Tecnologías "Ómicas"

TECNOLOGÍAS “ÓMICAS” Y BASES DE DATOS BIOLÓGICAS
Dogma central de la Biología Molecular (Crick)
DNA  RNA  PROTEIN
Replicación  Transcripción  traducción
Avances biotecnológicos y surgimiento de los “OMAS”
Replicación  transcripción traducción Modificación, localización, función
Genoma  Transcriptoma  proteoma  rasgos fisiológicos

SNPs, CNVs, SVs mRNA expresiones expresión de proteínas fenotipos continuos
Tecnologías Tecnologías Tecnologías Ejemlos

PCR-RFLP-TaqMan assay Biotización del norte Biotización del oeste altura
SNP/CNV arreglos qRT-PCR 2D-PAGE BMI
NGS SAGE 2D-DIGE BMD
CAGE ICAT,iTRAQ,SILAC glucosa en ayuno
cDNA/oligo gene arreglos LC-MS/MS HDL-colesterol
arreglos de exones arreglos de anticuerpos LDL-colesterol
matrices de mosaico arreglos de aptamer triglicéridos
RNA-seq SBP
DBP
Otros niveles de información biológica
DNA (genes)  RNA (Genes)  Proteínas 
1. Utilización de energías
2. organización estructural y metabólica
3. delineación del entorno
 4. Reproducción 
Genómica  transcriptómica  proteómica  metabolómica

OMICS otros niveles de información biológica
Algunos ejemplos:
Genómica: ADN, secuenciación, perfiles genéticos, mapeo genético, tecnología de ADN

recombinante, análisis estructural y funcional del genoma
Proteómica: identificación de proteínas, cuantificación, modificación postraduccional
Transcriptómica: perfil de expresión de secuenciación de ARN, regulación transcripcional
Inómica: perfiles de elementos, regulación bioquímica, interacciones de elementos
Metabolómica: estudie perfiles de metabolitos, intermediarios metabólicos, hormonas y otras

moléculas de señalización
Fenómica: evaluación de rasgos morfológicos, bioquímicos y físicos, establecer vínculo entre

factores genéticos, epigenéticos y ambientales
Datos ómicos
El término "ómicas" se refiere a una serie de áreas de estudio de la biología, todas las cuales
terminan en el sufijo-ómicas, lo que indica la totalidad de algún tipo.
TIMELINE
Avances biotecnológicos y surgimiento de los “OMAS”
Replicación  transcripción traducción Modificación, localización, función
Genoma  Transcriptoma  proteoma  rasgos fisiológicos

SNPs, CNVs, SVs mRNA expresiones expresión de proteínas fenotipos continuos
Tecnologías Tecnologías Tecnologías Ejemlos

PCR-RFLP-TaqMan assay Biotización del norte Biotización del oeste altura
SNP/CNV arreglos qRT-PCR 2D-PAGE BMI
NGS SAGE 2D-DIGE BMD
CAGE ICAT,iTRAQ,SILAC glucosa en ayuno
cDNA/oligo gene arreglos LC-MS/MS HDL-colesterol
arreglos de exones arreglos de anticuerpos LDL-colesterol
matrices de mosaico arreglos de aptamer triglicéridos
RNA-seq SBP
Secuenciación de próxima generación (NGS)
La secuenciación de nueva generación (Next Generation Sequencing [NGS}) es un grupo de

tecnologías diseñadas para secuenciar gran cantidad de segmentos de ADN de forma masiva y
en paralelo, en menor cantidad de tiempo y a un menor costo por base
Procedimiento (Tecnología por síntesis - Illumina)
Fragmentos  agregar adaptadores  adjuntar a la celda de flujo
Unirse a la imprimación  extensión PCR  Disociación

formación de grupos  secuenciación  escaneo de señal
Protocolo General
PASO 1: Extracción
PASO 2: Preparación de la biblioteca
PASO 3: Secuenciación
PASO 4: Análisis
Protocolo General
Preprocesamiento de muestras  preparación de la biblioteca  Secuenciación bioinformática
Secuenciación de próxima generación (NGS) Las plataformas Illumina
Serie NextSeq NextSeq 1000 y

iSeq 100 minisecuencia Serie MiSeq 550 2000
Aplicaciones y métodos Aplicación Aplicación Aplicación Aplicación

populares Aplicación clave
clave clave clave clave
Secuenciación de
genoma completo

grande (humano,
vegetal, animal)
Secuenciación del
genoma completo

pequeño
(microbio, virus)
Secuenciación de
exoma y panel
grande (basada
en
enriquecimiento)
Secuenciación de
genes dirigidos
(panel de genes
basado en
amplicones)
Creación de
perfiles de una
sola célula
(scRNA-Seq,

scDNA-Seq,
ensayos de
etiquetado de
oligo)
Secuenciación del
transcriptoma
(ARN-Seq total,

mRNA-Seq,
perfiles de
expresión génica)
Perfilado de
expresión génica
dirigida
Análisis de miARN

y ARN pequeño
Análisis de
interacción ADN-

proteína (ChIP-
Seq)
Secuenciación de

metilación
Secuenciación
metagenómica
16S
Perfiles
metagenómicos
(metagenómica

de escopeta,
metatranscriptómi
ca)
Secuenciación sin
células y análisis
de biopsia líquida
El secuenciador de sobremesa arroja luz sobre el brote de

ébola
Los científicos locales utilizan el sistema de secuenciación iSeq 100 para analizar los
patrones de transmisión y rastrear el origen de un brote de ébola en la República
Democrática del Congo.
Tiempo de 9.5–19 4–24 12–30 11-48

4–55 horas
ejecución horas horas horas horas
Máxima salida 1,2 GB 7,5 GB 15GB 120GB 360 GB *
Lecturas máximas 4 25 400 1.2 mil

25 millones †
por ejecución millones millones millones millones *
Longitud máxima 2 × 150 2 × 150

2 × 300 pb 2 × 150 pb 2 × 150 pb
de lectura pb pb
Bases de datos biológicas

La edición de la base de datos de investigación de ácidos
nucleicos de 2022 y la colección de bases de datos de biología
molecular en línea
daniel j rigden, Xosé M Fernández
Nucleic Acids Research , volumen 50, número D1, 7 de enero de 2022, páginas D1–D10,
https://doi.org/10.1093/nar/gkab1195
Publicado: 27 diciembre 2021
Resumen
La investigación de ácidos nucleicos de 2022El número de la base de datos contiene 185

artículos, incluidos 87 artículos que informan sobre nuevas bases de datos y 85 actualizaciones
de recursos publicados anteriormente en el número. Trece manuscritos adicionales brindan
actualizaciones sobre las bases de datos publicadas más recientemente en otros lugares. Siete
nuevas bases de datos se enfocan específicamente en COVID-19 y SARS-CoV-2, incluido SCoV2-
MD, el primero de los artículos innovadores de la edición. Las principales bases de datos de
ácidos nucleicos que informan actualizaciones incluyen MODOMICS, JASPAR y miRTarBase. La
base de datos de estructuras de proteínas AlphaFold, descrita en el segundo artículo
innovador, destaca en la sección de proteínas, donde el Human Proteoform Atlas y GproteinDb
son otras novedades notables. Las actualizaciones de DisProt, FuzDB y ELM cubren de manera
integral las proteínas desordenadas. En la sección de metabolismo y señalización Reactome,
ConsensusPathDB, HMDB y CAZy son los principales recursos de retorno. En genomas
microbianos y virales, la taxonomía y la sistemática están bien cubiertas por LPSN, TYGS y
GTDB. Los recursos de genómica incluyen Ensembl, Ensembl Genomes y UCSC Genome
Browser. Los principales nombres de recursos de farmacología que regresan incluyen la guía
IUPHAR/BPS y la base de datos de objetivos terapéuticos. Las nuevas bases de datos de plantas
incluyen PlantGSAD para listas de genes y qPTMplants para modificaciones postraduccionales.
El número completo de la base de datos está disponible gratuitamente en línea en el sitio web
de Nucleic Acids Research ( Las nuevas bases de datos de plantas incluyen PlantGSAD para
listas de genes y qPTMplants para modificaciones postraduccionales. El número completo de la
base de datos está disponible gratuitamente en línea en el sitio web de Nucleic Acids Research
( Las nuevas bases de datos de plantas incluyen PlantGSAD para listas de genes y qPTMplants
para modificaciones postraduccionales. El número completo de la base de datos está
disponible gratuitamente en línea en el sitio web de Nucleic Acids Research
(https://academic.oup.com/nar ). Nuestra última actualización de la colección de bases de
datos de biología molecular en línea de NAR eleva el número total de entradas a 1645. Luego
de la limpieza importante del año pasado, hemos actualizado 317 entradas, enumerando 89
recursos nuevos y recortando 80 URL descontinuadas. La versión actual está disponible en
http://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/ .
NCBI

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Dogma central de la Biología Molecular (Crick)

DNA  RNA  PROTEIN

Replicación  Transcripción  traducción

Avances biotecnológicos y surgimiento de los “OMAS”

Replicación  transcripción traducción Modificación, localización, función

Genoma  Transcriptoma  proteoma  rasgos fisiológicos

Tecnologías Tecnologías Tecnologías Ejemlos

Otros niveles de información biológica

DNA (genes)  RNA (Genes)  Proteínas 

Genómica  transcriptómica  proteómica  metabolómica

Genómica: ADN, secuenciación, perfiles genéticos, mapeo genético, tecnología de ADN

Proteómica: identificación de proteínas, cuantificación, modificación postraduccional

Transcriptómica: perfil de expresión de secuenciación de ARN, regulación transcripcional

Inómica: perfiles de elementos, regulación bioquímica, interacciones de elementos

Metabolómica: estudie perfiles de metabolitos, intermediarios metabólicos, hormonas y otras

Fenómica: evaluación de rasgos morfológicos, bioquímicos y físicos, establecer vínculo entre

Replicación  transcripción traducción Modificación, localización, función

Genoma  Transcriptoma  proteoma  rasgos fisiológicos

Tecnologías Tecnologías Tecnologías Ejemlos

Secuenciación de próxima generación (NGS)

La secuenciación de nueva generación (Next Generation Sequencing [NGS}) es un grupo de

Procedimiento (Tecnología por síntesis - Illumina)

Fragmentos  agregar adaptadores  adjuntar a la celda de flujo

Unirse a la imprimación  extensión PCR  Disociación

PASO 2: Preparación de la biblioteca

Secuenciación de próxima generación (NGS) Las plataformas Illumina

Serie NextSeq NextSeq 1000 y

Aplicaciones y métodos Aplicación Aplicación Aplicación Aplicación

El secuenciador de sobremesa arroja luz sobre el brote de

Tiempo de 9.5–19 4–24 12–30 11-48

Máxima salida 1,2 GB 7,5 GB 15GB 120GB 360 GB *

Lecturas máximas 4 25 400 1.2 mil

Longitud máxima 2 × 150 2 × 150

Bases de datos biológicas

Publicado: 27 diciembre 2021

La investigación de ácidos nucleicos de 2022El número de la base de datos contiene 185

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