Illustratorが勝手にキレイにしたり汚くしたりすることはないので、キレイかどうかはその前処理のPhotoshopでの修正にかかっています。 Illustratorで出力して汚かったら、それはPhotoshopでの処理や変換が適切でなかったと言うことです。 （それ以外にも、ローカルのインクジェットプリンタを使用する場合は、プリンタドライバの設定によっては勝手に自動修正がかかって色が変わることがありますのでご注意を） 唯一例外は、Photoshopでeps保存したモノをIllustratorにリンク配置した時です。 この時Illustrator上で表示される画像は、元画像のサムネイルのような画像なので汚くなります。オフセット印刷する際には元画像に自動的に置き換わるので問題はありませんが、ローカルプリンタで出力すると荒い画像のママなので、解像度の足りない汚い画像に見えることがあります。