Матеріал з Вікіпедії — вільної енциклопедії.
HOXD1
Ідентифікатори
Символи
HOXD1 , HOX4, HOX4G, Hox-4.7, homeobox D1
Зовнішні ІД
OMIM : 142987 MGI: 96201 HomoloGene: 7772 GeneCards: HOXD1
Онтологія гена
Молекулярна функція
• sequence-specific DNA binding • DNA binding • GO:0001200, GO:0001133, GO:0001201 DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific
Клітинна компонента
• клітинне ядро • нуклеоплазма
Біологічний процес
• multicellular organism development • sensory perception of pain • GO:0009373 regulation of transcription, DNA-templated • transcription, DNA-templated • neuron differentiation • embryonic skeletal system development • GO:0044324, GO:0003256, GO:1901213, GO:0046019, GO:0046020, GO:1900094, GO:0061216, GO:0060994, GO:1902064, GO:0003258, GO:0072212 regulation of transcription by RNA polymerase II
Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
Більше даних
Ортологи
Види
Людина
Миша
Entrez
Ensembl
UniProt
RefSeq (мРНК)
RefSeq (білок)
Локус (UCSC)
Хр. 2: 176.19 – 176.19 Mb
Хр. 2: 74.59 – 74.6 Mb
PubMed search
[ 1]
[ 2] Вікідані
HOXD1 (англ. Homeobox D1 ) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. [ 3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 328 амінокислот , а молекулярна маса — 34 093[ 4] .
Послідовність амінокислот
10 20 30 40 50
MSSYLEYVSC SSSGGVGGDV LSLAPKFCRS DARPVALQPA FPLGNGDGAF
VSCLPLAAAR PSPSPPAAPA RPSVPPPAAP QYAQCTLEGA YEPGAAPAAA
AGGADYGFLG SGPAYDFPGV LGRAADDGGS HVHYATSAVF SGGGSFLLSG
QVDYAAFGEP GPFPACLKAS ADGHPGAFQT ASPAPGTYPK SVSPASGLPA
AFSTFEWMKV KRNASKKGKL AEYGAASPSS AIRTNFSTKQ LTELEKEFHF
NKYLTRARRI EIANCLHLND TQVKIWFQNR RMKQKKRERE GLLATAIPVA
PLQLPLSGTT PTKFIKNPGS PSQSQEPS
Кодований геном білок за функцією належить до білків розвитку .
Задіяний у таких біологічних процесах як транскрипція , регуляція транскрипції , поліморфізм.
Білок має сайт для зв'язування з ДНК .
Локалізований у ядрі .
(1) Основні домени
(1.1) Лейцинова застібка (bZIP)(1.2) Спіраль-петля-спіраль (bHLH)(1.3) Спіраль-петля-спіраль / Лейцинова застібка (bHLH-ZIP)(1.4) NF-1 (1.5) RF-X (1.6) Спіраль-інтервал-спіраль (bHSH)
(2) Цинк-координовані домени ДНК
(2.1) Ядерні рецептори з цинковими пальцями (Cys4 )
підродина 1 підродина 2 підродина 3 підродина 4 підродина 5 підродина 6 підродина 0
(2.2) Інші цинкові пальці Cys4 (2.3) Cys2 His2 з доменом цинкових пальців(2.4) Cys6 цистеїн-цинковий кластер(2.5) Цинкові пальці іншого складу (2.6) WRKY
(3) Домени спіраль-поворот-спіраль
(3.1) Гомеобокс (3.2) Парний бокс (3.3) Вилкова головка / Крилата спіраль(3.4) Фактори теплового шоку(3.5) Триптофановий кластер (3.6) Домен транскрипційний енхансер
(4) Бета-складчасті фактори з незначним жолобковим контактом
(4.1) RHR(4.2) STAT(4.3) p53 (4.4) MADS(4.6) TATA(4.7) Високомобільна група (4.9) Grainyhead (4.10) Домен холодового шоку (4.11) Runt
(0) Інші фактори транскрипції
(0.2) HMGI(Y) (0.3) Pocket домен (0.5) AP2/EREBP-подібні(0.6) Інші