Etude3D PNE 09 2011

RAPPORTS
Secrétariat Général
Service des Politiques

Support et des
Systèmes d'Information
Centre de Prestations
et d'Ingénierie
Informatiques
Département
Opérationnel
Ouest
Septembre 2011
Exploitation de Données
Lidar
Tests des logiciels QGIS, QGIS-

GRASS et Vertical-Mapper
Ministère de l'Écologie, du Développement durable,

des Transports et du Logement
www.developpement-durable.gouv.fr
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René JONCHERE - CP2I/DO ouest/its
Tél. : 02 40 12 84 35 / Fax : 02 40 12 84 44
Courriel : rene.jonchere@developpement-durable.gouv.fr
Rédacteur
René JONCHERE - CP2I/DO ouest/itsService
Relecteur
Prénom NOM - Service
Référence(s) intranet
http://portail-ig.metier.i2/rubrique.php3?id_rubrique=314
SOMMAIRE
1 - CONTEXTE...................................................................................................................................4
2 - QGIS..............................................................................................................................................5
2.1 - Ouverture de la table VRT..........................................................................................................6
2.1.1 -Création d'une palette de couleur dans les propriétés de la couche.......................................................................................................................6
2.1.2 -Utilisation de l'extension Raster Colours (1-band raster colour table).....................................................................................................................7
2.2 - Cas 1 : création des courbes de niveaux avec un pas de 50cm................................................9

2.3 - Cas 1bis : Création d'une courbe de niveau ..........................................................................10
2.4 - Cas 2 : Sélection d'objets sous une cote donnée....................................................................10
2.5 - Cas 3 : profils............................................................................................................................11
2.6 - Cas 4 : Visualisation 3D...........................................................................................................11
2.7 - Cas 5 : soustraction MNT et calcul volume..............................................................................11
2.8 - Conclusions..............................................................................................................................11
3 - QGIS AVEC GRASS...................................................................................................................12

3.1 - Import des données dans Grass..............................................................................................13
3.1.1 -Solution 1 : Importer la couche VRT (r.in.gdal.qgis)..............................................................................................................................................13
3.1.2 -Solution 2 :Importer les fichiers asc d'origine (r.in.gdal)........................................................................................................................................14
3.1.3 -Création de la table des couleurs d'une couche raster..........................................................................................................................................14
3.2 - Cas 1 : création des courbes de niveaux avec un pas de 50cm..............................................16

3.5 - Cas 3 : profils............................................................................................................................20
3.8 - Conclusions..............................................................................................................................26
4 - VERTICAL MAPPER (MAPINFO)..............................................................................................27

4.1 - CAS 1 : création des courbes de niveaux avec un pas de 50cm.............................................28
4.4 - Cas 3 : profils............................................................................................................................32
SG /SPSSI/CPII DO Ouest
1 - Contexte
Il s'agit de comparer un certain nombre d'outils en regard des besoins exprimés par la DREAL des Pays de
Loire sur la manipulation de données de type Litto3D.
Un jeux de 100 dalles au format asc a été founi sur la zone du Marais Poitevin.
Les cas de test sont exprimés sur la base d'une utilisation du logiciel global mapper dans le document : 'fiche-
gm_v2.pdf'
ce sont :
– Cas 1 : création de courbes de niveaux au pas de 0,5m
– Cas 1bis : Générer les courbes de niveau à une altitude donnée.
– Cas 2 : Possibilité de sélectionner les objets d'une couche situés sous une cote donnée
– Cas 3 : profil en long et travers d'un ouvrage sur une longueur donnée
– Cas 4 : visualisation 3D du MNT.
– Cas 5 : Soustraction entre 2 rasters et mesure de l'évolution, volumétrie
Exploitation de données Lidar – QGIS, QGIS-GRASS et VM – Septembre 2011 4/34

2 - QGIS
Qgis offre des possibilités de manipulations des fichiers MNT de type raster avec les extensions
GDAL/OGR.
Pour utiliser l'extension Raster, il faut activer GdalTools avec la commande Extension/Gestionnaire
d'extensions
Préalable :
Le jeu de données est constitué de 100 dalles raster, pour simplifier le chargement et les calculs il
faut créer un Virtual Raster Terrain (VRT) avec la commande Raster/Construire un raster virtuel (Catalogue
VRT)
La boîte de dialogue sous QGIS permet de saisir les paramètres de la commande gdalbuidvrt:
voir http://www.gdal.org/gdalbuildvrt.html
• input directory : ce choix permet de créer le VRT avec toutes les dalles incluses dans le
répertoire
• input files : il faut sélectionner toutes les dalles pour la création du VRT
• résolution : dans le cas ou la résolution de tous les fichiers d'entrée n'est pas la même,
l'option résolution permet de choisir la résolution en fonction des fichiers sources (de la
plus basse à la plus haute, pas défaut c'est moyenne).
Inconvénient : La manipulation des VRT est assez lente sous QGIS. (environ 5 mn pour le charge-
ment de la table virtuelle)

2.1 - Ouverture de la table VRT

La table est chargée par défaut avec la couleur grise, la représentation du MNT peut être réalisée
avec les 2 solutions suivantes :
1. Création d'une palette de couleur dans les propriétés de la couche
2. Utilisation de l'extension Raster Colors (1-band raster colour table)
2.1.1 - Création d'une palette de couleur dans les propriétés de la couche
Sélectionner la couche raster dans le gestionnaire de couche

Afficher les propriétés de la couche raster à l'aide de la commande couche/propriétés ou double-cli-
quer sur la couche raster dans le gestionnaire de couche, onglet Style.
• Choisir la Palette de Couleur dans les propriétés bande unique, rubrique Palette de couleur
• Cliquer sur l'onglet Palette de Couleur et choisir Linéaire dans l'interpolation des couleurs
• Cliquer sur le bouton ajouter une entrée pour fixer la couleur et la valeur associée
• Valider avec le bouton OK

2.1.2 - Utilisation de l'extension Raster Colours (1-band raster colour table)
L'extension Raster Colours/1-band raster colour table permet de réaliser une analyse par coloration
continue. (http://www.bc-consult.com/free/bcccoltbl1.html#V110 )
L'extension propose un grand choix de palette de couleur et différentes méthodes d'analyse par co-
loration continue. (distribution linéaire dans notre exemple)
Appliquer le résultat du plugin 1-band raster colour Table à l'aide de la commande couche/propriétés
ou double-cliquer sur la couche raster dans le gestionnaire de couche, onglet Style.
Choisir la Palette de Couleur dans les propriétés bande unique, rubrique Palette de couleur
• Cliquer sur l'onglet Palette de Couleur et charger une palette de couleur depuis le fichier

Complément pour la création de la légende:
L'extension ou plugin Raster Colours /Colour Scale Bar for One-Band Rasters permet générer la légende pour
la coloration continue (à installer manuellement dans QGIS à partir de http://pyqgis.org/repo/contributed ).
Le fichier généré est au format PNG

2.2 - Cas 1 : création des courbes de niveaux avec un pas de 50cm

L'outil de contours du menu raster permet de générer les courbes de niveaux (commande
gdal_contour)
• Sélectionner la couche raster dans le gestionnaire de couche
• Créer les courbes de niveau avec la commande Raster/Création de contours
• Choisir l'intervalle entre les lignes de contour (0,5m)
• Cliquer sur la case à cocher nom d'attribut
Le fichier résultat est un fichier SHP de nom 'courbes' pour un temps d'environ 4'.
Possibilité de choisir le format du fichier résultat et les seuils (mode commande ou shell)
Ex : gdal_contour -f "sqlite" -i 0.5 "fichier_source" "fichier_destination"

2.3 - Cas 1bis : Création d'une courbe de niveau
L'outil de contours du menu raster permet de générer une courbe à un niveau prédéterminé
(ex :4,5m).
Remarque : dans la version 1.1.0 le plugin ne permet l'utilisation des options, il faut exécuter
Gdal_contour en mode commande ou shell
Gdal_contour -a ELEVATION-fl 4.5 5.5"fichier_source" "fichier_destination"

Le fichier résultat est un fichier SHP de nom 'contours' pour un temps d'environ <1'.
2.4 - Cas 2 : Sélection d'objets sous une cote donnée

Extension Rastercalc (>=4,5m)
Convertir et polygoniser le résultat (GdalTools)
(en cours de rédaction)

2.5 - Cas 3 : profils

le plug-in profile tool permet d'analyse directement le raster sur une droite saisie avec seulement
deux points, exemple :
Les graphiques obtenus peuvent être exportés au format SVG.
2.6 - Cas 4 : Visualisation 3D

Sans objet
2.7 - Cas 5 : soustraction MNT et calcul volume

L'outil Calculatrice Raster du menu raster permet de soustraire 2 MNT. En revanche le calcul du vo -
lume n'est pas défini et le découpage du raster pour limiter les calculs semble ne pas fonctionner (à
tester plus précisément)
2.8 - Conclusions
QGIS seul répond bien au cas d'usage de création de courbes de niveaux et à une analyse de profils
simples. C'est donc un outil qui permet d'aborder à coût logiciel nul quelques besoins 3D, mais qui ne
semble pas assez complet à ce jour pour couvrir l'ensemble des besoins.

3 - QGIS avec GRASS

Préalable : Il est nécessaire d'importer les couches raster grid dans un jeu de données GRASS. Ce
jeu de données doit être existant ou il peut être créé. Il faut utiliser les boutons Ouvrir le jeu de don -
née ou Nouveau jeu de donnée pour activer les modules GRASS et en particulier la boite à outils
GRASS.
La boite à outils GRASS permet l'utilisation des modules GRASS avec l'interface GRASS-QGIS

3.1 - Import des données dans Grass

La définition d’une région (définir une emprise spatiale de travail) dans GRASS est très importante
pour travailler avec des couches rasters.
A l'aide du bouton Éditer la région courante GRASS, on peut définir les limites de la région et chan -
ger la résolution du projet (définir le pas de la région à 1m)
Les paramètres d'encombrement de la région peuvent être affinés pour prendre en compte les limites
précises du projet, par exemple les limites extérieures des dalles raster.
Nota : on peut changer la résolution par la commande sous GRASS shell g.region nsres=1 ewres=1
3.1.1 - Solution 1 : Importer la couche VRT (r.in.gdal.qgis)
La commande r.in.gdal.qgis importe les couches chargées sous QGIS-GRASS. On peut également
importer les fichiers à partir du répertoire d'origine avec la commande r.in.gdal

3.1.2 - Solution 2 :Importer les fichiers asc d'origine (r.in.gdal)
La commande r.in.gdal importe les tables raster à partir des fichiers ASC, ensuite il faut assembler
les dalles GRASS en une seule (dalles chargées dans QGIS-GRASS).
La commande r.patch réalise l'assemblage en une seule couche raster GRASS (interface de QGIS-
GRASS)
Remarque : D'une manière générale l'usage en mode shell des modules GRASS permet l'automati-
sation avec la ligne de commande Windows
exemple : chargement des fichiers ASC dans GRASS
C:\>for /R "T:\PNE\3D\jeux de donnees\nouveaux jeu" %F in (*.asc) do r.in.gdal -o "input=%F" out -

put=%~nF
3.1.3 - Création de la table des couleurs d'une couche raster
Le raster est chargé par défaut avec la couleur grise, la coloration du MNT est réalisé à l'aide d'un fi-
chier contenant les règles de la coloration.

A l'aide de la boite à outils GRASS, la commande r.color applique la coloration définie dans le fichier
color.txt

3.2 - Cas 1 : création des courbes de niveaux avec un pas de 50cm

La couche raster GRASS est ouverte.
A l'aide de la boite à outils GRASS, la commande r.contour permet d'obtenir les courbes de niveaux
(interface de QGIS-GRASS).
Remarque : le temps d'exécution est très rapide < 1', le temps d'affichage est relativement long


A l'aide de la boite à outils GRASS, la commande r.contour2 permet d'obtenir la courbe à un niveau
prédéterminé par exemple 4,5m (interface QGIS-GRASS).
Remarque : le temps d'exécution est très rapide

La création des polygones pour les altitudes de plus de 4,5m s'effectue en 2 étapes :
• Sélection des points rasters supérieure à 4,5m

• Transformation du résultat en polygone vecteur.

A l'aide de la boite à outils GRASS, la commande r.mapcalc sélectionne les valeurs >=4.5m (inter-
face QGIS-GRASS)
remarque : cette commande affecte vrai (1) aux cellules >= 4.5m et faux (0) aux cellules < 4.5m
A l'aide de la boite à outils GRASS, la commande r.null.val élimine les cellules non vrai.
Astuce : pour éviter d'utiliser la commande r.null.val pour rendre nulle les cellules non retenues, on
peut exécuter la commande r.mapcalc en mode shell avec les paramètres suivants :
r.mapcalc "new_raster = if (raster_origine > = 4.5,1,null())"

A l'aide de la boite à outils GRASS, la commande r.to.vect.area transforme le résultat en polygones

(interface QGIS-GRASS).
La sélection des objets ayant une altitude minimale à 4,5m devient très simple avec les polygones
précédents. (plugin requête spatiale)


La création des profils peut être réalisé à l'aide de la commande r.profile (interface shell), le résultat
est stocké dans un fichier texte qui contient les coordonnées de chaque point intermédiaire, la dis -
tance et la hauteur. Le dessin de la courbe peut être obtenu avec un tableur ou gnuplot (R s'intègre
bien avec GRASS)
La commande r.profile en mode shell s'exécute de 2 manières :
• commande seule (sans arguments), r.profile ouvre l'interface graphique suivante
• commande avec arguments, r.profile s'exécute dans la fenêtre shell
Exemple de commande avec arguments : r.profile -g input=marais@marais

'output=d:/nouveaux_jeu/profil.txt' profile=368754,6591344,370814,6591240
Fichier résultat :
X Y Long Altitude
368754 6591344 0 1,91
368755 6591343,95 1 1,91
368756 6591343,9 2 1,94
368757 6591343,85 3 1,89
368757,99 6591343,8 4 1,95
368758,99 6591343,75 5 1,99
368759,99 6591343,7 6 2,05
368760,99 6591343,65 7 2,13
368761,99 6591343,6 8 2,22

Interprétation du résultat avec openoffice

4,5
3,5
2,5
1,5
0,5
0
0 500 1000 1500 2000 2500
SIG GRASS , interface graphique interactif des commandes GRASS
Le jeu de donnée GRASS est ouvert.
La commande shell gis.m ouvre le gestionnaire SIG GRASS qui offre toutes les fonctionnalités
GRASS en mode graphique.
Création d'un profil sur une couche matricielle :


A l'aide de la boite à outils GRASS, la commande nviz ouvre l'interface suivante qui permet de visua -
liser le MNT en 3D.
Attention la région doit être inférieure à 60 millions de points (seuil issu de différents tests). Pour
notre exemple la solution a été de multiplier la largeur et la hauteur de la résolution par 2.


La soustraction MNT et le calcul volume ont été réalisés avec les couches raster IGN et LIDAR_UNI -
VERSITE dans l'encombrement de la couche vecteur NUM.
principes
Le volume est calculé par la différence entre les couches raster et par la somme des différentes va -
leurs du résultat (chaque cellule représente 1m²).
Mise en œuvre
Pour limiter à une surface donnée, les calculs sur les grilles de représentation IGN et LIDAR_UNI -
VERSITE, il faut définir un masque pour les rasters. Cette opération se fait à l'aide d'un raster limité à
cette zone. Pour cela il faut rasteriser la couche vecteur NUM et appliquer le masque.
A l'aide de la boite à outils GRASS, les modules suivants masquent la zone pour les opérations ras-
ter
• module V-to-rast : transforme une zone vectorielle en une zone raster
• module r-mask : définit le masque à partir d'un raster
A l'aide de la boite à outils GRASS, le module r.mapcalc calcule la différence entre les deux couches
raster IGN et LIDAR_UNIVERSITE

A l'aide de la boite à outils GRASS, le module r.sum effectue la somme des valeurs des cellules du
raster issu de la soustraction précédente
Le volume de la différence entre les couches raster IGN et LIDAR_UNIVERSITE est de 9628m3
Vérification
A l'aide de la boite à outils GRASS, le module r.mapcalc sélectionne toutes les valeurs positives et le
module r.sum effectue la somme des valeurs des cellules du raster issu de la sélection

A l'aide de la boite à outils GRASS, le module r.mapcalc sélectionne toutes les valeurs négatives et
le module r.sum effectue la somme des valeurs des cellules du raster issu de la sélection
La somme du volume négatif et du volume positif est égal au volume calculé initialement
(10101m3-473m3=9628m3)
Autre vérification
A l'aide de la boite à outils GRASS, le module r.report analyse le raster et stocke les résultats dans
un fichier texte. Le tableau donne les surfaces pour chaque tranche de valeur, le volume est aisé-
ment déductible. Le calcul sous calc donne 9627m3.

3.8 - Conclusions
QGIS/GRASS permet de répondre à l'ensemble des cas exprimés. Toutefois il est nécessaire de s'in-
vestir dans les fonctionnalités de GRASS. Les concepts de GRASS ne sont pas abordables aisé -
ment, mais une fois surmonté l'investissement initial, les possibilités sont très nombreuses et
semblent assez complètes. Les temps de traitement sont relativement courts, seul le chargement de
la couche des 100 dalles assemblées nécessite un temps d'attente important (environ 2mn)

4 - Vertical mapper (Mapinfo)

Pour traiter les 100 dalles en une fois pour la création des courbes de niveaux, il est nécessaire d'importer
dans VM toutes les dalles et de fusionner les dalles (en
La commande outil>splicer fusionne les grid en une seule table avec la possibilité de définir la méthode lors du
recouvrement des grids.
La commande Colour défini la coloration continue.

4.1 - CAS 1 : création des courbes de niveaux avec un pas de 50cm

La commande contour permet de créer les courbes de niveaux, choisir polylignes et paramétrer l'interval
Remarque le délai d'exécution pour 9 dalles est très long (environ 10'), pour 100 dalles le message d'erreur
« out of memory » apparaît. La solution consiste à modifier la résolution de 1m à 2m à l'aide de la commande
outil>resized
Résultat pour 9 dalles


La commande contour, permet de créer une courbe de niveaux, choisir polylignes et paramétrer l'interval
Remarque pour 100 dalles erreur « out of memory ». La solution consiste à modifier la résolution de 1m à 2m
à l'aide de la commande outil>resized

Création des polygones pour les altitudes de plus de 4,5m

La commande contour permet de créer une région, choisir régions et paramétrer l'interval
Remarque pour 100 dalles erreur « out of memory ». La solution consiste à modifier la résolution de 1m à 2m
à l'aide de la commande outil>resized

La sélection des bâtiments ayant une altitude minimale à 4,5m devient très simple avec les requêtes spatiales
et les polygones précédents

La commande Analysis > cross section dessine le profil de la ligne support sélectionnée.
Résultat
le graphe est paramétrable


Vertical mapper possède une calculatrice raster qui permet de réaliser une soustraction entre 2 MNT. Le calcul
du volume de la différence délimitée par une couche vectoriel est très simple avec l'outil Analysis/Région ins-
pection
Conclusions : Vertical Mapper (Mapinfo) répond partiellement à l'interprétation des données litto3D. La
limitation de la taille des rasters pose cependant des problèmes de précision dans l'interprétation des courbes
et contours vectoriels. En outre la création de courbes de niveaux nécessite un temps calculateur très
important. Les outils permettent une analyse de profils simples et la visualisation 3D.

Service
Sous-service
adresse
adresse1
adresse2
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Fax : xx xx xx xx xx
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2.1.2 -Utilisation de l'extension Raster Colours (1-band raster colour table).....................................................................................................................7

2.2 - Cas 1 : création des courbes de niveaux avec un pas de 50cm................................................9

3 - QGIS AVEC GRASS...................................................................................................................12

3.1.2 -Solution 2 :Importer les fichiers asc d'origine (r.in.gdal)........................................................................................................................................14

3.1.3 -Création de la table des couleurs d'une couche raster..........................................................................................................................................14

3.2 - Cas 1 : création des courbes de niveaux avec un pas de 50cm..............................................16

4 - VERTICAL MAPPER (MAPINFO)..............................................................................................27

Exploitation de données Lidar – QGIS, QGIS-GRASS et VM – Septembre 2011 4/34

Exploitation de données Lidar – QGIS, QGIS-GRASS et VM – Septembre 2011 5/34

2.1 - Ouverture de la table VRT

2. Utilisation de l'extension Raster Colors (1-band raster colour table)

2.1.1 - Création d'une palette de couleur dans les propriétés de la couche

Sélectionner la couche raster dans le gestionnaire de couche

Exploitation de données Lidar – QGIS, QGIS-GRASS et VM – Septembre 2011 6/34

2.1.2 - Utilisation de l'extension Raster Colours (1-band raster colour table)

Exploitation de données Lidar – QGIS, QGIS-GRASS et VM – Septembre 2011 7/34

Complément pour la création de la légende:

Le fichier généré est au format PNG

Exploitation de données Lidar – QGIS, QGIS-GRASS et VM – Septembre 2011 8/34

2.2 - Cas 1 : création des courbes de niveaux avec un pas de 50cm

Exploitation de données Lidar – QGIS, QGIS-GRASS et VM – Septembre 2011 9/34

2.3 - Cas 1bis : Création d'une courbe de niveau

Gdal_contour -a ELEVATION-fl 4.5 5.5"fichier_source" "fichier_destination"

2.4 - Cas 2 : Sélection d'objets sous une cote donnée

Exploitation de données Lidar – QGIS, QGIS-GRASS et VM – Septembre 2011 10/34

2.5 - Cas 3 : profils

Les graphiques obtenus peuvent être exportés au format SVG.

2.6 - Cas 4 : Visualisation 3D

2.7 - Cas 5 : soustraction MNT et calcul volume

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3 - QGIS avec GRASS

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3.1 - Import des données dans Grass

3.1.1 - Solution 1 : Importer la couche VRT (r.in.gdal.qgis)

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3.1.2 - Solution 2 :Importer les fichiers asc d'origine (r.in.gdal)

exemple : chargement des fichiers ASC dans GRASS

C:\>for /R "T:\PNE\3D\jeux de donnees\nouveaux jeu" %F in (*.asc) do r.in.gdal -o "input=%F" out -

3.1.3 - Création de la table des couleurs d'une couche raster

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Exploitation de données Lidar – QGIS, QGIS-GRASS et VM – Septembre 2011 15/34

3.2 - Cas 1 : création des courbes de niveaux avec un pas de 50cm

Exploitation de données Lidar – QGIS, QGIS-GRASS et VM – Septembre 2011 16/34

3.3 - Cas 1bis : Création d'une courbe de niveau

Remarque : le temps d'exécution est très rapide

3.4 - Cas 2 : Sélection d'objets sous une cote donnée

• Sélection des points rasters supérieure à 4,5m

La couche raster GRASS est ouverte.

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Exploitation de données Lidar – QGIS, QGIS-GRASS et VM – Septembre 2011 18/34

A l'aide de la boite à outils GRASS, la commande r.to.vect.area transforme le résultat en polygones

Exploitation de données Lidar – QGIS, QGIS-GRASS et VM – Septembre 2011 19/34

3.5 - Cas 3 : profils

La couche raster GRASS est ouverte.