Camaçari

This paper proposes a new method to identify communities in generally weighted complex networks and apply it to phylogenetic analysis. In this case, weights correspond to the similarity indexes among protein sequences, which can be
used for network construction so that the network structure can be analyzed to recover phylogenetically useful information
from its properties. The analyses discussed here are mainly based on the modular character of protein similarity networks,
explored through the Newman-Girvan algorithm, with the help of the neighborhood matrix Mˆ . The most relevant networks
are found when the network topology changes abruptly revealing distinct modules related to the sets of organisms to which the proteins belong. Sound biological information can be retrieved by the computational routines used in the network approach, without using biological assumptions other than those incorporated by BLAST. Usually, all the main bacterial phyla and, in some cases, also some bacterial classes corresponded totally (100%) or to a great extent (.70%) to the modules. We checked for internal consistency in the obtained results, and we scored close to 84% of matches for community pertinence when comparisons between the results were performed. To illustrate how to use the network-based method, we employed data for enzymes involved in the chitin metabolic pathway that are present in more than 100
organisms from an original data set containing 1,695 organisms, downloaded from GenBank on May 19, 2007. A preliminary
comparison between the outcomes of the network-based method and the results of methods based on Bayesian, distance,
likelihood, and parsimony criteria suggests that the former is as reliable as these commonly used methods. We conclude
that the network-based method can be used as a powerful tool for retrieving modularity information from weighted networks, which is useful for phylogenetic analysis.

Chitin is a structural endogenous carbohydrate, which is a major component of fungal cell walls and arthropod exoskeletons. A renewable resource and the second most abundant polysaccharide in nature after cellulose, chitin is currently used for waste water clearing, cosmetics, medical, and veterinary applications. This work comprises data mining of protein sequences related to the chitin metabolic pathway
of completely sequenced genomes of extant organisms pertaining to the three life domains, followed by
meta-analysis using traditional sequence similarity comparison and complex network approaches. Complex
networks involving proteins of the chitin metabolic pathway in extant organisms were constructed based on protein sequence similarity. Several usual network indices were estimated in order to obtain information on the topology of these networks, including those related to higher order neighborhood properties. Due to the assumed evolutionary character of the system, we also discuss issues related to modularity properties, with the concept of edge betweenness playing a particularly important role in our analysis. Complex network approach correctly identifies clusters of organisms that belong to phylogenetic groups without any a priori knowledge about the biological features of the investigated protein sequences. We envisage the prospect of using such a complex network approach as a high-throughput phylogenetic method.

¿Qué papel tiene la valoración en la experiencia humana? ¿Qué rol tienen los valores en las prácticas del conocimiento y del arte? En las explicaciones filosóficas tradicionales se ha remarcado la existencia de discontinuidades entre las esferas del conocimiento, la valoración y el arte. Diversos enfoques filosóficos actuales en diferentes campos y tradiciones de la disciplina han puesto en cuestión esta separación tajante entre dichas esferas. Este libro presenta un conjunto de artículos
que despliegan una serie de análisis críticos en distintos tópicos respecto al modo en el que se ha concebido al conocimiento, al arte y a la valoración en esos contextos.
Así, desde diferentes tradiciones y disciplinas, se brindan enfoques y discusiones que atienden a las relaciones entre acción, conocimiento, arte y valores; enfoques que repercuten sustancialmente en los ámbitos de reflexión de la ciencia, de la ética, de la estética y de la lógica.
La primera parte de este libro reúne una serie de artículos sobre problemáticas en torno a la racionalidad y la normatividad en los ámbitos del conocimiento científico, moral y político. Dichos tópicos, abordados desde enfoques diferentes, encuentran como lugar común un análisis crítico que permite desandar la tradicional confrontación entre ciencia y valores, acentuando la continuidad entre acción, conocimiento
y valoración. La segunda parte de la obra agrupa una serie de reflexiones en torno al arte y la técnica que proponen disolver las dicotomías tradicionales y, manifiestan los solapamientos y los vínculos mantenidos en las áreas en cuestión.
La experiencia humana no sólo está signada por aquello que conocemos sino por la manera en que lo hacemos, por los fines y por los objetivos a los que nos hemos advenido y que entendemos que hay que perseguir. También, nuestra experiencia está signada por los modos de acción que desplegamos, por la formulación de valores que establecemos y por la evaluación de los hechos, creencias y acciones que realizamos sobre la base de dichas valoraciones. Esta obra es una
invitación a reflexionar sobre todos estos rasgos de la experiencia humana, a partir de una serie de discusiones que permiten volver a enfocar cuestiones en torno al conocimiento, al arte y a la valoración.