Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
FOXF1
Ідентифікатори
Символи
FOXF1 , ACDMPV, FKHL5, FREAC1, forkhead box F1
Зовнішні ІД
OMIM : 601089 MGI: 1347470 HomoloGene: 1114 GeneCards: FOXF1
Пов'язані генетичні захворювання
alveolar capillary dysplasia [ 1]
Онтологія гена
Молекулярна функція
• DNA binding • sequence-specific DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • transcription factor activity, RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• transcription regulator complex • клітинне ядро
Біологічний процес
• somitogenesis • regulation of smooth muscle cell differentiation • renal system development • ureter development • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • lung morphogenesis • embryonic foregut morphogenesis • lung development • positive regulation of cell migration • endocardial cushion development • GO:1904579 cellular response to organic cyclic compound • extracellular matrix organization • cardiac left ventricle morphogenesis • in utero embryonic development • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • negative regulation of mast cell degranulation • smooth muscle cell differentiation • morphogenesis of a branching structure • venous blood vessel development • cellular response to cytokine stimulus • right lung morphogenesis • transcription, DNA-templated • васкулогенез • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • respiratory tube development • heart development • determination of left/right symmetry • establishment of epithelial cell apical/basal polarity • blood vessel development • embryonic ectodermal digestive tract morphogenesis • positive regulation of mesenchymal cell proliferation • embryonic digestive tract morphogenesis • animal organ morphogenesis • pancreas development • detection of wounding • mesenchyme migration • smoothened signaling pathway • lateral mesodermal cell differentiation • lung alveolus development • digestive tract development • lung vasculature development • mesoderm development • epithelial tube branching involved in lung morphogenesis • negative regulation of inflammatory response • lung lobe morphogenesis • ductus arteriosus closure • embryonic digestive tract development • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • epithelial cell differentiation involved in mammary gland alveolus development • midgut development • positive regulation of cell-substrate adhesion • transcription by RNA polymerase II • диференціація клітин • cell-cell adhesion • trachea development
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 16: 86.51 – 86.52 Mb
Хр. 8: 121.81 – 121.81 Mb
PubMed search
[ 2]
[ 3] Вікідані
FOXF1 (англ. Forkhead box F1 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 16-ї хромосоми.[ 4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 379 амінокислот , а молекулярна маса — 40 122[ 5] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MSSAPEKQQP PHGGGGGGGG GGGAAMDPAS SGPSKAKKTN AGIRRPEKPP
YSYIALIVMA IQSSPTKRLT LSEIYQFLQS RFPFFRGSYQ GWKNSVRHNL
SLNECFIKLP KGLGRPGKGH YWTIDPASEF MFEEGSFRRR PRGFRRKCQA
LKPMYSMMNG LGFNHLPDTY GFQGSAGGLS CPPNSLALEG GLGMMNGHLP
GNVDGMALPS HSVPHLPSNG GHSYMGGCGG AAAGEYPHHD SSVPASPLLP
TGAGGVMEPH AVYSGSAAAW PPSASAALNS GASYIKQQPL SPCNPAANPL
SGSLSTHSLE QPYLHQNSHN APAELQGIPR YHSQSPSMCD RKEFVFSFNA
MASSSMHSAG GGSYYHQQVT YQDIKPCVM
Кодований геном білок за функцією належить до активаторів .
Задіяний у таких біологічних процесах, як транскрипція , регуляція транскрипції .
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у ядрі .
Hellqvist M., Mahlapuu M., Samuelsson L., Enerbaeck S., Carlsson P. (1996). Differential activation of lung-specific genes by two forkhead proteins, FREAC-1 and FREAC-2. J. Biol. Chem . 271 : 4482—4490. PMID 8626802 DOI :10.1074/jbc.271.8.4482
Mahlapuu M., Pelto-Huikko M., Aitola M., Enerbaeck S., Carlsson P. (1998). FREAC-1 contains a cell-type-specific transcriptional activation domain and is expressed in epithelial-mesenchymal interfaces. Dev. Biol . 202 : 183—195. PMID 9769171 DOI :10.1006/dbio.1998.9010
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI :10.1101/gr.2596504
Pierrou S., Hellqvist M., Samuelsson L., Enerbaeck S., Carlsson P. (1994). Cloning and characterization of seven human forkhead proteins: binding site specificity and DNA bending. EMBO J . 13 : 5002—5012. PMID 7957066
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
(0.6) Інші