BOUKESKES MANAL F4 Biologie Biologie Moléculaire Et Cellulaire

‫الجمهورية الجزائرية الديمقراطية الشعبية‬
République Algérienne Démocratique et Populaire
‫وزارة التعليم العالي والبحث العلمي‬

Ministère de L’enseignement Supérieur et de La Recherche Scientifique
‫ قالمة‬1945 ‫ ماي‬8 ‫جامعة‬
Université 8 Mai 1945 Guelma
Faculté des Sciences de la Nature et de la Vie et Sciences de la Terre et de L’univers
Mémoire En Vue De L’obtention Du Diplôme De Master

Domaine : Sciences de la Nature et de la Vie
Filière : Sciences Biologiques
Spécialité/Option : Biologie Moléculaire et Cellulaire
Département : Biologie
Thème :
Contribution à l’étude microbiologique des boues

«
Cas de la station d’épuration STEP de Guelma »
Présenté par :
• Boukeskes Manel
• Fardjallah Ines
Devant le jury composé de :
Président (e) : Khallef Messaouda M.C.A Université de Guelma
Examinateur : Tabet Mouna M.C.B Université de Guelma
Encadreur : Benouareth Djamel eddine Professeur Université de Guelma
Juillet 2021
Remerciement
En tout premier lieu, nous remercions le bon Dieu, le tout puissant et miséricordieux, de nous
avoir donné la force pour continuer, ainsi que le courage pour dépasser toutes les difficultés.
Notre plus grande gratitude va à notre encadreur le Professeur BENOUARETH D. E, pour

sa grande disponibilité et pour la confiance qu’il nous a accordé tout au long de la
réalisation de ce mémoire. Pour sa patience, sa gentillesse, et son esprit responsable, critique
et rigoureux. Nous le remercions pour ses connaissances dont il nous a fait bénéficier.
On voudra remercier tous les membres du jury qui vont juger ce modeste travail et nous ont
faits profiter de leurs connaissances et remarques constructives
Mme Khallef M qui nous a fait l’honneur de présider le jury. Veuillez accepter l’expression de
notre sincère reconnaissance, Mme Tabet M qui a spontanément eu la volonté et l’honneur
d’examiner ce travail. Nous tenons à exprimer nos profondes gratitudes pour le temps
précieux que vous consacrer pour juger ce travail. Leurs critiques et commentaires seront
bénéfiques pour enrichir nos connaissances dans ce domaine.
Nos remerciements les plus sincères s’adressent à Mr Guerroui Yassin pour son aide
pratique et son soutien moral ainsi que pour ses judicieux conseils.
Nous tenons à remercier Mme Hayat technicienne de laboratoire, pour nous aider à compléter
nos recherches en fournissant tous les matériels nécessaires.
Nos profondes sincères remerciements pour tous les enseignants de département

« Biologie »
Nous adressons également nos profonds remerciements aux responsables de la station
d’épuration des eaux usées de la ville de Guelma pour leur accueil, leurs aides et leurs
conseils.
A toutes les personnes citées et les autres que nous aurions pu oublier
Merci
"MAITRISER LA QUALITE DE
L’EAU…………VASTE
DEFI AUX ENJEUX VITAUX"
Kofi Annan
Dédicace
En premier, je remercie ALLAH, le tout puissant de m’avoir accordé la force, le courage et

les moyens pour la réalisation de ce travail.
Je dédie ce travail :
A la mémoire de ma « grand-mère » / Mes « grands-pères ». Votre souvenir restera à
Jamais gravé dans mon cœur.
A ma chère grand-mère « Yamina » pour ses soins et son amour précieux.
A mes « chers parents », pour tous leurs sacrifices, leur amour, leur tendresse, leur soutien et
leurs prières tout au long de mes études, Merci d’être toujours là pour moi.
A ma sœur et mes frères : « Soulef », « Iheb » et « Salah eddine » pour leurs encouragements
permanents, je souhaite un avenir radiant plein de réussite, Que dieu vous protège.
A mon beau-frère « Walid » et mes aimables cousins et cousines que j’aime profondément
surtout mes anges « Jouri » et « Shayth ».
A toutes mes copines surtout « Bouthaina », « Imen » et « Randa » …. Merci pour tous ces
agréables moments passés ensemble, je vous aime énormément.
Je dédie mes sincères sentiments d’amour et d’amitié à mon binôme « Manel » pour sa
persévérance, sa positive énergie ainsi que sa volonté, pour tous les bons moments qu’on a
Vécu. Ensemble nous avons pu surmonter pleins d’obstacles Merci.
Et au final à tous ceux qui me sont chers, et à toutes personnes qui m’ont aidé de
Près ou de loin.
Merci…
« INES »
Dédicace
En premier, je remercie ALLAH, le tout puissant de m’avoir accordé la force, le courage et
les moyens pour la réalisation de ce travail.
A la mémoire de mes Grands-mères et mes Grands-pères. Que dieu leurs donne sa miséricorde
A MES TRES CHERS PARENTS

Aucune dédicace aussi parfaite et douce soit-elle, ne saurait exprimer toute ma
reconnaissance et tout l’amour que je vous porte. Ce travail représente le fruit de votre
soutien, vos sacrifices, et vos encouragements. Jamais il n’aurait vu le jour sans les conseils
que vous avez consentis pour mon éducation. Je voudrais vous remercier pour votre amour
que vous ma porter depuis toujours et surtout pour tous les sacrifices que vous avez consentis
pour nous. Que Dieu vous protège et vous accorde une longue vie pleine de santé et de
bonheur.
A MES FRERES AYMEN ET RAMY
À tous les moments d’enfance passés avec vous mes frères, en gage de ma profonde estime
pour l’aide que vous m’avez apporté. Vous m’avez soutenu, réconforté et encouragé. Merci
d’être toujours à mes côtés. Puissent nos liens fraternels se consolider et se pérenniser encore
plus.
A mon oncle Dr Madi Salah, je suis très reconnaissante et je ne te remercierai jamais assez
pour tes précieux conseils.
A mes très chères amies, Rana Samar, Mélissa, Boutheyna, Salsabil, Lamis, Selma, Rania,
Lina et Maya. Je ne peux trouver les mots justes et sincères pour vous exprimer mon affection
et mes pensées, Merci d’être toujours à mes côtés.
A Hassna et Roumaissa, pour leur soutien, leurs conseils et surtout pour leurs
encouragements, Je vous dédie ce travail et je vous souhaite une vie pleine de santé et de
bonheur.
A MON BINOME INES
Pour ton amour et ton support, pour tous les bons moments qu’on a vécu et pour l’amitié
précieuse qui nous réunit. Ensemble nous avons pu surmonter pleins d’obstacles Merci.
Et au final à tous ceux que j’aime et qui m’aiment et à toutes personnes qui m’ont aidé de
près ou de loin.
Merci…
Manel
Sommaire
Liste des figures
Liste des tableaux
Liste des abréviations
Introduction .......................................................................................................................................... 1
Chapitre I Généralités sur les eaux usées
1. Définition d’une eau usée ................................................................................................................ 3
2. Origine des eaux usées..................................................................................................................... 3
2.1 Origine domestique ........................................................................................................................ 3
2.2 Origine agricole .............................................................................................................................. 3
2.3 Origine industrielle ........................................................................................................................ 4
2.4 Origine pluviale .............................................................................................................................. 4
3. Caractéristiques des eaux usées ...................................................................................................... 4
3.1 Les paramètres physicochimiques ............................................................................................... 4
3.1.1 La température............................................................................................................................. 4
3.1.2 Le potentiel d'Hydrogène (pH) ................................................................................................. 4
3.1.3 La turbidité................................................................................................................................... 4
3.1.4 Les matières en suspension (MES) ........................................................................................... 5
3.1.5 La conductivité électrique (CE) ................................................................................................ 5
3.1.6 La demande biochimique en oxygène (DBO5)....................................................................... 5
3.1.7 La demande chimique en oxygène (DCO) .............................................................................. 5
3.1.8 La biodégradabilité ..................................................................................................................... 5
4. Les filières de traitements des eaux usées .................................................................................... 5
4.1 Prétraitement ................................................................................................................................... 6
4.1.1 Dégrillage ................................................................................................................................... 6
4.1.2 Le dessablage............................................................................................................................... 7
4.1.3 Le déshuilage (dégraissage) ..................................................................................................... 7
4.1.4 La neutralisation ......................................................................................................................... 7
4.2 Le traitement primaire (décantation - flottation)........................................................................ 8
4.2.1 La décantation primaire classique ............................................................................................ 8
4.2.2 La flottation (processus physique) .......................................................................................... 9
4.3 Le traitement biologique (traitement secondaire) ..................................................................... 9
4.3.1 Les lits bactériens (culture fixe) .............................................................................................. 9
4.3.2 Les bio-disques (culture fixe) .................................................................................................. 10
4.3.3 Les boues activées (culture libre) ......................................................................................... 11
4.3.4 Le lagunage (culture libre) ..................................................................................................... 11
4.4 Traitement tertiaire....................................................................................................................... 12
4.4.1 La désinfection par chloration ................................................................................................. 12
4.4.2 La désodorisation ...................................................................................................................... 13
4.4.3 La déphosphoration .................................................................................................................. 13
Chapitre II Traitement des boues
1. Généralités ....................................................................................................................................... 14
2. Définition des boues d’épuration ................................................................................................. 14
3. Les différents types de boue ......................................................................................................... 14
3.1 Selon l’origine .............................................................................................................................. 15
3.1.1 Les boues industrielles ............................................................................................................. 15
3.1.2 Les boues primaires .................................................................................................................. 15
3.1.3 Les boues biologiques ou secondaires ................................................................................... 15
3.1.4 Les boues physico-chimiques.................................................................................................. 15
3.1.5 Les boues mixtes ....................................................................................................................... 15
3.1.6 Les boues d’aération prolongée .............................................................................................. 15
3.2 Selon l’état physique.................................................................................................................... 16
3.2.1 Boues liquides ........................................................................................................................... 16
3.2.2 Boues pâteuses .......................................................................................................................... 16
3.2.3 Boues solides chaulées ............................................................................................................. 16
3.2.4 Boues solides compostées ........................................................................................................ 17
4. Caractéristiques des boues ............................................................................................................ 17
4.1 Caractéristiques physico-chimiques .......................................................................................... 17
4.1.1 Matière sèche (MS) et siccité (S) ............................................................................................ 17
4.1.2 Matières en suspension ............................................................................................................ 17
4.1.3 Fraction volatile FV (en % des MS) ....................................................................................... 17
4.1.4 Indice de boue SVI (Sludge Volume Index) ......................................................................... 18
4.2 Caractéristiques biologiques ....................................................................................................... 18
4.2.1 Composition des matières organiques .................................................................................... 18
4.2.2 Composition des matières minérales ...................................................................................... 18
4.2.3 Les Micropolluants ................................................................................................................... 18
4.2.4 Les microorganismes et la microfaune des boues activées ................................................. 18
4.2.4.1 La microfaune ........................................................................................................................ 19
4.2.4.2 Les principales communautés bactériennes des stations d’épurations ........................... 19
a. Les microorganismes responsables de l’élimination de l’azote ............................................... 19
b. Les microorganismes responsables de l’élimination du phosphore......................................... 20
c. Les bactéries filamenteuses ........................................................................................................... 21
4.2.4.3 Les substances de réserve chez les microorganismes des boues ..................................... 24
a. Les poly- β- hydroxyalkanoates ................................................................................................... 24
b. Les polyphosphates ........................................................................................................................ 24
c. Le glycogène ................................................................................................................................... 24
5. Le traitement des boues ................................................................................................................ 24
5.1 Épaississement des boues ............................................................................................................ 25
5.1.1 Epaississement gravitaire ......................................................................................................... 26
5.1.2 Epaississement dynamique ...................................................................................................... 26
5.1.2.1 Epaississement par flottation................................................................................................ 26
5.1.2.2 Épaississement par centrifugation ....................................................................................... 26
5.2 Stabilisation des boues ................................................................................................................ 27
5.2.1 Stabilisation biologique............................................................................................................ 27
5.2.2 Le compostage........................................................................................................................... 27
5.2.3 La stabilisation chimique ......................................................................................................... 27
5.2.4 Le séchage thermique ............................................................................................................... 27
5.3 La déshydratation des boues ....................................................................................................... 27
5.3.1 Lit de séchage ............................................................................................................................ 28
5.3.2 Le séchage thermique ............................................................................................................... 28
5.3.3 Déshydratation mécanique....................................................................................................... 28
5.4 Les traitements d’hygiénisation ................................................................................................. 28
6. Destination finale des boues ......................................................................................................... 28
6.1 La mise en décharge .................................................................................................................... 28
6.2 Incinération ................................................................................................................................... 29
6.3 Valorisation agricole .................................................................................................................... 29
Chapitre III Matériel et Méthodes
1. Objectif ............................................................................................................................................ 30
2. Description de la STEP des eaux usées de la ville de Guelma ................................................. 30
2.1 Localisation et fonctionnement de la STEP.............................................................................. 30
3. Le mode de prélèvement ............................................................................................................... 30
3.1 Prélèvement de boues sèches ...................................................................................................... 30
4. Analyse bactériologique ................................................................................................................ 30
4.1 Recherche et dénombrement des germes revivifiables à 37 °C ............................................. 31
4.2 Recherche et dénombrement des germes indicateurs de contamination fécale ................... 32
4.2.1 Recherche et dénombrement des Coliformes totaux et Coliformes fécaux ....................... 33
4.2.2 Recherche et dénombrement des Streptocoques fécaux ...................................................... 35
4.2.3 Recherche et dénombrement des spores de bactéries Anaérobies sulfito-réducteurs
(ASR) .................................................................................................................................................... 37
4.3 Recherche et dénombrement des Streptomyces ....................................................................... 39
4.4 Recherche des germes pathogènes ............................................................................................. 40
4.4.1 Recherche et dénombrement du Pseudomonas..................................................................... 40
4.4.2 Recherche des Staphylocoques ............................................................................................... 41
4.4.3 Recherche des Entérobactéries ............................................................................................... 42
4.4.3.1 Recherche des Salmonelles .................................................................................................. 42
4.4.3.2 Recherche des Shigelles ........................................................................................................ 43
4.4.3.3 Recherche des Vibrio ............................................................................................................ 44
4.4.3.4 Recherche des levures (Candida albicans) et des moisissures ........................................ 46
5. Identification des bactéries isolées ............................................................................................... 47
5.1 Examen macroscopique des caractères culturaux .................................................................... 47
5.2 Examen microscopique ............................................................................................................... 48
5.2.1 Examen microscopique à l’état frais ...................................................................................... 48
5.2.2 Examen microscopique après coloration de Gram (coloration différentielle) .................. 48
5.2.3 Coloration au bleu de méthylène (coloration non différentielle)........................................ 49
5.3 Examens liés aux caractères biochimiques et enzymatiques .................................................. 49
5.3.1 Caractères enzymatiques .......................................................................................................... 49
5.3.2 Caractères biochimiques .......................................................................................................... 50
5.4 L’antibiogramme .......................................................................................................................... 54
Chapitre IV Résultats et interprétations
1. Résultats des analyses bactériologiques des boues étudiées ..................................................... 56
1.1 Recherche et dénombrement des germes revivifiables à 37 °C ............................................. 57
1.2 Recherche et dénombrement des germes indicateurs de contamination fécale ................... 57
1.2.1 Coliformes totaux et fécaux ..................................................................................................... 57
1.2.2 Recherche et dénombrement des Streptocoques fécaux ...................................................... 58
1.2.3 Recherche et dénombrement des spores Anaérobies sulfito-réducteurs ........................... 59
1.3 Recherche et dénombrement des Streptomyces ....................................................................... 59
1.4 Recherche des germes pathogènes ............................................................................................. 60
1.4.1 Recherche et dénombrement des Pseudomonas ................................................................... 60
1.4.2 Recherche des Staphylocoques ............................................................................................... 61
1.4.3 Recherche des Entérobactéries ............................................................................................... 61
2. Identification des bactéries isolées ............................................................................................... 61
2.1 Examen microscopique des levures ........................................................................................... 66
2.2 Identifications biochimiques des espèces isolées..................................................................... 68
3. Etude de la sensibilité et la résistance des bactéries isolées aux antibiotiques ...................... 71
Discussion ............................................................................................................................................ 74
Conclusion ......................................................................................................................................... 77
Références Bibliographiques
Annexes
Résumé
Abstract
‫ملخص‬
Liste des figures
Figure 1: Les eaux usées ........................................................................................................... 3
Figure 2: Schéma d’une station utilisant les traitements primaires ("plusieurs écrans"),
secondaires ("bassin principal") et tertiaires (DNF au niveau du "bioréacteur"). ...................... 6
Figure 3: Mécanisme de dégrillage. .......................................................................................... 7
Figure 4: Mécanisme de dessablage / dégraissage. ................................................................... 7
Figure 5: Mécanisme de neutralisation. .................................................................................... 8
Figure 6: Le principe du processus de flottation par air dissous. .............................................. 9
Figure 7: Le lit bactérien. ........................................................................................................ 10
Figure 8: Schéma d’un procédé Disques biologiques ............................................................ 10
Figure 9: Principe de fonctionnement des boues activées ...................................................... 11
Figure 10: Le lagunage ............................................................................................................ 12
Figure 11: Boue d’épuration.................................................................................................... 14
Figure 12: Schéma de différents types de boues selon le procédé de traitement .................... 16
Figure 13: Evolution des microorganismes en fonction de l’âge des boues ........................... 19
Figure 14: Arbre phylogénique des protéobactéries ............................................................... 20
Figure 15: Réactions biochimiques simplifiées pour une bactérie déphosphatant Avec AGV :
acides gras volatils - PHA : polyhydroxyalcanoate – P-PO4 : orthophosphate – Nox : Nitrite
et/ou nitrate. .............................................................................................................................. 21
Figure 16: Observations microscopiques en contraste de phase d’un agrégat biologique
normal (a) et d’un agrégat biologique diffus (b) – Schématisation d’un agrégat biologique
normal (c) et diffus (d). ............................................................................................................ 23
Figure 17: Représentation schématique d'une filière de traitement des boues ........................ 25
Figure 18: Recherche des germes totaux ................................................................................ 32
Figure 19: Lecture du test présomptif (a : Positif. b : Négatif). .............................................. 33
Figure 20: Recherche et dénombrement des coliformes. ........................................................ 34
Figure 21: La production d’indole par Escherichia coli. ........................................................ 35
Figure 22: Recherche et dénombrement des streptocoques. ................................................... 37
Figure 23: La recherche des spores de bactéries Anaérobies sulfito-réducteurs (ASR) .......... 39
Figure 24: Recherche des Streptomyces .................................................................................. 40
Figure 25: Protocole de recherche de Staphylococcus ............................................................ 42
Figure 26: Recherche des Salmonelles. ................................................................................... 43
Figure 27: Recherche des Vibrio ............................................................................................. 46
Figure 28: Recherche des levures et des moisissures.............................................................. 47
Figure 29: Résultat du test catalase (a : Positif. b : Négatif). .................................................. 50
Figure 30: Résultat du test oxydase (a : Positif. b : Négatif). ................................................. 50
Figure 31: lecture du test de Simmons .................................................................................... 51
Figure 32: Galerie API 20E..................................................................................................... 52
Figure 33: Galerie API 20 NE ................................................................................................. 53
Figure 34: Galerie Api Staph .................................................................................................. 54
Figure 35: L’antibiogramme (La diffusion en milieu gélosé). ................................................ 55
Figure 36: Représentation graphique du nombre des germes totaux ...................................... 57
Figure 37: Représentation graphique du Coliforme total et fécal ........................................... 58
Figure 38: Représentation graphique des Streptocoques fécaux ............................................. 58
Figure 39: Résultats de la recherche des Anaérobies sulfito-réducteurs (ASR). ..................... 59
Figure 40: Résultats de la recherche des Streptomyces ........................................................... 60
Figure 41: Présentation graphique de nombre de Pseudomonas ............................................ 60
Figure 42: Résultats de la recherche des Staphylocoques. ...................................................... 61
Figure 43: Aspet microscopique de Candida albicans (G× 40) ............................................. 67
Figure 44: Aspet microscopique d’Aspergillus niger (G× 10)................................................ 67
Figure 45: Aspet microscopique de Penicillium (G×40) ........................................................ 67
Figure 46: Profil biochimique de l’espèce Staphylococcus heamolyticus .............................. 68
Figure 47: Profil biochimique de l’espèce Burkholderia cepacia ........................................... 68
Figure 48: Profil biochimique de l’espèce Pseudomonas fluoresens...................................... 69
Figure 49: Profil biochimique de l’espèce Burkholderia cepacia ........................................... 69
Figure 50: Profil biochimique de l’espèce Chryseobacterium meningoseptica...................... 70
Figure 51: Profil biochimique de l’espèce Providencia alcalifaciens/rustigianii ................... 70
Figure 52: Profil biochimique de l’espèce Enterobacter cloacae ........................................... 70
Figure 53: Profil biochimique de l’espèce Proteus mirabilis ................................................. 70
Figure 54: Staphylococcus heamolyticus ................................................................................ 72
Figure 55: Micrococcus spp .................................................................................................... 73
Figure 56: Pseudomonas mendocina ...................................................................................... 73
Figure 57: Résultats d’antibiogramme. ................................................................................... 73
Liste des tableaux
Tableau 1: Classification des bactéries filamenteuses ............................................................ 22

Tableau 2: Résultats des analyses bactériologiques des boues étudiées. ................................ 56
Tableau 3: Résultats des observations macroscopiques.......................................................... 62
Tableau 4: Observations microscopiques et les tests complémentaires. ................................. 65
Tableau 5: Résultats de l’antibiogramme. ............................................................................... 71
Liste des abréviations
API : Application Programming Interface.
ASR : Anaérobie sulfito-réducteur.
ATP : Adénosine-Triphosphate.
BCPL : Bouillon Lactosé au Pourpre de Bromocrésole.
BGN : Bacille à Gram négatif
CE : Conductivité électrique.
CF : Coliformes fécaux.
CO2 : Dioxyde de carbone.
CT : Coliformes totaux.
DBO5 : Demande biologique en oxygène.
DCO : Demande chimique en oxygène.
D/C : Double concentration.
E. coli : Escherichia coli.
EPA : Eau peptonée alcaline.
EPS : Production de mousse de polystyrène.
Eva Litsky : Bouillon à l’éthyle violet et aide de sodium.
FV : Fraction volatile.
GELM : Gélose à l’extrait de levure et de malt.
GN : Gélose nutritive.
GNAB : Gélose nutritive alcaline biliée.
GT : Germes totaux.
H2S : Hydrogène sulfuré.

IND : Indole.
MES : Matières en suspension.
MMS : Méthyle méthane sulfonate.
MS : Matière sèche.
MVS : Matière volatile en suspension.
NPP : Nombre le plus probable.
OMS : Organisation Mondiale de la santé.
pH : Le potentiel d'Hydrogène.
Rothe : Bouillon à l’azide de sodium.
SF : Streptocoques fécaux.
SFB : Sérum Foetal Bovin.
SS : Salmonella-Shigelles.
Staph : Staphylocoque.
STEP : Station d’Epuration des Eaux Usées.
SVI : Sludge volume index (Indice de boue).
S/C : Simple concentration.
TDA : Tryptophane désaminase.
TGEA: Glucose Tryptone Extrait Agar.
UFC : Unité formant colonie.
UFC/ml : Unité formant colonie par millilitre.
UV : Ultraviolet.
VF : Viande Foie.
VP : Voges-Proskauer.
Introduction
Introduction
Introduction
Le développement des activités humaines et l’évolution des modes d’habitat, tant en milieu
urbain qu’en milieu rural, se sont accompagnés par des rejets polluants solides, liquides et
gazeux, menaçant la santé des hommes, des animaux et des végétaux. Les eaux de surface
constituent la source la plus menacée par les activités humaines, elles sont les plus exposées à
des pollutions, car ces eaux servent de dépotoirs des déchets divers et sont des collecteurs des
eaux usées provenant des agglomérations (Adjagodo et al., 2017). Pour cette raison, tous les
pays ont déployé des efforts pour résoudre cette problématique. La plupart de ces pays ont
installé des stations de traitement des eaux usées (Raweh et al., 2011).
Le traitement ou l’épurations des eaux usées a donc pour objectif de réduire la charge en
polluants. L’élimination de la pollution organique est essentiellement le fait de procédés
d'épuration biologiques basés sur la transformation de la pollution en biomasse appelée boue.
Une boue est un écosystème formé en majeure partie par des bactéries, protozoaires et
métazoaires où les bactéries s'agglomèrent sous la forme de flocs formés essentiellement par
des bactéries filamenteuses. (Rejsek, 2002).
Cependant, les boues d’épuration sont riches en substances chimiques et en micro-organismes

dont les effets sont indésirables soit pour la conservation des sols, soit pour la qualité
alimentaire des cultures, soit pour la santé de l’homme et des animaux. Elles peuvent également
être chargées en divers polluants : éléments traces métalliques, substances organiques. La
présence de ces micropolluants, réglementés ou non, dans les boues de stations de traitement
des eaux usées pose le problème de leur devenir et de leur impact sur les milieux depuis leur
production jusqu’à l’épandage.
Le principal objectif du traitement des boues en station d'épuration est d'en réduire le volume
pour limiter les quantités à stocker ou voire à épandre et de les stabiliser pour en améliorer les
caractéristiques physiques et arrêter la biodégradation dont elles sont le lieu. En effet, leur forte
teneur en eau (99 %) et les fortes populations bactériennes qui s'y retrouvent en font un bouillon
de culture favorable à la dégradation de la matière organique fraiche et très fermentescible
qu'elles contiennent avec production de mauvaises odeurs.
L’objectif de notre travail consiste à étudier la qualité bactériologique des boues sèches
prélevées de la station d’épuration de Guelma STEP, pour un but de rechercher des
1
Introduction
microorganismes qui sont susceptibles d’être pathogène et ceux qui sont indicateur de
contamination fécale.
Notre travail est structuré en deux parties principales qui englobent en premier une synthèse
bibliographique qui présente des généralités sur les eaux usées dans un premier chapitre et les
différents traitements des boues dans le deuxième chapitre. Une deuxième partie expérimentale
qui présente les différentes méthodes d’analyses microbiologiques utilisées et les principaux
résultats obtenus el leur discussion et à la fin une conclusion.
2
Chapitre I
Généralités sur les

eaux usées
1. Définition d’une eau usée

La pollution de l’eau s’entend comme, une modification défavorable ou nocive des propriétés
physico-chimiques et biologiques, produite directement ou indirectement par les activités
humaines, les rendant impropres à l’utilisation normale établit (Metahri, 2012).
Les eaux usées sont des milieux extrêmement complexes, altérées par les activités anthropiques
à la suite d’un usage domestique, industriel, artisanal, agricole ou autre. Elles sont considérées
comme polluées et doivent être donc traitées avant toute réutilisation ou injection dans les
milieux naturels récepteurs (Selghi, 2001). Fig. 1
Figure 1: Les eaux usées [1]

2. Origine des eaux usées
Suivant l'origine et la qualité des substances polluantes, on distingue quatre catégories d'eaux
usées :
2.1 Origine domestique
Elles proviennent des différents usages domestiques de l’eau, elles sont constituées des déchets
humains, des eaux ménagères de vaisselle. (Metahri, 2012)
2.2 Origine agricole
Les eaux d’origine agricoles sont constituées essentiellement des eaux de drainage, des champs
agricoles et des rejets de lavage des fermes d’élevage. Néanmoins, ces eaux sont parfois
caractérisées par de fortes concentrations de pesticides et d’engrais artificiels (Grosclaude,
1999).
3
2.3 Origine industrielle

Elles contiennent des composés organiques de nature différentes (Hassine, 2004). En plus, des
substances toxiques telles que : l’Arsenic, des métaux lourds… (Gaid, 1984).
2.4 Origine pluviale
L'eau de pluie est une source d'eau relativement propre, mais elle peut être contaminée par des
polluants atmosphériques, poussières, détritus. (Rahman et al., 2019)
3. Caractéristiques des eaux usées
Les normes de rejet des eaux usées, fixent des indicateurs de qualité physico-chimique et
biologique. Certains de ces paramètres sont indicateurs de modifications que cette eau sera
susceptible d’apporter aux milieux naturels récepteurs, (Metahri, 2012). On peut retenir les
analyses suivantes :
3.1 Les paramètres physicochimiques
Ils résultent de l'introduction dans un milieu des substances conduisant à son altération, se
traduisant généralement par des modifications des caractéristiques physicochimiques du milieu
récepteur. La mesure de ces paramètres se fait au niveau des rejets, à l’entrée et à la sortie des
usines de traitement et dans les milieux naturels. (Metahri, 2012)
3.1.1 La température
La température est un facteur écologique important des milieux aqueux, Elle joue un rôle dans
la nitrification et la dénitrification biologique. La nitrification est optimale pour des
températures variant de 28 à 32°C par contre, elle est fortement diminuée pour des températures
de 12 à 15°C et elle s’arrête pour des températures inférieures à 5°C (Bollags, 1973 ; Rodier
et al., 2005).
3.1.2 Le potentiel d'Hydrogène (pH)
L'influence du pH se fait ressentir par le rôle qu'il exerce sur les autres éléments comme les ions
des métaux dont il peut diminuer ou augmenter leur mobilité en solution biodisponible et donc
leur toxicité. Le pH joue un rôle important dans l’épuration d’un effluent et le développement
bactérien. (Metahri, 2012)
3.1.3 La turbidité
La turbidité est inversement proportionnelle à la transparence de l'eau, elle est de loin le
paramètre de pollution indiquant la présence de la matière organique ou minérale sous forme
colloïdale en suspension dans les eaux usées. Elle varie suivant les matières en suspension
(MES) présentes dans l'eau. (Metahri, 2012)
4
3.1.4 Les matières en suspension (MES)

Elles représentent, la fraction constituée par l’ensemble des particules, organiques (MVS) ou
minérales (MMS), non dissoutes de la pollution. En fonction de la taille des particules, on
distingue les matières grossières ou décantables (diamètre supérieur à 100 μm) et les matières
en suspension. On peut également prendre en compte une partie des matières colloïdales, de
dimension inferieure, qui constitue la limite entre la phase solide et la phase dissoute (entre 1
et 10-2 μm) (Rejsek, 2002).
3.1.5 La conductivité électrique (CE)
La conductivité est la propriété que possède une eau à favoriser le passage d’un courant
électrique. Elle fournit une indication précise sur la teneur en sels dissous (salinité de l’eau).
(Metahri, 2012). La mesure de la conductivité permet d’évaluer la minéralisation globale de
l’eau (Rejsek, 2002).
3.1.6 La demande biochimique en oxygène (DBO5)
La DBO5 comme étant la quantité d'oxygène consommée par les bactéries, à 20°C à l'obscurité
et pendant 5 jours d'incubation d'un échantillon préalablement ensemencé, temps qui assure
l'oxydation biologique d'une fraction de matière organique carbonée. Ce paramètre mesure la
quantité d'oxygène nécessaire à la destruction des matières organiques grâce aux phénomènes
d'oxydation par voie aérobie. (Metahri, 2012)
3.1.7 La demande chimique en oxygène (DCO)
La DCO est la concentration, exprimée en mg/l, d’oxygène équivalente à la quantité de
dichromates consommée par les matières dissoutes et en suspension lorsqu’on traite un
échantillon d’eau avec cet oxydant dans des conditions définies par la norme (Rejsek, 2002).
3.1.8 La biodégradabilité
La biodégradabilité traduit l’aptitude d’un effluent à être décomposé ou oxydé par les micro-
organismes qui interviennent dans le processus d’épuration biologique des eaux. La
biodégradabilité est exprimée par un coefficient K, tel que, K=DCO /DBO5.
4. Les filières de traitements des eaux usées
Une station d’épuration est une installation qui permet la dépollution et le traitement des eaux
usées avant d'être rejetées dans le milieu naturel (Aussel et al., 2004). Fig. 2
Elle comporte trois étapes :
5
• La chaîne de traitement de l’eau : Elle regroupe plusieurs procédés qui dépolluent

l’eau usée.
• La chaîne de traitement des boues : Elle conditionne les boues pour essentiellement
réduire leur teneur en eau, en vue de leur valorisation éventuelle.
• Les procédés annexes : Ce sont les procédés qui ne traitent ni l’eau, ni les boues mais
qui valorisent une qualité de service à l’usine d’épuration (Renou, 2006).
Figure 2: Schéma d’une station utilisant les traitements primaires ("plusieurs écrans"),
secondaires ("bassin principal") et tertiaires (DNF au niveau du "bioréacteur"). [2]
4.1 Prétraitement
Destiné à préparer l’effluent au traitement biologique ultérieur, le prétraitement comporte une
succession d’opération physique ou mécanique destinées à séparer les eaux usées des matières
volumineuses, en suspension ou flottantes, qu’elles véhiculent (Altmeyer, 1990). Il existe trois
étapes :
4.1.1 Dégrillage
C’est une opération indispensable qui permet d’éviter le bouchage des différentes installations
(pompes, conduites). Elle est assurée par le passage des eaux usées à travers des grilles qui
retiennent les éléments solides volumineux (papiers, feuille, objets divers) (Aussel et al., 2004).
Fig. 3
6
Figure 3: Mécanisme de dégrillage. [3]

4.1.2 Le dessablage
Consiste à débarrasser les eaux des solides de taille supérieure à 200 μm (sables, graviers,
matières minérales lourdes) par décantation sous l'effet de la gravité (Altmeyer et al., 1990).
4.1.3 Le déshuilage (dégraissage)
Une opération qui consiste à éliminer les huiles et les graisses qui flottent à la surface. La
remontée de ces matières est assurée par l'injection de fines bulles d'air à l'intérieur du bassin
(Altmeyer et al., 1990) Fig.4
Figure 4: Mécanisme de dessablage / dégraissage. [4]
7
4.1.4 La neutralisation
Elle consiste à ajuster le pH entre 7 et 8, à l’aide de réactifs appropriés (acides, bases…)

(Altmeyer, 1990) Fig. 5
Figure 5: Mécanisme de neutralisation. [5]

4.2 Le traitement primaire (décantation - flottation)
Le traitement primaire élimine plus de la moitié des matières en suspension et constitue une
pré-épuration non négligeable quoique insuffisante pour garantir la qualité du rejet en milieu
naturel. Il fait appel à différents procédés physiques et / ou chimiques. Les matières décantable
se déposent au fond ou flottent à la surface par différence de densité ou après adjonction de
produits agglomérant les matières et accélérant leur flottation ou leur sédimentation (Daloz,
2007).
4.2.1 La décantation primaire classique
Il s’agit essentiellement d’un processus physique qui permet sous l’effet de la pesanteur de
séparer des éléments liquides et des éléments solides. Ces derniers se déposent au fond d'un
bassin pour former les « boues primaires » (Marcel, 2012).
8
4.2.2 La flottation (processus physique)
Par opposition à la décantation, la flottation est un procédé de séparation solide-liquide ou

liquide-liquide qui s’applique à des particules dont la masse volumique réelle ou apparente
(flottation assistée) est inférieure à celle du liquide qui les contient (Cindy, 2007) Fig. 6
Figure 6: Le principe du processus de flottation par air dissous. [6]

4.3 Le traitement biologique (traitement secondaire)
Ces traitements permettent d’éliminer les polluants dissous. Pour cela on utilise des populations
de micro-organismes capables de les consommer. Dans les cas étudiés, le principe général est
de favoriser la croissance de communautés de bactéries aérobies, c’est-à-dire qui prélève l’O2
pour leur métabolisme (Madigan, 2007). On en distingue différents types :
4.3.1 Les lits bactériens (culture fixe)

Le principe du lit bactérien, appelé également filtre bactérien (filtre percolateur), consiste à faire
ruisseler une eau qui a subi une étape de décantation, sur une surface spécifique (des matériaux
inertes de 3 à 7 cm : coke, scoris mâchefer cailloutis, morceaux de boriques) servant de support
aux micro-organismes épurateurs. Les supports se recouvrent généralement après quelques
semaines par des pellicules membraneuses très riches en colonies microbiennes qui vont au fur
et à mesure digérer les agents pathogènes et assurer une épuration des eaux usées (Bouziani,
2000) Fig. 7
9
Figure 7: Le lit bactérien. [7]

4.3.2 Les bio-disques (culture fixe)
Biomasse fixée sur des disques tournants au sein du mélange à traiter, coûts de fonctionnement
faibles, efficace à faible charge uniquement, sensible aux conditions climatiques (lessivage du
bio-film par la pluie) (Cindy, 2007) Fig.8
Figure 8: Schéma d’un procédé Disques biologiques (Telli, 2013).
10
4.3.3 Les boues activées (culture libre)
Dans ces procédés, les bactéries se développent dans des bassins alimentés d’une part en eaux
usées à traiter et d’autre part en oxygène par des apports d’air. Les bactéries en suspension dans
l’eau des bassins, sont donc en contact permanent avec les matières polluantes dont elles se
nourrissent et avec l’oxygène nécessaire à leur assimilation (Edeline, 1997) Fig.9
Après ce traitement les eaux sont à nouveau décantées une partie des boues est renvoyée dans
les bassins d’activation pour maintenir la population des microorganismes intervenant dans
l’épuration, le reste des boues, appelé boues en excès, est soutiré pour subir un traitement on
peut prolonger le temps d’aération de façon à obtenir une minéralisation plus forte des boues.
C’est le procédé le plus utilisé (Derouiche, 2012).
Figure 9: Principe de fonctionnement des boues activées.[8]

4.3.4 Le lagunage (culture libre)
Le traitement des eaux usées par les procédés de lagunage se caractérise d’abord par sa grande
simplicité. Une autre caractéristique importante est son grand pouvoir tampon face aux
variations de charges organiques ou hydrauliques, en raison du temps de rétention hydraulique
qui est beaucoup plus élevé que dans les autres procédés (Bouziani, 2000) Fig. 10
Il existe plusieurs types de procédés par lagunage. Ces procédés peuvent être :
• Aérés mécaniquement ou non ;
11
• Aérobies, anaérobies ou facultatifs (zones aérobies et zones anaérobies) ; à décharge

continue, à vidange périodique ou à rétention complète.
Figure 10: Le lagunage. [9]

4.4 Traitement tertiaire
Ces traitements sont à la fois physico-chimiques et biologiques. On les réalise après les
traitements primaires et secondaires afin d’éliminer des éléments nutritifs résiduels, des
polluants organiques résistants, des métaux et des pigments. Par exemple, on peut utiliser des
traitements biologiques avancés pour éliminer le phosphore par le Déplacement Nutritif
Biologique (DNF). On fait passer l’eau par différents réservoirs avec des bactéries et dans des
conditions environnementales différentes (différence de concentration en dioxygène par
exemple). On récupère ensuite les boues lors d’un nouveau passage dans un clarificateur.
Un autre type de traitement que l’on pourrait classer comme tertiaire est le traitement aux UV.
On dénature alors des molécules, comme les œstrogènes, sensibles à ces rayons (Moulin et al.,
2013).
4.4.1 La désinfection par chloration
Les produits chlorés (eau de javel, chlore) ont un grand effet bactéricide grâce à leur pouvoir
oxydant qui permet la destruction des germes pathogène.
12
La désinfection à l’eau de javel est simple à mettre en œuvre, livrée sous forme liquide, elle est
stockée dans une cuve avant d’être requise par une pompe doseuse pour être injectée dans le
bassin de contact ou transite l’eau à désinfecter (Aouadi, 2007).
4.4.2 La désodorisation
La désodorisation au sein des stations d’épuration est soit chimique ou biologique. Le traitement
chimique est la technique la plus utilisée, où les gazes malodorantes sont captées puis envoyées
dans des tours de lavage ou un liquide désodorisant est pulvérisé, ces lavages peuvent être
comportés de la soude pour neutraliser les mauvaises odeurs. Le traitement biologique qui
consiste à faire passer l’air à travers d’un matériau poreux sur lequel on développe un biofilm
de façon analogue aux bio-filtres utilisés pour le traitement de l’eau (Aouadi, 2007).
4.4.3 La déphosphorylation
L’élimination du phosphore est une activité importante du traitement tertiaire. En effet, dans
l’eau le phosphore se retrouve naturellement à l’état minéral à faible concentration (0.01mg/l),
mais l’utilisation « massive » de phosphates dans la fabrication des produits d’entretien et
agriculture pose des problèmes d’équilibre au milieu aquatique. Si les phosphates ne sont pas
directement nocifs, leur action est cependant néfaste par la prolifération des algues qu’ils
génèrent à la surface de l’eau limitant considérablement les échanges avec l’air et l’énergie
solaire, il contribue ainsi à l’eutrophisation des eaux (Aouadi, 2007).
13
Chapitre II
Traitement des boues

1. Généralités
Les eaux usées sont collectées puis acheminées vers les stations d’épuration où elles sont
traitées. En fin de traitement, à la sortie de la station, l’eau épurée est rejetée vers le milieu
naturel et il reste les sédiments des boues résiduaires qui sont composées d’eau et de matières
sèches contenant des substances minérales et organiques. Les boues produites par les stations
d’épuration sont considérées comme des déchets. Elles doivent par conséquent être éliminées
en respectant les nouvelles contraintes réglementaires, environnementales, sanitaires et
économiques. Ces contraintes obligent à rationaliser le traitement de ces boues. (Laville, 2001)
2. Définition des boues d’épuration

Les boues sont définies comme un mélange d'eau et de matières solides, séparé par des procédés
naturels ou artificiels des divers types d'eau qui le contiennent. (Ademe, 2001)
Les boues d’épuration (urbaines ou industrielles) sont les principaux déchets produits par une
station d'épuration à partir des effluents liquides. Ces sédiments résiduaires sont surtout
constitués de bactéries mortes et de matière organique minéralisée. Une installation moyenne
produit environ un excès de 40 g de matière sèche par jour et par habitant. Les boues peuvent
être considérées comme étant des déchets dangereux ou des déchets non dangereux selon leurs
caractéristiques physico-chimiques. Fig. 11
Figure 11: Boue d’épuration [10]
14
3. Les différents types de boue
La nature des boues produites par une station d’épuration dépend de plusieurs facteurs : tel le
type de séparation de boue utilisé, le procédé de traitement qui est fonction de la taille du
système de traitement des effluents et de leur caractéristique d’origine.
3.1 Selon l’origine
3.1.1 Les boues industrielles

C’est l’ensemble de déchets liquides, pâteux ou solides sortant du site de production. (Salhi,
2003) Fig. 12
3.1.2 Les boues primaires
Obtenues par simple décantation d’un résidu insoluble. Ces boues correspondent à la pollution
particulaire directement décantable. Elles sont produites par les industries de la cellulose, les
industries de traitement des métaux, des minerais, les industries agroalimentaires générant des
déchets fibreux. (Ademe, 1999)
Elles sont d’aspect grisâtre, d’odeur fétide, très fermentescible et très contaminées
bactériologiquement. (Rejsek, 2002)
3.1.3 Les boues biologiques ou secondaires
Sont issues d’un bassin aéré ou d’une cuve anaérobie ; des industries chimiques et
pharmaceutiques, agroalimentaires (laiteries, boissons...), textiles et, plus généralement, de
toute industrie rejetant de la pollution organique biodégradable. Elles sont essentiellement
constituées de bactéries et sont très organiques et peu concentrées. (Murillo, 2004)
3.1.4 Les boues physico-chimiques
Sont générées par l’ajout d’un réactif injecté soit en tête de traitement, soit en traitement de
finition, en tertiaire, on retrouve souvent dans ces boues des hydroxydes, voire d’autres métaux
dans le cas des industries de traitement de surface. Ces boues peuvent donc présenter certaines
similitudes avec des boues d’eau potable. (Ademe, 2001)
3.1.5 Les boues mixtes
C’est le mélange des boues biologiques et des boues primaires. Elles existent au niveau des
STEP (station de traitement des eaux polluées) dotées d’une filière de traitement complète.
(Albrecht, 2007)
3.1.6 Les boues d’aération prolongée
Ces boues existent au niveau des STEP sans décantation primaire. Elles sont moins organiques
et donc produisent moins de nuisances ultérieures. (ONA, 2004)
15
Figure 12: Schéma de différents types de boues selon le procédé de traitement (Canler,
2013).
3.2 Selon l’état physique
3.2.1 Boues liquides
Sont issues de l’épaississement des boues biologiques par voie gravitaire (siccité 2-3%MS) ou
mécanique (siccité5-7%MS). On les trouve dans les petites stations rurales et périurbaines.
Elles se stockent, se manipulent et s’épandent comme des lisiers. (Berland, 2001)
3.2.2 Boues pâteuses

Proviennent des boues liquides déshydratées mécaniquement (siccité16-20%MS). Dans
certains cas, elles subissent un conditionnement supplémentaire à la chaux qui accroit la siccité
du produit brut (25%MS). Ces boues pâteuses sont produites dans des stations de taille
moyenne. Elles sont difficiles à stocker et surtout à épandre avec régularité. En outre, elles
présentent souvent de graves problèmes d’odeurs, sauf dans le cas d’un traitement
complémentaire à la chaux. (Berland, 2001)
3.2.3 Boues solides chaulées

Résultent soit de boues pâteuses traitées à la chaux (siccité30%MS), soit de boues liquides
épaissies traitées à la chaux et déshydratées mécaniquement (siccité40%MS). Elles sont
produites par des stations de taille moyenne ou de grande taille.
16
Les boues solides chaulées se stockent, se manipulent et s’épandent facilement. Par ailleurs,
elles présentent beaucoup moins de problèmes d’odeurs que les boues liquides et les boues
pâteuses non chaulées. (Berland, 2001)
3.2.4 Boues solides compostées

Sont issues du mélange de boues pâteuses avec un support ligno-cellulosique structurant
(déchets d’espaces verts, copeaux…).
Les boues solides compostées sont plus faciles à stocker que les boues solides chaulées. Elles
s’épandent aussi facilement et sont pratiquement sans odeur. (Berland, 2001)
4. Caractéristiques des boues
4.1 Caractéristiques physico-chimiques
4.1.1 Matière sèche (MS) et siccité (S)
C’est le paramètre principal de la définition de filière et surtout un des plus faciles à mesurer.
La matière sèche (MS) est exprimée en g/L. Rapporté à la masse totale de boue, on l’exprimera
en fraction massique S qui correspond à la siccité. Il permet de connaître la quantité de boue à
traiter, quel que soit son niveau de concentration dans la filière de traitement. (Lachassagne,
2014)
4.1.2 Matières en suspension

Si les matières sèche sont faciles à déterminer sur les phases concentrées, il n’en va pas de
même sur les phases clarifiées où la procédure de mesure de MES par filtration sur membrane
est plus appropriée. Afin d’écrire un bilan matière rigoureux soit en MS, soit en MES sur une
opération de séparation de phase (qui ne sépare que les MES), on reliera les deux paramètres
par la relation expérimentale suivante :
MES = MS – [substances organiques et minérales dissoutes] (Lachassagne, 2014)
4.1.3 Fraction volatile FV (en % des MS)

C’est le rapport des matières volatiles MV (en g/L) sur les matières sèches MS (en g/L). Elle
donne une précieuse indication sur le degré de stabilisation de la boue, et son aptitude à divers
traitements (déshydratation, incinération…). (Dudkowski, 2000)
17
4.1.4 Indice de boue SVI (Sludge Volume Index)

Il caractérise l’aptitude à la décantation, et donc ultérieurement à l’épaississement puis à la
déshydratation d’une boue issue d’un traitement biologique. Il est à relier indirectement aux
MS et MV. (Amadou, 2007)
4.2 Caractéristiques biologiques
4.2.1 Composition des matières organiques

La connaissance de la composition élémentaire de la boue en termes de C, H, O, N, S permet
de déterminer l’aptitude d’une boue à être dégradée biologiquement (digestion anaérobie avec
production de biogaz) ou thermiquement (incinération) par écriture de la stœchiométrie de
dégradation. Elle est exprimée par rapport aux MV, voire par rapport aux MV dégradables
uniquement si l’on s’intéresse à la stabilisation biologique.
C5H7O2N est souvent pris comme « formule brute » d’une boue biologique. (Echab, 1998)
4.2.2 Composition des matières minérales
Silice, alumines, carbonates et phosphates constituent les éléments les plus couramment
rencontrés, à l’exception des boues minérales d’industries spécifiques. Carbonates et
phosphates ont ainsi leur importance pour préciser la qualité agricole d’une boue épandue ; la
silice est un élément défavorable en centrifugation.
Par ailleurs les chlorures, essentiellement solubles, sont peu appréciés en cas d’utilisation des
cendres de boues incinérées en valorisation dans le béton. (Tauzin, 1986 ; Benoît et al., 2014)
4.2.3 Les Micropolluants
Ils doivent être caractérisés en cas d’épandage agricole comme en cas d’incinération, car ils
peuvent alors se retrouver dans les fumées. Les législations se sont longtemps tenues aux seuls
micropolluants minéraux en limitant les rejets des métaux lourds suivants : plomb, chrome,
cuivre, manganèse, nickel, arsenic, cadmium et mercure. (Suh, 2002)
4.2.4 Les microorganismes et la microfaune des boues activées

L’observation rapide et simple par microscopie optique permet d’identifier les protozoaires,
métazoaires et bactéries filamenteuses de morphologies particulières. Les bactéries
filamenteuses des boues activées recouvrent une grande diversité de genres bactériens qu’il est
nécessaire de pouvoir distinguer. (Pandolfi, 2006)
18
4.2.4.1 La microfaune
Elle représente une quantité de cellules de l’ordre de 105 à 107 individus par litre de boues
activées. Cette microfaune joue un rôle de prédateur des bactéries isolées et des bactéries mortes
et ainsi participe à la clarification des effluents (Pandolfi, 2006) Fig. 13. Selon l’organisation
cellulaire des microorganismes, on distingue deux familles principales :
- Les protozoaires
- Les métazoaires.
Figure 13: Evolution des microorganismes en fonction de l’âge des boues (Canler et al,
1999)
4.2.4.2 Les principales communautés bactériennes des stations d’épurations
L’examen microscopique des boues montre qu’il s’agit d’un milieu hautement complexe où se
rencontre un grand nombre de bactéries libres, filamenteuses ou floculées. Cette microflore
représente 1011 à 1012 bactéries par litres de boues activées (Pseudomonas, Micrococcus,
Flavobacterium…). (Pandolfi, 2006)
a. Les microorganismes responsables de l’élimination de l’azote
✓ Au cours de la nitrification
Les approches moléculaires et plus particulièrement le séquençage des acides nucléiques ont
permis d’établir les caractéristiques phylogénétiques de ces bactéries. Les bactéries nitrifiantes
se répartissent en deux groupes :
- Un groupe oxydant l’ammonium en nitrites : les bactéries nitritantes
- Un groupe oxydant les nitrites en nitrates : les bactéries nitratantes
19
Parmi les deux groupes de microorganismes, on trouve :

- Chez les nitritantes : Nitrosomonas, Nitrosococcus, Nitrosospira, Nitrosolobus et
Mitrosovibrio. Fig. 14
- Chez les nitratantes : Nitrobacter, Nitrospina, Nitrococus, Nitrospira.
Figure 14: Arbre phylogénique des protéobactéries (Pandolfi, 2006)

✓ Au cours de la dénitrification
Au cours de la dénitrification l’ion NO3- est l’accepteur final d’électrons au niveau de la chaîne
de respiration. Les principales bactéries concernées sont : Alcaligenes, Bacillus, Thiobacillus
et Pseudomonas (Pandolfi, 2006). Elles sont hétérotrophes et présentent une vitesse de
croissance élevée.
b. Les microorganismes responsables de l’élimination du phosphore
Les bactéries impliquées dans la déphosphatation sont répertoriées dans la littérature en deux
grandes familles. Fig. 15
Les principales bactéries appartenant au groupe des PAO sont : Acinetobacter spp, β-
Proteobacteria, Actinobacteria et Rhodocyclus. (Seviour et al., 2003)
20
Figure 15: Réactions biochimiques simplifiées pour une bactérie déphosphatant Avec AGV :
acides gras volatils - PHA : polyhydroxyalcanoate – P-PO4 : orthophosphate – Nox : Nitrite
et/ou nitrate. (Durban, 2015)
c. Les bactéries filamenteuses
Les bactéries filamenteuses jouent un rôle important dans la formation des structures floculées
des boues en les rendant plus résistantes à la prédation et aux perturbations hydrodynamiques
(Parker et al., 1971). Cependant, lorsque leur densité est trop importante, la densité apparente
des agrégats peut être diminuée, entrainant des dysfonctionnements biologiques plus
amplement.
✓ Classification
Eikelboom (1975) a observé un grand nombre de bactéries filamenteuses (26 espèces) dans
différentes stations d’épuration, et a bâti une classification comprenant sept groupes Tab. 1.
Cette classification est basée d’une part sur la morphologie des filaments (vraies ou fausses
ramifications, filaments mobiles, coloration de Gram…) et d’autre part sur l’absence ou la
présence d’inclusions cellulaires (granules de polyphosphates, de poly-β- hydroxybutyrate et
de soufre).
21
Tableau 1: Classification des bactéries filamenteuses (Pandolfi, 2006)
✓ Les dysfonctionnements dus aux bactéries filamenteuses
Les principaux dysfonctionnements dus aux bactéries filamenteuses sur station se manifestent
sous deux formes :
- Le foisonnement des boues
Le foisonnement des boues est le phénomène le plus souvent à l’origine des problèmes de
décantation (Tandoi et al., 2006). La décantation des boues est altérée par la présence
importante de bactéries filamenteuses qui entraînent l’ouverture de la structure des agrégats
biologiques et/ou la création de pontages inter-flocs. La morphologie d’un floc normal observée
en microscopie (contraste de phase) est représentée sur la Figure 16.a et celle d’un agrégat dit
diffus – en présence de bactéries filamenteuses sur la Figure 16.b. Pour une meilleure
compréhension des phénomènes, une représentation schématisée est également donnée sur la
Figure 16.c pour un agrégat dit normal et pour un floc diffus sur la Figure 16.d.
22
Figure 16: Observations microscopiques en contraste de phase d’un agrégat biologique

normal (a) et d’un agrégat biologique diffus (b) – Schématisation d’un agrégat biologique
normal (c) et diffus (d). (Durban, 2015)
L’altération de la morphologie des agrégats peut entrainer des pertes de boues au niveau du
décanteur secondaire et un non-respect des niveaux de rejet, des difficultés à maintenir des
concentrations stables en biomasse dans l’installation ainsi que des difficultés pour la
déshydratation des boues (Tandoi et al., 2006). L’impact des bactéries filamenteuses sur la
morphologie des flocs peut différer suivant les espèces impliquées. M. parvicella ou Type 0092
provoquent l’ouverture du floc tandis que Thiothrix sp. Forme des pontages entre les agrégats.
Certaines bactéries peuvent entrainer ces deux phénomènes comme Type 0041/0675. (Jenkins
et al., 2004)
- Le moussage biologique
Ce type de dysfonctionnement se caractérise par la présence d’une couche de mousses stables

et denses en surface des bassins ainsi que par la présence de flottants au niveau du clarificateur.
Il résulte de la stabilisation entre trois éléments : l’air, l’eau et les cellules bactériennes. Le
moussage peut être causé par la production excessive d’EPS (lipides, protéines ou
carbohydrates), par la présence de composés tensio-actifs dans les eaux usées ou par la
23
prolifération excessive de bactéries filamenteuses dont les parois sont très hydrophobes. Les
bactéries hydrophobes, et éventuellement les agrégats auxquels elles sont liées, ont tendance à
être entrainées à la surface des bassins sous l’action de l’aération. De par leur caractère
hydrophobe, M. parvicella et Mycolata sont les bactéries filamenteuses le plus souvent à
l’origine de ce type de dysfonctionnement (Jenkins et al., 2004). L’accumulation de biomasse
dans les mousses entraine des difficultés à maintenir stable la concentration en matières en
suspension (MES) dans l’installation et à contrôler l’âge de boues (Tandoi et al., 2006). Des
flottants en surface des clarificateurs peuvent être induits par des phénomènes de dégazage en
présence de réactions de dénitrification ou en l’absence de dégazeur en amont du clarificateur.
4.2.4.3 Les substances de réserve chez les microorganismes des boues

La majeure partie des microorganismes filamenteux ou non filamenteux des boues activées
possède des polymères de stockage comme les PHA (poly-β-hydroxyalkanoate), les PHB
(Poly-β-hydroxybutyrate), le glycogène, ou les polyphosphates.
a. Les poly- β- hydroxyalkanoates
Les poly-β-hydroxyalkanoates sont des granules intracellulaires présents chez les procaryotes
dont la taille peut varier de 0,2 à 0,5 μm. Ils constituent les réserves en carbone et en énergie.
Les polymères de ce type sont en général des chaînes linéaires de longueur variable qui sont
enfermées dans des granules. (Dawes et al., 1973)
b. Les polyphosphates
Les granules de polyphosphates stockés chez les bactéries de type PAO, sont appelées
« Granules de volutine », car elles ont été trouvées pour la première fois chez Spirillum volutans.
Les polyphosphates sont des polymères linéaires composés de monomères d’orthophosphates.
c. Le glycogène
Le glycogène est un polymère composé de monomères de glucose reliés par des liaisons α (1-
4) et α (1-6). En condition anaérobie, le glycogène est consommé afin de convertir les acides
gras en phosphates.
5. Le traitement des boues
Le traitement des boues est défini comme l’ensemble des opérations visant à modifier les
caractéristiques des boues en excès afin de rendre leur destination finale fiable et sans nuisance.
Les boues subissent des traitements de déshydratation et de stabilisation avant d’être rejetées
dans le milieu naturel ou réutilisées à des fins agricoles ou énergétiques. (Blondeau, 1985).
Fig. 17
24
✓ Objectifs
Quelle que soit la destination des boues qui impose la mise en place d’une filière de traitement,
ou s’attachera lors du traitement à :
- Réduire les volumes et éviter la fermentation (odeurs).
- Limiter au maximum les risques pathogènes.
- Utiliser des procédés permettant de conserver une valeur aux boues.
- Eventuellement réutiliser ce produit (valoriser).
- Réduire, dans certains cas, la masse de façon ultime.
- Modifier les caractéristiques de la boue afin de faciliter la séparation des phases solides
et liquides.
- Augmenter la siccité afin de rendre le produit solide ou pâteux. (Koller, 2004)
Figure 17: Représentation schématique d'une filière de traitement des boues

5.1 Épaississement des boues
L’objectif de cette étape est de réduire la quantité d’eau pour diminuer le volume des boues
pour les étapes suivantes de traitement. Très souvent l’épaississement est réalisé par des moyens
physiques telle la flottaison, la centrifugation ou la mise dans des bassins pour une simple
sédimentation. (Boeglin, 2001).
Il existe deux types d’épaississement :
25
- Epaississement gravitaire
- Epaississement dynamique
5.1.1 Epaississement gravitaire
D’une façon générale, la technique de concentration des boues la plus utilisée.
Elle consiste à faire séjourner des boues dans des bassins de forme cylindro-conique. Jusqu’à
5 m de diamètre, on peut utiliser le type statique, simple cuve cylindrique à fond conique (45 à
70° sur l’horizontale). Au-delà de cette dimension, on munit des cuves à radier à pente faible
d’un système de raclage et d’agitation lente dont le rôle est double :
- Faciliter le glissement des boues vers la fosse centrale d’où elles sont extraites.
- Permettre le dégagement de l’eau interstitielle et des gaz occlus dans les boues au moyen
d’une herse verticale accrochée au dispositif tournant. (Boeglin, 2001).
5.1.2 Epaississement dynamique
Au classique épaississement par décantation statique sont venues s’ajouter, depuis quelques
années, trois techniques d’épaississement dynamiques qui, en particulier avec les boues légères
(comme les boues biologiques en excès), permettent d’obtenir des meilleurs taux
d’épaississement au prix, il est vrai, d’une plus forte dépense d’énergie électrique et
éventuellement de réactifs floculants. Il s’agit de la flottation, de la décantation centrifuge et,
plus récemment, des grilles et tamis d’égouttage. (Boeglin, 2001).
5.1.2.1 Epaississement par flottation
Il présente un grand intérêt pour la concentration de suspensions boueuses à « flocs » légers,
de faible décantabilité (boues d’hydroxydes métalliques, boues biologiques en excès à titre
indicatif...). Le procédé généralement mis en œuvre en traitement des boues est l’aéroflottation,
qui produit des micros bulle d’air selon la technique de pressurisation – détente : (détente du
fluide préalablement mis en contact avec l’air comprimé à une pression comprise entre 3 et 6
bars).
5.1.2.2 Épaississement par centrifugation
Peu utilisé jusqu’à présent, en raison essentiellement de problèmes de colmatage, cette
technique paraît cependant assez bien adaptée à l’épaississement des boues activées sans
conditionnement polymérique préalable.
Des résultats très prometteurs ont été obtenus également avec des machines du type décanteuse
continue à axe horizontal lorsqu’elles sont conçues avec un bol plein cylindroconique d’angle
de conicité très réduit (de l’ordre de 4° pour certains modèles).
26
5.2 Stabilisation des boues

La notion de stabilisation renseigne sur le niveau d’odeur de la boue (absence d’odeur, ou odeur
faible, moyenne, forte). Les traitements de stabilisation utilisées sont de type biologique,
chimique ou thermique. Ils s’appliquent aux boues mixtes fraiches, aux boues secondaires ou à
l’ensemble des boues afin de réduire leur fermentescibilité et limiter, voire annuler, les
nuisances olfactives. (koller, 2004).
5.2.1 Stabilisation biologique
Elle réduit la teneur des boues en matières fermentescibles. La stabilisation biologique se fait
soit par voie aérobie dans les bassins d'aération, jusqu’à l’obtention des boues à teneur non
négligeable en oxygène et biologiquement stable. (CNB, 2001).
5.2.2 Le compostage
Le compostage constitue un procédé particulier de stabilisation biologique aérobie. Il se réalise
de préférence sur des boues déjà déshydratées d’une façon à économiser l'approvisionnement
en support de compostage. Les boues compostées ont un aspect de terreau et présentent une
structure solide ; elles sont stables. On constate actuellement, un fort regain d'intérêt pour cette
technique en raison des nouvelles données réglementaires et économiques concernant la gestion
des déchets. Le compostage se pratique dans des stations de moyenne taille et ne représente que
2% des tonnages des boues. (O.P.E.C.S.T, 2001).
5.2.3 La stabilisation chimique
Elle bloque l’activité biologique, et donc l'évolution de la boue, par adjonction d'une quantité
importante de chaux (10 à 50% de la matière sèche, en général 30%) élevant le pH au-delà de
12. Ce traitement apporte un appoint en calcium qui peut être bénéfique, si la boue sera
valorisée. (Koller, 2004).
5.2.4 Le séchage thermique
Le séchage thermique des boues revêt un effet temporaire de stabilisation (par absence d’eau),
son intérêt est la réduction des volumes et des odeurs. Le séchage se fait soit par action de soleil
soit celle de chaleur. (SPDE, 2006).
5.3 La déshydratation des boues
Il correspond à une augmentation forte de siccité, modifie l'état physique des boues, en passant
de l'état liquide à l'état pâteux ou solide. Le traitement des boues est complété par la
déshydrations, qui a pour but d'éliminer le maximum de l'eau résiduelle. Cette technique,
conduit à l’obtention d’un déchet solide, facilement manutentionnable et de volume réduit.
(Nakib, 1986)
27
5.3.1 Lit de séchage

La technique des lits de séchage se pratique à l’air libre sur des boues liquides et combiné à une
évaporation naturelle et le drainage de l’eau libre à travers une couche filtrante de sable et de
graviers. L’emprise au sol est de 1 m2 pour 4 à 5 habitants raccordés.
Ce système extensif donne des boues solides à 35 – 40 % de siccité mais reste fort dépendant
des conditions météorologiques. (Jamonet, 1987)
5.3.2 Le séchage thermique
Des boues revêtent un effet temporaire de stabilisation (par absence d’eau), persistant aussi
longtemps que les boues ne sont pas réhumectées. Pour des raisons de cout, le séchage se
pratique sur des boues déjà déshydratées mécaniquement. Le séchage thermique permet une
élimination quasi-totale de l’eau (siccité d’environ 95%). Les boues obtenues sot
pulvérulentes ou en granulés. En raison des couts énergétiques, ce procédé reste peu utilisé,
malgré son intérêt manifeste sur la réduction des volumes à manipuler.
5.3.3 Déshydratation mécanique
Soit par des filtres à bandes et les centrifugeuses qui donne des boues plutôt pâteuses en
raison de performances de déshydratation qui plafonnent à 18-20% de siccité pour la première
famille de matériels, et 20-25%de siccité pour la seconde, soit par des filtres presses qui
produisent par contre des boues de structure solide (30 à 35 % de siccité) car conjuguant un
conditionnement au lait de chaux et des pressions élevées. (Karoune, 2008)
5.4 Les traitements d’hygiénisation
L’hygiénisation est un traitement qui réduit à un niveau non détectable les agents pathogènes
présents dans la boue. L’hygiénisation des boues ne s’impose que dans certains contextes
d’utilisation agronomique. La plupart des boues épandues ne sont pas hygiénisées, la maîtrise
du risque sanitaire reposant de façon satisfaisante sur l’application de règles de bonnes
pratiques. (Arrêté du 8 Janvier 1998)
6. Destination finale des boues
Les éliminations finales des boues de station d’épuration sont, la mise en décharge,
l’incinération et la valorisation agricole.
6.1 La mise en décharge
La mise en décharge contrôlée consiste en un enfouissement des boues (souvent mélangées
avec des ordures ménagères). Les boues doivent être préalablement stabilisées et déshydratées
avec une humidité maximale de 70%. (Lassee, 1985)
28
6.2 Incinération
Les boues seules ne sont pas autos combustibles, elles nécessitent des fours spéciaux et un
mélange avec d'autres déchets tels les déchets ménagers. L'élimination des cendres et des
mâchefers exigent une décharge contrôlée de classe 1. Cette technique reste aussi néfaste de
point de vue écologique et environnemental puisqu'elle contribue en plus du gaspillage de
matières organiques utiles pour le sol à la diffusion de gaz très toxiques (NO, CO, SO, dioxine,
etc.) qui ont fait l'objet de réglementations spécifiques. (Mininni et al., 2004)
6.3 Valorisation agricole
Cette pratique, en usage de plus de 30 ans, constitue une solution particulièrement favorable à
l’environnement car elle offre l’opportunité de recycler la M.O nécessaire au sol, de plus, Les
boues représentent un fertilisant peu onéreux, qui permet à l’agriculteur de réduire ses charges
en engrais et fertilisant classiques. Quelques soit sa forme (boues liquides, pâteuses, solides ou
sèches), la valorisation agricole doit être précédée d’une enquête préalable et s’entourant de
tous les précautions scientifiques, techniques et réglementaires. (Collection OTV, 1997)
29
Chapitre III
Matériel et Méthodes
1. Objectif
L’objectif de notre travail pratique est d’étudier la qualité bactériologique des boues sèches
prélevées de la station d’épuration de Guelma STEP.
2. Description de la STEP des eaux usées de la ville de Guelma

2.1 Localisation et fonctionnement de la STEP
La STEP de Guelma est située sur la route nationale N°21, pont Héliopolis près d’Oued
Seybouse. Elle est fonctionnelle depuis le 18 Février 2008 à raison d’un traitement d’environ
32000 m3/jour au temps sec et 43000 m3/jour au temps de pluie (Tabet, 2014).
La station est implantée sur un terrain agricole de 7.8 hectares avec une capacité de 200 000
équivalents / habitant. Elle utilise le procédé de culture libre (boue activée) comme procédé
d’épuration. Les eaux usées urbaines de la ville de Guelma sont collectées sur deux bassins
versant par un ensemble de réseaux d’assainissement existant. La STEP est alimentée par 02
conduites de refoulement :
- SR1 : alimentée par Oued El Maiz, avec un débit de 1575 m³/h.
- SR2 : alimentée par Oued Skhoun, avec un débit de 1125 m³/h
3. Le mode de prélèvement
Les prélèvements des échantillons des boues en vue d’une analyse microbiologique se fait dans
des flacons en verre stérilisés selon un mode de prélèvement précis afin d’éviter toute
contamination accidentelle (Rodier, 2009).
Il est recommandé d’opposer une étiquette permettant d’inscrire ultérieurement l’identification

du prélèvement : le nom du site, la date, l’heure et l’ordre de prélèvement, pour éviter toute
confusion (Delarras, 2003).
3.1 Prélèvement de boues sèches
Il se fait directement, en utilisant une petite pelle, car ce type de boues est sous forme boues
sèches dans des récipients cylindriques stériles en verre bien fermés. (Rodier, 1996)
4. Analyse bactériologique
Les analyses bactériologiques ont été réalisées dans les laboratoires de microbiologie et de
biochimie du département de Biologie à l’université 08 Mai 1945 Guelma.
30
Les analyses bactériologiques des boues ont porté dans un premier temps sur le dénombrement
de la flore mésophile aérobie totale, des coliformes totaux (CT), des coliformes (CF), des
streptocoques fécaux (SF), des anaérobies sulfito-réducteurs (ASR), des streptomyces et des
pseudomonas. Dans un second temps, l’isolement, la purification et l’identification de bactéries
pathogènes ont été réalisés.
4.1 Recherche et dénombrement des germes revivifiables à 37 °C

Il s'agit de l'ensemble des micro-organismes capables de se multiplier en aérobiose à des
températures optimales de croissance (après 24h à 37°C) (Kéleké et al., 2004).
❖ Mode opératoire
A partir de boue à analyser et des dilutions décimales 10-1, 10-2 et 10-3, porter aseptiquement 1
ml dans trois boites de Pétri vides, numérotées et préparées à cet usage. Fig. 18
Compléter ensuite avec environ 20 ml de gélose TGEA fondue puis refroidie à environ 45°C.
Faire ensuite des mouvements circulaires et de va-et-vient en forme de « 8 » sur une surface
horizontale pour permettre à l’inoculum de bien se mélanger à la gélose (Lebres, 2002).
Les boites sont incubées à 37°C, pendant 48 heures.
❖ Lecture
Les germes revivifiables se présentent sous forme des colonies lenticulaires poussant en masse,
ne dénombrer que les boites contenantes entre 15 et 300 colonies. (Lebres, 2002).
Calculer la valeur du nombre N de microorganismes revivifiables à 37 °C, à l’aide de
l’équation suivante :
Où :
Σ : est la somme des colonies dénombrées sur deux boites de dilutions successives retenues.
d : est le taux de dilution correspondant à la première dilution (Rodier et al., 2009).
31
Figure 18: Recherche des germes totaux

4.2 Recherche et dénombrement des germes indicateurs de contamination fécale
Le terme coliforme a été proposé par Breed et Norton en 1937 pour désigner les bactéries
fermentant le lactose, recherchées comme indicateurs de pollution fécale (Pourcher, 1991).
La recherche et le dénombrement des CF et des SF ont été effectués selon la méthode de

dénombrement en milieu liquide par détermination du nombre le plus probable (NPP). Les
résultats de dénombrement sont déterminés à partir de la table de Mac Grady (Rodier, 2009).
32
4.2.1 Recherche et dénombrement des Coliformes totaux et Coliformes fécaux

Les coliformes totaux sont des bacilles à Gram (-), non sporulé, oxydase (-), aérobie et anaérobie
facultatifs. Ils se multiplient à 37°C pendant 24h.
- La recherche présomptive des coliformes totaux sur milieu Bouillon lactosé au pourpre
de bromocrésole (BCPL) (Abouelouafa, 2002).
Le terme de « coliformes fécaux » ou de « coliformes thermotolérants » correspond à des
coliformes qui présentent les mêmes propriétés que les coliformes totaux après incubation à la
température de 44 °C (Rodier, 2009).
- La recherche confirmative des CF sur milieu eau peptonée exempte d’indole.
A. Test présomptif
A partir de boue testée, on porte aseptiquement :
- 03 fois10 ml, dans 03 tubes contenant 10ml de milieu BCPL D/C muni d’une cloche
de Durham.
- 03 fois 01 ml, dans 03 tubes contenant 10ml de milieu BCPL S/C muni d’une cloche
de Durham.
- 03 fois 0.1 ml, dans 03 tubes contenant 10 ml de milieu BCPL S/C muni d’une cloche
de Durham. Fig. 20
❖ Lecture
Après 24 Heures d’incubation à 37°C, seront considérés comme positifs les tubes qui présentent
à la fois un trouble microbien accompagné d’un virage du milieu au jaune et un dégagement
gazeux (supérieur au 1/10éme de la hauteur de la cloche). Fig. 19
Le dénombrement des coliformes se fait selon les prescriptions de la table du NPP (Rejsek,
2002).
a b
Figure 19: Lecture du test présomptif (a : Positif. b : Négatif).
33
B. Test confirmatif
Les tubes de BCPL qui montrent un résultat positif après le test présomptif font l’objet d’un
repiquage dans des tubes contenant le milieu eau peptonée exempte d’indole l’incubation se fait
à 44 °C pendant 24 heures Fig. 20 (Rejsek, 2002).
Figure 20: Recherche et dénombrement des coliformes.

❖ Lecture
Les tubes qui présentent à la fois un anneau rouge en surface (Témoin de la production d’indole
par Escherichia coli), après adjonction de 2 à 3 goûttes du réactif de Kovacs et un dégagement
34
gazeux se considèrent comme positifs. Le dénombrement s’effectue également selon les

prescriptions de la table du NPP. Fig. 21 (Rejsek, 2002).
Figure 21: La production d’indole par Escherichia coli.

4.2.2 Recherche et dénombrement des streptocoques fécaux
Les streptocoques du groupe D (possèdent l’antigène du groupe D) sont des coques à Gram (+),
catalase (-), immobile, anaérobie facultatif, et non sporulant formant quand ils sont cultivés en
milieu liquide des diplocoques et/ou des chainettes (Gillespi, 2006).
On fait 2 tests successivement :
- Un test présomptif sur milieu de Rothe.
- Un test confirmatif sur milieu Eva-Litsky.
L’incubation dans les 2 tests se fait en 37°C pendant 24 à 48h (Rodier, 2009).
A. Test présomptif
- A partir de boue à analyser, porter aseptiquement 1 ml dans un tube contenant 9 ml de

milieu Rothe S/C pour obtenir la dilution10-1.
- Prélevé 1ml de tube précédent 10-1 et mettre dans le second tube contenant 9 ml de
milieu Rothe S/C pour avoir la dilution 10₋2.
- Transférer 1ml de la dilution 10₋2 dans un tube contenant 9 ml de milieu Rothe S/C,
pour obtenir la dilution10₋3. Fig. 22
L’incubation se fait à 37°C pendant 24 à 48 heures (Rejsek, 2002 ; Délarras, 2008).
35
❖ Lecture
Les tubes présentant un trouble microbien seront considérés comme positifs, et la lecture finale
s’effectue également selon les prescriptions de la table du NPP.
B. Test confirmatif
Le test confirmatif est basé sur la confirmation des streptocoques du groupe (D) éventuellement
présents dans le test de présomption. Fig. 22
Les tubes de Rothe trouvés positifs feront donc l’objet d’un repiquage à l’aide d’un ose bouclé
dans un tube contenant le milieu Eva-Litsky, bien mélangé le milieu et l’inoculum (Rejsek,
2002 ; Délarras, 2008).
L’incubation se fait cette fois ci à 37°C, pendant 24 à 48 heures.
❖ Lecture
Seront considérés comme positifs les tubes présentant à la fois :
- Un trouble microbien.
- Une pastille violette (blanchâtre) au fond de tube.
La lecture finale s’effectue également selon les prescriptions de la table du NPP (Rejsek, 2002).
36
Figure 22: Recherche et dénombrement des Streptocoques.

4.2.3 Recherche et dénombrement des spores de bactéries anaérobies sulfito-réducteurs
(ASR)
Les anaérobies sulfito-réducteurs (ASR) se présentent sous forme de bactéries Gram (+), se
développant en 18 à 24 heures sur une gélose viande foie (VF) en donnant des colonies typiques
réduisant le sulfite de sodium (Na2SO3) qui se trouve dans le milieu, en sulfure qui en présence
37
de Fe2+ donne FeS (sulfure de fer) de couleur noire. Les spores des ASR constituent
généralement des indices de contamination ancienne. (Rejsek, 2002).
À partir de la solution mère :
- Prendre environ 20 ml dans un flacon stérile puis le soumettre à un chauffage à 80°C
pendant 8 à 10 minutes dans le but de détruire toutes les formes végétatives des ASR
éventuellement présentes.
- Refroidir immédiatement le flacon sous l’eau de robinet.
- Répartir ensuite le contenu de ce flacon dans 4 tubes stériles, à raison de 5ml par tube.
- Ajouter environ 20 ml de gélose VF, fondue et additionnée d’une ampoule d’Alun de

fer et d’une ampoule de Sulfite de sodium.
- Mélanger doucement le milieu et l’inoculum en évitant les bulles d’air. Fig. 23

Laisser solidifier sur paillasse pendant 30 minutes environ, puis incuber à 37°C, pendant 18 à
24 heures (Labres, 2006).
❖ Lecture
Considérer comme résultat d'une spore de bactérie anaérobie sulfito-réductrice toute colonie
noire entourée d'un halo noir. Exprimé en nombre de spores par 100ml de la boue analysée, leur
taille varie selon l’espèce bactérienne. Fig. 23
38
Figure 23: La recherche des spores de bactéries Anaérobies sulfito-réducteurs (ASR).

(Rejsek, 2002).
4.3 Recherche et dénombrement des Streptomyces
Les germes du genre Streptomyces sont des bactéries aérobies, présentant un groupe de
bactéries non mobiles à Gram (+), catalase (+), filamenteuses et productrices des spores
(Délarras, 2000).
À partir des dilutions décimales (10-1et 10-3), on ensemence 0.2 ml par râteau toute la surface
des boites de pétri contenant le milieu GELM. Par la suite, les boites sont incubées à 30°C
39
pendant une semaine Fig.24, les colonies développées à la surface seront dénombrées.
(Guenifi, 2008).
Figure 24: Recherche des Streptomyces

4.4 Recherche des germes pathogènes
Les géloses employées sont : Hektoen, Salmonella-Shigella (SS), Chapman au mannitol,

Cétrimide, Gélose nutritive alcaline biliée (GNAB) et Gélose Sabouraud au chloramphénicol.
L’inoculum est prélevé directement à partir de boue à analyser est déposé sur un point
périphérique de la gélose puis disséminé sur toute la surface. Les boites sont codées puis
incubées à 37°C pendant 24 à 48 heures (Aissam, 2003).
4.4.1 Recherche et dénombrement du Pseudomonas
Pseudomonas aeruginosa ou bacille pyocyanique est un bacille Gram négatif, aérobie stricte,
mobile, oxydase (+), capable de produire de l’ammoniac à partir de l’acétamide (Delarras,
2003).
❖ Isolement
A partir de boue à analyser porter aseptiquement 0.2 ml et l’on étale à la surface de gélose
Cétrimide, à l’aide d’un râteau, puis on incube à 36 °C pendant 18 à 24 h (Rejsek, 2002).
40
❖ Lecture et interprétation
Considérer comme colonie caractéristique toute colonie présentant une fluorescence. Du fait de
la sélectivité du milieu Cétrimide, on peut suspecter les colonies présentes d’être Pseudomonas.
Dans tous les cas, il faudra réaliser une identification de l’espèce.
❖ Identification
Les principaux caractères pour l’identification de Pseudomonas aeruginosa :
- Observation macroscopique
- Coloration de gram
- Test oxydase
- Recherche des pigments spécifiques : pyocyanine et pyoverdine
- Test Citrate de Simmons
- API 20 NE
4.4.2 Recherche des Staphylocoques
Les staphylocoques sont des Cocci à Gram positif, sphériques, isolées ou regroupées formant
ainsi des grappes de raisin, non mobiles, asporulés et habituellement non capsulés. La plupart
des espèces sont aéro-anaérobies facultatives et à catalase et coagulase positive. Ils sont
capables de se développer en 24 à 48 heures à 37 °C sur un milieu sélectif chapman au mannitol.
(Carbonnelle, 1988 ; Pechère et al., 1982).
À partir de la solution mère et des dilutions décimales (10-1à 10-3), on ensemence 0.2 ml par un
râteau toute la surface des boites de pétri contenant le milieu Chapman au mannitol. Par la suite,
les boites sont incubées à 37°C pendant 24 à 48 heures, les colonies développées à la surface
seront dénombrées. Fig. 25 (Rodier, 2009).
❖ Lecture
- Si le milieu reste rouge, les colonies sont mannitol (-) car elles ne fermentent pas le
mannitol, légère alcalinisation du milieu par l'utilisation de peptones dans leur métabolisme
énergétique.
- Si le milieu devient jaune, les colonies sont mannitol (+) car elles fermentent le mannitol
dans leur métabolisme énergétique avec acidification du milieu.
41
❖ Identification
Les principaux caractères pour l’identification de Staphylococcus :
- Test catalase
- Test oxydase
- Galerie API Staph
Figure 25: Protocole de recherche de Staphylococcus

4.4.3 Recherche des Entérobactéries
4.4.3.1 Recherche des Salmonelles

Les Salmonelles possèdent les caractères des entérobactéries : Ce sont des. Bacilles droits à
Gram négatif, souvent mobile et alors à ciliature péritriche, elles fermentent le Glucose avec ou
sans production de gaz et réduisent les nitrates en nitrites, elles sont oxydases (-), catalases (+)
non sporulés, aéro-anaérobie facultative (Freney et al., 2000).
• Premier jour : Enrichissement
Introduire 1ml de l’échantillon des boues dans 10 ml de sélénite cystéine (SFB). Puis incubé
à 37°C pendant 18 à 24 h (Navoun, 2005).
42
• Deuxième jour : Isolement et identification
La gélose sélective a été utilisé : gélose Hektoen qui est ensemencé par technique
d’étalement en surface à raison de 0,2 ml puis incubées à 37°C pendant 24 heures. Fig 26
(Navoun, 2005).
❖ Lecture
Après 24 heures, les salmonelles se présentent sous forme des colonies incolores à centre noir
(H2S positif) sur SS et colonies verdâtre ou bleuâtres à centre noir sur Hektoen (Navoun,
2005).
❖ Identification
Les principaux caractères pour l’identification des Salmonelles :
- Test oxydase
- Test catalase
- Galerie API 20 E
Figure 26: Recherche des Salmonelles.
43
4.4.3.2 Recherche des Shigelles

Les Shigelles (genre : Shigella), sont des Enterobacteriaceae, rencontrées exclusivement chez
l'homme, elles ne font partie d'aucune flore commensale chez l'homme, elles sont toutes
pathogènes et spécifiques du tube digestif, éliminées par les selles et dispersées dans les sols et
les eaux où elles ne survivent que peu de temps. Morphologiquement ce sont des bacilles Gram
négatifs, immobiles ; dépourvus de spores et de capsules très proches du E. coli. (Carbonnelle
et al., 1988).
À partir des dilutions décimales (10-1 et 10-3), on porte aseptiquement 0.1 ml (2 goûttes) à l'aide
d'une anse de platine stérile dans des boites de pétri contenant gélose Salmonella-Shigella
(Gélose SS). Par la suite, les boites sont incubées à 37°C pendant 24h. (Rodier, 2009)
❖ Lecture :
Après 24 heures à 37°C en aérobiose, en général :
- Colonies incolores : absence d'acidification du milieu, fermentation du lactose (-).
- Production d’H2S : qui réduit le citrate de fer en sulfure de fer, ce qui forme un précipité
noir au centre des colonies (Rodier, 2009).
❖ Identification
Les principaux caractères pour l’identification des Shigelles :
- Observation microscopique
- Test catalase
- Test oxydase
- Galerie API 20 E
4.4.3.3 Recherche des Vibrio
Les Vibrionacae sont des bactéries qui se présentent sous forme de Bacilles à Gram Négatifs
droits ou incurvés (BGN), très mobiles, possédant une oxydase, aéro-anaérobies facultatifs,
fermentant le glucose sans production de gaz ni d'H2S, hautement pathogènes (Pechère et al.,
1982).
• Jour 1 : Premier enrichissement
Le premier enrichissement s’effectue dans des tubes en portant 10 ml de milieu eau peptonée
alcaline (EPA), ce dernier sera par la suite incubé à 37 °C pendant 18 à 24 heures, comme
l’indiqué Fig. 27 (Lebres, 2008).
44
• Deuxième jour : enrichissement secondaire et Isolement

- D’une part, d’un deuxième enrichissement sur milieu EPA en tubes à raison de 1 ml
- D’autre part, d’un isolement sur gélose GNAB.
Dans les deux cas l’incubation se fait à 37°C pendant 24 heures.
• Troisième Jour : Lecture des boites et identification
- D’une part, le tube d’EPA fera l’objet d’un isolement sur GNAB 2 ; qui sera incubé à
son tour à 37° C pendant 24 heures.
- D’autre part, les boites de gélose GNAB 1 subiront une lecture en tenant compte du fait
que les Vibrions se présentent le plus souvent sous forme de grosses colonies lisses et
transparentes caractéristiques. Fig. 27
❖ Identification
Les principaux caractères pour l’identification des Vibrio cholerae :
- Test catalase
- Test oxydase
- Galerie API 20NE
45
Figure 27: Recherche des Vibrio

4.4.3.4 Recherche des levures (Candida albicans) et des moisissures
Les moisissures et les champignons sont des éléments naturels de l'environnement et jouent un
rôle essentiel dans la décomposition des feuilles, des arbres et des débris végétaux. L'humidité
est l'élément vital de la croissance des champignons et des moisissures (Guiraud, 1998).
Ensemencer 0.2 ml de la solution mère et des dilutions décimales (10-1à 10-3), à la surface du
Gélose Sabouraud (sélectif par pH acide, auquel est ajouté du chloramphénicol. Fig.28
(Aouissi, 2010).
46
❖ Lecture
Les colonies Candida albicans apparaissent bombées, crémeuses et blanchâtres. Elles sont
lisses et peuvent se plisser en vieillissant.
Les colonies des moisissures apparaissent Larges, thalle aux contours diffus, couleur variable
(moisissures pouvant produire leur propre pigmentation), thalles apparaissant plats, le centre
du thalle présente normalement une coloration intense.
❖ Identification
- Coloration au bleu de méthylène
Figure 28: Recherche des levures et des moisissures

5. Identification des bactéries isolées
5.1 Examen macroscopique des caractères culturaux

C’est l’étude de l’aspect des colonies. Cette étude nécessite l’observation à l’œil nu, en lumière
naturelle et artificielle, par éclairage direct et par transparence des colonies.
L’examen macroscopique des cultures est le premier examen effectué à partir de l’isolement
après incubation (Guezlane et al., 2008).
L’aspect des colonies dépend du milieu utilisé, de la durée et de la température de l’incubation
(Joffin, 2009).
Ces principaux caractères sont :
47
- Taille : c’est la mesure du diamètre des colonies à l’aide d’une règle graduée. On peut
distinguer : colonies punctiformes, petites colonies (< 1mm), colonies moyennes (1,5 à
3 mm) et grosses colonies (> 3mm).
- Forme de colonie : à bords circulaires, irrégulières et parfois envahissantes.
- Elévation de la colonie : colonie convexe, colonie légèrement convexe et colonie plate.
- Transparence : Colonies transparentes (laissent passer la lumière et voir les formes au
travers, comme le verre), colonies translucides (laissent passer la lumière mais en ne
voit pas les formes au travers, comme le verre dépoli) et Colonies opaques (ne laissant
pas passer la lumière).
- Surface : Colonies lisses, Colonies rugueuses et Colonies muqueuses.
- Consistance : on distingue les colonies grasses, crémeuses, sèches ou muqueuses.
- Odeur : présence ou absence.
- Pigmentation : Le caractère pigmenté spontané d’une colonie bactérienne doit être
distingué du halo coloré périphérique signant le virage d’un indicateur de fermentation
sucrée ou la mise en évidence visuelle recherchée d’un quelconque métabolite.
5.2 Examen microscopique
5.2.1 Examen microscopique à l’état frais
L'état frais permet d'observer des bactéries vivantes et apporte des renseignements sur la
morphologie, le mode de groupement, la mobilité et la quantité approximative de bactéries.
(Delarras et al., 2003).
Technique
- A partir d'une culture en milieu liquide, déposer sur une lame propre bien dégraissée une
goutte de la culture à étudier à l'aide d'une anse de platine préalablement stérilisée.
- A partir d'une culture sur milieu solide, déposer tout d'abord sur une lame une goutte d'eau
distillée stérile. Puis apporter et dissocier dans l'eau un inoculum bactérien.
- Recouvrir d'une lamelle, puis luter la préparation avec de la paraffine ou de la vaseline.
- Observer au microscope à l'objectif moyen × 40. Pour mettre en évidence certains détails
de structure, utiliser alors l'objectif ×100 à immersion.
5.2.2 Examen microscopique après coloration de Gram (coloration différentielle)
La coloration de Gram, est la méthode de coloration la plus utilisée en bactériologie. Cette
coloration permet de diviser les bactéries en deux classes : les Gram-positif et les Gram négatif.
Elle est réalisée sur un frottis fixé à la chaleur comme suit :
48
- Recouvrir la lame de violet de Gentiane pendant 1 minute.

- Eliminer le violet de Gentiane (lavage à l’eau).
- Recouvrir le frottis avec du Lugol pendant 1 minute.
- Eliminer le Lugol.
- Décolorer à l’alcool, la lame est tenue inclinée (La durée de décoloration à l’alcool est
variable selon l’épaisseur du frottis).
- Stopper la décoloration par un lavage à l’eau.
- Recouvrir la lame avec de la fuschsine pendant 30 secondes à 1 minute.
- Lavage à l’eau.
- Sécher la lame entre deux feuilles de papier buvard.
- Observer le frottis au microscope à l’objectif à immersion (x100).
Les bactéries à Gram positif apparaissent colorées en violet et les bactéries à Gram négatif en
rose.
5.2.3 Coloration au bleu de méthylène (coloration non différentielle)
C’est une coloration simple, qui colore toutes les bactéries de la même façon sans distinction.
Elle est réalisée comme suite :
- Couler une solution de bleu de méthylène sur un frottis correctement fixé pendant 1
minute.
- Rinçage à l’eau de robinet.
- Séchée la lame entre deux feuilles de papier buvard.
- Observation au microscope optique aux objectifs (x10) et (x40).
Les structures colorables apparaissent bleues.
5.3 Examens liés aux caractères biochimiques et enzymatiques
5.3.1 Caractères enzymatiques
• Test de catalase
La catalase est une enzyme qui détruit les peroxydes toxiques pour les bactéries. Elle catalyse
la transformation de peroxyde d’hydrogène en eau avec libération d’O2.
2 H2O2 2H2O + O2
- Ce test est à la base de l’identification des bactéries Gram (+).
La méthode consiste à prélever une colonie du germe à étudier sur l'extrémité d'une pipette
Pasteur fermée que l'on introduit ensuite dans un millilitre d'eau oxygénée.
49
Le dégagement de bulles gazeuses signe la présence de l'enzyme catalase. Fig. 29 (Carbonnelle

et al., 1988).
a b
Figure 29: Résultat du test catalase (a : Positif. b : Négatif).
• Test d'oxydase
La recherche de l'oxydase s'effectue avec des disques prêts à l'emploi du commerce. Déposer
le disque sur une lame porte-objet, l'humidifier avec deux gouttes d'eau distillée stérile et écraser
la colonie testée sur le disque. Une réaction positive se traduit par un virage rapide du réactif
de l’incolore au violet. Fig. 30 (Carbonnelle et al., 1988).
a b
Figure 30: Résultat du test oxydase (a : Positif. b : Négatif).

5.3.2 Caractères biochimiques
• Recherche des pigments spécifiques : pyocyanine et pyoverdine

- Le milieu King A est destiné à favoriser sélectivement la synthèse de la pyocyanine
(pigment élaboré spécifiquement par Pseudomonas aeruginosa).
- Le milieu King B est destiné à favoriser la synthèse de pigment jaune-vert fluorescent
pyoverdine (Bouchaala, 2010).
On repique quelques colonies à l’aide d’une anse de platine à partir du milieu Cétrimide pré-
ensemencé puis on les ensemence sur chacun de ces 2 milieux (Pillet et al., 1987).
50
Enfin on incube à 37°C pendant 24h à 48h.

❖ Lecture
- Couleur bleue fluorescente sur le milieu King A : présence de pyocyanine.
- Couleur jaune-vert fluorescente sur le milieu King B : présence de pyoverdine (Pillet et

al., 1987).
• Test Citrate de Simmons
Ce test permet de vérifier si la bactérie testée est capable d’utiliser le Citrate comme seule
source de carbone. Le milieu utilisé est le milieu Citrate de Simmons qui est sous forme d’un
tube semi-incliné (Delarras, 2000).
- Ensemencer la pente par une strie longitudinale, réalisée par l’anse, à partir d’une
suspension de la culture solide en eau distillé stérile.
- Incuber à 37°C pendant 24h (Delarras, 2000).
❖ Lecture
- Virage de l’indicateur du pH au bleu : il y a eu alcalinisation du milieu et la souche est
Citrate de Simmons (+). Fig. 31
- Pas de virage de l’indicateur du pH : pas d’alcalinisation du milieu et la souche ne
pousse pas, donc elle est Citrate de Simmons (-) (Delarras, 2000).
Figure 31: Lecture du test de Simmons
• La galerie API
La galerie API, commercialisée depuis la décennie 1970, est un système standardisé pour
l’identification des bactéries ; elle est composée d’un nombre variable de micro tubes (10 ou
51
20 le plus souvent) contenant des substrats déshydratés qui permettent de réaliser des tests
biochimiques (Delarras, 2007).
La Galerie API 20E
La galerie API 20 E est un système d’identification des Enterobacteriaceae et autres bacilles à

Gram négatif non fastidieux Fig. 32 (Leyral et al., 1998).
Figure 32: Galerie API 20E

A partir d’une colonie bien isolée sur milieu gélosé, réaliser une suspension bactérienne dans
une ampoule de suspension Medium (5 ml) ou dans un tube d'eau distillée stérile, d’opacité
trouble (Leyral et al., 1998).
- Remplir les tubes et les cupules des tests : CIT, VP, GEL avec la suspension bactérienne.
- Remplir uniquement les tubes des autres tests.
- Créer une anaérobiose dans les tests : ADH, LDC, ODC, URE, H2S en remplissant leurs
cupules de l’huile de paraffine.
- Placer la galerie dans la boite d’incubation puis l’incuber à 37°C pendant 18 à 24 heures.
Après incubation, noter les résultats des réactions spontanées en se référant au tableau de
lecture, puis révéler les tests nécessitant l'addition de réactifs (TDA, IND et VP).
L’identification est obtenue à l’aide d’un logiciel d’identification.
La galerie API 20 NE
❖ Principe
C’est un système standardisé pour l’identification des bacilles à Gram négatif non
entérobactéries et non fastidieux (exp : Pseudomonas, Acinetobacter, Flavobacterium,
Moraxella, Vibrio, Aeromonas…. etc.).
La galerie API 20 NE comporte 20 micro-tubes contenant des substrats déshydratés. Les tests
conventionnels sont inoculés avec une suspension bactérienne saline qui reconstitue les milieux
Fig. 33 (Aouissi, 2010).
52
Figure 33: Galerie API 20 NE

L’opération s’effectue selon les étapes suivantes :
Préparation de la galerie
- Inscrire la référence de la souche sur languette latérale du biote.
- Réunir fond et couvercle du biote d’incubation et répartir environ 5ml d’eau distillée
pour créer une atmosphère humide.
- Sortir la galerie de son emballage individuel et la placer dans la boite d’incubation.
Préparation de l’inoculum
- À partir d’une culture jeune 18 à 24h, on réalise une suspension bactérienne dans l’eau
distillée stérile.
- Mettre 0.2 ml de suspension bactérienne à l’aide d’une pipette dans l’API medium.
L’inoculation de la galerie
- Remplir les tubes (et non les cupules) des tests NO3 à PNPG.
- Les tests GLU, ADH, URE vont être complété avec l’huile de vaseline.
- Remplir les tubes et les cupules des tests de ‫׀‬GLU‫׀‬à ‫׀‬PAC‫׀‬.
La boite d’incubation est refermée et incuber à 37°C pendant 24h pour une première lecture et
48h pour une deuxième lecture.
❖ Lecture et interprétation
- Les résultats doivent être notés sur la fiche de résultat.
- La lecture se fait à l’aide d’un tableau de lecture et d’un logiciel d’identification.
La galerie API Staph
La galerie API Staph est un système d’identification des genres Staphylococcus et Micrococcus.
Fig. 34 (Leyral et al., 1998).
53
Figure 34: Galerie Api Staph

Préparer une suspension bactérienne homogène dans une ampoule d'API Staph Medium avec
une seule colonie bien isolée sur milieu gélosé.
- Remplir les tubes de la galerie avec API Staph Medium ensemencé.
- Créer une anaérobiose dans les tests : ADH et URE en remplissant leurs cupules d'huile
de paraffine.
- Renfermer la boîte d'incubation puis l’incuber à 35°C pendant 18 à 24 heures.
Après incubation, lire les réactions spontanées conformément au tableau de lecture ; ensuite,
révéler les tests nécessitant l'addition de réactifs (VP, NIT et PAL). L’identification est obtenue
à l’aide d’un logiciel d’identification.
5.4 L’antibiogramme
L’antibiogramme consiste à déterminer la sensibilité et/ou la résistance aux antibiotiques d’une
bactérie isolée dans un prélèvement, et supposée être à l’origine d’un processus infectieux. Il
s’agit donc d’une aide au choix du traitement adéquat proposé par le biologiste au clinicien.
(Courvalin, 2006)
La technique de réalisation d’un antibiogramme repose sur la diffusion de l’antibiotique en
milieu gélosé déjà ensemencé par une suspension bactérienne. La diffusion en milieu gélosé
permet de mesurer le diamètre d’inhibition de la croissance d’une bactérie autour d’un disque
imprégné d’antibiotique et de les comparer à des diamètres critiques. Un antibiogramme ne se
lit pas : il s’interprète. (Jehl, 2012) Fig. 35
54
Figure 35: L’antibiogramme (La diffusion en milieu gélosé).

❖ Lecture
Les résultats de la sensibilité étudiée pour chaque antibiotique sont exprimés par les 3
lettres « S » « R » et « I » dont les significations sont :
- « S » pour SENSIBLE. La dose habituelle nécessaire pour tuer la bactérie est

administrable.
- « R » pour RÉSISTANT. La dose nécessaire pour tuer la bactérie est trop élevée pour
être supportée.
- « I » pour sensibilité INTERMÉDIAIRE. L’efficacité de l’antibiotique sur la bactérie
est imprévisible, le résultat obtenu n’étant pas prédictif d’un succès thérapeutique.
55
Chapitre IV
Résultats et
Interprétations
1. Résultats des analyses bactériologiques des boues étudiées
Les analyses bactériologiques des boues de la STEP de Guelma ont montré une grande variation
en type et en nombre de bactéries. Les résultats obtenus sont présentés dans des tableaux et des
histogrammes suivis d’interprétations.
Tableau 2: Résultats des analyses bactériologiques des boues étudiées.
Type de germes Boues sèches Boues sèches Boues sèches

(1 mois) (3 mois) (8 mois)
Echantillon 1 (E1) Echantillon 2 (E2) Echantillon 3 (E3)
Germes totaux 690 757 650

(UFC/l)
Coliformes totaux 1100 1400 95

(CT/ml)
Coliformes fécaux 1100 1400 95

(CF/ml)
Streptocoques 4 25 4
fécaux (SF/ml)
Streptocoques 4 15 4
groupe D
ASR (UFC/ml) Indénombrable Indénombrable Indénombrable
Streptomyces Indénombrable Indénombrable Indénombrable

(UFC/ml)
Pseudomonas 400 240 276

(UFC/ml)
56
1.1 Recherche et dénombrement des germes revivifiables à 37 °C
La flore mésophile aérobie totale est utilisée comme un indicateur de pollution globale. (Tabet,
2014).
757
760
740
720
700 690
680 E1
650 E2
660
E3
640
620
600
580
boues séches agées de boues séches agées de boues séches agées de
1mois ( E1 ) 3mois ( E2 ) 8 mois ( E3 )
Figure 36: Représentation graphique du nombre des germes totaux

D’après le graphe, les échantillons prélevés présentent une charge en microorganismes, avec
comme valeur maximale 757 UFC/ml dans l’échantillon âgé de 3 mois et comme valeur
minimale 650UFC/ml dans l’échantillon âgé de 8mois. Le nombre pour l’échantillon âgé d’un
mois est de 690UFC/ml. Fig.36
A partir de ces valeurs, on peut dire que l’âge des boues sèches a un effet sur la survie des
bactéries qui présentent une certaine adaptation avec le milieu jusqu’à 3 mois ensuite on assiste
à une chute dans le nombre des bactéries. Ceci est du vraisemblablement au temps et surtout à
l’état des boues (boues sèches).
1.2 Recherche et dénombrement des germes indicateurs de contamination fécale

1.2.1 Coliformes totaux et fécaux
La recherche des coliformes est primordiale du fait qu’un grand nombre d’entre eux vivent en
abondance sur les matières fécales des animaux à sang chaud et de ce fait constituent des
indicateurs de première importance (Duffour, 1977).
La variation du nombre des bactéries dans les différents échantillons sont illustrés dans le
tableau 2 et la figure 37
57
1400 1400
1400
1200 1100 1100
1000 E1
E2
800
E3
600
400
200 95 95
0
Coliformes totaux Coliformes fécaux
Figure 37: Représentation graphique du Coliforme total et fécal

L’examen de la figure montre que le nombre des coliformes totaux et fécaux est similaire, avec
une évolution identique à celle observée avec les germes totaux, ce qui confirme le mode
d’adaptation déjà suggéré précédemment.
1.2.2 Recherche et dénombrement des Streptocoques fécaux
Les streptocoques fécaux sont des excellents indicateurs de contamination récente par la matière
fécale des animaux (Rodier, 1996).
Les résultats du dénombrement des Streptocoques fécaux et des groupes D sont présentés dans
la figure 38
25
20
15 E1
E2
10 E3
0
Streptocoques fécaux Streptocoques du
groupe D
Figure 38: Représentation graphique des Streptocoques fécaux
58
Le graphe des Streptocoques fécaux et des Streptocoques du groupe D suit la même évolution
que les présentations précédentes ce qui démontre une interprétation logique de l’adaptation et
de l’évolution déjà suggérée.
1.2.3 Recherche et dénombrement des spores Anaérobies sulfito-réducteurs
Ces germes sont souvent considérés comme des témoins de pollution fécale. La forme spore,
beaucoup plus résistante que les formes végétatives des coliformes fécaux et des streptocoques
fécaux, permettent ainsi de déceler une pollution fécale ancienne ou intermittente (Rodier,
2009).
Les résultats des ASR dans les échantillons des boues sont représentées dans la figure 39 qui
montre une poussée importante de ce type de bactérie et ceci avec les 3 échantillons. Ce résultat
peut être expliqué par une forte charge en contaminants d’origines fécales des eaux usées qui
arrivent à la station et aussi une persistance de la présence de ces bactéries dans tous les
échantillons malgré l’âge et l’état des boues en raison du caractère de résistance de ces bactéries
aux conditions environnementaux (présence de spores).
Figure 39: Résultats de la recherche des Anaérobies sulfito-réducteurs (ASR).

La présence des ASR indique la présence de sulfite de fer, qui provoque l’apparition des mauvaises odeurs
(Rodier, 2005).
1.3 Recherche et dénombrement des Streptomyces
Pour ce type de bactéries, nous avons constaté une forte présence dans les 3 échantillons qui
s’explique par le caractère de résistance de ces bactéries aux conditions environnementaux.
Fig.40
59
E2 E3
E1
Figure 40: Résultats de la recherche des Streptomyces

1.4 Recherche des germes pathogènes
1.4.1 Recherche et dénombrement des Pseudomonas
400
400
350
300 276
240
250
E1
200 E2
E3
150
100
50
0
boues solides agées boues solides agées boues solides agées
de 1 mois de 3 mois de 8 mois
Figure 41: Présentation graphique de nombre de Pseudomonas

La figure 41 montre que la valeur la plus élevé est présente au niveau de l’échantillon 1
(400UFC/ml) et la valeur minimale est présente au niveau d’échantillon 2 (240 UFC/ml),
ensuite on assiste à une légère augmentation dans l’échantillon 3. Malgré cette dernière
constatation, il est permis de dire que l’âge et l’état des boues influe sur la survie de cette
bactérie.
60
1.4.2 Recherche des Staphylocoques
D’après les résultats obtenus, on observe une présence de ces germes dans les trois échantillons
du boues étudiées. Fig. 42
E1 E2 E3
Figure 42: Résultats de la recherche des Staphylocoques.

La présence des staphylocoques dans les boues est due à leur présence dans les eaux usées
(déchets humains, déchets urbains, salive, crachat et sécrétions nasales etc.…) (Marc, 1997).
La présence des staphylocoques est un signe du risque sanitaire pour l’amendement des boues
(Jacob et al., 2002), la présence de ces bactéries nous donne une idée importante sur l’efficacité
du traitement.
1.4.3 Recherche des Entérobactéries
La recherche des entérobactéries a montré une absence totale des Salmonelles, des Shigelles et
des Vibrio dans nos échantillons, par contre, nous avons constaté une forte présence d’autres
genres bactériens appartenant à la famille des entérobactéries identifiés par l’utilisation des
galeries biochimiques Api 20 E et Api 20 NE, présentés dans les figures Fig. 47 à 53.
2. Identification des bactéries isolées
Deux étapes primordiales ont été suivies pour l’identification des germes pathogènes isolés,
l’observation macroscopique et microscopique des colonies isolées suivie d’une identification
biochimique par l’utilisation des API systèmes et autres tests. Tab.3 et Tab.4.
61
Tableau 3: Résultats des observations macroscopiques.
Aspet macroscopiques
Culture Caractéristiques
Chapman
-Colonies : petites, jaunes, rondes, lisses à contours irréguliers,
opaques, translucides.
-Colonies : grandes de 3 mm de diamètre, jaunes, muqueuses,

bords irréguliers, opaques.
-Colonies : petites, blanches, ronde, bombées, réguliers,

opaques.
GNAB
-Colonies : petites, incolores, circulaires, bombées, lisses,

transparentes
GELM
-Colonies : rondes ; bords variables (riguliers et irriguliers)

plates ou bombes, de couleur blanchtre ou beige avec un aspect
opaque
62
Cétrimide
-Colonies : petites, incolores, circulaires, bombées, lisses,

transparentes.
Hektoen
-Colonies : petites, vertes, circulaires, bombées, lisses, opaques.
-Colonies petites, marrons, irrégulières, bombées, lisses,

opaques.
SS
-Colonies : moyennes, petites, marrons, bombées, rondes,

irrégulières, lisses opaques.
Sabouraud
-Recto : Poudreuse blanche puis bleu vert
-Verso : incolore
63
E1
- Recto : colonies d’abord blanches, puis jaunes, et en fin

granuleuses noires.
-Verso : incolore a jaune pale.
E1
a
-Recto : colonies d’abord blanches, puis jaunes, et en fin

a
granuleuses noires.
-Verso : incolore a jaune pale.
b -Recto : Poudreuse blanche puis bleu vert
-Verso : incolore
E2
-Bombées, poudreuse et blanchâtres. Elles sont lisses et peuvent

se plisser en vieillissant.
E3
64
Tableau 4: Observations microscopiques et les tests complémentaires.
Examen microscopique Oxydase Catalase
E1 E2 E3 E1 E2 E3 E1 E2 E3
Chapman
Cocci gram ( + ) - - - + + +
GNAB Bacille gram (-) - - - + + +
GELM Gram + filamenteuse productrice + + +

des spores
65
Citrimide Bacille gram (-) + + +
Hektoen - - - + + +
Coccobacille gram (-)
SS + + + +
Bacille gram (-)
2.1 Examen microscopique des levures
Les levures ont été observées à partir des colonies obtenues sur la gélose Sabouraud.
L’observation a montré la présence des Candida albicans, des Aspergillus niger et des
Penicillium, Fig. 43, 44 et 45. Cette identification est obtenue par confrontation aux images de
ces espèces illustrées sur le document cahier de formation biologie médical (2002).
66
Figure 43: Aspet microscopique de Candida albicans (G× 40)
Figure 44: Aspet microscopique d’Aspergillus niger (G× 10)
Figure 45: Aspet microscopique de Penicillium (G×40)
67
2.2 Identifications biochimiques des espèces isolées
L’utilisation des galeries biochimiques Api 20E, Api 20NE, Api Staph nous a permis
d’identifier les germes pathogènes annoncées dans les figures suivantes.
Milieu de Api système Espèce a identifiée

culture
Chapman Api Staph E2 E3

Staphylococcus Micrococcus spp
heamolyticus
Figure 46: Profil biochimique de l’espèce Staphylococcus heamolyticus
Milieu de culture Api Espèce a identifiée

système
GNAB Api 20 NE E1 E2 E3
Burkholderia cepacia
Figure 47: Profil biochimique de l’espèce Burkholderia cepacia
68
Milieu de Api King Citrate Espèce a identifiée

culture système A/B de
Simmons
Cétrimide Api 20 - - E1 E2 E3
NE
Pseudomonas Pseudomonas fluoresens
mendocina
Figure 48: Profil biochimique de l’espèce Pseudomonas fluoresens
Milieu de Api Espèce a identifiée

culture système
SS Api 20 E E1 E2
Burkholderia cepacia Chryseobacterium

meningosepticum
Figure 49: Profil biochimique de l’espèce Burkholderia cepacia
69
Figure 50: Profil biochimique de l’espèce Chryseobacterium meningosepticum
Milieu de culture Api Espèce a identifiée

système
Hektoen Api 20 E1 E2 E3
E Providencia Enterobacter Proteus mirabilis
alcalifaciens/rustigianii cloacae
Figure 51: Profil biochimique de l’espèce Providencia alcalifaciens/rustigianii
Figure 52: Profil biochimique de l’espèce Enterobacter cloacae
Figure 53: Profil biochimique de l’espèce Proteus mirabilis
70
A partir de l’ensemble des résultats d’identification biochimiques, il ressort une diversité

bactérienne présente dans les 3 échantillons, avec une majorité de germes pathogènes qui ont
comme origine les eaux usées traitées dans la station. Ceci témoigne d’une faible efficacité du
procédé de traitement dans l’élimination de ces germes et/ou d’une résistance et une meilleure
adaptation de ces germes aux conditions de stockage des boues.
3. Etude de la sensibilité et la résistance des bactéries isolées aux antibiotiques
Tableau 5: Résultats de l’antibiogramme.
Staphylococcus Micrococcus Pseudomonas Pseudomonas

heamolyticus spp mendocina fluoresens
Antibiotique
Cl 30 0cm 2cm 0cm 0cm

R S R R
C30 1,2 cm 2,5cm 0cm 1,2cm
R S R R
F300 0cm 2,3cm 0cm 0cm
R S R R
Va30 0cm 2,6cm 0cm 0cm
R S R R
P10 0cm 2cm 0cm 0cm
R R R R
E15 1cm 3cm 1,2cm 1,2cm
R S R R
Gent 10 3,7cm 3cm 3,4cm 4cm
S S S S
La sensibilité et/ou la résistance des bactéries isolées a été évaluée par l’utilisation de la
technique de l’antibiogramme. Cependant, il est a noté que seulement quatre espèces
(Staphylococcus heamolyticus, Micrococcus spp ; Pseudomonas mendocina et Pseudomonas
fluoresens) ont été testées (les autres cultures montrée une contamination).
Les diamètres d’inhibition des antibiotiques par rapport à chaque espèce testée sont rapportés
dans le tableau 5, Fig. (54), (55), (56) et (57). Les bactéries sont classées en 3 catégories :
résistante (R), intermédiaires (I) et sensible (S), (Annexe IV). Il s’avère que les quatre espèces
71
testées montrent une résistance marquée vis-à-vis de la pénicilline-G, et une sensibilité marquée
vis-à-vis la gentamycine.
Nous constatons également que les Staphylococcus heamolyticus, les Pseudomonas mendocina
et les Pseudomonas fluoresens présentent un comportement identique vis-à-vis des
antibiotiques testés (résistance à tous les antibiotiques sauf la gentamycine ou elle présent une
sensibilité). En revanche la bactérie Micrococcus spp montre une sensibilité à tous les
antibiotiques testés sauf la pénicilline-G, une résistance).
Une étude analytique sur les boues, réalisée par Benouareth et al, (2019), par l’utilisation du
système SCIEX X500R QTOF, a montré l’existence d’environs 80 produits pharmaceutiques
dans les boues prélevées de la STEP de Guelma, parmi ces produit les antibiotiques présentent
une grande partie.
Dans nos résultats, les trois antibiotiques : chloramphénicol, cefaléxine et l’érythromycine ont
présenté un effet identique sur les quatre espèces bactériennes testées, sachant que ces mêmes
antibiotiques ont été déterminé dans les boues.
Le caractère de résistance des trois espèces (Staphylococcus heamolyticus, Pseudomonas

mendocina et Pseudomonas fluoresens) est due probablement à un phénomène d’adaptation au
milieu qui contient des antibiotiques.
Figure 54: Staphylococcus heamolyticus
72
Figure 55: Micrococcus spp
Figure 56: Pseudomonas mendocina
3,5
2,5
1,5
0,5
0
Cl30 C30 F300 Va30 P10 E15 Gen10
Staphylococcus heamolyticus Micrococcus spp Pseudomonas mendocina Pseudomonas fluoresens
Figure 57: Résultats d’antibiogramme.
73
Discussion
Discussion
Discussion
D’après Shuval (1991), le système le plus efficace pour le traitement des eaux dans les stations
d’épuration est l’utilisation des boues activées entraînant une réduction de 90 à 99,9% des
bactéries.
La flore mésophile aérobie est la flore la plus recherchée dans les analyses microbiologiques,
ainsi les concentrations élevées des bactéries enregistrées au niveau des boues sèches âgées de
3 mois par apport aux boues âgées de 1 et 8 mois sont principalement expliquées par la
diminution de la quantité d’eau (dessiccation), l’augmentation des températures et la présence
des quantités importantes de matière organique. En outre, le stockage des boues dans les lits de
séchage diminue progressivement la charge bactérienne sous l’effet de la lumière, le lessivages
et l’antagonismes entres les germes (FINDLAY, 1972). C’est ainsi que (DUDLEY et al.,
1980), ont montré que 6 mois de stockage en été sont efficaces (réduction bonne à excellente)
alors que 6 mois en hiver le sont beaucoup moins (réduction faible à moyenne), ce qui explique
les variations de la charge de la flore mésophile aérobie retrouvées dans les boues étudiées en
fonction de la durée de stockage.
La forte charge des coliformes dans les boues sèches âgées de 3 mois peut être due à
l’alimentation de celles-ci par des boues fraiches lors du traitement d’épuration ainsi que par la
richesse de ces boues en matière organique, ce qui favorise le développement de ces germes,
de plus, l’augmentation de la température dans les lits de séchage par rapport aux conditions
des bassins de traitement et la réduction de la quantité d’oxygène (Martin, 1997). D’après El
Hachemi, (2005), les rayonnements UV peuvent avoir une action directe sur l’élimination des
germes indicateurs par leur action photochimique, induisant des dommages dans le matériel
génétique des cellules, et empêchant ainsi leur reproduction.
Cependant, les variations temporelles des valeurs enregistrées, peuvent être expliquées par
l'influence des changements des conditions hydrométéorologiques. La température et la
précipitation ont le rôle le plus important en diminuant et/ou en augmentant les conditions du
développement et de croissance bactérienne, Durant les premières semaines de stockage, une
activité microbienne est observée en raison d’une température modérée, mais avec les
conditions hivernales, la température chuta et ne remonta pas au-delà de la température
extérieure, même avec les meilleures conditions climatiques du printemps (Jacob et al.,2002).
74
Discussion
La diminution de la concentration en streptocoques fécaux dans les boues âgées de 1 et 8 mois

est due au fait que pendant la période des pluies, le niveau d’eau, dans les bassins de séchage,
augmente, provoquant une dilution du milieu, en outre, durant cette période, la température
diminue et donc réduction du métabolisme et du nombre des bactéries. L’origine de la
contamination fécale est donc mixte animale et humaine avec une prédominance humaine selon
(Borrego, 1982).
Les anaérobies sulfito-réducteurs, ces bactéries reconnues par la résistance de leurs spores, les
ASR réduisent les sulfites en sulfures, ces germes se trouvent dans les boues avec une forte
concentration.
Les Streptomyces sont les principaux acteurs de traitement des eaux usés par les boues activées
qui permettent la dégradation de la matière organique. Ces germes sont des bactéries
saprophytes importantes dans le sol et ont un effet bénéfique important dans le domaine
industriel et agroalimentaire. Cependant, elles constituent un problème majeur dans les réseaux
de distribution par la formation des biofilms.
La différence quantitative des pseudomonas enregistrées dans nos échantillons peut être
expliqué par la répartition non homogène des bactéries à l’intérieur du réseau de distribution
présent sous forme de biofilm. La recherche des Pseudomonases a mise en évidence les espèces
suivantes : Pseudomonas fluorescens et Pseudomonas mendocina.
L’identification des staphylococcus a montré la présence des Staphylococcus heamolyticus aux

niveaux des boues âgées de 8 mois.
La recherche des entérobactéries a montré une absence totale des Salmonelles, des Shigelles et
des Vibrio dans les boues étudiées. MILLNER et al., (1987) ont montré aussi qu’il existait des
antagonistes microbiens qui, lorsqu’ils sont présents, tuaient ou bien diminuaient la vitesse de
croissance des salmonelles dans les boues.
En ce qui concerne la recherche des levures dans le milieu Sabouraud, nous avons trouvé une
forte charge des Candida albicans, des Aspergillus niger et des Penicillium.
En effet, Le stockage longue durée des boues est une alternative intéressante aux procédés
visant à réduire les pathogènes (AHMED, 1995). Le stockage stratégique est, d’après
ELISSALDE et al., (1994), considéré comme un traitement d’efficacité moyenne. Il peut
néanmoins permettre, sous certaines conditions, une croissance bactérienne mais,
75
Discussion
généralement, la plupart des pathogènes sont incapables de se multiplier dans le milieu que
constituent les boues et connaissent une évolution variable suivant les saisons.
76
Conclusion
Conclusion
Conclusion
Cette étude a été menée dans le but d’étudier la qualité bactériologique des boues sèches
prélevées de la station d’épuration de Guelma STEP. L’étude bactériologique réalisée
(dénombrement et recherche des germes totaux, coliformes totaux, coliformes fécaux,
streptocoques fécaux, les ASR et la recherche de bactéries pathogènes), a permet d’évaluer un
degré de contamination sérieux.
Les tests d’identification des bactéries isolées ont permis d’identifier les espèces suivantes :
Staphylococcus heamolyticus, Micrococcus spp, Burkholderia cepacian, Pseudomonas
mendocina, Pseudomonas fluoresens, Burkholderia cepacian, Chryseobacterium
meningosepticum, Providencia alcalifaciens/rustigianii, Enterobacter cloacae, Proteus
mirabilis. La détection des espèces pathogènes dans les boue sèches est probablement liée à la
richesse des boues en contaminants d’origine urbain et/ou hospitalier et aussi à la résistance de
ces espèces au processus d’épuration.
L’étude microbiologique des boues sèches a montré une inefficacité du traitement effectué au
niveau de la STEP de Guelma. Ce traitement conduit à l’augmentation de la flore contaminante
(indicateurs de contamination fécale) et les bactéries pathogènes en dépit de la flore saprophyte
(spécialement les Streptomyces) grâce à la température ambiante au niveau des lits de séchage
et aux conditions statiques en plus de la présence de charges organiques importantes dans les
boues.
De ce fait, il est préférable de passer, dans le procédé de traitement au niveau de la STEP, à un
traitement à température plus élevée, d’augmenter la durée de stockage des boues (plus d’un
mois) dans le but d’inactiver les germes pathogènes.
Pour un meilleur fonctionnement dans le traitement des eaux usées, et dans le but d’amoindrir
la présence de polluants dans les boues, nous préconisons :
1- Traitement du foisonnement
Plusieurs modes d’action existent :
- Destruction du filament par addition d’agents oxydants (eau de javel, ozone).

- Augmentation de la taille des flocs par ajout d’agents floculants (sels de fer et
d’aluminium).
- Augmentation de la densité des flocs par ajout d’agents lestants (polymère, talc,
cendres…).
77
Conclusion
2- Traitement du moussage
Plusieurs solutions existent :
- Modification du taux de recirculation des boues et de l’âge des boues.

- Récupération et évacuation des mousses.
- Aspersion d’eau de javel en surface.
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de-charleville-mezieres-conteste-par-le-syndicat Consulté le 25/06/2021.
Annexes
Annexes
ANNEXE I
1. Les milieux liquides

Tableau 1 : composition de Milieu BCPL (Bouillon lactosé au pourpre de Bromocrésol)
Composition g/l S/C g/l D/C
Peptone 5,0 10,0
Extrait de viande 3,0 6,0
Lactose 5,0 10,0
Bromocrésol pourpre 0,025 0,50
Eau distillée 1L 1L
Tableau 2 : composition de Milieu ROTHE S/C
Composition g/l
Peptone 20,0
Glucose 5,0
Azide de sodium 0,20
Chlorure de sodium 5,0
Phosphate bi potassique 2,70
Phosphate mono potassique 2,70
Eau distillée 1L
pH : 6.8 à 7
Tableau 3 : composition d’Eva- Litsky.
Composition g/l
Peptone 20,0
Glucose 5,0

Annexes
Phosphate bi potassique 2,70
Azothvate de sodium 0,30
Ethyle- vliote 5,0
Eau distillée 1L
pH : 7
Tableau 4 : composition d’eau peptonée exempte d’indole
Composition g/l
Peptone exempte d’indole 10,0
Chlorure de soduim 5,0
pH : 7.2
Tableau 5 : composition de Sélénite cystéine (SFB)
Composition g/l
Tryptone 5,0
Lactose 4,0
Sélénite acide de sodium 4,0
Phosphate disodique 10,0
L-cystine 0,01
pH : 7
2. Les milieux solides (gélosés)
Tableau 6 : composition de Gélose Cétrimide.
Composition g/l
Peptone de gélatine 16,0
Peptone de caséine 10,0

Bromure de tétradonium (Cétrimide) 0,20
Annexes
Acide nalidixique 0,0150
Sulfate de potassium 10,0
Chlorure de magnésium 1,40
Agar 10,0
pH : 7,1
Tableau 7 : composition de Gélose Salmonella-Shigella (SS).
Composition g/l
Peptone pancréatique de caséine 10,0
Lactose 10,0
Sels biliaires 6,0
Extrait de viande 5,0
Citrate de sodium 8,5
Citrate de fer ammoniacal 1,0
Thiosulfate de sodium 8,5
Rouge neuter 0,0025
Vert brilliant 0,00033
Eau distillée sterile 1L
Tableau 8 : composition de gélose Chapman au Mannitol.
Composition g/l
Tryptone 5,0
Peptone de viande 5,0
Mannitol 10,0
Annexes
Rouge de phénol 0,025
Agar bactériologique 15,0
Eau distillée 1L
pH : 7,4
Tableau 9 : composition de Gélose GELM.
Composition g/l
Agar 4,0
Extrait de malt 0,20
Extrait de levure 1,0
Glucose 1,0
L’eau distillée stérile 0,21
Tableau 10 : composition de TGEA (gélose numération : gélostryptone- glucose- Extrait de

levure).
Composition g/l
Tryptone 5,0
Glucose 1,0
Gélose 15,0
Eau distillée 1L
pH : 7
Annexes
Tableau 11 : composition de KingA.
Composition g/l
Peptone bactériologique A 20,0
Glécérol 10,0
K2SO4 10,0
MgCl2 1,40
Agar purifié 12,0
Tableau 12 : composition de KingB.
Composition g/l
Peptone bactériologique A 20,0
Glécérol 10,0
K2SO4 10,0
MgCl2 1,40
Agar purifié 12,0
Tableau 13 : composition de Gélose Hektoen.
Composition g/l
Peptone pepsique de viande 12,0
Extrait autolytique de levure 3,0
Lactose 12,0
Saccharose 12,0
Salicine 2,0
Sels biliaires 9,0
Thiosulfate de sodium 5,0

Annexes
Citrate ferrique ammoniacal 1,5
Bleu de Bromothymol 0,065
Fuchsine acide 0,04
Eau distillée 1L
pH : 7,6
Tableau 14 : composition de Gélose de Mac Conkey.
Composition g/l
Peptone bactériologique 20,0
Sels biliaires 1,50
Lactose 10,0
Rouge neutre 0,03
Cristal violet 0,001
Agar 15,0
Eau distillée stérile 1L
pH : 7.1
Tableau 15 : composition de Viande foie (VF).
Composition g/l
Base viande foie 30,0
Glucose 2,0
Amidon 2,0
Agar 1,0
Eau distillée 1L
Annexes
Tableau 16 : composition de Gélose nutritive.
Composition g/l
Peptone 5,0
Agar 15,0
Eau distillée 1L
pH : 7,4
Tableau 17 : composition de Gélose Mueller-Hinton.
Composition g/l
Peptone de caséine acide 17,50
Amidon soluble 1,50
Eau distillée 1L
pH : 7,3
Tableau 18 : composition de Gélose Sabouraud au chloramphénicol.
Composition g/l
Peptone de viande 10,0
Glucose 20,0
Chloramphénicol 0,50

Annexes
Eau distillée 1L
pH : 5,7
Tableau 19 : composition de Citrate de Simmons.
Composition g/l
Sulfate de magnésium7420 0,2
Phosphate dipotassique PO4HK2 2,0
Solution de bleu bromothymol 8,0
Agar 15,0
Eau distillée stérile 1L
Tableau 20 : composition de Gélose G.N.A.B.
Composition g/l
Peptone de viande 10 ,0
Bile de bœuf desséchée 2,0
Agar 18,0
pH : 8,6
Annexes
ANNEXE II
1. Verrerie : 2. Appareillage :
- Tube à essai. - Étuve.
- Béchers. - Autoclave.
- Pipettes graduées. - Réfrigérateur.
- Pipettes Pasteur. - Balance.
- Flacons. - Bain marie.
- Lames et lamelle. - Four Pasteur.
- Boites de pétri en verre - Microscope optique (objectif à
immersion).
- Agitateur et barreau magnétique.
3. Autre matériel :
- Bec Bunsen.
- Anse de platine.
- Boite de pétri.
- Portoirs.
- Micropipettes et cônes.
- Lame gilette.
- Vernet d’angles.
- Papier filtre.
- Pipettes en plastique.
Annexes
ANNEXE III
Tableau 21 : Table NPP
Nombre Nombre Nombre Nombre Nombre Nombre

caractéristique de cellule caractéristique de cellule caractéristique de cellule
000 0.0 201 1.4 302 6.5

001 0.3 202 2.0 310 4.5
010 0.3 210 1.5 311 7.5
011 0.6 211 2.0 312 11.5
020 0.6 212 3.0 313 16.0
100 0.4 220 2.0 320 9.5
101 0.7 221 3.0 321 15.0
102 1.1 222 3.5 322 20.0
110 0.7 223 4.0 323 30.0
111 1.1 230 3.0 330 25.0
120 1.1 231 3.5 331 45.0
121 1.5 232 4.0 332 110.0
130 1.6 300 2.5 333 140.0
200 0.9 301 4.0
ANNEXE IV
Tableau 22 : Les antibiotiques utilisés
Antibiotique Famille Charge (μg) Abréviation Diamètres

Critiques (cm).
S R
Cefaléxine β-lactamines 30 CL ≥1,8 <1,2
Chloramphénicol Phénicolés 30 C ≥2,3 <1,9
Nitrofurantoine Nitrofuranes 300 F ≥1,5 <1,5
Vancomycine Glycopeptides 30 VA ≥1,7 <1,7
Pénicilline G β-lactamines 10 P ≥2,9 <1,8
Erythromycine Macrolides 15 E ≥2,2 <17
Gentamicine Aminosides 10 GEN ≥1,8 <1,6

Résumé
La majorité des stations d’épuration qui fonctionnent à ce jour en Algérie produisent des boues
activées. Les boues d’épuration, même traitées, renferment des microorganismes pathogènes
ainsi que des éléments organiques. Durant cette étude les analyses bactériologiques des boues
ont montré une contamination fécale avec une forte concentration en coliformes totaux et
fécaux, en Streptocoques fécaux, en anaérobies sulfito-réducteurs et en Streptomyces. Pour les
germes pathogènes, il y’a présence des Staphylocoques et des Pseudomonases et une absence
totale des Salmonelles, Vibrio et Shigelles. Les levures (Candida Albicans) sont présentes avec
une concentration moyenne. Ces boues avec cette charge, représentent donc un risque non
négligeable sur la santé publique lors de leur utilisation pour une valorisation agricole ainsi que
pour le personnel de la station de traitement des eaux usées.
Mots Clés : Eau usée, boue activée, bactéries, contamination, antibiotiques.
Abstract
The majority of wastewater treatment plants which operate to date in Algeria produce activated
sludge. Sewage sludge, even treated, contains pathogenic microorganisms as well as organic
elements. During this study, bacteriological analyzes of the sludge showed faecal
contamination with a high concentration of both total coliforms and faecal coliforms, faecal
streptococcus, sulfite-reducing anaerobes and Streptomyces. For pathogens, there is the
presence of Staphylococci and Pseudomonases and a total absence of Salmonella, Vibrio and
Shigella. Yeasts (Candida Albicans) are present with an average concentration. This sludge,
with this load, therefore represents a non-negligible risk to public health when it is used for
agricultural recovery as well as for the staff of the wastewater treatment plant.
Key Words: Wastewater, activated sludge, bacteria, contamination, antibiotics.
‫ملخص‬
،‫ تحتوي حمأة مياه الصرف الصحي‬.‫ان اغلبية محطات الصرف الصحي العاملة الي يومنا هذا بالجزائر تنتج الحمأة النشطة‬
‫ أظهرت التحاليل‬،‫ خالل هذه الدراسة‬.‫ على الكائنات الحية الدقيقة الممرضة وكذلك العناصر العضوية‬،‫حتى بعد معالجتها‬
‫ البكتريا المرجعة‬, ‫ البكتريا العقدية البرازية‬,‫البكتريولوجية للحمأة تلوثًا برازيًا بتركيز عال من القولونتات االجمالية و البرازية‬
‫ البسودوموناس‬,‫ هناك وجود للمكورات العنقودية‬،‫ بالنسبة للجراثيم الممرضة‬.‫الفطرية‬-‫للكبريت الالهوائية و البكتريا العقدية‬
‫ هذه الحمأة و بهذه‬.‫ الخمائر (المبيضات البيض) حاضرة بتراكسز متوسطة‬.‫ للفيبريو و الشيغيال‬,‫مع غياب كامل للسالمونيال‬
‫ تمثل خطر ال يستهان به علي الصحة العمومية عند االستعمال الفالحي لهذه الحمأة و كذلك علي عمال محطة‬،‫الحمولة‬
.‫معالجة مياه الصرف الصحي‬
.‫ مضادات حيوية‬،‫ تلوث‬،‫ بكتيريا‬،‫ الحماة النشطة‬،‫ مياه الصرف الصحي‬:‫كلمات مفتاحية‬

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République Algérienne Démocratique et Populaire

‫وزارة التعليم العالي والبحث العلمي‬

Mémoire En Vue De L’obtention Du Diplôme De Master

Contribution à l’étude microbiologique des boues

Devant le jury composé de :

Président (e) : Khallef Messaouda M.C.A Université de Guelma

Examinateur : Tabet Mouna M.C.B Université de Guelma

Encadreur : Benouareth Djamel eddine Professeur Université de Guelma

Notre plus grande gratitude va à notre encadreur le Professeur BENOUARETH D. E, pour

Nos profondes sincères remerciements pour tous les enseignants de département

En premier, je remercie ALLAH, le tout puissant de m’avoir accordé la force, le courage et

A la mémoire de ma « grand-mère » / Mes « grands-pères ». Votre souvenir restera à

Jamais gravé dans mon cœur.

A ma chère grand-mère « Yamina » pour ses soins et son amour précieux.

A MES TRES CHERS PARENTS

Liste des tableaux

Liste des abréviations

Tableau 1: Classification des bactéries filamenteuses ............................................................ 22

API : Application Programming Interface.

ASR : Anaérobie sulfito-réducteur.

BCPL : Bouillon Lactosé au Pourpre de Bromocrésole.

BGN : Bacille à Gram négatif

CO2 : Dioxyde de carbone.

DBO5 : Demande biologique en oxygène.

DCO : Demande chimique en oxygène.

D/C : Double concentration.

E. coli : Escherichia coli.

EPA : Eau peptonée alcaline.

EPS : Production de mousse de polystyrène.

Eva Litsky : Bouillon à l’éthyle violet et aide de sodium.

GELM : Gélose à l’extrait de levure et de malt.

GNAB : Gélose nutritive alcaline biliée.

H2S : Hydrogène sulfuré.

MES : Matières en suspension.

MMS : Méthyle méthane sulfonate.

MVS : Matière volatile en suspension.

NPP : Nombre le plus probable.

OMS : Organisation Mondiale de la santé.

Rothe : Bouillon à l’azide de sodium.

SFB : Sérum Foetal Bovin.

STEP : Station d’Epuration des Eaux Usées.

SVI : Sludge volume index (Indice de boue).

S/C : Simple concentration.

TDA : Tryptophane désaminase.

TGEA: Glucose Tryptone Extrait Agar.

UFC : Unité formant colonie.

UFC/ml : Unité formant colonie par millilitre.

Cependant, les boues d’épuration sont riches en substances chimiques et en micro-organismes

Généralités sur les

1. Définition d’une eau usée

Figure 1: Les eaux usées [1]

2.3 Origine industrielle

3.1.4 Les matières en suspension (MES)

4. Les filières de traitements des eaux usées

Elle comporte trois étapes :

• La chaîne de traitement de l’eau : Elle regroupe plusieurs procédés qui dépolluent

Figure 3: Mécanisme de dégrillage. [3]

4.1.3 Le déshuilage (dégraissage)

Figure 4: Mécanisme de dessablage / dégraissage. [4]