Mtabolites secondaires

Ref. Buchanan, Cap. 24

Les mtabolites secondaires (ou produits naturels des plantes)

Les mtabolites secondaires: -Ils sont des molcules qui ne participent pas directement au dveloppement des plantes mais plutt interviennent dans les relations avec les stress biotiques, abiotiques ou amliorent lefficacit de reproduction. -Ils sont diffrents dans les diffrentes espces Au contraire les mtabolites primaires: -ils ont un rle essentiel pour le mtabolisme et le dveloppement vgtal -se retrouvent dans toutes les espces

La diffrence entre le deux catgories peut tre trs petite ou arbitraire (dpends du niveau de connaissance)

Fonction des mtabolites secondaires

Il ont des fonctions trs diffrents, exemples: -Protection de lattaque des pathognes ou des herbivores (menthe par exemple)

-Attraction des pollinisateurs

-Ils participent des rponses alllopathiques (comptition entre les plantes pour la germination et croissance) -Ils sont des molcules qui sont aussi trs utiles pour lhomme, comme colorants, armes, antibiotiques, herbicides, drogues etc.

Rponses alllopathiques
Lalllopathie est l'ensemble des interactions biochimiques directes ou indirectes, positives ou ngatives, dune plante sur une autre (microorganismes inclus) au moyen de mtabolites secondaires tels les acides phnoliques, les flavonodes, les terpnodes et les alcalodes.

Les plantes comptent les unes avec les autres pour obtenir le soleil et les substances nutritives. Elles ont volues des mcanismes pour conqurir son propre espace. Le composs alllopathiques librs dans lair ou dans le sol. sont

Exemples Acacia pruinocarpa produit des composs alllopathiques qui empchent la croissance des autres plantes comptitrices.

Quand une graine germe, il peut librer des substances qui inhibent la germination des autres plantes de la mme espce

Des recherches envisagent lutilisation des composs alllopathiques comme herbicides ou pesticides naturels.

Types et origine des mtabolites secondaires

On peut identifier trois types de mtabolites secondaires: Ils drivent de: lIPP (isopentenyl diphosphate), une molcule 5 C No de diffrent molcules caractrises

-Terpnodes

25000

-Alcalodes

Acides amins

12000

-Molcules phnoliques

Voie de lacide shikimique et actate/malonate

8000
Ces voies synthtisent aussi des mtabolites primaires

Les terpnodes
Ils sont forms par la polymrisation des units 5 atomes de charbon. Le nom a origine historique car les premiers membres du group ont t isols de la trbenthine (terpentin)

-Ils sont appels aussi isoprnodes car leur dgradation thermique libre le gaz isoprne. Mais lisoprne nest pas le vrai prcurseur des isoprnodes.
Unit rptitive formelle Produit de dgradation thermique

Prcurseur:

Isopentenyl diphosphate

Classification des terpnodes

Ils sont distingus dans des diffrents classes selon le nombre de units isoprniques quils contiennent.
Lunit de numration est base sur le premier terpnode isol en 1850 qui tait un C10.

Nom
EMIterpenes MONOterpenes SESQUIterpenes DIterpenes TRIterpenes TETRAterpenes POLIterpenes

no unit 5 x C
1 2 3 4 6 8 >8

Example de molcule
Isoprne Aromes volatiles, parfums Phytoalexines Phytole, giberellines, phytoalexines, molcules avec action farmacologique Brassinosterodes, steroles de membrane, certains toxines Carotnodes Plastoquinones, ubiquinones, polymre (latex)

Isoprne
Lenzyme isoprne synthase est prsent dans les chloroplastes de nombreuses plantes C3 mais on ne sait pas quelle est sa fonction. Lmission annuelle disoprne est estime sur les 5x108 tonnes/an et a une grande influence car il favorise la production dozone dans la troposphre. Celui-ci est un agent polluant cause de son action oxydante.
(Lozone stratosphrique, par contre, a une action de filtre UV bnfique pour la biosphre)

Les Phytoalexines
Les phytoalexines sont des molcules synthtises par les plantes en rponse aux parasites (champignons en particulier); Elles ont une fonction antibiotique pour stopper la croissance du pathogne

Ils sont souvent des molcules phnoliques (voir aprs)

Les hormones vgtaux

Exemples de hormones vgtaux qui sont synthtiss par la voie des terpnes

Les hormones vgtaux Molcules signaux

Ils influencent le dveloppement des plantes

Leur action est souvent influenc par les conditions environnementales Ils ne sont pas des mtabolites secondaires! , ils sont indispensable au dveloppement
a montre comme la distinction entre produites secondaires et primaires est tout fait subtile

Gibbrellines (Di-terpnes)
Elles sont des hormones vgtaux. Elles sont impliques dans beaucoup de rponses chez les plantes Ex. 1, Elles poussent lallongement de la tige

Plantes traites avec gibbrellines

Plantes contrle

Gibbrellines (Di-terpnes)
Ex. 2, Elles stimulent la floraison

Plantes traites avec gibbrellines

Plantes contrle

Acide abscissique (ABA)

Il a 15 atomes de carbone (sesqui-terpne), mais il est synthtis partir des carotnodes (C40, ttra-terpnes)

Acide abscissique
Il stimule des diffrentes rponses: -dveloppement et maturation des graines -tolrance de la dshydratation -fermeture des stomates

Feuille contrle

Feuille traite avec ABA

Brassinostrodes
Ils sont des tri-terpnes (C30)

Ils sont des strodes

Strodes: tous les lipides possdant un noyau cyclopentanophnanthrnique ou drivant de celui-ci

Brassinostrodes
Ils sont importants dans le dveloppement morphologique

Ex. Allongement des cellules vgtales

Plantes qui ne synthtise pas Brassinostrodes (naine)

Plante sauvage

Huiles essentielles
Terpnes volatiles qui ont souvent une fonction de dfense contre les insectes et herbivores. Ils sont souvent utiliss pour leur fonction antiseptique ou pour leur odeur comme armes ou parfums.

Limonne

Menthol

Latex
Les latex ont une double fonction de dfense. Quand un insecte ravageur (termite, chenille...) pntre dans l'corce d'un arbre producteur de latex ou mange l'une de ses feuilles, l'arbre envoie la tte de l'insecte un jet de gel collant. L'insecte qui ne peut plus se nourrir et meurt rapidement. Mme si l'insecte survit cette premire forme de dfense, le latex contient des substances chimiques qui le tuent. La caoutchouc est un driv du latex.

La synthse de trbenthine (mono-terpnes) est utilise par les arbres dans la guerre chimique contre les insectes.
Les taches blanches reprsentent le trou dentre dun coloptre. Raction: 1) Production de rsine par lcorce et fermeture du trou dentre. 2) Synthse de trbenthine (-pinne + -pinne) qui tue le coloptres. 3) Evaporation de la trbenthine et solidification du bouchon.

Biosynthse terpnodes

La synthse a quatre parties:

1- Synthse du IPP 2- Condensation des units de IPP 3- Elaborations du squelette 4- Modifications secondaires

Biosynthse des terpnes

Beaucoup de composs secondaires sont toxiques, ils sont alors stocks dans des cellules spciales, vsicules spcifiques ou dans la vacuole.

La synthse a lieu dans le cytosol/ER Sesqui (C15), Tri (C30), poly ou les plastes Isoprne, mono (C10), di (C20), ttra (C40).

Biosynthse des terpnes

Feuille de thym: trichomes glandulaires o sont synthtiss les mono et sesquiterpnes qui sont responsable des armes

Feuille de citron: cavit de scrtion

Tuyau rsinifre du pin

Synthse de lIPP dans le cytosol/ER

La synthse dans le cytosol est connue sous le nom se Voie de lactate/mvalonate (le premier intermdiaire dcouvert).

Cet enzyme a une rgulation trs complexe. Il est compos des diffrents sous-units, et il y a plusieurs gnes pour chacune

Chaque gne a une contrle spcifique (ex. induction dans un tissu spcifique, dans une phase du dveloppement, en rponse une hormone ou lattaque des pathognes)

Synthse du IPP dans les plastes

Il y a une voie de synthse diffrente dans les plastes (pyruvate/glycraldhyde 3P) Plastes

Cytosol

Cette voie a une origine probablement bactrienne, son organisation a t clarifie par marquage 13C et RMN.

Condensation des units isoprniques

A partir du IPP sont produits tous le diffrent types de terpnes

Carotnodes

Les carotnodes
Les carotnodes sont prsent en grande quantit chez les chloroplastes aussi, mais la couleur est couverte par celle des chlorophylles. Les carotnodes dans les deux types de plastes sont organiss de faon trs diffrente: dans les chromoplastes ils sont organiss en cristallodes; dans les chloroplastes ils sont lis des protines o ils ont une fonction notamment dans la photoprotection.
chlorophylle

Exemple: -carotne

carotnode

Capture de la lumire

Photoprotection

Chromoplastes: les plastes colors

Ils sont des corpuscules colors en jaunes, orange ou rouge. La couleur dpends de la combinaison de carotnodes contenus. Prsents dans les fruits (tomates, oranges, citrons), les fleurs, les racines (carotte, pomme de terre) aux quels donnent la pigmentation.

Carotnodes

Les enzymes prnyl-transfrase et terpne synthase sont responsable de la diversification des terpnodes par deux ractions opres sur des diffrentes substrats: lune de laddition rptitive dunits C5, lautre de la cyclisation. Les deux ractions sont bases sur la formation de carbocations assiste par des ions mtalliques, suivies par le collapse.
Prnyl-transfrase

Groupe allylique

Elaborations du squelette Ex. de production dun trpenodes: limonne

Lenzyme limonne synthase est le prototype des diffrentes terpne synthases responsable de cyclisations. Ces ractions impliquent la formation dun carbocation induit par un ion mtallique divalent et dun anion dlocalis qui collapsent avec la formation dun intermdiaire allylique tertiaire (linalyl pyrophosphate). Cette isomrisation permet la rotation sur la liaison C2-C3 et la formation dune structure strique compatible avec la cyclisation par un intermdiaire carbocation

Modifications secondaires
Des modifications secondaires des composs cycliques parentaux produisent des milliers de composs dont la fonction est souvent directe contre des tapes du mtabolisme animal et dfinie par slection

Les Alcalodes
La dfinition originale de alcalode est la suivante: produits dorigine vgtale, basiques, contenants azote et pharmacologiquement actifs
(1806, Friedrich Serturner; 1819 , Carl Meissner)

En ralit plusieurs alcalodes ne sont pas pharmacologiquement actifs pour les mammifres.

ni

alcalines,

ni

Les alcalodes sont connus depuis des milliers dannes Ils ont t et sont utiliss comme: Drogues:
(morphine et codine sont contenues dans le latex du pavot (opium)

Papaver somniferum

Poisons:
(la cigu contient coniine)

Mdical:
Latropine est utilise par ex. pour dilater les pupilles

Les alcalodes sont utiliss aussi comme antalgiques majeurs (morphine), antipaluden (quinine), pour combattre l'excs d'acide urique (colchicine), comme substance paralysante/stimulante (curare, cafine), comme poisons (strychnine, nicotine), comme stupfiants (cocane, mescaline), comme cholinergique (pilocarpine) ou comme anticancreux (vinblastine, vincristine).
Les alcalodes sont prsents aussi dans certains champignons et quelques animaux

Pourquoi une plante devrait-t-elle investir autant dazote dans la synthse de composs avec des structures diffrentes?

La rponse la plus partage est que ces composs soient actif dans la dfense des plantes

Les effets physiologiques sur les animaux sont souvent en accord avec cette hypothse.

-Ds la dcouverte de la morphine, plus que 12.000 alcalodes ont t isols. -Le 20% des plantes fleurs produit des alcalodes spcifiques. -Certaines plantes, comme Catharanthus roseus, produisent jusqu une centaine dalcalodes indoliques mono terpniques.

Les alcalodes isols partir des plantes ont souvent t utiliss comme prcurseurs dune srie de molcules dintrt pharmaceutique dvelopps par modification chimique de la molcule de base. Lintrt dutiliser les composs des plantes comme base pour le dveloppement de nouveaux mdicaments, insecticides, bactricides, antifungiques consiste dans deux considrations principales: Ces organismes sont des prdateurs ou pathognes des plantes, qui ont dvelopp des dfenses appropries. Les mcanismes physiologiques des plantes sont suffisamment diffrents de ceux des autres organismes pour que plusieurs composs de dfense puissent tre synthtiss sans danger pour la plante mme.

actylation

La nicotine est un des insecticides plus efficaces. Sa synthse est stimule par les blessures induites par les herbivores.

La cafine, prsente dans les graines de cacao, caf, cola, th et mat tue presque la totalit des larves de Sphinx (Manduca sexta) en 24 heures. Son effet inhibiteur sur la phosphodiesterase, un enzyme impliqu dans la signalisation par le cAMP.

Laction tratogne de la solanine est due son effet inhibiteur sur la actylcholinestrase, un enzyme impliqu dans la signalisation par lactylcholine

Lactivation continue dun signal deviens toxique.

Les alcalodes de la famille des quinolizidines sont toxiques pour les mammifres, notamment les brebis.

Responsables de certains cas dempoisonnement des brebis en automne quand les plantes portent les graines qui accumulent les lupanines. Leur saveur amer est un fort dterrent, ce qui prouve leur fonction de dfense.

Les difficults de la recherche sur les alcalodes

Les molcules et les intermdiaires des voies synthtiques sont souvent trs complexe. (du 1828 au 1904 pour la structure de la nicotine, du 1802 au 1952 pour la structure
de la morphine)

Les alcalodes saccumulent sans tre utiliss donc leur dbit de synthse peut tre trs faible et le concentration des enzymes encore plus. Les fortes quantits de phnols qui saccumulent dans la plupart des plantes inactivent les enzymes pendant leur extraction ds tissus.

Quelque solution
1) Utiliser des cultures cellulaires comme matriel de dpart
(les tissus non-diffrentis produisent peu de phnols et, souvent, plus alcalodes)

2) Trouver un systme dinduction spcifique de la voie biosynthtique (ex. un liciteur)

Les difficults des cultures cellulaires

Plusieurs alcalodes ne se pas synthtiss en quantit significative en culture (es. vincristine, vinblastine, pilocarpine, morphine et codine)
Probablement lexpression des gnes codant les enzymes de la voie biosynthtique sont exprims de faon tissue-spcifique et/ou induits par le stress biotique/abiotiques.

Anticancreux utilis dans certains cas de leucmie

Antipileptique.

Biosynthse des alcalodes: ajmalicine

graniol

Ltude de ces biosynthses a commenc avec lutilisation des marquages radioactifs. Les rsultats ont montr que les alcalodes drivent ds acides amins (tryptophane, tyrosine, phnylalanine, lysine, arginine) qui sont dabord dcarboxyle. En plus il y a dautres composantes de la molcule qui drivent soit ds strodes soit ds terpnodes.

Les Molcules Phnoliques

Les molcules phnoliques sont des composs qui contient un groupe phnol (anneau aromatique avec un groupe hydroxyle). Ils Anneau peuvent avoir plusieurs diffrents aromatique substituants.
Groupe phnyle

Groupe -OH acide

Dans lair ces groupes sont facilement oxyds. Ils peuvent former des complexe avec les protines et donner beaucoup de problmes dans les extractions des protines ou de lADN

-Ils sont typiques des plantes vasculaires, qui ont colonises l'environnent arien: le contenu en composs phnoliques est minimale chez les algues

Ils ont beaucoup des fonctions diffrents dans les diffrentes espces: -Dfense contre les pathognes -Molcules de dissuasion alimentaire -Attraction des pollinisateurs -Protections des rayonnements UV -Molcules qui donnent couleur, armes, parfums aux plantes -Rle structurel ( ex. lignine, constituante du bois)
-Ils constituent le 40% du charbon organique dans la biosphre: cause de la lenteur de leur minralisation dans le terrain, cette phase constitue ltape limitante du cycle du carbone dans la biosphre. Cette caractristique permet la prsence du terrain organique, le plus fertile pour les cultures et le plus rsistant lrosion et la solubilisation.

Quelques classes de molcules phnoliques:

Lignines:

Rle structurel

Lignanes:

Dfense ds pathognes, antioxydants

Flavonodes:

Pigments, produits de dfense, molcules signal

Molcules phnoliques - Biosynthse

Comme les autres mtabolites secondaires, chaque espce produit un groupe spcifique de molcules Donc les voies biochimiques sont aussi en partie espcespcifiques
La plus grande partie des molcules drive de la voie des phnylpropanodes. Cette voie se dpart de la tyrosine et la phnylalanine

Molcules phnoliques - Biosynthse

Les molcules base de cette classe de composs sont souvent (mais pas toujours):

Phnylpropanoide

Phnylpropanoid-actate

Les composants des cette classe ont des proprits chimiques diffrentes: ils peuvent tre hydrophiles, hydrosolubles ou des larges polymres insolubles

Des molcules phnoliques ne drivent pas de substrats phnylpropanodes

Oui

Non, cest driv par addition successive dunits dactyl-CoA drives du malonyl-CoA

Molcules phnoliques Biosynthse

Voie de lacide shikimique

Tyrosine et Phnylalanine drivent de la voie de lacide shikimique Synthse partir de molcules intermdiaires de la glycolyse ou de la voie des pentoses phosphate Voie prsente dans les plantes, les champignons, les bactries mais pas chez les animaux (les acides amins aromatiques sont essentiels dans lalimentation)

Molcules phnoliques - Biosynthse

Ltape dengagement de la voie est catalys par lenzyme PAL (phnylalanine ammonium lyase) qui catalyse les ractions 1 et 2, donc peut utiliser tyrosine et phnylalanine, avec la cinnamate hydroxylase on obtient lacide p-coumarique.

Voie des phnylpropanodes

Acide p-coumarique: prcurseur de centaines de produits secondaires: -lignines, -lignanes, -suberines, -flavonodes, -coumarines.

Molcules phnoliques - Lignine

Rle structurel dans les parois cellulaires Elle est accumule dans les structures de conduction et soutien structurel

XYLEME

La rigidit permet la croissance verticale des plantes et le transport de leau par capillarit a toutes les cellules Elle a aussi en rle de protection parce que elle est trs difficile digrer par les herbivores

Composition de la lignine
La substance organique la plus abondante, aprs la cellulose. Elle est un polymre ramifi de phnylpropanodes (trois types principaux dalcools, mais la composition est diffrente dans les diffrentes espces)

La structure prcise nest pas bien connue, mais surement trs complexe

Structure partielle de la lignine

Molcules phnoliques - Flavonodes

Il y a au moins 4500 types de flavonodes

Ils sont diviss dans diffrentes classes: -Anthocyanes -Tannins -Isoflavonodes

Ils ont des fonctions diffrents: -interaction plantes-animaux (ex. attractions des pollinisateurs par le couleur des fleurs et transporteurs des grains dans les fruits; deterrent ) -protection du rayonnement UV
Ils sont dtermin par des anthocyanes dans le vacuole

La chalcone synthase est le premier enzyme de la biosynthse des flavonodes

Flavonodes - Anthocyanes
Attractions des pollinisateurs Ils sont responsable de la plus grande partie des couleurs rouge, violet ou bleu en nature

Protection du rayonnement UV

Plante contrle

Plante sous forte lumire

Flavonodes - Tannins
Ils ont des fonctions diffrents: -Attracteurs ou dterrant alimentaires

Ex. Tannins

Le sorgho rouge produit cette molcule dgotante pour les oiseaux.

Le sorgho blanc ne le produit pas et les oiseaux le mangent trs rapidement

La plupart des armes sont des substances phnoliques

Glycraldhyde 3P (GAP)

GAP

Molcules phnoliques - biotechnologie

Il y a beaucoup des molcules avec action pharmacologique Mdiateurs de la rponse inflammatoire Antivirales Hpato-protecteurs Ces molcules ont aussi en intrt conomique On peut faire produire des molcules utiles en plus ou liminer des molcules non favorables. On peut penser de le modifier avec les biotechnologies Exemples: Augmenter la rsistance au pathognes Augmenter la qualit du bois ou des fibres Production des molcules avec action pharmacologique Production de pigments ou armes