もしかしてDVDレコーダーを使って録画したDVDビデオを取り込んで編集作業をするのではないでしょうか。それは本当にチャプターですか?分割されてしまった「サムネイル」ではありませんか?
もしそうなら、録画されたレコーダーのチャプター位置で自動的に分割されるからです。録画したレコーダーが、DVDビデオに自動でチャプターを打っていないかご確認下さい。また、1GBになった時点でも分割されます。これを防ぐにはDVD-VRモードで記録し、一切チャプターが存在しない素材を使うしか手段がありません。バージョン4から修正されていますが、3までは製品仕様でどうしようもありません。
そうではなくて、本当にチャプターで、パソコンで録画したアナログ番組を取り込むと勝手にチャプターが5分おきに入ってしまうのでしたら、チャプターの追加・編集の設定が5分になっている可能性が大です。
チャプターの追加と編集ボタンで、画面を編集画面に切り替え、「すべてのチャプタを削除」を選択すれば、チャプターは無くなります。
似たようなもの、となると有料ソフトで、TMPGEncになると思います。
国産ソフトで、ムービーライターより評価が高いことが多いです。
ただし、インターネット接続で時々ライセンス認証を受けないと使い続けることができません。
音声がAC-3方式を採用しているDVDの場合、ライセンスの関係で建前上フリーのソフトは出来ないことになっています。探せば出てくるとは思いますが、書店でその関係の雑誌を購入すれば、おまけCDの中に入ってくることがあります。