１、２ともに、法的側面から補足をしてみます。 まず、１については、収納代行は契約上、収納代行会社が代金受領者となります。この場合、代金支払者からの求めを受けて領収書発行義務を負うのは、その代行会社になります（民法４８６条）。御社が発行義務を負うことはありません。 したがって、法的には、「稀に自社で発行する場合」の発行は、御社が専らサービスで（＝法的義務なく）発行していることとなります。この場合、領収日は明記する必要がないといえます。 なお、銀行振込の場合は収納代行と異なり、契約上、銀行は代金受領者となりません。そのため、銀行振込で代金を受領したときは、ホームページ上でその旨を明記するなど契約で領収書発行義務を負わないこととしていない限り、入金を受けた者が領収書発行義務を負います。 また、２については、法律の定めがあります。 すなわち、現金領収を任された会社の営業担当者は、法解釈上「現金領収事務とそれに関係する事務を、会社から委任された」ことになりますから、会社法１４条１項に基づき、会社に代わってその事務をおこなうことになります。 したがって、その営業担当者が現金を領収した日が、すなわち会社の現金領収日となります。「その数日後に会社で入金処理を行った場合、本当の会社入金日とは領収書の領収日が異なります」という点については、法解釈上、単に会社の内部処理の問題に過ぎないこととなります。 よって、「営業担当者が出先で現金領収し領収書を発行」した場合、その営業担当者の発行した領収書がすなわち会社発行の領収書となります。そのため、後日の領収書の発行は不要です。 なお、領収書発行の要否などの領収書そのものの取扱いについては、印紙税を除き税務署の所轄外ですから、残念ながら税務署では教えてくれないものと思います。