SYNM

SYNM
Ідентифікатори
Символи	SYNM, DMN, SYN, synemin
Зовнішні ІД	OMIM: 606087 MGI: 2661187 HomoloGene: 9081 GeneCards: SYNM
Онтологія гена Молекулярна функція • vinculin binding • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • structural molecule activity • intermediate filament binding • structural constituent of cytoskeleton • structural constituent of muscle Клітинна компонента • цитоплазма • міжклітинні контакти • costamere • мембрана • цитоскелет • Проміжні філаменти • Адгезивні контакти • neurofilament cytoskeleton • Сарколема Біологічний процес • intermediate filament cytoskeleton organization • fast-twitch skeletal muscle fiber contraction Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види	Людина	Миша
Entrez	23336	233335
Ensembl	ENSG00000182253	ENSMUSG00000030554
UniProt	O15061	Q70IV5
RefSeq (мРНК)	NM_145728 NM_015286	NM_183312 NM_201639 NM_207663
RefSeq (білок)	NP_056101 NP_663780	NP_899135 NP_964001 NP_997546
Локус (UCSC)	Хр. 15: 99.1 – 99.14 Mb	Хр. 7: 67.38 – 67.41 Mb
PubMed search
Вікідані
Див./Ред. для людей Див./Ред. для мишей

SYNM (англ. Synemin) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 15-ї хромосоми. Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 1 565 амінокислот, а молекулярна маса — 172 768.

Послідовність амінокислот

10		20		30		40		50
MLSWRLQTGP		EKAELQELNA		RLYDYVCRVR		ELERENLLLE		EELRGRRGRE
GLWAEGQARC		AEEARSLRQQ		LDELSWATAL		AEGERDALRR		ELRELQRLDA
EERAARGRLD		AELGAQQREL		QEALGARAAL		EALLGRLQAE		RRGLDAAHER
DVRELRARAA		SLTMHFRARA		TGPAAPPPRL		REVHDSYALL		VAESWRETVQ
LYEDEVRELE		EALRRGQESR		LQAEEETRLC		AQEAEALRRE		ALGLEQLRAR
LEDALLRMRE		EYGIQAEERQ		RAIDCLEDEK		ATLTLAMADW		LRDYQDLLQV
KTGLSLEVAT		YRALLEGESN		PEIVIWAEHV		ENMPSEFRNK		SYHYTDSLLQ
RENERNLFSR		QKAPLASFNH		SSALYSNLSG		HRGSQTGTSI		GGDARRGFLG
SGYSSSATTQ		QENSYGKAVS		SQTNVRTFSP		TYGLLRNTEA		QVKTFPDRPK
AGDTREVPVY		IGEDSTIARE		SYRDRRDKVA		AGASESTRSN		ERTVILGKKT
EVKATREQER		NRPETIRTKP		EEKMFDSKEK		ASEERNLRWE		ELTKLDKEAR
QRESQQMKEK		AKEKDSPKEK		SVREREVPIS		LEVSQDRRAE		VSPKGLQTPV
KDAGGGTGRE		AEARELRFRL		GTSDATGSLQ		GDSMTETVAE		NIVTSILKQF
TQSPETEASA		DSFPDTKVTY		VDRKELPGER		KTKTEIVVES		KLTEDVDVSD
EAGLDYLLSK		DIKEVGLKGK		SAEQMIGDII		NLGLKGREGR		AKVVNVEIVE
EPVSYVSGEK		PEEFSVPFKV		EEVEDVSPGP		WGLVKEEEGY		GESDVTFSVN
QHRRTKQPQE		NTTHVEEVTE		AGDSEGEQSY		FVSTPDEHPG		GHDRDDGSVY
GQIHIEEEST		IRYSWQDEIV		QGTRRRTQKD		GAVGEKVVKP		LDVPAPSLEG
DLGSTHWKEQ		ARSGEFHAEP		TVIEKEIKIP		HEFHTSMKGI		SSKEPRQQLV
EVIGQLEETL		PERMREELSA		LTREGQGGPG		SVSVDVKKVQ		GAGGSSVTLV
AEVNVSQTVD		ADRLDLEELS		KDEASEMEKA		VESVVRESLS		RQRSPAPGSP
DEEGGAEAPA		AGIRFRRWAT		RELYIPSGES		EVAGGASHSS		GQRTPQGPVS
ATVEVSSPTG		FAQSQVLEDV		SQAARHIKLG		PSEVWRTERM		SYEGPTAEVV
EVSAGGDLSQ		AASPTGASRS		VRHVTLGPGQ		SPLSREVIFL		GPAPACPEAW
GSPEPGPAES		SADMDGSGRH		STFGCRQFHA		EKEIIFQGPI		SAAGKVGDYF
ATEESVGTQT		SVRQLQLGPK		EGFSGQIQFT		APLSDKVELG		VIGDSVHMEG
LPGSSTSIRH		ISIGPQRHQT		TQQIVYHGLV		PQLGESGDSE		STVHGEGSAD
VHQATHSHTS		GRQTVMTEKS		TFQSVVSESP		QEDSAGDTSG		AEMTSGVSRS
FRHIRLGPTE		TETSEHIAIR		GPVSRTFVLA		GSADSPELGK		LADSSRTLRH
IAPGPKETSF		TFQMDVSNVE		AIRSRTQEAG		ALGVSDRGSW		RDADSRNDQA
VGVSFKASAG		EGDQAHREQG		KEQAMFDKKV		QLQRMVDQRS		VISDEKKVAL
LYLDNEEEEN		DGHWF

A: Аланін
C: Цистеїн
D: Аспарагінова кислота
E: Глутамінова кислота
F: Фенілаланін
G: Гліцин
H: Гістидин
I: Ізолейцин
K: Лізин
L: Лейцин
M: Метіонін
N: Аспарагін
P: Пролін
Q: Глутамін
R: Аргінін
S: Серин
T: Треонін
V: Валін
W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі, як альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, цитоскелеті, клітинних контактах, проміжних філаментах.

Література

• The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI:10.1101/gr.2596504
• Bhosle R.C., Michele D.E., Campbell K.P., Li Z., Robson R.M. (2006). Interactions of intermediate filament protein synemin with dystrophin and utrophin. Biochem. Biophys. Res. Commun. 346: 768—777. PMID 16777071 DOI:10.1016/j.bbrc.2006.05.192
• Sun N., Critchley D.R., Paulin D., Li Z., Robson R.M. (2008). Human alpha-synemin interacts directly with vinculin and metavinculin. Biochem. J. 409: 657—667. PMID 18028034 DOI:10.1042/BJ20071188
• Sun N., Critchley D.R., Paulin D., Li Z., Robson R.M. (2008). Identification of a repeated domain within mammalian alpha-synemin that interacts directly with talin. Exp. Cell Res. 314: 1839—1849. PMID 18342854 DOI:10.1016/j.yexcr.2008.01.034
• Mizuno Y., Puca A.A., O'Brien K.F., Beggs A.H., Kunkel L.M. (2001). Genomic organization and single-nucleotide polymorphism map of desmuslin, a novel intermediate filament protein on chromosome 15q26.3. BMC Genet. 2: 8—8. PMID 11454237 DOI:10.1186/1471-2156-2-8

Див. також

• Хромосома 15