IllustratorファイルをそのままプリントしてもRGBに強制変換してプリントしてしまいます。 この時点で本来の色とは違ってきます。 PDFファイルはIllustratorのCMYKデータを正しくプリントできるように 内部で擬似的にPsotaScript解析をしますから そこからプリントすればPostScriptプリンタでのプリントに近くなります。 つまり、商業印刷データに限って言えばPDFデータからのプリントや表示のほうが正確です。 ウインドウズとマックの違いはモニタガンマの違いです。 商業印刷物を作るのならMacと同じ「1.8」に合わせたほうがいいでしょう。 それと、Illsutarator上でのカラー設定もカラーチャートに近づけるようにしないといけません。 「カラー設定」の「CMYKプロファイル」を見直してみてください。