MAKALAH

Microbial growth and Control of Microorganisms by Physical and Chemical Agents

Diajukan Untuk Memenuhi Salah Satu Tugas Matakuliah Mikrobiologi Jurusan Pendidikan
Biologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan, Universitas Siliwangi.

Oleh:
Putri Sabilla Aulia N 172154012
Dewi Lestari 172154075
Riska Rismawati 1721540

JURUSANPENDIDIKANBIOLOGI
FAKULTAS KEGURUAN DANILMU PENDIDIKAN
UNIVERSITAS SILIWANGI
2020
 KATA PENGANTAR

Puji syukur penyusun penjatkan kehadirat Allah swt, atas segala limpahan rahmat,
berkah, hidayah, dan karunia-Nya, sehingga penyusun dapat menyelesaikan makalah yang
berjudul “Microbial Growth and Control of Microorganisms by Physical and Chemical
Agents ”.
Makalah ini disusun dan diajukan untuk memenuhi salah satu tugas mata kuliah
Mikrobiologi, Jurusan Pendidikan Biologi, Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan,
Universitas Siliwangi, Tasikmalaya.
Dalam penulisan makalah ini tidak terlepas dari bantuan, bimbingan, dan petunjuk
dari berbagai pihak. Oleh karena itu pada kesempatan ini penyusun mengucapkan
terimakasih kepada:
1. Ibu Vita Meylani, M.Sc., Selaku dosen pengampu mata kuliah Mikrobiologi yang telah
memberikan bimbingan kepada kami;
2. Rekan-rekan sekelompok yang telah membantu dan bekerjasama dalam penyusunan
makalah ini;
3. Teman-teman seperjuangan mahasiswa Jurusan Pendidikan Biologi yang senantiasa
memberikan semangat; dan
4. Kepada orang tua kami yang selalu memberikan do’a dan semangat.
Semoga segala bantuan yang telah diberikan kepada penyusun mendapat pahala
yang berlipat ganda dari Allah swt, Aamiin.
Penyusun menyadari dalam penyusunan makalah ini banyak kekurangan maka
penyusun memohon kritik dan saran yang membangun. Semoga makalah ini memberikan
manfaat bagi pembac

Tasikmalaya, 24 Februari 2020

 BAB I
PENDAHULUAN

A. Latar Belakang Masalah

Mikrobiologi adalah salah satu cabang ilmu yang mendasari kegiatan
mikrobiologi itu berjalan lancar, seperti alat-alat laboratorium mikrobiologi yang
harus mendukung. Makhluk hidup yang ada dibumi tidak hanya terdiri dari
makhluk hidup yang ada dilhat oleh matatelanjang saja, tetapi juga ada
mikroorganisme yang berukuran kecil dan hanya dapat dilihatmenggunakan teknik
dan peralatan khusus yaitu dengan alat laboratorium mikroskop ataudengan suatu
medium untuk pertumbuhannya.
Mikroorganisme berukuran kecil yang merupakan jasad hidup yang dapat
mempengaruhi kehidupan manusia baik secara langsung maupun tidak langsung,
yang dapat berperan sebagai kawan maupun lawan. Mikroorganisme dapat
berkembang biak secara alami ataudengan campuran tangan manusia.
Mikroorganisme yang dikembangkan oleh manusiadiantaranya melalui
pertumbuhan menggunakan media.
Pertumbuhan sel dengan adanya suatu penambahan volume sel serta bagian-
bagianlainnya, dapat juga diartikan sebagai penambahan kuantitas isi dan
kandungan di dalam sel.Sedangkan pertumbuhan populasi merupakan akibat
pertumbuhan individu. Misalnya, darisatu sel menjadi dua, dari dua sel menjadi
empat, dari sempat sel menjadi delapan sel..
Media berperan sebagai wadah atau tempat zat hara yang digunakan oleh mikroorga
nisme untuk pertumbuhan, sintesis sel, keperluan energi dalam metabolisme dan
pergerakan.
Hal inilah yang melatarbelakangi dibuatnya makalah untuk memenuhi tugas
dan pembacamampu dalam memahami dan mengerti apa saja konsep, prinsip dan
permasalahandalam pembelajaran mikrobiologi ini lebih lanjutnya lagi, baik dalam
media pertumbuhan danmetode serta kultur pertumbuhan mikroba. Seyogianya
menjadikan pengalaman dasar untuk pembelajaran selanjutnya.
Oleh Karena itu pada Makalah ini akan dibahas mengenai Pertumbuhan
Mikroba dan Kontrol Agen Fisik dan Kimia.

B. Rumusan Masalah
Berdasarkan latar belakang di atas, rumusan masalah yang didapatkan adalah
sebagai berikut :
1. Apa itu Pertumbuhan mikroorganisme?
 2. Bagaimana Pembelahan sel pada prokariotik?.
3. Bagaimana kurva pertumbuhan bakteri?.
4. Bagaimana cara perhitungan mikroba?.
5. Apa itu Kultur lanjutan?.
6. Bagaimana pengaruh temperatur dan lingkungan terhadap pertumbuhan?.
7. Bagaimana pengaruh agen fisik dan kimia pada bakteri?
C. Tujuan
Berdasarkan rumusan masalah di atas, makalah ini mempunyai tujuan sebagai
berikut :

1. Untuk mengetahui Pertumbuhan mikroorganisme

2. Untuk megetahui Pembelahan sel pada prokariotik
3. Untuk megetahui kurva pertumbuhan bakteri
4. Untuk megetahui cara perhitungan mikroba
5. Untuk megetahui Kultur lanjutan
6. Untuk megetahui pengaruh temperatur dan lingkungan terhadap pertumbuhan
7. Untuk megetahui pengaruh agen fisik dan kimia pada bakteri

D. Manfaat Makalah
Makalah ini disusun dengan harapan memberikan kegunaan baik secara
teoretis maupun secara praktis. Secara teoretis makalah ini berguna sebagai salah
satu sumber pengetahuan tentang Pertumbuhan mikroba. Secara praktis makalah ini
diharapkan bermanfaat bagi :

1. Penyusun, sebagai wahana penambah pengetahuan tentang Pertumbuhan

mikroorganisme.
2. Pembaca, sebagai media informasi tentang apa yang di maksud dari
Pertumbuhan mikroorganisme.
 BAB 2
PEMBAHASAN
2.1 SIKLUS SEL PROKARIOT
Siklus sel adalah urutan lengkap kejadian membentang dari pembentukan sel baru
melalui divisi berikutnya. Kebanyakan prokariot bereproduksi dengan pembelahan
biner, meskipun beberapa prokariot berkembang biak dengan cara budding, fragmentasi,
dan cara lain ( gambar 2.1 ).
Pembelahan biner adalah jenis pembelahan sel yang relatif sederhana: sel
memanjang, mereplikasi kromosomnya, dan memisahkan yang baru membentuk molekul
DNA sehingga ada satu kromosom di setiap setengah sel. Akhirnya, septum (atau dinding
melintang) terbentuk di midcell, membelah sel induk menjadi dua sel keturunan, masing-
masing memiliki sendiri kromosom dan pelengkap konstituen seluler lainnya.
Dua jalur berfungsi selama siklus sel ( gambar 2.2 ): satu jalur bereplikasi dan
mempartisi DNA ke dalam sel progeni, yang lain menjalankan sitokinesis (pembentukan
septum dan pembentukan sel progeni).
Gambar 2.1 Binary fussion

Gambar 2.2

2.1.1 Replikasi dan Pemisahan Kromosom

Ingat bahwa sebagian besar kromosom prokariotik berbentuk lingkaran. Setiap
lingkaran kromosom memiliki satu situs tempat replikasi dimulai disebut asal replikasi
( gambar 2.3 ).
Replikasi berakhir di terminus, yang memiliki arah terbalik dengan asal
replikasi. Dalam sel E. coli yang baru terbentuk , kromosom dipadatkan dan diatur
sehingga asal dan terminal berada di bagian berlawanan dari sel. Di awal siklus sel, asal
dan terminus pindah ke midcell dan sekelompok protein yang dibutuhkan untuk DNA
sintesis berkumpul untuk membentuk replisome di asal replikasi.
Ketika keturunan kromosom disintesis, dua asal yang baru terbentuk bergerak
menuju ujung sel yang berlawanan, dan sisa kromosom mengikuti secara teratur. Meskipun
proses sintesis dan pergerakan DNA tampaknya agak mudah, mekanisme di mana
kromosom berada dipartisi ke setiap sel anak susah dipahami dengan baik.
Selama bertahun-tahun, diasumsikan bahwa prokariot terlalu kecil untuk memiliki struktur
sitoskeletal seperti eukariotik. Namun, protein yang disebut MreB, yang mirip dengan
aktin eucaryotic, tampaknya terlibat dalam beberapa proses, termasuk menentukan bentuk
sel dan pergerakan kromosom. MreB melakukan polimerasi untuk membentuk spiral di
sekitar di dalam pinggiran sel ( gambar 2.4 a ). Salah satu model menyebutkan bahwa asal
mula dari replikasi kromosom memiliki hubungan dengan MreB, yang kemudian
memindahkan mereka ke kutub yang berlawanan dari sel. Gagasan itu bahwa kromosom
procaryotic dapat secara aktif dipindahkan ke kutub selanjutnya disarankan oleh fakta
bahwa jika MREB bermutasi sehingga tidak bisa lagi menghidrolisis ATP, sumber
energinya, kromosom gagal memisah dengan benar.

Gambar 2.4 b
Gambar 2.4 a

2.1.2 Sitokinesis
Septation adalah proses pembentukan dinding silang di antara keduanya sel
anak. Sitokinesis, sebuah istilah yang secara tradisional digunakan untuk menggambarkan
pembentukan dua sel anak eukariotik, sekarang digunakan untuk menggambarkan proses
ini di procaryotes juga. Septation dibagi menjadi beberapa langkah:
(1) pemilihan situs tempat septum
akan terbentuk;
(2) perakitan struktur khusus yang disebut
yang Z cincin, yang membagi sel dalam dua oleh penyempitan;
(3) pertautan
dari cincin Z ke membran plasma dan mungkin komponen
dari dinding sel;
(4) perakitan mesin sintesis dinding sel;
(5) penyempitan cincin Z dan pembentukan septum.
 Perakitan cincin Z adalah langkah penting dalam pemisahan, seperti itu harus
dibentuk jika langkah-langkah selanjutnya akan terjadi. FtsZ protein, suatu homolog
tubulin yang ditemukan pada sebagian besar bakteri dan banyak archaea, membentuk
cincin Z. FtsZ, seperti tubulin, berpolimerisasi untuk membentuk filamen, yang diduga
menciptakan cincin Z.
Sejumlah penelitian menunjukkan bahwa cincin Z adalah sangat dinamis, dengan
bagian-bagian dari meshwork yang dipertukarkan terus-menerus dengan polimer FtsZ
pendek yang baru terbentuk dari sitosol.
Protein lain, yang disebut MinCD, adalah penghambat cincin-Z. Seperti FtsZ, ia
sangat dinamis, menggoyangkan posisinya dari satu ujung sel ke ujung lainnya, memaksa
pembentukan cincin-Z hanya di tengah sel (gambar 2.4 b ). Begitu cincin-Z bentuk, sisa
mesin divisi dibangun, seperti yang diilustrasikan pada gambar 2.5 . Pertama satu atau
lebih protein penahan menghubungkan Z cincin ke membran sel. Kemudian mesin
penyintesis dinding sel dirakit.
Langkah terakhir dalam pembagian melibatkan penyempitan Z cincin, disertai
dengan invaginasi membran sel dan sintesis dinding septum. Salah satu model berpendapat
bahwa FtsZ filamen dipersingkat dengan kehilangan sub unit FtsZ (yaitu, depolimerisasi)
di situs di mana cincin Z berlabuh ke plasma selaput. Model ini didukung oleh pengamatan
bahwa Z cincin sel menghasilkan jumlah subunit FtsZ yang berlebihan gagal menyempit.
2.1.3 Replikasi DNA Sel Tumbuh Cepat
Diskusi sebelumnya dari siklus sel menggambarkan apa yang terjadi dalam sel E.
coli yang tumbuh perlahan . Dalam sel-sel ini, siklus sel berlangsung sekitar 60 menit
untuk menyelesaikan: 40 menit untuk DNA replikasi dan partisi dan sekitar 20 menit untuk
pembentukan septum dan sitokinesis. Namun, E. coli dapat bereproduksi di laju jauh lebih
cepat, menyelesaikan seluruh siklus sel dalam sekitar 20 menit, terlepas dari kenyataan
bahwa replikasi DNA selalu membutuhkan setidaknya 40 menit.
Bagaimana E. coli dapat menyelesaikan seluruh siklus sel di 20 menit ketika dibutuhkan
40 menit untuk mereplikasi kromosomnya?
E. coli menyelesaikan ini dengan memulai putaran kedua DNA replikasi (dan
kadang-kadang bahkan putaran ketiga atau keempat) sebelum putaran pertama replikasi
selesai. Demikianlah sel progeni menerima dua atau lebih garpu replikasi, dan replikasi
terus menerus karena sel-sel selalu menyalin DNA mereka
2.2 KURVA PERTUMBUHAN
Fisi biner dan proses pembelahan sel lainnya menghasilkan peningkatan dalam
jumlah sel dalam suatu populasi. Pertumbuhan populasi dipelajari dengan menganalisis
kurva pertumbuhan kultur mikroba.
Ketika mikroorganisme dibudidayakan dalam media cair, mereka biasanya ditanam
dalam batch culture atau sistem tertutup — yaitu, mereka diinkubasi dalam bejana biakan
tertutup dengan satu batch medium. Karena tidak ada media segar yang disediakan selama
inkubasi, konsentrasi nutrisi menurun dan konsentrasi limbah
meningkat. Pertumbuhan mikroorganisme berkembang biak dengan biner fisi dapat diplot
sebagai logaritma dari jumlah yang layak sel versus waktu inkubasi. Kurva yang dihasilkan
memiliki empat perbedaan fase ( gambar 2.6 ).
Fase Lag
Ketika mikroorganisme dimasukkan ke dalam media kultur segar, biasanya tidak
ada peningkatan langsung dalam jumlah sel terjadi, jadi periode ini disebut fase
lag. Meskipun pembelahan sel tidak terjadi dan tidak ada peningkatan massa bersih, sel
mensintesis komponen baru. Fase lag sebelum awal pembelahan sel dapat diperlukan
karena berbagai alasan. Sel-sel mungkin sudah tua dan kehabisan ATP, kofaktor esensial,
dan ribosom; ini harus disintesis sebelum pertumbuhan dapat dimulai.
Medium mungkin berbeda dari yang mikroorganisme itu umbuh di sebelumnya. Di
sini enzim baru akan diperlukan untuk menggunakan nutrisi yang berbeda. Mungkin
mikroorganisme itu
terluka dan membutuhkan waktu untuk pulih. Apapun penyebabnya, akhirnya sel
memperlengkapi kembali, mereplikasi DNA mereka, mulai meningkat massa, dan akhirnya
membelah.
Fase lag sangat bervariasi panjangnya dengan kondisi dari mikroorganisme dan
sifat medium. Fase ini mungkin cukup lama jika inokulumnya berasal dari budaya lama
atau satu yang telah didinginkan. Inokulasi suatu kultur menjadi bahan kimia media yang
berbeda juga menghasilkan fase lag yang lebih panjang. Di sisi lain, ketika fase
eksponensial muda, tumbuh kuat kultur dipindahkan ke media segar dengan komposisi
yang sama, fase lag akan pendek atau tidak ada.
Fase Eksponensial
Selama fase eksponensial atau log, mikroorganisme adalah tumbuh dan membelah
pada tingkat maksimal yang mungkin diberikan potensi genetik, sifat medium, dan kondisi
di mana mereka tumbuh. Tingkat pertumbuhan mereka konstan selama fase
eksponensial; yaitu, mikroorganisme membelah dan menggandakan jumlahnya secara
berkala. Karena setiap individu membagi pada saat yang sedikit berbeda, yang kurva
pertumbuhan naik dengan lancar daripada di lompatan diskrit (gambar 6.6). Populasinya
paling seragam dalam hal bahan kimia dan sifat fisiologis selama fase ini; oleh karena itu
eksponensial kultur fase biasanya digunakan dalam biokimia dan fisiologis studi.
Pertumbuhan eksponensial adalah pertumbuhan seimbang. Yaitu, semua seluler
konstituen diproduksi dengan laju konstan relatif terhadap masing-masing lain. Jika tingkat
gizi atau kondisi lingkungan lainnya mengalami perubahan, hasil pertumbuhan tidak
seimbang . Ini adalah pertumbuhan selama dimana tingkat sintesis komponen sel
bervariasi relatif terhadap satu sama lain sampai tercapai keseimbangan baru.
Ketidakseimbangan pertumbuhan mudah diamati dalam dua jenis percobaan: shift-
up, di mana budaya ditransfer dari media yang miskin nutrisi ke yang lebih kaya; dan
bergeser ke bawah, tempat budaya ditransfer dari medium kaya ke medium miskin. Dalam
percobaan shift-up, di sana adalah kelambatan sementara sel pertama membangun ribosom
baru untuk ditingkatkan kapasitasnya untuk sintesis protein. Ini diikuti oleh kenaikan
dalam sintesis protein dan DNA. Akhirnya, diharapkan peningkatan reproduksi Tingkat
terjadi. Dalam percobaan shift-down, ada keterlambatan pertumbuhan karena sel
membutuhkan waktu untuk membuat enzim dibutuhkan untuk biosintesis nutrisi yang tidak
tersedia.
Karena itu pembelahan sel dan replikasi DNA berlanjut setelah shift-down, tetapi
protein bersih dan sintesis RNA lambat. Sel-sel menjadi lebih kecil dan mengatur ulang
diri secara metabolik sampai mereka mampu tumbuh lagi. Kemudian pertumbuhan yang
seimbang dilanjutkan dengan memasuki fase eksponensial. Pergeseran dan pergolakan ini
Percobaan menunjukkan bahwa pertumbuhan mikroba berada di bawah kontrol yang tepat
dan terkoordinasi dan merespons dengan cepat perubahan keadaan lingkungan.
Ketika pertumbuhan mikroba dibatasi oleh konsentrasi rendah a nutrisi yang
dibutuhkan, pertumbuhan bersih akhir atau hasil sel meningkat dengan jumlah awal dari
hadir nutrisi yang membatasi ( gambar 2.7 a ). Ini adalah dasar dari uji mikrobiologis
untuk vitamin dan fase stasioner pertumbuhan lainnya
Karena ini adalah sistem tertutup, akhirnya pertumbuhan poulasi berhenti dan kurva
pertumbuhan menjadi horizontal (gambar 6.6). Ini fase diam biasanya diperoleh oleh
bakteri pada suatu populasi tingkat sekitar 10 9 sel per ml. Mikroorganisme lain biasanya
tidak mencapai kepadatan populasi yang tinggi; budaya protista sering memiliki
konsentrasi maksimum sekitar 10 6 sel per ml. Tentu saja ukuran populasi akhir tergantung
pada ketersediaan nutrisi dan lainnya faktor, serta jenis mikroorganisme yang
dibudidayakan. Dalam fase diam jumlah total mikroorganisme yang layak tetap
konstan. Ini mungkin hasil dari keseimbangan antara pembelahan sel dan kematian sel,
atau populasi mungkin berhenti membelah tetapi tetap aktif secara metabolik.
Populasi mikroba memasuki fase diam untuk beberapa alasan. Salah satu faktor
yang jelas adalah keterbatasan nutrisi; jika penting nutrisi sangat habis, pertumbuhan
populasi akan melambat. Organisme aerobik sering dibatasi oleh ketersediaan
oksigen. Oksigen tidak sangat larut dan dapat habis begitu cepat sehingga hanya
permukaannya saja budaya akan memiliki O2 konsentrasi yang cukup untuk pertumbuhan.
Sel-sel di bawah permukaan tidak akan bisa tumbuh kecuali budaya diguncang atau
diangin-anginkan dengan cara lain. Pertumbuhan populasi juga dapat berhenti karena
akumulasi produk limbah beracun. Faktor ini tampaknya membatasi pertumbuhan banyak
kultur anaerob (budaya yang berkembang tanpa adanya O 2 ). Misalnya, streptokokus
dapat menghasilkan begitu banyak asam laktat dan asam organik lainnya dari fermentasi
gula yang medianya menjadi asam dan pertumbuhan terhambat. Kultur streptokokus juga
dapat memasuki stasioner fase karena menipisnya pasokan gula mereka. Akhirnya disana
adalah beberapa bukti bahwa pertumbuhan dapat berhenti ketika populasi kritis level
tercapai. Dengan demikian masuk ke fase stasioner mungkin hasil dari beberapa faktor
yang beroperasi dalam konser.
Seperti yang telah kita lihat, bakteri dalam kultur batch dapat memasuki stasioner
fase dalam menanggapi kelaparan. Ini mungkin sering terjadi di alam karena banyak
lingkungan memiliki nutrisi yang rendah level. Procaryotes telah mengembangkan
sejumlah strategi untuk bertahan hidup kelaparan. Banyak yang tidak merespons dengan
morfologis yang jelas perubahan seperti pembentukan endospore, tetapi hanya sedikit
menurun dalam ukuran keseluruhan, sering disertai dengan penyusutan protoplas dan
kondensasi nukleoid. Perubahan yang lebih penting adalah di ekspresi gen dan
fisiologi. Bakteri yang kelaparan sering menghasilkan berbagai protein kelaparan, yang
membuat banyak sel lebih tahan terhadap kerusakan dengan berbagai cara. Mereka
meningkatkan peptidoglikan ikatan silang dan kekuatan dinding sel. Dps ( D Nabinding
p rotein dari s tarved sel) protein melindungi DNA.
Protein pendamping mencegah denaturasi dan renaturasi protein protein
rusak. Sebagai hasil dari ini dan banyak mekanisme lainnya, sel-sel yang kelaparan
menjadi lebih sulit untuk dibunuh dan lebih tahan kelaparan itu sendiri, merusak perubahan
suhu, oksidatif dan ker usakan osmotik, dan bahan kimia beracun seperti klorin. Ini
perubahannya sangat efektif sehingga beberapa bakteri dapat bertahan hidup kelaparan
selama bertahun-tahun. Bahkan ada bukti bahwa Salmonella enterica serovar
Typhimurium ( S. typhimurium ), dan beberapa bakteri lainnya patogen menjadi lebih
ganas ketika kelaparan. Jelas ini Pertimbangan sangat penting praktis dalam medis dan
industri.
Senescence dan Death
Selama bertahun-tahun, penurunan sel yang layak mengikuti stasioner sel
digambarkan hanya sebagai "fase kematian." Diasumsikan bahwa perubahan lingkungan
yang merugikan seperti kekurangan nutrisi dan penumpukan limbah beracun menyebabkan
kerusakan yang tidak dapat diperbaiki kehilangan viabilitas. Yaitu, bahkan ketika sel-sel
bakteri dipindahkan untuk media segar, tidak ada pertumbuhan sel yang diamati. Karena
Hilangnya viabilitas sering tidak disertai dengan hilangnya total jumlah sel, diasumsikan
bahwa sel-sel mati tetapi tidak lisis.
Pandangan ini saat ini sedang dalam perdebatan. Ada dua alternatif hipotesis
( gambar 2.8 ). Beberapa ahli mikrobiologi percaya kelaparan sel-sel yang menunjukkan
penurunan kepadatan secara eksponensial belum dapat dikembalikan kehilangan
kemampuan mereka untuk bereproduksi. Sebaliknya, mereka menyarankan itu mikroba
sementara tidak dapat tumbuh, setidaknya di bawah kondisi laboratorium
yang digunakan. Fenomena ini, di mana sel berada disebut viable but nonculturable
(VBNC), dianggap hasilnya dari respon genetik yang dipicu kelaparan, fase diam sel. Sama
seperti beberapa bakteri membentuk spora sebagai mekanisme bertahan hidup, dikatakan
bahwa orang lain dapat menjadi tidak aktif tanpa perubahan dalam morfologi (gambar
2.8 c ). Setelah kondisi yang sesuai tersedia (misalnya, perubahan suhu atau lintasan
hewan), mikroba VBNC melanjutkan pertumbuhan. Mikroorganisme VBNC dapat
menimbulkan ancaman kesehatan masyarakat, karena banyak tes untuk tes itu keamanan
pangan dan air minum berbasiskan budaya.
Alternatif kedua untuk fase kematian sederhana diprogram kematian sel (gambar
2.8 b ). Berbeda dengan hipotesis VBNC dimana sel diprogram secara genetik untuk
bertahan hidup, kematian sel terprogram memprediksi bahwa sebagian kecil dari mikroba
populasi secara genetik diprogram untuk bunuh diri. Di dalam kasus, sel yang tidak dapat
dikultur mati (sebagai lawan dari yang tidak dapat dikultur) dan nutrisi yang mereka
bocorkan memungkinkan pertumbuhan akhirnya sel-sel dalam populasi yang tidak
memulai bunuh diri. Sekarat sel dengan demikian altruistik — artinya, mereka
mengorbankan diri mereka sendiri untuk kepentingan populasi yang lebih besar.
Fase Penurunan Berkepanjangan
Eksperimen pertumbuhan jangka panjang mengungkapkan bahwa penurunan eksponensial
viabilitas kadang - kadang digantikan oleh penurunan bertahap dalam jumlah sel yang bisa
dikultur. Penurunan ini bisa berlangsung berbulan-bulan hingga bertahun-tahun ( gambar
2.9 ). Selama ini populasi bakteri terus menerus berevolusi sehingga sel yang bereproduksi
aktif adalah yang paling mampu melakukannya gunakan nutrisi yang dikeluarkan oleh
saudara sekarat mereka dan yang terbaik yang mampu mentolerir akumulasi racun. Proses
dinamis ini ditandai oleh gelombang berurutan dari varian yang berbeda secara
genetis. Jadi alami seleksi dapat disaksikan dalam kapal budaya tunggal.
2.2.1 Matematika Pertumbuhan
Pengetahuan tentang tingkat pertumbuhan mikroba selama eksponensial fase
sangat diperlukan bagi ahli mikrobiologi. Studi tingkat pertumbuhan berkontribusi pada
penelitian fisiologis dan ekologi dasar dan diterapkan dalam industri. Aspek kuantitatif dari
fase eksponensial pertumbuhan yang dibahas di sini berlaku untuk mikroorganisme yang
membelah dengan biner pembelahan.
Selama fase eksponensial, masing-masing mikroorganisme membelah pada interval
yang konstan. Dengan demikian populasinya akan berlipat ganda jumlahnya selama jangka
waktu tertentu yang disebut waktu generasi atau menggandakan waktu. Situasi ini dapat
diilustrasikan dengan contoh sederhana. Misalkan tabung biakan diinokulasi dengan satu
sel itu bagi setiap 20 menit ( tabel 2.1 ). Populasi akan menjadi 2 sel setelah 20 menit, 4 sel
setelah 40 menit, dan sebagainya. Karena populasi meningkat dua kali lipat setiap generasi,
peningkatan populasi selalu 2 n di mana n adalah jumlah generasi. Hasilnya peningkatan
populasi bersifat eksponensial atau logaritmik ( gambar 2.10 ).Pengamatan ini dapat
dinyatakan sebagai persamaan untuk generasi tim
Tingkat pertumbuhan selama fase eksponensial dalam budaya batch dapat
dinyatakan dalam konstanta laju pertumbuhan rata - rata (k) .
2.3 PERHITUNGAN MIKROBIA
Ada banyak cara untuk mengukur pertumbuhan mikroba untuk menentukan tingkat
pertumbuhan dan waktu generasi. Jumlah populasi atau massa dapat diikuti karena
pertumbuhan mengarah pada peningkatan keduanya.
Di sini teknik yang paling umum digunakan untuk pengukuran pertumbuhan diperiksa
secara singkat dan kelebihan dan kekurangannya dari masing-masing dicatat. Tidak ada
satu teknik yang selalu terbaik; yang paling pendekatan yang tepat akan tergantung pada
situasi eksperimental.
Pengukuran Nomor Sel
Cara yang paling jelas untuk menentukan angka mikroba adalah melalui
penghitungan langsung . Menggunakan ruang penghitungan itu mudah, murah, dan relatif
cepat; itu juga memberikan informasi tentang ukuran dan morfologi
mikroorganisme. Petroff-Hausser menghitung kamar dapat digunakan untuk menghitung
procaryotes; hemositometer bisa digunakan untuk procaryotes dan eucaryotes. Ini
dirancang khusus slide memiliki ruang dengan kedalaman yang diketahui dengan kisi
terukir di bagian bawah bilik ( gambar 2.12 ). Procaryotes lebih mudah dihitung dalam
kamar-kamar ini jika mereka diwarnai, atau ketika sebuah kontras fase atau mikroskop
fluoresensi digunakan. Jumlah mikroorganisme dalam suatu sampel dapat dihitung dengan
mempertimbangkan volume ruang dan setiap pengenceran sampel diperlukan. Satu
kelemahan untuk teknik adalah bahwa populasi mikroba harus cukup besar untuk
keakuratan karena volume sekecil itu disampel.
Mikroorganisme yang lebih besar seperti protista dan ragi bisa langsung dihitung
dengan penghitung elektronik seperti Coulter Counter , meskipun baru-baru ini flow
cytometer semakin digunakan. Itu suspensi mikroba dipaksa melalui lubang kecil atau
lubang di lubang Penghitung Coulter. Arus listrik mengalir melalui lubang, dan elektroda
ditempatkan di kedua sisi lubang mengukur listriknya perlawanan. Setiap kali sel mikroba
melewati lubang, hambatan listrik meningkat (atau konduktivitas turun) dan sel
dihitung. Penghitung Coulter memberikan hasil yang akurat dengan sel yang lebih besar
dan banyak digunakan di laboratorium rumah sakit untuk menghitung sel darah merah dan
putih. Ini tidak berguna dalam menghitung bakteri karena gangguan oleh partikel-partikel
puing kecil, pembentukan filamen, dan masalah lainnya.
Jumlah bakteri dalam sampel air sering ditentukan dari penghitungan langsung
setelah bakteri terperangkap pada filter membran khusus. Dalam teknik filter membran ,
the sampel pertama kali disaring melalui membran polikarbonat hitam Saring. Kemudian
bakteri diwarnai dengan pewarna fluorescent seperti acridine orange atau DNA stain DAPI,
dan diamati secara mikroskopis. Sel-sel yang bernoda mudah diamati terhadap hitam latar
belakang filter membran dan bisa dihitung kapan dilihat dengan mikroskop
epifluoresensi. Metode tradisional untuk menghitung mikroba secara langsung dalam
sampel biasanya menghasilkan kepadatan sel yang jauh lebih tinggi dari plat
Metode yang dijelaskan selanjutnya karena prosedur penghitungan langsung dilakukan
tidak membedakan sel mati dari sel hidup. Metode langsung yang lebih baru Hitungan
menghindari masalah ini. Kit komersial yang menggunakan neon reagen untuk menodai
sel-sel hidup dan mati berbeda sekarang tersedia, sehingga memungkinkan untuk secara
langsung menghitung jumlah yang hidup dan mati mikroorganisme.
Beberapa metode pelapisan dapat digunakan untuk menentukan jumlahnya dari
mikroba yang layak dalam sampel. Ini disebut sebagai layak menghitung metode karena
mereka hanya menghitung sel-sel itu saja hidup dan mampu bereproduksi. Dua prosedur
yang umum digunakan adalah yang teknik spread-piring dan teknik menuangkan-piring .
Di keduanya dari metode ini, sampel bakteri atau mikroorganisme yang diencerkan
tersebar di atas permukaan agar padat. Setiap mikroorganisme atau kelompok
mikroorganisme berkembang menjadi koloni yang berbeda. Jumlah asli mikroorganisme
yang layak dalam sampel dapat dihitung dari jumlah koloni yang terbentuk dan sampel
pengenceran.
 Biasanya penghitungan dibuat lebih akurat dengan menggunakan penghitung
koloni khusus. Dengan cara ini spread-plate dan pourplate teknik dapat digunakan untuk
menemukan jumlah mikroorganisme dalam sampel.
Metode pelapisan lain yang biasa digunakan pertama kali menjebak bakteri dalam
sampel air pada filter membran. Filternya kemudian ditempatkan pada media agar-agar
atau pada pad yang direndam dengan media cair ( gambar 2.13 ) dan diinkubasi sampai
setiap sel membentuk yang terpisah koloni. Hitung koloni memberikan jumlah
mikroorganisme dalam sampel yang difilter, dan media khusus dapat digunakan untuk
memilih mikroorganisme spesifik ( gambar 2.14 ). Teknik ini khususnya berguna dalam
menganalisis kemurnian air.
Teknik pelapisan sederhana, sensitif, dan banyak digunakan jumlah bakteri dan
mikroorganisme lain yang layak dalam sampel makanan, air, dan tanah. Namun, beberapa
masalah dapat menyebabkan ketidakakuratan penting. Jumlah rendah akan terjadi jika
gumpalan sel tidak naik dan mikroorganisme tersebar dengan baik. Karena tidak mungkin
benar-benar yakin bahwa setiap koloni berasal sel individu, hasilnya sering dinyatakan
dalam hal unit pembentuk koloni (CFU) daripada jumlah mikroorganisme.
Sampel harus menghasilkan antara 30 dan 300 koloni untuk penghitungan paling
akurat. Tentu saja hitungannya juga rendah jika media agar yang digunakan tidak dapat
mendukung pertumbuhan semua yang layak mikroorganisme hadir. Agar panas yang
digunakan dalam tuangkan piring teknik dapat melukai atau membunuh sel-sel
sensitif; dengan demikian menyebar piring terkadang memberi jumlah yang lebih tinggi
daripada menuangkan piring.
Pengukuran Massa Sel
Peningkatan dalam total massa sel, serta dalam jumlah sel, menyertai pertumbuhan
populasi. Oleh karena itu teknik untuk mengukur perubahan massa sel dapat digunakan
dalam mengikuti pertumbuhan. Yang paling pendekatan langsung adalah penentuan berat
kering mikroba .
Sel yang tumbuh dalam media cair dikumpulkan dengan sentrifugasi, dicuci,
dikeringkan dalam oven, dan ditimbang. Ini sangat berguna teknik untuk mengukur
pertumbuhan jamur berfilamen. Namun, memakan waktu, dan tidak terlalu sensitif. Karena
bakteri
beratnya sangat sedikit, mungkin perlu centrifuge beberapa seratus mililiter budaya untuk
mengumpulkan jumlah yang cukup.
Spektrofotometri juga dapat digunakan untuk mengukur massa sel. Metode ini lebih
cepat dan sensitif. Mereka bergantung pada fakta bahwa sel-sel mikroba menyebarkan
cahaya yang menyerang mereka. Karena mikroba sel dalam suatu populasi berukuran kira-
kira konstan, yaitu jumlah hamburan berbanding lurus dengan biomassa sel hadir dan
secara tidak langsung terkait dengan nomor sel. Saat konsentrasi bakteri mencapai sekitar
10 juta sel (10 7 ) per ml, medium tampak agak keruh atau keruh. Peningkatan lebih lanjut
di konsentrasi menghasilkan kekeruhan yang lebih besar dan lebih sedikit cahaya yang
ditransmisikan melalui medium. Tingkat hamburan cahaya bisa diukur dengan
spektrofotometer dan hampir linier terkait dengan konsentrasi sel pada tingkat absorbansi
rendah ( gambar 2.15 ).
Jadi pertumbuhan populasi dapat dengan mudah diukur selama populasi cukup
tinggi untuk memberikan kekeruhan yang dapat dideteksi. Jika jumlah zat dalam setiap sel
konstan, total jumlah konstituen sel itu secara langsung berkaitan dengan total mikroba
massa sel. Misalnya, sampel sel dicuci dikumpulkan dari volume medium yang diketahui
dapat dianalisis secara total protein atau nitrogen. Peningkatan populasi mikroba akan
tercermin dalam kadar protein total yang lebih tinggi. Begitu pula dengan klorofil
penentuan dapat digunakan untuk mengukur alga dan cyanobacterial populasi, dan jumlah
ATP dapat digunakan untuk memperkirakan jumlah massa mikroba hidup.
2.4 KULTUR LANJUTAN MIKROORGANISME
Hingga saat ini fokusnya adalah pada sistem tertutup yang disebut batch budaya di
mana persediaan nutrisi tidak diperbarui atau limbah dibuang. Pertumbuhan eksponensial
hanya berlangsung selama beberapa generasi dan segera fase stasioner tercapai. Namun,
dimungkinkan untuk menumbuhkan mikroorganisme dalam sistem terbuka, sistem dengan
konstan kondisi lingkungan dipertahankan melalui penyediaan berkelanjutan nutrisi dan
pembuangan limbah. Kondisi ini terpenuhi di laboratorium oleh sistem budaya
berkelanjutan. Mikroba populasi dapat dipertahankan dalam fase pertumbuhan
eksponensial dan pada konsentrasi biomassa konstan untuk periode yang diperpanjang
dalam sistem budaya berkelanjutan.
Chemostat
Dua tipe utama sistem kultur kontinu umumnya adalah digunakan: (1) chemostats dan (2)
turbidostats. Sebuah chemostat dibangun sehingga media steril dimasukkan ke dalam
wadah kultur di laju yang sama dengan media yang mengandung mikroorganisme
dihilangkan ( gambar 2.16 ).
 Media kultur untuk chemostat memiliki nutrisi penting (misalnya, asam amino)
dalam jumlah terbatas. Karena satu nutrisi membatasi, laju pertumbuhan ditentukan oleh
tingkat di mana media baru dimasukkan ke dalam ruang pertumbuhan, dan kepadatan sel
akhir tergantung pada konsentrasi pembatas gizi.
Tingkat pertukaran nutrisi dinyatakan sebagai tingkat pengenceran ( D ), tingkat di
mana medium mengalir melalui budaya Vessel relatif terhadap volume Vessel,
di mana f adalah laju aliran (ml / jam) dan V adalah volume bejana (ml).
D =f / V
Misalnya, jika f adalah 30 ml / jam dan V adalah 100 ml, laju pengenceran adalah 0,3. Baik
tingkat populasi mikroba dan waktu generasi terkait dengan tingkat pengenceran ( gambar
2.17 ).
Populasi mikroba kerapatan tetap tidak berubah pada berbagai pengenceran
tarif. Waktu generasi menurun (yaitu, laju pertumbuhan meningkat) karena laju
pengenceran meningkat. Nutrisi yang membatasi akan hampir sepenuhnya habis dalam
kondisi seimbang ini.
Jika laju pengenceran naik terlalu tinggi, mikroorganisme sebenarnya bisa dicuci
keluar dari wadah kultur sebelum mereproduksi karena tingkat pengenceran lebih besar
dari tingkat pertumbuhan maksimum. Ini terjadi karena lebih sedikit mikroorganisme hadir
untuk mengkonsumsi membatasi nutrisi. Pada tingkat pengenceran yang sangat rendah,
peningkatan D menyebabkan kenaikan baik kepadatan sel dan tingkat pertumbuhan. Ini
karena efeknya konsentrasi nutrisi pada tingkat pertumbuhan, kadang-kadang disebut
hubungan Monod (gambar 2.7 b ). Hanya persediaan terbatas nutrisi tersedia dengan laju
pengenceran yang rendah. Sebagian besar energi yang tersedia harus digunakan untuk
pemeliharaan sel, bukan untuk pertumbuhan dan reproduksi. Dengan meningkatnya laju
pengenceran, maka jumlah nutrisi dan kepadatan sel yang dihasilkan naik karena energi
tersedia untuk pemeliharaan dan reproduksi. Itu tingkat pertumbuhan meningkat ketika
total energi yang tersedia melebihi energi pemeliharaan.
Turbidostat
Tipe kedua dari sistem kultur kontinu, turbidostat, memiliki fotosel yang
mengukur absorbansi atau kekeruhan budaya di kapal pertumbuhan. Laju aliran media
melalui kapal secara otomatis diatur untuk mempertahankan kekeruhan yang telah
ditentukan atau kepadatan sel. Turbidostat berbeda dari chemostat dalam beberapa
cara. Laju pengenceran dalam turbidostat agak bervariasi daripada tetap konstan, dan
media kulturnya mengandung semua nutrisi Berlebihan. Artinya, tidak ada nutrisi yang
membatasi. Turbidostat beroperasi paling baik pada tingkat pengenceran tinggi; kemoterapi
yang palingstabil dan efektif pada tingkat pengenceran yang lebih rendah.
Sistem kultur berkelanjutan sangat berguna karena menyediakan pasokan sel yang
konstan dalam fase eksponensial dan tumbuh pada tingkat yang diketahui. Mereka
memungkinkan studi pertumbuhan mikroba di tingkat nutrisi sangat rendah, konsentrasi
dekat dengan yang ada di alam lingkungan. Sistem ini sangat penting untuk banyak
penelitian area — misalnya, dalam studi tentang interaksi antara mikroba spesies dalam
kondisi lingkungan menyerupai yang ada di air tawar danau atau kolam. Sistem
berkelanjutan juga digunakan dalam makanan.
2.5 PENGARUH FAKTOR LINGKUNGAN TERHADAP PERTUMBUHAN
Seperti yang telah kita lihat, mikroorganisme harus mampu merespons variasi
tingkat nutrisi, dan khususnya terhadap pembatasan nutrisi. Pertumbuhan mikroorganisme
juga sangat dipengaruhi oleh sifat kimia dan fisik lingkungan mereka. Pemahaman tentang
pengaruh lingkungan membantu dalam kontrol pertumbuhan mikroba dan studi tentang
distribusi ekologi mikroorganisme.

Kemampuan beberapa mikroorganisme untuk beradaptasi dengan lingkungan yang

ekstrem dan tidak ramah benar-benar luar biasa. Procaryotes hadir di mana pun kehidupan
bisa ada. Banyak habitat di mana procaryote berkembang akan membunuh sebagian besar
organisme lain. Procaryotes seperti Bacillus infernus bahkan dapat hidup lebih dari 1,5 mil
di bawah permukaan bumi, tanpa oksigen dan pada suhu di atas 60 ° C. Mikroorganisme
yang tumbuh dalam kondisi keras seperti itu sering disebut extremophiles.

Pada bagian ini kami akan meninjau secara singkat bagaimana beberapa faktor
lingkungan yang paling penting mempengaruhi pertumbuhan mikroba. Penekanan utama
akan diberikan pada zat terlarut dan aktivitas air, pH, suhu, tingkat oksigen, tekanan, dan
radiasi. Tabel 6.3 merangkum bagaimana mikroorganisme dikategorikan dalam hal
respons mereka terhadap faktor-faktor ini. Penting untuk dicatat bahwa untuk sebagian
besar faktor lingkungan, berbagai level mendukung pertumbuhan mikroba. Sebagai contoh,
sebuah mikroba mungkin menunjukkan pertumbuhan optimal pada pH 7, tetapi akan
tumbuh, meskipun tidak optimal, pada nilai pH turun ke pH 6 (minimum pH-nya) dan
hingga pH 8 (pH maksimumnya). Selain itu, di luar kisaran ini, mikroba mungkin berhenti
bereproduksi tetapi akan tetap bertahan untuk beberapa waktu. Jelas, setiap mikroba harus
memiliki adaptasi yang memungkinkannya menyesuaikan fisiologinya dalam rentang
pilihannya, dan mungkin juga memiliki adaptasi yang melindunginya di lingkungan di luar
kisaran ini. Adaptasi ini juga akan dibahas di bagian ini.

Zat terlarut dan Aktivitas Air

Karena membran plasma selektif berpisah mikroorganisme dari lingkungan mereka,

mereka dapat dipengaruhi oleh perubahan konsentrasi osmotik di sekitar mereka. Jika
sebuah mikroorganisme ditempatkan dalam larutan hipotonik (satu dengan konsentrasi
osmotik yang lebih rendah), air akan masuk ke dalam sel dan menyebabkannya itu meledak
kecuali ada sesuatu yang dilakukan untuk mencegah masuknya. Sebaliknya jika itu
ditempatkan dalam larutan hipertonik (satu dengan yang lebih tinggi konsentrasi osmotik),
air akan mengalir keluar sel. Dalam mikroba yang memiliki dinding sel (mis., sebagian
besar procaryotes, jamur, dan ganggang), membran menyusut dari dinding sel — suatu
proses disebut plasmolisis. Dehidrasi sel dalam lingkungan hipertonik dapat merusak
membran sel dan menyebabkan sel menjadi tidak aktif secara metabolik.

Karena itu penting bagi mikroba untuk merespons perubahan konsentrasi osmotik
di lingkungan mereka. Misalnya, mikroba di lingkungan hipotonik dapat mengurangi
osmotic konsentrasi sitoplasma mereka. Ini dapat dicapai oleh penggunaan badan inklusi.
Beberapa bakteri dan archaea juga memilikinya saluran mechanosensitive (MS) dalam
membran plasma mereka. Di sebuah lingkungan hipotonik, membran membentang karena
peningkatan dalam tekanan hidrostatik dan pembengkakan sel. Saluran MS kemudian buka
dan biarkan zat terlarut pergi. Dengan demikian mereka dapat bertindak sebagai katup
pelarian untuk melindungi sel agar tidak pecah. Karena banyak protista tidak memiliki sel
dinding, mereka harus menggunakan vakuola kontraktil (lihat gambar 25.5 dan 25.17b)
untuk mengeluarkan air berlebih. Banyak mikroorganisme, baik dalam lingkungan
hipotonik atau hipertonik, menjaga konsentrasi osmotik protoplasma mereka sedikit di atas
habitat dengan menggunakan zat terlarut yang kompatibel, sehingga membran plasma
selalu ditekan dengan kuat pada dinding sel mereka. Zat terlarut yang kompatibel adalah
zat terlarut yang tidak mengganggu metabolisme dan pertumbuhan saat di konsentrasi
intraseluler yang tinggi. Kebanyakan procaryotes meningkatkan konsentrasi osmotik
internal mereka dalam lingkungan hipertonik melalui sintesis atau penyerapan kolin,
betaine, prolin, asam glutamat, dan asam amino lainnya; kadar ion kalium yang tinggi juga
terlibat sampai batas tertentu. Protista fotosintesis dan jamur menggunakan sukrosa dan
poliol — misalnya, arabitol, gliserol, dan manitol — untuk tujuan yang sama. Poliol dan
asam amino sangat ideal zat terlarut untuk fungsi ini karena mereka biasanya tidak
mengganggu enzim struktur dan fungsi. Matriks sitoplasma: Badan-badan inklusi (bagian
3.3)

Beberapa mikroba beradaptasi dengan lingkungan hipertonik yang ekstrem. Halofil

tumbuh secara optimal di hadapan NaCl atau garam lain pada konsentrasi di atas sekitar
0,2M (gambar 6.18). Halophile ekstrim telah beradaptasi sepenuhnya terhadap kondisi
hipertonik, salin sehingga mereka membutuhkan natrium klorida tingkat tinggi untuk
tumbuh — konsentrasi antara sekitar 2 M dan saturasi (sekitar 6,2 M). Archaeon
Halobacterium dapat diisolasi dari Laut Mati (danau garam antara Israel dan Yordania dan
danau terendah di dunia), Danau Garam Besar di Utah, dan habitat air lainnya dengan
konsentrasi garam mendekati kejenuhan. Halobacterium dan procaryotes yang sangat
halophilic lainnya mengakumulasikan potasium dalam jumlah besar untuk tetap hipertonik
terhadap lingkungannya; konsentrasi kalium internal dapat mencapai 4 hingga 7 M. Selain
itu, enzim, ribosom, dan protein transpornya membutuhkan kadar kalium yang tinggi untuk
stabilitas dan aktivitas. Selain itu, membran plasma dan dinding sel Halobacterium
distabilkan oleh ion natrium konsentrasi tinggi. Jika konsentrasi natrium berkurang terlalu
banyak, dinding dan membran plasma hancur. Halophile ekstrim telah berhasil beradaptasi
dengan kondisi lingkungan yang akan menghancurkan sebagian besar organisme. Dalam
prosesnya, mereka menjadi sangat terspesialisasi sehingga kehilangan fleksibilitas ekologis
dan hanya bisa makmur di beberapa habitat ekstrem. Phylum Euryarchaeota: The
Halobacteria (bagian 20.3)

Karena konsentrasi osmotik suatu habitat memiliki kedalaman seperti itu efek pada
mikroorganisme, berguna untuk dapat mengekspresikan secara kuantitatif tingkat
ketersediaan air. Ahli mikrobiologi umumnya menggunakan aktivitas air ( ) untuk tujuan
ini (ketersediaan air juga dapat dinyatakan sebagai potensi air, yang terkait dengan ).
Aktivitas air suatu larutan adalah 1/100 kelembaban relatif larutan (bila dinyatakan dalam
persen). Ini juga setara dengan rasio tekanan uap larutan ( ) dengan air murni ( ).

Aktivitas air suatu larutan atau padatan dapat ditentukan oleh menyegelnya dalam
ruang dan mengukur kelembaban relatif setelahnya sistem telah mencapai keseimbangan.
Misalkan setelah sampel diperlakukan dengan cara ini, udara di atasnya adalah jenuh 95%
—yaitu, the udara mengandung 95% kelembaban yang akan dimilikinya ketika
diseimbangkan pada suhu yang sama dengan sampel air murni. Relatif kelembaban akan
menjadi 95% dan aktivitas air sampel, 0,95. Aktivitas air berbanding terbalik dengan
tekanan osmotik; jika suatu solusi memiliki tekanan osmotik tinggi, ini rendah.

Mikroorganisme sangat berbeda dalam kemampuannya untuk beradaptasi dengan

habitat dengan aktivitas air rendah (tabel 6.4). Mikroorganisme harus mengeluarkan upaya
ekstra untuk tumbuh di habitat dengan nilai rendah karena harus mempertahankan
konsentrasi zat terlarut internal yang tinggi untuk menahan air. Beberapa mikroorganisme
dapat melakukan ini dan bersifat osmotolerant; mereka akan tumbuh di berbagai aktivitas
air atau konsentrasi osmotik. Sebagai contoh, Staphylococcus aureus adalah halotolerant
(gambar 6.18) dan dapat dibiakkan dalam media yang mengandung konsentrasi natrium
klorida hingga sekitar 3 M. Hal ini disesuaikan dengan baik untuk pertumbuhan pada kulit.
Saccharomyces rouxii ragi akan tumbuh dalam larutan gula dengan nilai serendah 0,6.
Protista fotosintesis Dunaliella viridis mentoleransi konsentrasi natrium klorida dari 1,7 M
menjadi larutan jenuh.

Meskipun beberapa mikroorganisme benar-benar osmotolerant, kebanyakan hanya

tumbuh dengan baik di aktivitas air sekitar 0,98 (perkiraan untuk air laut) atau lebih
tinggi. Inilah sebabnya mengapa mengeringkan makanan atau menambahkan garam dan
gula dalam jumlah besar sangat efektif dalam mencegah makanan pembusukan. Seperti
yang ditunjukkan tabel 6.4, banyak jamur bersifat osmotolerant dan dengan demikian
sangat penting dalam pembusukan asin atau kering makanan.

pH

pH adalah ukuran aktivitas ion hidrogen suatu larutan dan didefinisikan sebagai
logaritma negatif dari konsentrasi ion hydrogen (dinyatakan dalam istilah molaritas).

Skala pH meluas dari pH 0.0 (1,0 M ) ke pH 14.0 (1.0 × M ), dan setiap

unit pH mewakili perubahan sepuluh kali lipat dalam konsentrasi ion hidrogen. Gambar
6.19 menunjukkan bahwa habitat di mana mikroorganisme tumbuh sangat bervariasi —
dari pH 0 hingga 2 di ujung asam hingga danau alkali dan tanah yang mungkin memiliki
nilai pH antara 9 dan 10.

Tidak mengherankan bahwa pH secara dramatis mempengaruhi pertumbuhan

mikroba. Setiap spesies memiliki kisaran pertumbuhan pH tertentu dan pertumbuhan pH
optimal. Asidofil memiliki pertumbuhan optimal antara pH 0 dan 5.5; neutrofil, antara pH
5.5 dan 8.0; dan alkalofil lebih memilih kisaran pH 8.0 hingga 11.5. Alkalofil ekstrim
memiliki optima pertumbuhan pada pH 10 atau lebih tinggi. Secara umum, kelompok
mikroba yang berbeda memiliki preferensi pH yang khas. Sebagian besar bakteri dan
protista adalah neutrofil. Kebanyakan jamur lebih menyukai lingkungan yang lebih asam,
sekitar pH 4 hingga 6; protista fotosintesis juga tampaknya lebih menyukai sedikit
keasaman. Banyak archaea adalah asidofil. Sebagai contoh, archaeon Sulfolobus
acidocaldarius adalah penghuni umum dari sumber air panas yang bersifat asam; itu
tumbuh dengan baik di sekitar pH 1 hingga 3 dan pada suhu tinggi. Archaea Ferroplasma
acidarmanus dan Picrophilus oshimae sebenarnya dapat tumbuh pada pH 0, atau sangat
dekat dengannya.

Meskipun mikroorganisme akan sering tumbuh pada rentang pH yang luas dan jauh
dari optima mereka, ada batas toleransi mereka.

Variasi pH sitoplasma yang drastis dapat membahayakan mikroorganisme dengan

mengganggu membran plasma atau menghambat aktivitas enzim dan protein transpor
membran. Kebanyakan procaryotes mati jika pH internal turun jauh di bawah 5,0-5,5.
Perubahan pH eksternal juga dapat mengubah ionisasi molekul nutrisi dan sehingga
mengurangi ketersediaannya bagi organisme.

Mikroorganisme merespons perubahan pH eksternal menggunakan mekanisme

yang mempertahankan pH sitoplasma netral. Beberapa mekanisme untuk menyesuaikan
diri dengan perubahan kecil dalam pH eksternal telah diusulkan. Membran plasma kedap
terhadap proton. Neutrofil menukar kalium dengan proton menggunakan sistem
transportasi antiport. Alkalofil ekstrim seperti Bacillus alcalophilus menjaga pH internal
mereka lebih dekat ke netralitas dengan menukar ion natrium internal dengan proton
eksternal. Buffer internal juga dapat berkontribusi terhadap homeostasis pH. Namun, jika
pH eksternal menjadi terlalu asam, mekanisme lain ikut berperan. Ketika pH turun di
bawah sekitar 5.5 ke 6.0, Salmonella enterica serovar Typhimurium dan E. coli
mensintesis berbagai protein baru sebagai bagian dari apa yang disebut sebagai respons
toleransi asam. ATPase proton-translokasi berkontribusi terhadap respon protektif ini, baik
dengan membuat lebih banyak ATP atau dengan memompa proton keluar dari sel. Jika pH
eksternal berkurang menjadi 4.5 atau lebih rendah, protein pendamping seperti protein
kejutan asam dan sengatan panas protein disintesis. Ini mencegah denaturasi asam protein
dan bantuan dalam pembentukan kembali protein terdenaturasi.

Mikroorganisme sering mengubah pH habitatnya sendiri dengan memproduksi

produk-produk limbah metabolisme asam atau dasar. Fermentatif mikroorganisme
membentuk asam organik dari karbohidrat, sedangkan chemolithotrophs seperti
Thiobacillus mengoksidasi komponen sulfur yang berkurang menjadi asam sulfat.
Mikroorganisme lain membuat lingkungan mereka lebih basa dengan menghasilkan
amonia melalui degradasi asam amino.

Karena mikroorganisme mengubah pH di sekitar mereka, buffer sering dimasukkan

dalam media untuk mencegah penghambatan pertumbuhan oleh perubahan pH yang besar.
Fosfat adalah penyangga yang umum digunakan dan contoh penyangga yang baik oleh
asam lemah ( ) dan basa konjugasinya ( ).

+ ⎯⎯ →

+ ⎯⎯ → + HOH

Jika proton ditambahkan ke dalam campuran, mereka bergabung dengan bentuk

garam untuk menghasilkan asam lemah. Peningkatan alkalinitas ditolak karena asam lemah
akan menetralkan ion hidroksil melalui donasi proton untuk memberikan air. Peptida dan
asam amino dalam media kompleks juga memiliki efek buffering yang kuat.
Suhu

Suhu lingkungan sangat mempengaruhi mikroorganisme, seperti semua organisme

lain. Memang, mikroorganisme sangat rentan karena suhu mereka bervariasi dengan suhu
lingkungan eksternal. Faktor terpenting yang mempengaruhi pengaruh suhu terhadap
pertumbuhan adalah sensitivitas suhu dari reaksi yang dikatalisis oleh enzim. Setiap enzim
memiliki suhu di mana ia berfungsi secara optimal (lihat gambar 8.19b). Pada suhu di
bawah optimal, ia tidak lagi menjadi katalitik. Ketika suhu naik dari suhu rendah ini, laju
katalisis meningkat ke yang diamati untuk suhu optimal. Kecepatan reaksi kira-kira akan
berlipat ganda untuk setiap kenaikan suhu 10 ° C. Ketika semua enzim dalam mikroba
dipertimbangkan bersama, ketika laju setiap reaksi meningkat, metabolisme secara
keseluruhan menjadi lebih aktif, dan mikroorganisme tumbuh lebih cepat. Namun, di luar
titik tertentu, peningkatan lebih lanjut sebenarnya memperlambat pertumbuhan, dan suhu
yang cukup tinggi mematikan. Suhu tinggi merusak mikroorganisme dengan
mendenaturasi enzim, pembawa transportasi, dan protein lainnya. Temperatur juga
memiliki efek signifikan pada membran mikroba. Pada suhu yang sangat rendah, membran
mengeras. Pada suhu tinggi, lapisan ganda lipid hanya meleleh dan hancur. Singkatnya,
ketika organisme di atas suhu optimalnya, baik fungsi dan struktur sel terpengaruh. Jika
suhu sangat rendah, fungsinya terpengaruh tetapi tidak harus komposisi dan struktur kimia
sel.

Karena pengaruh suhu yang berlawanan ini, pertumbuhan mikroba memiliki

ketergantungan suhu yang cukup khas dengan suhu kardinal yang berbeda — suhu
pertumbuhan minimum, optimum, dan maksimum (gambar 6.20). Meskipun bentuk kurva
ketergantungan suhu dapat bervariasi, suhu optimal selalu lebih dekat ke maksimum
daripada minimum. Suhu kardinal untuk spesies tertentu tidak tetap kaku tetapi seringkali
bergantung pada faktor lingkungan lain seperti pH dan nutrisi yang tersedia. Sebagai
contoh, Crithidia fasciculate, seorang protista yang hidup di usus nyamuk, akan tumbuh
dalam medium sederhana pada 22 hingga 27 ° C. Namun, tidak dapat dikultur pada 33
hingga 34 ° C tanpa penambahan logam, asam amino, vitamin, dan lipid tambahan.

Suhu kardinal sangat bervariasi antara mikroorganisme (tabel 6.5). Optima

biasanya berkisar dari 0 ° C hingga 75 ° C, sedangkan pertumbuhan mikroba terjadi pada
suhu yang memanjang dari kurang dari -20 ° C hingga lebih dari 120 ° C. Beberapa archaea
bahkan dapat tumbuh pada 121 ° C (250 ° F), suhu yang biasanya digunakan dalam
autoklaf (Keragaman Mikroba dan Ekologi 6.1). Faktor utama yang menentukan kisaran
pertumbuhan ini tampaknya adalah air. Bahkan pada suhu paling ekstrim, mikroorganisme
membutuhkan air cair untuk tumbuh. Kisaran suhu pertumbuhan untuk mikroorganisme
tertentu biasanya berkisar sekitar 30 derajat. Beberapa spesies (mis., Neisseria
gonorrhoeae) memiliki kisaran kecil; yang lain, seperti Enterococcus faecalis, akan
tumbuh pada kisaran suhu yang luas. Kelompok mikroba utama berbeda satu sama lain
mengenai suhu pertumbuhan maksimumnya. Batas atas untuk protista adalah sekitar 50 °
C. Beberapa jamur dapat tumbuh pada suhu setinggi 55 hingga 60 ° C. Procaryotes dapat
tumbuh pada suhu yang jauh lebih tinggi daripada eucaryotes. Telah disarankan bahwa
eucaryotes tidak mampu membuat membran organel yang stabil dan fungsional pada suhu
di atas 60 ° C. Aparat fotosintesis juga tampaknya relatif tidak stabil karena organisme
fotosintetik tidak ditemukan tumbuh pada suhu yang sangat tinggi.

Mikroorganisme seperti yang tercantum dalam tabel 6.5 dapat ditempatkan di salah satu
dari lima kelas berdasarkan rentang suhu mereka untuk pertumbuhan (gambar 6.21).

1. Psikrofil tumbuh dengan baik pada 0 ° C dan memiliki suhu pertumbuhan optimal
15 ° C atau lebih rendah; maksimumnya sekitar 10 ° C. Mereka mudah diisolasi
dari habitat Kutub Utara dan Antartika; karena 90% lautan adalah 5 ° C atau lebih
dingin, ia merupakan habitat yang sangat besar bagi psikofil. Chlamydomonas
nivalis protista psikofilik sebenarnya dapat mengubah lapangan salju atau gletser
merah muda dengan spora merah cerah. Psikrofil tersebar luas di antara taksa
bakteri dan ditemukan dalam genera seperti Pseudomonas, Vibrio, Alcaligenes,
Bacillus, Arthrobacter, Moritella, Photobacterium, dan Shewanella. Sebuah
archaeon psikofilik, Methanogenium, telah diisolasi dari Danau Ace di Antartika.
Mikroorganisme psikofilik telah beradaptasi dengan lingkungannya dengan
beberapa cara. Enzim, sistem transportasi, dan mekanisme sintetik proteinnya
berfungsi dengan baik pada suhu rendah. Selaput sel mikroorganisme psikofilik
memiliki kadar asam lemak tak jenuh yang tinggi dan tetap semifluida ketika
dingin. Memang, banyak psikrofil mulai bocor konstituen seluler pada suhu lebih
tinggi dari 20 ° C karena gangguan membran sel.
2. Banyak spesies dapat tumbuh pada 0 hingga 7 ° C walaupun mereka memiliki optima
antara 20 dan 30 ° C, dan maksimal pada sekitar 35 ° C. Ini disebut psikrotrof atau
psikrofil fakultatif. Bakteri dan jamur psikrotrofik adalah faktor utama dalam
pembusukan makanan yang didinginkan seperti dijelaskan dalam bab 40.

3. Mesofil adalah mikroorganisme dengan pertumbuhan optimal sekitar 20 hingga 45 °

C; mereka sering memiliki suhu minimum 15 hingga 20 ° C. Maksimal mereka
sekitar 45 ° C atau lebih rendah. Sebagian besar mikroorganisme mungkin termasuk
dalam kategori ini. Hampir semua patogen manusia adalah mesofil, seperti yang
diduga karena lingkungan mereka cukup konstan 37 ° C.

4. Beberapa mikroorganisme adalah termofil; mereka dapat tumbuh pada suhu 55 ° C

atau lebih tinggi. Minimum pertumbuhan mereka biasanya sekitar 45 ° C dan mereka
sering memiliki optima antara 55 dan 65 ° C. Sebagian besar adalah procaryotes
meskipun beberapa protista fotosintesis dan jamur termofilik (tabel 6.5). Organisme
ini tumbuh subur di banyak habitat termasuk kompos, tumpukan jerami yang
dipanaskan sendiri, saluran air panas, dan mata air panas.

Termofil berbeda dari mesofil dalam banyak hal. Mereka memiliki enzim
yang lebih stabil terhadap panas dan sistem sintesis protein, yang berfungsi dengan
baik pada suhu tinggi. Protein ini stabil karena berbagai alasan. Protein stabil panas
memiliki interior hidrofobik yang sangat terorganisir; lebih banyak ikatan hidrogen
dan ikatan nonkovalen lainnya memperkuat struktur. Sejumlah besar asam amino
seperti prolin juga membuat rantai polipeptida kurang fleksibel. Selain itu, protein
distabilkan dan dibantu dalam pelipatan oleh protein pendamping khusus. Ada bukti
bahwa pada bakteri termofilik, DNA distabilkan oleh protein mirip-histonel khusus.
Lipid membran mereka juga cukup stabil suhu. Mereka cenderung lebih jenuh,
lebih bercabang, dan memiliki berat molekul lebih tinggi. Ini meningkatkan titik
lebur lipid membran. Termofil purba memiliki lipid membran dengan ikatan eter,
yang melindungi lipid dari hidrolisis pada suhu tinggi. Kadang-kadang lipid
archaeal benar-benar menjangkau membran untuk membentuk suatu lapisan
tunggal yang kaku dan stabil.

5. Seperti disebutkan sebelumnya, beberapa termofil dapat tumbuh pada suhu 90 ° C

atau lebih dan beberapa memiliki maksimum di atas 100 ° C. Procaryotes yang
memiliki optima pertumbuhan antara 80 ° C dan sekitar 113 ° C disebut
hipertermofil. Mereka biasanya tidak tumbuh jauh di bawah 55 ° C. Pyrococcus
 abyssi dan Pyrodictium occultum adalah contoh hipertermofil laut yang ditemukan di
daerah panas dasar laut.

Konsentrasi Oksigen

Pentingnya oksigen untuk pertumbuhan suatu organisme berkorelasi dengan metabolisme-

khususnya, dengan proses yang digunakannya untuk menghemat energi yang dipasok oleh
sumber energinya. Hampir semua proses metabolisme hemat energi melibatkan pergerakan
elektron melalui sistem transpor elektron. Untuk chemotrophs, akseptor elektron terminal
yang dipasok secara eksternal sangat penting untuk berfungsinya sistem transpor elektron.
Sifat akseptor elektron terminal terkait dengan kebutuhan oksigen suatu organisme.

Organisme yang dapat tumbuh di hadapan atmosfer adalah aerob, sedangkan

yang dapat tumbuh tanpa kehadirannya adalah anaerob. Hampir semua organisme
multiseluler sepenuhnya bergantung pada atmosfer untuk pertumbuhan — yaitu,
mereka adalah aerob obligat (tabel 6.3). Oksigen berfungsi sebagai akseptor elektron
terminal untuk rantai transpor elektron dalam respirasi aerobik. Selain itu, eucaryotes
aerobik menggunakan dalam sintesis sterol dan asam lemak tak jenuh. Anaerob
fakultatif tidak membutuhkan untuk pertumbuhan tetapi tumbuh lebih baik di
hadapannya. Di hadapan oksigen mereka menggunakan respirasi aerobik. Anaerob
aerotolerant seperti Enterococcus faecalis mengabaikan dan tumbuh sama baiknya
apakah ada atau tidak. Sebaliknya, anaerob yang ketat atau anaerob obligat (mis.,
Bacteroides, Fusobacterium, Clostridium pasteurianum, Methanococcus, Neocallimastix)
tidak menoleransi sama sekali dan mati di hadapannya. Aerotolerant dan anaerob yang
ketat tidak dapat menghasilkan energi melalui respirasi aerob dan harus menggunakan
fermentasi atau respirasi anaerob untuk tujuan ini. Akhirnya, ada aerob seperti
Campylobacter, yang disebut microaerophiles, yang dirusak oleh tingkat atmosfer normal
(20%) dan membutuhkan tingkat di bawah kisaran 2 hingga 10% untuk
pertumbuhan. Sifat respons bakteri dapat dengan mudah ditentukan dengan
menumbuhkan bakteri dalam tabung kultur yang diisi dengan media kultur padat atau
media khusus seperti kaldu thioglycollate, yang mengandung zat pereduksi untuk
menurunkan kadar (gambar 6.22).

Kelompok amikrobial dapat menunjukkan lebih dari satu jenis hubungan dengan
. Kelima jenis ditemukan di antara procaryotes dan protozoa. Jamur biasanya bersifat
aerob, tetapi sejumlah spesies — terutama di antara ragi — adalah anaerob fakultatif.
Protista fotosintesis hampir selalu merupakan aerob wajib. Perlu dicatat bahwa kemampuan
untuk tumbuh di lingkungan oksik dan anoksik memberikan fleksibilitas yang cukup dan
merupakan keuntungan ekologis.

Meskipun anaerob obligat terbunuh oleh , mereka dapat dipulihkan dari habitat
yang tampaknya bersifat oxic. Dalam kasus seperti itu mereka berhubungan dengan
anaerob fakultatif yang menggunakan yang tersedia dan dengan demikian
memungkinkan pertumbuhan anaerob ketat. Misalnya, bakteri anaerob Bacteroides
gingivalis yang ketat hidup di mulut tempat ia tumbuh di celah anoksik di sekitar gigi.

Hubungan yang berbeda dengan ini disebabkan oleh beberapa faktor, termasuk
inaktivasi protein dan efek turunan toksik. Enzim dapat dinonaktifkan ketika kelompok-
kelompok sensitif seperti sulfhidril teroksidasi. Contoh anotable adalah enzim nitrogenase
fiksasi nitrogen, yang sangat sensitif terhadap oksigen. Sintesis asam amino: Asimilasi
nitrogen (bagian 10.5)

Oksigen menerima elektron dan mudah tereduksi karena dua elektron orbital
luarnya tidak berpasangan. Flavoprotein, yang berfungsi dalam transpor elektron, beberapa
konstituen sel lainnya, dan radiasi meningkatkan reduksi oksigen. Hasilnya biasanya
beberapa kombinasi dari produk reduksi radikal superoksida, hidrogen peroksida, dan
radikal hidroksil.

Produk-produk reduksi oksigen ini sangat beracun karena mengoksidasi dan dengan
cepat menghancurkan konstituen seluler. Mikroorganisme harus dapat melindungi dirinya
sendiri dari produk oksigen semacam itu atau akan dibunuh. Memang, neutrofil dan
makrofag, dua sel sistem kekebalan yang penting, menggunakan produk oksigen toksik ini
untuk menghancurkan patogen yang menyerang. Fagositosis (bagian 31.3)

Banyak mikroorganisme memiliki enzim yang mampu melindungi terhadap produk

beracun (gambar 6.22). Wajib aerob dan anaerob fakultatif biasanya mengandung
enzim superoksida dismutase (SOD) dan katalase, yang mengkatalisasi kehancuran
radikal superoksida dan hidrogen peroksida, masing-masing. Peroksidase juga dapat
digunakan untuk menghancurkan hidrogen peroksida.

Mikroorganisme aerotolerant mungkin kekurangan katalase tetapi hampir selalu

memiliki superoksida dismutase. Lactobacillus plantarum aerotolerant menggunakan ion
mangan bukan superoksida dismutase untuk menghancurkan radikal superoksida. Semua
anaerob yang ketat kekurangan kedua enzim atau memilikinya dalam konsentrasi yang
sangat rendah dan karenanya tidak dapat mentolerir .

Karena aerob membutuhkan dan anaerob terbunuh olehnya, pendekatan yang

berbeda secara radikal harus digunakan ketika menumbuhkan kedua jenis mikroorganisme.
Ketika mikroorganisme aerob volume besar dikultur, baik bejana biakan terguncang untuk
menganginkan medium atau udara steril harus dipompa melalui bejana biakan. Justru
masalah yang berlawanan muncul dengan anaerob; semua harus dikecualikan. Ini dapat
dicapai dengan beberapa cara. (1) Media anaerob khusus yang mengandung zat pereduksi
seperti tioglikolat atau sistein dapat digunakan. Media direbus selama persiapan untuk
melarutkan komponennya; mendidih juga menghilangkan oksigen dengan sangat efektif.
Zat pereduksi akan menghilangkan terlarut yang tersisa dalam medium sehingga
anaerob dapat tumbuh di bawah permukaannya. (2) Oksigen juga dapat dihilangkan dari
sistem anaerob dengan menghilangkan udara dengan pompa vakum dan membuang sisa
dengan gas nitrogen (gambar 6.23). Seringkali dan nitrogen ditambahkan ke ruang
karena banyak anaerob membutuhkan sedikit untuk pertumbuhan terbaik. (3) Salah
satu cara paling populer untuk membiakkan sejumlah kecil anaerob adalah dengan
menggunakan tabung GasPak (gambar 6.24). Dalam prosedur ini lingkungan dibuat
anoksik dengan menggunakan hidrogen dan katalis paladium untuk menghilangkan
melalui pembentukan air. Zat pereduksi dalam agar anaerob juga menghilangkan oksigen,
seperti yang disebutkan sebelumnya. (4) Kantong plastik atau kantong membuat wadah
yang nyaman ketika hanya beberapa sampel yang akan diinkubasi secara anaerob. Ini
memiliki katalis dan kalsium karbonat untuk menghasilkan atmosfer kaya karbon dioksida
anoksik. Solusi khusus ditambahkan ke kompartemen reagen kantong; cawan petri atau
wadah lainnya ditempatkan di dalam kantong; kemudian dijepit tertutup dan ditempatkan
di inkubator. Laboratorium dapat menggunakan semua teknik ini karena masing-masing
paling cocok untuk tujuan yang berbeda

Tekanan

Organisme yang menghabiskan hidupnya di darat atau di permukaan air selalu

mengalami tekanan 1 atm (atm), dan tidak pernah terpengaruh secara signifikan oleh
tekanan. Namun banyak procaryote hidup di laut dalam (samudera 1,000 m atau lebih
dalam) di mana tekanan hidrostatik dapat mencapai 600 hingga 1,100 atm dan suhu sekitar
2 hingga 3 ° C. Banyak dari procaryotes ini adalah barotolerant: peningkatan tekanan
mempengaruhi mereka tetapi tidak sebanyak mikroba yang tidak toleran. Beberapa
prokariota di usus invertebrata laut dalam seperti amphipoda (udang-udang krustasea) dan
holothuria (teripang) benar-benar barofilik — mereka tumbuh lebih cepat dengan tekanan
tinggi. Mikroba ini mungkin memainkan peran penting dalam daur ulang nutrisi di laut
dalam. Barofil yang pulih dari parit Mariana dekat Filipina (kedalaman sekitar 10,500 m)
sebenarnya tidak dapat tumbuh pada tekanan di bawah 400 hingga 500 atm ketika
diinkubasi pada suhu 2 ° C. Sejauh ini, barofil telah ditemukan di antara beberapa genera
bakteri (mis., Photobacterium, Shewanella, Colwellia). Beberapa archaea adalah
termobarofil (mis., Pyrococcus spp., Methanocaldococcus jannaschii). Mikroorganisme di
lingkungan laut (bagian 28.3)
Radiasi

Dunia kita dibombardir dengan radiasi elektromagnetik dari berbagai jenis

(gambar 6.25). Radiasi ini sering berperilaku seolah-olah terdiri dari gelombang yang
bergerak melalui ruang seperti gelombang yang bergerak di permukaan air. Jarak antara
dua puncak gelombang atau palung adalah panjang gelombang. Ketika panjang gelombang
radiasi elektromagnetik berkurang, energi radiasi meningkat — sinar gamma dan sinar X
jauh lebih energik daripada cahaya tampak atau gelombang inframerah. Radiasi
elektromagnetik juga bertindak seperti aliran paket energi yang disebut foton, setiap foton
memiliki kuantum energi yang nilainya akan tergantung pada panjang gelombang radiasi.

Sinar matahari adalah sumber utama radiasi di Bumi. Ini termasuk cahaya tampak,
radiasi ultraviolet (UV), sinar infra merah, dan gelombang radio. Cahaya tampak adalah
aspek yang paling mencolok dan penting dari lingkungan kita: sebagian besar kehidupan
bergantung pada kemampuan organisme fotosintesis untuk memerangkap energi cahaya
matahari. Hampir 60% radiasi matahari berada di wilayah inframerah daripada bagian
spektrum yang terlihat. Inframerah adalah sumber utama panas Bumi. Di permukaan laut,
seseorang menemukan sangat sedikit radiasi ultraviolet di bawah sekitar 290 hingga 300
nm. Radiasi UV dengan panjang gelombang lebih pendek dari 287 nm diserap oleh di
atmosfer bumi; proses ini membentuk lapisan ozon antara 25 dan 30 mil di atas permukaan
bumi. Lapisan ozon kemudian menyerap sinar UV yang agak lebih lama dan membentuk
kembali . Distribusi sinar matahari yang merata di seluruh spektrum yang terlihat
menyumbang fakta bahwa sinar matahari umumnya "putih".
 Banyak bentuk radiasi elektromagnetik sangat berbahaya bagi mikroorganisme. Ini
terutama berlaku untuk radiasi ionisasi, radiasi dengan panjang gelombang yang sangat
pendek dan energi tinggi, yang dapat menyebabkan atom kehilangan elektron (terionisasi).
Dua bentuk utama radiasi ionisasi adalah (1) sinar X, yang diproduksi secara buatan, dan
(2) sinar gamma, yang dipancarkan selama peluruhan radioisotop. Tingkat radiasi pengion
yang rendah akan menghasilkan mutasi dan secara tidak langsung dapat mengakibatkan
kematian, sedangkan tingkat yang lebih tinggi secara langsung mematikan. Meskipun
mikroorganisme lebih tahan terhadap radiasi pengion daripada organisme yang lebih besar,
mereka masih akan dihancurkan dengan dosis yang cukup besar. Radiasi pengion dapat
digunakan untuk mensterilkan barang. Beberapa procaryotes (mis., Deinococcus
radiodurans) dan endospora bakteri dapat bertahan dalam dosis besar radiasi ionisasi.

Berbagai perubahan dalam sel disebabkan oleh radiasi pengion; itu merusak ikatan
hidrogen, mengoksidasi ikatan rangkap, menghancurkan struktur cincin, dan
mempolimerisasi beberapa molekul. Oksigen meningkatkan efek merusak ini, mungkin
melalui generasi radikal hidroksil (OH ). Meskipun banyak jenis konstituen dapat
terpengaruh, masuk akal untuk menganggap bahwa penghancuran DNA adalah penyebab
kematian yang paling penting.

Radiasi ultraviolet (UV) dapat membunuh semua jenis mikroorganisme karena

panjang gelombang pendeknya (sekitar 10 hingga 400 nm) dan energi tinggi. Radiasi UV
yang paling mematikan memiliki panjang gelombang 260 nm, panjang gelombang yang
paling efektif diserap oleh DNA. Mekanisme utama kerusakan UV adalah pembentukan
dimer timin dalam DNA. Dua timin yang berdekatan dalam untai DNA secara kovalen
bergabung untuk menghambat replikasi dan fungsi DNA. Mikroba dilindungi dari panjang
gelombang cahaya UV yang lebih pendek karena diserap oleh oksigen, seperti yang
dijelaskan sebelumnya. Kerusakan yang disebabkan oleh sinar UV yang mencapai
permukaan Bumi dapat diperbaiki dengan beberapa mekanisme perbaikan DNA, yang
dibahas dalam bab 13. Paparan sinar UV yang berlebihan melampaui kemampuan
organisme untuk memperbaiki hasil kerusakan dan kematian. Panjang gelombang sinar UV
yang lebih panjang (radiasi UV-dekat; 325 hingga 400 nm) tidak diserap oleh oksigen
sehingga mencapai permukaan bumi. Mereka juga dapat membahayakan mikroorganisme
karena mereka menginduksi pemecahan triptofan menjadi fotoproduk beracun. Tampaknya
photoproducts tryptophan beracun ini ditambah radiasi UV-dekat itu sendiri menghasilkan
kerusakan pada untaian DNA. Mekanisme pastinya tidak diketahui, meskipun berbeda dari
yang terlihat dengan 260 nm UV. Mutasi dan dasar kimianya (bagian 13.1)

Cahaya tampak sangat bermanfaat karena merupakan sumber energi untuk

fotosintesis. Namun, bahkan cahaya tampak, jika hadir dalam intensitas yang cukup, dapat
merusak atau membunuh sel mikroba. Biasanya pigmen yang disebut fotosensitizer dan
diperlukan. Semua mikroorganisme memiliki pigmen seperti klorofil, bakterioklorofil,
sitokrom, dan flavin, yang dapat menyerap energi cahaya, menjadi bersemangat atau
diaktifkan, dan bertindak sebagai fotosensitizer. Fotosensitizer bersemangat (P)
mentransfer energinya ke V menghasilkan oksigen singlet ( ).

Oksigen singlet adalah zat pengoksidasi yang sangat reaktif dan kuat yang akan dengan
cepat menghancurkan sel. Mungkin agen utama yang digunakan oleh fagosit untuk
menghancurkan bakteri yang tertelan.

Banyak mikroorganisme yang mengudara atau hidup di permukaan yang terpapar

menggunakan pigmen karotenoid untuk perlindungan terhadap fotooksidasi. Karotenoid
secara efektif memadamkan oksigen singlet — yaitu, mereka menyerap energi dari oksigen
singlet dan mengubahnya kembali menjadi keadaan dasar yang tidak tereksitasi.
Mikroorganisme fotosintesis dan nonfotosintetik menggunakan pigmen dengan cara ini

2.6 PERTUMBUHAN MIKROBA DI LINGKUNGAN ALAMI

Bagian 2.5 menyurvei efek pada pertumbuhan mikroba dari faktor lingkungan individu
seperti ketersediaan air, pH, dan suhu. Meskipun ekologi mikroba diperkenalkan secara
lebih rinci dalam bab 27 hingga 30, kami sekarang secara singkat mempertimbangkan efek
lingkungan secara keseluruhan pada pertumbuhan mikroba.

Batasan Pertumbuhan oleh Faktor Lingkungan

 Lingkungan mikroba kompleks dan terus berubah. Seringkali mengandung
konsentrasi nutrisi yang rendah (lingkungan oligotrofik) dan memaparkan mikroba ke
banyak kelebihan nutrisi dan faktor lingkungan lainnya. Pertumbuhan mikroorganisme
tergantung pada suplai nutrisi dan toleransinya terhadap kondisi lingkungan yang ada di
habitatnya pada waktu tertentu. Dua undang-undang menjelaskan ketergantungan ini.
Hukum Liebig tentang minimum menyatakan bahwa total biomassa suatu organisme akan
ditentukan oleh nutrisi yang terdapat dalam konsentrasi terendah relatif terhadap
persyaratan organisme. Undang-undang ini berlaku di laboratorium (gambar6.7) dan
lingkungan antar perairan dan perairan. Peningkatan nutrisi esensial yang membatasi
seperti fosfat akan menghasilkan peningkatan populasi mikroba sampai beberapa nutrisi
lain menjadi terbatas. Jika nutrisi tertentu terbatas, perubahan nutrisi lain tidak akan
berpengaruh. Hukum toleransi Shelford menyatakan bahwa ada batasan untuk faktor
lingkungan di bawah dan di atasnya mikroorganisme tidak dapat bertahan dan tumbuh,
terlepas dari suplai nutrisi. Hal ini dapat dilihat dengan mudah untuk suhu seperti
ditunjukkan pada Gambar 6.21. Setiap mikroorganisme memiliki kisaran suhu spesifik
tempat ia dapat tumbuh. Aturan yang sama berlaku untuk faktor-faktor lain seperti pH,
tingkat oksigen, dan tekanan hidrostatik di lingkungan laut. Zat penghambat di lingkungan
juga dapat membatasi pertumbuhan mikroba. Misalnya, pertumbuhan yang cepat dan tidak
terbatas terjadi jika mikroorganisme terpapar nutrisi berlebih. Pertumbuhan seperti itu
dengan cepat menghabiskan nutrisi dan seringkali menghasilkan pelepasan produk
beracun. Baik penipisan nutrisi dan produk-produk beracun membatasi pertumbuhan lebih
lanjut. Contoh lain terlihat dengan mikroba yang tumbuh di lingkungan yang miskin nutrisi
atau oligotropik, di mana pertumbuhan mikroba dapat secara langsung dihambat oleh
berbagai zat alami termasuk fenolik, tanin, amoniak, etilen, dan senyawa sulfur yang
mudah menguap.

Dalam menanggapi lingkungan oligotrofik dan persaingan yang ketat, banyak

mikroorganisme menjadi lebih kompetitif dalam penangkapan nutrisi dan eksploitasi
sumber daya yang tersedia. Seringkali morfologi organisme akan berubah untuk
meningkatkan luas permukaannya dan kemampuan untuk menyerap nutrisi. Ini dapat
melibatkan konversi procaryotes berbentuk batang menjadi sel "mini" dan "ultramicro"
atau perubahan dalam morfologi prosthecate atau bakteri yang dikuntit, dalam menanggapi
kelaparan. Kekurangan nutrisi menginduksi banyak perubahan lain seperti yang dibahas
sebelumnya (gambar 6.26). Sebagai contoh, mikroorganisme dapat mengalami
penghentian metabolisme selangkah demi selangkah kecuali gen pemeliharaan rumah
tangga.

Banyak faktor yang dapat mengubah tingkat nutrisi di lingkungan oligotropik.

Mikroorganisme dapat menyerap nutrisi kritis yang membatasi, seperti zat besi,
membuatnya kurang tersedia untuk pesaing. Atmosfer dapat menyumbangkan nutrisi
penting dan mendukung pertumbuhan mikroba. Ini terlihat di laboratorium serta
lingkungan alam. Zat organik yang terbawa melalui udara telah ditemukan untuk
menstimulasi pertumbuhan mikroba dalam media encer, dan pengayaan media
pertumbuhan oleh materi organi udara dapat memungkinkan populasi mikroorganisme
yang signifikan untuk berkembang. Bahkan air suling, yang mengandung jejak bahan
organik, dapat menyerap senyawa satu karbon dari atmosfer dan menumbuhkan
mikroorganisme. Kehadiran nutrisi melalui udara dan pertumbuhan mikroba, jika tidak
terdeteksi, dapat mempengaruhi percobaan dalam biokimia dan biologi molekuler, serta
studi mikroorganisme yang tumbuh di lingkungan oligotropik.

Menghitung dan Mengidentifikasi Mikroorganisme di Lingkungan Alami

Ekologi mikroba mengajukan dua pertanyaan penting: Mikroba apa yang ada di
habitat mikroba, dan berapa banyak yang ada? Meskipun ahli mikrobiologi telah
mengembangkan banyak teknik untuk mengidentifikasi dan menghitung mikroba,
pertanyaan-pertanyaan ini tidak mudah dijawab. Ada dua alasan untuk ini. Pertama, banyak
metode identifikasi dan penghitungan mengandalkan kemampuan mikroba untuk
membentuk koloni. Ini mengandaikan bahwa ahli mikrobiologi tahu bagaimana
membangun media pertumbuhan dan menciptakan kondisi lingkungan yang akan
mendukung semua mikroba di habitat. Sayangnya, pengetahuan ini jauh dari ahli
mikrobiologi, dan diperkirakan hanya sekitar 1% dari mikroba di lingkungan alami yang
dibiakkan. Semakin banyak, metode molekuler digunakan untuk menganalisis keragaman
populasi mikroba. Alasan kedua terkait dengan pengalaman "stres" mikroba di lingkungan
alami. John Postgate dari University of Sussex di Inggris adalah salah satu yang pertama
mencatat bahwa mikroorganisme yang ditekankan oleh kelangsungan hidup di habitat
alami — atau di banyak media laboratorium selektif — sangat sensitif terhadap tekanan
sekunder. Tekanan semacam itu dapat menghasilkan mikroorganisme yang layak yang
telah kehilangan kemampuan untuk tumbuh di media yang biasanya digunakan untuk
budidaya mereka. Untuk menentukan potensi pertumbuhan mikroorganisme tersebut,
Postgate mengembangkan apa yang sekarang disebut uji mikroviabilitas Postgate, di mana
mikroorganisme dikultur dalam film agar tipis di bawah penutup. Kemampuan sel untuk
mengubah morfologinya, bahkan jika tidak tumbuh melampaui tahap sel tunggal,
menunjukkan bahwa mikroorganisme memang menunjukkan "tanda-tanda kehidupan."

Sejak saat itu banyak pekerja telah mengembangkan prosedur genetik mikroskopis,
isotop, dan molekuler tambahan yang sensitif untuk mengevaluasi keberadaan dan
signifikansi dari procaryotes (VBNC) yang layak tetapi tidak dapat dibiakkan, baik di
laboratorium maupun di lapangan. Bidang baru genomik lingkungan, atau metagenomik,
dibahas pada bab 15. Dalam pendekatan yang lebih rutin, kadar antibodi fluoresen dan sel-
sel berwarna oranye acridine sering dibandingkan dengan jumlah populasi yang diperoleh
dengan metode dan pelat nomor paling mungkin (MPN). Dihitung menggunakan media
selektif dan non-selektif. Pelepasan bahan sel berlabel radioaktif juga digunakan untuk
memantau efek stres pada mikroorganisme. Terlepas dari kemajuan ini, estimasi sel yang
layak responsif media dengan metode Postgate masih penting. Studi-studi ini menunjukkan
bahwa bahkan ketika bakteri patogen seperti Escherichia coli, Vibrio cholerae, Klebsiella
pneumoniae, Enterobacter aerogenes, dan Enterococcus faecalis telah kehilangan
kemampuan mereka untuk tumbuh di media laboratorium konvensional menggunakan
teknik budaya standar, mereka mungkin masih dapat berperan dalam penyakit menular.

Biofilm

Meskipun para ilmuwan mengamati sejak tahun 1940-an bahwa lebih banyak
mikroba di lingkungan perairan ditemukan melekat pada permukaan (sessile) daripada
mengambang bebas (planktonik), hanya relatif baru-baru ini fakta ini mendapat perhatian
ahli mikrobiologi. Mikroba yang melekat ini adalah anggota komunitas kompleks yang
terbungkus lendir yang disebut biofilm. Biofilm ada di mana-mana di alam. Di sana
mereka paling sering dilihat sebagai lapisan lendir di atas batu atau benda lain di air
(gambar 6.27a). Ketika mereka terbentuk di lambung kapal dan kapal, mereka
menyebabkan korosi, yang membatasi umur kapal dan mengakibatkan kerugian ekonomi.
Yang menjadi perhatian utama adalah pembentukan biofilm pada perangkat medis seperti
implan pinggul dan lutut (gambar 6.27b). Biofilm ini sering menyebabkan penyakit serius
dan kegagalan perangkat medis. Pembentukan biofilm tampaknya merupakan kemampuan
kuno di antara procaryotes, karena bukti untuk biofilm dapat ditemukan dalam catatan fosil
dari sekitar 3.4 miliar tahun yang lalu.
 Biofilm dapat terbentuk pada hampir semua permukaan, setelah dikondisikan oleh
protein dan molekul lain yang ada di lingkungan (gambar 6.28). Mikroba menempel pada
permukaan yang terkondisi dan akhirnya mulai melepaskan polisakarida, protein, dan
DNA. Polimer ini memungkinkan mikroba menempel lebih stabil ke permukaan. Ketika
biofilm menebal dan matang, mikroba mereproduksi dan mengeluarkan polimer tambahan.
Hasil akhirnya adalah komunitas mikroorganisme yang kompleks dan dinamis. Mikroba
berinteraksi dalam berbagai cara. Sebagai contoh, produk limbah dari satu mikroba dapat
menjadi sumber energi untuk mikroba lain. Sel-sel juga berkomunikasi satu sama lain
seperti yang dijelaskan selanjutnya. Akhirnya, keberadaan DNA dalam lendir ekstraseluler
dapat diambil oleh anggota komunitas biofilm. Dengan demikian gen dapat ditransfer dari
satu sel (atau spesies) ke yang lain.

Sementara dalam biofilm, mikroba dilindungi dari berbagai agen berbahaya seperti
sinar UV, antibiotik, dan agen antimikroba lainnya. Ini sebagian disebabkan oleh matriks
ekstraselular di mana mereka tertanam, tetapi juga karena perubahan fisiologis. Memang,
banyak protein yang disintesis atau diaktifkan dalam sel biofilm tidak diamati dalam sel
planktonik dan sebaliknya. Resistensi sel biofilm terhadap agen antimikroba memiliki
konsekuensi serius. Ketika biofilm terbentuk pada perangkat medis seperti implan pinggul
(gambar 6.27b), mereka sulit untuk dibunuh dan dapat menyebabkan penyakit serius.
Seringkali satu-satunya cara untuk merawat pasien dalam situasi ini adalah dengan melepas
implan. Masalah lain dengan biofilm adalah bahwa sel-sel secara teratur dihilangkan
(gambar 6.28). Ini dapat memiliki banyak konsekuensi. Misalnya, biofilm dalam pipa
distribusi air kota dapat berfungsi sebagai sumber kontaminasi setelah air meninggalkan
fasilitas pengolahan air.

Komunikasi Sel-Sel dalam Populasi Mikroba

 Selama beberapa dekade, ahli mikrobiologi cenderung menganggap populasi
bakteri sebagai kumpulan sel individu yang tumbuh dan berperilaku mandiri. Tetapi sekitar
30 tahun yang lalu, ditemukan bahwa bakteri luminescent laut, Vibrio fischeri,
mengendalikan kemampuannya untuk bercahaya dengan memproduksi zat kecil yang dapat
difusi yang disebut autoinducer. Molekul autoinducer kemudian diidentifikasi sebagai
acylhomoserine lactone (AHL). Sekarang diketahui bahwa banyak bakteri gram negatif
membuat sinyal molekuler AHL yang bervariasi dalam panjang dan substitusi pada posisi
ketiga rantai samping asil (gambar 6.29). Dalam banyak spesies ini, AHL dapat difusi
bebas melintasi membran plasma. Jadi pada kepadatan sel yang rendah ia berdifusi keluar
dari sel. Namun, ketika populasi sel meningkat dan AHL terakumulasi di luar sel, gradien
difusi terbalik sehingga AHLenters sel. Karena masuknya kepadatan sel AHL tergantung,
memungkinkan sel individu untuk menilai kepadatan populasi. Ini disebut sebagai quorum
sensing; kuorum biasanya merujuk pada jumlah minimum anggota dalam suatu organisasi,
seperti badan legislatif, yang diperlukan untuk menjalankan bisnis. Ketika AHL mencapai
tingkat ambang di dalam sel, ini berfungsi untuk menginduksi ekspresi gen target yang
mengatur sejumlah fungsi, tergantung pada mikroba. Fungsi-fungsi ini paling efektif hanya
jika ada banyak mikroba. Misalnya, cahaya yang dihasilkan oleh satu sel tidak terlihat,
tetapi kepadatan sel dalam organ ringan ikan laut dan cumi-cumi mencapai 1010 sel per
mililiter. Ini memberi hewan itu efek senter sementara mikroba memiliki habitat yang
aman dan kaya nutrisi (gambar 6.30). Faktanya, banyak proses yang diatur oleh quorum
sensing melibatkan interaksi host-mikroba seperti simbiosis dan patogenisitas. Sistem
pengaturan global: Penginderaan kuorum (bagian 12.5)
 Banyak bakteri yang menggunakan AHLsignals. Selain bioluminesensi V. fischeri,
patogen oportunistik Burkholderia cepacia dan Pseudomonas aeruginosa menggunakan
AHL untuk mengatur ekspresi faktor virulensi (gambar 6.29). Bakteri gram negatif ini
menyebabkan pneumonia yang melemahkan pada orang yang immunocompromised, dan
merupakan patogen penting pada pasien fibrosis kistik. Patogen tanaman Agrobacterium
tumefaciens tidak akan menginfeksi tanaman inang dan Erwinia carotorvora tidak akan
menghasilkan antibiotik tanpa pensinyalan AHL. Akhirnya, B. cepacia, P. aeruginosa,
serta Vibrio cholerae menggunakan komunikasi antar sel AHL untuk mengontrol
pembentukan biofilm, strategi penting untuk menghindari sistem kekebalan tubuh inang.
 Penemuan sinyal molekuler tambahan yang dibuat oleh berbagai mikroba
menggarisbawahi pentingnya komunikasi sel-sel dalam mengatur proses procaryotic.
Misalnya, sementara hanya bakteri gram negatif yang diketahui membuat AHL, bakteri
gram negatif dan gram positif membuat autoinducer-2 (AI-2). Bakteri Gram-positif
biasanya bertukar peptida pendek yang disebut oligopeptida dan bukannya molekul yang
mirip autoinducer. Contohnya termasuk Enterococcus faecalis, yang sinyal oligopeptide-
nya digunakan untuk menentukan waktu terbaik untuk berkonjugasi (transfer gen).
Komunikasi Oligopeptida oleh Staphylococcus aureus dan Bacillus subtilis digunakan
untuk memicu penyerapan DNA dari lingkungan. Mikroba tanah Streptomyces griseus
menghasilkan gamma-butyrolactone yang dikenal sebagai faktor-A. Molekul kecil ini
mengatur diferensiasi morfologis dan produksi streptomisin antibiotik. Mikroba eucaryotic
juga mengandalkan komunikasi sel-sel untuk mengoordinasikan kegiatan-kegiatan utama
dalam suatu populasi. Sebagai contoh, jamur patogen Candida albicans mengeluarkan
asam farnesoic untuk mengatur morfologi dan virulensi.

Contoh-contoh komunikasi sel ini menunjukkan apa yang disebut perilaku multisel
dalam banyak sel individu yang berkomunikasi dan mengoordinasikan kegiatan mereka
untuk bertindak sebagai satu unit. Contoh lain dari perilaku yang kompleks tersebut adalah
pembentukan pola di koloni dan pembentukan tubuh buah di myxobacteria.

2.7 KONTROL MIKROORGANISME OLEH AGEN FISIK DAN KIMIA

Meskipun sebagian besar mikroorganisme bermanfaat dan diperlukan untuk

kesejahteraan manusia, aktivitas mikroba mungkin memiliki konsekuensi yang
tidak diinginkan, seperti pembusukan makanan dan penyakit. Karena itu sangat
penting untuk dapat membunuh berbagai mikroorganisme atau menghambat
pertumbuhannya untuk meminimalkan dampak destruktifnya. Tujuannya ada dua:
1. untuk menghancurkan patogen dan mencegah penularannya, dan
2. untuk mengurangi atau menghilangkan mikroorganisme yang bertanggung
jawab atas kontaminasi air, makanan, dan zat lain
Dari awal sejarah yang tercatat, orang telah berlatih desinfeksi dan sterilisasi,
meskipun keberadaan mikroorganisme tidak diketahui. Orang Mesir menggunakan
api untuk mensterilkan bahan infeksi dan desinfektan untuk membalsem tubuh,
dan orang-orang Yunani membakar belerang untuk mengasapi
bangunan. Hukum Musa memerintahkan orang Ibrani untuk membakar pakaian apa
saja yang dicurigai terkontaminasi kusta. Saat ini kemampuan untuk
menghancurkan mikroorganisme tidak kalah pentingnya: memungkinkan teknik
aseptik yang digunakan dalam penelitian mikrobiologis, pengawetan makanan, dan
 perawatan serta pencegahan penyakit. Teknik yang dijelaskan dalam bab ini juga
penting untuk keselamatan pribadi di laboratorium dan rumah sakit ( Teknik &
Aplikasi 7.1 ).
Bab ini berfokus pada kontrol mikroorganisme oleh agen fisik dan kimia, termasuk
agen kemoterapi, yang dibahas lebih rinci dalam bab 35. Namun, mikroba dapat
dikendalikan oleh banyak mekanisme yang tidak akan dipertimbangkan dalam bab
ini. Misalnya, manipulasi parameter lingkungan digunakan secara luas dalam
industri makanan untuk melestarikan makanan. Peningkatan zat terlarut, seperti
garam dan gula, mengawetkan daging, selai, dan jeli. Fermentasi susu dan sayuran
secara mikroba menurunkan pH makanan-makanan ini, menciptakan makanan baru
seperti yogurt, keju, dan acar — yang kesemuanya memiliki umur simpan yang
lebih lama daripada susu dan sayur-sayuran tempat pembuatannya. Panas
dan pembentukan kondisi anoksik penting dalam pelestarian makanan kaleng, dan
radiasi pengion digunakan untuk memperpanjang umur simpan makanan laut, buah-
buahan, dan sayuran. Penggunaan langkah - langkah kontrol ini dijelaskan secara
lebih rinci dalam bab 40.

A. Definisi Ketentuan yang Sering Digunakan

Terminologi sangat penting ketika kontrol mikroorganisme dibahas karena kata-
kata seperti disinfektan dan antiseptik sering digunakan secara longgar. Situasi ini
bahkan lebih membingungkan karena perawatan tertentu dapat menghambat
pertumbuhan atau membunuh tergantung pada kondisinya. Jenis-jenis agen kontrol
dan penggunaannya diuraikan pada Gambar 7.1.

Kemampuan untuk mengendalikan populasi mikroba pada benda mati, seperti

peralatan makan dan instrumen bedah, sangat penting secara praktis. Kadang-
kadang perlu untuk menghilangkan semua mikroorganisme dari suatu objek,
sedangkan hanya penghancuran sebagian dari populasi mikroba mungkin
diperlukan dalam situasi lain. Sterilisasi [Latin sterilis , tidak dapat
menghasilkan keturunan atau mandul] adalah proses dimana semua sel
hidup, spora, dan acellular entitas (misalnya, virus, viroid , dan prion) yang hancur
atau dihapus dari suatu objek atau habitat.Asterile obyek benar-benar bebas dari
mikroorganisme yang layak, spora, dan agen infeksi lain. Ketika sterilisasi dicapai
oleh agen kimia, bahan kimia tersebut
disebut sterilant . Sebaliknya, desinfeksi adalah pembunuhan, penghambatan, atau
pengangkatan mikroorganisme yang dapat menyebabkan penyakit. Tujuan utama
adalah untuk menghancurkan patogen potensial , tetapi desinfeksi juga secara
substansial mengurangi total populasi mikroba. Disinfektan adalah agen, biasanya
bahan kimia, yang digunakan untuk melakukan desinfeksi dan biasanya hanya
digunakan pada benda mati. Antiinfektan tidak perlu mensterilkan suatu benda
karena spora yang hidup dan beberapa mikroorganisme mungkin
tersisa. Sanitasi terkait erat dengan desinfeksi. Dalam sanitasi, populasi mikroba
berkurang ke tingkat yang dianggap aman oleh standar kesehatan
masyarakat. Benda mati biasanya dibersihkan dan didesinfeksi
sebagian. Misalnya, pembersih digunakan untuk membersihkan peralatan makan di
restoran.
Sering juga diperlukan untuk mengendalikan mikroorganisme pada atau dalam
jaringan hidup dengan agen kimia. Antisepsis [ anti Yunani , melawan,
dan sepsis, pembusukan] adalah pencegahan infeksi atau sepsis dan dilakukan
dengan antiseptik. Ini adalah agen kimia yang diterapkan pada jaringan untuk
mencegah infeksi dengan membunuh atau menghambat pertumbuhan
patogen; mereka juga mengurangi total populasi mikroba. Karena mereka tidak
boleh menghancurkan terlalu banyak jaringan inang, antiseptik umumnya tidak
toksik seperti desinfektan. Kemoterapi adalah penggunaan agen kimia untuk
membunuh atau menghambat pertumbuhan mikroorganisme di dalam jaringan
inang.
Sufiks dapat digunakan untuk menunjukkan tipe agen antimikroba . Zat yang
organisme membunuh sering memiliki akhiran - cide [Latin cida , untuk
membunuh]; sebuah bahan pembasmi kuman membunuh patogen (dan
banyak nonpathogens ) tetapi belum tentu endospora. Sebuah disinfektan atau
antiseptik dapat sangat efektif terhadap kelompok tertentu, yang dimana kasus itu
dapat disebut bakterisida, fungisida, algicide , atau viricide . Bahan kimia lain
tidak membunuh, tetapi mereka mencegah pertumbuhan. Jika agen ini dihilangkan,
pertumbuhan akan dilanjutkan. Nama-nama mereka berakhir di static
 [Yunani statikos , menyebabkan berdiri atau menghentikan] -
untuk contoh, bakteriostatik dan fungistatic . Meskipun agen ini telah dijelaskan
dalam hal efeknya terhadap patogen, perlu dicatat bahwa mereka juga membunuh
atau menghambat pertumbuhan non-patogen. Kemampuan mereka untuk
mengurangi total populasi mikroba, tidak hanya untuk mempengaruhi tingkat
patogen, sangat penting dalam banyak situasi.

B. POLA KEMATIAN MIKROBA

Populasi mikroba tidak terbunuh seketika saat terpapar agen yang
mematikan. Kematian populasi, seperti pertumbuhan populasi, umumnya
bersifat eksponensial atau logaritmik - yaitu, populasi akan berkurang dengan fraksi
yang sama pada interval yang konstan ( tabel 7.1 ). Jika logaritma jumlah populasi
yang tersisa diplot terhadap waktu pemaparan mikroorganisme terhadap agen, akan
dihasilkan plot garis lurus ( gambar 7.2 ). Ketika populasi telah sangat berkurang,
laju pembunuhan dapat melambat karena kelangsungan hidup strain
mikroorganisme yang lebih resisten.
Untuk mempelajari efektivitas agen yang mematikan, seseorang harus
dapat memutuskan kapan mikroorganisme mati, tugas yang tidak semudah
pada makroorganisme . Hampir tidak mungkin untuk
mengambil denyut bakteri . Bakteri sering didefinisikan mati jika tidak tumbuh dan
bereproduksi ketika diinokulasi ke dalam media kultur yang biasanya akan
mendukung pertumbuhannya. Dengan cara yang sama, virus tidak aktif tidak dapat
menginfeksi host yang cocok. Namun definisi ini memiliki kekurangan. Telah
dibuktikan bahwa ketika bakteri terpapar pada kondisi tertentu, mereka dapat tetap
hidup tetapi untuk sementara tidak dapat bereproduksi. Ketika dalam keadaan ini,
mereka disebut sebagai viable but nonculturable (VBNC) (lihat gambar
6.8). Dalam tes konvensional untuk menunjukkan pembunuhan oleh agen
antimikroba, bakteri VBNC akan dianggap mati. Ini adalah masalah
serius karena setelah periode pemulihan, bakteri dapat memperoleh kembali
kemampuannya untuk bereproduksi dan menyebabkan infeksi.

C. KONDISI YANG MEMPENGARUHI EFEKTIFITAS AGEN

ANTIMIKROBIAL
Penghancuran mikroorganisme dan penghambatan pertumbuhan mikroba bukan hal
yang sederhana karena efisiensi agen antimikroba (agen yang membunuh
 mikroorganisme atau menghambat pertumbuhannya) dipengaruhi oleh setidaknya
enam faktor.

1. Ukuran populasi. Karena fraksi yang sama dari populasi mikroba terbunuh selama
setiap interval, populasi yang lebih besar membutuhkan waktu lebih lama untuk
mati daripada yang lebih kecil. Ini dapat dilihat pada percobaan pembunuhan panas
secara teoritis yang ditunjukkan pada tabel 7.1 dan gambar 7.2. Prinsip yang sama
berlaku untuk agen antimikroba kimia .
2. Komposisi populasi. Efektivitas suatu agen sangat bervariasi dengan sifat
organisme yang sedang dirawat karena mikroorganisme sangat berbeda dalam
kerentanan. Endospora bakteri jauh lebih tahan terhadap sebagian
besar agen antimikroba daripada bentuk vegetatif, dan sel yang lebih muda
biasanya lebih mudah dihancurkan daripada organisme dewasa. Beberapa spesies
mampu bertahan dalam kondisi buruk lebih baik daripada
yang lain. Misalnya, Mycobacterium tuberculosis, yang menyebabkan tuberkulosis,
jauh lebih tahan terhadap agen antimikroba daripada kebanyakan bakteri lain.
3. Konsentrasi atau intensitas agen antimikroba. Seringkali, tetapi tidak selalu,
semakin terkonsentrasi agen kimia atau intens agen fisik, semakin cepat
mikroorganisme dihancurkan. Namun, efektivitas agen biasanya tidak
langsung berkaitan dengan konsentrasi atau intensitas. Dalam jangka
 pendek, sedikit peningkatan konsentrasi mengarah pada peningkatan efektifitas
yang eksponensial ; melampaui titik tertentu, kenaikan mungkin
tidak meningkatkan tingkat pembunuhan sama sekali. Kadang-kadang agen
lebih efektif pada konsentrasi yang lebih rendah. Misalnya, 70% etanol lebih efektif
daripada 95% etanol karena aktivitasnya ditingkatkan oleh keberadaan air.
4. Durasi paparan. Semakin lama populasi terpapar agen mikrobisida , semakin
banyak organisme yang terbunuh (gambar 7.2). Untuk mencapai
sterilisasi, durasi paparan yang cukup untuk mengurangi kemungkinan bertahan
hidup hingga 10-6 atau kurang harus digunakan.
5. Suhu. Peningkatan suhu di mana suatu zat kimia bekerja sering meningkatkan
aktivitasnya. Seringkali zat desinfektan atau sterilisasi yang lebih rendah dapat
digunakan pada suhu yang lebih tinggi.
6. Lingkungan lokal. Populasi yang akan dikendalikan tidak terisolasi tetapi
dikelilingi oleh faktor-faktor lingkungan yang dapat menawarkan perlindungan atau
bantuan dalam penghancurannya. Misalnya, karena panas membunuh lebih mudah
pada pH asam, makanan dan minuman asam seperti buah-buahan dan tomat lebih
mudah dipasteurisasi daripada makanan dengan pH lebih tinggi seperti susu. Faktor
lingkungan penting kedua adalah bahan organik, yang dapat melindungi
mikroorganisme dari pemanasan dan disinfektan kimia. Biofilm adalah contoh yang
bagus. Bahan organik dalam biofilm melindungi mikroorganisme biofilm,
dan biofilm dan mikrobanya seringkali sulit dihilangkan. Lebih lanjut, telah
didokumentasikan dengan jelas bahwa bakteri dalam biofilm diubah secara
fisiologis, dan ini membuat mereka kurang rentan terhadap banyak agen
antimikroba. Karena dampak dari bahan organik, mungkin perlu untuk
membersihkan benda-benda, terutama jarum suntik dan peralatan medis atau
gigi, sebelum didesinfeksi atau disterilkan. Perawatan yang sama harus diambil
ketika patogen dihancurkan selama persiapan air minum. Ketika persediaan air
kota mengandung bahan organik yang tinggi, langkah-langkah diambil untuk
mengurangi bahan organik atau menambah lebih banyak klorin.

D. PENGGUNAAN ETIKA FISIK DALAM PENGENDALIAN

Panas dan agen fisik lainnya normalnya digunakan untuk
mengontrol pertumbuhan mikroba dan mensterilkan objek, seperti yang dapat
dilihat dari operasi autoklaf yang berkesinambungan di
setiap laboratorium mikrobiologi . Empat agen fisik yang paling
sering digunakan adalah panas, suhu rendah, filtrasi, dan radiasi.
1. Panas
Api dan air mendidih telah digunakan untuk sterilisasi dan desinfeksi ion sejak
zaman Yunani, dan pemanasan masih merupakan salah satu cara paling populer
untuk menghancurkan mikroorganisme. Panas lembab atau kering dapat
diterapkan. Panas lembab siap membunuh virus, bakteri, dan jamur ( tabel 7.2 ).
Panas lembab dianggap membunuh dengan menurunkan asam nukleat dan
dengan mendenaturasi enzim dan protein essentia l lainnya. Ini juga dapat
mengganggu membran sel. Paparan pemanasan air selama 10 menit sudah
cukup untuk menghancurkan sel-sel vegetatif
dan eucaryotic spora. Sayangnya suhu air rebusan (100 ° C atau 212 ° F di
permukaan laut) tidak cukup tinggi untuk menghancurkan endospora bakteri,
yang dapat bertahan selama berjam-jam dalam pemanasan. Karena itu
pemanasan dapat digunakan untuk desinfeksi air minum dan benda-benda yang
tidak dirusak oleh air, tetapi memanaskan tidak mensterilkan.
Untuk menghancurkan pori-pori endos bakteri , sterilisasi panas lembab harus
dilakukan pada suhu di atas 100 ° C, dan ini membutuhkan penggunaan uap
jenuh di bawah tekanan. Uap sterilisasi dilakukan dengan autoclave ( Gambar
7.3 ), perangkat yang seperti pressure cooker mewah. The pengembangan
autoclave oleh Chamberland pada tahun 1884 sangat merangsang pertumbuhan
mikrobiologi.
Air direbus untuk menghasilkan uap, yang dilepaskan melalui jaket dan masuk
ke dalam ruang autoklaf (gambar 7.3 b ).
Udara yang awalnya ada di dalam bilik dipaksa keluar sampai bilik diisi dengan
uap jenuh dan pintu keluar ditutup. Uap panas dan jenuh terus mengalir sampai
ruang mencapai suhu dan tekanan yang diinginkan, biasanya 121 ° C
dan tekanan 15 pon . Pada suhu ini, saturasi uap menghancurkan
semua sel vegetatif dan endospora dalam volume cairan kecil dalam 10
hingga 12 menit. Perawatan dilanjutkan selama setidaknya 15 menit untuk
memberikan batas keselamatan. Tentu saja, wadah cairan yang lebih besar
seperti labu dan guci membutuhkan waktu perawatan yang lebih lama.
Autoclaving harus dilakukan dengan benar atau bahan yang diproses tidak akan
steril. Jika semua udara belum dibuang keluar dari ruangan, itu tidak akan
mencapai 121 ° C meskipun dapat mencapai tekanan 15 pound. C Hamber tidak
harus dikemas terlalu ketat karena kebutuhan uap untuk beredar secara bebas
dan kontak segala sesuatu di autoklaf. Endospora bakteri akan terbunuh hanya
jika disimpan pada 121 ° C selama 10 hingga 12
menit. Ketika volume besar cairan harus disterilkan, waktu sterilisasi yang lama
diperlukan karena dibutuhkan waktu lebih lama untuk pusat cairan
untuk mencapai 121 ° C; 5 liter cairan mungkin memerlukan sekitar 70
menit. Mengingat potensi kesulitan ini, indikator biologis sering diautoklaf
bersama dengan bahan lainnya. Indikator ini biasanya terdiri dari tabung kultur
yang mengandung ampul media yang sedang dan strip kertas yang ditutupi
dengan spora Geobacillus stearothermophilus . Setelah diautoklaf, ampul rusak
secara aseptik dan biakan diinkubasi selama beberapa hari. Jika diuji bakteri
tidak tidak tumbuh di medium, sterilisasi yang dijalankan
telah berhasil. Kadang-kadang pita khusus yang
menyebutkan kata steril atau strip indikator kertas yang berubah warna
pada pemanasan yang cukup diautoklaf dengan muatan material. Jika kata itu
muncul di kaset atau jika perubahan berubah setelah diautoklaf, bahan tersebut
seharusnya steril. Pendekatan-pendekatan ini nyaman dan menghemat waktu
tetapi tidak dapat diandalkan seperti penggunaan endospora bakteri .
Banyak zat, seperti susu, diperlakukan dengan pemanasan terkendali pada suhu
di bawah mendidih, sebuah proses yang dikenal sebagai pasteurisasi untuk
menghormati pengembangnya Louis Pasteur . Pada tahun 1860-an industri
anggur Prancis terganggu oleh masalah pembusukan anggur, yang membuat
penyimpanan dan pengiriman anggur menjadi sulit. Pasteur memeriksa anggur
manja di bawah opera mikro dan mendeteksi mikroorganisme yang tampak
seperti bakteri yang dapat bereaksi terhadap fermentasi asam laktat
dan asam asetat . Dia kemudian menemukan bahwa pemanasan singkat pada 55
hingga 60 ° C akan menghancurkan mikroorganisme ini dan mengawetkan
anggur untuk waktu yang lama. Pada tahun 1886 yang Germa n ahli kimia VH
dan F. Soxhlet mengadaptasi teknik untuk melestarikan susu dan
mengurangi milktrans missible penyakit. Susu pasteurisasi diperkenalkan
ke Amerika Serikat pada tahun 1889. Susu, lebah , dan banyak minuman
lainnya sekarang dipasteurisasi. Pasteurisasi tidak mensterilkan minuman, tetapi
itu membunuh patogen apa pun yang ada dan secara drastis
memperlambat usia busuk dengan mengurangi tingkat mikroorganisme
pembusukan nonpath ogenik. Banyak benda yang paling
baik disterilkan dengan tidak adanya air dengan sterilisasi panas
kering. Beberapa barang disterilkan dengan insinerasi. Misalnya, inokulasi
loop, yang digunakan secara rutin di dalam laboratorium, dapat disterilisasi
dalam kecil, insinerator bangku-top ( angka 7.4 ). Barang-barang lain
disterilkan dalam oven pada 160 hingga 170 ° C selama 2 hingga 3
jam. Kematian mikroba hanya disebabkan oleh oksidasi konstituen sel dan
denaturasi protein . Panas udara kering kurang efektif daripada panas
lembab. Spora Clostridium botulinum , penyebab botulisme, terbunuh dalam 5
menit pada 121 ° C oleh panas lembab tetapi hanya setelah 2 jam pada 160 ° C
dengan panas kering. Namun, panas kering memiliki beberapa keunggulan yang
pasti. Itu tidak merusak kaca dan instrumen logam seperti panas lembab, dan
dapat digunakan untuk mensterilkan serbuk, minyak, dan barang
serupa. Sebagian besar laboratorium mensterilkan gelas dan pipet dengan panas
kering. Terlepas dari keuntungan ini , sterilisasi panas kering lambat dan tidak
cocok untuk bahan yang sangat sensitif seperti banyak barang plastik dan karet.
Karena panas sangat berguna dalam mengendalikan mikroorganisme, penting
untuk memiliki ukuran yang tepat dari efisiensi penghilangan panas. Awalnya
efektivitas dinyatakan dalam hal titik kematian termal (TDP), suhu terendah di
mana suspensi mikroba terbunuh dalam 10 menit. Karena TDP menyiratkan
bahwa suhu tertentu segera mematikan meskipun dalam kondisi, waktu
kematian termal (TDT) sekarang lebih umum digunakan. Ini adalah waktu
tersingkat yang diperlukan untuk membunuh semua organisme dalam suspensi
mikroba pada suhu tertentu dan dalam kondisi yang ditentukan. Namun,
kerusakan seperti itu adalah logar ithmic, dan secara teori tidak mungkin untuk
menghancurkan mikroorganisme dalam sampel, bahkan dengan pemanasan
yang lama. Therefo kembali sosok yang lebih tepat, yang waktu reduksi
desimal (D) atau D nilai telah memperoleh lebar penerimaan. Reduksi
desimal adalah waktu yang diperlukan untuk membunuh 90% mikroorganisme
atau spora dalam sampel pada suhu tertentu . Dalam semilogaritma p banyak
penduduk yang tersisa versus waktu pemanasan, D nilai adalah waktu yang
diperlukan untuk baris untuk mampir satu siklus log atau sepuluh kali lipat
(gambar 7.2). Nilai D biasanya ditulis dengan subscript, menunjukkan
suhu yang berlaku. Nilai D digunakan untuk
memperkirakan resistensi relatif mikroorganisme terhadap suhu yang
berbeda melalui perhitungan nilai z . Nilai z adalah peningkatan suhu yang
diperlukan untuk mengurangi D hingga 1/10 nilainya atau
menguranginya dengan satu siklus log ketika log D diplot terhadap suhu
( gambar 7.5 ). Cara lain untuk menggambarkan efektivitas pemanasan adalah
dengan nilai F. The F nilai adalah waktu di menit pada temperature tertentu
 (biasanya 250 ° F atau 121,1 ° C) diperlukan untuk membunuh populasi sel atau
spora.
Industri pengolahan makanan banyak menggunakan nilai D dan z . Setelah
makanan kaleng, itu harus dipanaskan untuk menghilangkan risiko botulisme
yang timbul dari spora Clostridium botulinum . Perlakuan panas
dilakukan cukup lama untuk mengurangi
populasi 1012 C. spora botulinum menjadi 100 (satu spora); dengan demikian
ada kemungkinan yang sangat kecil dari setiap dapat memiliki spora yang
layak. Nilai D untuk spora ini pada 121 ° C adalah 0,204 menit. Oleh karena
itu perlu 12 D atau 2,5 menit untuk mengurangi 1012 spora menjadi satu
spora dengan pemanasan pada 121 °
C. Nilai z untuk spora C. botulinum adalah 10 ° C — artinya, dibutuhkan suhu
10 ° C untuk mengubah nilai D sepuluh kali lipat. Jika kaleng diproses pada 111
° C dan bukannya pada 121 ° C, nilai D akan meningkat sepuluh kali lipat
menjadi 2.04 menit dan nilai 12 D menjadi 24,5 menit. Nilai D dan
nilai z untuk beberapa patogen bawaan makanan diberikan pada tabel
7.3. Tiga nilai D disertakan untuk Staphylococcus aureus untuk
menggambarkan variasi laju pembunuhan dengan lingkungan dan efek
perlindungan dari bahan organik.

2. Suhu Rendah
Meskipun penekanan kami adalah pada penghancuran
mikroorganisme, seringkali teknik kontrol yang paling mudah adalah dengan
menghambat pertumbuhan dan reproduksi mereka dengan
menggunakan pembekuan atau pendinginan. Pendekatan ini sangat penting
dalam mikrobiologi pangan. Benda beku pada suhu _20 ° C atau lebih rendah
 menghentikan pertumbuhan mikroba karena suhu rendah dan tidak adanya air
cair. Beberapa mikroorganisme akan terbunuh oleh gangguan
kristal es pada membran sel, tetapi pembekuan tidak menghancurkan
semua mikroba yang terkontaminasi . Faktanya, pembekuan adalah metode
yang sangat baik untuk penyimpanan jangka panjang sampel mikroba bila
dilakukan dengan benar, dan banyak laboratorium memiliki freezer bersuhu
rendah untuk penyimpanan kultur pada _30 atau _70 ° C. Karena makanan beku
dapat mengandung banyak mikroorganisme, makanan tersebut harus dicairkan
dalam lemari es dan dikonsumsi segera untuk menghindari pembusukan
dan pertumbuhan patogen .
Pendinginan sangat memperlambat pertumbuhan dan reproduksi robot, tetapi
tidak menghentikannya . Untungnya sebagian besar
patogen bersifat mesofilik dan tidak tumbuh dengan baik pada suhu sekitar 4 °
C. Benda-benda yang didinginkan dapat dihancurkan oleh pertumbuhan
mikroorganisme psikrofilik dan psikrotrofik, terutama jika ada air. Jadi
pendingin adalah teknik yang baik hanya untuk penyimpanan makanan dan
barang-barang lainnya dalam jangka pendek .

3. Penyaringan
Filtrasi adalah cara terbaik untuk mengurangi populasi mikroba dalam
larutan bahan yang peka terhadap panas , dan kadang-kadang dapat digunakan
untuk mensterilkan larutan. Alih-alih menghancurkan mikroorganisme
yang terkontaminasi secara langsung , filter hanya menghilangkannya. Ada dua
jenis filter. Filter kedalaman terdiri dari bahan berserat atau granular yang
telah ditumpuk menjadi lapisan tebal yang diisi dengan
saluran pilin kecil dieter. Larutan yang mengandung mikroorganisme tersedot
antara lapisan ini di bawah vakum, dan sel-sel mikroba dikeluarkan oleh
skrining fisik atau jebakan dan juga dengan adsorpsi dengan permukaan dari
bahan filter. Filter kedalaman terbuat dari tanah
diatomace ( filter Berkefield ), porselen tanpa glasir (Chamberlain filters),
asbes, atau bahan serupa lainnya.
 Filter membran telah menggantikan filter kedalaman untuk berbagai
tujuan. Filter melingkar ini adalah membran berpori, sedikit lebih dari 0,1 mm,
terbuat dari selulosa asetat, selulosa nitrat, polikarbonat , polivinilidena fluorida,
atau bahan sintetis lainnya. Meskipun berbagai ukuran pori tersedia , membran
dengan pori berdiameter sekitar 0,2 μm digunakan untuk mengangkat sebagian
besar sel vegetatif, tetapi bukan virus, dari larutan dengan volume mulai dari 1
ml hingga banyak liter. Membran ditahan di pemegang khusus ( gambar
7.6 ) dan sering didahului oleh filter kedalaman yang terbuat dari serat kaca
untuk menghilangkan partikel yang lebih besar yang mungkin menyumbat filter
membran. Solusinya ditarik atau dipaksa melalui filter dengan vakum atau
dengan tekanan dari jarum suntik, pompa peristaltik , atau botol gas
nitrogen, dan dikumpulkan dalam wadah yang sebelumnya disterilisasi . Filter
membran menghilangkan mikroorganisme dengan menyaringnya keluar seperti
ayakan memisahkan partikel pasir besar dari yang kecil (gambar 7.7). Filter-
filter ini digunakan untuk mensterilkan obat-obatan, larutan mata, media kultur,
minyak, antibiotik, dan larutan peka panas lainnya. Udara juga dapat disterilkan
dengan penyaringan. Dua contoh umum adalah masker bedah dan sumbat kapas
pada pembuluh kultur yang membiarkan udara masuk tetapi mencegah
mikroorganisme keluar. Contoh penting lainnya adalah kabinet
keselamatan flowbiological laminar , yang menggunakan filter udara
partikulat efisiensi tinggi ( sejenis Depth filter ) untuk menghilangkan 99,97%
partikel 0,3 μm. Aliran lemari atau tudung pengaman biologis memaksa udara
mengalir melalui filter HEPA, kemudian memproyeksikan tirai vertikal udara
steril di seluruh bukaan kabinet. Ini melindungi pekerja dari mikroorganisme
yang ditangani di dalam kabinet dan mencegah kontaminasi ruangan ( gambar
7.8 ). Seseorang menggunakan lemari ini ketika bekerja dengan agen berbahaya
seperti Mycobacterium tuberculosis dan virus tumor . Mereka juga
dipekerjakan di laboratorium penelitian dan industri, seperti industri farmasi ,
ketika permukaan kerja yang steril diperlukan untuk melakukan pengujian,
menyiapkan media, memeriksa kultur jaringan, dan sejenisnya.
4. Radiasi
Dalam bab 6, jenis radiasi dan cara radiasi merusak atau menghancurkan
mikroorganisme dibahas. Ahli mikrobiologi mengambil keuntungan dari efek
ultraviolet dan radiasi pengion untuk mensterilkan atau mendisinfeksi
objek. Radiasi ultraviolet (UV) sekitar 260 nm ( lihat gambar 6.25 ) cukup
mematikan tetapi tidak menembus kaca, film tanah, air, dan zat-zat lain dengan
sangat efektif . Karena kelemahan ini, radiasi UV digunakan
sebagai agen sterilisasi hanya dalam beberapa situasi tertentu . Lampu UV
beberapa kali ditempatkan di langit-langit kamar atau di kabin keselamatan
biologis untuk mensterilkan udara dan permukaan yang terbuka. Karena radiasi
UV membakar kulit dan merusak mata, orang yang bekerja di daerah tertentu
harus yakin lampu UV mati ketika daerah tersebut digunakan. Unit UV
komersial tersedia untuk pengolahan air ( gambar 7.9 ). Patogen
dan mikroorganisme lainnya dihancurkan ketika lapisan tipis air dilewatkan
di bawah lampu.
Radiasi pengion adalah agen sterilisasi yang sangat baik dan menembus jauh
ke dalam objek. Ini akan membangun endospora bakteri dan sel-sel vegetatif,
baik procaryotic maupun eucaryotic ; Namun, radiasi ionisasi tidak selalu
efektif terhadap virus. Radiasi gamma dari sumber kobalt 60 digunakan
dalam sterilisasi dingin antibiotik, hormon, jahitan, dan persediaan plastik sekali
pakai seperti jarum suntik. Radiasi gamma juga telah digunakan untuk
mensterilkan dan "mempastir" daging dan makanan lainnya ( gambar
7.10 ). Iradiasi dapat menghilangkan ancaman patogen seperti Escherichia
coli O157:
H7, Staphylococcus aureus , dan Campylobacter jejuni . Berdasarkan hasil
berbagai penelitian, baik Food and Drug Administration dan World Health
Organization telah menyetujui iradiasi makanan dan menyatakan itu aman. Saat
ini iradiasi digunakan untuk mengobati unggas, daging sapi, babi, sapi muda,
domba, buah-buahan, sayuran, dan rempah-rempah.
E. PENGGUNAAN AGEN KIMIA DALAM PENGENDALIAN
Agen fisik umumnya digunakan untuk mensterilkan objek. Bahan kimia, di sisi
lain, lebih sering digunakan dalam desinfeksi dan antisepsis. Penggunaan zat kimia
yang tepat sangat penting untuk keselamatan laboratorium dan rumah sakit (Teknik
& Aplikasi 7.2) .
Bahan kimia juga digunakan untuk mencegah pertumbuhan mikroba
dalam makanan, dan bahan kimia tertentu digunakan untuk mengobati penyakit
menular. Banyak bahan kimia yang berbeda tersedia untuk digunakan sebagai
disinfektan, dan masing-masing memiliki kelebihan dan kekurangan. Dalam
memilih agen, penting untuk menjaga karakteristik desinfektan yang
diinginkan. Idealnya desinfektan harus efektif terhadap berbagai agen infeksi
(bakteri gram positif dan gram negatif, bakteri asam cepat , endospora
bakteri, jamur, dan virus) pada konsentrasi rendah dan di hadapan bahan
organik. Meskipun bahan kimia tersebut harus beracun bagi agen infeksius, bahan
kimia tersebut tidak boleh beracun bagi manusia atau bersifat korosif untuk bahan -
bahan umum . Dalam praktiknya, hubungan antara keefektifan dan toksisitas
rendah untuk hewan ini sulit dicapai. Beberapa bahan kimia digunakan
meskipun efeknya rendah karena relatif tidak beracun. Desinfektan yang ideal harus
stabil pada penyimpanan, tidak berbau atau dengan bau yang menyenangkan, larut
dalam air dan lipid untuk penetrasi ke dalam mikroorganisme , memiliki tegangan
permukaan rendah sehingga dapat masuk ke permukaan yang retak, dan relatif
murah. Salah satu masalah yang berpotensi serius adalah penggunaan antiseptik
yang berlebihan. Misalnya, agen antibakteri triclosan ditemukan dalam produk -
produk seperti deodoran, obat kumur, sabun, talenan,
dan mainan bayi . Sayangnya, munculnya bakteri yang
resisten terhadap triclosan telah menjadi masalah. Sebagai contoh, Pseudomonas
aeruginosa secara aktif memompa antiseptik keluar sel. Sekarang ada bukti bahwa
penggunaan triclosan secara ekstensif juga
meningkatkan frekuensi resistensi bakteri terhadap antibiotik. Dengan
demikian penggunaan antiseptik yang berlebihan dapat memiliki konsekuensi
berbahaya yang tidak diinginkan.
Properti dan penggunaan beberapa kelompok desinfektan dan antiseptik
umum disurvei selanjutnya. Agen-agen kemoterapi diperkenalkan secara singkat
pada akhir bagian ini. Banyak karakteristik desinfektan dan antiseptik
dirangkum dalam tabel 7.4 dan 7.5. Struktur beberapa agen umum diberikan
dalam figu re 7.11.
1. Fenolik
Fenol adalah antiseptik dan desinfektan yang pertama digunakan secara luas . Pada
tahun 1867 Joseph Lister menggunakannya untuk mengurangi risiko infeksi
selama operasi. Saat ini fenol dan fenolat (turunan fenol) seperti kresol, xilenol ,
dan henol ortofenilp digunakan sebagai desinfektan di laboratorium dan rumah
sakit . Desinfektan komersial Lysol terbuat dari campuran dari fenolat Fenolik
bertindak dengan mendenaturasi protein dan mengganggu membran sel. Mereka
memiliki beberapa keuntungan nyata sebagai desinfektan: fenolat bersifat
tuberculocidal, efektif dengan adanya bahan organik, dan tetap aktif pada
permukaan lama setelah aplikasi. Namun, mereka memiliki bau yang tidak
menyenangkan dan dapat menyebabkan iritasi kulit. Hexachlorophene (gambar
7.11) telah menjadi salah satu antiseptik yang paling populer karena
sekali dioleskan, ia akan bertahan di kulit dan mengurangi bakteri kulit dalam
waktu lama. Namun, itu dapat menyebabkan kerusakan otak dan sekarang
digunakan di pembibitan rumah sakit hanya sebagai respons terhadap wabah
stafilokokus.
2. Alkohol
Alkohol adalah desinfektan dan antiseptik yang paling banyak digunakan . Mereka
adalah bakterisida dan fungisida tetapi bukan sporisida; beberapa virus yang
mengandung lipid juga dihancurkan. Dua germisida alkohol yang paling
populer adalah etanol dan isopropanol, biasanya digunakan pada sekitar 70 hingga
80% konsentrasi. Mereka bertindak dengan mendenaturasi protein dan mungkin
 dengan melarutkan lipid membran. Perendaman A10 hingga 15 menit cukup untuk
mendisinfeksi termometer dan instrumen kecil.
3. Halogen
Halogen adalah salah satu dari lima elemen (fluor, klor, brom, yodium, dan astatin)
dalam kelompok VIIA dari tabel periodik. . Mereka ada sebagai molekul diatomik
dalam keadaan bebas dan membentuk senyawa seperti garam dengan natrium dan
sebagian besar logam lainnya. Yodium halogen dan klorin adalah agen antimikroba
yang penting.
a. Yodium digunakan sebagai antiseptik kulit dan membunuh dengan
mengoksidasi konstituen sel dan protein sel yodium . Pada konsentrasi
yang lebih tinggi , bahkan dapat membunuh beberapa spora. Yodium sering
telah diterapkan sebagai larutan yodium, 2% atau lebih yodium dalam
larutan air-etanol kalium iodida.
Walaupun ini merupakan antiseptik yang efektif , kulit mungkin rusak, noda
tertinggal, dan alergi yodium bisa terjadi. Baru-baru ini
yodium telah dikomplekskan dengan pembawa organik untuk
membentuk iodophor . Iodofor larut dalam air, stabil, dan tidak bernoda,
dan melepaskan yodium perlahan untuk meminimalkan luka bakar dan
iritasi kulit. Mereka digunakan di rumah sakit untuk kulit pra
operasi degerming dan di rumah sakit dan laboratorium untuk
desinfektan. Beberapa merek populer adalah Wescodyne untuk desinfeksi
kulit dan laboratorium dan Betadine untuk luka
b. Klorin adalah desinfektan yang biasa digunakan untuk persediaan air
kota dan kolam renang dan juga digunakan di industri susu dan
makanan . Ini dapat diterapkan sebagai gas lorin,
natrium hipoklorit ( masing-masing bl ), atau kalsium hipoklorit, yang ll di
antaranya menghasilkan asam hipoklorat ( HClO ) dan kemudian
atom oksigen. Hasilnya adalah oksidasi bahan seluler dan
penghancuran bakteri vegetatif dan jamur, meskipun bukan spora.
Cl2 + H2O ⎯ →  HCl + HClO
Ca ( OCl ) 2 + 2H2O ⎯ →  Ca (OH) 2 + 2HClO
HClO ⎯ →  HCl + O
Kematian hampir semua mikroorganisme biasanya terjadi dalam 30
menit. Karena bahan organik mengganggu aksi klorin dengan bereaksi
dengan klorin dan produknya , kelebihan klorin ditambahkan untuk
memastikan penghancuran mikroba. Salah satu masalah potensial adalah
bahwa klor bereaksi dengan senyawa organik untuk
untuk trihalomethan karsinogenik , yang harus dipantau dalam air
minum. Ozon terkadang telah berhasil digunakan sebagai alternatif untuk
klorinasi di Eropa dan Kanada.

Klorin juga merupakan desinfektan yang sangat baik untuk penggunaan

perorangan karena efektif, murah , dan mudah digunakan. Sejumlah kecil air
minum dapat didesinfeksi
dengan tablet halazone . Halazone ( parasulfone dichloramidobenzoic acid)
secara perlahan melepaskan klorida ketika ditambahkan ke air dan
mendisinfeksi dalam waktu sekitar setengah jam. Ini sering digunakan oleh
orang yang berkemah untuk mengakses air minum yang tidak
tercemar. Larutan klor membuat laboratorium dan disinfektan rumah
tangga sangat efektif . Sebuah combinasi disinfektan-deterjen yang sangat
 baik di dapat dipersiapkan jika 1/40 pengenceran pemutih rumah
tangga dikombinasikan dengan deterjen nonionik, misalnya sebagai deterjen
pencuci piring, untuk memberikan 0,8% konsentrasi detergen. Campuran ini
akan menghilangkan kotoran dan bakteri.
4. Logam Berat
Selama bertahun-tahun ion logam berat seperti merkuri, perak, arsenik, seng, dan
tembaga digunakan sebagai germisida. Ini sekarang telah digantikan oleh kuman
yang kurang beracun dan lebih efektif (banyak logam berat lebih bakteriostatik
daripada bakterisida). Ada beberapa pengecualian. Di beberapa rumah
sakit, larutan perak nitrat 1% ditambahkan ke mata bayi untuk mencegah gonore
mata. Perak sulfadiazine digunakan pada luka bakar. Tembaga sulfat adalah
algisida yang efektif di danau dan kolam renang. Logam-logam berat bergabung
dengan protein , seringkali dengan gugus sulfhidrilnya , dan
menonaktifkannya. Mereka juga dapat mengendapkan protein sel.

5. Senyawa Amonium Kuarter

Senyawa amonium kuarter adalah detergen yang
memiliki aktivitas antimikroba dan merupakan desinfektan yang
efektif. Deterjen [Latin detergere , to wipe away] adalah agen pembersih organik
yang bersifat amphipathic, yang memiliki komponen hidro- filosofis polar
hidro dan non- kutub Bagian hidrophil dari suatu senyawa
amonium kuaterner adalah nitrogen kuaterner yang bermuatan positif ; dengan
demikian senyawa amonium kuaterner adalah deterjen kationik.
Aktivitas antimikroba mereka adalah hasil dari kemampuan mereka
untuk mengganggu membran mikroba; Mereka juga dapat mengubah sifat
protein. Deterjen kationik seperti benzalkonium klorida dan cetylpyridinium klorida
membunuh sebagian besar bakteri tetapi bukan M. tuberculosis atau
endospora. Mereka memiliki keuntungan menjadi stabil dan tidak beracun tetapi
mereka tidak aktif oleh air dan sabun yang keras. Deterjen kationik sering
digunakan sebagai desinfektan untuk peralatan makanan dan instrume
kecil NTS dan sebagai antiseptics kulit . Beberapa merek ada
di pasaran. Zephiran berisi benzalkonium klorida
dan Ceepryn , cetylpyridinium chloride.
6. Aldehida
Kedua aldehida yang biasa digunakan, formaldehid dan glutaraldehid (gambar
7.11), adalah molekul yang sangat reaktif yang bergabung dengan asam nukleat dan
 protein dan menonaktifkannya, mungkin dengan molekul pengikat silang dan
alkilasi ( gambar 7.12 ).
Mereka sporicidal dan dapat digunakan sebagai bahan kimia steril . Formaldehida
biasanya dilarutkan dalam air atau alkohol sebelum
digunakan. Larutan glutaraldehyde 2% yang disangga adalah desinfektan yang
efektif. Ini kurang mengiritasi daripada formaldehida dan digunakan untuk
mendisinfeksi peralatan rumah sakit dan
laboratorium. Glutaraldehyde biasanya mendisinfeksi objek dalam waktu sekitar 10
menit tetapi mungkin memerlukan waktu 12 jam untuk menghancurkan semua
spora.
7. Gas Sterilisasi
Banyak benda yang peka terhadap panas seperti piring petri plastik dan jarum
suntik yang dapat dilepas , mesin paru-paru , jahitan, dan kateter disterilkan dengan
gas etilen oksida (gambar 7.11).
a. Etilen oksida ( EtO ) adalah mikrobisidal dan sporisidal dan membunuh dengan
cara bergabung dengan protein sel. Ini adalah agen sterilisasi yang sangat
efektif karena cepat menembus bahan kemasan , bahkan pembungkus plastik.
Sterilisasi dilakukan dalam sterilisasi etilen oksida khusus, yang tampilannya
sangat mirip dengan autoclavs, yang dimana terdapat kontrol ETO konsentrasi,
suhu, dan kelembaban ( angka 7,13 ). Karena EtO murni bersifat plosif, maka
biasanya dipasok dalam konsentrasi 10 hingga 20% dicampur dengan
CO2 atau diklorodifluorometana. Konsentrasi etilen oksida, kelembaban, dan
suhu mempengaruhi tingkat sterilisasi. Objek yang bersih dapat disterilkan jika
dirawat selama 5 hingga 8 jam pada 38 ° C atau 3 hingga 4 jam pada 54 ° C
ketika kelembaban relatif dipertahankan pada 40 hingga 50% dan konsentrasi
EtO pada 700 mg / liter. Aerasi yang luas dari bahan yang disterilkan
diperlukan untuk menghilangkan sisa EtO karena sangat beracun.
 b. Betapropiolactone (BPL) kadang-kadang digunakan
sebagai gas sterilisasi . Dalam bentuk cair telah digunakan untuk mensterilkan
vaksin dan serum. BPL terurai menjadi bentuk aktif setelah beberapa jam dan
karenanya tidak sulit untuk dihilangkan seperti EtO . Ini juga
menghancurkan mikroorganisme lebih mudah daripada etilen oksida tetapi tidak
menembus bahan dengan baik dan mungkin bersifat
karsinogenik. Untuk alasan ini , BPL belum sering digunakan seluas EtO .
c. Hidrogen peroksida yang diuapkan dapat digunakan untuk
mendekontaminasi lemari keamanan biologis, ruang operasi , dan fasilitas besar
lainnya. Sistem-sistem ini memperkenalkan hidrogen peroksida yang sudah
dibakar ke dalam selungkup selama beberapa waktu, tergantung pada ukuran
selungkup dan bahan-bahan di dalamnya. Hidrogen peroksida beracun
dan membunuh berbagai macam mikroorganisme. Namun, selama
proses dekontaminasi , itu terurai menjadi air dan oksigen, yang keduanya tidak
berbahaya. Keuntungan lain dari sistem ini adalah dapat digunakan pada kisaran
suhu yang luas (4 hingga 80 ° C) dan tidak merusak sebagian besar material.

8. Agen Kemoterapi
Bahan kimia yang dibahas sejauh ini sesuai untuk digunakan baik pada benda mati
atau jaringan inang eksternal. Agen kemoterapi adalah bahan kimia yang dapat
digunakan di luar untuk membunuh atau menghambat pertumbuhan mikroba di
dalam tubuh inang . Mereka dapat digunakan secara internal karena mereka
memiliki toksisitas selektif; yaitu, dimana targetnya adalah mikroba dan
melakukan relatif sedikit jika ada kerusakan pada host. Sebagian besar agen
kemoterapi adalah antibiotik — bahan kimia yang disintesis oleh mikroba yang
efektif dalam mengendalikan pertumbuhan bakteri. Sejak penemuan antibiotik
pertama, perusahaan farmasi telah mengembangkan banyak turunan dan banyak
antibiotik sintetis. Agen kemoterapi untuk mengobati penyakit yang disebabkan
oleh jamur, protista , dan virus juga telah dikembangkan. Chemotherapeutic agen
dijelaskan secara lebih rinci dalam Bab 34.

F. EVALUASI EFEKTIFITAS AGEN ANTIMIKROBA

Pengujian agen antimikroba adalah proses kompleks yang diatur oleh dua agen
federal yang berbeda. The U.S Environmental Protection Agency mengatur
desinfektan , sedangkan agen yang digunakan pada manusia dan hewan berada di
bawah kendali dari Food and Drug Administration. Pengujian agen antimikroba
sering dimulai dengan tes skrining awal untuk melihat apakah mereka efektif dan
pada konsentrasi apa. Ini dapat diikuti oleh pengujian penggunaan yang lebih
realistis. Tes skrining desinfektan yang paling terkenal adalah koefisien fenol tes di
mana potensi desinfektan dibandingkan dengan yang fenol. Serangkaian
pengenceran fenol dan desinfektan yang diuji disiapkan. Sejumlah
standar Salmonella typhi dan Staphylococcus aureus ditambahkan ke setiap
pengenceran; pengenceran kemudian ditempatkan dalam bak air 20 atau 37 °
C. Pada interval 5 menit, sampel ditarik dari setiap pengenceran dan digunakan
untuk menginokulasi media pertumbuhan, yang diinkubasi selama dua hari atau
lebih dan kemudian diperiksa untuk pertumbuhannya. Jika tidak ada pertumbuhan
dalam media pertumbuhan, pengenceran pada waktu tertentu sampling membunuh
bakteri. Pengenceran tertinggi (yaitu, konsentrasi terendah) yang membunuh bakteri
setelah paparan 10 menit, tetapi tidak setelah 5 menit, digunakan untuk menghitung
koefisien fenol. Ini dilakukan dengan membagi kebalikan dari pengenceran yang
sesuai untuk disinfektan yang diuji dengan kebalikan dari pengenceran fenol yang
sesuai. Sebagai contoh, jika pengenceran fenol 1/90 dan pengenceran efektif
maksimum untuk disinfektan X adalah 1/450, maka koefisien fenol X adalah 5.
Semakin tinggi nilai koefisien fenol, semakin efektif desinfektan dalam kondisi
pengujian ini. Nilai yang lebih besar dari 1 berarti desinfektan lebih efektif daripada
fenol. Beberapa nilai koefisien fenol yang representatif diberikan pada tabel 7.6.

Tes koefisien fenol adalah prosedur penyaringan awal yang berguna , tetapi
koefisien fenol dapat menyesatkan jika diambil sebagai indikasi langsung dari pot
disinfektan selama penggunaan normal. Ini karena koefisien fenol
ditentukan dalam kondisi yang dikontrol secara hati-hati dengan strain bakteri
murni , sedangkan desinfektan biasanya digunakan pada populasi campuran di
hadapan bahan organik dan dengan variasi signifikan dalam faktor lingkungan
seperti pH, suhu, dan keberadaan garam. Untuk lebih realistis
memperkirakan efektivitas disinfektan, tes lain sering digunakan. Tingkat di mana
bakteri terpilih dihancurkan dengan berbagai agen kimia dapat secara eksperimental
ditentukan dan dibandingkan. Penggunaan uji pengenceran juga bisa
dilakukan. Silinder stainless steel dikontaminasi dengan spesies bakteri
tertentu dalam kondisi yang hati-hati . Silinder dikeringkan sebentar, direndam
dalam desinfektan tes selama 10 menit, dipindahkan ke kultur media, dan
diinkubasi selama dua hari. Konsentrasi desinfektan yang digunakan organisme
dalam sampel dengan tingkat kepercayaan 95% dalam kondisi ini
ditentukan. Disinfektan juga dapat diuji dalam kondisi yang dirancang untuk
mensimulasikan ion-ion yang biasa digunakan . Teknik pengujian yang
digunakan memungkinkan penentuan konsentrasi desinfektan yang tepat untuk
situasi tertentu.
 BAB 3
SIMPULAN DAN SARAN
3.1 Simpulan
Pertumbuhan sel dengan adanya suatu penambahan volume sel serta bagian-
bagianlainnya, dapat juga diartikan sebagai penambahan kuantitas isi dan
kandungan di dalam sel.Sedangkan pertumbuhan populasi merupakan akibat
pertumbuhan individu. Misalnya, darisatu sel menjadi dua, dari dua sel menjadi
empat, dari sempat sel menjadi delapan sel..
Media berperan sebagai wadah atau tempat zat hara yang digunakan oleh mikroorga
nisme untuk pertumbuhan, sintesis sel, keperluan energi dalam metabolisme dan
pergerakan.
3.2 Saran
Masih terdapat kekurangan dalam konten materi mengenai Microbial Growth
ini, sehingga bagi para pembaca diharapkan tidak hanya membaca hanya dari satu
sumber, Semoga para pembaca bisa memperbaiki makalah ini, karena makalah ini
masih jauh dari kata sempurna.
 DAFTAR PUSTAKA

Woolerton, Willey Sherwood. 2008. Microbiology. United States: Higher

Education.

Madigan, Martinko. 2008. Brock Biology of Microorganism. United States: Pearson

Education