CRISPR
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RESUMEN
El término CRISPR, por su acrónimo en inglés refiere a Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats, es decir, repeticiones palin-
drómicas cortas, agrupadas y regularmente esparcidas, por sus características en el genoma, pertenece naturalmente al sistema de defensa de bac-
terias y arqueas. Este ha sido adaptado biotecnológicamente para la edición del ADN de células eucariotas, incluso de células humanas. El sistema
CRISPR-Cas para editar genes consta, en forma generalizada, de dos componentes: una proteína nucleasa (Cas) y un ARN guía (sgRNA). La sim-
plicidad del complejo lo hace una herramienta molecular reprogramable capaz de ser dirigida y de editar cualquier sitio en un genoma conocido.
Su principal foco son las terapias para enfermedades hereditarias monogénicas y para el cáncer. Sin embargo, además de editor de genes, la tec-
nología CRISPR se utiliza para edición epigenética, regulación de la expresión génica y método de diagnóstico molecular.
Este artículo tiene por objetivo presentar una revisión de las aplicaciones de la herramienta molecular CRISPR-Cas, particularmente en el campo
biomédico, posibles tratamientos y diagnósticos, y los avances en investigación clínica, utilizando terapia génica con CRISPR/Cas más relevantes
hasta la fecha.
genoma microbiano y que funcionaban como un sistema PAM (Protospacer Adyacente Motif). En el caso particular
inmunitario frente a infecciones por fagos y material de la proteína spCas9, el PAM es de 3 nucleótidos NGG,
genético exógeno. Pero no se conocían con exactitud donde N puede ser cualquier nucleótido.
los mecanismos moleculares del sistema ni su potencial En la naturaleza se encuentran variantes de las enzimas
aplicación como herramienta molecular reprogramable Cas más pequeñas que Cas9, lo que significa que facilita
en edición genética. el empaquetamiento en vectores para terapia génica y
Este mecanismo bacteriano de reconocimiento específico acceso al ADN; sin embargo, la decisión de cuál nucleasa
de secuencias llamó la atención de los investigadores, quie- es la más adecuada para usar en edición génica reside
nes se cuestionaron si podría ser aplicado para reconocer, también en el requerimiento de la secuencia PAM. Dicha
cortar y/o modificar ADN humano, en otras palabras, si secuencia es imprescindible que esté presente en el ADN
podría ser capaz de editar genes humanos. Buscar respuesta diana puesto que interactúa con la proteína (interacción
a esta pregunta impulsó un arduo trabajo que luego fue ADN-proteína) en la región contigua al sitio de contacto
publicado en 2012 en la revista Science, bajo el título “A del ARN guía, por lo que este debe ser diseñado cum-
programmable dual-RNA-guided DNA endonuclease in pliendo con esta condición. En general, las proteínas Cas
adaptive bacterial immunity” cuyas autoras, Jennifer A. más pequeñas tienen un PAM más largo; por lo tanto, una
Dounda y Emmanuelle Charpertier, merecieron el Premio secuencia PAM de solamente 3 nucleótidos, requerida por
Nobel de Química en 2020. Ellas habían dilucidado los Cas9, aumenta las probabilidades de ser encontrada en el
mecanismos moleculares del sistema CRISPR-Cas9 y lo genoma comparada con aquellas que requieren PAM de,
habían reprogramado para ser dirigidos a la edición gené- por ejemplo, 4, 5 o 6 nucleótidos.
tica de sistemas eucariotas en condiciones de laboratorio. Como venimos viendo, la mejor candidata sigue siendo la
Estos hallazgos han reavivado las esperanzas tanto en la Cas9 pero, debido al antemencionado tamaño de Cas9 y la
comunidad científica como en la sociedad en general, de dificultad para el empaquetamiento en vectores de terapia
tener a la mano una nueva alternativa biotecnológica sim- génica, para su posterior administración, se han desarrollado
ple, segura y económica. Estos descubrimientos marcaron proteínas Cas9 sintéticas mediante bioingeniería, con el obje-
un punto de inflexión en las investigaciones de biología tivo de lograr proteínas con menor tamaño, mayor fidelidad y
aplicada, de tal manera que en los años subsiguientes hubo mayor precisión, factibles de ser empleadas en terapia génica.
una explosión de trabajos científicos que aplican CRISPR
para editar el ADN de cualquier célula eucariota. ¿Cómo funciona CRISPR-Cas9 reprogramable?
El objetivo de este artículo es presentar una revisión del El sistema CRISPR-Cas9 reprogramable está formado por
mecanismo molecular básico de la tecnología CRISPR, un ARN guía simple o único (sgRNA, del inglés single
algunas variantes y sus potenciales aplicaciones como guide RNA), que puede ser diseñado de manera sintética, y
herramienta de terapia génica en el ámbito biomédico. que dirige a la proteína Cas9 a una secuencia del genoma
definido por los 20 nucleótidos del sgRNA. Una vez que
Tipos de sistemas CRISPR-Cas el complejo Cas9-sgRNA encuentra la secuencia blanco, o
Los sistemas CRISPR-Cas se clasifican según las estructuras diana, realiza un corte en ambas cadenas del ADN (Fig. 1).
de los genes Cas asociados a CRISPR. Se agrupan en clase Anteriormente, las proteínas utilizadas para el mismo
1 los tipos I, III y IV, y en la clase 2 los tipos II, V y VI. fin eran las TALENs, dedos de zinc, y antes de estas las
Cabe mencionar que la clasificación todavía no es definitiva meganucleasas. En todos estos casos, las proteínas deben
debido a que se siguen descubriendo nuevas características y ser diseñadas según la secuencia que se pretende modificar
componentes Cas. La mayor diferencia entre ambos grupos ya que el reconocimiento del ADN se produce mediante
es su complejidad: los de clase 1 son sistemas efectores la interacción de los nucleótidos del ADN y los dominios
multiproteicos que, ciertamente, los hacen restrictivos de de reconocimiento de la proteína, por lo que se transfor-
ser aplicados en terapias, y dirigen el interés a los de clase ma en un método laborioso y costoso para ser aplicado,
2 que están formados por una sola proteína. comparado con el reciente descubrimiento del potencial
Se han probado y empleado diferentes sistemas CRISPR- de CRISPR. Es decir, a diferencia de las proteínas prede-
Cas en investigación para la edición génica, pero la más cesoras destinadas a edición génica, las proteínas Cas son
utilizada y conocida hasta el momento es CRISPR-Cas9 versátiles debido a que su especificidad está dada por la
tipo II proveniente de Streptococcus pyogenes (spCas9). secuencia del ARN con el que interactúa al formar el com-
La misma consta de los componentes previamente des- plejo efector y este es mil veces más sencillo de manipular.
criptos, una proteína Cas9 sumada a un ARN guía que Una vez reconocido el sitio, y clivada la doble hebra de
reconoce por complementariedad de bases nucleotídicas ADN, la reparación requiere la maquinaria propia de la
la secuencia diana. Para que esta clive (o corte) el ADN célula, que puede activar cualquiera de dos posibles me-
requiere ‒además de dicha complementariedad nucleotí- canismos: reparación de unión de extremos no homólogos,
dica‒ una secuencia específica en el sitio diana llamada NHEJ (Nonhomologous end joining) o por reparación de
Ibáñez D. M., et al. CRISPR-Cas, el editor de genes 39
como los factores de transcripción y el ARN polimerasa limitan su factibilidad, por ejemplo, cuando la demanda
II. A este sistema se lo denomina CRISPRi, en referencia de diagnóstico es muy elevada, en caso de pandemias, o
a la interferencia que genera. Además, si a este sistema cuando existen infecciones endémicas en lugares de bajos
se lo combina con dominios proteicos naturalmente re- recursos y/o alejados de los laboratorios centralizados. Por
presivos KrAB (Krüppel Associated Box), la represión se lo tanto, la necesidad de desarrollar técnicas de diagnóstico
ve potenciada. sensibles, rápidas, específicas y de bajo costo ha derivado
Contrariamente a la aplicación mencionada en el párrafo en aprovechar la versatilidad y el fácil diseño del sistema
anterior, si se combina la proteína dCas9, a través de un CRISPR/Cas.
péptido enlazador, con activadores transcripcionales poten- Recientemente, una start up argentina de base biotecno-
tes, eso se traduce en la inducción de la expresión génica. lógica llamada CASPR Biotech ha desarrollado kits de
Además de la unión directa de dCas9 con efectores, hay detección de SARS-CoV-2 basados en CRISPR, además
estrategias que emplean sgRNA diseñados para reclutar y de virus tropicales epidémicos como los de dengue y Zika.
unirse a factores de transcripción con el fin de direccionar El argumento de CRISPR diagnóstico es aprovechar la
la transcripción de determinado gen. desmedida actividad colateral de las proteínas mencio-
nadas para obtener una señal cuando en una muestra está
CRISPR aplicado al diagnóstico de infecciones y presente la secuencia que se desea detectar. El sistema
otras enfermedades consta de la proteína Cas, el ARN guía programado para
Si bien CRISPR-Cas9 es el sistema más popular, existen detectar una secuencia de interés y la adición también de
otros sumamente interesantes que merecen atención. Los un reportero. El reportero es un oligonucleótido diseña-
sistemas CRISPR de clase 2, tipo V agrupan enzimas que do unido a una molécula fluorescente por un extremo y,
están siendo empleadas en investigación y desarrollo de en el otro extremo, un inhibidor de la fluorescencia por
métodos para el diagnóstico de infecciones por patógenos proximidad. De esta manera, cuando el sistema reconoce
y otras enfermedades. Estas poseen algunas características la secuencia que se está buscando, la actividad colateral
en común, una de ellas es que requieren una PAM rica se enciende y corta el reportero que, ahora alejado del
en timina (TTTN). Las proteínas más relevantes hasta el inhibidor de fluorescencia, emite una señal. Esta reacción
momento son las nucleasas Cas12a, Cas13 y Cas14, donde tiene lugar en cuestión de minutos, es muy específica y
la primera y la última reconocen ADN mientras que la de todo o nada, lo que significa que si hay una señal el
Cas13 reconoce ARN. resultado es positivo. En la figura 2 se esquematiza un
Lo interesante de estas enzimas (Cas12a, Cas13 y Cas14) protocolo de detección basado en CRISPR; nótese que
es que poseen, además de la actividad específica, una acti- dicho protocolo utiliza otras técnicas de amplificación
vidad colateral que se desencadena posterior a la primera. llamadas RPA (Recombinase Polimerase Amplification)
La actividad específica hace referencia al reconocimiento y LAMP (Loop- Mediated Isothermal Amplification),
de la secuencia diana dependiente de la complementariedad las cuales no necesitan un termociclador para obtener el
del ARN guía sumado a PAM. Sin embargo, la actividad material genético amplificado.
colateral se da porque se habilita un bolsillo catalítico como Así como CRISPR puede ser utilizado para detectar pa-
consecuencia de un cambio conformacional que sufre la tógenos o infecciones virales, también puede aplicarse
proteína posterior al corte específico del ADN diana. Este para detectar alguna variante de enfermedades humanas
bolsillo activo corta indiscriminadamente todo material ge- o mutaciones causantes. La proteína candidata para esta
nético que esté presente a su alrededor, que puede ser ADN última aplicación es la Cas14, una endonucleasa que no
o ARN o ambos, doble y/o simple cadena, dependiendo requiere secuencia PAM para su activación y que recono-
de qué tipo de proteína Cas esté involucrada. Entonces, ce secuencias simples de cadena de ADN de una manera
¿para qué sería útil este comportamiento de la enzima si la altamente específica, permitiendo discriminar variantes
desacredita para aplicarla en terapia génica? Es entonces polimórficas de secuencias SNPs (Single Nucleotide Po-
cuando CRISPR aplicado al diagnóstico cobra relevancia. lymorphism) con alta fidelidad.
El diagnóstico molecular de ácidos nucleicos es, sin dudas,
fundamental en medicina debido a la incidencia de enfer- APLICACIONES CRISPR DE INTERÉS EN
medades infecciosas reemergentes y a la problemática de MEDICINA
la resistencia a antimicrobianos. En la actualidad, la técnica A continuación, algunos de los ensayos clínicos más rele-
más utilizada para este fin es PCR (Polymerase Chain vantes que han utilizado CRISPR como terapia.
Reaction [Reacción en cadena de la polimerasa]) que, El primer ensayo clínico en terapia génica con CRISPR-
mediante la reacción en cadena de la polimerasa, amplifica Cas9 fue aprobado en China en el año 2016 para pacientes
el material genético por detectar. Sin embargo, a pesar de con cáncer de pulmón microcítico con metástasis, en los
su indiscutible sensibilidad y especificidad, este sistema que la quimioterapia o la radioterapia habían fracasado. La
requiere laboratorios y equipamientos de alto costo que terapia consistió en extraer los linfocitos de los pacientes
Ibáñez D. M., et al. CRISPR-Cas, el editor de genes 41
Otras aplicaciones
Los usos que se le pueden dar a la tecnología CRISPR se
Figura 2. Esquema del protocolo de detección basado en CRIS-
PR. Tomada de Curti y col., 2020. limitan con la capacidad de imaginación humana. Alre-
dedor del mundo, cada grupo de investigación adecua la
técnica para el estudio en su área de interés. Además de
y modificarlos con el sistema de edición CRISPR-Cas9 las aplicaciones generales mencionadas, existen otras que
inactivando el gen que codifica para la proteína PD-1. En podrían responder a interrogantes actuales no resueltos.
ausencia de PD-1 en los linfocitos, las células tumorales Por ejemplo, emplear CRISPR como herramienta para en-
pueden ser reconocidas por el sistema inmunológico para contrar dianas terapéuticas en modelos tumorales celulares.
su destrucción. Poder dilucidar rutas y moléculas implicadas en patologías
En 2019 un grupo de investigadores presentaron los con potencial terapéutico para tratar enfermedades. Utilizar
resultados de los primeros ensayos clínicos en pacientes tecnología CRISPR para producir enfermedades humanas
que tenían leucemia linfoblástica, para tratar el virus de en modelos animales más representativos a fin de estudiar
inmunodeficiencia humana (VIH). Utilizaron CRISPR- la enfermedad para tratamientos más acertados. Mientras
Cas9 para la edición del gen CCR5 en células madre he- tanto, en ensayos preclínicos en animales, se está aplicando
matopoyéticas antes de ser trasplantadas al paciente. CCR5 CRISPR para tratamiento de enfermedades como la sorde-
codifica para una proteína de membrana de linfocitos T y ra, la esclerosis lateral amiotrófica, la distrofia muscular,
macrófagos que tiene un papel clave en la entrada del VIH la hemofilia y la enfermedad de Huntington para las que
en las células. Lo interesante de este trabajo es que inten- ya existen dichos modelos.
taba dar solución a dos problemas en simultáneo. Si bien Indirectamente, podrían erradicarse también enfermedades
la cantidad de células modificadas no fue suficiente para como la malaria, a través de modificaciones en el mos-
obtener un efecto terapéutico para la infección, cabe desta- quito vector de la enfermedad. Además de su aplicación
car que se encontraron células CCR5 modificadas hasta 19 en estudios de enfermedades humanas, esta herramienta
meses después del trasplante. Los resultados demuestran ha llegado a distintas áreas como agricultura y ganadería
que la tecnología CRISPR es lo suficientemente segura en las cuales algunos logros fueron evitar la oxidación de
42 Rev. Hosp. Ital. B.Aires Vol 41 | Nº 1 | Marzo 2021
Cuadro 1. Cuadro comparativo que resume las enzimas Cas mejor caracterizadas hasta el momento y de importancia en clínica e
investigación
Cas9 Edición génica – Editar o eliminar genes mutados en enfermedades de base ge-
HPV)
món microcítico)
dCas9 Epigenética y regulación de la expre- – Cambiar patrones de metilación causante de enfermedades (po-
Cas12, Cas13, Cas14 Diagnóstico – Kits de detección de SARS-CoV-2 y virus tropicales (dengue, Zika)
champiñones, retardar la maduración en frutas, generar CRISPR como terapia, donde cada caso en particular debe
cultivos tolerantes a agentes ambientales, producción de ser evaluado y adecuado a las necesidades, sin perder el
ganado con mayor masa muscular, entre otros. criterio ético que conlleva la idea de modificar el genoma
de un ser humano.
CONCLUSIONES Desde que se conoce CRISPR como una técnica fá-
Lo más sorprendente de esta tecnología es, sin dudas, cilmente aplicable y accesible, la investigación en el
la versatilidad de aplicaciones, el bajo costo y la fácil campo está dando pasos agigantados, lo que nos hace
manipulación de la técnica. Por supuesto, estamos en los pensar que la ingeniería genética ya no es una visión
comienzos de embarcarnos en un compromiso por resolver futurista, sino que debemos empezar a considerar el
enfermedades que anteriormente no tenían solución debido presente como una posibilidad donde aquella comien-
a su base genética. Indiscutiblemente para llegar a ello hay ce a ser aplicada al diagnóstico y especialmente en la
que aumentar los esfuerzos en investigación que garanticen medicina de precisión.
la seguridad y efectividad de estos posibles tratamientos.
Todavía queda mucho trabajo por hacer para entender Agradecimiento: A Mariana Rapoport por el asesoramien-
todos los mecanismos implicados en la aplicación de to, diseño y la edición de imagen.
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