Memoire: Evaluation de La Qualité Microbiologique Et Physico-Chimique de L'escargot (Cymbium D'abidjan (Côte D'ivoire)
Memoire: Evaluation de La Qualité Microbiologique Et Physico-Chimique de L'escargot (Cymbium D'abidjan (Côte D'ivoire)
Memoire: Evaluation de La Qualité Microbiologique Et Physico-Chimique de L'escargot (Cymbium D'abidjan (Côte D'ivoire)
Vttion4>iscipline-'Travai1
Par:
MOUROUFIE ABO KOUADIO JEROME
Numéro d'ordre
THEME:
Directeur Scientifique:
Directeur Technique :
Soutenu publfque~nt
le 15/12/2015 Docteur KOUAKOU Clémentine
COMMISSION D'EXAMEN :
"" '
Tout d'abord, je bénis DIEU TOUT PUISSANT, Maître du ciel et de la terre qui m'a guidé sur le
droit chemin tout au long de ce travaiJ et qui m'a inspiré les bons pas et Jes réflexes justes
sans sa miséricorde, ce travail n'aurait pu aboutir.
Je dédie ce travail à:
• Ma mère ABDOULAYE A.ma Kra Anne-Marie
• Ma mère adoptive NADRO Céline,
• Mon père KOUAKOU Koffi Mouroufié,
• Mes frères «L' Abbé Nestor, Jacques, Marc et Marcel»
• Mes sœurs « Blandine, Géneviève, Odile et Cécile»
Qui n'ont ménagé aucun effort pour ma réussite. Trouvez dans ce travail. la concrétisation de vos vœux.
REMERCIEMENTS
RESUME
Le Cymbium (Cymbium souliei) fermenté constitue une source importe de protéines animale
pour les populations d'Abidjan (Côte d'Ivoire). Dans le but d'évaluer la qualité
microbiologique et physico-chimique du Cymbium fermenté vendu dans deux communes à
savoir Treichville et Yopougon. Une étude microbiologique a porté sur 12 échantillons de
Cymbium souliei fermenté en Côte d'Ivoire.
Les analyses microbiologiques ont montré que les bactéries lactiques sont spécifiquement
les plus prépondérantes, suivis des levures dans l'ensemble des échantillons. Les charges des
Coliformes fécaux et anaérobies sulfita-réducteurs (ASR) sont faibles. Des Salmonelles ont été
également détectées dans tous les échantillons de Cymbium fermentés. Ces résultats ont permis
de noter que la qualité microbiologique du Cymbium fermenté vendu dans ces marchés n'est
satisfaisante au regard des critères microbiologiques. La présence de germes pathogènes
indique que des efforts doivent être poursuivis pour améliorer la qualité microbiologique du
Cymbium Souliei fermenté vendu dans les marchés de la Commune de Treichville et de
Yopougon.
L'analyse physico-chimique a révélé des teneurs sensiblement différentes en en sel (Nacl) en
acidité et en cendres au niveau des deux marchés. Cependant, le pH est autour de la basicité.
La caractérisation moléculaire a permis d'identifier deux (2) espèces différentes de levures
à savoir Kluyveromyces aestuarii et Candida apicola inégalement réparti dans les échantillons
de Cymbium fermenté ....
5. Transformation du Cymbium., .. .. . .. . .. .. . . .. . .. 7
5. l. Transformation industrielle du Cymbium............................................. 7
5.2. Transformation artisanale............................................................... 8
5.3. Microorganismes intervenant dans la fermentation de produits de pêche........ 8
5.4. Flore de contamination .. . .. .. .. . . .. . . . . . . . . . . .. . .. . .. . . .. . .. .. .. . . . .. .. .. . . . . . .. . 9
5.5.Rôle du sel dans la fermentation....................................................... 10
6. Levures......................................................................................... 10
6. 1. Identification moléculaire levures............................................................... 10
Il-MATERIEL ET METHODES...................................................................... 13
1. Matériel............................. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 14
1.1 Matériel biologique......................................................................... 14
2. Méthodes................................................................................................ 14
2.1. Echantillonnage........................................................................... 14
2.2. Méthodes d'analyse microbiologique....... .. .. .. .. .. .. .. .. 14
2.2.l. Préparation de la suspension mère.............................................. 15
Tableau 5 : Tailles des produits PCR et pourcentages des groupes de levures identifiés............ 31
Figure 5: Produits d'amplification par les amorces ITS 1 et ITS 4 de la région 5,8S-ITS
de l'ADNr des souches de levures isolées du Cymbium
fermenté.............................................................................................. 30
Figure 6: Produits d'amplification par les amorces ITS l et ITS 4 de la région 5,8S-ITS
del' ADNr des souches de levures isolées du Cymbium fermenté............................ 30
g: Gramme
mL: millilitre
fragments de restriction
d'Ivoire.
L'objectif de cette étude est d'évaluer la qualité microbiologique et physico-chimique du
Cymbium fermenté vendu dans les marchés de deux communes de la ville d'Abidjan.
De façon spécifique, nous ferons d'abord :
L'inventaire et l'isolement de la diversité de microorganismes de fermentation présents
dans le Cymbium fermenté, ainsi que quelques pathogènes.
Ensuite l'identification présomptive des microorganismes de fermentation précisément
les levures sur la base des tests biochimiques et de biologie moléculaire.
Enfin, l'analyse de quelques paramètres physico-chimiques de l'escargot (Cymbium)
fermenté.
Le Cymbium est également de haute valeur nutritive à l'image des autres espèces
d'escargots. Par ailleurs, selon Diouf, (2008), le taux de protéines augmente avec la
fermentation entrainant ainsi chez le Cymbium des modifications biochimiques et enzymatiques
favorables à une production de protéines. Ainsi, la composition moyenne du Cymbium est de
15,33 % de protéines, 0,54% de lipides, 11,01 % de cendres, L88 % de NaCl et un taux
3- Consommation du Cymbium
Les consommateurs du Cymbium sont souvent les ménagères organisées parfois en groupe
d'individus qui s'approvisionnent quotidiennement auprès des détaillants pour leur
consommation personnelle (Diouf, 2008). Les Cymbium fermentés puis séchés sont utilisé
quotidiennement pour leur arôme comme condiment dans de nombreuses recettes à base de riz
(riz au poisson, à la viande ou à la sauce) (Sembene, 2002).
4- Aspects économiques
4.1- Aspect économique de l'escargot
n 2002, les importations mondiales ont atteint, environ 25.000 tonnes pour une valeur de
52 millions de dollars. Les principaux pays importateurs, à savoir la Chine, la France, la Grèce,
5- Transformation du Cvmbium
5.1-Traosformation industrielle du Cymbium
Au niveau industriel, le Cymbium est traité sous deux formes principales : crue congelée et
la forme cuite-congelée. Concernant la forme crue-congelée, il y a trois types : Cymbium avec
peau, Cymbium pelé, et organes de Cymbium (Diouf, 2008). Les énormes profits générés par
cette activité attirent de grandes unités de transformation.
5.4-Flore de contamination
Des flores pathogènes incriminent également plusieurs aliments fermentés. Les travaux de
Sembene, (2002) ont montré la présence de bactéries sporulées comme Bacillus,
Staphylococcus et de Clostridium dans le Cymbium fermenté au Sénégal. De même Nevry et
al., (2011) et Kouakou et al., (2012) ont signalé la présence des coliformes thermotolérants,
Streptocoques fécaux, Staphylococcus aureus et de Clostridium sulfita-réducteurs dan
l'adjuevan. Selon, ces auteurs les contaminations seraient d'origine fécale en raison des
6-Levures
Les levures sont des champignons unicellulaires sur une partie ou sur l'ensemble de leur
cycle végétatif. Dans la nature, les levures se retrouvent principalement sur les végétaux riche
en sucres directement assimilables. Pour leur métabolisme. les levures utilisent des sucre
comme source principale de carbone et par conséquent d'énergie. De plus, la plupart des levure
sont capables d'assimiler différentes sources d'azote organique et inorganique. Elles utilisent
les sels minéraux et les vitamines (par exemple 1.a biotine et la thiamine) pour assurer un
développement adéquat. La biotine est essentielle dans les réactions de carboxylation et de
décarboxylation et aussi intervient dans la production d'alcools et d'esters. La thiamine favorise
la synthèse de l'isoleucine et de la valine (Merabti, 2006). Les levures se développent entre
25°C et 30°C avec un pH variant de 2,4 à 8,6 en général. Elles sont toutes capables de se
développer en présence d'oxygène.
L' ADNr est une région d'environ 1 à 2 Mégabases consistant en une répétition de 100 à
200 copies d'une séquence de 9,137 Kilobases. Chaque unité de répétition contient les gènes
codant pour les ARN ribosomiques (ARNr) 5S, 5.8S, 25-28S et J 8S ainsi que trois types de
régions qui séparent les gènes. Ces régions sont nommées internai transcribed spacers (ITS1 et
ITS2), externat transcribed spacers (ETS 1 et ETS2) et non transcribed spacers (NTS 1 et NTS2).
Dans la majorité des cas, les produits amplifiés par PCR issus de souches de la même
espèce et du même genre ont des tailles moléculaires identiques, et les espèces du même genre
présentent des tailles similaires. La différence de séquence est mise en évidence par l'analyse
de restriction en utilisant plusieurs endonucléases de restriction, dont Cfo I et Hae m. Les
profils de restriction diffèrent suivant les espèces.
Plusieurs amorces ont été décrites pour l'amplification de la région ITS mais le couple
d'amorces rrs 1 et ITS4 est le plus couramment utilisé. Les études menées par Esteve-Zarzeso
et al., (1999) utilisant la technique de I' ADNr PCR-RFLP a permis d'identifier environ 132
espèces de levures appartenant à 25 genres de levures différents,
Les composés physico-chimiques des produits de pêche fermentés d'Afrique varient suivant
les méthodes de productions. Toute fois le pH varie très faiblement d'un produit à l'autre. Ainsi,
1.1-Matériel biologique
Le matériel biologique a été l'escargot (Cymbium souliei) fermenté traditionnellement prélevés
à Treichville et à Yopougon.
2-METHODES
2.1- Echantillonnage
Une enquête a été déjà effectuée pour identifier deux marchés dans le district d'Abidjan à
savoir le marché de Yopougon et de Treichville, très fréquentés tant par les vendeuses
(grossistes et détaillantes) que par des populations de toutes les classes sociales. Deux (2)
commerçantes ont été choisies en fonction de leur régularité par marché. En effet, des
prélèvements de trois (3) échantillons d'escargot (Cymbium soulieïï fermentés ont été faites de
façon aseptique par commerçante d'où un tota I de douze ( 12) échantillons, dont V l et V2
correspondent respectivement à la vendeuse numéro 1 et numéro 2. Par ailleurs, les douze
échantillons ont été prélevés sur une période de quatre semaines en raison de trois prélèvements
par semaine. Après chaque prélèvement, les échantillons ont été étiquetés, mis dans une glacière
contenant de la glace, transportés au laboratoire et analysés immédiatement.
Les milieux utilisés pour la réalisation de cette étude ont été préparés selon les prescriptions des
fabricants.
•!• Gélose VRBL (gélose lactosée biliée au cristal violet et au rouge neutre ; Biokar
Diagnostics, France) : Mettre en suspension 38.5 g de milieu VRBL dans l litre d'eau
distillée. Porter lentement le milieu à ébullition sous agitation constante et l'y maintenir
durant le temps nécessaire à sa dissolution. Ne pas surchauffer. Ne pas autoclaver.
à l'étuve.
•!• Le bouillon RV (Rappaport-VassiUadis ; Biokar Diagnostics, France) : Mettre en
olution 26,6 g du bouillon RV dans 1 litre d'eau distillée. Agiter lentement jusqu'à
dissolution complète. Répartir en tubes ou en flacons. Stériliser à l'autoclave à l l 5°C
pendant 15 minutes.
2.2.1- Préparation de la suspension mère et des dilutions (Nonne NF EN ISO 6887-1 1999
relative à La suspension mère et dilutions décimales)
L'ensemencement de lmL des dilutions 10-1 à 10-3 de chaque échantillon a été réalisé de
façon aseptique dans la masse. Environ 15 mL de milieu Sabouraud au chloramphénicol en
surfusion (47°C±2°C) ont été coulés au-dessus de l'inoculum. Après homogénéisation, chaque
boîte de pétri a été laissée se solidifier à La température ambiante du laboratoire. Les boîtes de
Pétri ont été incubées pendant 5 jours à 25°C, suivie de la Lecture au bout de 3, 4 et 5 jours. Les
colonies lenticulaires ; rondes, en profondeur de la gélose et généralement blanche pour les
levures ont été notées. Par échantillon et par boîte de péri, cinq colonies d'aspect différentes
ont été isolées de façon au hasard sur le même milieu de culture pour la suite des analyses.
La numération des coliformes fécaux a été réalisée par ensemencement de l mL des di lutions
10-1, 10-2, 10-3 dans la gélose VRBL. A partir des dilutions 10-1, 10-2 et 10-3 aseptiquement
1 mL a été porté dans des boîtes Pétri stérile, ensuite 15 ml environ de V:RBL y ont été coulé.
L'ensemencement se fait en double couche. Les milieux ont été incubés à 37 °C pendant 24 h
puis 48 h. Le développement des coliformes sur milieu VRBL s'exprime par l'apparition de
colonies rouges foncées, rondes lenticulaire avec un diamètre de moins de 0,5 mm.
•!• Recherche d' E. coli sur milieu Rapid 2 d' E.coli: L'ensemencement par incorporation
de l ml des dilutions 10-1, l 0-2, l 0-3 ont été portées aseptiquement dans des boîtes Pétri stérile.
Ensuite, 15 mL de Rapid 2 E.coli y ont été coulés. Après ensemencement et homogénéisation,
chaque boîte a été laissée se solidifier à la température ambiante du laboratoire. Enfin, les boites
de pétri ont été incubés à 37°C pendant 24 h. Le développement des E.coli sur milieu Rapid 2
E.coli s'exprime par l'apparition de colonies violettes.
Traitement des résultats des dénombrements : Le taux de germes recherchés (N) contenus dans
l g d'escargot est déterminé par la formule mathématique utilisée pour tous les dénombrements
Les échantillons prélevés ont été évalués en recherchant par des méthodes standards Le
paramètres microbiologiques de qualité. Tl s'agit des coliformes totaux. Escherichia coli (NF
ISO 4831), des Salmonelles (NF V 08 - 052), des levures (ISO 7954) et des spores d 'Anaérobie
Sulfito-réducteurs (NF V 08-061 ). Cette évaluation a été réalisée en utilisant comme supports,
les techniques standards d'analyses rapportées par Joffin et Joffin (2003). L'interprétation de
résultats a été faite suivant un plan à deux classes en référence aux critères microbiologique
pour les produits animaux et dérivés (guide législatif et réglementaire français, N°8 l 55 du 12
décembre 2000), fixant le seuil de tolérance à M = 103 UFC/g ou mJ pour les coliformes
thennotolérants (E.coli, 44°C) ; à M = l 02 UFC/g ou /ml à l'absence dans 25 mJ de produit
analysé pour les salmonelles.
Les produits de PCR sont contrôlés par électrophorèse sur gel d'agarose (1,5 %). Pour
la préparation du gel, l'agarose est suspendu dans 50 ml de tampon TBE 0,5X [45 mM Tris-
Base (Sigma), 45 mM acide borique (Sigma), 1 mM EDTA (Sigma)]. La suspension est
chauffée jusqu'à ébullition. Le gel liquide est laissé refroidi à température ambiante pendant 5
minutes puis une goutte de bromure d'éthidium y est incorporée avant de le couler dans un
support de gel. Une fois solidifié, le gel est immergé dans une cuve à électrophorèse contenant
du TBE 0,5X. Des aliquotes de 10 µI de fragments amplifiés sont mélangés à 2 µl de tampon
de charge (50 % TE, pH 8; 50 % glycérol; bleu de bromophénol) avant d'être déposés dans les
puits du gel. Le gel est visualisé à l'aide d'un transilluminateur (Vilber Lourmat) sous
illumination UV après une migration à 90 Volts pendant 90 minutes. La taille des fragments
d'ADN est déterminée à partir du marqueur de taille moléculaire Reddy Run Superladderlow
100 bp (Thermo Scientific) utilisé comme référence. Les produits de PCR sont conservés par
la suite à-20°C pour d'autres utilisations.
La digestion a été réalisée dans des tubes eppendorf contenant chacun 20 µI d'un mélange
réactionnel (tableau 2). Ces tubes sont placés au Bain-Marie à 37 °C pendant 6 heures. Les
fragments de restriction sont séparés selon leur taille par électrophorèse sur gel d'agarose 3 %
(p/v) contenant du BET immergé dans une cuve à électrophorèse contenant du TBE 0.5X. Des
ProduitPCR 10 µl
EauMilliQ 7 µ)
2.3.1- Détermination du pH
Le pH été a déterminé en plongeant l'électrode d'un pH-mètre (pH/ORP Meter HI 2211)
dans 50 ml de la suspension mère. La valeur du pH est directement lue sur l'écran de l'appareil.
%Acidité titrable = PE
1~ s
Bactéries
lactiques
7,19.104 ±
Coliformes totaux ASR
4,02.102 ±
Salmonelles
+ : Présence de Salmonelles
VI, V2: Vendeuse 1 et 2; ASR: Anaérobie Sul:fito-Reducteur
Sur une même ligne, les valeurs moyennes portant des lettres (a, b et c) différentes sont
significativement différentes (p < 0,05)
La présence des Salmonella spp dans tous les échantillons de Cymbium souliei analysés n'est
pas conforme aux prescriptions normatives qui recommandent une absence de ce
microorganisme pathogènes dans les produits alimentaires (norme codex pour les produits de
la pêche: le règlement (CE) n°2073/2005 et guide législatif et réglementaire français, N° 8155
du 12 décembre 2000). En effet, les bactéries du genre Salmonella et principalement Suiphy et
S. paratiphy possèdent de nombreux facteurs de virulence : présence de pili, production de
toxines, capacité à survivre dans les macrophages et présence de plasmide de virulence (Sutra
et al., 1998) et sont associées principalement aux toxiinfections Alimentaires collectives
(TIAC). Les ASR sont utilisés comme indicateurs de contamination fécale, d'origine humaine
ou animale dû aux contaminations par les matières fécales, manipulations par personnel ayant
une mauvaise hygiène et le contact avec matériel soui lié.
Les souches de couleur Violette et de couleur naturelle (crème) sont soit d'autres candidas
ou soit d'autres levures. Ce test est positif et confirme la présence de plusieurs espèces de levure
du genre candida participant dans la fermentation du Cymbium.
Le second test d'identification présomptive sur la gélose à la lysine a servi à l'isolement des
souches pour l'identification de saccharomyces, incapable de croitre sur ce milieu de culture.
Toutes les souches isolées sur ce milieu dans cette étude ont pu croitre. Cela démontre l'absence
de Saccharomyces parmi toutes les souches isolées.
Tableau 4 : Identification présomptive des levures isolées sur milieu candida chromogénique
et la gélose à la lysine des levures.
Milieu
Milieu candida chromozênique Lysine
Coloration
Rose Couleur Couleur Couleur CouJeur
souches/échan~ pâle crème Violette Verte Bleu
Vl 6 2 2 0 2 +
Treichville V2 2 0 0 0 l
Vl 4 l 3 2 7
Yopougon V2 5 0 0 0 3
Total souches 17 3 5 2 13
SIS Sl6Sl7 SIR Sl9 M S20 S21 S22 S2.l S24 S2S S26 S27
850pb
750pb - SOOpb
,,.,_ 2S8pb
Figure 6: Fragments de restriction des différents produits PCR obtenus à partir de 1 'hydrolyse enzymatique
par C/ol
~d!
=---
-
de vin de raphia collectés à Treichville et Yopougon.
Les échantillons prélevés avec des vendeuses dans les communes de Treichvillc et de
Yopougon ont été soumis à quelques analyses physico-chimiques dont la mesure du pH, la
détermination de l'acidité titrable, les cendres et le chlorure de sodium. Les valeurs moyenne
de ces paramètres par commune (site) d'échantillonnage sont présentées dans le tableau 7.
La mesure du pH a révélé une très faible variation autour de la neutralité (7) dans l'ensemble
des échantillons. Ainsi les échantillons de Cymbium fermenté de TreichviUe ont un pH variant
de 6,56 ± 0,55 et 8,26 ± 0,36 contre une valeur comprise entre 6,56 ± 0,55 et 7, 14 ± 0, 12 pour
ceux de Yopougon. Mais en comparant les échantillons par vendeuse. Il est noté une différence
significative au seuil p<0.05 entre les échantillons de la vendeuse 2 de Treicbville avec un pH
basique de 8,26 ± 0,36 et les autres échantillons.
Le pourcentage d'acidité titrable exprimé en pourcentage d'acide lactique est très faible et
sensiblement identique dans l'ensemble des échantillons. li est en moyenne de 0.04 et 0,05 %
pour les échantillons de Treicbville et de 0,03 à 0,04 % pour les échantillons de Yopougon.
Concernant les cendres, la valeur maximale est de 6,41 ± 0,32 pour les échantillons de
vendeuses de Treichville donc significativement plus importante (p<0,05) que celle 4,94 ± 0.87
des vendeuses de Y opougon.
Les résultats des paramètres analysés sont consignés dans le tableau 7 ci-dessous.
Vl, V2 : Vendeuse 1 et 2
Sur une même ligne, les valeurs moyennes portant des lettres (a, b et c) différentes sont
significativement différentes (p < 0,05)
2- DISCUSSION
du présent travail n'ont pas été toutes identifiées. Par conséquent, il nous paraît nécessaire de
biochimiques (Galerie API) et biologie molécuJaire (PCR) suivi d'un séquençage afin de
Nous envisageons aussi de faire des fermentations contrôlées en faisant varier d'une part
le temps de fermentation et d'autre part, les concentrations de sel au niveau de la saumure. Ce
pour arriver à connaître, les flores de fermentation, le meilleur temps de fermentation et la
meilleure dose de sel pour obtenir un bon produit.
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