en el mejoramiento genético de la resistencia al estrés biótico y abiótico en frijol
común. Se presenta un panorama del desarrollo y aplicaciones de la tecnología los marcadores
moleculares del ADN en frijol, sus avances e impacto en el mejoramiento genético asistido del
frijol.
Los marcadores moleculares difieren en la segregación y aplicación en programas de
selección, los marcadores directos y DL se aplican en la cruza de genotipos dentro de una
población con asociación alta (1 a 5 cM) entre el genotipo y fenotipo. Al utilizar los marcadores
LE deben considerarse diversas fases de ligamiento entre los marcadores y QTLs, normalmente
estos marcadores son referidos como selección asistida por genes (SAG), selección asistida por
marcadores DL (SAMDL) y selección asistida por marcadores EL (SAM-EL). La utilización de
los marcadores moleculares en selección para uno o varios caracteres se determina por la
facilidad de su detección (Dekkers, 2004).

Los marcadores moleculares de ADN en frijol.

En frijol, los marcadores moleculares de ADN se han utilizado para entender la organización
de la diversidad genética (Papa y Gepts, 2003; Papa et al., 2005; Payró de la Cruz et al., 2005;
Zizumbo-Villarreal et al., 2005), así como para el mapeo y etiquetado de genes de interés
agronómico (Freyre et al., 1998; Faleiro et al., 2004; Miklas et al., 2006).
Los primeros marcadores moleculares aplicados fueron los RFLP (Polimorfismos en la
longitud de los fragmentos de restricción) (Botstein et al., 1980). Otros marcadores tales como los
RAPD (ADN polimórfico amplificado arbitrariamente) mostraron ser marcadores dominantes y
de fácil obtención (Williams et al., 1990); sin embargo, eran menos reproducibles entre
laboratorios y menos informativos como marcadores de la segregación genética en poblaciones.
Recientemente, nuevos marcadores tales como los AFLPs (Polimorfismos en la longitud de los
fragmentos amplificados) (Vos et al., 1995) y los microsatélites o secuencias simples repetidas
(SSRs) han ganado popularidad para el mapeo comparativo y la obtención de huellas genéticas de
ADN en plantas (Blair et al., 2003, 2006; Gaitán-Solís et al., 2002; Guo et al., 2000; Masi et al.,
2003; Métais et al., 2002; Mohan et al., 1997; Yu et al., 1999).
Desarrollo de mapas de ligamiento. Los marcadores moleculares se han utilizado para
desarrollar y mejorar mapas de ligamiento genéticos obtenidos a partir del análisis de la
segregación de caracteres morfológicos y proteínas (Bassett, 1991). Antes, los RFLPs fueron los
marcadores moleculares más utilizados para el mapeo genético pues eran más informativos
debido a la expresión codominante en poblaciones segregantes. Su utilización fue restringida
debido a que la técnica era costosa y la generación de los marcadores RFLPs era complicada
(Kelly, 1997). Los especialistas en el manejo de los recursos genéticos utilizaron marcadores
RFLPs para clasificar germoplasma comercial y silvestre, pero el costo limitó su uso (Kelly,
1997).
Los marcadores RAPD también se han utilizado para el desarrollo de mapas de ligamiento
molecular y para caracterizar la diversidad genética del frijol. Aunque este marcador muestra baja
reproducibilidad puede utilizarse en un mismo laboratorio con resultados consistentes (McClean
et al., 2004). Los mapas basados en RAPDs se han desarrollado para ubicar genes de resistencia a
enfermedades y su posterior etiquetado (Correa et al., 2000; Kelly et al., 2003; Miklas et al.,
2006).
La baja reproducibilidad de los RAPDs se ha evitado aplicando otros marcadores moleculares
basados en PCR como los AFLPs que han sido útiles para determinar la dirección del flujo
génico entre frijol domesticado y silvestre, así como para comparar la diferenciación espacial de
germoplasma domesticado y silvestre (Papa y Gepts, 2003) y la diferenciación eco geográfica
entre variedades cultivadas (Negri y Tosti, 2002; Rosales-Serna et al., 2005).
 El uso de marcadores RAPD ligados y su papel potencial en la SAMM facilitan la
piramidación eficiente de genes de resistencia epistática a diferentes patógenos del frijol común
(Kelly y Miklas, 1998).
El mejoramiento de la resistencia a enfermedades basado en el uso de genes mayores es una
alternativa atractiva para los mejoradores ya que la manipulación genética es sencilla y los
resultados más previsibles que la expresión inconsistente de genes menores.

Marcadores moleculares asociados con resistencia a la enfermedad punta morada en papa.

https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=43711514004.

Identificación de marcadores DNA Polimórfico Amplificado al Azar (RAPDs) y Secuencias

Simples Repetidas (SSRs) también conocidos como Microsatélites asociados con la resistencia al
daño causado por fitoplasmas en papa.
Las técnicas utilizadas fueron RAPDs y SSRs también conocido microsatélites.
Doi et al. (1967) demostraron la presencia de organismos tipo micoplasmas en el floema de
plantas infectadas con escoba de bruja de la papa. Anteriormente, se consideraba que las
enfermedades ocasionadas por fitoplasmas eran causadas por virus. En la actualidad, se han
reportado varias enfermedades del cultivo de papa, producidas por fitoplasmas, como es el caso
del enrollamiento púrpura del ápice, flavescencia marginal, escoba de bruja, filodia de la papa y
marchites de la punta morada (Salazar 1998).
Las pérdidas varían según la severidad del problema, pudiendo llegar a reducir el rendimiento
hasta en un 80%. Además de esta reducción, los tubérculos infectados pierden valor en el
mercado por la necrosis interna y la baja calidad industrial (Salazar 1998). Otros investigadores
han determinado que, por lo menos, existen dos grupos de fitoplasmas asociados con la PMP en
México (Almeyda et al. 1999, Martínez et al. 1999, Leyva y Martínez-Soriano 2002). Una de las
razones principales para el desarrollo de marcadores moleculares, es su potencial uso como
marcador diagnóstico para tratamientos importantes en programas de mejoramiento de plantas. El
primer ejemplo de un microsatélite ligado a un gene de resistencia a enfermedades de las plantas
fue publicado por Yu et al. (1994).
Material genético y extracción de DNA
Se evaluaron 17 variedades comerciales y ocho líneas avanzadas de papa, procedentes del
banco de germoplasma del INIFAP de México, ubicado en el estado de México y Nuevo León
(Cuadro 1). Se utilizaron tres plantas por genotipo y se corrieron tres ensayos diferentes en forma
simultánea para cada tipo de marcador. La extracción de DNA genómico se realizó utilizando la
metodología descrita por Almeyda (1999).
Relaciones genéticas.
El dendrograma conjunto de los dos sistemas de marcadores mostró diferencias en la forma
de agrupamiento de los diferentes genotipos (Figura 2). En el primer caso se formaron dos grupos
diferenciales el Grupo A que incluyó genotipos procedentes de Nuevo León y el grupo B
formado con genotipos del Estado de México, donde cada grupo pertenece a la procedencia. El
primero se subdividió a su vez en dos grupos homogéneos (A1, A2 y A3) donde se ubicaron las
variedades Atlantic, Gigant y Alpha, además de las líneas avanzadas H91-9-3, H91-12-1, y H72-
00-88, dentro de las cuales se encontraron las variedades con menor nivel de coloración parda de
tubérculos (uno a tres en promedio). El subgrupo A2 fue heterogéneo, se formó con las
variedades Montserrat, Norteña, Fiana, Atzimba y Zafiro, con las líneas H57-50-12, H91-10-1 y
H91-25-4; asimismo en el subgrupo tres se formó con tres genotipos individuales que fueron
H91-10-1, H91- 25-4 y la variedad Malinche, en este grupo el genotipo más divergente fue la
variedad Malinche (Figura 2), quienes mostraron lecturas de coloración parda intermedias (4 a 6).
Por otra parte, el grupo B también se subdividió en dos subgrupos (B1 y B2); un grupo
homogéneo formado con las variedades Sancal y Nau 6, que están cercanamente emparentadas y
de ellas la segunda mostró tolerancia a coloración parda del tubérculo; el otro grupo muy
heterogéneo, incluyó las variedades Marciana, Granola, Sangema, Lady Rosetta (con coloración
parda tres a cuatro), Michoacán, Lupita y las líneas H67-60-08 y H4-11, en este grupo se
asociaron los genotipos con alto nivel de color pardo (entre grado 4 a 6).
Se identificaron marcadores moleculares asociados con la resistencia a la punta morada en papa.
Debido a que el número de iniciadores RAPD y SSR.
Debido a la gran importancia de los usos que brindan los marcadores moleculares, hay proyectos
desarrollados por programas como la situación que se describirá a continuación.
Uso de marcadores genéticos en silvicultura clonal
https://dialnet.unirioja.es/servlet/articulo?codigo=5123230

Desarrollo de aplicaciones de marcadores genéticos en los programas clonales de genética

forestal (genfores)
La utilización de los marcadores genéticos, como asistentes en la selección de individuos en
programas de mejoramiento genético forestal, tiene poca trayectoria en el ámbito nacional. Desde
el año 2003 se inició el proyecto “Mejoramiento genético forestal asistido por marcadores
genéticos”, en un esfuerzo conjunto entre el Instituto Tecnológico de Costa Rica (ITCR) y la
Universidad de Costa Rica (UCR) con el financiamiento de la Fundación Costa Rica – Estados
Unidos de América para la Cooperación (CRUSA). Se ha utilizado como plataforma una serie de
ensayos de progenie y programas de mejoramiento establecidos, como parte del Programa de
Conservación y Mejoramiento Forestal que realiza el ITCR. Este Programa tiene como objetivo
apoyar el mejoramiento genético de poblaciones forestales de las organizaciones integrantes de
Genética Forestal (GENFORES). Además, es un programa permanente de vinculación académica
con el sector productivo nacional y la Escuela de Ingeniería Forestal del ITCR, el cual tiene la
responsabilidad del desarrollo científico en genética forestal.
Verificación de la pureza de los jardines clónales y ensayos genéticos
Entre los distintos marcadores genéticos disponibles es importante mencionar los AFLP como
marcadores dominantes, que permiten evaluar la variación genética en todo el genoma de las
plantas. Estos permiten establecer una matriz de datos binomial (0/1), en la cual el cero significa
la ausencia y el 1 la presencia de un determinado fragmento de ADN dentro del genoma. El
protocolo para el análisis de la especie Hyeronima alchorneoides (pilón) fue recientemente
establecido (Araya et al, 2005), lo que ha permitido el análisis completo de la colección de clones
de esta especie. De manera similar se ha analizado la colección de clones de Gmelina arborea
(melina) de la Corporación Coopeagri (29 clones), como organización integrante de GENFORES.
5 Inicialmente se pretendía con los AFLP realizar una comprobación de la pureza de los jardines;
sin embargo, esta técnica puede generar inconsistencias en los patrones genéticos entre
individuos (rametos) de un mismo clon. La matriz binomial es generada a partir de una serie de
criterios para la selección de los marcadores AFLP. Sin embargo, estos criterios no están
estandarizados, representando un alto grado de subjetividad al momento de seleccionarlos

REFERENCIAS
Azofeifa-Delgado, Álvaro (2006). Uso de marcadores moleculares en plantas; aplicaciones en
frutales del trópico. Agronomía Mesoamericana, 17(2),221-241.[fecha de Consulta 17 de Octubre
de 2021]. ISSN: Disponible en: https://www.redalyc.org/articulo.oa?id=43717210
Giovanni C. B. Mauricio P. Erika S. B. Víctor N. (2009). Marcadores RAPD para la
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