Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
LEF1
Ідентифікатори
Символи
LEF1 , LEF-1, TCF10, TCF1ALPHA, TCF7L3, lymphoid enhancer binding factor 1
Зовнішні ІД
MGI: 96770 HomoloGene: 7813 GeneCards: LEF1
Пов'язані генетичні захворювання
хронічний лімфолейкоз , системний червоний вовчак [ 1]
Онтологія гена
Молекулярна функція
• GO:0001131, GO:0001151, GO:0001130, GO:0001204 DNA-binding transcription factor activity • GO:0001077, GO:0001212, GO:0001213, GO:0001211, GO:0001205 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific • histone deacetylase binding • armadillo repeat domain binding • estrogen receptor binding • RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding • transcription factor binding • estrogen receptor activity • gamma-catenin binding • GO:0031493 histone binding • C2H2 zinc finger domain binding • chromatin binding • cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process • GO:0001948, GO:0016582 protein binding • DNA binding, bending • DNA binding • sequence-specific DNA binding • transcription factor activity, RNA polymerase II distal enhancer sequence-specific binding • beta-catenin binding • GO:0000980 RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• цитоплазма • клітинне ядро • transcription regulator complex • beta-catenin-TCF complex • нуклеоплазма • protein-DNA complex
Біологічний процес
• somitogenesis • tongue development • paraxial mesoderm formation • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II • negative regulation of DNA binding • T cell receptor V(D)J recombination • transcription by RNA polymerase II • cellular response to cytokine stimulus • mammary gland development • negative regulation of interleukin-13 production • odontogenesis of dentin-containing tooth • apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis • cell chemotaxis • negative regulation of canonical Wnt signaling pathway • face morphogenesis • neutrophil differentiation • negative regulation of interleukin-5 production • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • dentate gyrus development • apoptotic process involved in morphogenesis • transcription, DNA-templated • GO:0060469, GO:0009371 positive regulation of transcription, DNA-templated • positive regulation of cell growth • regulation of Wnt signaling pathway • embryonic limb morphogenesis • hypothalamus development • branching involved in blood vessel morphogenesis • trachea gland development • regulation of striated muscle tissue development • positive regulation of cell-cell adhesion • forebrain neuroblast division • eye pigmentation • negative regulation of apoptotic process • sprouting angiogenesis • GO:1901227 negative regulation of transcription by RNA polymerase II • positive regulation of epithelial to mesenchymal transition • BMP signaling pathway • positive regulation of cell cycle process • osteoblast differentiation • histone H3 acetylation • formation of radial glial scaffolds • positive regulation of granulocyte differentiation • alpha-beta T cell differentiation • canonical Wnt signaling pathway • GO:0045996 negative regulation of transcription, DNA-templated • sensory perception of taste • cellular response to interleukin-4 • negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process • розвиток клітин • negative regulation of cell-cell adhesion • negative regulation of interleukin-4 production • negative regulation of striated muscle tissue development • positive regulation of cell migration • Wnt signaling pathway • T-helper 1 cell differentiation • positive regulation of cell proliferation in bone marrow • anatomical structure regression • chorio-allantoic fusion • negative regulation of apoptotic process in bone marrow cell • B cell proliferation • GO:1901313 positive regulation of gene expression • vasculature development • forebrain radial glial cell differentiation • neural crest cell migration • positive regulation of cell population proliferation • forebrain neuron differentiation • histone H4 acetylation • hippocampus development • GO:0003257, GO:0010735, GO:1901228, GO:1900622, GO:1904488 positive regulation of transcription by RNA polymerase II • Wnt signaling pathway, calcium modulating pathway • steroid hormone mediated signaling pathway • odontoblast differentiation • beta-catenin-TCF complex assembly • Епітеліально-мезенхімальний перехід • regulation of cell-cell adhesion • secondary palate development
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 4: 108.05 – 108.17 Mb
Хр. 3: 130.9 – 131.02 Mb
PubMed search
[ 2]
[ 3] Вікідані
LEF1 (англ. Lymphoid enhancer binding factor 1 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 4-ї хромосоми. [ 4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 399 амінокислот , а молекулярна маса — 44 201[ 5] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MPQLSGGGGG GGGDPELCAT DEMIPFKDEG DPQKEKIFAE ISHPEEEGDL
ADIKSSLVNE SEIIPASNGH EVARQAQTSQ EPYHDKAREH PDDGKHPDGG
LYNKGPSYSS YSGYIMMPNM NNDPYMSNGS LSPPIPRTSN KVPVVQPSHA
VHPLTPLITY SDEHFSPGSH PSHIPSDVNS KQGMSRHPPA PDIPTFYPLS
PGGVGQITPP LGWQGQPVYP ITGGFRQPYP SSLSVDTSMS RFSHHMIPGP
PGPHTTGIPH PAIVTPQVKQ EHPHTDSDLM HVKPQHEQRK EQEPKRPHIK
KPLNAFMLYM KEMRANVVAE CTLKESAAIN QILGRRWHAL SREEQAKYYE
LARKERQLHM QLYPGWSARD NYGKKKKRKR EKLQESASGT GPRMTAAYI
Кодований геном білок за функціями належить до активаторів , фосфопротеїнів .
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція , регуляція транскрипції , сигнальний шлях Wnt, поліморфізм, альтернативний сплайсинг .
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у ядрі .
Waterman M.L., Fischer W.H., Jones K.A. (1991). A thymus-specific member of the HMG protein family regulates the human T cell receptor C alpha enhancer . Genes Dev . 5 : 656—669. PMID 2010090 DOI :10.1101/gad.5.4.656
Hovanes K., Li T.W., Waterman M.L. (2000). The human LEF-1 gene contains a promoter preferentially active in lymphocytes and encodes multiple isoforms derived from alternative splicing. Nucleic Acids Res . 28 : 1994—2003. PMID 10756202 DOI :10.1093/nar/28.9.1994
Jesse S., Koenig A., Ellenrieder V., Menke A. (2010). Lef-1 isoforms regulate different target genes and reduce cellular adhesion. Int. J. Cancer . 126 : 1109—1120. PMID 19653274 DOI :10.1002/ijc.24802
The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res . 14 : 2121—2127. 2004. PMID 15489334 DOI :10.1101/gr.2596504
Bruhn L., Munnerlyn A., Grosschedl R. (1997). ALY, a context-dependent coactivator of LEF-1 and AML-1, is required for TCRalpha enhancer function. Genes Dev . 11 : 640—653. PMID 9119228 DOI :10.1101/gad.11.5.640
Brantjes H., Roose J., van De Wetering M., Clevers H. (2001). All Tcf HMG box transcription factors interact with Groucho-related co-repressors. Nucleic Acids Res . 29 : 1410—1419. PMID 11266540 DOI :10.1093/nar/29.7.1410
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)
(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)
(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)
(1.4) NF-1
(1.5) RF-X
(1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1
підродина 2
підродина 3
підродина 4
підродина 5
підродина 6
підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4
(2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців
(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер
(2.5) Цинкові пальці іншого складу
(2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс
(3.2) Парний бокс
(3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль
(3.4) Фактори теплового шоку
(3.5) Триптофановий кластер
(3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR
(4.2) STAT
(4.3) p53
(4.4) MADS
(4.6) TATA
(4.7) Високомобільна група
(4.9) Grainyhead
(4.10) Домен холодового шоку
(4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y)
(0.3) Pocket домен
(0.5) AP2/EREBP-подібні
(0.6) Інші