Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
HOXD4
Ідентифікатори
Символи
HOXD4 , HHO.C13, HOX-5.1, HOX4, HOX4B, Hox-4.2, homeobox D4
Зовнішні ІД
OMIM : 142981 MGI: 96208 HomoloGene: 7773 GeneCards: HOXD4
Онтологія гена
Молекулярна функція
• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • sequence-specific DNA binding • DNA binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• клітинне ядро • нуклеоплазма • міжклітинні контакти
Біологічний процес
• transcription, DNA-templated • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • multicellular organism development • transcription by RNA polymerase II • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • skeletal system development • anterior/posterior pattern specification • embryonic skeletal system morphogenesis
Джерела:Amigo / QuickGO
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 2: 176.15 – 176.15 Mb
Хр. 2: 74.54 – 74.56 Mb
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
HOXD4 (англ. Homeobox D4 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. [ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 255 амінокислот , а молекулярна маса — 27 885[ 4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MVMSSYMVNS KYVDPKFPPC EEYLQGGYLG EQGADYYGGG AQGADFQPPG
LYPRPDFGEQ PFGGSGPGPG SALPARGHGQ EPGGPGGHYA APGEPCPAPP
APPPAPLPGA RAYSQSDPKQ PPSGTALKQP AVVYPWMKKV HVNSVNPNYT
GGEPKRSRTA YTRQQVLELE KEFHFNRYLT RRRRIEIAHT LCLSERQIKI
WFQNRRMKWK KDHKLPNTKG RSSSSSSSSS CSSSVAPSQH LQPMAKDHHT
DLTTL
Кодований геном білок за функцією належить до білків розвитку .
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція , регуляція транскрипції , поліморфізм.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у ядрі .
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI :10.1101/gr.2596504
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
(0.6) Інші