Location via proxy:   [ UP ]  
[Report a bug]   [Manage cookies]                
Scribd Logo
Unggah

Selamat datang di Scribd!

  • 46 tayangan

    Data Praktikum Biologi Molekuler

    Diunggah oleh

    Fakhrana Meida
    Dokumen tersebut berisi hasil analisis DNA genom beberapa sampel, termasuk bakteri E. coli, kapang, dan tanaman. Dilakukan uji kuantitatif dan kualitatif DNA genom, kemudian PCR untuk mengidentifikasi gen 16S rRNA pada bakteri dan gen ITS pada kapang. Hasil PCR kemudian divalidasi melalui elektroforesis. Beberapa sampel bakteri dan kapang menunjukkan keberhasilan amplifikasi gen target.

    Hak Cipta:

    © All Rights Reserved
    Unduh sebagai DOCX, PDF, TXT atau baca online dari Scribd

    Data Praktikum Biologi Molekuler

    Diunggah oleh

    Fakhrana Meida
    46 tayangan8 halaman
    Dokumen tersebut berisi hasil analisis DNA genom beberapa sampel, termasuk bakteri E. coli, kapang, dan tanaman. Dilakukan uji kuantitatif dan kualitatif DNA genom, kemudian PCR untuk mengidentifikasi gen 16S rRNA pada bakteri dan gen ITS pada kapang. Hasil PCR kemudian divalidasi melalui elektroforesis. Beberapa sampel bakteri dan kapang menunjukkan keberhasilan amplifikasi gen target.

    Judul Asli

    DATA PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER-

    Hak Cipta

    © © All Rights Reserved

    Format Tersedia

    DOCX, PDF, TXT atau baca online dari Scribd

    Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

    Apakah konten ini tidak pantas?

    Dokumen tersebut berisi hasil analisis DNA genom beberapa sampel, termasuk bakteri E. coli, kapang, dan tanaman. Dilakukan uji kuantitatif dan kualitatif DNA genom, kemudian PCR untuk mengidentifikasi gen 16S rRNA pada bakteri dan gen ITS pada kapang. Hasil PCR kemudian divalidasi melalui elektroforesis. Beberapa sampel bakteri dan kapang menunjukkan keberhasilan amplifikasi gen target.

    Hak Cipta:

    © All Rights Reserved
    Unduh sebagai DOCX, PDF, TXT atau baca online dari Scribd
    Unduh sebagai docx, pdf, atau txt
    46 tayangan8 halaman

    Data Praktikum Biologi Molekuler

    Diunggah oleh

    Fakhrana Meida
    Dokumen tersebut berisi hasil analisis DNA genom beberapa sampel, termasuk bakteri E. coli, kapang, dan tanaman. Dilakukan uji kuantitatif dan kualitatif DNA genom, kemudian PCR untuk mengidentifikasi gen 16S rRNA pada bakteri dan gen ITS pada kapang. Hasil PCR kemudian divalidasi melalui elektroforesis. Beberapa sampel bakteri dan kapang menunjukkan keberhasilan amplifikasi gen target.

    Hak Cipta:

    © All Rights Reserved
    Unduh sebagai DOCX, PDF, TXT atau baca online dari Scribd
    Unduh sebagai docx, pdf, atau txt
    Anda di halaman 1dari 8

    DATA PRAKTIKUM BIOLOGI MOLEKULER

    MATERI DNA

    I. HASIL UJI KUANTITATIF DNA GENOM

    Kode Sampel Abs Abs Abs Konsentrasi Rasio Rasio


    230 260 280 (ug/mL) 260/23 260/280
    0
    dna genom 3B-
    E.coli 30/9/2019 1 0,132 0,189 0,090 945,000 1,432 2,100
    dna genom E.coli
    27/9/2019 2 0,200 0,293 0,150 1465,000 1,465 1,953
    M3-A1 (kapang) 3 0,003 0,005 0,000 25,000 1,667 #DIV/0!
    4B-K/kapang 4 0,011 0,004 0,000 20,000 0,364 #DIV/0!
    3/5B/Kapang 5      
    1/5B/kapang 6 0,009 0,003 -0,002 15,000 0,333 -1,500
    5B/2K/kapang 7 0,016 0,005 0,000 25,000 0,313 #DIV/0!
    5B/sawi 8 0,221 0,304 0,166 1520,000 1,376 1,831
    kelp 3-mukosa 9 0,034 0,028 0,020 140,000 0,824 1,400
    3/5B/Darah 10 0,007 0,003 0,001 15,000 0,429 3,000
    1/5B/Darah 11 0,011 0,006 0,000 30,000 0,545 #DIV/0!
    4/5B/mukosa 12 0,221 0,185 0,182 925,000 0,837 1,016
    6/5A/Kapang 13 0,101 0,065 0,045 325,000 0,644 1,444
    Shading kuning yang akan dilanjutkan pcr

    II. HASIL UJI KUALITATIF DNA GENOM


    Catatan :
    Konsentrasi gel agarose : 1% (0,25 gram dalam 25 mL Bufer TAE 1x)
    Running Buffer : Bufer TAE 1x volume 250 mL
    Running Elektroforesis pada 100 Volt, 30 menit
    Volume sampel per sumuran elektroforesis :
    - DNA Ladder 1 kb +DNA loading buffer = 5 µL
    - DNA genom/sampel + DNA loading buffer = 5 µL + 1 µL = 6 µL

    Pewarna DNA menggunakan : PeqGreen DNA/RNA Stain

    Penambahan langsung pada gel agarose sebanyak 1 µL dalam 25 mL gel agarose


    Hasil visualisasi :

    III. PCR
    - Gen Target : gen 16S rRNA dari genom bakteri dan gen ITS dari genom kapang
    - Menyiapkan reaksi pcr
    Formula (gunakan rumus pengenceran M1xV1=M2xV2):

    Gen 16S rRNA (sampel 1,2,3,4,5,6,7,8,9)

    Komponen M1 M2 V1 (µL)
    PCR master mix (Dream Taq Green) 2x 1x 5
    Primer 27F (forward) 10 µM 1
    Primer 1492R (reverse) 10 µM 1
    DNA Template 3
    Nuclease Free Water 0
    Total (V2) 10

    Gen ITS (sampel 10,11,12,13,14)

    Komponen M1 M2 V1 (µL)
    PCR master mix (Dream Taq Green) 2x 1x 5
    Primer ITS5 (forward) 10 µM 1
    Primer ITS4 (reverse) 10 µM 1
    DNA Template 3
    Nuclease Free Water 0
    Total (V2) 10

    - Menyiapkan mesin PCR : Merk Applied Biosystems, type Proflex PCR Systems

    Gen 16S rRNA


    Denaturasi awal : 95 ͦC, 5 menit
    Siklus (35x) :
    denaturasi : 95 ͦC, 30 detik
    annealing : 51 ͦC, 30 detik
    elongation/extension : 72 ͦC, 2 menit
    Final extension : 72 ͦC, 10 menit
    Hold 4 ͦC
    Gen ITS
    Denaturasi awal : 95 ͦC, 3 menit
    Siklus (35x) :
    denaturasi : 95 ͦC, 1 menit
    annealing : 52 ͦC, 30 detik
    elongation/extension : 72 ͦC, 1 menit
    Final extension : 72 ͦC, 10 menit
    Hold 4 ͦC
    IV. HASIL VISUALISASI PRODUK PCR
    Catatan :
    Konsentrasi gel agarose : 1% (0,25 gram dalam 25 mL Bufer TAE 1x)
    Running Buffer : Bufer TAE 1x volume 250 mL
    Running Elektroforesis pada 100 Volt, 30 menit
    Volume sampel per sumuran elektroforesis :
    - DNA Ladder 1 kb +DNA loading buffer = 5 µL
    - DNA produk pcr = 5 µL

    Pewarna DNA menggunakan : PeqGreen DNA/RNA Stain

    Penambahan langsung pada gel agarose sebanyak 1 µL dalam 25 mL gel agarose

    Hasil visualisasi :

    Keterangan

    Kode sampel Keterangan


    1 dna genom E.coli 27/9/2019
    2 dna genom 3B-E.coli 30/9/2019
    3 dna genom E.coli kel.4 30/9/3019
    4 dna genom S.thypi
    5 dna genom S.thypimurium
    6 dna genom B.spizizeni
    7 dna genom B.subtilis
    8 dna genom E.coli
    9 dna genom P.aeruginosa
    M DNA Ladder 1 kb
    10 dna genom kapang M-13 A1
    11 dna genom tanaman sawi
    12 dna genom tanaman sawi (6A)
    13 dna genom kapang KSC
    14 dna genom kapang 4A/R
    Shading Kuning menandakan gen target berhasil diperoleh
    REFERENSI BAHAN

    1. DNA/RNA dye, PeqGreen

    2. `GeneRuller 1 kb DNA ladder


    3. 6x DNA Loading dye

    4. 2x pcr master mix, thermo dreamtaq green pcr master mix

    Anda mungkin juga menyukai